[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 주거용 및 비주거용 건물 신축․분양을 사업목적으로 하는 회사로, 2018.2.28.〜2020.6.30. 기간 동안 경상남도 창원시 OOO2필지의 토지(이하 “쟁점토지①”이라 한다)를 취득하였고, 2015.9.21.〜2020.9.10. 기간 동안 부산광역시 부산진구 OOO외 14필지의 토지(이하 “쟁점토지②”라 한다)를 취득하였다.

나. 청구법인은 쟁점토지①ㆍ②를 취득한 후, 생활형 숙박시설 신축ㆍ분양사업(쟁점토지①)과 주거용 건물 신축ㆍ분양사업(쟁점토지②)을 추진하였으나, 사업과정에서 자금조달 문제 및 토지 무단점유 등에 따른 여러 분쟁이 발생하여 쟁점토지①을 2021.5.28. a 주식회사에게 OOO원에 양도(토지 OOO원, 사업권 OOO원)하였고, 쟁점토지②를 2021.2.10. 주식회사 b에게 OOO원에 양도(토지 OOO원, 사업권 OOO원)하였는데, 청구법인의 쟁점토지①ㆍ②에 관한 취득 및 양도 세부내용은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점토지①ㆍ② 취득 및 양도내용

(단위 : 백만원)

다. 청구법인은 2021사업연도 법인세 신고 시 쟁점토지①ㆍ②에 대하여 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부하지 않았는데, 부산지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)은 2022.8.16.〜2022.11.16. 기간 동안 청구법인의 2021사업연도 법인세 신고사항에 대한 확인을 실시하였고, 청구법인의 쟁점토지①ㆍ②가 비사업용 토지의 양도에 해당하여 「법인세법」 제55조의2에 따른 법인세 추가납부대상인 것으로 보아 처분청에 법인세 과세자료를 통보하였으며, 이에 처분청은 2023.1.9. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지①․②를 사업과 관련하여 보유한 것이므로 쟁점토지의 양도는 비사업용 토지의 양도에 해당하지 아니한다.

  (가) 쟁점토지①은 청구법인이 취득할 당시부터 법률상·사실상의 장애사유로 토지를 사업목적으로 사용할 수 없는 정당한 사유가 존재하였다. 쟁점토지①의 이전 소유자인 OOO의 채권자인 c는 정당한 권원 없이 토지 위에 컨테이너를 설치하여 주차장을 운영하고 있어 청구법인이 현실적으로 공사를 진행하는 것이 불가능하였다. 나아가, 쟁점토지①에는 사해행위취소소송에 기한 가처분 등기까지 경료되어 있어 법률상으로도 불안정한 상태였다. 이에 청구법인은 c에게 쟁점토지①의 소유권을 근거로 토지인도소송을 제기하여 2020.4.16. 승소하여 토지를 인도받았고, 인도받은 후에는 토지 위에 설치된 컨테이너를 철거하고, OOO건축사무소와 설계계약을 체결하여 창원시장에게 착공계를 제출하는 등 쟁점토지①을 사업에 사용하기 위하여 노력을 다하였다. 그렇다면 (i) 청구법인이 소유권에 근거하여 토지인도소송을 제기한 2019.9.9.부터 소송이 종료된 2020.9.2.까지의 기간은 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제7호의 ‘소유권에 관한 소송이 계속 중인 토지’에 해당하므로 비사업용 토지에 해당하지 않고, (ii) c가 쟁점토지①을 불법 점유하기 시작한 2018.4.11.부터 토지인도 완료일까지 및 건축을 진행하기 위하여 설계용역 등을 진행한 2021.5.8.까지는 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제13호의 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니한 토지에 해당한다. 따라서 청구법인이 쟁점토지①을 취득한 후, c가 쟁점토지①을 불법 점유한 2018.4.11.부터 쟁점토지①을 양도한 2021.5.28.까지 쟁점토지①은 비사업용으로 사용한 것이라 볼 수 없어 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

