1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에 의하여 OOO으로 OOO 설립된 OOO으로 OOO에 본사를 두고 OOO 등을 주요 목적사업으로 하는 법인이다.

나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.6.2.부터 2022.10.29.까지 청구법인에 대한 통합세무조사(조사대상기간 : 2017∼2019사업연도)를 실시한 결과 청구법인이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제63조의2에 따른 지방이전법인 세액감면을 적용 하면서 본사 외 파견ㆍ교육인원 및 비상근임원 등(이하 “쟁점인원들”이라 한다)을 대상인원에 포함하고, ‘OOO하수처리장 지하화사업’과 관련하여 청구법인이 OOO하수처리장 인근 근린공원용지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 주상복합용지로 용도변경하여 매각한 금액 가운데 사업비에 충당되고 남은 금액 OOO원[매출할인 OOO원, 대체공원 등 부지 매입비 OOO원, 기타 초과매각금액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 구성됨]을 2018사업연도에 전액 손금산입하였으며,

  국고보조금 수익인식시기에 대한 판정 시 예탁계좌가 아닌 청구법인 예금계좌에 국고보조금이 이체된 시기로 하였고, ‘OOO 골프장 사업’과 관련하여 청구법인이 사업시행자에게 사업대상지를 임대하고 임대기간 종료 시 청구법인에게 무상으로 이전되는 해당 토지에 설치된 골프장, 건물, 구축물 등(이하 “쟁점시설물”이라 한다)의 임대기간 종료일 당시의 시가(코스조성비용 포함)를 해당 골프장의 준공일부터 임대기간 종료일까지의 기간에 걸쳐 안분한 금액을 과세기간별로 부가가치세 과세표준 등에 포함하는 것으로 하였으며, OOO 등 총 4개 지구 건축공사 당시 발코니 공사가 무상제공된 것으로 처리한 것 등을 확인하고 해당 과세자료를 통보하자,

  처분청들은 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 각 경정․고지하였고, 이 가운데 위와 관련된 법인세 및 부가가치세 해당액은 아래 <표2>와 같다.

<표1> 청구법인에 대한 법인세 및 부가가치세 부과내역

ㅇㅇㅇ

<표2> 이 건 관련 법인세 및 부가가치세 부과내역

ㅇㅇㅇ

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 대법원 판례 및 조세심판원 결정례에 따르면, 이전본사의 근무인원에 해당하는지 여부는 근무장소를 기준으로 기계적으로 판단하는 것이 아니라 업무의 특수성 및 근로 형태 등 다양한 요소들을 종합적으로 고려하여야 한다.

  대법원 판결(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결)과 조세심판원 결정(조심 2016전2522, 2017.2.10.)에 따르면 이전본사의 근무인원 해당 여부는 직원들의 근무장소뿐만 아니라 실질적 업무수행 장소, 수행하는 업무의 내용, 복명 관계, 업무의 특성 등 제반 사정을 종합해서 판단하여야 한다.

  이러한 대법원 판결 및 조세심판원 심판례에 따라 쟁점인원들의 이전본사 근무인원 해당 여부를 판단하여 보면, 우선 국내 파견 쟁점인원들의 경우 본사 내 부서에 소속된 직원으로서, 해당 부서의 사업과 관련하여 정부 부처인 국토교통부 등 국내 유관기관과의 유기적인 협력을 위해 불가피하게 파견된 것일 뿐이고, 본사의 통제하에 본사 업무를 수행하고 있다.

  따라서, 쟁점인원들은 그 업무 특성상 불가피하게 본사에서 근무하고 있지는 않지만, 본사 소속으로서 각 파견지에서 본사 업무를 수행하고 있으므로 “이전본사의 근무인원”에 해당하는 것으로 판단된다.

  수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면의 취지는 수도권 과밀을 억제하고 지역균형발전을 도모하기 위한 것으로, 쟁점인원들을 이전본사 근무인원에 포함하는 것은 그 입법취지에 부합한다.

  청구법인은 본사 소속인 파견 직원들에 대한 종업원분 주민세와 개인지방소득세(특별징수분)를 본사가 소재한 OOO에 납부하고 있고, 법인지방소득세 사업장 안분 시에도 OOO 사업장에 속한 종업원으로 산정하고 있다.

  회사가 쟁점인원들에 대해 납부하고 있는 주민세와 지방소득세는 시세인 지방세로서 관할 OOO에 직접 귀속되어 지방재정을 충실히 함으로써 실질적인 지역균형발전을 실현하는 데 크게 기여하고 있다.

   또한, 쟁점인원들 중 상당수는 해외 또는 각종 정부 부처가 다수 소재한 세종특별자치시 등에서 본사의 업무를 수행하고 있는바, 이와 같이 청구법인의 본사 이전 전 수도권에 거주하던 직원들은 파견 명령에 따라 여전히 수도권 이외 장소에서 근무하고 있어 수도권 과밀억제해소라는 구 조특법의 입법취지에도 부합한다고 볼 수 있다.

 (2) 청구법인은 경기도 OOO와 OOO하수처리장 악취저감을 위한 하수처리장 지하화사업과 하수처리장 부지 내에 조성되는 대체 공원, 도시계획도로 등의 조성공사 등에 대하여 협약을 체결하였다.

  본 협약에 따르면 이 건 사업에 소요되는 사업비는 청구법인이 OOO 등과 분담하며 청구법인은 OOO하수처리장 인근 근린공원용지를 주상복합용지로 용도변경하여 매각한 금액을 쟁점사업의 사업비(OOO)에 투입하고 이를 초과할 경우 대체 공원과 도시계획도로 부지 매입에 사용하고, 부지 매입 후에도 남은 금액은 OOO에 지급하기로 하였다(시행협약 제5조 제3항).

  청구법인은 위 용지를 매각하였고 매각대금 OOO원 중 OOO원에 대해서는 당초 시행협약에 따라 사업비에 충당하였고, 사업비 분담금 OOO원을 차감한 OOO원에 대해서는 택지개발사업이 준공된 2018년 중 [매출원가/기타예수금]으로 계상하였다. 이 중 예수금 OOO원을 협약에 따른 대체 부지 매입에 사용하였으며, OOO원은 매출할인으로 반영되었다. 이후 청구법인은 나머지 예수금인 OOO원에 대하여 OOO에 대금 지급(2021년 4월 OOO원 및 2021년 7월 OOO원)시마다 예수금을 반제처리하는 방식으로 회계처리를 하였다.

  이에 대하여 조사청은 초과매각금액(쟁점금액)의 법인세법령에 따른 손금 귀속시기를 청구법인이 판단한 2018사업연도가 아니라, 실제 OOO에 지급한 시점(2021사업연도)으로 보았고, 이에 따라 처분청은 청구법인에 대한 법인세 등의 부과처분을 하였다.

  청구법인이 OOO에 지급해야 할 쟁점금액의 손금 귀속사업연도는 청구법인의 지급 의무가 성립하고 지급할 금액이 모두 확정된 2018 사업연도로 보아야 한다.

 「법인세법」 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 정하고 있고 이처럼 「법인세법」 은 손익이 권리의무의 확정 시에 실현되는 것으로 보는 권리의무 확정주의를 채택하여 손익의 귀속시기를 명확하게 규정하고 있다.

  이를 구체적으로 이 사건 사실관계에 따라 검토하여 보면, 쟁점금액 가운데 OOO원은 금전 채무로서 위의 용지를 매각한 이후 사업비 분담금 지급을 완료하고 대체공원 등 부지 매입마저 완료된 2018년 12월에 발생되고 확정되었으며, 시행협약 제5조에 따라 청구법인이 OOO에 쟁점금액인 금전채무를 이행해야 하는 시기는 2018년 12월에 도래하였다.

  또한 이 건의 경우 권리의무 확정주의 및 관련 사례(조심 2019중935, 2020.3.4., 전주지방법원 2007.2.15. 선고 2006구합405판결)에 비추어 보더라도 청구법인이 OOO에 지급해야 할 초과매각액의 손금 귀속 사업연도는 청구법인의 채무의 내용이 확정되고 그 이행시기가 도래한 2018사업연도로 보아야 함이 타당하다.

<표3> 쟁점금액 산정내역

ㅇㅇㅇ

 (3) 국가보조금에 대한 청구법인의 권리 및 경제적 효익과 소유권이 보조금이 ‘e나라도움’ 예탁계좌에 이체된 시점에 확정된 것으로 볼 수 없으므로, 익금의 귀속시기는 청구법인 계좌에 국고보조금이 이체된 시점으로 보아야 한다.

  2017.1.4. 및 2017.5.8. 「보조금 관리에 관한 법률」 및 같은 법 시행령 개정에 따라 종전의 교부통지 후 즉시 지급 방식에서 교부통지 후 ‘e나라도움’ 예탁계좌를 통하여 지급하는 방식으로 변경되었다.

