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청구법인이 재조사 결정 이후 종전자산...
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심판청구인용
청구법인이 재조사 결정 이후 종전자산을 관리처분계획인가일을 평가기준일로 하여 소급감정평가한 쟁점감정가액을 종전자산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
조심-2023-서-10322생산일자 2024.07.10.
AI 요약
요지
청구법인이 제시한 쟁점감정가액이 객관성·합리성이 부족하다거나 충분한 검토가 없었다고 볼만한 사정은 보이지 않는 반면, 처분청은 개별공시지가 외에 쟁점감정가액보다 객관적이고 합리적으로 보이는 관리처분계획인가일 현재 시가를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점감정가액을 관리처분계획인가일 현재의 시가에서 배제한 처분은 잘못이 있음
질의내용

[주 문]

관악세무서장이 2022.12.1. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 관악구 OOO 등 219개 필지의 토지 및 건축물(이하 “종전자산”이라 한다)에 아파트 519세대(조합원 및 일반분양 430세대, 임대분양 89세대) 및 근린생활시설 등을 신축하는 것으로 하는 A구역 주택재개발정비사업(이하 “쟁점재개발사업”이라 한다)을 수행하기 위하여 2008.3.13. 설립인가를 받았고, 2009.10.29. 사업시행의 인가 및 2011.12.22. 관리처분계획의 인가OOO를 거쳐 착공한 후 2020.4.29. 준공인가를 받았다.

나. 청구법인은 위 조합원으로부터 현물출자받은 종전자산의 취득가액을 사업시행인가일(2009.10.29.)을 기준으로 감정평가한 OOO원(이하 “종전감정가액”이라 한다)으로 장부상 계상하였고, 2020사업연도 법인세 신고 시 수익사업인 일반분양비율(15.256%)을 적용한 금액을 분양원가로서 손금에 산입하였다.

다. 이후 청구법인은 2021.12.2. 관리처분계획인가일(2011.12.22.) 기준으로 소급하여 감정평가한 OOO원(증액 OOO원, 이하 “쟁점감정가액”이라 한다)에 일반분양비율 등을 적용한 금액을 종전자산의 취득가액으로 변경한 후 증액분을 분양원가로 추가 손금산입하여, 2020사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 2022.12.1. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.16. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2023.6.26. 관리처분계획인가일을 기준으로 하여「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제5조 제3항에 따라 감정평가를 의뢰하는 등의 방법으로 그 적정한 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지의 결정(조심 2023서686, 2023.6.26.)을 하였다.

마. 처분청은 우리 원의 결정 이후, 종전자산의 취득가액을 계산하는 데에 그의 시가가 불분명하므로「법인세법 시행령」제89조 제2항에 따라 종전감정가액이나 쟁점감정가액이 아닌 개별공시지가 및 국세청장이 산정․고시하는 건물가액(이하 “건물가액”이라 한다)을 적용하는 것이 타당하다고 보아, 2023.9.27. 청구법인에게 당초 처분이 정당하다는 취지의 재조사 결과통지(이하 “후속 처분”이라 한다)을 하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.5. 심판청구를 다시 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 처분청의 후속 처분(재조사 결과통지)은 조세심판원 결정의 기속력에 반하므로 위법한 처분이다.

  (가) 대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결은 조세불복절차 과정에서 그 불복사유가 인정되어 이에 따라 필요한 재조사 결정을 하였을 경우에는 처분청이 동일한 사항에 관하여 특별한 사유 없이 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법한 처분에 해당한다는 취지로 판시하고 있다.

  (나) 조세심판원은 청구법인이 당초 제기한 심판청구에 대하여 관리처분계획인가일 현재의 시가를 재조사(감정평가를 의뢰하는 등)하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지로 결정하였음에도, 처분청은 감정평가 등을 실시하지 않은 채, 종전자산의 시가가 불분명하다고 보아 그 취득가액을 개별공시지가 및 건물가액으로 적용하는 후속 처분을 하였는바, 이는 조세심판원 결정의 취지 및 기속력에 반하는 위법한 처분이다.

 (2) 청구법인이 제시한 종전자산의 쟁점감정가액은 공신력 있는 감정기관 2곳이 합리적인 방법 등으로 평가한 감정가액의 평균액인바, 이를 시가로 보아 종전자산의 취득가액으로 적용하여야 한다.

  (가)「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호는 상품 등 외의 자산의 취득시기를 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있고, 이 건 조합원은 관리처분계획인가일(2011.12.22.)에 종전자산을 청구법인에게 현물출자 방식으로 공급하여 신축부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득하게 되었고, 청구법인은 관리처분계획인가일에 조합원의 종전자산에 신탁등기 없이 기존의 건축물 등을 철거하는 등 사용수익할 수 있는 권리를 취득하면서 재개발사업을 추진하였는바, 청구법인의 종전자산 취득시기는 사업시행인가일이 아니라 관리처분계획인가일로 적용하여야 하고, 그 취득가액은 당연히 관리처분계획인가일(2011.12.22.) 현재의 시가를 적용하여야 하는 것이다.