  (나) 쟁점토지②의 경우에는 청구법인이 취득할 당시부터 토지 위에 다수의 불법 가건축물들이 설치되어 있었으나, 청구법인이 소유권 취득 후 철거공사를 시행하여 철거하였다. 이와 관련하여 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제9호는 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지는 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년 동안 비사업용 토지로 보지 않는다고 규정하고 있다. 국세청은 법인이 건축물이 있는 토지를 취득한 후 즉시 건물을 철거하고 새로 건물을 신축하려 하였으나 신축하지 못하고 양도한 사안에서, 건축물을 철거한 날부터 2년 동안 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 유권해석을 하였다(서면-2016-법인-5974, 2017.4.25.). 그렇다면 쟁점토지②의 불법 가건축물들이 철거된 날부터 2년 동안은 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 보아야 한다. 또한 쟁점토지②에는 무단으로 농작물을 경작한 자들이 다수 존재하였고, 이들은 청구법인이 건축물을 신축하는 것을 방해하며 집단적으로 민원 등을 제기하였다. 이에 청구법인은 무단으로 농작물을 경작하는 약 100여명 등과 합의를 하는 등 공사를 진행하기 위해 노력을 다하였으나, 양도시점까지 공사를 진행하는 것이 불가능하였다. 이는 청구법인이 쟁점토지②에 관하여 사실상 장애사유에 의하여 사업용으로 사용하지 못한 경우에 해당한다. 따라서 쟁점토지②의 경우에는 청구법인이 이를 취득한 때부터 양도할 때까지 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제7호 내지 제13호에 따라 비사업용으로 사용한 기간이 없다고 볼 수 있으므로, 쟁점토지②는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

(2) 처분청은 쟁점토지①의 경우, 청구법인이 경제적·합리적 판단에 따라 양도한 것이므로 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 토지인도 소송은 소유권에 관한 소송에 해당하지 않으므로 법령에서 정한 부득이한 사유에 해당하지 않는다는 의견이나, “소유권에 관한 소송”이라 함은 소유권자가 자신의 소유권에 기한 청구권을 행사하는 소송, 즉, 소유물반환청구권, 소유물방해제거 및 방해예방청구권을 행사하는 소송을 의미한다고 봄이 타당하므로 이를 소유권확인의 소 등으로 한정하여 해석할 아무런 근거가 존재하지 않는다. 처분청이 주장하는 ‘소유권 자체에 대한 소송’은 그 의미조차 명확하지 않고, 법률적 근거가 전혀 없으며, 소유권에 관한 소송의 구체적 유형(소유권확인의 소, 소유권에 기한 인도 또는 퇴거소송 등)에 따라 조세법률 관계가 달라지게 된다는 점에서도 받아들이기 어렵다.

  (가) 예를 들어, A가 자신이 소유한 동일한 토지에 대하여 B와 C에게 소유권에 기한 물권적 청구권을 행사하였는데, B에게는 소유권 확인의 소(=위 토지의 소유권이 A에게 있음을 확인해 달라는 소송)를 제기하고, C에게는 소유물반환청구의 소(=위 토지의 점유를 반환하라는 소송)를 제기한 경우, B에 대한 소송은 소유권 자체에 관한 소송에 해당하므로 세법상 ‘정당한 사유’가 인정되고, C에 대한 소송은 소유권 자체에 관한 소송이 아니므로 세법상 ‘정당한 사유’에 해당하지 않는다는 것이 처분청의 의견인바, 이는 「민법」상 ‘소유권’의 개념에 정면으로 반한다.

  (나) 나아가, 처분청의 의견대로라면 C가 소유물(=토지) 반환을 거부하는 사유로 ① 자신이 위 토지의 소유자임을 주장하는 경우와 ② 토지의 정당한 임차인으로서 토지를 점유할 권리가 있다고 주장하는 경우, 세법상 ‘정당한 사유’에 해당하는지 여부가 달라지는 결론이 도출되게 된다. 즉, ① C가 자신이 토지의 소유권자이기 때문에 토지를 인도할 수 없다고 주장하는 경우, 처분청 의견에 따르면 ‘소유권 자체에 관한 다툼’이 있는 소송이기 때문에 세법상 ‘정당한 사유’가 인정이 되고, ② C가 자신은 정당한 임차인으로서 토지 점유권이 있기 때문에 토지를 인도할 수 없다고 주장하는 경우에는 소유권 자체에 관한 다툼이 있는 소송이 아니기 때문에 세법상 ‘정당한 사유’를 인정할 수 없게 된다. 이와 같이, 처분청의 논리는, 소유권자가 자신의 물권적 청구권에 관한 소송을 제기하였음에도, 구체적 소송의 유형 또는 당해 소송에서 상대방의 주장에 따라 ‘소유권에 관한 소송’ 해당 여부가 달라지고, 그 결과 세법상 ‘정당한 사유’ 인정 여부가 달라진다는 것으로서 (「민법」상 소유권의 개념에 정면으로 반하는 해석일 뿐만 아니라) 납세자(소유권자)가 아닌 상대방의 주장 내용에 따라 납세자에 대한 세법상 취급이 달라진다는 점에서 매우 부당하다.

