1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○ △△산업단지는 제조업 중심에서 IT업종으로 급속히 변화함에 따라 첨단지식기반산업 환경에 부응하는 기업지원서비스공간의 제공이 필요함

- 이러한 상황에서 입주환경 변화와 노후화에 따라 그 기능이 상실된 보세장치장으로 사용되는 부지에 대한 개발필요성이 지속적으로 제기됨

○＊＊공단은 보세장치장 부지를 프로젝트개발회사를 통하여 업무․숙박등의 복합시설로 개발하는 방식을 추진하고자 함

〔사업구도〕

○ 공단은 최초 감정평가법인의 감정가액을 보세장치장의 최저입찰가액으로 하여 PF사업의 민간사업자를 공모하였으나 1개의 업체만이 입찰하였고 평가결과 공공성 부족 등의 사유로 우선협상대상자로 선정되지 못함

- 이에 공단은 개발계획에 공공성을 보다 강화하고 최저입찰가액을 하향조정하여 재공모하였으며

- 1개의 업체가 입찰하여 평가결과 우선협상대상자로 선정되었으며 공단과 PF사업협약을 맺고 PFV법인설립을 완료하고 부동산 매매 약정을 체결한 상태임

〔사업 수행방법〕

나. 질의요지

○ 공단이 PFV에 보세장치장을 시가보다 낮은 가액을 양도하여 부당행위계산 부인규정이 적용되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

□ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (2010. 12. 30. 개정)

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 (2002. 12. 30. 개정)

□ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. (2010. 2. 18. 단서개정)

□ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. (2009. 2. 4. 개정)

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. (2010. 12. 30. 개정)

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다. (2005. 2. 19. 개정)

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. (2010. 12. 30. 개정)

□ 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제40조 【분양가격의 결정 등】

① 사업시행자가 개발된 토지 또는 시설등을 법 제38조 제1항에 따라 산업시설용지로 분양하는 경우 그 분양가격은 조성원가로 한다. (2007. 10. 4. 개정)

⑥ 제1항의 규정에 의한 산업시설용지 외의 용도로 공급하는 용지의 분양가격은 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」제2조 제9호의 규정에 의한 감정평가업자가 행한 감정평가액으로 한다. 다만, 분양가격을 감정평가액으로 하지 아니할 수 있는 경우와 그 분양가격은 다음 각호와 같다. (2007. 10. 4. 개정)

3. 판매시설용지 등 영리를 목적으로 사용될 용지(「택지개발촉진법 시행령」 제13조의 3 제2호에 따른 시설용지인 경우에는 제외한다) : 경쟁입찰 낙찰가격 (2007. 10. 4. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인세과-613(2011.08.25)

내국법인이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 부당행위계산 부인규정이 적용되는 바, 귀 질의가 부당행위계산 부인규정이 적용되는지 여부는 매매가액 결정과정 등 거래행위의 제반사정을 구체적이고 종합적으로 고려하여 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 사실판단할 사항임

○ 법규과-3607(2007.07.27)

내국법인이 특수관계있는 자에게 토지를 양도한데 대하여 「법인세법」 제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용하는 경우 당해 토지의 거래당시 시가가 불분명하여 같은 법 시행령 제89조 제2항의 규정을 적용함에 있어서,

토지 매매계약일로부터 약 3개월 후(중도금 수령 전)에 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 평가한 은행대출을 위한 담보목적의 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액을 당해 토지의 시가로 볼 수 있는 것이나,

당해 감정가액이 적정하게 평가되지 아니하여 거래당시의 시가로 인정할 수 없는 경우에는 그러하지 아니하는 것으로,

귀 과세기준자문의 경우가 이에 해당하는지 여부는 감정평가 당시의 제반 사실관계 및 평가내용 등에 따라 사실판단하기 바랍니다.

○ 법인세과-1168(2009.10.20)

상호 경쟁관계에 있는 내국법인 甲과 외국법인 乙이 50:50의 비율로 합작하여 설립된 내국법인이 합작계약 조건에 따라 甲법인으로부터 사업장을 임차하여 임차료를 지급하고, 임차료를 포함한 총 제조원가에 일정 이윤을 가산하여 제품을 甲법인과 乙법인에게 동일한 가격으로 판매하는 경우, ｢법인세법｣ 제52조【부당행위계산의 부인】규정의 적용 여부는 합작계약조건과 임차료 및 제품 판매가격의 결정과정 등 거래행위의 제반사정을 구체적이고 종합적으로 고려하여 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하는 것임

○ 대법2007두14978(2010.05.13.)

부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 함.

○ 국심98중498(1998.09.14)

청구법인이 (주)○○청과의 주식을 보유한 것에 대하여 서울특별시장은 동 주식의 보유가 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제17조 제2항에 위반되는 사항으로서 동 주식을 즉시 매각토록 시정명령한 바 있고, 동 시정명령과 관련하여 청구법인은 쟁점주식1을 매각하기 전까지 서울특별시장으로부터 1996. 3. 23에는 경고, 1996. 5. 13에는 500만원의 과징금 처분을 받은 바 있음이 청구법인이 제시한 서울특별시장 발급 “행정처분장” 등에 의하여 확인되고, 청구법인은 (주)○○청과의 주식을 매각하기 위하여 1996. 4. 27부터 1996. 5. 9까지 3차례에 걸쳐 서울경제신문에 주식매각공고를 한 바 있고 동 공개입찰의 최저가격은 주당 30,000원에서 27,500원으로, 다시 25,000원로 하락하였으며 제4차 입찰에서 주당 23,000원에 낙찰되었음이 청구법인이 제시한 서울경제신문 주식매각공고문 사본 등에 의하여 확인할 수 있다.

처분청은 위 낙찰된 가격 주당 23,000원은 응찰자 이○연과의 담합에 의하여 낙찰된 가격이기 때문에 정상적인 가격이 아니라고 주장하나, 청구법인이 서울특별시장으로부터 2차례에 걸쳐 시정명령을 받았고, 3차에 걸쳐 공개입찰을 했음에도 불구하고 원매자가 없었다는 점 등을 감안할 때 쟁점주식의 매각을 위한 노력으로서 원매자를 구하기 위한 노력의 일환으로 청구외 이○연으로 하여금 쟁점주식을 매입토록 알선하였다고 인정되는 바, 가사 담합에 의한 낙찰이라고 하더라도 담합에 의한 것이라는 이유만으로 낙찰가격이 적정한 가격이 아니라고 할 수는 없다고 판단된다.