1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 1. 9. 원고에 대하여 별지1 표 기재와 같이 한 각 부가가치세 부과처분은 모두 무효임을 확인한다.

1. 처분의 경위

가. 인천세무서는 2019. 2.경부터 같은 해 4.경까지 주식회사 B의 2014년 1·2기 부가가치세, 2019. 2.경부터 같은 해 6.경까지 주식회사 C의 2015년 1기 내지 2016년 2기 부가가치세에 대한 세무조사를 실시하여(주식회사 B와 주식회사 C를 이하 ‘이 사건 거래처들’), 이 사건 거래처들이 원고에게 가공 매출 세금계산서를 발급하였음을 확인하였다. 원고가 이 사건 거래처들로부터 수취한 가공매입 세금계산서의 내역은 별지2 표 기재와 같다(이하 ‘이 사건 매입 세금계산서’). 나. 피고는 2023. 1. 9. 원고가 이 사건 거래처들로부터 수취한 이 사건 매입 세금계산서의 매입세액을 불공제하여, 아래 표 기재와 같이 원고의 부가가치세를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 5호증, 을 1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고 주장의 요지

구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)이 정한 장기부과제척기간을 적용하기 위해서는 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있어야 하는데, 원고는 이 사건 거래처들에 부가가치세액을 모두 지급하였으므로 조세수입감소의 인식이 없으므로, 피고가 원고에게 장기부과제척기간을 적용하여 이 사건 처분을 한 것은 그 하자가 중대·명백하여 무효이다.

나. 관계 법령

다. 판단

이 사건 매입 세금계산서가 가공 매입 세금계산서인 이상, 원고가 위 각 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항, 구 조세범 처벌법(2015. 12. 29. 법률 제13627호로 개정되기 전의 것) 제3조 제6항 제2호 및 제6호가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 중 하나로 정하는 행위로 부가가치세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위에 해당함이 분명하다. 따라서 원고가 이 사건 매입 세금계산서를 수취하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용된다. 이 사건 처분은 10년의 부과제척기간이 경과하기 전에 이루어진 것임이 역수상 명백하므로, 적법하다고 할 것이다.

원고는 대법원 2022두32825 판결을 근거로 원고는 이 사건 거래처들에 부가가치세액을 모두 지급하였으므로 조세수입감소의 인식이 없으므로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 적용될 수 없다고 주장한다. 그러나 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2에 의하면 사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등이 부과되는 경우에는 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 국세부과제척기간이 적용되는 것이고,¹⁾ 위 대법원 판결 사안은 위 규정이 신설되기 전에 발급된 세금계산서에 관한 것이므로(위 대법원 판결이 원용한 대법원 2013두19516 판결도 마찬가지이다), 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. [그렇지 않더라도, 원고가 허위인 이 사건 매입 세금계산서를 이용하여 법인세를 탈루한 사실과 이 사건 거래처들로부터 원고의 대표이사 등이 공급가액 상당을 되돌려 받은 사실을 자인하고 있고, 부가가치세의 경우에도, 을 3, 6, 9, 10호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 위와 같은 거래의 목적에 관하여 구체적으로 설명하지 않은 점, ② 원고가 이 사건 거래처들로부터 허위인 이 사건 매입세금계산서상 1,773,926,328원(= 932,924,659원 + 841,001,669원) 상당의 공급가액에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으며, 이에 대응한 매출 세금계산서를 발급하였다고 볼 자료가 없는 점, ③ 이에 따라 원고는 허위 매입세액을 부당하게 공제받을 수 있었고, 결과적으로 국가의 조세수입이 감소하게 되었음은 분명한 점, ④ 이른바 ‘자료상’에 해당하는 이 사건 거래처들은 원고와 거래가 있었던 기간부터 가공거래 사실이 적발되기 전까지 이 사건 매입 세금계산서상의 매출세액 177,392,632원2)에 현저히 밑도는 7,206,940원(= 1,087,250원 + 6,119,690원)의 부가가치세 신고‧납부실적이 있을 뿐인 점 등을 종합하면, 원고가 이와 같은 거래과정에서 이 사건 매입 세금계산서에 관한 부가가치세 수입이 감소하게 되었음을 인식하였다고 볼 수 있으므로(가공의 거래대금 중 일부를 반환받지 않았다는 사정만으로는 그 차액이 부가가치세 납부를 위해 제공된 것이라거나 이 사건 거래처들이 부가가치세를 납부할 것이 객관적으로 예상되었다고 볼 수 없다) 이 사건 매입 세금계산서와 관련한 부가가치세, 법인세의 부과제척기간은 모두 10년이라 할 것이다.]

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.