[주 문]

○○세무서장이 2021.2.16. 청구법인에게 한 법인세 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원 및 2016사업연도분 OOO원)의 각 부과처분은 청구법인의 해외 자회사OOO 주식의 취득가액을 출자전환 당시 채권의 장부가액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2014년 당시 의류제조 사업 등을 영위하는 법인으로 21개 해외 자회사(<별지1> 기재)의 비상장주식을 보유하고 있었으며, 해외 자회사 대부분은 청구법인으로부터 제공받은 원단 등을 이용하여 의류를 제작하고 청구법인으로부터 가공비를 지급받는 형태로 사업을 영위하고 있었다.

나. 청구법인은 2014년 5월부터 6월까지 해외 자회사 중 5개사[OOO이하 “쟁점출자전환 자회사”라 한다]에게 운영자금으로 대여한 선급금 및 대여금 채권 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 출자전환(이하 “쟁점출자전환”이라 한다)하고, 출자전환에 따라 취득한 신주(이하 “쟁점출자전환 주식”이라 한다)의 취득가액을 선급금 및 대여금 채권의 장부가액인 쟁점금액으로 대체하였다.

다. ○○지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015년 5월부터 8월까지 청구법인에 대한 2011∼2014사업연도 법인세 통합조사(이하 “2015년 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 2015년 8월 청구법인에게 쟁점출자전환 자회사에 대한 선급금 및 대여금 채권에 대하여 적정 이자를 수취하지 않은 것으로 보아 정상이자를 익금산입하여야 한다는 내용의 세무조사 결과통지를 하였다.

라. 한편, 청구법인의 의류제조 사업부문이 2015.11.1. 물적분할(이하 “쟁점물적분할”이라 한다)되어 분할신설법인인 a 주식회사가 설립되었으며, 이 과정에서 쟁점출자전환 자회사 및 인도네시아 소재 자회사인 OOO(이하 “인니자회사”라 한다)의 주식 등의 소유권이 청구법인에서 a 주식회사로 이전되었다.

마. 조사청은 2020.11.25.부터 2021.1.12.까지 청구법인에 대한 2015∼2019사업연도 법인세 통합조사(이하 “2020년 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 쟁점출자전환 주식의 취득가액은 선급금 및 대여금 채권의 장부가액이 아니라 출자전환 당시 시가에 해당하므로 아래 <표1>과 같이 쟁점출자전환 주식의 취득가액을 쟁점금액에서 OOO원으로 감액하여야 하고, 인니자회사 주식의 경우 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 의한 순자산가치 산정 시 인니자회사가 보유하고 있는 부동산의 시가는 장부가액이 아니라 현지 재산세 과세에 사용된 부동산과세적용가액이므로 청구법인이 인니자회사 주식을 OOO원 과소평가하였다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

<표1> 처분청의 쟁점출자전환 주식 취득가액 조정내역

(단위: 원)

바. 이에 따라 처분청은 과대계상된 쟁점출자전환 주식의 취득가액 OOO원과 과소평가된 인니자회사 주식 양도차익 OOO원을 익금산입(소득처분 : 기타 및 유보)하여 2021.2.16. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원 및 2016사업연도분 OOO원)을 각 경정․고지하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점출자전환 주식 취득가액에 대한 2020년 세무조사는 위법한 재조사에 해당한다.

  (가) 2015년 세무조사 당시 실질적으로 동일한 과세요건인 쟁점출자전환 주식 취득가액의 적정성에 대한 조사가 이루어졌으므로 2020년 세무조사는 위법한 재조사에 해당한다.

   1) 조사청은 2015년 세무조사 당시 쟁점출자전환 주식의 취득 당시 시가를 액면가액에 미달하는 것으로 보고 청구법인의 선급금 및 대여금 채권과 쟁점출자전환 주식 시가의 차액이 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정 적용 대상인지 여부를 검토하였으나, 청구법인은 쟁점출자전환 자회사의 재무구조를 개선하여 국외 생산기지 역할을 지속 수행할 수 있도록 쟁점출자전환을 수행한 것이므로, 경제적 합리성이 인정되는 점 등을 소명하였다.

   2) 조사청은 2015년 세무조사에서 출자전환 주식의 취득가액을 감액조정하지 않고 세무조사를 종결하였고, 오히려 청구법인이 해외 자회사로부터 적정 이자를 수취하지 않았음을 이유로 「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다)상 정상가격 과세조정 규정을 적용하여 정상이자를 익금산입하고, 이를 유보(출자의 증가)로 소득처분하여 해외 자회사 주식의 장부가액을 약 OOO원 증액하는 세무조정을 하였다.

  (나) 조사청은 2020년 세무조사에서 출자전환 주식의 취득가액에 대하여 청구법인과 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 자료요구를 하고 청구법인으로부터 관련 서류 등을 입수하는 등 질문ㆍ조사권을 행사하였다.

   1) 2020년 세무조사 개시 직후부터 청구법인의 쟁점물적분할이 비적격분할인지 여부에 대한 조사가 이루어졌고, 청구법인은 국세청 질의회신(법규법인 2012-458, 2013.1.28.)에 따라 청구법인이 해외 자회사 주식을 분할신설법인에 양도하면서 양도차손이 발생하는 경우에는 비적격분할에 해당하게 됨을 주장하였다.