  (다) 또한, 처분청이 제시하고 있는 조세심판원 사안은 이 사건과 같이 무단점유자를 상대로 한 토지인도소송에 관한 사례들이 아니라는 점에서 이 사건에 적용될 수 없다. 즉, (i) 조심 2017부5068 결정은 공유물분할에 관한 소송 사안으로 납세의무자가 소유권에 기한 청구권을 행사한 사례가 아니며, (ii) 조심 2010서2847 결정은 공유자 지분 소유 및 근저당권 설정 등으로 인하여 재산권 행사의 제약이 있는 경우에는 부득이한 사유에 해당하지 않는다는 취지의 결정일 뿐 소유권에 관한 소송 자체가 문제된 사안이 아니다. 요컨대, ‘소유권에 관한 소송’이란 소유권에 기한 물권적 청구권을 행사하는 소송을 의미하는 것으로 보아야 한다. 처분청의 의견은, 무단점유자를 상대로 한 소유물반환(인도)청구소송 및 소유권에 기한 퇴거소송 등은 ‘소유권에 관한 소송’으로 볼 수 없다는 것에 불과한데, 이는 「민법」상 소유권의 범위 및 내용 등에 정면으로 반하는 것으로서 위법하다. 설령, 처분청 의견대로 소유권자가 무단 점유자를 상대로 소유물반환(인도)청구소송 등을 제기한 경우는 제7호의 소유권에 관한 소송에 해당하지 않는다고 하더라도, 적어도 “제7호 외의 그 밖에 정당한 사유(제13호)”에는 해당하는 것으로 보아야 할 것이다. 불법 점유자라고 하더라도 소유물반환(인도)청구소송 등 정당한 절차를 거치지 않고 자력으로 점유자를 내쫒는 경우 「형법」상 건조물침입죄 내지는 업무방해죄 등이 성립하기 때문에, 불법점유자가 당해 토지를 점유하고 있는 동안에는 사업을 진행할 수 없음이 너무나도 명백하다(대법원 1984.4.24. 선고 83도1429 판결, 대법원 2006.9.28. 선고 2006도4875 판결, 대법원 2023.2.2. 선고 2022도5940 판결 등).

(3) 조세법령은 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 법문대로 엄격하게 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 축소해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조), 건축물은 문언 그대로 적법한 건축물이든 무허가 건축물이든 관계없이 건축물인 경우를 모두 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제9호의 ‘건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지’를 적법하게 지어진 건물만으로 축소하여 해석할 아무런 근거가 존재하진 않는다. 처분청이 제시한 조심 2013서0747 결정을 보더라도 조세심판원은 무허가 건축물의 철거는 부득이한 사유에 해당함을 전제로 하여 토지상 무허가 주택이 철거된 날을 정확히 확인할 수 없기 때문에 비사업용 토지에 해당한다는 주장을 배척하였을 뿐이다. 이와 달리 처분청의 의견과 같이 무허가 건축물의 부속토지는 언제나 비사업용 토지에 해당한다는 취지의 결정이 전혀 아니다. 따라서 무허가 건축물의 멸실·철거는 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제9호의 사유에 해당하지 않는다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지①․②를 사업용으로 사용하기 위하여 노력을 다하였으므로 비사업용 토지로 볼 수 없다고 주장하면서, ‘부득이한 사유’를 해석함에 있어 서울고등법원 판례(서울고등법원 2013.5.10. 선고 2012누21620 판결)를 들고 있으나, 동 판결은 「법인세법」 제27조에 따른 업무무관자산 관련 비용의 손금불산입 여부에 대한 내용으로, 청구법인이 주장하는 해당 부동산과 사업의 연관성, 목적에 맞게 사용할 수 있는 준비기간, 장애정도, 법인의 진지한 노력 여부는 각 사업연도 소득을 구성하는 손금의 인정 여부를 판단할 때 적용될 수 있는 것으로서 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 관한 법인세 부과와는 그 법령의 취지와 목적, 범위가 엄연히 다르다.

