주 문

이 건 과세전적부심사청구는 【불채택】결정합니다.

이 유

1. 통지내용

가. 청구법인은 부동산신탁회사로, 관리형 토지신탁 업무를 수행하고 있다. 관리형 토지신탁이란 부동산개발사업을 위하여 위탁자가 수탁자인 신탁회사에 토지를 신탁하고 신탁회사는 위탁자의 사업주체로서의 권리·의무를 승계하여 부동산 사업과 관련된 인·허가, 건설 및 준공, 분양계약 등의 제반업무를 수행하는 방식이다.

나. 청구법인은 2019년부터 2022년까지 위탁자와 관리형 토지신탁 계약을 체결하여 사업주체가 건축주인 위탁자에서 수탁자인 청구법인으로 변경됨에 따라 총 ○○통의 공사도급계약 승계계약서를 작성하였다.

다. 조사청은 청구법인 법인통합조사 결과 청구법인이 2019년부터 2022년까지 작성한 승계계약서는 과세문서에 해당하여 인지세를 납부했어야 한다고 하며 2024.1.25. 인지세 납부누락분 ○○원을 과세하겠다는 세무조사결과통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 대하여 2024.2.23. 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 실질적인 재산권의 변동을 가져오지 않는 신탁계약에 따른 승계계약서에 대해 인지세를 부과하는 것은 이중과세에 해당하여 시정되어야 한다.

 1) 인지세는 재산권변동의 법적 효력을 가진 문서 작성에 부과되는 조세다.

  가) ｢인지세법｣ 제1조는 “국내에서 재산에 관한 권리 등의 창설·이전 또는 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서를 작성하는 자는 이 법에 따라 그 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다”고 규정하고 있다.

  나) 인지세는 법적으로 재산권 변동을 증명할 수 있는 계약서 등 문서가 유효하게 작성될 때 해당 문서를 과세대상으로 하여 부과하는 세금으로, 국가에 인지세를 납부하면 해당문서의 법적 효력을 인정받고 거래의 신뢰성도 보장받게 된다.

  다) 우리나라 ｢인지세법｣은 법률적 효과를 발생시키는 모든 문서를 과세대상으로 하고 있지 않고, 재산권의 변동을 증명할 수 있는 문서를 과세대상으로 한다.

 2) 인지세는 실질과세원칙에 의거하여 실질적인 재산권의 변동을 가져오는 과세문서에 부과되어야 하며 위탁자는 재산권의 변동을 가져오는 도급계약서 작성 시 인지세를 이미 납부하였으므로, 재산권의 변동을 가져오지 않는 승계계약서에 다시 인지세를 과세하는 것은 이중과세에 해당한다.

  가) 부동산개발사업의 경우 사업시행사(토지소유자)가 수분양자로부터 받은 분양대금을 다른 목적으로 유용하여 부동산에 제한물권(유치권, 저당권 등)이 설정되거나, 시행사와 시공사 간 분쟁으로 준공 및 입주기한이 지연되는 경우 수분양자는 재산권을 행사하지 못하는 불안정한 위치에 놓이게 된다.

  나) 관리형 토지신탁은 이러한 단점을 보완하기 위하여 신탁회사가 시행사의 권한을 받아 안정적으로 개발사업을 추진하는 방식이다. 관리형 토지신탁의 경우 제도상 부동산의 소유권이 위탁자에서 신탁회사로 이전되도록 하고 있으나, 위탁자는 토지 신탁 시 신탁회사로부터 매매대금 명목으로 어떠한 금전도 수취하지 않고, 신탁회사가 신탁재산을 건설 또는 택지조성하고 이를 분양 또는 임대한 후 발생한 수익을 위탁자에게 돌려주게 된다.

  다) 실질과세원칙 상 신탁재산의 소유권자는 위탁자이며 동 신탁재산에서 발생하는 소득의 귀속자 또한 위탁자다. 따라서 인지세 과세대상은 신탁재산을 개발하는 과정에서 재산권의 변동을 증명하기 위하여 위탁자와 공사도급수급인 간 작성된 공사도급계약서 또는 위탁자와 건축사 간 수임계약서이며, 위탁자, 신탁회사, 공사도급수급인 또는 건축사 간 작성하는 승계계약서는 신탁제도를 활용하는 과정에서 부수적으로 작성하는 문서에 불과하여 실질적인 재산권의 변동을 가져오는 효력이 없으므로 실질과세원칙 상 승계계약서에는 인지세를 부과할 수 없다. 실질적 재산권 변동을 가져오지 않는 승계계약서에 인지세를 과세한다면 이는 실질과세원칙에 어긋나는 이중과세에 해당하는 것이므로 시정되는 것이 타당하다.