   2) 청구법인은 1∼3차 소명서를 제출하여 쟁점물적분할로 인해 양도차손이 발생하여 쟁점물적분할이 비적격분할에 해당하고, 양도차손이 발생한 이유는 쟁점출자전환으로 인한 것임을 조사청에 소명하였으나, 조사청은 쟁점출자전환과 관련한 이사회 회의록, 출자전환 서류 등 자료 제출을 문자메시지, 구두, 유선 등을 통해 수차례 요청하였다.

    가) 2020년 11월경 조사청은 청구법인 담당자에게 쟁점출자전환 거래와 관련하여 의사결정 서류 등을 요청하는 문자메시지를 보냈으며, 청구법인은 2015년 세무조사에서 제출되었던 2014사업연도 출자전환 거래내역 정리자료 등을 제출하였다.

    나) 조사청은 2020년 12월경 쟁점출자전환과 관련한 자료제출 요구서(공문)를 교부하였다가 같은 날 쟁점출자전환 주식의 출자전환에 대한 세무조사가 2015년 세무조사와 중복조사에 해당할 수 있다는 청구법인의 4차 소명서를 제출받은 후, 위 공문을 회수하였으며, 이후에는 주로 구두로 질문하였다.

  (다) 조사청은 대상기간과 과세요건이 달라 금지되는 재조사에 해당하지 않는다는 의견이나, 2015년 세무조사 및 2020년 세무조사는 모두 2014사업연도의 쟁점출자전환 주식의 취득가액에 관한 것으로, 금지되는 재조사에 해당한다.

   1) 재조사가 적법하려면 재조사 개시 당시 구체적인 자료를 근거로 재조사가 이루어져야 하고(대법원 2017.4.27. 선고 2014두6562 판결, 같은 뜻임), 부과제척기간이 경과하지 않아 선행 조사대상 과세기간에 대해 오류시정이 가능하여야 한다.

    가) 조사청은 조사착수시점에서 이전 사업연도의 잘못이 있음을 인식할 수 있는 구체적인 자료를 확보하였어야 하나, 물적분할시 양도차손이 발생한 경우 적격분할이 되지 않는다는 청구법인의 소명에 따라 쟁점출자전환에 따른 쟁점출자전환 주식의 취득가액이 쟁점이 된다는 것을 인지하였다.

    나) 2020년 세무조사 당시 2014사업연도는 이미 법인세 부과제척기간이 경과하여 동일한 잘못에 대해 2015사업연도에 대한 시정만 가능하였으므로, 선행 조사대상 사업연도에 대한 오류시정이 불가능한 상황이었던 것으로 보아야 한다.

   2) 위법한 재조사에 해당하는지 여부는 명목상 과세요건이 아니라 실질적으로 같은 과세요건사실에 관한 것인지 여부로 판단하여야 한다(대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결, 같은 뜻임).

   가) 청구법인은 2015년 쟁점물적분할과 관련하여 당초 약 OOO원의 양도차손을 인식하였는데, 이 양도차손은 2015년 세무조사에서 인정된 쟁점출자전환 주식의 세무상 가액을 기준으로 산정된 것이고, 2020년 세무조사에서는 2015년 세무조사를 번복하여 2014사업연도 출자전환 주식의 취득가액을 부인하였다.

   나) 쟁점출자전환 주식의 양도손익은 익금에 해당하는 양도가액과 손금에 해당하는 취득가액에 따라 결정되는데, 조사청은 2020년 세무조사를 통해 2015사업연도에 발생한 양도가액(익금)이 아니라 2014사업연도의 취득가액(손금)을 경정하여 2015사업연도에 양도차익이 발생한 것으로 보았다.

   다) 2015년 세무조사와 2020년 세무조사는 모두 2014사업연도의 출자전환 주식 취득가액의 적정 여부가 쟁점이고, 적용 법령도 「법인세법 시행령」제72조 제2항 제4호의2로 동일하므로, 2020년 세무조사는 2015년 세무조사 결과를 번복하여 취득가액을 감액경정한 것으로 위법한 재조사에 해당한다.

 (2) 2015년 세무조사 결과통지는 공적인 견해표명에 해당하므로 2020년 세무조사에서 2015년 세무조사 당시 인정되었던 쟁점출자전환 주식의 취득가액을 번복하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

 (3) 쟁점출자전환은 국제거래이므로 국조법이 적용되고, 쟁점물적분할에 따라 양도차익이 발생하지 않았다.

  (가) 쟁점출자전환은 국조법상 ‘국제거래’에 해당하고, 다른 법률보다 국조법이 우선 적용되기 때문에 국조법상 정상가격을 기준으로 과세표준과 세액이 결정되어야 하고, 예외적으로 채무의 면제에 대해서는 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산 부인 규정이 우선 적용될 수 있으나, 쟁점출자전환은 청구법인의 업무와 관계된 것으로 일반적인 채무의 면제와는 그 성격이 상이한 것이며, 경제적 합리성이 인정(2015년 세무조사에서도 동일한 결론)되었으므로 부당행위계산 부인 규정의 적용 대상이 아니다.