  (나)「법인세법」제41조 제1항, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 및 제89조 제2항은 현물출자에 의하여 취득한 자산의 경우에 감정평가법인이 감정한 가액을 시가로 볼 수 있다고 규정하고 있고, 달리 소급감정가액을 시가로 인정할 수 없다는 명문 규정이 없다.

  (다) 청구법인은 공신력이 있는 감정기관 2곳에 종전자산의 취득시기인 관리처분계획인가일을 평가기준일로 하여 소급감정을 실시하였기에, 그 가액을 산출하는 과정 및 내용 등에 객관성과 합리성이 인정된다면 비록 쟁점감정가액이 소급하여 감정평가한 가액이라 하더라도 이를 종전자산의 시가로 적용하여야 한다.

  

   1) 감정기관의 감정평가서는 이 건 관리처분계획인가일 직후(2012. 2.4.) 쟁점재개발사업 내 일부 토지인 서울특별시 관악구 OOO의 매매사례가액(1㎡당 OOO원) 및 그 인근지역 내 단독주택 실지거래가액(1㎡당 OOO원) 등을 감안하여 평가된 것으로 쟁점감정가액(1㎡당 OOO원)과 비교할 때, 쟁점감정가액은 적정한 시세를 반영한 것으로 보아야 한다.

<B법인의 감정평가서(일부 발췌)>

○ B법인 감정평가서(17쪽)

(쟁점재개발사업 인근지역 내 실거래가격 수준, 1㎡당)

1

OOO

대지

96.6

2종

단독주택

세로(가)

2011.4.4.

OOO원

2

OOO

대지

113.6

2종

단독주택

세로(가)

2011.11.5.

OOO원

3

OOO

대지

97.6

2종

단독주택

세로(가)

2011.12.22.

OOO원

*1㎡당 평균거래가액 OOO원

(쟁점재개발사업 인근지역 내 실거래가격 수준, 1㎡당)

1

OOO

대지

106.0

1종

단독주택

세로(불)

2011.12.4.

OOO원

2

OOO

대지

83.7

1종

단독주택

소로한면

2011.3.25.

OOO원

3

OOO

대지

128.9

1종

단독주택

소로한면

2011.6.20.

OOO원

*1㎡당 평균거래가액 OOO원

   2) 처분청은 청구법인이 감정기관의 의견서(쟁점감정가액이 객관적이고 합리적으로 감정됨)를 제출하였음에도 소급감정가액은 인정한 사례가 없으므로 관리처분계획인가일 현재의 시가로 적용할 수 있는 감정가액이 없다고 보고, 종전자산의 취득가액을 개별공시지가 및 건물가액으로 적용하여 당초 처분을 유지한다는 후속 처분(재조사 결과통지)을 하였는바, 이는 지극히 행정 편의주의적인 것이다.

   3) 처분청이 쟁점감정가액이 소급감정가액으로 합리성이 부족하다면서도 어떠한 감정평가 등을 실시하지 않고 시가가 불분명하다고 단정한 것은 조세심판원 결정[처분청이 비교표준지 산정 또는 토지평가에 있어 ‘그 밖의 보정치’ 반영의 적정성 여부 등 쟁점 감정가액의 합리적 산정으로 산정되지 않은 측면이 있다는 의견을 제시하고 있으므로 처분청이 관리처분계획인가일 현재의 시가(새로운 감정평가 등)를 재조사하여 경정하라]의 취지에 반하는 것이다.

  (라) 처분청은 청구법인이 서울특별시 관악구청장으로부터 취득한 시유지에 대한 매각가격(OOO원)을 감안할 때, 쟁점감정가액은 과다평가된 것이기에 종전자산의 취득가액으로 적용할 수 없다는 의견을 제시하나, 다음과 같은 이유로 이를 받아들일 수 없다.

   1) 청구법인이 이 건 관리처분계획인가일(2011.12.22.) 이전인 2010 년 10월경 서울특별시 관악구청장으로부터 쟁점재개발사업을 위하여 시유지를 매수한 경위 등은 다음과 같다.

