제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 9. 10. 원고에 대하여 한 양도소득세 000,000,000원의 경정처분 중 000,000,000원을 초과한 부분을 취소한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 판결 이유는 아래와 같이 피고가 이 법원에서 예비적으로 한 주장에 관하여 ‘2. 추가 판단’을 하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

구 조세특례제한법(2018. 10. 16. 법률 제15785호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제97조의3 제3항이 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례 관련하여 단순히 임대기간의 계산에 관한 세부적인 사항을 대통령령에 위임한 것에 불과한데 구 조세특례제한법 시행령(2015. 8. 28. 대통령령 제29116호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제97조의3 제4항은 사업자등록 요건 등을 규정함으로써 위임한계를 일탈하였고, 사업자등록 요건 등을 요구할 필연적 근거도 없다는 점에서 실질과세 원칙, 행정명확성 원칙 및 비례원칙에 위반된다.

나. 판단

1) 조세특례제한법 제97조의3 제1항은 “대통령령으로 정하는 거주자가 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다”고 하면서 각 호로 “8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우(제1호), 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우(제2호)”를 정하고 있다. 같은 조 제3항은 “제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제4항은 “장기일반민간임대주택 등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조 제5항 제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 소득세법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 등록하는 경우에는 5년의 범위에서 민간임대주택으로 임대한 기간의 100분의 50에 해당하는 기간을 장기일반민간임대주택등의 임대기간에 포함하여 산정한다.”고 규정하고 있다.

2) 법규명령이 법률의 위임 범위를 벗어났는지 여부는 직접적인 위임 법률조항의 형식과 내용뿐만 아니라 그 밖에 법률의 전반적인 체계와 취지, 목적 등도 아울러 고려하여 법률의 위임의 범위나 한계를 객관적으로 확정한 다음 그 법규명령의 내용과 비교하여 판단하여야 하는 것이므로 그 법규명령의 내용이 위와 같이 확정된 법률의 위임 범위 내에 있다고 인정되거나 법률이 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되면 그 법규명령은 무효로 되지 아니한다(대법원 2020. 6. 18. 선고 2016두43411 전원합의체 판결 등 참조)

그런데 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제4항은 법률의 위임에 따라 임대기간의 계산에 관한 내용을 규정하고 있는 것으로 보이고 새로운 요건을 추가한 것으로 보이지는 않는다. 위 시행령 제97조의3 제4항이 임대개시일을 규정하면서 소득세법 제168조의 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조의 임대사업자등록을 언급한 것은, 양도소득세의 세율과 관련하여 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위’를 정하고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제3항에서 “장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법 시행령 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.”라고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제97조의3이 이에 대한 과세특례 규정이기 때문인 것으로 보인다. 위 시행령 제97조의3 제4항이 법률의 위임 범위를 벗어남으로써 조세법률주의에 위배되었다고 평가하기 어렵다.

3) 원고는, 장기임대주택을 운영하는 국민에게 2개의 사업자등록을 요구할 필연적인 이유가 없다면서 위 시행령 제97조의3 제4항이 위법(실질과세 원칙, 행정명확성의 원칙, 비례원칙 각 위반)하다고 주장하나, 엄격해석의 원칙에 입각하여 문언해석에 따르는 것이 조세법률주의 내지 조세공평의 원칙에 부합하는 것이고, 다주택자의 양도소득에 대하여 소득세법이 10~20%의 세율을 더하여 중과하도록 정하면서 일정 요건을 충족한 장기임대주택의 양도소득에 관하여 중과대상에서 제외할 수 있도록 정하고 있는데 그 실질과 형식적 요건을 모두 갖추도록 규정한 것이 실질과세의 원칙에 반한다고 할 수 없듯이 이와 유사한 목적인 위 시행령 조항 역시 실질과세 원칙에 반한다고 할 수 없다. 또한 소득세법에 의한 사업자등록은 납세의무자와 사업내용의 파악을 통한 근거과세와 세수확보 등을 도모하는 데 고유의 목적이 있는바, 임대사업자라는 실체를 갖춘 것이 동일하더라도 소득세법에서 정한 사업자등록의 요건을 갖추었는지에 따라 과세내용을 다르게 한다고 해서 그것만으로 법령의 불필요한 복잡성, 불합리함이 지나쳐 행정명확성의 원칙을 해하거나 비례원칙에 반한다고 보기도 어렵다.

2. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.