  이와 같이 보조금 관리에 관한 법령의 개정으로 ‘e나라도움’ 예탁계좌에 국고보조금이 이체되었다고 하더라도, 청구법인이 비용을 집행하고 이에 대한 예탁계좌의 국고보조금을 수령하기 위해서는 해당 비용에 대한 증빙을 ‘e나라도움’시스템에 업로드하고 비용이 적절하게 사용되었다는 시스템 인증을 통과하여야 하는바, 청구법인에게는 이러한 보조금이 당초 교부 목적에 맞게 사용되었는지 입증하여야 할 의무가 부과되어 있고, 이러한 의무의 이행 없이는 동 보조금은 청구법인에게 귀속될 수 없는 금전에 해당되어 청구법인으로서는 동 보조금을 수취할 권리가 아직 성숙되지 아니한 것이다.

  따라서, 단순히 예탁계좌에 입금된 시점에 국고보조금에 대한 청구법인의 권리 및 경제적 효익의 귀속이 확정된 것으로는 간주될 수 없다. 더욱이, 예탁계좌에 보조금이 입금되었다 할지라도 교부권자는 이를 다시 회수할 수 있고, 한국재정정보원 명의의 예탁계좌에서 발생되는 이자수익 또한 청구법인이 아닌 교부권자에게 귀속되는 것인바, 이는 동 보조금의 권리 및 경제적 효익이 청구법인에게 귀속된 것으로 볼 수 없다는 점을 입증하는 또 다른 근거가 된다.

  그리고, ‘e나라도움’ 예탁계좌는 청구법인 명의의 계좌가 아니고, 청구법인은 동 계좌의 소유권 또한 전혀 보유하고 있지 아니하다.

  또한, 예탁계좌에 입금된 국고보조금의 경우 청구법인이 임의로 인출할 수 없고, 해당 계좌에서 발생된 이자 또한 청구법인에게 귀속되지 않으며(사용․수익권 없음), 예탁계좌의 보조금을 담보물권으로 삼거나 임의로 예탁계좌를 해지할 권리가 청구법인에게는 없다.

  즉, 청구법인에게는 예탁계좌에 예치된 국고보조금에 대한 사용․수익 처분을 할 그 어떠한 권리도 부여되어 있지 아니한바, 결국 국고보조금에 대한 소유권을 향유할 수 없으므로 법인세법령에 따른 그 보조금이 청구법인에게 확정적으로 귀속된 것으로 간주함은 관련 법령뿐만 아니라 실질에도 부합하지 않는 것으로 판단된다.

  기업회계에서 ‘e나라도움’ 국고보조금은 사용하는 시점(청구법인 계좌에 보조금이 이체된 시기)에 수익으로 인식되고, 별도의 세법상 규정이 없는 한 기업회계기준을 존중하여야 한다는 점에서도 국고보조금의 귀속시기를 청구법인의 계좌에 보조금이 입금된 시기로 보아야 한다.

  금융감독원 질의회신(금감원 2010-018, 2010.9.10.) 및 산업통산자원부 산하 한국산업기술평가관리원 지침(지식경제R&D정부출연금 회계처리 Guideline, 2010년 10월 및 산업기술혁신사업 R&D 정부출연금 회계처리 Guideline, 2019년 11월)은 보조금 정산시스템을 사용하는 기업들에 대해 연구비 지출 시점에 국고보조금을 회계처리하도록 안내하고 있어, 대부분의 기업에서 사업자 계좌 이체일을 기준으로 회계처리를 수행하여 온 사실이 존재하는바, 공정․타당한 회계관행이 존재한다.

  또한, 기업회계기준대로 연구비 지출시기에 국고보조금을 인식하면, 연구비를 지출할 때 연구비와 국고보조금 수익이 세무상 상계되므로 납세자가 자의적으로 손익을 조작할 여지도 전혀 없게 되고, 국고보조금 지급이 확정되는 시기에 익금을 인식하므로 수익비용 대응의원칙에 부합할 뿐만 아니라, 「법인세법」상 권리의무 확정주의에 보다 부합하며, 「법인세법」의 여타 다른 규정들과도 충돌하지 아니한다.

  국고보조금의 귀속시기를 청구법인의 계좌에 해당 국고보조금이 입금된 시기로 보는 견해는, 급격한 세부담의 증가를 상쇄하는 일시상각충당금 또는 압축기장충당금과 같이 보조사업자를 재정상 원조하기 위해 지급되는 보조금의 지급취지와 「법인세법」 관련 규정과도 더욱 부합한다.

  국고보조금은 법인세법령에 따른 익금에 해당하지만, 국고보조금을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용 자산을 취득하거나 개량하는데 사용한 경우 감가상각자산의 경우 일시상각충당금 또는 비상각자산의 경우 압축기장충당금으로 손금산입하여 세부담의 증가를 상쇄할 수 있도록 규정하고 있다(「법인세법」 제36조, 같은 법 시행령 제64조).

  이는 국고보조금으로 인한 급격한 세부담의 증가를 상쇄하고 법인세 부담을 이연하도록 하기 위한 규정인바, 결국 동 규정은 국가 외의 자가 수행하는 사업에 대해 재정상 원조하기 위하여 지급(「보조금 관리에 관한 법률」 제2조 제1호)되는 보조금의 지급취지와 일맥상통한바, 이러한 국고보조금이 입금된 시기를 익금의 귀속시기로 보는 견해 역시 세부담을 완화하는 효과가 존재하여 재정상 원조를 위해 지급되는 보조금의 지급취지와 부합한다.

  만일, 조사청의 의견과 같이 교부통지와 함께 ‘e나라도움’ 예탁계좌에 국고보조금이 이체된 시기를 익금 귀속시기라고 할 경우 미래에 수취할 보조금에 대해서도 보조사업자는 자신의 부담으로 법인세부터 납부해야 하고 그 결과 보조사업 초기 급격한 법인세 부담에 따른 보조사업의 재정지원 효과가 상쇄되어 그 취지에도 어긋난다.

 (4) 청구법인은 2007.2.28. OOO 외국인투자유치 프로젝트에 관한 사업자 공고를 통해 사업자후보자로 선정된 OOO과 OOO(실시 계획에 의해 투자3․4블록으로 명칭변경)에 대하여 테마파크형 골프장사업의 사업협약(이 건 사업협약)을 체결하였다.

  이 건 사업협약과 관련 임대차계약에 따르면 AAA가 청구법인으로부터 임대한 토지에 설치한 골프장, 부대시설 및 기타 시설물(쟁점시설물)은 임대기간 종료됨과 동시에 청구법인에게 무상으로 귀속되거나, 청구법인의 요구에 따라 AAA의 부담으로 철거하도록 규정되어 있다. 이후 AAA는 토지임차 후 이 건 사업협약에서 정한 바에 따라, 쟁점시설물을 설치하고 2011.11.28. 골프장 준공 후, 2012.5.27. BBB을 개장하였다.

  이러한 사실관계에 대해 조사청은 골프장, 부대시설 및 기타시설물의 설치가액 및 골프장 조성을 위해 지출한 코스 비용을 임대 수입금에 해당되는 것으로 보아 과세하였다.

  쟁점시설물은 사업대상지 임대기간 종료 후 청구법인에 무상 귀속될 것이 확정되지 않았으므로, 조사대상 각 사업연도의 토지 임대용역으로 보아 법인세법령에 따른 익금에 산입할 수 없다.

  사업협약서 제17조 제2항에 따라 청구법인은 쟁점시설물 중 귀속을 원하지 않는 시설물의 철거를 사업시행자에게 요구할 수 있고, 사업시행자는 사업시행자의 부담으로 그 시설물을 철거하도록 규정되어 있는바, 쟁점시설물이 청구법인에게 무상귀속될 것이 확정된 것으로 볼 수 없다.

  판결(대법원 2021.10.14. 선고 2021두43378 판결)에서도 청구법인의 쟁점과 유사사실관계(사업협약상 지방자치단체가 토지 임대기간 종료 시 설치 건축물에 대한 무상귀속 또는 철거를 선택할 수 있는 경우)에서 사업시행자가 건축물을 준공 및 취득하였을 당시에는 그 건축물이 토지 임대인(지방자치단체)에게 귀속될 것이 사실상 확정되어 있다고 보기 어렵다고 판시한 바 있다.

  청구법인과 사업시행자가 협약을 체결한 2007년 당시 국내 골프장 산업은 전망이 불투명하였고, 실제 2017년까지 이 건 골프장과 같은 CCC 영업이익률은 12.3% 감소하였는바, 청구법인은 당연히 쟁점시설물 철거 후 부지를 다른 용도로 사용하고, 막대한 철거(원상복구)비용을 방지해야 할 필요성이 존재하였다.

  특히, OOO으로서 골프장을 운영할 수 없어 쟁점시설물을 취득할 것이 예정되어 있지 아니하였을 뿐만 아니라, 임대차기간 종료 시점에는 정부 주택공급 정책에 따라 주택용지 전환이 필요할 가능성도 존재하였다.

  또한, 해당 시설물의 소유인은 임차인인 주식회사 ㈜AAA개발임이 분명하고, 현재까지도 임차인의 자산으로 감가상각비를 계상하고 있다는 사실도 쟁점시설물에 대한 소유권이 청구법인에게 귀속될 수 없음을 보여주는 또 다른 근거이다.

  해당 시설물은 “「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 “민간투자법”이라 한다) 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설”에 해당하지 아니하므로 「부가가치세법 시행령」 제29조 제2항 제4호가 적용될 수도 없다.