○ 2008.3.13. : 청구법인의 조합설립 인가

○ 2009.10.29. : 쟁점재개발사업 시행인가[종전자산(토지)의 감정가액 OOO원]

○ 2010.5.10. : 청구법인이 서울특별시 관악구청장에게 시유지에 대한 매수신청 접수

○ 2010.10.8. : 서울특별시 관악구청장은 청구법인에게 시유지의 매각가격을 OOO원[종전자산(토지) 감정가액의 109.9%]으로 결정통지

○ 2011.3.31. : 청구법인은 서울특별시 관악구청장과 시유지 매매계약 체결

○ 2011.5.30. : 시유지 매각대금 완납

○ 2011.10.6. : 감사원의 서울특별시 강동구청 및 관악구청에 대한 기관운영감사 시 쟁점재개발사업 내 시유지 매각에 대하여 감사 지적

   * 처분내용 : 관악구청장의 시유지 저가매각에 대한 중징계 결정

○ 2011.12.22. : 쟁점재개발사업 관리처분계획인가OOO

○ 2012.3.15. : 감사원에 대한 재심의 기각 결정

○ 2012.12.20. : 서울행정법원(2012구합11621) 각하 결정

○ 2014.2.19. : 서울고등법원(2013누3018) 각하 결정

   2) 서울특별시 관악구청장은 청구법인의 시유지 매수신청에 대한 매각결정을 함에 있어 감정기관 2곳을 대상으로 감정평가액을 산출하여 산출평균한 금액 이상으로 매각예정금액을 정하여야 함에도 청구법인의 사업시행인가일(2009.10.29.) 현재 관리처분계획의 수립용으로 감정평가한 종전감정가액(토지, OOO원)에 109.9%를 가산한 금액으로 매각가격(OOO원)을 결정통지하는 오류를 범하였고, 그 후 2011년 10월경 감사원의 기관운영 감사 결과, 서울특별시 관악구청장은 청구법인에게 시유지를 저가에 매각하였다는 이유로 중징계 처분을 받게 되었다.

   3) 조세심판원은 청구법인이 당초 제기한 조세심판 청구사건에서 “종전자산의 취득시기를 관리처분계획인가일로 볼 경우, 그 취득가액은 관리처분계획인가일(2011.12.22.)의 시가로 적용하여야 하는데, 청구법인이 2020사업연도 법인세 신고 시 반영한 종전자산의 취득가액(종전감정가액)은 사업시행인가일(2009.10.29.)을 기준으로 감정평가한 가액으로 그 기준일이 취득일(2011.12.22.)보다 약 2년전의 가액이어서 종전자산의 취득가액을 객관적으로 반영하였다고 보기 어려운 점, 재개발사업에 출자된 부동산의 시가는 사업이 시행된다는 것을 전제로 한 개발이익이 포함된 가액으로 평가하여야 할 것인바, 사업시행인가일 현재의 가격에 위의 같은 사항이 반영되었다고 보기 어려운 점, 또한 관리처분계획인가일 7개월 전 거래사례(서울특별시 관악구청장이 시유지를 조합원에게 매각한 가액 OOO원)가 존재하지만 해당 거래가액은 사업시행인가일 기준으로 감정평가한 가액에 일정비율을 가산한 것에 불과한 점 등에 비추어, 종전감정가액 또는 위 거래사례가액을 종전자산의 시가로 적용하기 어렵다고 할 것이다”라는 취지로 결정(조심 2023서686, 2023.6.26.)한 바 있다.

   4) 따라서 서울특별시 관악구청장의 시유지에 대한 매각가격은 적법한 절차에 의한 감정평가를 받지 아니하고 2년 전의 개발이익이 배제된 종전감정가액(토지)에 일정비율을 가산한 가액이고, 감사원의 기관운영 감사 결과, 종전감정가액(토지)에 기한 매각가격이 저가 매각에 해당한다고 보아 중징계 결정한 점 등을 볼 때, 종전자산의 취득가액은 종전감정가액이 아니라 관리처분계획인가일 현재의 쟁점감정가액을 시가로 적용하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 조세심판원 결정(조심 2023서686, 2023.6.26.)상 주문에 ‘감정평 가를 의뢰하는 등’의 문언은 하나의 예시로서, 재조사에서 반드시 감정평가를 실시하여야 한다고 단정할 수 없고, ‘적정한 시가를 재조 사하여’의 문언은 적정한 가액을 시가로 인정하라는 취지로 보아야 하므로 처분청이 감정평가를 실시하지 않았다는 이유만으로 이 건 후속 처분이「국세기 본법」제80조 심판결정의 행정청에 대한 기속력을 위반 한 것이라 단정할 수 없다(조심 2021부6864, 2022.7.18. 참조).

