1. 질의내용 요약
가. 사실관계
○ △△시시설관리공단(“공단”)은 지방공기업법 제76조 및 지방자치단체 조례에 의하여 △△시가 단독으로 출자하여 설립된 비영리내국법인임
- 공단은 △△시가 지정하는 시설물의 관리․운영을 대행하는 사업을 영위하면서 △△시로부터 주차관리 등 대행사업별 사업비를 수령․집행하고 매년 집행잔액을 △△시에 반납함
- 따라서, 공단은 이자수익만 발생하고 있으며 선납세금을 제외한 이자수입에 대해서는 △△시에 전액 반납하고 있음
나. 질의요지
1) 이자소득을 법인세법 제60조에 따라 신고하는지, 제62조의2에 따라 별도로 신고하지 아니하고 종결되는지 여부
2) 공단은 이자소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 원천징수된 법인세를 환급받을 수 있는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등
□ 법인세법 제4조 【실질과세】
① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
□ 지방공기업법 제71조【대행사업의 비용부담】
① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.
② 제1항의 규정에 의한 비용의 부담에 관하여 필요한 사항은 대통령령이 정하는 것을 제외하고는 조례로 정한다.
□ 지방공기업법 제76조【설립ㆍ운영】
① 지방자치단체는 제2조의 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공단(이하 “공단”이라 한다)을 설립할 수 있다. (1992ㆍ12ㆍ8. 개정)
② 공단의 설립ㆍ운영에 관하여는 제49조 내지 제52조ㆍ제53조제1항ㆍ제56조ㆍ제57조 내지 제63조ㆍ제63조의2 내지 제63조의4ㆍ제64조ㆍ제64조의2ㆍ제65조ㆍ제65조의2ㆍ제66조ㆍ제66조의2ㆍ제68조ㆍ제69조ㆍ제71조ㆍ제71조의2 내지 제71조의4ㆍ제72조 내지 제74조ㆍ제75조의2 내지 제75조의4의 규정을 준용한다. 이 경우 “공사”는 “공단”으로, “사장”은 “이사장”으로, “사채”는 “공단채”로 본다. (2002.3.25. 개정)
□ 지방공기업법 제2조【적용범위】
① 이 법은 다음 각호의 1에 해당하는 사업(그에 부대되는 사업을 포함한다. 이하 같다)중 제5조의 규정에 의하여 지방자치단체가 직접 설치ㆍ경영하는 사업으로서 대통령령이 정하는 기준 이상의 사업(이하 “지방직영기업”이라 한다)과 제3장 및 제4장에 의하여 설립된 지방공사와 지방공단이 경영하는 사업에 대하여 각각 적용한다.
1. 수도사업(간이상수도사업을 제외한다)
2. 공업용수도사업
3. 궤도사업(도시철도사업을 포함한다)
4. 자동차운송사업
5. 지방도로사업(유료도로사업에 한한다)
6. 하수도사업
7. 주택사업
8. 토지개발사업
② 지방자치단체는 다음 각호의 1에 해당하는 사업중 경상경비의 5할 이상을 경상수입으로 충당할 수 있는 사업을 지방직영기업ㆍ지방공사 또는 지방공단이 경영하는 경우에는 조례가 정하는 바에 의하여 이 법을 적용할 수 있다. (2004.12.30. 개정)
1. 민간인의 경영참여가 어려운 사업으로서 주민복리의 증진에 기여할 수 있고, 지역경제의 활성화나 지역개발의 촉진에 이바지할 수 있다고 인정되는 사업
2. 제1항 각호의 1에 해당하는 사업중 동항 본문의 규정에 의한 대통령령이 정하는 기준에 미달하는 사업
3. 체육시설의설치ㆍ이용에관한법률에 의한 체육시설업 및 관광진흥법에 의한 관광사업(여행업 및 카지노업을 제외한다) (중략)
□ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다. (2010. 12. 30. 개정)
1. 각 사업연도의 소득 (2010. 12. 30. 개정)
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)
2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득 (2010. 12. 30. 개정)
□ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때이를 손금에 산입한다. (2010. 12. 30. 개정)
1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호부터 제10호까지의 규정에 따른 이자소득의 금액 (2010. 12. 30. 개정)
□ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】
① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (2010. 12. 30. 개정)
□ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준 신고 특례】
① 비영리내국법인은 제3조 제3항 제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. (2010. 12. 30. 개정)
□ 민법 제101조 【천연과실, 법정과실】
① 물건의 용법에 의하여 수취하는 산출물은 천연과실이다.
② 물건의 사용대가로 받는 금전 기타의 물건은 법정과실로 한다
나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
○ 재정경제부 법인세제과-252(2006.3.30.)
지방공기업법에 의하여 설립된 서울특별시시설관리공단은 법인세법 제1조 제2호의 규정에 의한 비영리내국법인에 해당함.