 「부가가치세법 시행령」 제29조 제2항 제4호는 사업자가 민간투자법 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일을 용역의 공급시기로 보고 있다. 이에 따라 해당 시설물이 민간투자법을 준용하여 설치된 시설로 볼 수 있는지 여부를 살펴보면, 우선 민간투자법은 이 건 사업의 직접적인 근거 법률이 아니고, 사업협약서상으로도 사업의 관계 법령으로 규정된 바 없는바, 이 건 사업협약은 민간투자법과 전혀 무관하다.

 「부가가치세법 시행령」 제29조 제2항 제4호가 일반적인 BOT 방식(시설물 등을 설치한 후 계약기간 동안 사용하다가 계약 만료시점에 시설물의 소유권을 이전하는 경우)에 적용된다고 보더라도, 앞서 거듭 언급한 바와 같이 이 건의 경우 철거요청권에 따라 쟁점시설물의 무상귀속 여부가 미확정인 이상 「부가가치세법 시행령」 제29조 제2항 제4호는 과세 근거가 될 수 없다.

  BBB 임대료 반환 소송의 2심(OOO 판결) 판결문에 따르면, 청구법인은 사업자 공모 당시 감정인의 감정평가 결과에 근거하여, 원형지 상태임을 전제로 하여 m2당 OOO원으로 공고하였으나, 이후 입찰과정을 통하여 원고(사업시행자)와 사이에 이 사건 임대차계약의 차임을 m2당 OOO원으로 정하였다.

  또한, 판결문에서 “임대차계약상 차임은 골프장용지로 사용될 것을 전제로 정한 것이고, 피고가 원고에게 이 사건 골프장용지를 원형지 상태로 인도하기로 하였고, 이 사건 임대차 계약상 차임이 시설물 귀속 등 원고의 손실을 고려하였다는 점만으로는 원고의 주장과 같이 원형지 상태를 기준으로 이 사건 임대차 계약상 차임을 정하였다고 보기는 어렵다”고 판시하고 있다. 즉, 위 판결 내용에 따르면 골프장 임대료는 토지의 상태에 따른 사용가치만을 기준으로 산정되었고, 임대기간 종료 이후 쟁점시설물이 무상귀속될지 여부와 무관하게 결정된 것으로 봄이 타당하다.

  한편, 사업협약서 제12조 제2항에 따른 임대료 산정 시 시설물 귀속 등에 따른 사업시행자의 손실을 고려한다는 부분과 관련하여, “시설물 귀속 등에 따른 사업시행자의 손실”은 i) 시설물을 무상 귀속시키거나 ii) 철거하는 경우 모두 시설물 투자에 따른 사업시행자의 손실은 동일하고 철거하는 경우 철거비용만큼 손실이 증가하므로 시설물 무상귀속 또는 철거와 무관하게 임대료가 책정된 것이 분명하다.

  따라서, 상기 법원 판례의 내용과 사업협약서 제12조 제2항의 내용을 종합적으로 고려해 볼 때 청구법인과 사업시행자 간의 임대료는 경쟁입찰을 통해 사업시행자가 제시하는 금액으로 결정된 것일 뿐 시설물의 무상귀속 여부와 무관하고, 시설물의 무상 귀속을 고려하여 사업시행자가 제시한 임대료를 일부 감액하거나 적정가액(공정가액 또는 시가)보다 낮게 책정된 것이라 보기 어렵다.

 (5) 청구법인은 4개 지구[(대상지구) OOO]에 각 공공주택을 건설하여 분양하는 사업을 실시하였다.

  청구법인은 원주민 재정착률 제고 및 성공적인 분양을 위해 지구주민 수분양자에 대하여 발코니 확장 용역을 무상으로 제공하였다. 이러한 사실관계에 대하여 조사청은 발코니 확장공사는 부가가치세 과세대상 용역에 해당되고, 발코니 확장용역은 외형상으로는 무상제공이나 실질적으로 분양가에 용역 대가가 포함되어 있는 것으로 간주하였으며, 이에 따라 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 등 OOO원의 부과처분을 하였다.

  발코니 확장공사는 수분양자들에게 무상으로 공급되어 부가가치세 과세대상으로 볼 수 없다. 발코니 확장 용역은 주택 건설 용역과는 구분된 독립된 거래인바(대법원 2014.12.11. 선고 2014두40036 판결 등 참조), 청구법인은 발코니 확장을 추가적으로 선택 품목으로 분류하여 주택 공급과는 별도로 발코니 확장용역을 무상으로 공급하였다.

  4개 지구의 입주자 모집공고문은 모두 “발코니 확장은 추가 비용 없이 설치”된다는 점을 명시하고 있고, 실제 분양계약서상으로도 발코니 확장 부분에 관하여는 별도로 공급대가가 명기되어 있지 않다.

  특히 OOO의 경우, 일반 공급분에 관하여는 발코니 확장용역이 분양가액과는 구별되어 유상으로 계약 및 공급되었는바, 지구주민 공급분은 위 유상공급분과는 달리 무상으로 제공되었음을 더욱 명확히 확인할 수 있다.

  따라서, 주택분양계약의 당사자인 청구법인과 수분양자는 용역의 대가를 무상으로 하는 것을 당사자의 의사로 하여 계약을 체결하였고, 이와 같은 계약 체결의 경위 및 목적에 특별한 위법·부당한 목적(발코니 확장용역이 사실상 유상이나 외관상으로만 무상인 것으로 계약하여 부가가치세를 탈루한 사실)이 없는바, 용역의 무상공급을 내용으로 하는 분양계약은 그 자체로 존중되어야 한다.

  발코니 확장용역에 대한 공급대가는 주택 분양가격에 어떠한 방식으로도 포함되어 있지 아니하다. 대상 4개 지구에서 분양하는 OOO은 모두 「주택법」상 분양가 상한제 적용주택으로서 위 각 지구별 주택의 분양가격은 관계 법령에서 정하는 기준을 엄격히 준수하여 산정되는바, 관계 법령(OOO 분양가격 산정 등에 관한 규칙 제4조)은 발코니 확장이 분양가격에 포함되지 아니하는 품목임을 명확히 정하고 있다.

  따라서, 청구법인의 경우에는 공익목적(주거환경개선 목적)으로 발코니 가액을 무상으로 한 것이 분명하고, 무상으로 제공한 발코니 확장 용역의 대가를 회사가 사실상 분양가액에 포함하여 수취하였다고 볼 만한 아무런 근거도 없다. 그러므로, 청구법인은 OOO 분양사업과 관련하여 수분양자에게 발코니 확장용역을 ‘무상제공’한 것에 해당하므로 발코니 확장용역의 공급대가 및 부가가치세 과세대상은 존재하지 않는다.

  처분청이 제시한 판례들(서울고등법원 2022.8.16. 선고 2022누34670 판결, 서울고등법원 2022.11.29. 선고 2022누38900 판결)과 청구법인이 제시한 판례(서울고등법원 2022.12.21. 선고 2022누50757판결)와의 비교내역은 다음의 <표4>와 같다.

<표4> 청구법인과 처분청 간의 판례 비교내역

사건번호/결과

판단근거

이 건과 비교

서울고등법원 2022.8.16.선고

2022누34670

판결/ 국승

① 계약서 상 발코니 확장 대가의 지급 여부에 대한 일체 언급도 없고, ② 원고가 발코니 확장 공사가 무상임을 적극적으로 홍보한 적도 없고, ③ 입주자 모집공고나 분양계약서에서 무상공급 여부에 대한 기재가 전혀 없음을 이유로 발코니 확장용역을 유상으로 판단함

좌측과는 달리, ① 계약서 상에 발코니 항목 비용을 공란으로 하여 무상임이 명시되며, ② 공고문에 발코니 확장은 추가 비용 없이 설치된다는 점이 명확하게 표시

서울고등법원 2022.11.29. 선고 2022누38900 판결/ 국승

① 사업 후에 작성한 사업손익서에서도 발코니 확장 공사비를 포함하여 수익을 산출하고 있고, ② 입주자모집 공고안 신청 시 발코니 확장비용을 포함하여 분양가를 책정하였다가 실제 모집공고 시 발코니 확장비용을 받지 않는 것으로 변경하였음을 이유로 발코니 확장용역을 유상으로 판단함

좌측과는 달리, ① 각 지구 분양가격 방안 분석 시 “발코니 확장비용 무료”임이 명시되어 있고, ② 공고문에 발코니 확장은 추가 비용 없이 설치된다는 점이 일관되게 명시하고 있음

서울고등법원 OOO 판결/ 국패

① 발코니 확장공사의 세부 사항은 수분양자가 정할 수 없도록 하였고, ② 분양가상한제 적용 주택으로서 관련 법령에 따라 발코니 확장이 분양가격에 포함되지 아니하는 품목임을 명확히 정하고 있으며, ③ 성공적인 분양을 위해 발코니 확장공사 비용을 스스로 부담하고 수분양자들에게 이를 무상으로 공급함으로써 저렴한 가격에 분양을 하였음을 이유로, 발코니 확장공사 용역이 실질적으로 유상으로 제공되었다고 볼 수 없다고 판단함

좌측과 동일함

나. 처분청 의견

 (1) 구 조특법 제63조의2 지방이전법인 세액감면과 관련하여 살펴보면, 청구법인에 대한 구 조특법 제63조의2 지방이전법인 세액감면 특례 적용에 있어 이전본사 근무인원비율 산정 시 ‘이전본사 근무인원’에는 국내외 타 기관 등으로 파견 또는 교육을 나간 인원 및 비상근 사외이사 인원은 포함된다고 볼 수 없으므로, 이와 관련한 이 건 부과처분은 적법하다.