 (2)「법인세법」상 자산의 평가는 ‘시가>감정가액(OOO원)>개별 공시지가(OOO원) 등’의 차례로 적용하도록 규정하고 있고, 감정평가의 객관성ㆍ공정성ㆍ진실성을 충족하여야 하는바, 감정기관은 공시지가기준법으로 종전자산(토지)을 평가한 다음, 거래사례비교법으로 그 합리성을 검토하면서 가치형성요인이 유사한 사례를 비교대상으로 선정하였다고 하나, 평가기준일 7개월 전에 존재하는 종전자산(토지)의 실제매매사례가액을 감정평가 시 비교대상으로 선정하거나 적어도 유사사례와 같이 선정함이 타당함에도 이를 누락하였으며, 종전자산(토지)의 매매사례가액을 시가로 단정하기 어렵다는 취지의 조세심판원 결정과, 쟁점감정가액의 정당성을 인정할 수 없는 등 시가가 불분명하다고 보아 종전자산의 취득가액을 개별공시지가 등으로 적용하는 것이 타당하다. 다만 개별공시지가 등이 종전감정가액보다 낮아 불이익변경금지의 원칙에 따라 종전감정가액을 종전자산의 취득가액으로 하는 당초 처분을 유지하는 후속 처분(재조사 결과통지)을 하였으므로 이 건 처분은 정당하다.

  (가) 서울특별시 관악구청장은 사업시행인가일(2009.10.29.) 현재 종전자산(토지)에 대한 감정평가액 OOO원에 109.9%를 가산하여 2010. 10.8. OOO원으로 청구법인에게 종전자산(토지)의 매각가격을 결정통지하였고, 종전자산(토지) 219개 필지에 대한 공시지가 증가율을 보면, 사업시행 인가일부터 매각결정일까지는 101.80%, 매각대금 완납일까지는 106.38%로 나타나는바, 위 109.9%의 적용수치는 매각가격 완납일까지의 시가와 재개발이익 상당액도 최소한 반영한 것으로 볼 수 있다.

<종전자산(토지) 공시지가 증가율>

(단위 : 1㎡당, 원, %)

구분

공시지가

공시지가 증가율(%)

a.2009.10.29.

사업인가일

b.2010.10.8

매각가격 결정일

c.2011.5.30.

매각대금완납일

d.2011.12.22.

관리처분인가일

b/a

c/a

d/a

c/b

금액

OOO

OOO

OOO

OOO

101.80

106.38

111.72

104.50

  (나) 종전감정가액 평가기준일(2009.10.29.)부터 쟁점감정가액 평가기 준일(2011.12.22.)까지 약 2년 동안 종전자산(토지)의 공시지가는 111.7% 증가한 반면에, 쟁점감정가액(OOO원)은 종전감정가액(OOO 원) 대비 143.8% 상회하여 그 차이가 너무 커서 감정평가의 객관성ㆍ합리 성이 부족하므로 쟁점감정가액을 시가로 인정할 수 없다.

  (다) 거래사례비교법에 따라 종전자산(토지, 50개 필지)을 환산 평가한 가액이 OOO원인데 비해 감정기관이 감정평가 시 비교사례로 평가한 가액이 OOO원으로 약 OOO원(134.5%)의 커다란 차이가 있는 등「감정 정평가에 관한 규칙」제2조 제2항의 거례사례비교법 및 공시지가기준법 등의 충분한 검토가 있었다고 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 처분청의 ‘당초 처분이 정당하다’는 취지의 후속 처분(재조사 결과통지)이 조세심판원 결정의 기속력에 반하는 것인지 여부

 ② 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 종전자산의 취득가액은 관리처분계획인가일 현재 소급평가한 쟁점감정가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 청구법인은 서울특별시 관악구청장으로부터 2008.3.13. 서울특별시 관악구 OOO동 일원에 쟁점재개발사업[분양(조합원 및 일반) 430세대, 임대 89세대 및 근린생활시설]을 수행하기 위한 설립인가를, 2009.10.29. 사업시행인가를, 2011.12.22. 관리처분계획인가OOO를 각각 받았고, 착공 후 2020.4.29. 준공인가를 받았다.

  (나) 청구법인은 조합원으로부터 현물출자로 취득한 종전자산에 대하여 2009년(평가기준일 : 사업시행인가일)과 2021년(평가기준일 :관리처분계획인가일)에 아래 <표1>과 같이 각각 감정평가(소급감정 포함)를 실시한 것으로 나타나고, 쟁점감정가액 관련 감정평가서에 의하면, 건명은 ‘법인세신고를 위한 현물출자 자산평가’로, 기준가치는 ‘시장가치’로, 감정평가방법은 토지의 경우 표준지의 공시지가를 기준으로 대상토지의 현황에 맞게 시점수정, 지역요인 및 개별요인 비교, 그 밖의 요인의 보정을 거쳐 대상토지의 가액을 산정하는 공시지가기준법을 적용하고 거래사례비교법을 통해 공지시가기준법의 합리성을 검토한 것으로, 건물은 원가법을 각각 적용한 것 등으로 기재되어 있다.