○ 법규과-354(2011.03.28, 과세자문)
지방자치단체의 위탁대행사업자가 대행사업비를 지급받고 금융회사에 예치함에 따라 발생한 이자소득에 대해 명의자인 위탁대행사업자에게 원천징수된 경우
해당 이자소득의 실질귀속자는 지방자치단체로서 위탁대행사업자의 「법인세법」 제3조제3항에 따른 각 사업연도 소득에 해당되지 아니하므로 해당 원천징수세액은 같은 법 제64조제1항제3호의 각 사업연도의 산출세액에서 공제되는 원천징수세액에 해당되지 아니하는 것이며
해당 소득의 실질귀속자가 지방자치단체임을 확인할 수 있는 서류를 원천징수의무자에게 제시하여 환급청구 할 수 있는 것입니다.
○ 법규소득 2010-248(2010.9.2. 사전답변)
신청인이 「지방공기업법」제76조에 따라 설립된 신청인이 ○○시로부터 위탁사업과 관련하여 지급받은 위탁사업비를 별도의 위탁사업비 예금계좌에 예치하고 해당 예금계좌에서 발생하여 ○○시에 귀속되는 이자소득은 원천징수대상소득에 해당하지 아니하는 것임
○ 법규과-3512(2007.7.23.)
(재)한국학술진흥재단이 교육인적자원부 또는 농림부로부터 학술연구조성사업 또는 농촌학생학자금 지원사업을 위탁받아 수행함에 있어, 정부위탁 사업비에서 발생하여 국가에 귀속되는 이자소득에 대하여는｢법인세법｣ 제2조제3항 규정에 의하여 법인세를 부과하지 않는 것이며, 같은 법 시행령 제111조 제1항 규정에 의하여 원천징수하지 않는 것임
당해 소득에 대하여 원천징수의무자가 원천징수한 경우, 원천징수세액의 환급청구권은 원천징수의무자에게 귀속하는 것임
○ 법인22601-1571(1990.07.28)
한국원자력연구소가 정부로부터 위탁받은 사업을 하기 위하여 정부기금을 수령하여 은행에 예입함으로써 발생되는 이자가 실질적으로 국가에 귀속되는 경우에는 법인세법 제1조 제4항 규정에 따라 법인세 납세의무가 없는 것임
○ 법규과-1959(2010.12.31.)
금융자산으로부터 발생하는 이자소득의 명의상 귀속자인 법인과 실질 귀속자인 법인이 다른 경우, 해당 이자소득은 ｢법인세법｣ 제4조에 따라 그 실질 귀속자인 법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하여야 하는 것이며,
이 경우 해당 이자소득에 대해 원천징수된 세액은 실질귀속자인 법인의 기납부세액으로 공제하는 것임
○ 소득22601-191(1988.3.4)
법인이 타법인명의로 예금을 하고 동 예금에서 발생한 수입이자를 수익으로 계상하고 있는 경우 동 수입이자에 대한 타법인명의 원천징수세액의 공제 여부는 법인세법 제3조의 실질과세규정에 따라 판단함.
○ 법인46012-582(2003.10.10.)
주택신축판매업을 영위하는 법인이 분양수입금의 입금통장 명의를 시공사인 건설업 법인의 명의로 개설(통장인감은 공동날인)함에 따라 당해 입금통장에서 발생한 수입이자에 대하여 금융기관이 시공사 명의로 원천징수한 경우 당해 원천징수세액은 동 수입이자의 실질적인 귀속자인 주택신축판매업 법인의 기납부세액으로 공제함.
○ 서면2팀-2647(2004.12.16.) :
귀 질의의 경우와 같이 금융자산과 해당 금융자산으로부터 발생하는 이자소득의 명의상 귀속자와 실지귀속자가 다른 경우 해당 이자소득에 대한 원천징수세액은 실지귀속자의 기납부세액으로 공제하여야 하는 것임.
○ 서면2팀-1217(2005.07.27.)
법인이 보유중인 산업금융채권을 만기 상환하는 과정에서 착오에 의하여 개인 임직원 명의로 원천징수된 경우, 당해 산업금융채권 보유에 따라 발생한 이자소득의 귀속이 법인의 이자소득임이 확인되는 경우에는 동 개인명의 이자소득세는 ｢법인세법｣ 제64조제1항 제4호의 규정에 의한 기납부세액으로 공제할 수 있는 것임.(同旨 : 국심81구1050, 1982.1.8., 국심2001전210, 2001.7.26.)
○ 서면2팀-2114(2005.12.20.)
