1.처분개요

가. 청구법인은 2015.3.2. 설립된 건설용 석자재 도매업체로 현재 OOO에서 사업을 영위하고 있다.

나. 처분청은 2023.3.2.〜2023.8.31. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 건설용 석자재를 공급하고 OOO원의 매출신고를 누락하였다고 보아 2023.10.10. 아래 <표1>과 같이 부가가치세 및 법인세를 경정·고지하는 한편, 아래 <표2>와 같이 OOO원을 대표이사들에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

<표1> 법인세 및 부가가치세 고지내역

(단위 : 원)

<표2> 소득금액변동통지내역

(단위 : 원)

* 국세통합전산망상 청구법인의 대표이사들로 확인되는 사람들임

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.29. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

 (1) 처분청이 청구법인에서 석자재 주문 및 발주내역을 관리하기 위해 자체적으로 사용하는 경영정보시스템을 근거로 매출누락액을 산정한 것은 잘못이다.

  (가) 청구법인은 매출처에서 건설용 석자재를 구매하겠다고 의사를 표현하면 중국업체에게 발주하여 수입한 석자재를 매출처 건설현장으로 납품하고 있는데, 매출처로부터 석자재 수주내역 및 중국업체에 발주한 내역을 청구법인에서 자체적으로 사용하는 경영정보시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다)에 입력하고 있다.

   처분청은 쟁점시스템에 입력되어 있는 수주금액을 청구법인의 실제 매출액으로 보아 그 금액과 청구법인이 신고한 매출액과의 차이를 매출신고 누락액으로 보았으나, 쟁점시스템은 일부 기능의 개발이 완료되지 아니하여 세무회계 목적으로 사용하기에 부적합한바, 청구법인은 실제 석자재가 공급될 때 정확한 매출을 더존 프로그램에 기입하여 관리하고 있다.

  (나) 직원들의 입력 실수로 쟁점시스템에 수주 및 출고내역이 잘못 기재되는 경우가 발생하는바 쟁점시스템을 근거로 매출누락액을 산정하는 것은 적절하지 않다.

   1) 청구법인의 일산본사, 인천하치장, 평택하치장 직원들은 쟁점시스템을 사용하여 주문내역 및 출고내역을 입력하는데, 입력 이후 별도의 승인절차가 없다 보니 직원들이 동일한 주문을 이중으로 입력하거나 매출처가 주문을 취소하여도 이를 입력하지 않아 중국에서 수입된 석자재가 하치장에 방치되는 경우가 발생한다.

    또한, 일산본사, 인천하치장, 평택하치장 직원들은 동일한 수주물건에 대해 중복해서 출고처리를 하는 경우가 발생하는 등 쟁점시스템상 주문 및 출고내역은 오류가 많은바, 해당 시스템을 근거로 청구법인의 정확한 매출액을 산정하는 것은 불가능하다.

   2) 청구법인은 건설현장에 석자재를 납품하기 전 전체 팔레트를 일일이 확인할 수 없어 수입된 물품의 외견상 모습을 눈으로만 확인하고 있는데, 석자재는 천연 자재로 공산품과 같이 규격화된 제품이 아니어서 매출처에서 주문한 물품과 색상이나 사이즈가 다르거나 석자재가 일부 파손된 상태로 납품되는 문제가 있어 반품되는 경우가 있는바, 쟁점시스템상 출고내역이 존재한다는 이유만으로 실제 매출이 발생한 것으로 볼 수 없다.

    이에 따라 청구법인은 매출처에서 납품된 석자재의 검수를 완료한 시점에 매출을 인식하여 세금계산서를 발행하고 있다.

   3) 청구법인이 판매하는 석자재는 천연 재료로서 그 특성상 이색문제(납품한 석자재의 색깔이 주문내역과 차이가 나서 발생하는 문제), 재료 파손 등의 문제가 자주 발생하여 중국에 석자재를 재발주 하는 경우가 자주 있는데, 쟁점시스템에는 최초 발주와 재발주를 관리하는 기능이 없어 동일한 주문에 대해 발주내역이 2회 이상 있는 경우가 있다.

 (2) 처분청 의견과 같이 쟁점시스템을 근거로 매출누락액을 산정하는 것이 타당하다고 하더라도, 청구법인에서 매출처에 석자재를 납품한 이후 반품된 석자재의 판매액은 매출누락액에서 차감되어야 한다.