  (나) 쟁점출자전환 자회사의 출자전환에 대해서는 국조법이 적용되고, 「법인세법」상 부당행위계산 부인의 적용 대상인지 여부에 관하여는 처분청이 입증책임을 부담한다.

   1) 쟁점출자전환은 국조법상 국제거래에 해당하며, 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않는 한 국제거래에 관하여는 국조법이 다른 법률보다 우선 적용된다.

   2) 즉, 해외 자회사 주식의 취득가액(채권가액)과 쟁점출자전환 주식 시가와의 차액은 국조법 시행령 제16조 제1항 제2호에 따라 ‘유보(출자의 증가)’로 소득처분되므로, 해외 자회사 주식의 장부가액은 변동이 없고, 2015년 쟁점물적분할 시 양도차익에도 변동이 발생하지 않는다.

   3) 「법인세법」상 부당행위계산 부인의 규정이 적용되는 경우에는 주식의 취득가액과 시가의 차액에 대하여 ‘기타’로 세무조정되고, 제반사정을 고려하여 출자전환이 경제적 합리성이 인정되지 않을 경우에만 해당 규정이 적용될 수 있는 것이나, 해외 자회사에 대한 출자전환에 대하여 경제적 합리성이 인정되므로 「법인세법」상 부당행위계산의 부인이 적용될 수 없다.

    가) 청구법인의 경우 쟁점출자전환 자회사에 대한 채권의 회수가능성이 거의 없는 상황에서 청구법인으로서는 그 채권을 그대로 보유하고 있는 것보다 출자전환을 통해 재무상태를 개선하는 것이 더 유리하다는 판단에서 쟁점출자전환을 한 것이므로, 경제적 합리성이 인정된다.

    나) 2015년 세무조사 당시 쟁점출자전환에 대해 경제적 합리성이 있는지 여부가 검토되었으며, 이에 따라 조사청은 쟁점출자전환이 부당행위계산 부인 규정 적용대상이 아닌 것으로 판단하여 별도로 세무조정을 하지 않았다.

 (4) 인니자회사 주식을 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가할 수 없고, 부동산과세적용가액은 시가보다 지나치게 높다.

  (가) 국외주식에 대해서 보충적 평가방법을 적용할 수 없다는 것이 다수 대법원 판례의 일관된 입장(대법원 2010.1.14. 선고 2007두5546 판결 외 다수)으로, 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하는 것이 타당하다는 예외적 사유에 대한 입증책임은 처분청이 부담하나, 처분청에서 이에 대한 입증을 다하였다고 볼 수 없다.

  (나) 설령, 청구법인이 당초 잘못된 방법으로 인니자회사 주식을 평가하였다 하더라도 처분청에서 관련 법령에 따른 적법한 평가방식에 따라 청구법인의 해외 자회사 주식 시가를 산정하여야 한다.

  (다) 처분청이 제시한 인니자회사 주식의 부동산과세적용가액은 시가보다 지나치게 높으므로, 적정한 가액을 반영한 것으로도 보기 어렵다.

   1) 부동산과세적용가액은 2016.9.7.부터 과세 기준 금액 산정을 위해 사용되지 아니하며(OOO 2016년 8월), 불합리할 정도로 시세보다 높게 형성(OOO2018.7.10. 기사 참조)된다.

   2) 실제로 인니자회사 보유 부동산의 감정평가액은 각각 OOO루피아 및 OOO루피아로 부동산과세적용가액보다 현저히 낮다.

나. 처분청 의견

 (1) 2015년 세무조사와 2020년 세무조사는 대상 과세기간과 과세요건이 다르고, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우에 해당한다.

  (가) 「국세기본법」제81조의4 제2항은 ‘같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정되어 있어, 세목과 과세기간을 기준으로 중복조사 여부를 판단하고 있는데, 조사청은 2020년 세무조사 시 쟁점출자전환과 관련하여 역사적 사실관계 확인을 위해 2014사업연도 자료를 요청한 것에 불과하고, 실제로 2014사업연도에 대한 부과처분이 이루어지지도 않았으므로, 대상 과세기간이 상이한 2020년 세무조사는 금지되는 재조사에 해당하지 않는다.

   1) 2015년 세무조사에서는 해외 자회사 주식의 고가인수에 따른 부당행위계산 부인 여부가 문제가 되었고, 2020년 세무조사에서는 물적분할에 따른 양도손익의 적정 여부가 문제되었는바 양자 간 과세요건이 상이하고, 2015년 세무조사 결과를 근거로 조사청이 해외자회사 주식 장부가액을 세무상 가액으로 인정한 것으로 볼 수도 없다.

   2) 2015년 세무조사 당시 청구법인과 처분청 모두 쟁점출자전환 자회사 주식의 취득가액을 OOO원으로 보고 있었으므로, 부당행위계산부인 규정 해당 여부에 대하여 검토할 필요가 없었고, 2020년 세무조사 당시 조사청이 제출 요구한 자료는 쟁점출자전환 자회사 주식의 양도손익 적정 여부를 확인하기 위한 것일 뿐이며, 취득가액 계산에는 활용되지 않았다.

