이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. 12. 14. 경기 광주시 ##대 330㎡, 위 지상 연와조 스라브지붕 2층 건물 198㎡(일반음식점 1층 99㎡, 2층 99㎡, 부속사 66㎡, 이하 1층과 2층을 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 하고, 부속사를 ‘이 사건 부속사’라 한다) 및 같은 리 ## 외 2필지 합계 1,191㎡에 관하여 소유권이전등기를 마치고, 이 사건 건물 1층에서 ‘**’이라는 상호로 일반음식점(이하 ‘이 사건 음식점’이라 한다)을 운영하였다.

나. 원고는 안** 외 5명에게 위 가항 기재 부동산을 42억 원에 매도하는 한편 2021. 3. 18. 같은 해 2. 3.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 모두 마쳤다.

다. 원고는 2021. 5. 15. 피고에게 취득가액을 429,811,936원, 양도가액을 4,174,182,100원(원 단위 절사, 이하 같다)으로 하여 이 사건 건물 2층과 부수 토지에 대해서만 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 889,973,400원을 신고·납부하였다.

라. 원고는 2021. 11. 15. 피고에게 겸용주택 면적과 부수토지 정정, 자경감면 대상농지면적 정정을 이유로 기 납부한 양도소득세 395,934,647원의 환급을 구하는 경정청구를하였다.

마. 피고는 2021. 12. 29. 국세기본법 제45조의2 제3항에 따라 아래와 같은 사유로 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 이의신청절차를 거쳐 2022. 8. 10. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2023. 1. 2. 위 심판청구를 기각하는 결정이 내려졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 8, 9, 11, 13, 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 건물에는 공부상 등재되지는 않았지만 이 사건 건물 2층으로 올라가는 전용 계단(3.3㎡)이 1층 내부에 설치되어 있고, 3층 옥상에 옥탑방(17.88㎡)이 설치되어 있으며, 이 사건 부속사(66㎡)도 폐 캐비넷과 농기구 등을 보관하면서 대부분 주택에 부속된 창고로 사용하였고, 66㎡ 중 4분의 1 정도만 조리시설이 설치되어 있었다. 따라서 이 사건 부속사의 4분의 3은 주택 면적에 포함되어야 하므로 주택 면적은 169.68㎡(= 이 사건 건물 2층 면적 99㎡ + 계단면적 3.3㎡ + 옥탑 건물면적 17.88㎡ + 부속사 3/4 면적 49.5㎡)로 주택 외 면적 122.79㎡(= 이 사건 건물 1층 면적 99㎡ + 1층 확장 면적 7.29㎡ + 부속사 1/4 면적 16.5㎡)보다 크다. 설령 이 사건 부속사의 사용 용도가 불분명하다고 보더라도, 소득세법 기본통칙 89-154…11에 따라 주택 면적과 주택외 면적의 비율로 안분 계산하게 되면 주택 면적 155.18㎡(= 이 사건 건물 2층 면적 99㎡ + 계단면적 3.3㎡ + 옥탑 건물면적 17.88㎡ + 부속사 중 주택 안분 면적 35㎡), 주택 외 면적 137.29㎡(= 이 사건 건물 1층 면적 99㎡ + 1층 확장 면적 7.29㎡ + 부속사 중 주택외 안분 면적 31㎡)로 주택 면적이 더 크므로, 이 사건 건물 전체를 주택으로 보아야 한다. 결국 어느 모로 보나 이 사건 건물과 부속사 전체에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용된다. 그럼에도 원고가 착오로 과다하게 신고ㆍ납부한 양도소득세 중 395,934,647원의 환급을 받기 위하여 한 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 소득세법 제88조 제7호는 “주택이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.”라고 규정하고 있다. 한편 소득세법 시행령(2021. 5. 4. 대통령령 제31569호로 개정되기 전의 것) 제154조 제3항은 “법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있다.

2) 앞서 든 증거와 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 부속사에는 주방의 환기시설로 사용된 것으로 보이는 배관이 설치되어 있고, 원고도 이 사건 부속사 4분의 1 정도에 조리시설이 설치되어 있었다는 점은 인정하고 있는 점, 이 사건 부속사에 식자재 박스가 여럿 적치되어 보관되기도 하였던 점, 이 사건 음식점에 관하여 작성된 여러 인터넷 리뷰에 따르면 이 사건 건물 1층과 이 사건 부속사가 맞닿아 트여 있고, 이 사건 건물 1층에서 이 사건 부속사를 바라볼 경우 이 사건 부속사 위치에 반찬그릇 등 식기와 기타 필요한 물품을 놓는 보조 작업대로 가로막혀 있으며, 가스시설 등 다른 조리시설은 보이지 않아 실제로 이 사건 음식점의 조리 작업이 이루어지는 공간은 보조 작업대 뒤에 설치되어 있을 것으로 보이는데, 이 경우 조리 작업이 원활하게 이루어지기 위하여는 조리대 외에도 여유 공간이 상당 부분 필요할 것으로 보이는 점, 원고는 1998년 이 사건 음식점을 개업할 당시부터 2021년경 폐업할 시점까지 부가가치세 신고 당시 이 사건 부속사를 이 사건 음식점의 사업장 면적에 포함하여 신고하였고, 이 사건 부속사를 양도한 후 이 사건 부속사에 대하여 세금계산서를 발행하여 부가가치세 신고를 마치기도 한 점, 이 사건 건물 및 부속사를 매수한 공유지분권자 안**은 이 사건 부속사가 철거되기 전 사용 현황에 대해 피고로부터 유선 질의를 받고 주방으로 사용하였다는 진술을 한 바 있고, 피고가 2022. 3. 29. 이 사건 건물을 철거하고 커피숍 용도 건물을 신축하는 현장에 방문한 결과 현장소장 이**으로부터 이 사건 부속사는 철거 전 이 사건 건물과 사이에 지붕을 얹고 주방으로 사용되었다는 진술을 확인하였던 점 등에 비추어 보면, 실제로 이 사건 음식점의 영업을 위한 조리공간으로 이 사건 부속사의 대부분이 사용되었을 것으로 추단된다. 여기에다가 원고는 언론 매체를 통해 ‘이 사건 음식점에서 제공하는 15가지 이상의 상차림 반찬은 식당 앞 텃밭에서 직접 재배한 싱싱한 재료들이다’라고 홍보하여 왔으므로(피고가 변론 종결 후에 제출한 2023. 12. 5.자 참고자료 참조), 원고가 이 사건 부속사에 보관한 농기구도 이 사건 식당의 영업을 위하여 사용된 것으로 볼 여지가 충분한 점까지 보태어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 위 인정을 뒤집고 이 사건 부속사의 1/4 부분만 이 사건 음식점의 영업을 위한용도로 사용되었다거나 이 사건 부속사의 용도가 불분명하다고 인정하기에는 부족하다.

3) 결국 이 사건 건물에 관하여 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못하였다고 보아 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.