  (가) 청구법인의 매출처들은 현장에 입고된 석자재를 정리하는 과정에서 문제가 발견되면 시공 전 또는 시공 시 반품을 요청하거나 자재 대금의 감액을 요구하는데, 이에 따라 발생하는 아래와 같은 항목들은 청구법인의 매출누락액에서 제외되어야 한다.

   1) 청구법인은 건설현장에 납품된 석자재의 하자의 책임이 청구법인에 있는 것으로 확인되는 경우에는 현금으로 환불해 주고 있는데, 이를 ‘A/S환불’이라고 칭하여 별도 엑셀파일에서 관리하고 있다.

   2) 청구법인은 이미 건설현장에 납품된 석자재의 하자의 책임이 불분명해 매출처와 협의 중에 있는 자재는 일단 반품처리를 한 후 추후 협의결과에 따라 매출처가 다른 건설현장에서 해당 자재를 사용하거나 청구법인이 추후 지급받을 매출대금에서 감액하고 있는데, 이를 ‘반품미처리’라고 칭하여 별도 엑셀파일로 관리하고 있다.

  (나) 청구법인은 하치장에 반품된 석자재들을 가득 쌓아 놓고 있는데, 처분청도 청구법인의 평택하치장을 방문하여 이를 확인하였다.

   청구법인은 반품된 석자재가 증가하여 보관 중인 석자재뿐만 아니라 매출처로부터 회수하지 못한 미수금도 2016년부터 크게 증가하였다.

  (다) 처분청은 청구법인의 엑셀파일에서 관리하고 있는 ‘A/S환불’, ‘반품미처리’ 내역을 인정하지 않으면서 이를 대손금으로 보아야 한다는 의견이나, 매출처의 검수를 통과하지 못한 석자재의 납품가액은 매출액에서 차감되어야 한다.

나.처분청 의견

(1) 처분청이 쟁점시스템에 기재되어 있는 석자재 출고금액을 청구법인의 실제 매출액으로 보아 청구법인이 신고한 매출액과의 차액을 매출누락액으로 산정한 이 건 처분은 타당하다.

  (가) 처분청은 청구법인에 대한 조사 시 쟁점시스템을 발견한 후, 쟁점시스템에 접속하기 위한 아이디 및 비밀번호를 요청하였음에도 청구법인의 직원들은 이에 응하지 아니하였고, 처분청이 포렌식을 실시하기 위해 쟁점시스템이 구축되어 있는 서버를 예치하면 한 달 이상 쟁점시스템을 사용할 수 없다고 하자 뒤늦게 아이디와 비밀번호를 알려주었는바, 이는 쟁점시스템이 매출내역 관리를 위해 청구법인에게 반드시 필요함을 방증하는 것이다.

   처분청이 확보한 쟁점시스템에는 제품 출고일, 담당자, 거래처 상호, 거래처 대표자, 거래처 사업자번호, 거래처 ID, 출고금액, 출고 부가가치세, 현장명 등 40개 항목이 기재되어 있는바, 그 입력 내용을 신뢰할 수 있다.

  (나) 처분청은 쟁점시스템에 기재되어 있는 ‘석자재 출고금액’을 청구법인의 실제 매출액으로 보았는데, 처분청에서 청구법인에 대한 예치 조사 시 확보한 ‘사업장별 매출현황 파일’, ‘2022년 신년업무회의 자료’, ‘2023년 신년업무회의’에 기재되어 있는 매출액은 쟁점시스템상 출고금액의 합계액과 유사하였다.

   특히, 청구법인이 보관하고 있던 ‘사업장별 매출현황’은 반품액까지 반영되어 있는 2015년 6월부터 2022년 1월까지의 월별 매출액으로 쟁점시스템상 월별 출고액은 해당 자료의 월별 매출액과 유사하였다.

  (다) 청구법인은 대표이사 외에 지인, 직원들의 명의를 빌려 개설된 차명계좌를 이용하여 상당한 수입대금을 지급받아 왔는바, 청구법인이 신고한 매출액을 신뢰할 수 없다.