   3) 2015년 세무조사 당시에는 쟁점물적분할이 이루어지지 않았고, 감사보고서를 통해 자산의 취득가액 과대계상이 명백하게 확인되고 있었으므로, 부당행위계산 부인 규정 적용 여부에 대한 검토가 이루어졌다고 해도 취득가액의 적정 여부에 대한 조사가 이루어졌다고 볼 수는 없다.

  (나) 2020년 세무조사가 2015년 세무조사와 같은 세목 및 과세기간에 대한 것이라 하더라도, 쟁점출자전환 주식의 취득가액이 취득 당시 시가가 아닌 쟁점금액으로 과대계상되어 있어 물적분할로 인하여 손금산입되는 가액이 과다해지고 양도손익에도 영향을 미치게 되므로, 이는 2개 이상 사업연도와 관련하여 발생한 잘못이 다른 사업연도에 대한 세무조정에 영향을 미치는 경우에 해당하고, 재조사가 예외적으로 허용되는 사유라고 보아야 한다.

  (다) 2014사업연도에 세무조정의 필요가 있었던 것은 사실이나, 2014사업연도에 대한 유보조정이 없다 하더라도 2015사업연도 소득금액은 이와 별도로 정당하게 계산되어야 하고, 쟁점출자전환 주식의 양도에 대해서는 「법인세법」제41조 등에 따라 취득가액과 양도가액을 확인하여 그 차액에 대하여 과세할 수 있는 것이다.

 (2) 2015년 세무조사에서는 2014사업연도에 부당행위계산 부인 규정의 적용이 어렵다는 결론만 내렸을 뿐이므로 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

 (3) 쟁점출자전환에 대하여 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있고, 쟁점출자전환 자회사에 대한 선급금 및 대여금 채권은 업무무관가지급금에 해당하며, 청구법인은 국조법에 따라 세무조정을 하지도 않았으므로, 쟁점출자전환 주식의 취득가액은 「법인세법」 규정에 따른 시가로 보아야 한다.

  (가) 국조법 제4조와 국조법 시행령 제4조에서 자산을 무상으로 이전하거나 채무를 면제하는 경우에는 「법인세법」상 부당행위계산의 부인 규정이 우선적으로 적용되도록 규정되어 있는데, 출자전환주식의 양도차익은 세법상 양도가액에서 취득가액의 차이를 의미하고, 쟁점출자전환 주식의 취득가액은 「법인세법」제41조와 같은 법 시행령 제72조 제2항 제4호의2에 따라 취득 당시의 시가에 해당하므로, 청구법인이 쟁점출자전환 자회사에 대한 대여금 채권을 출자전환함으로써 취득하는 주식의 시가는 대여금 채권의 가액에 미달하고, 대여금 채권과 쟁점출자전환 주식 시가와의 차이는 채무의 면제에 해당되므로 「법인세법」상 부당행위계산 부인 규정이 적용되어야 한다.

  (나) 청구법인은 쟁점출자전환 자회사에 대한 채권 회수노력이 없었고, 일반 상거래 관행과 달리 지속적으로 대금이 선지급되었으며, 거래처 변경 등 다른 대안이 고려되지 않았으므로, 이는 업무무관 가지급금의 성격이라고 볼 수도 있다. 출자전환주식의 시가와 채권 가액 차이를 업무무관 가지급금의 성격으로 보는 이상 출자의 증가가 아닌 기타소득으로 처분하여야 하고(국세청 서면-2018-법인-0356, 2018.3.29., 같은 뜻임), 국조법에 따른 출자의 증가로 처리하기 위해서는 임시유보처분 및 통지가 있어야 하며, 자본의 반환 여부에 따라 처분이 결정되는데, 처분청과 청구법인 모두 그러한 사실이 없었고 부과제척기간이 지난 후에 출자의 증가로 처리할 수도 없다.

  (다) 국조법은 2014사업연도의 법인세를 산정하기 위한 것이고, 2015사업연도의 부과처분과는 무관하므로 실제 존재하지도 않았던 세무상 가액조정을 상정하여 적용할 수는 없다.

  (라) 조사청은 청구법인이 물적분할 당시 쟁점출자전환 주식을 평가한 방법과 동일하게 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 출자전환주식을 평가하였으므로, 출자전환 당시 쟁점출자전환 주식의 시가는 적법하게 산정된 것으로 보아야 한다.

   1) 청구법인은 2015년 세무조사 당시 해외 자회사 주식의 시가가 액면가액에 미달하거나 OOO원에 불과하다고 자인하였으므로, 시가보다 높은 가액에 쟁점출자전환 주식을 인수한 것이다.

   2) 조사청은 쟁점물적분할 당시 청구법인이 2015사업연도에 신고한 물적분할 양도차익 주식 평가와 동일한 방법으로 평가하여 해외 자회사 주식 시가를 약 OOO원으로 평가한 것이며, 이러한 입장을 번복하는 경우 그 입증책임은 청구법인에게 있다.

 (4) 청구법인은 2015년 11월 쟁점물적분할 과정에서 양도차익 전체를 보충적 평가방법으로 신고하였으므로, 처분청에서도 동일하게 인니자회사 주식을 평가할 수 있다고 보아야 한다.