나. ｢신탁법｣에 따른 소유권의 이전을 재산권의 변동으로 인정하더라도 관리형 토지신탁 상 승계계약서는 권리 및 의무의 승계로 계약당사자가 변경됨에 따라 작성되는 것이므로 ｢인지세법 기본통칙｣ 1-1…5 규정의 취지에 따라 승계계약서에 대해 다시 인지세를 과세하지 않는 것이 타당하다.

 1) 국세청은 권리 및 의무가 포괄적으로 승계되는 경우에는 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 않는다고 해석하였다.

  가) ｢인지세법 기본통칙｣ 1-1…5 규정은 “상속인, 합병으로 존속하거나 신설되는 법인 또는 사업양수인이 피상속인·소멸법인 또는 사업양도인이 작성하여 사용하던 문서를 권리의무를 포괄적으로 승계하는 상속인 등의 명의로 명의변경하여 계속 사용하더라도 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다”고 규정하여 권리 및 의무가 포괄적으로 승계되는 상속, 합병, 사업양수도 등의 경우에 계약당사자가 변경됨으로 인하여 불가피하게 작성하는 승계계약서는 새로운 인지세 과세대상 문서에 해당하지 않는 것으로 해석하고 있다.

  나) 이는 상속, 합병, 사업양수도의 경우 피상속인, 피합병법인 또는 사업양도인의 권리 및 의무가 상속인, 합병법인, 또는 사업양수인에게 포괄적으로 승계되는 바, 권리 및 의무의 포괄승계를 위하여 계약당사자 변경도 불가피하므로 불가피성을 인정하여 권리 및 의무를 승계함에 따라 작성되는 승계계약서에 대해서는 또 다시 인지세를 과세하지 않겠다는 데에 그 취지가 있다.

  다) 국세청은 질의회신(서면-2020-소비-0388, 2020.1.23.)을 통해서도 사업양수도의 경우 계약당사자를 변경할 목적으로 새로운 문서를 작성하더라도 동 새로운 문서의 작성을 인지세 과세대상 문서를 새롭게 작성한 것을 보지 아니하겠다고 회신한 바 있다.

  라) 국세청은 회사가 분할됨으로 인해 도급계약서 상 계약당사자를 분할법인에서 분할신설법인으로 변경할 목적으로 도급계약 승계계약서를 새롭게 작성하는 경우에도 ｢인지세법 기본통칙｣ 1-1…5 규정을 준용하여 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다고 회신하였다(소비세과-173, 2013.6.12.)

  마) 국세청의 위와 같은 회신은 분할의 경우에도 합병 또는 사업양수도와 유사하게 분할계획서에 정해진 권리 및 의무의 승계로 인해 불가피하게 당사자만을 변경한 것이므로 ｢인지세법 기본통칙｣ 1-1…5 규정을 준용하여 인지세 과세대상이 아니라고 판단한 것이다.

 2) 관리형 토지신탁은 부동산개발사업에 대한 권리 및 의무가 포괄적으로 승계된다는 점에서 특정 사업부문에 대한 권리 및 의무가 포괄승계되는 분할 또는 사업양수도와 그 성격이 같다.

  가) ｢신탁법｣ 제31조는 “수탁자는 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 신탁재산의 관리, 처분 등을 하고 신탁 목적의 달성을 위하여 필요한 모든 행위를 할 권한이 있다. 다만, 신탁행위로 이를 제한할 수 있다”고 규정하고 있다.

  나) 관리형 토지신탁의 경우 부동산개발사업의 사업주체가 위탁자에서 신탁회사로 변경되는 바, 신탁회사가 부동산 개발사업의 사업주체 지위를 승계받는다는 것은 단순히 신탁재산만을 승계받는 것이 아닌, 부동산 개발사업 전반의 권리 및 의무를 위탁자로부터 승계받는 의미이다.

  다) 대법원은 “부동산 신탁에서 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되고, 위탁자의 내부관계에서 소유권이 위탁자에게 유보되는 것은 아니며, 신탁재산의 관리·처분·멸실·훼손 기타의 사유로 수탁자가 얻은 재산은 신탁재산에 속하게 된다”(2014.8.28. 선고 2013두14696 판결 참조)고 판시하여 부동산신탁계약이 체결되면 신탁부동산에 대한 개발사업 시행자로서의 권한은 신탁회사에 승계되는 것으로 판단하였다.

  라) 관리형 토지신탁의 경우 신탁사는 부동산 개발사업 전반에 대한 사업주체로서의 지위, 즉 사업주체로서의 권리 및 의무를 승계한다는 점에서 특정 사업부문에 대한 권리의무를 승계하는 분할 및 사업양수도와 그 성격이 같다.