   청구법인은 OOO 프로그램을 이용하여 신고된 매출액만을 관리하였을 뿐 차명계좌를 통해 지급받은 금액에 대해서는 매출신고를 하지 아니하였는바, OOO 프로그램이 아닌 쟁점시스템과 같이 청구법인의 전체 매출액을 관리할 수 있는 프로그램이나 장부가 필요했을 것으로 보인다.

  (라) 청구법인은 쟁점시스템이 개발완료된 프로그램이 아니고, 직원들이 실수로 잘못 입력하는 경우가 많아 신뢰할 수 없다고 주장하나, 청구주장과 같이 문제가 많은 프로그램을 전 직원이 개업 이후 계속해서 10년간 사용할 이유가 없다.

  (마) 청구법인은 매출처의 검수가 완료된 이후 매출을 인식한다고 주장하나, 매출처와 작성한 계약서에 검수 조건부 계약임을 표시하는 문구가 없고, 매출처에서 납품된 물품을 검수한 사실을 확인할 수 있는 증빙도 제출하지 않았다.

 (2) 청구법인이 제시한 반품내역(A/S환불, 반품미처리)은 제출 자료의 신빙성이 의심될 뿐만 아니라, 처분청이 청구법인의 매출액으로 본 금액에는 이미 반품액이 반영되어 있으므로 A/S환불액과 반품미처리액을 매출누락에서 차감하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

  (가) 처분청에서 예치한 ‘사업자별 매출현황’ 자료를 보면 반품액을 반영하여 매출액을 기재하도록 되어 있는데, 해당 자료상 매출액이 쟁점시스템상 출고금액의 합계액과 유사하므로 쟁점시스템의 출고금액에는 이미 반품내역이 반영된 것으로 보인다.

  (나) 청구법인은 세무조사 기간 후반에 수주번호, 거래처, 반품금액 등이 기재되어 있는 엑셀파일을 제시하였으나, 이와 관련하여 석자재를 매출처로 출고한 시기를 확인할 수 있는 증빙을 제시하지 아니하여 쟁점시스템상 출고내역과 대사를 할 수 없고, 청구법인은 재고자산 관리를 위한 재고수불부도 비치하고 있지 아니하였다.

   또한, 청구법인이 제시한 자료는 세무조사 당시 사업장 내 컴퓨터에서는 발견되지 않았던 것으로 청구법인은 상무의 개인 노트북에 저장되어 있던 파일을 제출하였다고 설명하는 등 출처가 불확실하여 그 신빙성도 의심된다.

  (다) 청구법인은 세무조사 종료시에 이르러 월별 매출액, 반품액, 순 매출액이 기재되어 있는 자료도 제시하였는데, 처분청에서 문서의 사후 작성을 의심하여 감정을 실시하겠다고 하면서 청구법인에게 동의서 작성을 요청하자 청구법인은 해당 자료를 제출하기 직전에 소급하여 작성하였음을 인정하였다.

  (라) 처분청은 세무조사 당시 청구법인의 평택하치장에 석자재 재고가 쌓여 있는 것은 확인하였으나, 청구법인은 재고 발생일자, 반품한 매출처, 반품된 재고 품목·수량·단가 등을 확인할 수 있는 증빙을 전혀 제시하지 아니하였는바, 청구법인이 석자재 재고를 보관하고 있다는 이유만으로 청구법인이 주장하는 금액을 매출누락액에서 차감해야 하는 반품액으로 인정할 수는 없다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

 ① (직권심리) 처분청이 감액경정한 과세기간에 대한 심판청구가 적법한지 여부

 ② 쟁점시스템을 근거로 매출누락액을 산정한 처분이 잘못이라는 청구주장의 당부

나.관련 법률 : <별지> 기재

다.사실관계 및 판단

 (1) 양측이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실관계가 확인된다.

  (가) 처분청이 산정한 청구법인의 매출누락액은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 처분청이 산정한 청구법인의 매출누락액

(단위 : 백만원)

  (나) 처분청은 쟁점시스템에 기재되어 있는 출고금액을 청구법인의 매출액으로 보았는데, 쟁점시스템 화면은 아래 <그림1>과 같다.

