1. 질의내용 요약

가. 사실관계 및 질의요지

○ □□연구원(이하 "연구원"이라 함)은 정부출연연구기관으로 비영리법인임

 - 연구원의 수입금액은 정부로부터 지급받는 출연금과 비영리단체로부터 정책연구용역을 수탁받아 생기는 금액(이하 "수탁사업수입금액"이하 함)으로 구성

 - 이 중 수탁사업수입금액은 법인세법상 수익사업 소득으로 신고하고 있음

○ 연구원은 3년 이상 계속하여 사용하고 있는 청사건물(일부 임대업 사용)과 연구원 사택(연구원 사용)을 매각할 계획임

○ 비영리법인이 수익사업과 비수익사업에 공통으로 사용하던 청사건물과 사택을 처분하는 경우 3년 이상 계속하여 비수익사업에 사용한 부분에 대한 처분이익이 법인세 과세대상에 해당되는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. ｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득

 3. ｢소득세법｣ 제17조제1항에 따른 배당소득

 4. 주식ㆍ신주인수권(신주인수권) 또는 출자지분(출자지분)의 양도로 인하여 생기는 수입

 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

 6. ｢소득세법｣ 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

 7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(대가)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

○ 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

 1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

 2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

 3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

○ 법인세법 기본통칙 113-156…1【 비영리내국법인의 급여액등의 구분계산 】

수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여상당액(복리후생비, 퇴직금 및 퇴직급여충당금전입액을 포함한다)은 근로의 제공내용을 기준으로 구분한다. 이 경우 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 것인 때에는 이를 비영리사업에 속한 비용으로 한다.(1993.02.01 개정)

○ 법인세법 기본통칙 113-156…6【개별손익ㆍ공통손익 등의 계산】

   규칙 제75조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 익금과 손금의 구분계산은 법에 특별히 규정한 것을 제외하고는 다음과 같이 계산한다.

 1. 개별익금

 가. 매출액 또는 수입금액은 소득구분계산의 기준으로서 이는 개별익금으로 구분한다.

 나. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생하는 부수수익은 개별익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

  (1) 부산물ㆍ작업폐물의 매출액

  (2) 채무면제익

  (3) 원가차익

  (4) 채권추심익

  (5) 지출된 손금 중 환입된 금액

  (6) 준비금 및 충당금의 환입액

 다. 영업외수익과 특별이익 중 과세사업의 개별익금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

  (1) 수입배당금

  (2) 수입이자

  (3) 유가증권처분익 (1997. 4. 1. 개정)

  (4) 수입임대료

  (5) 가지급금인정이자

  (6) 고정자산처분익

  (7) 수증익

 2. 공통익금

   감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 수익이나 귀속이 불분명한 부수수익은 공통익금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

 가. 귀속이 불분명한 부산물ㆍ작업폐물의 매출액

 나. 귀속이 불분명한 원가차익, 채무면제익

 다. 공통손금의 환입액

 라. 기타 개별익금으로 구분하는 것이 불합리한 수익

 3. 개별손금

 가. 감면사업 또는 과세사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 당해 사업의 개별손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

  (1) 매출원가

  (2) 특정사업에 전용되는 고정자산에 대한 제비용

  (3) 특정사업에 관련하여 손금산입하는 준비금ㆍ충당금전입액

  (4) 기타 귀속이 분명한 제비용

 나. 영업외비용과 특별손실 중 과세사업의 개별손금으로 구분하는 것을 예시하면 다음과 같다.

  (1) 유가증권 처분손

  (2) 고정자산 처분손

 4. 공통손금

   감면사업과 과세사업에 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 구분하며, 예시하면 다음과 같다.

 가. 사채발행비 상각

 나. 사채할인발행차금 상각

 다. 기타 개별손금으로 구분하는 것이 불합리한 비용(중략)

○ 법인세과-934, 2009.8.27(주자창 일부 토지를 임대업에 사용)

 비영리내국법인이 수익사업과 고유목적사업에 공통으로 사용하던 부동산을 양도하는 경우 양도일 현재 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 사용하던 부분에 대하여만 ｢법인세법｣ 제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조제2항의 규정에 의하여 각 사업연도소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 것임

○ 법인46012-2912, 1997.11.12

   비영리내국법인이 수익사업과 고유목적사업에 공통으로 사용하던 부동산(사옥)을 양도하는 경우 양도일 현재 고유목적사업에 3년이상 사용하던 부분에 대하여는 법인세법 제1조 제1항 제6호 및 같은법 시행령 제2조 제2항(법인세법 제3조제2항제5호 및 법인세법시행령 제2조제2항)의 규정에 의하여 각사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 아니함

○ 법인46012-216, 1993.12.27

 비영리내국법인이 양도일 현재 2년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 부동산의 처분수익은 법인세법 시행령 제2조제2항에 의하여 법인세가 과세되지 아니하므로 부동산의 일부는 고유목적사업에 사용하고 나머지는 수익사업에 사용한 경우 2년이상 고유목적사업에 사용하던 부분에 대하여는 법인세가 과세되지 아니하는 것임

○ 서면2팀-867, 2007.5.8

 고정자산이 ｢법인세법 시행령｣ 제2조제2항에 의해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(같은 조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것은 법인세 과세대상이 되지 않는 것이며, 고유목적사업 및 수익사업에 공통으로 사용한 자산의 처분손익의 과세여부는 기존 회신사례(서이46012-10231, 2003.01.30 ; 법인46012- 4281, 1999.12.13)를 참고하시기 바람

 ※ 서이46012-10231, 2003.1.30

  비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하는 것으로

    이 경우 대차대조표의 작성은 기업회계기준에 의하는 것이며, 수익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산의 처분으로 인하여 생기는 손익은 수익사업의 개별손익으로 하는 것임