  (가) 「법인세법」 제27조에 의한 손금 인정 여부 판단 시 사업과의 연관성 등을 판단하는 이유는 「법인세법」 제19조 제2항의 ‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로 수익과 직접 관련된 것’으로 규정하고 있기 때문이나, 비사업용 토지의 과세 여부 판단은 「법인세법」 제55조의2, 같은 법 시행령 제92조의2 및 같은 법 시행규칙 제46조의2에서 별도로 그 과세대상과 제외 범위를 구체적으로 규정하고 있어, 법인의 취득 목적․노력 여부 보다는 해당 규정에 의하여 과세대상에 해당되는지 여부가 관건이다.

  (나) 특히, ‘부득이한 사유’에 대해서도 「법인세법 시행규칙」 제26조와 제46조의2에서 별도로 규정하고 있는데, 청구법인은 「법인세법」 제55조의2에 따른 비사업용 토지 해당 여부(부득이한 사유)를 판단함에 있어 「법인세법」 제27조에 따른 규정을 끌어다 쓰는 법리 적용의 오류를 범하였다. 「법인세법」 제27조를 근거로 양도 토지가 비사업용 토지에 해당되는지가 쟁점이 된 사안에 대하여 부산고등법원(부산고등법원 2018.7.11. 선고 2018누10517 판결)에서 「법인세법」 제55조의2는 그 규정의 취지와 내용이 상이한 것으로 「법인세법」 제27조를 적용할 수 없다는 취지로 판시한 바 있다.

(2) 청구법인은 쟁점토지①과 관련하여 토지 무단점유로 인한 명도소송이 부득이한 사유에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지의 양도는 청구법인의 경제적․합리적 판단에 의한 것이다.

  (가) 청구법인은 쟁점토지①의 경우, 공사착공을 위해 착공계를 제출하였고, 토지 무단점유에 따른 명도소송으로 착공이 지연되어 부득이하게 양도한 것이라고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제92조의11, 같은 법 시행규칙 제46조의2에서 규정하는 부득이한 사유는 토지를 취득한 후에 법령, 도시계획 등에 따라 사용이 금지ㆍ제한되거나, 소유권에 대한 소송 등 소유자의 의사와는 무관하게, 혹은 자력으로 어쩔 수 없는 상황에 대하여 제한적으로 비사업용 토지에서 제외하고 있다.

  (나) 쟁점토지①은 재산세 부과 시 종합합산토지(나대지)로서, 청구법인이 3년 정도 보유 후 OOO원 가량의 양도차익 발생하였고, 이와 더불어 사업권 명목으로 OOO원을 지급받은 사실과 명도소송으로 착공이 지연되었다 하더라도, 지연된 시점에서 공사를 진행할 것인지, 양도할 것인지의 판단은 청구법인의 경제적․합리적 판단에 따른 것으로 볼 때, 청구법인이 주장하는 명도소송이 관련 법령에서 규정하는 부득이한 사유가 될 수 없다. 결과적으로 부동산 가격이 급등하던 양도시점(2021년)과는 달리, 현재는 자재비, 인건비 및 금리 상승으로 인한 건설업의 수익성 악화가 예상되었던 만큼 쟁점토지의 양도는 경제적․합리적인 판단이었음을 알 수 있다.

  (다) 국세청 유권해석도 위와 같은 사안에 대하여 토지 무단 점유에 대한 토지인도청구소송은 소유권에 관한 소송에 해당되지 않는 것으로 판단하고 있다. 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제7호에 의한 소유권에 관한 소송은 해당 부동산의 소유권 자체에 대한 다툼을 의미하는 것으로, 토지상의 무허가 건물 등에 의한 명도소송 등은 이에 해당하지 않는다.