<그림1> 쟁점시스템 화면

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  (다) 쟁점시스템상 출고번호 ‘A20150327002’의 기재사항은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점시스템상 출고번호 ‘A20150327002’의 기재사항

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  (2) 처분청은 청구법인의 2015년부터 2021년까지의 사업연도에 대한 세무조사를 실시하였는데, 세무조사 보고서의 주요 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 세무조사 보고서의 주요 내용

 (3) 처분청이 제출한 이 건 부과처분에 대한 입증자료는 다음과 같다.

  (가) 처분청은 세무조사 당시 청구법인의 사업장에서 발견한 것이라며 아래 <그림2>와 같이 ‘사업장별 매출현황’을 제시하였는데, 처분청이 제시한 연도별 ‘사업장별 매출현황의 합계액’과 ‘쟁점시스템상 출고금액의 합계액’을 비교하면 아래 <표6>과 같은바, 처분청은 해당표상 ‘합계액’은 ‘수주매출액과 재고매출액을 합한 금액’에서 반품금액을 차감한 금액이라는 의견이다.

<그림2> 사업장별 매출현황

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<표6> 연도별 사업장별 매출현황과 쟁점시스템상 출고금액 비교

(단위 : 백만원)

* 2015년 3·4·5월, 2017년 12월, 2018년 10월, 2019년 4월의 경우에는 사업장별 매출현황 자료가 존재하지 아니하여 쟁점시스템상 출고금액을 사업장별 매출현황상 해당 월의 출고금액으로 보아 연도별 매출액을 산정함

  (나) 쟁점시스템상 2015〜2021년 기간 동안 총 48,310건의 출고 내역이 있는데, 이 중 출고금액이 OOO원으로 기재된 출고 건수는 총 562건이다.

  (다) 처분청은 세무조사 당시 청구법인의 사업장에서 발견한 것이라며 ‘2022년 신년업무회의 자료’와 ‘2023년 신년업무회의 자료’를 제시하였는데, 신년업무회의에 기재되어 있는 2018년부터 2022년까지의 연도별 매출액과 쟁점시스템의 출고금액과의 차이는 아래 <표7>과 같다.

<표7> 신년 업무회의 자료상 매출액과 쟁점시스템상 출고금액 비교

(단위 : 백만원)

 (4) 청구법인이 이 건 심판청구 시 제출한 증빙은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 쟁점시스템에 입력된 출고내역에 오류가 많다며 그 예시로 하나의 수주번호에 대해 출고내역이 두 번 입력된 내역을 아래 <그림3>과 같이 제시하였는데, 청구법인은 빨간색 박스로 표시된 부분을 보면 수주번호가 동일한 2건이 각각 2차례씩 ‘출고완료’ 되었다고 주장한다.

<그림3> 쟁점시스템상 하나의 수주번호에 대해 이중 입력된 출고내역

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  (나) 청구법인은 쟁점시스템상 출고금액을 매출액으로 본다고 하더라도 매출액에서 A/S환불(건설현장에 납품된 석자재의 하자책임이 청구법인에게 있어 현금으로 환불한 금액), 반품미처리(건설현장에 납품된 석자재의 하자책임이 불분명하여 일단 반품처리 후 협의 중에 있는 석자재의 공급가액)를 제외해야 한다고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제출하였다.

   1) 청구법인이 쟁점시스템상 출고금액에서 제외되어야 한다고 주장하는 ‘A/S환불’ 금액 및 ‘반품 미처리’ 금액은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 청구법인이 제시한 ‘A/S환불’ 금액 및 ‘반품 미처리’ 금액

(단위 : 백만원, %)

   2) 쟁점시스템에 입력되어 있는 ‘A/S 환불’ 내역은 아래 <그림4>와 같다.

<그림4> 쟁점시스템에 입력되어 있는 ‘A/S 환불’ 내역

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   3) 반품미처리 내역은 아래 <그림5>와 같다.

<그림5> 반품미처리 내역

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   4) 청구법인은 ‘반품미처리’된 석자재를 보관한 모습이라고 주장하며 다량의 석자재가 쌓여 있는 현장을 촬영한 사진을 제출하였다.

   5) 청구법인은 ‘반품미처리’된 석자재가 증가함에 따라 매출처로부터 지급받지 못한 미수금도 증가한다며 연도별 미수금내역을 아래 <표9>와 같이 제시하였다.

<표9> 청구법인의 연도별 미수금내역

(단위 : 백만원)

   6) 청구법인이 주장하는 A/S 환불, 반품미처리를 차감한 청구법인의 매출누락액은 아래 <표10>과 같다.