  ‘이전본사 근무인원’의 의미에 대하여 ‘이전본사에서 본사업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원’이라고 명시적으로 규정하여, 장소적・내용적・시간적 제한을 두고 있음이 분명하게 확인되는바, 조세법률주의의 원칙상 조세감면요건을 구성하고 있는 ‘이전본사 근무인원’의 의미는 법문에 따라 엄격하고 제한적으로 해석하여야 한다.

  위 조특법 규정의 입법취지인 ‘지역 간의 균형발전’은 법인의 ‘물적 조직’뿐만 아니라 ‘인적 조직’까지 함께 지방으로 이전되어야지만 그 정책적 목적을 실질적으로 달성할 수 있고, 이에 이와 관련한 규정은 ‘지방으로 이전한 본사에서 근무하는 인원의 비율’ 그 자체를 감면 세액 산정에 직접적으로 반영하고 있다.

  ① 조세심판원은 이미 이전본사 근무인원은 원칙적으로 ‘(실제) 근무지’를 기준으로 판단한다고 명시적으로 밝히고 있고, ② 국세청 역시 재택근무자, 거래처 파견 직원, 해외 파견 직원, 상시 근무하지 아니하는 임원 등에 대하여 이전본사 근무인원에 포함되지 아니한다고 판단하였다.

  대법원 판결에 따르면, 쟁점인원들이 (실제 근무지가 이전본사가 아님에도 불구하고) ‘이전본사 근무인원’에 해당한다는 점에 대하여는, 청구법인이 쟁점인원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용, 업무지시 및 복명관계 등의 구체적인 제반사정을 통하여 입증하여야 함에도 불구하고, 청구법인은 쟁점인원들의 구체적인 업무내용 및 근무형태를 파악할 수 있는 구체적이고 객관적인 자료를 전혀 제출하지 못하고 있으며, 오히려 청구법인의 인사규정, 세무조사 과정에서의 청구법인 담당자의 진술, 청구법인의 소속 직원에 대한 해외 파견 시행문 등에 따르면, 청구법인이 자의적인 기준으로 쟁점인원들을 이전본사 근무인원에 포함시키고 있는 것으로 보인다.

 (2) OOO하수처리장 지하화 사업 관련하여 살펴보면, 청구법인은 이 건 용지의 매각금액 중 사업비에 충당되고 남은 초과매각금액 OOO원 ‘전부’를 ‘2018사업연도’에 손금으로 산입하였으나, 그 중 (1) OOO원은 ‘이중 손금’으로 계상된 것이고, (2) OOO원은 ‘2021사업연도’에 손금으로 산입되어야 하는 것이며, (3) OOO원은 ‘미지급금’으로서 손금으로 산입할 수 없는 것이므로, 이를 전제로 한 이 부분에 대한 처분은 적법하다.

  청구법인의 초과매각금액 OOO원의 처리내역을 살펴보면, 청구법인은 그 ‘전부’에 대하여 ‘2018사업연도’ 회계처리 시 매출원가로 계상하고 ‘손금’으로 산입하였고, 그 구체적인 내용은 ① 대체 공원 및 도로 부지매입비 OOO원, ② OOO의 지원금 OOO원으로 구성된 것으로 나타난다.

  그러나, 실제 초과매각금액 OOO원의 지급 내역을 살펴보면, ① 대체 공원 및 도로 부지매입비 OOO원은 ‘2018사업연도’에 실제로 ‘전부’ 지급되었으나, ② OOO 지원금 OOO원은 ㉠ 그 중 ‘OOO원’만이 ‘2021사업연도’에 실제로 지급되었고, ㉡ 나머지 실제로 지급되지 않은 ‘OOO원’은 2015사업연도 쟁점토지 매각에 따른 회계처리 시 ⓐ 매출할인 OOO원, ⓑ 조성원가 계상 법적부담금 및 추가사업비 OOO원 및 ⓒ 미지급금 OOO원으로 구성되어 있었다.

  위에서 언급한 ‘OOO원’(쟁점금액)에 대해서는 2018사업연도에 ‘손금 귀속시기’가 도래하지 않았다. 위 사업에 대한 ① 기본협약서 및 시행협약서의 OOO 지원금 관련 조항의 내용, ② 청구법인이 2018년도에 작성한 이 건 사업비 지급방안 검토 내용, ③ 청구법인과 OOO의 매각대금정산 관련 협의 공문 내용 등에 따르면, 초과매각금액(쟁점금액) 중 OOO 지원금은 2018년 당시 금액조차 ‘미확정’ 상태였고, 2021년 3월에 이르러서야 협의가 완료되어 지급 금액 등이 확정되었으므로 2021년 4월에 OOO원, 2021년 7월에 OOO원을 OOO에 각 지급하였다.

  청구법인은 2015사업연도에 토지(2필지)를 OOO원에 매각하면서, 매매대금 선납에 따른 할인금으로서 OOO원(각 필지별로 OOO원 + OOO원)을 매출할인으로 처리하였음이 확인되고, 사업비 집행금액으로 ‘법정부담금 OOO원’ 및 ‘추가 사업비 OOO원’을 2012사업연도부터 2016사업연도까지 기 지급된 사업비로 산정하고 기 비용처리한 것으로 확인되었다.

  청구법인은 사업비 지급 시 매출할인 및 기타비용으로 비용처리 하였고, 이를 2018사업연도에 [(차변) 매출원가 OOO원/(대변) 기타예수금 OOO원]으로 다시 회계처리하였다.

  ① (OOO원 관련) 이는 회계처리가 되는 2018사업연도 매출원가 비용 회계처리에 오류가 있고, 해당 회계처리는 [(차변) 매출원가 / (대변) 기타예수금]으로 처리되어 기타예수금으로 관리되는 것이 아닌 2021사업연도 OOO에 대한 지원금 지급 시 [(차변) 조성원가/(대변) 현금]으로 회계처리가 되어야 한다.

  ② (OOO원 관련) 또한 OOO원 관련 2018사업연도에 사업비가 지급 및 비용(손금) 확정된 것이 아니고, 실제 지급도 된 것이 아니기 때문에 해당 회계처리 또한 지급 시 회계처리 되어야 하며 2018사업연도 매출원가로 회계처리한 것은 세무상 손금불산입 세무조정되어야 한다.

  매출원가는 매출액에 대응되는 비용으로 매출액 발생 시 계상되는 상식적인 계정과목이고, 청구법인의 회계기준 시행세칙 제76조에 따르면 완성토지 및 완성주택의 매출원가는 개별 장부가액으로 한다고 규정하고 있으나, 청구법인이 2018사업연도 완성토지매출원가로 계상한 금액 OOO원은 그 어떤 근거나 규정 없이 회계처리한 것이다.

또한, 이 건 회계처리 당시 청구법인이 검토한 내부자료에 따르면 OOO 지원금 관련 사업비는 향후 금액 확정 시 처리하기로 하였으나, 2018사업연도 토지매출이 발생하면서 OOO에 언제든지 지급하기 위해 확정되지도 않은 금액을 임의대로 회계처리하였다.

청구법인의 기타예수금 회계처리 지침에 따르면, 이 건 회계처리와 같이 사업비 지급 시, 매출원가에 대응되는 기타예수금 계정과목은 어느 용도로도 사용되지 않으므로 이러한 회계처리는 비상식적인 관행으로 잘못되었고, 손금 귀속시기 또한 잘못되었다.

법원은 손익의 귀속시기에 대해 소득의 원인이 되는 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙될 때를 의미하며, 이는 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상, 사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여야 하는 것으로 판단하고 있다(대법원 2011.9.29. 선고 2009두11157 판결)

청구법인은 금액이 확정되지 않은 채로, OOO 지원금을 2021사업연도까지 지속적으로 OOO와 협의하였고, 상호간에 소송(OOO)이 진행 중인 사안으로서 여러 사정을 종합적으로 고려 시 2018사업연도 매각금액 중 OOO 지원금은 손금에 산입할 정도로 성숙․확정되었다고 볼 수 없다.

 (3) 국고보조금의 익금 귀속시기와 관련하여 보면, 청구법인은 국고보조금의 계좌 입금 시기를 (국고보조금) 익금 귀속시기로 보아 신고하였는데, ‘e나라도움’ 시스템을 통해 지급받는 국고보조금의 ‘익금 귀속시기’는 청구법인이 위 국고보조금의 ‘교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도’이다.

  2017년 ‘e나라도움’ 시스템 도입에 따라, 국고보조금은 통합예탁기관(한국재정정보원 계좌, 예탁 계좌)에 ‘예치(교부)’되고, 증빙 검증 후 실시간으로 ‘집행(보조사업자의 계좌를 거쳐 즉시 거래처 계좌에 이체)’되는 과정을 거치게 된다. 이에 위 국고보조금의 ‘익금의 귀속시기’에 대하여, ① 청구법인은 국고보조금이 예탁 계좌에서 청구법인의 계좌로 이체되는 시점(즉, 집행 시점)이라는 입장이고, 반면 ② 처분청은 국고보조금이 예탁 계좌에 예치되고, 청구법인이 교부통지를 받은 시점(즉, 교부 시점)이라는 입장이다.