  (라) 추가로 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항에 따른 정당한 사유가 있는지를 보면, ① 소유권에 관한 소송 등 소송과 관련된 부득이한 사유는 제7호에서 규정하고 있고, 토지 무단점유에 대한 토지인도소송은 이에 해당되지 않는다고 판단한 선례에 비추어 보았을 때, 무단점유에 따른 명도소송 자체는 부득이한 사유에 해당하지 않는다. ② 토지를 ‘취득한 후’에 법령, 도시계획 등에 따라 사용 금지, 제한 등 그 사유가 발생하여야 하나, 청구법인의 경우, c가 무단점유하고 있던 기간(2018.4.12.∼2020.7.30.) 중에도 OOO(컨테이너가 설치된 필지)’의 지분을 꾸준히 매입(2019.5.8.∼2020.6.30.)하여 왔고, 특히 명도소송이 진행되는 기간(2019.9.9.∼2020.9.2.) 중에도 OOO의 지분 1/2를 취득하는 등 무단점유 및 명도소송은 그 자체로도 부득이한 사유가 될 수 없을 뿐만 아니라, OOO의 경우 취득 전부터 해당 사건이 발생한 사실을 인지하고 취득하였으므로 부득이한 사정이 있었던 것으로 보기는 어렵다.

(3) 청구법인은 주거용 건물(OOO아파트, 지하2〜지상 35층)을 신축하고자 해당 쟁점토지②를 취득하였으나, 무허가 건축물 및 부지 인근 농작물 경작자들의 업무방해로 인하여 공사를 진행할 수 없어 부득이하게 양도하였다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지②를 4년여(2015년 9월∼2020년 4월)에 걸쳐 취득하고, 2021.2.10. ㈜b에 해당 부지 및 사업권을 일괄 양도(토지가액 : OOO원, 사업권 : OOO원)하였으며, 양도 시 일부 필지에 소재한 무허가 건물을 철거하는 작업 외에 건물 신축을 위한 착공행위는 없었으므로 철거 및 민원사항을 관련 법령에 따른 부득이한 사유에 해당한다고 볼 수 없고, 이는 청구법인의 경제적ㆍ합리적 판단에 의한 것이다.

  (가) 제3자 등과의 분쟁은 「법인세법 시행규칙」 제46조의2에 따른 부득이한 사유에 해당하지 아니하고, 국세청 유권해석도 제3자(토지 인근의 농작물 경작자)와의 분쟁은 부득이한 사유에 해당하지 않는 것으로 보았다. 또한 쟁점토지② 관련 무단 경작자는 해당 토지 소유자가 아니라 인근에서 경작하는 자들로 1인당 OOO원 전후의 합의금을 받았으며, 쟁점토지②의 소유자가 아니므로 직접적인 이해관계자라고 보기도 어렵다.

  (나) 무허가 건물의 철거는 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제9호에 따른 사유에 해당하지 않는다. 청구법인은 쟁점토지②와 관련하여 무허가 건물을 철거하였고, 철거일로부터 2년은 비사업용 토지로 볼 수 없다고 주장하나, 「지방세법」 제106조에서는 재산세 별도합산과세대상 토지의 범위를 규정하면서, 무허가 건물의 부속토지 등은 별도합산과세대상 토지에서 제외하고 있는데, 허가 등을 받지 않은 건축물 또는 주택이거나 사용승인을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않은 경우는 제외하고 있고, 이에 따라 쟁점토지②는 종합합산과세대상으로 재산세가 부과되었으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(4) 「법인세법」 제55조의2에 따라 토지 등 양도소득에 대하여 법인세를 부과하는 이유는 토지 등 부동산을 생산적인 용도에 이용하지 않고, 매매차익을 노리는 등의 부동산 투기 수요를 억제하고, 투기이익을 환수하는데 그 목적이 있고, 청구법인의 쟁점토지①ㆍ② 양도는 위 법령의 취지에 부합하므로 이 건 부과처분은 정당하다.

  (가) 청구법인이 쟁점토지①ㆍ②를 취득ㆍ양도하는 과정에 있어 아파트 등을 신축ㆍ분양할 목적이었다고 하나, 전술한 ‘부동산 취득ㆍ양도 내역’과 같이 쟁점토지를 취득하고, 법령에서 규정하는 착공 이전에 양도함으로써 의도나 목적과는 상관없이 약 OOO원의 차익이 발생하였고, 이러한 차익은 이후 매수자를 거쳐 신축될 아파트나 이후 토지 가격에 반영될 것이다.