  (가) 청구법인은 인니자회사 주식의 경우에도 상증세법상 보충적 평가방법으로 양도차익을 신고하였고, 조사청은 이러한 납세자의 신고 방법을 신뢰하여 인니자회사 주식을 재평가하였을 뿐이다.

  (나) 상증세법 시행령 제58조의3에 따라 국외재산의 경우 해당 자산이 소재하는 국가에서 세금 부과목적으로 평가한 가액을 평가액으로 할 수 있으나, 청구법인이 제출한 인니자회사 주식의 주식 평가보고서에서는 해당 가액이 없어 인니자회사 건물 및 토지를 장부가액으로 평가하였다고 기재하고 있다.

  (다) 조사청은 2020년 세무조사 당시 인니자회사가 인도네시아에 매년 재산세를 납부해온 내역을 확인하였고, 재산세 과세표준 계산 시 적용된 부동산과세적용가액을 바탕으로 인니자회사의 토지와 건물의 평가액을 재산정하여 순자산가치를 평가하였으므로, 조사청은 청구법인과 동일한 방법으로 순자산가액만을 증가시켜 양도차익을 재산정하였을 뿐이다.

  (라) 국외주식 평가 시 상증세법상 보충적 평가방법이 적정한지 여부에 관하여는 원칙적으로 조사청이 입증하여야 하나, 조사청은 청구법인의 신고를 신뢰하여 청구법인이 적용한 방법과 동일하게 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하였고, 비상장주식 평가의 기초가 되는 사실관계 대부분이 청구법인 내부 통제하에 있으므로 입증책임이 전환된다고 봄이 타당하다.

  (마) 청구법인이 제시한 두 감정평가의 조사일은 각각 2020.12.3.과 2020.9.3.이며, 평가기준일은 2015.12.31.이므로, 청구법인이 제시한 감정평가는 평가기준일을 도과하여 이루어진 것으로 허용되지 않는다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점출자전환 주식의 취득가액을 출자전환된 선급금 및 대여금 채권의 출자전환 당시의 시가로 보아 양도차익에 대하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분의 당부

② 청구법인의 인니자회사 주식을 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가할 수 없으며, 처분청의 평가액이 과도하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지2> 참조

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점출자전환 자회사는 아이티, 과테말라, 캄보디아, 베트남 등에 소재한 외국법인으로, 청구법인의 의류생산을 위한 해외 임가공 법인에 해당하고, 아래 <표2>와 같이 2013사업연도 말 기준 자본잠식 상태였으며, 음(-)의 현금흐름을 보이고 있었다.

<표2> 쟁점출자전환 자회사 결손금 및 현금흐름

(단위 : 천원)

 (2) 쟁점출자전환과 관련된 내역은 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 2014년 5월부터 6월까지 쟁점출자전환 자회사에 대한 선급금 및 대여금 채권 약 OOO원을 출자전환하여 해외 자회사 주식을 취득하였고, 출자전환으로 취득한 해외자회사 주식의 취득가액을 선급금 및 대여금 채권의 장부가액과 동일하게 약 OOO원으로 계상하였다.

  (나) 청구법인은 임가공료를 인상하더라도 청구법인에 대한 선급금과 대여금 채권의 추정 회수기간은 약 16.5년∼31.7년(임가공료 5% 인상 가정)으로 정상적인 영업활동 영위를 위해 쟁점출자전환이 필수적이었다고 주장한다.

  (다) 청구법인은 2013사업연도부터 쟁점출자전환 자회사 등과의 거래에 대해서 정상가격 산출방법 신고서를 제출하였고, 2014사업연도에는 쟁점출자전환이 국제거래에 해당하는 것으로 보아 아래와 같이 국제거래명세서를 제출하였다.

<쟁점출자전환 자회사 국제거래 명세서 예시OOO>

 (3) 쟁점물적분할의 상세내역은 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 2015.11.1. 전문성 제고 및 경영효율화 등 목적으로 의류제조사업을 물적분할하여 분할신설법인 a 주식회사를 설립하고 청구법인은 지주회사로 전환한 것으로 나타나고, 쟁점물적분할 시 출자전환 자회사를 포함한 16개 해외 자회사 주식을 상증세법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조를 준용하여 평가한 후 a 주식회사에 이전하면서, 쟁점물적분할로 청구법인에게 양도차손 약 OOO원이 발생(<별지3> 기재)한 것으로 신고하였다.

  (나) 청구법인은 쟁점물적분할을 비적격분할에 해당하는 것으로 보아, a 주식회사로 승계된 자산에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

 (4) 2015년 세무조사의 상세내역은 아래와 같다.

  (가) 청구법인에 따르면, 2015년 세무조사 시 조사청이 청구법인에 송부한 ‘자료제출 및 소명요구서(2015.6.17.)’에서 조사청은 해외 자회사 출자, 증자, 처분 금액 등에 관한 자료를 제출할 것을 요청하였고, 이에 따라 청구법인은 해외 자회사의 출자전환과 관련하여 아래와 같은 자료를 제출하였다.