다. 공사도급수급인, 건축사 등의 입장에서 볼 때 위탁자가 부동산 개발사업을 직접 수행하는 대신 관리형 토지신탁을 이용하여 사업을 진행한다면 1건의 용역임에도 인지세를 이중 부담하는 불합리한 결과가 발생한다.

 1) 공사도급수급인, 건축사 등은 부동산개발사업을 위하여 위탁자와 도급계약 등을 체결할 때 각자 용역대가에 해당하는 인지세를 납부한다. 그런데 조사청의 논리대로라면 위탁자가 부동산개발사업의 안정적 진행을 위하여 관리형 토지신탁을 이용하기로 결정할 경우, 공사도급수급인 및 건축사는 도급계약의 주요내용(용역범위, 용역대가 등)에 변동이 없음에도 불구하고 승계계약서에 대하여 인지세를 또 다시 납부해야 한다.

 2) 공사도급수급인 및 건축사 입장에서는 부동산개발사업이 신탁에 의해 진행되는지 여부에 따라 인지세를 이중으로 납부하게 되는 제도상 불합리가 발생한다. 부동산개발사업에 있어 을의 입장에 놓인 공사도급수급인, 건축사 등의 입장에서 신탁 여부는 본인들이 결정할 수 없는 사항임에도 단순히 신탁에 의해 사업을 진행한다는 이유만으로 인지세를 이중으로 부담하게 된다.

라. 결론

 실질적인 재산권의 변동을 가져오지 않는 승계계약서에 대한 인지세 부과는 인지세 이중과세 문제를 만들며, 동일하게 권리 및 의무가 포괄적으로 승계되는 분할이나 사업양수도의 사례와 달리 인지세를 이중 부담시키는 불합리함이 있다. 따라서 이 건 과세전적부심사청구는 채택되어야 한다.

3. 조사청 의견

가. 관리형 토지신탁은 사업시행자인 위탁자가 사업과 관련된 권리의무를 수탁자인 신탁회사에 이전하여 수탁자가 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 부동산 개발사업을 진행하는 신탁행위다. 대법원도 신탁회사가 수탁자로서 사업시행자의 지위를 승계하여 신탁된 토지에서 개발사업을 시행한 경우에 개발이익은 수탁자에게 실질적으로 귀속된다고 보고 있다. 토지 소유권 뿐만 아니라 건축주 명의를 포함한 모든 인허가 명의, 공사도급계약, 설계 및 감리계약 등 모든 계약의 당사자가 수탁자인 신탁회사로 변경된다.

나. ｢인지세법 기본통칙｣ 2-2…1 제2호는 “계약서란 계약당사자간에 있어서 계약의 성립 사실을 증명할 목적으로 작성하는 문서”라고 규정하고 있고, ｢인지세법 기본통칙｣ 2-2…2 제3항은 “과세문서를 작성한 후 당해 문서의 내용과 관계없이 별개의 과세사항을 추기 또는 부기를 한 때에는 새로운 문서를 작성한 것으로 본다.”고 규정하고 있다. 따라서 기존 계약과는 별개로 재산에 관한 권리관계를 창설·변경하는 문서는 인지세 과세대상에 해당한다.

다. 본 건 승계계약서는 위탁자와 시공사 간에 기체결한 공사도급계약을 수탁자로 사업주체를 변경한 후 삼자간 승계계약을 체결하기로 명시한 신탁계약에 의하여 사업주체를 변경한 후 기존 공사도급계약에 대한 권리와 의무를 위탁자로부터 새로운 사업주체인 수탁자로 변경하기 위한 것이다. 따라서 승계계약서는 기존 공사도급계약서에 따라 창설된 권리·의무 관계를 수탁자로 계약당사자를 변경하여 공사도급계약을 체결함으로써 새로운 권리·의무 관계를 창설하는 계약서이므로 새로운 문서를 작성한 것으로 봄이 타당하다.

라. ｢인지세법 기본통칙｣ 1-1…5는 상속, 합병 또는 사업양수도라는 특수한 경우에 해당되는 것으로, 청구인의 사실관계와 차이가 있다. 따라서 위탁자와 수탁자간에 체결한 신탁계약에 의하여 사업주체가 변경됨에 따라 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 도급계약당사자를 변경하는 것이므로 인지세 과세대상에 해당한다. 따라서 이 건 과세전적부심사청구는 불채택되어야 한다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 실질적인 재산권 변동을 가져오지 않는 공사도급계약 승계계약서에 대한 인지세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 인지세법 제1조【납세의무】(2018.12.31. 법률 제16106호로 개정된 것)

  ① 국내에서 재산에 관한 권리 등의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서를 작성하는 자는 해당 문서를 작성할 때에 이 법에 따라 그 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다.