  조세심판원, 기획재정부, 국세청은 다수의 선결정례 및 예규에서 권리의무 확정주의에 따라 ‘e나라도움’ 시스템 도입 전후를 불문하고 일관되게, 국고보조금의 익금의 귀속시기는 ‘보조사업자가 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도’라는 점을 분명하게 확인하고 있다(조심 2009중3266, 2009.11.26., 국심 2002광1017, 2002.7.19. 등 다수). 청구법인 또한 교부통지를 받은 시점을 익금의 귀속시기로 보아 세무조정한 사례도 존재한다.

   한국세무사회 역시 국고보조금의 익금 귀속시기에 대하여, 위 시스템 도입 ‘이후’에도 여전히 “법인이 정부로부터 교부받은 국고보조금의 귀속시기는 동 국고보조금의 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도로 한다”라고 하고 있다. 이에 불구하고 청구주장은 대법원이 명시적으로 밝히고 있는 ‘권리의무 확정주의의 취지’에 정면으로 반한다.

  대법원은 「법인세법」이 권리의무 확정주의를 채택한 이유에 대하여, 납세자의 자의에 의하여 과세연도 소득이 좌우되는 것을 방지함으로써 과세의 공평을 기함과 함께 징세기술상 소득을 획일적으로 파악하여 징수를 확보하려는 요청에 따른 것이라고 판시하였다(대법원 2003.12.26. 선고 2001두7176 판결).

  이러한 청구주장에 따른다면, 결국 보조사업자가 교부받은 국고보조금의 익금 귀속시기에 따른 세액의 유ㆍ불리를 계산하고, 보조사업의 수행시점을 의도적으로 조정하는 방법 등으로 과세연도 소득을 자의적으로 좌우할 수 있게 되는 결과를 초래할 것이 명백하다.

실제 청구법인은 본 사안에서의 주장과는 달리, 국고보조금이 예탁 계좌에 예치되고 청구법인이 그 교부통지를 받은 시점을 익금 귀속시기로 보아 세무조정을 한 사례도 확인되는바, 이러한 청구법인의 주장은 「법인세법」이 권리의무 확정주의를 채택한 취지에도 정면으로 반하는 것임을 분명하게 보여주고 있다. 처분청은 국고보조금에 대하여 관련 규정에 따라 일시상각충당금 등 충당금에 해당되는 부분을 제외하고 적법하게 과세하였다.

  자산취득 목적 국고보조금은 익금산입 대상이지만, 수령연도에 일시 익금산입하게 되면 본래의 목적인 자산을 취득하는데 법인세가 부과되므로, 오히려 자산의 취득을 방해하는 결과를 가져올 수 있는바, 이에 「법인세법」 제36조는 그러한 경우에 해당하는 국고보조금에 대하여는 손금산입할 수 있도록 하여 그 자산의 감가상각기간 동안 과세이연을 허용하고 있다.

 「법인세법」 제36조 제1항은 내국법인이 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용 자산을 취득하거나 개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용 자산을 취득하거나 개량하고 이에 대한 국고보조금 등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용 자산의 가액 중 그 사업용 자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금 등 상당액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다고 규정하여 위와 같은 취지를 반영하고 있다.

따라서, 「법인세법 시행령」 제64조 제6항에 규정하는 보조금 등에 상당하는 금액은 「법인세법」 제36조의 규정에 의하여 국고보조금으로 손금에 산입할 수 있는 것이고, 같은 법 규정에 해당하지 아니하는 보조금을 다른 법인으로부터 수령하여 사업용 고정자산을 취득한 경우 당해 보조금은 수령한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것으로, 국고보조금 등은 ‘법인세법 기본통칙 36-64…1’에 따라 회계처리 및 세무조정을 하는 것이다(법인, 서면인터넷방문상담2팀-1925, 2006.9.27. 등).

  처분청이 청구법인의 이 건 국고보조금에 대하여 과세한 사항은 조사대상 사업연도 국고보조금 사업과 관련된 16개 항목에서 아래와 같이 「법인세법 시행령」 제64조 제3항의 규정상 일시상각충당금 등 충당금에 해당되는 것에 대한 부분은 제외하고 과세한 것으로서, 국고보조금 수령액 전체에 대하여 과세한 것이 아니라 수령액 중 일시상각충당금 등 설정 대상 금액은 제외한 일부에 대하여 과세한 것이다.

<표5> 전체 국고보조금 수령액 및 과세대상액 등 세부내역

ㅇㅇㅇ

  앞서 언급한 바와 같이 일시상각충당금은 국고보조금 수령에 대한 과세를 이연시키기 위한 제도로서, 그 설정 여부는 보조금을 수령하는 법인의 선택사항이지만, 법인이 당초 손금 귀속시기를 임의로 설정할 수는 없다.

 (4) OOO 골프장(BBB) 사업 관련하여 보면, 청구법인이 사업시행자에게 사업대상지를 임대(20∼30년)하고, 임대기간 종료 시 사업시행자가 해당 토지에 설치한 골프장, 건물, 구축물 등의 시설물을 청구법인에게 무상으로 이전하기로 하였는바, (선수임대료 성격인) 골프장 코스 조성비용과 건물 및 구축물의 가액을 골프장의 준공일부터 임대기간 종료일까지 안분하여 법인세 및 부가가치세를 경정한 이 건 처분은 적법하다.

  쟁점시설물의 가액이 청구법인의 토지임대용역에 대한 대가인 임대수입금으로서 법인세 및 부가가치세 경정 사유에 해당하는지에 대하여, 청구법인은 사업협약서에 따르면 쟁점시설물은 임대기간 종료 시 청구법인에게 무상으로 귀속될 것이 확정되지 아니하였으므로, 해당 가액을 토지임대용역에 대한 대가인 임대수입금으로 보기 어렵다는 입장이다.

  그러나, 처분청은 다음과 같은 이유로 쟁점시설물은 임대기간 종료 시 청구법인에게 무상으로 귀속될 것임이 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙・확정되었다고 할 것이므로, 해당 가액을 토지임대용역에 대한 대가인 임대수입금으로 볼 수 있다는 의견이다.

  첫째, 관련 사업협약서에는 ㉠ 임대기간 종료 시 쟁점시설물의 무상 귀속에 관하여 명시적으로 규정하고 있을 뿐만 아니라(제17조 제1항), ㉡ 쟁점시설물의 무상 귀속에 관한 사업시행자의 의무 이행을 담보하기 위하여 쟁점시설물에 관한 소유권보존등기와 동시에 청구법인에게 소유권이전등기청구권 보전을 위한 가등기를 설정해 주도록 규정하고 있다(제17조 제4항).

  이에 따라 실제로 쟁점시설물에 대하여 청구법인 명의의 증여예약을 원인으로 하는 소유권이전등기청구권 보전을 위한 가등기가 설정되어 있고, ㉢ 원칙적으로 사업시행자는 쟁점시설물을 제3자에게 양도하거나 담보로 제공하여서는 아니되고, 다만 예외적으로 쟁점시설물을 담보로 제공하는 경우에는 대주가 금융계약 체결 전에 청구법인에 대한 담보권을 행사함에 있어 임대기간 종료 시 청구법인에 대한 쟁점시설물의 귀속에 지장을 주지 아니할 것을 확약하는 내용의 서면을 제출하는 조건으로 담보제공을 할 수 있도록 규정하고 있고(제16조 제2항), ㉣ 무엇보다 사업대상지 임대에 따른 임대료는 쟁점시설물의 무상 귀속에 따른 사업시행자의 손실을 고려하여 산정된 것이라고 명시적으로 규정하고 있다(제12조 제2항).

청구법인은 쟁점시설물의 무상귀속이 토지임대용역에 대한 대가인 임대료의 일부에 해당함을 분명하게 예정・인식하고 있었음을 분명하게 알 수 있다.

  둘째, 청구법인이 사업대상지 토지에 대한 취득세 감면 여부를 다투었던 조세심판원 심판청구 사안(OOO)에서의 심판청구 내용 및 본 사안에 대한 세무조사 과정에서의 회신 내용 등에 따르면, 청구법인은 처음부터 사업대상지를 ‘장기 임대 후 매각’하는 방식을 원칙으로 결정하였고, 이에 따라 본 사업협약 이후 쟁점시설물의 무상 귀속 시의 운영방안이나 철거에 대하여 어떠한 검토도 하지 않은 것으로 확인되는바, 청구법인 역시 쟁점시설물의 철거를 고려하고 있지 않았다고 봄이 타당하다.

  셋째, 쟁점시설물인 BBB은 ㉠ 국내 최고의 골프장 중 하나로서 그 가치가 매우 높고, ㉡ 골프장 내에는 OOO에 분양한 OOO가 형성되어 현재 OOO하고 있으며, ㉢ 쟁점시설물을 철거한 후 토지의 활용 방안을 찾기 어렵다는 점 등을 고려할 때, 청구법인의 입장에서 쟁점시설물을 철거한다는 것은 상정하기 어렵고, 이를 그대로 다시 임대하거나 매각하는 것이 합리적인 의사결정이다.