<2015년 세무조사 당시 해외 자회사 출자 관련 청구법인 제출자료(발췌)>

  (나) 조사청은 청구법인에게 출자전환으로 취득한 주식의 취득가액은 취득 당시의 시가이므로, 쟁점출자전환은 부당행위계산 부인 규정 적용 대상에 해당할 수 있다는 답변서를 제시하였다.

<2015년 세무조사 당시 조사청 답변서 주요내용>

  (다) 청구법인은 조사청에 ‘출자전환 유상증자 시 부당행위계산 부인 적용 여부에 대한 의견서’를 제출하여, 쟁점출자전환에 따라 인수한 신주의 가치가 모두 액면가액에 미달하거나 OOO원에 불과하여 해외 자회사 주식을 고가인수한 점에 관하여는 시인하였으나, 해외 자회사는 청구법인의 완전자회사로 이익분여와 무관하고, 해외자회사의 재무건전성 확보와 계속 사업의 영위를 위한 것이어서 경제적 합리성이 인정된다고 소명하였다.

<2015년 세무조사 당시 청구법인 의견서 주요내용>

  (라) 조사청은 청구법인이 해외자회사에 대한 채권을 보유하는 기간 중 적정 이자를 수취하지 않았음을 이유로 아래 <표2>와 같이 국조법에 따라 정상이자 약 OOO원을 익금산입하고 이를 유보(출자의 증가)로 소득처분하였고, 이에 따라 쟁점출자전환 주식의 취득가액이 증액되었으나, 쟁점출자전환에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하는 등 쟁점출자전환 주식의 취득가액에 대한 세무조정이 이루어지지는 않았다.

<표2> 2015년 세무조사 결과통지서 관련내용

(단위 : 백만원)

 (5) 2020년 세무조사의 상세내역은 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 2020년 세무조사 당시, 세 차례의 소명서 제출을 통하여 쟁점물적분할에 따라 청구법인에 양도차손이 발생하였으므로 쟁점물적분할은 비적격분할에 해당하고, 양도차손이 발생한 원인은 쟁점출자전환에 의한 것임을 주장하였다.

  (나) 청구법인 재무팀 담당자는 2020.11.27. 조사청으로부터 쟁점출자전환에 관한 이사회회의록 등을 요청하는 문자메시지를 수신하였고, 추가적으로 소명서를 제출하여 2015년 세무조사 시 쟁점출자전환 주식의 취득가액에 대한 세무조사가 이루어졌으므로, 이에 대하여 추가로 질문조사권을 행사하는 것은 위법한 재조사에 해당한다고 아래와 같이 소명하였다.

<조사청 발송 문자 및 추가 소명서 주요내용>

  (다) 아울러, 조사청은 2020.11.30. 해외 자회사(쟁점출자전환 자회사 포함)의 2012～2014사업연도 재무상태표를 아래와 같이 요청하였고, 청구법인은 2020.12.1. 해당 자료를 처분청에 제출하였다.

<조사청 자료제출 요구서(2020.11.30.)>

  (라) 조사청은 청구법인의 2014년 감사보고서에 쟁점출자전환과 관련된 내역은 아래와 같이 기재되어 있으므로, 청구법인에 대한 세무조사가 이루어지지 않았다는 의견이다.

<청구법인 2014년 감사보고서 관련내용>

 (6) 인니자회사 주식의 평가와 관련된 내역은 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 인니자회사의 부동산을 장부가액 등으로 평가하여 순자산가치를 산정하고, 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 인니자회사 1주당 시가를 OOO원으로 평가하였으며, 이에 기초하여 쟁점물적분할 양도차익을 계산하였다,

  (나) 조사청이 청구법인으로부터 제출받은 인니자회사 주식의 1주당 가액의 평가계산서의 주요내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 인니자회사 주식 평가계산서

(단위 : 천 루피아, 주, 원)

  (다) 처분청이 제출한 인도네시아 2015년 재산세 고지내역에 따르면, 인니자회사 보유 토지와 건물의 부동산과세적용가액은 각각 OOO루피아와 OOO루피아 합계 OOO루피아(약 OOO원)이고, 이는 인니자회사 주식 평가계산서에 기재된 토지와 건물 가액보다 OOO루피아(약 OOO원) 높다.

  (라) 청구법인이 제시한 두 감정평가의 조사일은 각각 2020.12.3.과 2020.9.3.이고, 평가기준일은 2015.12.31.이며, 감정평가액은 각각 OOO루피아, OOO루피아로 평균 OOO루피아(약 OOO원)이다.

  (마) 처분청은 부동산과세적용가액은 주택과 건물의 면적과 구역을 기준으로 계산된 주택과 건물의 추정 가격 형태의 법적 정보로, 공정하게 수행되는 매매 거래에서 얻은 평균 가격이고, 토지 매매시 실제 매매가와 부동산과세적용가액 중 높은 금액의 5%를 세액으로 납부하여야 한다고 기재되어 있는 언론 기사 및 OOO발행 자료를 제출하였다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

   세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하고, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있어 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있으며(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임), 이러한 취지를 고려할 때, 후속 세무조사가 종전 세무조사와 실질적으로 같은 과세요건사실에 대한 것에 불과한 경우에는 「국세기본법」제81조의4 제2항 분문에 규정된 금지되는 재조사에 해당한다고 보아야 할 것이다(대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결, 같은 뜻임).