  (나) 그리고 청구법인은 약 5년에 걸친 토지 매입, 건축허가, 발생한 민원 처리 등 노력에 대한 대가로 OOO원의 사업권 대가를 받음으로써 충분한 보상을 받았으며, 사업권과 별개로 OOO원의 토지 양도차익이 발생하였다면 이에 대한 세금부담은 당연하다 할 것이고, 이 건에 적용된 법령의 취지에도 부합한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점토지①․②를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지 등의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 법인세법

 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

 가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

 나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

 (2) 법인세법 시행령

 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 제92조의8(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위) ① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 운동장ㆍ경기장 등 체육시설용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

3. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

4. 「청소년활동진흥법」에 따른 청소년수련시설용 토지로서 동법에 따른 시설ㆍ설비기준을 갖춘 토지. 다만, 기획재정부령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지를 제외한다.

5. 종업원 등의 예비군훈련을 실시하기 위하여 소유하는 토지로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지

6. 「관광진흥법」에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업 등 기획재정부령이 정하는 휴양시설업용 토지로서 기획재정부령이 정하는 기준면적 이내의 토지

7. 하치장용 등의 토지

 　물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등(「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 당해 사업연도중 물품의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 100분의 120 이내의 토지

8. 골재채취장용 토지

　 「골재채취법」에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장에 한한다)으로부터 골재채취의 허가를 받은 법인이 허가받은 바에 따라 골재채취에 사용하는 토지

9. 「폐기물관리법」에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지

10. 광천지[광천지(청량음료제조업ㆍ온천장업 등에 사용되는 토지로서 지하에서 온수ㆍ약수 등이 용출되는 용출구 및 그 유지를 위한 부지를 말한다)]로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

11. 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따른 양어장 또는 지소(池沼)용 토지(내수면양식업ㆍ낚시터운영업 등에 사용되는 댐ㆍ저수지ㆍ소류지(小溜池) 및 자연적으로 형성된 호소와 이들의 유지를 위한 부지를 말한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

12. 블록ㆍ석물ㆍ토관제조업용 토지, 화훼판매시설업용 토지, 조경작물식재업용 토지, 자동차정비ㆍ중장비정비ㆍ중장비운전 또는 농업에 관한 과정을 교습하는 학원용 토지 그 밖에 이와 유사한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지의 경우에는 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

13. 그 밖에 제1호부터 제12호까지에서 규정한 토지와 유사한 토지 중 토지의 이용상황 및 관계 법령의 이행여부 등을 고려하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령으로 정하는 토지

⑤ 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 연접하여 있는 다수 필지의 토지가 하나의 용도에 일괄하여 사용되고 그 총면적이 비사업용 토지 해당여부의 판정기준이 되는 면적(이하 이 항에서 “기준면적”이라 한다)을 초과하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 해당 호의 각 목의 순위에 따른 토지의 전부 또는 일부를 기준면적 초과부분으로 본다.

1. 토지 위에 건축물 및 시설물이 없는 경우

 가. 취득시기가 늦은 토지

 나. 취득시기가 동일한 경우에는 법인이 선택하는 토지

2. 토지 위에 건축물 또는 시설물이 있는 경우

 가. 건축물의 바닥면적 또는 시설물의 수평투영면적을 제외한 토지 중 취득시기가 늦은 토지

 나. 취득시기가 동일한 경우에는 법인이 선택하는 토지

⑥ 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지 위에 하나 이상의 건축물(시설물 등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 있고, 그 건축물이 법인의 특정 사업에 사용되는 부분(다수의 건축물 중 특정 사업에 사용되는 일부 건축물을 포함한다. 이하 이 항에서 “특정용도분”이라 한다)과 그러하지 아니한 부분이 함께 있는 경우 건축물의 바닥면적 및 부속토지면적(이하 이 항에서 “부속토지면적등”이라 한다) 중 특정용도분의 부속토지면적등의 계산은 다음 산식에 의한다.

1. 하나의 건축물이 복합용도로 사용되는 경우

　 특정용도분의 부속토지면적등＝건축물의 부속토지면적등×특정용도분의 연면적/건축물의 연면적

2. 동일경계 안에 용도가 다른 다수의 건축물이 있는 경우

　 특정용도분의 부속토지면적＝다수의 건축물의 전체 부속토지면적×특정용도분의 바닥면적/다수의 건축물의 전체 바닥면적

⑦ 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 업종의 분류는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」 제17조의 규정에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다.