법인세법 제4조 【실질과세】의 규정에 따라 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 법인세법을 적용하는 것으로,
귀 질의와 같이 금융자산으로부터 발생하는 이자소득의 명의상 귀속자와 실지귀속자가 다른 경우 해당 이자소득에 대한 원천징수세액은 실지귀속자의 기납부세액으로 공제하여야 하는 것으로, 그 거래의 실질내용은 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행(지급조건, 지급방법 등을 포함) 및 구체적인 정황을 기준으로 판단하는 것이며
원천징수의무자가 명의자를 소득자로 원천징수한 경우 당해 실질소득귀속자는 원천징수의무자에게 소득귀속의 실질을 확인할 수 있는 서류 등을 제시하여 정정을 요청할 수 있는 것임.
○ 재법인46012-146(2002.09.09.)
지방공기업법 제76조에 의하여 설립된 시설관리공단이 지방자치단체로부터 수령하는 대행사업비는 법인세법 제15조에 의하여 직접관리비와 간접관리비의 구분에 관계없이 모두 과세대상이 되는 것이며 지방자치단체의 대행사업비를 관리하면서 발생되는 이자가 지방자치단체에 귀속되는 경우에 동 이자는 예수금에 해당되어 과세가 되지 않는 것이나, 동 이자가 시설관리공단 명의의 예금에서 발생되면 원천징수 대상이 되는 것임.
○ 서이46012-10967(2003.05.14.)
1. 재정경제부 법인46012-146(2002.9.9)호는 원천징수의무자가 소득지급시마다 명의자와 실질귀속자를 가려 원천징수해야 하는 것은 아니며 원천징수의무자는 “금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률”에 따라 그 명의자에게 원천징수하면 족하다는 의미이며
2. 이자소득의 실질귀속자가 법인세 비과세 대상법인임이 원천징수 이후에 확인되는 경우에는 당해 실질소득귀속자는 원천징수의무자에게 소득귀속의 실질을 확인할 수 있는 서류 등을 제시하여 과오납정정을 요청할 수 있으며 이 경우 원천징수의무자는 소득세법시행규칙 제93조에 따라 처리해야 하는 것임.
3. 한편, 예금 등을 명의상 소유자 명의로 예치하고 당해 예금에서 발생하는 이자소득에 대하여 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당액 전액을 실질소유자에게 반환하는 경우 당해 이자소득의 1차 귀속자는 명의상 소유주이므로 당해 예금이자에 대한 원천징수세액은 명의상 소유자인 당해 법인의 법인세에서 공제받을 수 있는 것임.
○ 서이46012-11295, 2003.7.9.(서이460152-10967, 2003.5.14.의 정정 회신)
당초 회신한 내용 중 “한편, 예금 등을 명의상 소유자 명의로 예치하고 당해 예금에서 발생하는 이자소득에 대하여 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당액 전액을 실질소유자에게 반환하는 경우 당해 이자소득의 1차 귀속자는 명의상 소유주이므로 당해 예금이자에 대한 원천징수세액은 명의상 소유자인 당해 법인의 법인세에게 공제받을 수 있는 것입니다”를
“지방공기업이 지방자치단체의 대행사업비를 지방공기업 명의로 예치하고 당해 예금에서 발생하는 이자소득에 대하여 반환특약 등에 따라 세전이자소득 상당액 전액을 지방자치단체에 반환하는 경우 당해 이자소득의 귀속자는 지방공기업이므로 당해 예금이자에 대한 원천징수세액은 지방공기업의 법인세에서 공제받을 수 있는 것입니다”로 정정함
○ 서이46012-10957(2003.5.13.)
한국토지공사가 발행한 토지수익연계채권(이하 ' 채권' 이라 함)을 취득한 갑법인이 을법인에게 채권을 양도하면서 을법인이 채권발행자로부터 수령하는 이자소득의 일부를 돌려 받기로 별도의 약정을 체결함에 따라 을법인으로부터 돌려 받는 이자소득금액을 익금에 산입한 경우에도 을법인을 그 이자소득의 소득자로하여 원천징수된 세액은 갑법인의 산출세액에서 공제할 수 없는 것이며 이 경우 을법인은 이자소득금액 전부를 익금에 산입함과 동시에 갑법인에게 지급할 금액을 손금에 산입하고 원천징수된 세액 전부를 산출세액에서 공제함.(⇦ 법인 46012-301, 2003.5.10)
○ 서면2팀-2370(2004.11.17) (⇦ 법인세과-3044, 2004.11.15.) :
귀 질의의 경우 농업기반공사가 한국토지공사에게 토지를 매각하면서 매매계약의 조건에 따라 잔금수령액을 일정기간 은행에 예치하고 발생된 세전이자소득 전액을 한국토지공사에게 반환하기로 한 경우, 농업기반공사는 이자소득금액 전부를 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하여야 하는 것이며, 당해 계약조건에 따라 반환된 예금이자는 반환일이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것임. 이 경우 당해 이자소득과 관련하여 원천징수된 세액은 기납부세액으로서 농업기반공사의 산출세액에서 공제하는 것임.