<표10> 청구법인이 주장하는 매출누락액

(단위 : 백만원)

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여,

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인이 심판청구를 제기한 2015년 제1기·2019년 제2기·2020년 제1기 부가가치세 및 2015사업연도 법인세는 처분청이 당초 청구법인의 신고세액을 감액경정한 것으로, 감액경정처분은 감액 후 잔존하는 세액에 대하여 구체적인 조세채무를 새로이 확정시키는 것이 아니라, 당초의 신고 또는 부과처분의 일부를 취소하는 효력을 가지는 것에 불과한 것으로서 납세의무자에게 이익이 되는 처분이고, 그에 의하여 감소된 세액 부분에 관하여만 법적 효과를 미치는 것으로 이는 당초의 신고 또는 부과처분과 별개 독립된 것이 아니고 실질적으로 당초의 신고 또는 부과처분의 변경에 불과하므로, 감액경정처분의 취소를 구할 수는 없다할 것이다(대법원 1996.11.15. 선고 95누8904 판결, 대법원 2003.4.11. 선고 2001다9137 판결, 같은 뜻임).

  따라서, 청구법인이 제기한 2015년 제1기·2019년 제2기·2020년 제1기 부가가치세 및 2015사업연도 법인세 감액경정에 대한 심판청구는 적법하지 않은 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시스템이 신뢰할 수 없는 시스템이어서 여기에 기재된 석자재 출고내역에 따른 매출액과 청구법인이 신고한 매출액과의 차이를 매출누락액으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점시스템에는 출고내역별로 출고 석자재의 종류, 출고일자, 출고거래처, 출고액 등의 정보가 구체적으로 입력되어 있고 직원들이 청구법인의 개업 시부터 계속해서 이를 업무에 사용해 오고 있는 점, 쟁점시스템상 출고내역을 근거로 산정한 2015년부터 2021년까지의 매출액 OOO원은 청구법인이 작성한 사업장별 매출현황에 기재되어 있는 같은 기간의 매출액 OOO원보다 작고, 쟁점시스템상 출고내역을 근거로 산정한 2018년부터 2021년까지의 매출액 OOO원은 청구법인이 작성한 신년 업무회의 자료상 같은 기간의 매출액 OOO원보다 작은바 처분청이 쟁점시스템의 출고내역을 근거로 산정한 매출액이 실제 매출액보다 과다하다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점시스템은 청구법인의 매출액을 산정하기 위한 객관적인 과세자료에 해당한다고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

   또한, 청구법인은 매출누락액에서 ‘AS환불액’과 ‘반품미처리액’을 차감하여야 한다고 주장하나, ‘반품 미처리’ 내역에는 반품된 자재의 출고일자가 기재되어 있지 아니하여 쟁점시스템상 출고내역과 대사가 불가능한바, ‘반품 미처리’ 내역이 쟁점시스템상 출고내역에 포함되어 있는지 여부를 확인할 수 없는 점, 청구법인이 작성한 사업장별 매출현황액에 기재되어 있는 매출액은 반품액을 차감한 금액으로 보이는데, 그 금액이 쟁점시스템상 출고내역을 근거로 산정한 매출액보다 크고, 쟁점시스템상 출고금액이 OOO원인 출고내역이 다수 있는바, 쟁점시스템상 출고금액에 ‘AS환불액’과 ‘반품미처리액’ 중 일부는 이미 반영되어 처분청에서 산정한 매출액에 포함되지 아니하였을 것으로 보이는 점, 청구법인이 반품액 등에 대해서 수정세금계산서를 발행하거나 회계처리를 하지 아니한 이상 청구법인이 쟁점시스템 이외에 별도 관리하였다는 장부를 신뢰하여 장부상 반품액을 매출액에서 차감하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점시스템상 출고금액을 근거로 매출누락액을 산정하면서 청구법인이 주장하는 ‘AS환불액’과 ‘반품미처리액’을 제외하지 아니하고 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 부과하고, 관련 금액을 대표이사들에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 부적법하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

 (1) 법인세법

제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

 (2) 부가가치세법

제9조【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제15조【재화의 공급시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때

제57조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

 (3) 국세기본법

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (단서 및 각 호 생략)