 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

 (3) 법인세법 시행규칙

 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

 (4) 지방세법

 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

 (5) 지방세법 시행령

 제103조의2(철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 범위) 법 제106조 제1항 제2호 다목에서 “대통령령으로 정하는 부속토지”란 과세기준일 현재 건축물 또는 주택이 사실상 철거ㆍ멸실된 날(사실상 철거ㆍ멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거ㆍ멸실된 날을 말한다)부터 6개월이 지나지 아니한 건축물 또는 주택의 부속토지를 말한다. 이 경우 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 허가 등을 받지 않은 건축물 또는 주택이거나 사용승인을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않은 경우는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 건축물 착공신고 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인의 쟁점토지①에 대한 취득현황은 아래 <표2>와 같고, 취득 후 양도 시까지 주요 사건 발생내용 및 청구법인의 주장은 아래 <표3>과 같다.

<표2> 쟁점토지① 취득현황

<표3> 쟁점토지① 관련 사건 발생내용

  (나) 처분청은 쟁점토지①에 대하여 청구법인이 아래 <표4>와 같이 c가 무단점유하고 있던 기간(2018.4.12.～2020.7.30.) 중에도 OOO(컨테이너가 설치된 필지)’의 지분을 꾸준히 매입(2018.5.8.～2020.6.30.)하였고, 특히 명도소송이 진행되는 기간(2019.9.9.～2020.9.2.) 중에도 OOO의 지분 2분의 1을 취득하는 등 무단점유 및 명도소송은 그 자체로도 부득이한 사유가 될 수 없을 뿐만 아니라, OOO의 경우 취득 전부터 해당 사유가 있음을 인지하고 취득하였으므로 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제7호에 따른 ‘당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속 중인 토지’로 볼 수 없다는 의견이다.

<표4> 쟁점토지① 관련 소송내용

  (다) 청구법인은 쟁점토지②와 관련하여, 먼저 부산광역시 부산진구 OOO임야 3,967㎡ 중 지분 39,670분의 31,362를 OOO으로부터 2015.9.21. 매수하였는데, 건축공사를 위해서는 공유물분할을 통해 청구법인이 단독 소유자가 되어야 하나, 다른 공유지분권자들이 공유물분할 요청을 거부하여 법원에 공유물분할청구소송을 거쳐 약 3년 6개월 만에 공유물분할을 완료할 수 있었고, 동 기간 동안에는 건축공사에 착수할 수 없었으며, 또한 당시 불법으로 토지를 점유하고 있던 판잣집 100여 세대가 부산광역시청 및 부산광역시 부산진구청 등에 전방위적인 민원을 제기하여 건축공사가 진행되지 못하는 등 동 기간을 비사업용 토지의 기간에서 제외하여야 한다고 주장하는바, 주요 사건 발생내용 및 청구법인 주장내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점토지② 관련 사건 발생내용

  (라) 처분청은 쟁점토지②에 대하여 민원제기 등에 따른 사항은 관련 법령에 의한 정당한 사유로 볼 수 없고, 공유물분할소송은 소유권에 관한 소송이 계속 중인 토지가 아니며, 무허가 건축물 등의 철거와 관련하여서는 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제9호가 적용되지 않는다(재산세 또한 종합합산과세대상으로 과세됨)는 의견이다.

(2) 청구법인이 쟁점토지①․②와 관련하여 제출한 사업계약내용 등은 아래 <표6>, <표7>과 같다.

<표6> 쟁점토지① 관련 건축계약 체결내용

<표7> 쟁점토지② 관련 건축계약 체결내용

(3) 청구법인 등과 c 사이에 제기된 부동산인도 등 소송(창원지방법원 2020.4.16. 선고 2019가합54781 판결) 판결문을 보면, c는 쟁점토지① 일부OOO에 대해 처분금지가처분 신청을 하여 2018.2.22. 인용결정을 받았고, 2018.4.12.부터 OOO토지 지상에 컨테이너를 설치하여 쟁점토지①OOO에서 주차장 영업을 해왔으나, 동 판결에서 토지 인도 및 점유사용에 따른 부당이득금을 반환하라는 판결을 받았다.

(4) 청구법인은 쟁점토지①․②를 취득하여 생활형 숙박시설(쟁점토지①, 대지 5,925㎡) 및 OOO아파트(쟁점토지②, 대지 21,789㎡) 신축․분양사업을 계획․진행하다가 매도한 것으로 보이는데, 매수법인들은 이 건 심리일 현재 분양을 완료(OOO쟁점토지①)하였거나, 아파트 분양사업을 추진(쟁점토지②) 중에 있는 것으로 확인된다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저 쟁점토지①에 대하여 본다.