  넷째, 대법원은 ‘골프장 조성비용이 선수임대료에 해당하는지 여부’가 문제된 사안에 대하여, “사업시행자가 골프장 코스조성비를 지출함으로 인하여, 청구법인의 토지의 가치가 증가하였음은 명백하고, 그 가치 증가는 쟁점골프장 공사 완료 시에 이미 실현된 것이므로, 이를 청구법인의 토지 임대에 대한 대가를 미리 받은 것으로 보아, 임대기간으로 안분한 금액을 법인세 익금 및 부가가치세 과세표준에 가산하여야 함이 타당하다”고 판단하였다(대법원 2022.1.27. 선고 2017두51983 판결). 쟁점시설물이 임대기간 종료 시 청구법인에게 무상으로 귀속될 것임이 확정된 이상, 이 건 토지임대용역은 당연히 「부가가치세법 시행령」 제29조 제2항 제4호의 적용대상에 해당한다.

  청구법인은 관련 소송의 판결문에서, “이 사건 임대차계약상 차임은 골프장용지로 사용될 것을 전제로 정한 것으로 보이고, 피고(청구법인)가 원고(사업시행자)에게 이 사건 골프장용지를 원형지 상태로 인도하기로 하였고, 이 사건 임대차계약상 차임이 시설물 귀속 등 원고의 손실을 고려하였다는 점만으로는 원고의 주장과 같이 원형지 상태를 기준으로 이 사건 임대차계약상 차임을 정하였다고 보기는 어렵다”는 판시 내용을 근거로 이 사건 임대료는 토지의 상태에 따른 사용가치만을 기준으로 산정되었고, 임대기간 종료 시 쟁점시설물의 무상귀속 여부와는 무관하게 결정된 것으로 보아야 한다는 취지의 주장을 하고 있다.

  그러나, 청구법인의 위 주장은 위 관련 소송의 판결문 내용을 왜곡하여 자의적으로 해석하고 있는 것으로서 전혀 타당하지 않다. 즉, 관련 소송의 내용은 원고(사업시행자)가 피고(청구법인)에게 사업대상지에 대한 임대차계약 체결 시 약정한 임대료가 사정변경에 의하여 상당성을 상실하였으므로, 일부 감액되어야 한다는 청구에 대한 것으로서, 위 판시 부분은 약정 임대료가 과다한 것인지를 판단함에 있어, 그 기준으로서 임대료가, 위 사업대상지가 원형지 상태(골프장용지 개발 전 상태)를 전제로 정해진 것인지, 아니면 골프장용지로 사용될 것을 전제로 정해진 것인지에 대하여 판단한 것이다.

  이에 법원은 위 임대료가 골프장용지로 사용될 것을 전제로 정해진 것으로 보이므로, 약정 임대료가 부당하게 과다한 것으로 보이지는 않는다고 판단하고 있는 것일 뿐이다.

결국, 이 사건 임대료는 임대기간 종료 시 시설물의 무상귀속 여부와는 무관하게 결정된 것으로 보아야 한다는 청구주장은 위 판시 내용을 자의적으로 해석한 것에 불과하다고 할 것이고, 오히려 위 판시 내용을 보면, 법원이 위와 같은 판단을 함에 있어, “이 사건 임대차계약상 차임이 시설물 귀속 등 원고의 손실을 고려하였다”는 사실 자체에 대하여는 인정하고 있음이 확인된다.

 (5) 발코니 확장용역에 대하여 보면, 청구법인의 OOO 분양사업과 관련하여, 청구법인이 이 건 분양사업의 수분양자에게 무상으로 제공하였다는 ‘발코니 확장 용역’은 실질적으로 그 대가가 공급금액(분양대금)에 반영되어 있으므로 부가가치세 과세대상에 해당한다.

  전 세대를 발코니 확장형으로 공급하는 이 건 분양사업에 있어, ① 청구법인은 수분양자에게 ‘발코니 확장 용역’을 ‘무상’으로 제공하였으므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다는 입장이나, ② 처분청은 위 ‘발코니 확장 용역’은 ‘실질적 대가가 공급금액(분양대금)에 반영’되었으므로 부가가치세 과세대상에 해당한다는 의견이다.

  대법원은 분양대금에 실질적으로 발코니 확장에 대한 대가가 포함된 것이어서 발코니 확장과도 대가관계에 있는 것이라면, 발코니 확장의 대가에 해당하는 부분은 부가가치세 과세대상에 해당한다고 판단하였다.

  청구법인은 아래와 같이 수분양자들로부터 발코니 확장 용역에 대한 대가를 포함하여 분양대금을 수수하였음을 알 수 있다.

  ① 이 건 분양사업의 ‘입주자모집공고’를 살펴보면, 공급금액 부분에는 ‘발코니 확장금액 포함’이라고 기재되어 있고, 위약금 부분에는 ‘총주택가격(발코니 확장금액 포함)의 10%를 위약금으로 공제’하도록 기재되어 있음이 분명하게 확인된다. ② 청구법인의 분양가심사위원회에서의 ‘분양가심의안’ 등의 자료에 따르면, 청구법인은 인접지역에 분양된 민간주택의 분양가와 분양가 비교분석을 함에 있어 ‘발코니 확장비용이 포함된 금액을 기준’으로 하고 있다.

  ③ 이 건 분양과 관련하여 각 시공사가 작성한 ‘건설원가 내역’에 따르면, 청구법인은 발코니 확장 공사대금을 포함하여 전체 공사대금을 지급하였다는 사실이 확인되고, 청구법인은 (그 금액이 명확히 구분되는) 발코니 확장비용을 시공사에게 지급하였는바, 그 전액의 회수를 포기하고 수분양자들에게 발코니 확장 용역을 무상으로 제공하였다는 주장은 경험칙상으로도 쉽게 납득하기 어렵다.

  만일 청구주장에 따른다면, 수분양자에게 발코니 확장 여부에 대한 선택의 여지를 주지 않고 모든 세대를 발코니 확장형으로 시공하는 상황에서 주택사업자는 실제로는 발코니 확장비용을 고려하여 평당 분양가를 책정하고서도, 이를 사업계획서나 이를 전제한 사업타당성 검토보고서에 발코니 확장비용을 포함하지 않은 적정 분양가라고 기재하기만 하면, 발코니 확장 용역에 대한 부가가치세를 전혀 내지 않을 수 있게 되는 등 납세의무자(주택사업자)의 선택에 따라 부가가치세의 과・면세 여부가 결정되어 실질과세의 원칙에 반하는 불합리한 결과를 초래하게 된다.

  조세심판원은 다수의 선결정례에서 본 사안과 동일하게 전 세대를 발코니 확장형으로 시공하여 공급하는 주택 분양사업에서 사업자가 수분양자들에게 발코니 확장용역을 무상으로 제공하였으므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 주장한 사안에 대하여,

① 사업자의 선택(즉, 해당 공급을 유상으로 할지 아니면 무상으로 할지에 대한 것)에 따라 그 부가가치세의 과ㆍ면세 여부가 결정되는 것은 불합리한 점, ② 그렇다면 설령 청구법인이 거래의 형식상 수분양자에게 부가가치세 과세대상인 해당 아파트의 발코니 확장을 무상으로 공급하였다 하더라도 해당 아파트의 분양가액에는 그 공급가액이 포함된 것으로 봄이 타당한 점, ③ 「부가가치세법」상 과세사업과 면세사업에 해당하는 용역 및 재화를 일괄 공급한 경우에 부가가치세 과세표준을 안분 계산하는 방법에 대해서는 별도의 명문규정이 없으나 청구법인이 수분양자들로부터 일괄 지급받은 총 분양금액이 시공사에 지급한 해당아파트 및 발코니 확장 용역비의 각 비율대로 지급받은 것으로 봄이 타당하고 처분청이 이에 따라 해당아파트의 발코니 확장 대가를 안분하여 산정한 것이 합리적이라 할 것인 점 등을 고려하여, 해당 심판청구를 모두 ‘기각’하였다(조심 2020인397, 2021.2.18. 등).

