1. 질의내용
가. 사실관계
○ 甲법인은 1997.4월 설립하여 현재까지 건축설계업을 주업으로 하는 법인으로 설계용역 매출에 대한 부가가치세를 신고·납부하였음
- 최근 건축주들로부터 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】제1항제4호에 따라 국민주택 및 그 주택의 건설용역은 부가가치를 납부하지 않는 것이라며 부가가치세 반환을 요구하고 있음
나. 질의내용
○ 조세특례제한법 제106조에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 제공하고 부가가치세를 신고·납부한 경우 경정청구 가능여부 및 경정청구기간
2. 관련법령
○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27>
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.
④ 「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 「소득세법」 제164조, 제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항제1호 중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항제2호 중 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다. <개정 2011.12.31>
1. 원천징수의무자가 「소득세법」 제137조, 제138조, 제143조의4, 제144조의2에 따른 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우
2. 원천징수의무자가 「소득세법」 제146조 및 제156조에 따라 원천징수한 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우
3. 원천징수의무자가 「법인세법」 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 같은 법 제120조 또는 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우
⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】
① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.
② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(「국세징수법」 제14조에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다. <개정 2010.12.27>
1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세
2. 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비(다른 세무서에 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 포함한다)
3. 세법에 따라 자진납부하는 국세
③ 제2항제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다. <신설 2010.12.27>
④ 납세자가 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 그 환급세액을 제2항제1호 및 제3호의 국세에 충당할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 본다. <개정 2010.12.27>
⑤ 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액에서 환급받을 환급세액이 있는 경우 그 환급액은 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 충당(다른 세목의 원천징수세액에의 충당은 「소득세법」에 따른 원천징수이행상황신고서에 그 충당ㆍ조정명세를 적어 신고한 경우에만 할 수 있다)하고 남은 금액을 환급한다. 다만, 그 원천징수의무자가 그 환급액을 즉시 환급해 줄 것을 요구하는 경우나 원천징수하여 납부하여야 할 세액이 없는 경우에는 즉시 환급한다. <개정 2010.12.27>
⑥ 국세환급금 중 제2항에 따라 충당한 후 남은 금액은 국세환급금의 결정을 한 날부터 30일 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세자에게 지급하여야 한다. <개정 2010.12.27>
⑦ 제6항에 따라 국세환급금을 환급할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 한국은행이 세무서장의 소관 수입금 중에서 지급한다. <개정 2010.12.27>
⑧ 세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당되거나 지급된 금액의 반환을 청구하는 경우에는 「국세징수법」의 고지ㆍ독촉 및 체납처분의 규정을 준용한다. <개정 2010.12.27>
⑨ 제1항에도 불구하고 제47조의4제6항 본문 또는 같은 조 제7항에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.
○ 국세기본법 제54조【 국세환급금의 소멸시효 】
① 납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.
② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 「민법」에 따른다.
○ 소득세법 제106조 【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제9호 및 제12호는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제9호의2 및 제11호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2012년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다. <개정2011.12.31>
1. 「전기사업법」 제2조에 따른 전기사업자가 전기를 공급할 수 없거나 상당한 기간 전기공급이 곤란한 도서(島嶼)로서 지식경제부장관(같은 법 제98조에 따라 위임을 받은 기관을 포함한다)이 증명하는 도서지방의 자가발전에 사용할 목적으로 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 수산업협동조합중앙회에 직접 공급하는 석유류
2. 공장, 광산, 건설사업현장 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 사업장과 「초ㆍ중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 따른 학교(이하 이 호에서 "사업장등"이라 한다)의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 해당 사업장등의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하거나 「학교급식법」 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 학교의 장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 같은 법 제15조에 따른 위탁급식의 방법으로 해당 학교에 직접 공급하는 음식용역(식사류로 한정한다). 이 경우 위탁급식 공급가액의 증명 등 위탁급식의 부가가치세 면제에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
3. 농어업 경영 및 농어업 작업의 대행용역으로서 대통령령으로 정하는 것
4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)
3. 유사사례
과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 「국세기본법」 제45조의 2의 규정에 의하여 법정신고기한 경과후 3년 이내에 경정청구를 할 수 있음.
납세자의 신고에 의하여 과세표준이 확정되는 신고납부제도를 채택하고 있는 세목의 경우, 납세자가 착오 등에 의하여 과세표준이나 세액을 과다하게 신고한 경우에도 원칙적으로 적법한 경정청구의 절차가 없는 한 정부가 이를 감액하여야 할 의무는 없는 것이나, 과세표준과 세액의 신고내용에 명백한 오류 등이 있는 경우 세무서장이 경정 결정할 수 있는 것입니다
