1. 사실관계

○ 질의법인은 우유도매업을 하는 법인(이하 “대리점”)으로 우유급식희망 학교를 대상으로 우유를 공급하고 있으며, 우유공급 유형은 ‘유상우유급식, 무상우유급식’이 있음

○ 유상우유급식과 무상우유급식은 동일 물품계약 건으로 작성되며, 물품계약서상에는 학교가 발주처, 대리점이 계약상대방으로 되어 있고, 대리점이 물품을 공급하고 난 후에 학교에서 유상우유급식 및 무상우유급식을 공급받았음을 확인하는 공급확인서를 발급하고 있음

○ 유상우유급식은 학생부담으로 하여 학교가 일괄 수령 후 대리점에 지급하며, 대리점은 학교를 공급받는 자로 하여 계산서를 교부함

- 무상우유급식 대가는 대리점이 지방자치단체에 청구하여 수령함

2. 질의내용

○ 우유대리점이 무상우유급식용 우유를 학교에 공급하고 대가는 국가 보조금을 재원으로 지방자치단체로부터 수령하는 경우 계산서 교부방법

3. 관련법령

○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ발급 등】

① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

② 「부가가치세법」 제26조제1항제1호에 따라 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자(受託者)나 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 그 재화를 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 다만, 제1항에 따라 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 법인세법 시행령 제164조 【계산서의 작성·교부 등】

① 「소득세법 시행령」 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성·교부에 관하여 이를 준용한다.

② 법 제121조제1항 후단에서 "대통령령으로 정하는 전자적 방법"이란 「부가가치세법 시행령」 제68조제5항에 따른 방법으로 발급하는 것을 말하며, 법 제121조제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서등을 발급하는 경우"란 위탁자 또는 본인의 명의로 「소득세법 시행령」 제212조제2항의 규정에 의하여 계산서등을 교부하는 경우를 말한다.

4. 관련예규 등

○ 법인, 법인46012-3979, 1993.12.17.

법인이 극빈아동급식용우유를 대리점을 통하여 국민학교에 공급하고 그 대가를 정부로부터 수령하는 경우 동우유의 공급가액은 매출액에 포함하는 것입니다.

○ 법인, 법인세과-933, 2010.10.13.

법인이 국가연구개발 사업에 참여하고 주관연구기관으로부터 정부출연금 또는 국고보조금을 수령하는 경우로서 해당 연구개발 결과물의 소유권이 주관연구기관에 있는 등 수령하는 정부출연금 또는 국고보조금이 재화・용역의 공급대가에 해당하는 때에는 계산서(부가가치세가 면제되는 경우에 한함)를 교부하여야 하는 것임

○ 부가, 서면인터넷방문상담3팀-186, 2006.01.27.

세금계산서는 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부하는 것입니다.

○ 부가46015-2698, 1998.12.08.

보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의해 보조금의 교부대상이 되는 보조사업을 수행하는 자가 보조사업을 수행하고 국가 등으로부터 직접 교부받는 보조금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 면세포기신고를 한 사업자가 동법률에 의한 보조금이 아닌 정부출연금 등을 재원으로 국가 등이 시행하는 연구개발사업에 따라 연구개발용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임

○ 사전-2019-법령해석부가-0177, 2019.05.22.

사업자가 지역 에너지신산업 활성화 지원사업(이하 “쟁점사업”)에 대한 협약을 정부 및 지방자치단체A 또는 B와 각각 체결하여 쟁점사업을 수행하고 그 결과물을 지방자치단체A 또는 B에 귀속시킨 후 해당 사업비(지방비, 민간투자금, 정부보조금)를 각 지방자치단체로부터 받는 경우 정부보조금을 포함한 해당 사업비 전액이 용역공급에 따른 대가에 해당하는 것으로서 지방자치단체A 또는 B를 공급받는 자로 하여 「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서를 발급하는 것입니다.

또한, 사업자와 정부 및 지방자치단체A 또는 B 간에 체결한 협약서상 사업비를 부가가치세 미포함 또는 부가가치세 제외로 표시한 경우 해당 사업비는 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없는 것이므로 그 금액이 같은 법 제29조제3항에 따른 부가가치세 공급가액이 되는 것입니다.