<표1> 종전자산에 대한 감정평가내역 등

(단위 : 백만원)

감정기관

작성일

기준일

(평가시점)

실시기간

평균액

종전

감정

가액

B법인

2009.12.22.

2009.10.29.

2009.11.16.∼

2009.12.15.

OOO

C법인

2009.12.23.

2009.10.29.

2009.11.16.∼

2009.12.15.

쟁점

감정

가액

D법인

2021.12.2.

2011.12.22.

2021.11.1.∼

2021.11.7.

OOO

B법인

2021.12.2.

2011.12.22.

2021.10.19.∼

2021.12.2.

  (다) 청구법인이 제시한 감정기관의 감정평가의견서에 의하면, 쟁점감정가액은 관리처분계획인가일 당시의 평가 전례 및 거래사례를 근거로 비교표준지 등을 보정하여 가격산정한 것으로, 단순히 세금부담을 덜기 위한 특정 목적으로 또는 고의적으로 가격을 높이기 위하여 감정평가가 수행되지 않았고, 감정평가 이론 및 경험에 비추어 가격 산정에 있어 결론에 이르는데 하자가 있거나 과실이 없는 감정평가라는 등의 내용이 기재되어 있다.

<감정기관의 감정평가의견서 주요 내용>

1. 두 건의 감정평가는 평가목적, 기준시점 등 차이

구 분

종전자산 감정평가

현물출자자산 시가 감정평가

근거 법률

「도시 및 주거환경정비법」

「법인세법」

기준시점

사업시행인가고시일

관리처분계획인가일

감정평가 목적

재산의 배분계획 수립을 위한 조합원 자산의 상대적 가치비율을 산정목적

조합원 출자자산의 시가 산정 목적

개발이익 반영 여부

해당 사업 분양권이익 등 개발이익은 원칙적으로 배제하고 평가

기준시점 현재 현황 및 시가수준을 반영하여 평가

2. 관리처분계획수립 목적의 사업시행인가일 기준 감정평가의 성격

 일반적으로 감정평가자는 같은 물건을 대상으로 감정평가하는 경우 산출과정에서 차이가 없어야 한다고 생각할 수 있으나 감정평가는 평가목적에 따라 기준시점, 비교표준지 선정, 공법상 제한사항 반영여부 등 평가방법이 달리할 수 있습니다.

 특히 관리처분계획수립을 위한 종전자산 감정평가는 현물출자자산 감정평가와 같이 일반적인 시가산정의 감정평가의 예외로서 일반적인 감정평가 기준과 차이가 있습니다. (참조 : 한국감정평가사협의 질의회신 2022-1236호)

 관리처분계획 수립을 위한 종전자산 감정평가는 조합원 자산간 상대적 가치비율을 산정하는 것에 주목적이 있으므로 감정평가 절대금액이 높고 낮음이 문제가 되지 않습니다. 그러므로 대부분의 재개발 정비사업구역에서 사업비례율을 고려하여 종전자산의 감정평가는 감정평가 시점의 시세를 온전히 반영하고 있다고 보기 어렵습니다.

정비사업 비례율

=

(사업 총수입 - 총 사업비용)

종전자산 감정평가 총액

 상기 참고 도표와 같이 관리처분계획수립을 위한 종전자산의 감정평가에서 종전자산 감정평가액이 높을수록 정비사업 비례율이 낮아지는 관계이므로 비례율을 고려하여 당해 시세를 충분히 반영하여 감정평가하기 보다는 조합원간 출자비율 산정이라는 목적에 맞추어 감정평가가 됩니다.

 이와 같은 이유로 쟁점재개발사업의 종전자산 감정평가도 대부분의 재개발사업구역에서 진행된 종전 감정평가와 같이 시세를 온전히 반영하지 아니하고 출자자산의 상대적 비율에 초점을 맞추어 감정되어 당시 주변 시세를 충분히 반영하지 않았다고 볼 수 있습니다.

 쟁점재개발사업의 감정평가에서 “그 밖의 요인” 보정치 산정시 1.05 정도로만 적용되었던 것도 쟁점재개발사업의 열악한 사업성(낮은 비례율)을 고려하여 종전자산 가격에서 당시 시세를 충분히 반영하기 보다는 조합원 자산간 상대적 비율을 산정하는 것을 주된 고려사항으로 하여 그에 맞는 적정가격으로만 산정한 것입니다.

 반면에 관리처분계획인가일을 기준으로 하여 조합원 출자자산에 대한 시가 감정평가인 D법인 감정평가서 17쪽 마-2)‘인근지역 감정평가사례’와 18쪽 3)‘인근지역의 거래사례’에서 확인되는 바와 같이 공시지가 비교표준지의 가격을 ‘그 밖의 요인’으로 1.24∼1.54까지 보정할 객관적이고 충분한 자료가 뒷받침되고 있습니다.