   2015년 세무조사 당시 조사청은 수차례에 걸쳐 쟁점출자전환에 대한 자료 제출을 요청하거나, 쟁점출자전환 자회사 주식의 취득가액에 관한 소명을 요구하여 청구법인에 대하여 질문조사권을 행사하였고, 이에 따라 취득한 과세자료에 근거하여 쟁점출자전환 주식의 「법인세법」상 취득가액은 출자전환 당시의 시가임에도 청구법인이 이를 선급금 및 대여금 채권의 장부가액으로 계상한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정의 적용 여부를 검토하였으며, 청구법인은 이에 응하여 쟁점출자전환 자회사의 지분구조, 선급금 및 대여금 채권의 내역, 쟁점출자전환을 시행한 경위 등을 소명한 것으로 나타난다.

   조사청은 2020년 세무조사에서도 상당한 기간 동안 쟁점출자전환 자회사의 재무제표, 쟁점출자전환의 내역 및 이사회 회의록 등의 제출을 요구하였고, 청구법인은 쟁점출자전환 주식의 취득가액이 쟁점출자전환 자회사의 채권가액이므로 쟁점물적분할이 비적격분할에 해당함을 소명하였으며, 이 과정에서 청구법인은 쟁점출자전환 주식에 대한 질문조사권 행사가 「국세기본법」제81조의4에서 금지되는 중복조사에 해당할 수 있음을 주장하기도 하였으므로, 이는 단순한 사실의 확인이라기 보다는 쟁점출자전환 주식의 취득가액에 대한 질문조사권의 실질적인 행사라고 볼 수 있는 점,

   이에 관하여 처분청은 2015년 세무조사와 2020년 세무조사는 상이한 과세기간 및 과세요건에 관한 것이므로, 2020년 세무조사는 중복세무조사에 해당하지 않는다는 의견이나, 「법인세법」제52조에 규정된 부당행위계산 부인 규정은 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소되는 것으로 인정되는 경우 시가를 기준으로 해당 법인의 소득금액을 계산하는 것을 의미하고, 그 적용 여부는 특정한 거래가 사회통념에 비추어 경제적 합리성을 결여하였는지 여부와 더불어 시가에 부합하는 대가관계에 따라 그 거래가 이루어졌는지 여부를 살펴야 하는 것이므로, 2015년 세무조사에서 쟁점출자전환 주식의 취득가액에 대한 고려 없이 경제적 합리성 여부만이 검토되었다고 인정하기는 어렵다고 할 것이고, 2020년 세무조사에 따라 처분청은 쟁점출자전환 주식의 취득가액을 경정하여 쟁점물적분할에 따른 양도차익을 산정하였으므로, 결국 2015년 세무조사와 2020년 세무조사는 조사청이 실질적으로 동일한 사업연도에 발생한 과세요건사실을 재조사한 것으로 보이는 점,

   「국세기본법」제81조의4 제2항 제3호에서 정한 재조사의 예외적인 허용사유인 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’란 하나의 원인으로 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우를 의미하고, 하나의 행위가 그 자체로 완결적이지는 않더라도 그로 인해 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락의 원인이 되는 원칙이 결정되고, 이후에 2개 이상의 과세기간에 걸쳐 그 내용이 구체화되는 후속조치가 이루어질 때에는, 이러한 후속조치는 그 행위 당시부터 예정된 것이므로 하나의 행위가 원인이 된 것으로 이에 해당한다고 볼 수 있으나(대법원 2020.4.9. 선고 2017두50492 판결, 대법원 2017.4.27. 선고 2014두6562 판결 참조), 이 건의 경우 대법원에서 재조사의 예외적인 허용사유로 인정된 사례와 유사한 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어, 쟁점출자전환 주식의 취득가액에 관한 2020년 세무조사는 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따른 허용되지 아니하거나 부당한 중복세무조사에 해당한다고 할 것이고, 쟁점출자전환의 국조법 적용 여부에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 처분청이 쟁점출자전환 주식의 취득가액을 출자전환 당시의 시가로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  청구법인은 인니자회사 주식을 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가할 수 없고, 인도네시아 현지 부동산과세적용가액은 인니자회사 부동산의 시가에 비하여 과다하게 산정되었다고 주장한다.

  그러나, 청구법인 또한 인니자회사 주식을 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 평가하였고, 처분청은 청구법인이 적용한 평가방식을 그대로 차용하면서 인니자회사 보유 부동산의 평가액만을 달리한 것으로 나타나는 점, 부동산과세적용가액은 쟁점물적분할 당시 인도네시아 현지에서 부동산 보유 및 양도에 관한 세금을 부과할 때 사용되는 가액이므로 이는 상증세법 시행령 제58조의3 제1항에 규정된 국외자산의 평가액에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 제시한 감정평가는 쟁점물적분할로부터 4년 이상이 경과한 후 이루어진 소급감정평가에 해당하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 청구법인 해외자회사 내역

<별지2> 관련 법령

 (1) 법인세법

제19조의2【대손금의 손금불산입】① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 “대손금”이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에 대하여는 적용하지 아니한다.