  ② 2인 이상이 공동으로 문서를 작성하는 경우 그 작성자는 해당 문서에 대한 인지세를 연대(連帶)하여 납부할 의무가 있다.

 2) 인지세법 제2조【정의】

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "증서"란 재산에 관한 권리의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 그 밖에 이를 증명할 목적으로 작성하는 문서를 말한다.

   2. "통장"이란 하나의 문서로서 반복적인 거래 사실을 표시할 수 있도록 편철(編綴)된 문서를 말한다.

 3) 인지세법 제3조【과세문서 및 세액】

① 인지세를 납부하여야 할 문서(이하 "과세문서"라 한다) 및 세액은 다음과 같다.

  ② 제1항 각 호의 과세문서는 통장의 경우 1권마다, 통장 외의 과세문서의 경우 1통마다 해당 인지세를 납부하여야 한다.

  ③ 제1항 각 호의 과세문서에는 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제2조에 따른 전자문서(「전자단기사채등의 발행 및 유통에 관한 법률」에 따른 전자단기사채 등 대통령령으로 정하는 전자문서는 제외하며, 이하 "과세대상 전자문서"라 한다)를 포함한다.

  ④ 제1항 각 호의 과세문서에 대해서는 명칭이 무엇이든 그 실질적인 내용에 따라 이를 적용한다.

  ⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 과세문서의 판단 및 구분에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3-1) 인지세법 시행령 제2조의3【도급 및 위임 문서의 범위】(2019.2.12.대통령령 제29536호로 개정된 것)

  법 제3조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   1. 「건설산업기본법」 제22조에 따라 작성하는 도급문서

다. 사실관계

 1) 표준 관리형 토지신탁계약서 주요내용(생략)

 2) 표준 공사도급계약 승계계약서 주요내용(생략)

라. 판단

 1) 관련 법리

  가) 부동산 신탁에서 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되고, 위탁자의 내부관계에서 소유권이 위탁자에게 유보되지는 아니하며 신탁재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 멸실, 훼손, 그 밖의 사유로 수탁자가 얻은 재산은 신탁재산에 속하게 되므로 토지 소유자인 사업시행자가 부동산신탁회사에 토지를 신탁하고 부동산신탁회사가 수탁자로서 사업시행자의 지위를 승계하여 신탁된 토지에서 개발사업을 시행한 경우에 그 토지가액의 증가로 나타나는 개발이익은 해당 개발토지의 소유자이자 사업시행자인 수탁자에게 실질적으로 귀속된다(대법원 2014.8.28. 선고 2013두14696 판결 참조).

  나) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니된다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 참조).

  다) 위탁자와 신탁회사 등 간에 체결한 관리형 토지신탁 계약에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 도급계약의 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성하는 것이므로 인지세법 제3조 제1항 제3호에 따른 과세문서에 해당한다(서면-2022-소비-5009, 2022.12.22. 참조).

 2) 공사도급계약 승계계약서는 실질적인 재산권 변동을 가져오지 않아 이에 대한 인지세 부과는 부당한지에 대한 판단

  가) 관련 법리와 앞서 살핀 사실관계 및 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 공사도급계약 승계계약서는 인지세가 부과되는 과세대상 문서에 해당한다.

 ①공사도급계약 승계계약서는 실질적으로 사업주체를 위탁자에서 신탁회사로 변경시키는 효과를 가지며, 공사도급계약에서 도급 또는 위임의 내용을 변경하여 인지세법 기본통칙 2-2…2 제4항에 규정된 중요한 사항에 변동을 가져오는 경우에 해당하여 인지세가 부과되는 과세문서를 작성한 것으로 보는 것이 타당하다.

  ② 위탁자와 신탁회사가 체결한 관리형 토지신탁계약과 위탁자 및 신탁회사 그리고 시공사가 체결한 공사도급계약 승계계약서는 계약체결 주체가 다르고 계약의 본질적 내용이 달라 서로 다른 과세문서에 해당하는 바, 공사도급계약 승계계약서를 관리형 토지신탁계약의 부수적 문서에 불과하다고 볼 수 없고, 도급계약 당사자를 변경하는 새로이 작성된 재산에 관한 권리 등의 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서로 봄이 타당하며 공사도급계약 승계계약서에 대한 인지세 부과를 이중과세라고 볼 수 없다.

 ③ 분할계약·영업양수도계약과 달리 공사도급계약 승계계약은 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 것이 아니라 공사도급계약에 한정하여 건축주의 법적 지위를 신탁회사가 승계하는 것이므로 본질적 차이가 있는 바, 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로 분할계약이나 영업양수도계약에 대한 해석을 공사도급계약 승계계약서에 유추해석할 수 없다.

  나) 따라서 공사도급계약 승계계약서에 대하여 인지세를 부과하겠다는 세무조사결과통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.