3. 두 건의 감정평가 ‘그 밖의 요인’ 차이 주요한 이유

 첫째, 감정평가시점이 2009.12.12 대비 2011.12.22.로 차이가 있습니다.

 2009년 당시는 2008년 금융위기 직후이기 때문에 금리는 오르고 이에 상응하여 모든 자산가격이 그 이전의 가격도 유지되지 못하고 가장 하락할 때입니다. 그러므로 쟁점재개발사업의 경우 2009년 비교표준지의 공시가격이 전년대비 –1.88% 였습니다.

 과세의 기반이 되는 공시가가가 전년대비 (-)를 기록한 것은 공시지가 제도가 도입된 1989년 이래 35년 동안 1998년 IMF 외환위기 때와 2008년 금융위기 직후인 1999년과 2009년 단, 두 차례 있었습니다. 그만큼 2009년은 부동산 경기가 침체하여 토지자산도 이에 맞추어 하락하였기에 2009년도 실시된 관리처분계획 수립을 종전자산 감정평가도 이 시장상황을 반영한 매우 드문 결과입니다.

 반면에 2년 후인 2011년 현물출자자산 감정평가시에는 부동산 경기가 완전히 회복되지는 못했지만 최악의 침체 상황은 경과하고 회복되는 시기에 접어들어서 주변 부동산 가격도 이에 맞추어 뚜렸하게 회복되던 시기에 평가가 수행된 것이므로 ‘그 밖의 요인’이라는 비교표준지 시세보정도 그 이전의 수치 보다는 당연히 높아지게 되었는데, 이는 단순한 시점차이 이상의 부동산 경기의 측면에서 질적인 차이가 있었다는 점을 이해해야 합니다.

 둘째, 재개발 정비사업에서는 부동산 가격이 사업의 진척 단계에 맞추어 상승하는 경향이 있습니다.[정비구역지정-조합설립인가-사업시행인가-관리처분계획인가-착공–준공]의 여러 사업단계를 거쳐야 비로서 새 주택에 입주하게 되는데 이 중에서 관리처분단계가 조합원 뿐 아니라 주변 지역에까지 명확히 사업에 대한 불확실성이 해소되는 사업단계로 인식되어 당해 부동산 가격이 가장 뚜렷하게 상승하는 경향을 보입니다.

 그러므로 사업시행인가 당시의 종전자산 감정평가 대비 관리처분계획인가일 기준 현물출자자산 감정평가 당시의 시세가 확실히 상승하는 것은 자연스러운 현상이고 이를 시세로 보정하는 것이 필요합니다. 공시지가 비교표준지는 이러한 개별 구역의 사정을 다 반영하여 가격을 공시하는 것이 아니므로 더욱 시세보정의 수치가 그 이전의 때 보다도 높아질 수 있는 것입니다.

  (라) 종전자산(토지)의 폐쇄등기부등본에 의하면, 종전자산(토지)의 소유권은 관리처분계획인가일 전인 2011.5.30. 서울특별시에서 청구법인의 조합원에게 이전등기된 것으로 등재되어 있다.

  (마) 서울특별시 관악구청장이 2010.10.8. 청구법인 및 조합원에게 통지한 ‘시유지 매수신청에 따른 매각가격 결정통지(도시계획과-8189)’에 의하면, ‘「도시 및 주거환경정비법」제48조 제5항 및「공유재산 및 물품관리법 시행령」제27조 제6항에 의한 사업시행인가고시가 있는 날을 기준으로 감정평가업자 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균한 감정평가금액을 공유재산심의회의 심의결과 감정평가액의 109.9%에 해당하는 금액으로 매각가격(OOO원)을 결정하였다’ 등의 내용이 기재되어 있다

  (바) 감정평가사협회의 질의회신(감정평가기준팀-1135, 2014.3.21.)의 주요내용은 다음과 같다.

 (2) 청구법인은 다음과 같이 증빙 등을 제시하면서 쟁점감정가액이 적정하게 평가된 것이라고 항변한다.

  (가) 청구법인이 제시한 이 건 관리처분계획인가일 직후(2012.2.4.) 쟁점재개발사업 내인 ‘서울특별시 관악구 OOO’의 매매사례가액을 보면, 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점재개발사업 내의 매매사례가액 내용

(단위 : 1㎡당 기준, 원)

소재지

용도

매매일

거래금액

쟁점감정가액

서울특별시 관악구 OOO

1종 주거

2012.2.4.