2. 제28조 제1항 제4호 나목에 해당하는 것

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

  가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

  나. 제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(假支給金) 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 법인세법 시행령

제19조의2【대손금의 손금불산입】⑦ 법 제19조의2 제2항을 적용받는 채권의 처분손실은 손금에 산입하지 아니한다.

제53조【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조제2항 각 호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

제72조【자산의 취득가액 등】② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등 : 취득 당시의 시가. 다만, 제15조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

제89조【시가의 범위 등】② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

 (3) 국제조세조정에 관한 법률

제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “국제거래”란 거래 당사자의 어느 한 쪽이나 양쪽이 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장은 제외한다)인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매ㆍ임대차, 용역의 제공, 금전의 대출ㆍ차용, 그 밖에 거래자의 손익(損益) 및 자산과 관련된 모든 거래를 말한다.

10. “정상가격”이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다.

제3조【다른 법률과의 관계】① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.

② 국제거래에 대해서는 「소득세법」제41조와 「법인세법」제52조를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.

제4조【정상가격에 의한 과세조정】① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.

제5조【정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법

제9조【소득금액 조정에 따른 소득처분 및 세무조정】① 제4조나 제6조의2를 적용할 때 익금(益金)에 산입(算入)되는 금액이 국외특수관계인으로부터 내국법인에 대통령령으로 정하는 바에 따라 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우에는 그 금액은 「법인세법」제67조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 국외특수관계인에 대한 배당으로 처분하거나 출자로 조정한다.

② 제1항을 적용할 때 소득 처분의 방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령

제3조의2【부당행위계산 부인의 적용 범위】법 제3조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 자산의 증여 등”이란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 자산을 무상(無償)으로 이전(현저히 저렴한 대가를 받고 이전하는 경우는 제외한다)하거나 채무를 면제하는 경우

제15조【임시유보 처분 등】① 과세당국은 법 제9조에 따른 소득처분 및 세무조정을 하는 경우에는 제15조의2에 따른 반환 여부를 확인하기 전까지는 임시유보로 처분한다.

② 과세당국은 제1항에 따라 임시유보로 처분하는 경우 그 사실을 기획재정부령으로 정하는 임시유보 처분 통지서에 따라 「소득세법 시행령」 제192조제1항 및 제4항을 준용하여 통지하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임시유보로 처분하지 아니하고 제16조 제1항 각 호에 따라 처분하거나 조정한다.

1. 법 제4조 또는 제6조의2에 따라 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정한 날부터 4개월 이내에 부과제척기간이 만료되는 경우

2. 기획재정부령으로 정하는 이전소득금액 처분 요청서를 제출하는 경우

3. 해당 내국법인이 폐업한 경우(사실상 폐업한 경우를 포함한다)

④ 제1항에 따라 임시유보 처분을 한 후에 제3항 제2호 또는 제3호에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 제16조 제1항 각 호에 따라 다시 처분하거나 조정한다.

제15조의2【익금에 산입되는 금액의 반환 확인 등】① 법 제9조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 반환된 것임이 확인되지 아니하는 경우”란 제15조에 따른 임시유보 처분 통지서를 받은 날 또는 과세표준 및 세액을 수정신고한 날부터 90일 이내에 국외특수관계인이 내국법인에 법 제4조 또는 제6조의2에 따라 익금(益金)에 산입되는 금액 중 반환하려는 금액에 다음 계산식에 따라 산출한 반환이자를 더하여 반환하였음을 확인하는 서류(기획재정부령으로 정하는 이전소득금액 반환 확인서를 말한다)를 과세당국에 제출하지 아니한 경우를 말한다. 다만, 제15조제3항에 해당하는 경우에는 법 제4조 또는 제6조의2에 따라 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 당시 익금에 산입되는 금액이 국외특수관계인으로부터 내국법인에 반환되는 것임이 확인되지 아니한 경우를 말한다.

제16조【반환이 확인되지 아니한 금액에 대한 처분 및 조정 등】① 제15조의2에 따른 반환이 확인되지 아니하는 경우 그 반환이 확인되지 아니한 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 처분하거나 조정한다.

2. 국제거래의 상대방인 국외특수관계인이 내국법인이 출자한 법인에 해당하는 경우(제2조 제1항 제2호에 해당하는 경우를 포함한다)에는 그 국외특수관계인에 대한 출자의 증가로 할 것

 (5) 국세기본법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

 (6) 상속세 및 증여세법

제63조【유가증권 등의 평가】 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

  가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.

  나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다.

  다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

 (7) 상속세 및 증여세법 시행령

제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한

가액으로 한다.

④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

4. 「소득세법 시행령」제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 법인의 주식등

⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다.

제55조【순자산가액의 계산방법】① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

제58조의3【국외재산에 대한 평가】① 외국에 있는 상속 또는 증여재산으로서 법 제60조 내지 법 제65조의 규정을 적용하는 것이 부적당한 경우에는 당해 재산이 소재하는 국가에서 양도소득세·상속세 또는 증여세등의 부과목적으로 평가한 가액을 평가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 평가액이 없는 경우에는 세무서장등이 2이상의 국내 또는 외국의 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액을 참작하여 평가한 가액에 의한다.

<별지3> 해외현지법인 주식 양도차손익 신고내역

(단위 : 백만원)