  법원 역시 위 조세심판원의 선결정례 사안에 대하여, ① 사업자가 발코니 확장 공사비용으로 시공사에게 막대한 비용을 지출하였는데, 그 전액의 회수를 포기하고 수분양자들에게 발코니 확장용역을 무상으로 제공하였다는 주장은 경험칙에 비추어 쉽게 납득하기 어렵다는 점, ② 과세대상과 면세대상을 함께 공급하는 경우에 사업자 등은 과세대상의 거래가액을 면세대상의 공급가액에 더하여 과세대상 공급가액을 무상으로 공급한 것처럼 거래의 외형을 형성함으로써 언제나 부가가치세를 회피할 수 있게 되는데, 이는 실질과세의 원칙에 비추어 부당한 결과를 초래한다는 점, ③ 사실상 과세대상 용역을 유상으로 공급하였음에도 공급받는 자를 기만하여 그로 하여금 면세대상에 대한 공급가액만을 지불하고 면세대상만을 공급받을 수 있는 기회를 박탈하는 것이어서, 국민후생 등의 목적으로 특정한 재화 또는 용역을 면세대상으로 규정한 취지에도 반한다는 점,

  ④ 만일 수분양자에게 발코니 확장 여부에 대한 선택의 여지를 주지 않고 모든 세대를 발코니 확장형으로 시공하는 상황에서, 사업자가 주장한 논리를 그대로 받아들인다면, 사업자는 실제로는 발코니 확장비용을 고려하여 평당 분양가를 책정하고서도 이를 사업계획서나 이를 전제한 사업타당성 검토보고서에 발코니 확장비용을 포함하지 않은 적정 분양가라고 기재하기만 하면, 발코니 확장용역에 대한 부가가치세를 전혀 내지 않을 수 있다는 매우 부조리한 결과를 낳게 된다는 점 등을 고려하여, 원고 사업자의 청구를 모두 ‘기각’하였다(대법원 2023.3.30. 선고 2022두69056 판결 등)

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 조특법 제63조의2에 따라 수도권 밖 본사 이전에 따른 법인세 세액감면 적용 시 국내외파견 및 교육인원, 비상임이사를 근무인원에 포함하여야 하는지 여부

 ② ‘OOO하수처리장 지하화사업’과 관련하여 청구법인이 양도한 쟁점토지에 대한 양도대가 가운데 사업비에 충당되고 남은 금액 중 쟁점금액(OOO원)을 2018사업연도에 전액 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 국고보조금 수익인식시기에 대한 판정 시 예탁계좌가 아닌 청구법인 예금계좌에 국고보조금이 입금된 시기를 수익인식시기로 하여야 한다는 청구주장의 당부

④ 쟁점시설물이 토지임대용역에 대한 대가(임대수익금)의 일부로서 익금산입 대상 등인지 여부

⑤ 이 건 분양사업의 수분양자에게 무상으로 제공된 발코니 확장용역이 실질적으로 그 대가가 공급금액(분양대금)에 반영되어 부가가치세 과세대상인지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 건 국고보조금 관련 ‘e나라도움’ 예탁계좌(한국재정정보원 계좌)가 청구법인 소유의 예금계좌가 아닌 것에 대하여는 다툼이 없다.

 (2) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다.`

  (가) 쟁점① 관련

    1) 처분청의 심리자료에 따르면 이전본사 근무인원 제외 내역은 아래 <표6>과 같다.<표6> 이전본사 근무인원 제외내역

ㅇㅇㅇ

    2) 청구법인의 OOO 세액감면 담당자의 진술내용은 아래 <그림1>과 같다.

<그림1> OOO부 업무담당자 진술내용

ㅇㅇㅇ

    3) 청구법인의 인사규정 제15조 제2항에 따르면 파견된 직원의 경우에는 파견근무지 부서장의 직무상 지휘감독을 받도록 규정되어 있는 것으로 나타난다.

    4) 쟁점인원들 관련 청구법인의 소명내역은 아래 <그림2>와 같다.

<그림2> 쟁점인원들 관련 청구법인 소명내역

ㅇㅇㅇ

  (나) 쟁점② 관련

    1) 쟁점금액 관련 회계처리 내역은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 쟁점금액 관련 회계처리 내역

ㅇㅇㅇ

    2) OOO하수처리장 사업비 지급방안 등 관련 검토내역은 아래 <그림3>과 같다.

<그림3> OOO하수처리장 사업비 지급방안 등 관련

ㅇㅇㅇ

    3) 청구법인의 OOO하수처리장 사업비 지급방안 검토내역은 아래 <그림4>와 같다.

<그림4> OOO하수처리장 사업비 지급방안 검토내역 관련

ㅇㅇㅇ

    4) 이 건 용지매각대금과 관련한 OOO과의 협의내용은 아래<그림5>와 같다.

<그림5> 이 건 용지매각대금과 관련한 OOO과의 협의내용

ㅇㅇㅇ

    5) 청구법인의 OOO에 대한 지원금 지급과 관련하여 OOO와 매각대금 정산금 관련 소송(OOO)의 준비서면의 주요 내용은 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ

    6) 청구법인과 OOO 간의 소송에 대한 판결(OOO 판결, 이자금 반환)의 주요 내용은 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ

    7) 청구법인은 2018.12.11. OOO 주상복합용지 OOO의 총매출액(OOO원) 가운데 지출완료된 금액(OOO원, 조성원가)을 제외한 잔액(OOO원)을 대변의 기타예수금으로 하면서 차변에 같은 금액(OOO원)을 완성토지매출원가로 하여 비용으로 인식하였는데 주요 회계처리는 아래 <그림6>과 같다.

<그림6> 관련 회계처리 내역

 (3) 쟁점③ 관련

ㅇㅇㅇ

   1) 청구법인의 국고보조금 거래내역은 아래 <그림7>과 같다.

<그림7> 국고보조금 거래내역

ㅇㅇㅇ

    2) 국고보조금 이체내역 확인서는 아래 <그림8>과 같다.

<그림8> 국고보조금 이체내역 확인서

ㅇㅇㅇ

    3) 청구법인이 제출한 국고보조금 회계처리내역을 보면 국고보조금의 교부통지나 보조금 예탁 시점이 아닌 보조금 수취 혹은 예수금(예수금 계정 사용 시) 정산시점에 이를 수익으로 회계처리한 것으로 나타난다.

    4) 청구법인은 e나라도움 관련 보조금 수령 및 집행과정을 아래<그림9>와 같이 제출하였다(일부 발췌).

<그림9> e나라도움 관련 보조금 수령 및 집행내역(발췌분)

ㅇㅇㅇ

   (4) 쟁점④ 관련

    1) 이 건과 관련한 OOO 골프장사업의 사업협약서상 주요 내용은 아래와 같다.

<“OOO 골프장사업” 사업협약서>

ㅇㅇㅇ

    2) 처분청의 심리자료 등에 따르면, 이 건 관련 골프장(BBB)은 OOO 지정의 근거법인 OOO에 따라 토지의 형질변경, 건축물의 건축 등 행위의 제한을 받아 OOO의 허가를 받아야 하며, 처분청(조사청) 담당자가 OOO 담당자에 문의한 결과, 주변개발 상황, 골프장내 주택단지 등을 고려할 때 용도변경에 제약이 있는 것으로 나타난다.

    3) 이 건 골프장 관련 주식회사 AAA개발과 청구법인 간의 소송(임료 반환 등)에 대한 서울고등법원 판결의 주요 내용은 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ

  (5) 쟁점⑤ 관련

    1) 발코니 확장금액 별도 현장 분양공고문(OOO 입주자모집공고)의 주요 내용은 아래 <그림10>과 같다.

<그림10> 발코니 확장금액 별도 현장 분양공고(OOO 입주자모집공고)

4. 추가선택품목(발코니확장)

- 전세대 발코니 확장형으로 공급하며, 발코니 확장 금액은 분양가격과 별도로서, 발코니 확장에 수반되는 인테리어 마감재·바닥재 등의 가격이 포함되어 있습니다. 또한, 발코니 확장 금액은 부가가치세 포함 금액이며, 취득세 등의 제세공과금이 포함되어 있지 않습니다.

- 발코니 확장 부위별 금액 내역은 확장금액 산출의 객관적 근거를 마련하기 위한 것일 뿐 계약자의 부분 확장선택은 불가합니다.

    2) 발코니 확장 추가비용이 없는 현장 분양공고문(OOO 입주자모집공고)의 주요 내용은 아래 <그림11>과 같다.

<그림11> 발코니 확장 추가비용이 없는 현장 분양공고문(OOO 입주자모집공고)

3. 공급금액 (발코니 확장금액 포함)

4. 추가선택품목 (발코니 확장)

- 분양주택의 발코니 확장은 입주자의 부담 완화를 위해 추가비용 없이 설치합니다.

- 발코니 공간은 당초 주택공급면적에서 제외된 비거주 공간으로서 발코니 확장에 따른 샤시 설치로 인한 내ㆍ외부온도 차이 등으로 결로 현상이 있을 수 있으니 환기 등에 유의하시기 바랍니다.

    3) 청구법인의 OOO 공고문의 주요 내용은 아래 <그림12>와 같다.

<그림12> OOO 공고문의 주요 내용

ㅇㅇㅇ

    4) 이 건 관련한 청구법인이 제출한 현장별 발코니 무상공급의 사유는 아래 <표8>과 같다.