OOO

OOO

  (나) 청구법인이 제시한 이 건 관리처분계획인가일 전ㆍ후 쟁점재개발사업 인근지역의 실제매매거래가액을 보면, 아래 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점재개발사업 인근지역의 실제매매거래가액 내용

(단위 : ㎡, 1㎡당 기준, 원)

OOO

 (3) 처분청은 2024.6.11. 조세심판관회의에 출석하여 종전자산에 대한 관리처분계획인가일 현재 시가로 적용할 수 있는 매매사례가액 등을 찾지 못하여 관련 법령에 따라 개별공시지가 등을 적용할 수밖에 없었다는 취지의 의견을 제시하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

○ 경매평가와 종전자산 감정평가의 차이점

경매평가의 경우 대상물건의 가격조사를 완료한 날짜를 기준시점으로 하여 기준시점에서의 대상물건의 이용상황(불법적이거나 일시적인 이용을 제외한다) 및 공법상 제한 상태를 기준으로 기준시점에 가장 가까운 시점의 표준지 공시지가를 적용공시지가로 선택하여 감정평가하는데 반해, 종전자산의 평가는 상기 경매평가의 일반적인 기준의 예외로 사업시행인가고시가 있은 날의 현황을 기준으로 하되, 해당 정비구역의 지정에 따른 공법상 제한을 받지 아니한 상태를 기준으로 하고, 해당 정비구역의 시행을 직접 목적으로 하여 용도지역이나 용도지구 등의 토지이용계획이 변경된 경우에는 변경되기 전의 용도지역이나 용도지구 등을 기준으로 감정평가합니다. 따라서 경매평가와 종전자산의 평가는 그 평가목적에 따라 기준시점, 적용공시지가의 선택방법, 공법상 제한사항 반영 여부 및 용도지역 변경에 따른 비교표준지 선정방법 등이 상이한 바, 개별·구체적인 상황에 따라 각각의 감정평가액은 차이가 생길 수 있습니다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 조세심판원의 재조사 결정 취지 등에 따라 새로운 감정평가 등을 실시하여 시가를 재조사하여야 함에도 이를 배제하고 후속 처분을 하였는바, 이는 조세심판원 결정의 기속력에 반한다고 주장하나, 처분청은 재조사를 실시한 결과, 관련 법령상 종전자산의 시가의 하나인 매매사례가액 등을 확인할 수 없어「법인세법 시행령」제89조 제2항에 따라「상속세 및 증여세법」을 준용하여 평가하였다는 의견을 제시하고 있는 점, 처분청의 후속 처분이 감정평가를 실시하지 않았다는 이유만으로 우리 원 재조사결정의 주문 및 판단에 반한다고 볼 수 없는 점에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 평가기준일(관리처분계획인가일)부터 약 10년여가 경과한 시점에 소급평가한 쟁점감정가액을 시가로 인정할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 종전자산의 취득시기가 당초 사업시행인가일(2009.10.29.)에서 관리처분계획인가일(2011.12.22.)로 변경 해석․적용(조심 2020부209, 2020.7.7. 외 다수, 같은 뜻임)됨에 따라 종전자산의 취득가액을 정상적으로 반영하기 위하여 그 기간 동안(약 2년)의 지가변동 등을 감안하여 쟁점감정가액으로 감정평가한 것으로 보이는 점, 쟁점재개발사업 내 일부 토지의 매매사례가액(1㎡당 OOO원) 및 그 인근지역 내 실제매매사례가액(1㎡당 OOO원)과 쟁점감정가액(1㎡당 OOO원)을 비교할 때, 쟁점감정가액이 충분한 검토 없이 과다하게 소급평가된 것이라 단정하기 어려워 보이는 점,「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정기관[D법인, B법인]이 작성한 감정평가의견서상에서도 ‘쟁점감정가액은 관리처분계획인가일 현재 적정하게 평가된 것’이라는 취지로 기재되어 있는 반면 달리 그 감정평가에 객관성․합리성이 부족하다거나 충분한 검토가 없었다고 볼만한 사정은 보이지 않는 점, 청구법인이 쟁점감정가액을 제시한 것과는 달리 처분청은 개별공시지가 등 외에 쟁점감정가액보다 객관적이고 합리적으로 보이는 관리처분계획인가일 현재의 시가를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 종전자산 취득가액을 산정함에 있어 쟁점감정가액을 관리처분계획인가일 현재의 시가에서 배제하여 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

 (1) 국세기본법

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

 3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

제79조(불고불리, 불이익변경금지) ① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

 (2) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

 2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

 3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

 (3) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

 3. 상품 등 외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 3. 합병·분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

  가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

  나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

 7. 그 밖의 방법으로 취득한 자산 : 취득 당시의 시가

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.(단서 생략)