 청구법인은 쟁점토지①(연접되어 있는 2필지)을 취득하여 생활형 숙박시설 신축․분양사업을 진행하였는데, 쟁점토지①을 취득한 기간(2018.2.28.〜2019.6.5.) 중 쟁점토지 전 소유자OOO의 채권자인 c가 2018.2.22. 쟁점토지 일부OOO에 가처분등기(2018.2.21. 서울중앙지방법원 2018카합20065 결정, 피보전권리 : 사해행위취소에 의한 원물반환청구권)를 한 후 2020년 4월경까지 주차장으로 사용해 왔던 사실이 있으므로 청구법인의 토지 취득 시부터 c와의 소송 종결 시까지의 기간은 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제7호의 ‘당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지’ 또는 제13호의 ‘정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’에 해당한다고 주장한다.

 그러나, 비사업용 토지 해당 여부와 관련하여「법인세법 시행령」 제92조의11 제1항 제1호에서 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”는 그 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있고, 같은 항 제3호에서 “그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”는 기획재정부령으로 정하는 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 규정하면서, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제7호는 “당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지”의 경우 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간 동안, 제13호는 “당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지”의 경우 당해 사유가 발생한 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있는데, 그 문언상 부동산의 취득 후에 어떠한 제한이나 사유가 발생한 경우 또는 소송이 제기된 경우에 특례를 적용하는 것인바, 부동산을 취득하기 전에는 없었던 법령상 금지나 제한, 소유권에 관한 소제기 또는 정당한 사유가 그 취득 후에 발생하여 본래 의도한 목적대로 사용하지 못한 상황이 발생한 경우를 전제하고 있는 점, 이해관계자인 c가 2018.2.22. 쟁점토지①에 관하여 제기한 처분금지 가처분등기 및 사해행위취소소송은 소유권에 관한 소송으로 보기 어려운 측면이 있고, 설령 이를 소유권에 관한 소송으로 볼 수 있다고 하더라도 청구법인의 쟁점토지①에 관한 소유권 취득일은 2018.2.28.〜2020.6.30.로 부동산을 취득한 후 어떠한 제한이나 사유가 발생한 경우로 볼 수 없는 점 등에 비추어, 쟁점토지①을 비사업용 토지에서 제외할 만한 법령상 요건에 해당한다거나 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점토지②에 대하여 본다.

 청구법인은 건축물이 정착되어 있는 토지를 취득한 후 철거공사를 진행하여 당해 토지의 취득일부터 2년간은 비사업용 토지로 보지 아니하는 기간에 산입될 수 있고, 무단으로 농작물을 경작한 자들이 다수 존재하여 이들과 합의를 하는 등 공사를 진행하기 위해 노력을 다하였음에도 토지 양도시점까지 공사를 진행하는 것이 불가능하였으므로 사실상 장애사유에 의하여 사업용으로 사용하지 못한 경우로서 동 기간은 비사업용 토지로 사용한 기간에 포함되지 아니한다고 주장한다.

 그러나, 「법인세법」 제55조의2 제2항은 제1항 제3호의 비사업용 토지를 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지로 정하고 있고, 제4호에서 농지, 임야 및 목장용지 외 토지는 토지 등의 양도소득에 대한 과세 특례가 적용되는 비사업용 토지로 규정하되, 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 예외를 인정하고 있는데, 쟁점토지는 ‘대지’로서 「법인세법」 제55조의2 제2항 제4호 각 목, 같은 법 시행령 제92조의8 제1항 각 호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 각 호에서 정한 비사업용 토지 제외사유에도 해당하지 않는 점, 법인이 소유한 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기적 이익을 환수하려는 것인바, 청구법인은 쟁점토지②에 실제 공사를 착공하지 아니하고 양도한 점, 건축물이 정착되어 토지를 취득하여 이를 철거한 경우 관련 법령에서 2년간은 비사업용 토지로 보지 아니하고 있으나, 등기․등록되어 있는 건축물이 아닌 불법 건축물의 경우 이에 해당되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지②를 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2022서2069, 2022.6.7., 같은 뜻임).

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.