<표8> 발코니 무상공급 사유

ㅇㅇㅇ

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 조특법 제63조의2 제3항에 의하면 ‘이전본사 근무인원’이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말한다고 규정하고 있고, 감면의 적용에 있어 ‘이전본사 근무인원’에 해당하는지 여부는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시⋅복명 관계 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 할 것(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 조특법 제63조의2에 따라 수도권 밖 본사 이전에 따른 법인세 감면 적용 시 국내외파견 및 교육인원, 비상임이사를 모두 근무인원에 포함하여야 한다고 주장하나, 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 상시근무하는 인원을 기준으로 하는 것이므로 쟁점인원들과 같이 국내외 기관파견자, 교육파견자, 비상근임원은 제외되어야 하고, 처분청 심리자료 등에 따르면 쟁점인원들의 본사출근이나 본사업무를 수행한 내역이 확인되지 않는 점 등에 비추어 이러한 인원들은 이전본사의 상시근무인원이라기 보다는 다른 지역에서 근무하거나 교육을 받는 직원 또는 상시근무하지 않는 임원으로서 이전본사 근무인원에서 제외하는 것이 타당해 보이므로 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다 할 것이다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 ‘OOO하수처리장 지하화사업’과 관련하여 청구법인이 양도한 쟁점토지의 양도대가 가운데 사업비에 충당되고 남은 금액 중 쟁점금액(OOO원)은 2018사업연도 공사매출원가에 포함되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 관련 회계처리 등을 살펴보면 OOO하수처리장 관련 부지의 매각금액(OOO원)에서 매출할인 OOO원, 사업비 분담금 OOO원, 대체공원 등 부지매입비 OOO원을 제외하면 남은 초과매각금액이 쟁점금액(OOO원)으로 나타나고, ‘OOO하수처리장 지하화사업’의 기본협약 및 실행협약에 따르면 쟁점토지에 대한 초과매각금액이 발생할 경우 청구법인은 OOO와 협의하여 물납 또는 현금으로 OOO 문화․복지시설 설치 등에 지원하도록 하고 있는데 그 기본협약 제5조 제2항의 사업비 집행규정에 따르면 쟁점금액의 지원시기는 초과매각금액이 발생한 시점을 기준으로 되어 있으나, 처분청 이 제시한 자료 등에 따르면 청구법인과 OOO는 2021년에 이르러서야 쟁점금액 가운데 OOO원을 지급하기로, 나머지 OOO원은 OOO 보도육교 설치공사 준공 이후에 지급하기로 한 것으로 보이는 점, 쟁점토지 초과매각금액에 대한 지급이 지연되자 OOO는 청구법인을 상대로 이자금 반환청구소송을 제기한 것으로 보이는데 이와 관련하여 청구법인과 OOO 간의 소송에 대한 판결(OOO 판결, 이자금 반환)에 따르면, 이 건 관련 시행협약 제5조 제3항 단서에 ‘지원시기는 초과매각금액이 발생하는 시점을 기준으로 지원한다’고 정하고 있으나, 이는 청구법인이 OOO의 공공ㆍ문화ㆍ복지시설 설치에 지원할 의무의 발생 시기를 정한 것으로 보이고, 초과매각대금이 발생할 때 그 초과매각대금이 곧바로 OOO에 귀속된다고 할 수 없으며, 청구법인이 매각대금 가운데 지급하여야 하는 부분을 정산금 또는 지원금 등으로 보더라도 당연히 이자상당이 발생하여 청구법인이 OOO에 이를 지급하여야 한다고 볼 근거가 없다는 취지로 되어 있는 점 등에 비추어 쟁점금액의 발생시기는 2018년이라 할지라도 당시 청구법인에게 쟁점금액의 지급의무가 확정된 것으로 보기는 어렵다 할 것으로 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 보인다.

  (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 국고보조금 수익(익금)인식시기에 대한 판정 시 예탁계좌 입금시기를 수익(익금)인식시기로 하여야 한다는 의견이나, 이러한 위탁계좌는 ‘e나라도움 예탁계좌’라는 명칭의 계좌로서 청구법인 소유가 아닌 국가가 소유한 예금계좌이고, 국고보조금은 해당 계좌에 예치되었다가 별도의 신청을 통해 집행 및 이체를 받는 것으로 예치된 기간의 이자는 청구법인에게 귀속되지 않는 것이므로 이러한 위탁계좌의 외관상 계좌명의뿐만 아니라 실질적인 소유권이나 효익 및 통제관리 측면에서 모두 청구법인의 예금계좌로 보기 어렵고 청구법인이 예탁계좌에 이체된 국고보조금을 실제 수취하기 위해서는 관련 비용에 대한 증빙을 e나라도움 시스템에 업로드하고 비용이 적절하게 사용된 것으로 확인되어야 하는 등 일련의 추가절차를 구비하여야 하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 국고보조금이 청구법인 예금계좌에 입금된 시기가 아닌 국고보조금이 위탁계좌로 입금된 시기를 그 수익(익금)인식시기로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (라) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우에는 해당 시점의 건축물의 시가가 곧 후불로 받기로 한 임대료에 해당한다고 보아야 하고, 임대료 지급기간이 1년을 초과하므로 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액으로서 각 사업연도의 익금에 산입할 금액은 토지사용기간 만료 시의 건축물의 시가를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액이라고 보는 것이 타당하다 할 것(대법원 2022.1.27. 선고 2017두51983 판결)인바, 청구법인은 쟁점시설물이 임대기간의 만료시점에 원상회복의무가 발생할 수 있는 등 토지임대용역에 따른 수익금은 익금 등에서 제외되어야 한다고 주장하나, 이 건 사업협약서 제12조 제2항에 따르면 임대기간의 연도별 임대료는 제17조에 의한 시설물 귀속에 따른 임차인의 손실을 사전에 고려하여 산정된 것으로 나타나는 등 토지임대기간이 만료된 후 쟁점시설물이 청구법인에게 귀속될 것이 사실상 사전적으로 정해진 것으로 보이고, 사업시행자가 타인의 토지 위에 시설물을 신축하고 사업기간 동안 운영한 후 사업기간 종료 시에 해당 시설물을 토지소유자에게 무상으로 이전하는 경우에는 토지임대기간 만료일 당시 쟁점시설물 시가를 사업기간 동안 안분하여 익금산입하는 등 토지소유자의 임대수입금액으로서 과세표준에 포함하는 것이 합리적인 수익인식방법이라 할 것으로 임대인이 토지를 임대하면서 임차인으로 하여금 그 토지 위에 건축물을 신축하여 일정기간 사용하게 한 다음 그 건축물의 소유권을 무상으로 이전받기로 한 경우 그 건축물은 토지임대에 따른 금전 외의 대가성격에 해당하므로 그 가액은 임대료 수입금액에 포함되어야 하는 것인 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다 할 것이다.

  (마) 마지막으로 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 발코니 확장용역은 무상공급이므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 아파트 분양시장에서의 거래방식이나 거래의 실질 등을 종합적으로 고려하면 청구법인이 비록 거래의 형식상 수분양자들에게 부가가치세 과세대상인 아파트의 발코니 확장을 무상으로 공급하였다 하더라도 실제로는 아파트의 분양가액에는 그 공급가액이 포함된 것으로 봄이 타당하고, 이러한 발코니 확장용역이 무상으로 제공되었다고 할 경우에는 발코니 확장용역의 부가가치세 부과 여부는 시행사나 시공사 등의 선택(발코니 확장용역을 무상으로 제공한다고 하고 사실상 해당 대가를 분양가격에 포함시키는 방법)에 따라 발코니 확장용역에 대한 부가가치세 과․면세 여부가 달라지게 됨에 따라 불합리한 점(조심 2020서8508, 2021.5.20., 같은 뜻임) 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. (생략)

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2020년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2023년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할것(공장 또는 본사의 부지를 2020년 12월 31일까지 보유하고 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.(중략)

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 다목의 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

 가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액 (중략)

 다. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다) 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

 라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.

④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다. (중략)

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 “임원”이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

(2) 조세특례제한법 시행령

제60조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】⑨ 법 제63조의2 제4항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 임원"이란 「법인세법 시행령」 제20조 제1항 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 상시 근무하지 아니하는 임원을 제외한다.

(3) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용 으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 다른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 부가가치세법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제10조【재화 공급의 특례】⑤ 사업자가 자기생산ㆍ취득재화를 자기의 고객이나 불특정 다수에게 증여하는 경우(증여하는 재화의 대가가 주된 거래인 재화의 공급에 대한 대가에 포함되는 경우는 제외한다)는 재화의 공급으로 본다. 다만, 사업자가 사업을 위하여 증여하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제12조【용역의 공급의 특례】② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.(중략)

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가

4. 제10조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

5. 제10조 제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우: 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 가액

6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

⑫ 시가와 그 밖에 공급가액 및 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제29조【과세표준】③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액(중략)

⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우

2. 과세되는 부동산 임대용역과 면세되는 주택 임대용역을 함께 공급하여 그 임대구분과 임대료 등의 구분이 불분명한 경우

3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우

(5) 부가가치세법 시행령

제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

6. 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

4. 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우 : 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

제48조【과세표준의 계산】⑮ 사업자가 제22조 제6호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하는 경우에는 그 용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 그 시설의 설치가액을 그 용역제공 기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 용역제공 기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 그 용역제공 기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다.

제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】② 법 제29조 제3항제6호에서 “대통령령으로 정하는 가액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다

7. 사업자가 제29조 제2항 제4호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하는 경우 : 그 용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 그 시설의 설치가액을 그 용역제공 기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 해당 용역제공 기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만이면 1개월로 하고, 해당 용역제공 기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만이면 산입하지 아니한다.

제65조【부동산 임대용역의 공급가액 계산】⑤ 법 제29조 제10항 제3호에 따라 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불이나 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 공급가액으로 한다. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 제61조 제2항 제6호 후단을 준용한다.

(6) 사회기반시설에 대한 민간투자법

제4조【민간투자사업의 추진방식】민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

OOO