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

 1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액).(단서 생략)

 2.「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61 조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액.(이하 생략)

 (4) 상속세 및 증여세법

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

 1. 토지 :「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다).(단서 생략)

 2. 건물 : 건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

 (5) 상속세 및 증여세법 시행령

제49조(평가의 원칙 등) ① 법 제60조 제2항에서 “수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다)이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 “매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영 상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 “납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의 2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

 1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

 2. 해당 재산(법 제63조 제1항 제1호에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 기획재정부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며,(이하 생략)

  가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

  나. 평가기준일 현재 당해 재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

 (6) 도시 및 주거환경정비법

제48조(관리처분계획의 인가 등) ⑤ 주택재개발사업, 주택재건축사업, 도시환경정비사업 또는 가로주택정비사업에서 제1항 제3호·제4호 및 제7호에 따라 재산 또는 권리를 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 의한다.

 1.「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가 업자 중 다음 각 목의 구분에 따른 감정평가업자가 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다. 다만, 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하고자 하는 경우에는 분양예정 대상인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등소유자 전원이 합의하여 이를 산정할 수 있다.

  가. 주택재개발사업 또는 도시환경정비사업 : 시장·군수가 선정·계약한 2인 이상의 감정평가업자

  나. 주택재건축사업 또는 가로주택정비사업 : 시장·군수가 선정·계약한 1인 이상의 감정평가업자와 조합총회의 의결로 정하여 선정·계약한 1인 이상의 감정평가업자

 2. 시장·군수는 제1호에 따라 감정평가업자를 선정·계약하는 경우 감정평가업자의 업무수행능력, 소속 감정평가사의 수, 감정평가 실적, 법규 준수 여부, 평가계획의 적정성 등을 고려하여 객관적이고 투명한 절차에 따라 선정하여야 한다. 이 경우 감정평가업자의 선정·절차 및 방법 등에 관하여 필요한 사항은 시·도조례로 정한다.

제49조(관리처분계획의 공람 및 인가절차 등) ③ 시장·군수는 제2항의 규정에 의하여 관리처분계획을 인가하는 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.

 (7) 감정평가에 관한 규칙

제5조(시장가치기준 원칙) ① 대상물건에 대한 감정평가액은 시장가치를 기준으로 결정한다.

제14조(토지의 감정평가) ② 감정평가법인등은 공시지가기준법에 따라 토지를 감정평가할 때에 다음 각 호의 순서에 따라야 한다.

 1. 비교표준지 선정 : 인근지역에 있는 표준지 중에서 대상토지와 용도지역·이용상황·주변환경 등이 같거나 비슷한 표준지를 선정할 것. 다만, 인근지역에 적절한 표준지가 없는 경우에는 인근지역과 유사한 지역적 특성을 갖는 동일수급권 안의 유사지역에 있는 표준지를 선정할 수 있다.

 2. 시점수정 :「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제125조에 따라 국토교통부장관이 조사ㆍ발표하는 비교표준지가 있는 시·군·구의 같은 용도지역 지가변동률을 적용할 것. 다만, 다음 각 목의 경우에는 그러하지 아니하다.

  가. 같은 용도지역의 지가변동률을 적용하는 것이 불가능하거나 적절하지 아니하다고 판단되는 경우에는 공법상 제한이 같거나 비슷한 용도지역의 지가변동률, 이용상황별 지가변동률 또는 해당 시·군·구의 평균지가변동률을 적용할 것

  나. 지가변동률을 적용하는 것이 불가능하거나 적절하지 아니한 경우에는「한국은행법」제86조에 따라 한국은행이 조사·발표하는 생산자물가지수에 따라 산정된 생산자물가상승률을 적용할 것

 3. 지역요인 비교

 4. 개별요인 비교

 5. 그 밖의 요인 보정 : 대상토지의 인근지역 또는 동일수급권내 유사지역의 가치형성요인이 유사한 정상적인 거래사례 또는 평가사례 등을 고려할 것

제15조(건물의 감정평가) ① 감정평가업자는 건물을 감정평가할 때에 원가법을 적용하여야 한다.

제16조(토지와 건물의 일괄감정평가) 감정평가업자는「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」에 따른 구분소유권의 대상이 되는 건물부분과 그 대지사용권을 일괄하여 감정평가하는 경우 등 제7조 제2항에 따라 토지와 건물을 일괄하여 감정평가할 때에는 거래사례비교법을 적용하여야 한다. 이 경우 감정평가액은 합리적인 기준에 따라 토지가액과 건물가액으로 구분하여 표시할 수 있다.

청구법인이 재조사 결정 이후 종전자산을 관리처분계획인가일을 평가기준일로 하여 소급감정평가한 쟁점감정가액을 종전자산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부