[주 문]

 분당세무서장이 2024.2.16. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2021년 12월분 증권거래세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2021.12.10. 주식회사 a의 주식 27,019주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 b(이하 “양수법인”이라 한다)에게 OOO원에 양도하였고, 2022.3.25. 2021년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2022.2.28. 2021년 12월분 증권거래세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 2023.11.15. 청구인이 주식매매계약서 제6조 진술 및 보장 조항을 위반하여 발생한 손해배상금 OOO원(이하 “쟁점손해배상금”이라 한다)을 양수법인에 지급하기로 양수법인과 합의하였고, 2023.11.30.과 2023.12.6. 처분청에게 쟁점손해배상금 지급에 따른 쟁점주식 양도가액 조정으로 인한 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 각 제기하였다.

다. 처분청은 청구인이 양수법인에게 지급한 쟁점손해배상금은 주식매매계약서에서 약정한 양도가액과는 별개의 채무로서, 주식양도가액 자체를 변경하는 것이 아니라 청구인이 부담하여야 할 별도의 사적인 변제의무라고 보아 2024.2.13. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인이 양수법인에게 지급한 쟁점손해배상금은 주식매매계약서상 진술 및 보장 위반에 따른 손해배상청구에 대한 결과이다.

  (가) 주식매매계약서 제6조(진술 및 보장)에 대한 내용은 대규모 주식거래에서 기업지배권 내지 경영권 이전을 목적으로 하는 M&A 계약에서 활용되고 있고, 기업을 매매목적물로 하는 매매계약에 있어서 당사자와 그 매매목적물인 대상기업에 대한 일정한 정보를 상대방에게 제공하고, 이에 대하여 진실하고 정확함을 보장하는 제도이다.

  (나) 매매계약서의 계약체결 및 이행과정을 통하여 인수대상에 대한 정보를 제공하고, 거래종결의 선행조건 또는 해제의 사유 및 거래종결 이후의 면책 또는 위반에 따른 손해배상책임의 근거와 같은 역할을 수행하며, M&A 계약이 실행된 이후에 매매목적물인 대상기업에 진술과 보장을 위반한 사항이 있는 경우, 그에 따른 경제적 위험을 매도인과 매수인중 누가 부담할 것인지를 정하고, 손해배상 내지 면책을 제공함으로써 실질적으로는 매매가격이 사후 조정되는 효과를 가져오는 역할을 한다.

  (다) 기본적으로 영미법계 국가인 미국, 영국에서의 M&A 계약에서 통상적으로 이용되어 오던 것으로, 1990년대 후반 이후 외국기업들이 대한민국 기업들을 인수하는 과정에서 국내에 도입되기 시작하여 현재 국내 기업간의 M&A 계약에서도 활용되고 있다.

 (2) 이 건 주식매매계약서 제6조(진술 및 보장) 및 제9조(손해배상 의무)의 내용에 비추어 볼 때, 청구인과 양수법인은 일반적인 주식매매계약서의 내용으로 매매계약서를 체결하였고, 주식매매계약서에 근거하여 진술 및 보장사항 위반에 따른 쟁점손해배상금을 지급한 것은 ‘매매대금의 조정’의 성격을 갖는 것이므로 쟁점손해배상금을 양도가액에서 차감하지 않을 경우 조세법률주의, 실질과세의 원칙 및 형평의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점손해배상금을 매매대금의 조정으로 보아 양도가액에서 차감하여야 한다고 주장하나, 쟁점주식의 양도가액은 거래당시 확정된 금액이고, 쟁점손해배상금은 청구인의 위반행위로 발생한 손해배상금으로서 이미 약정한 양도금액과는 별개의 채무로 보아야한다.

 (2) 따라서 쟁점손해배상금을 주식양도가액에서 차감할 수는 없고, 청구인의 위반행위로 인한 별도의 채무를 이행한 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점손해배상금은 주식매매계약서상의 진술 및 보장조항 위반에 따라 지급한 것이므로 매매대금의 조정으로 보아 쟁점주식의 양도가액에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 (2) 소득세법

 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

  1. 「법인세법」 제2조 제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계법인”이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

  2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 「상속세 및 증여세법」 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액

 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

 (3) 소득세법 시행령

 제162조(양도 또는 취득의 시기) ①법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

  1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

  2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 사실관계는 아래와 같다.

  (가) 청구인은 2021.12.10. 쟁점주식을 양수법인에게 OOO원에 양도하였고, 2022.3.25. 2021년 귀속 양도소득세를, 2022.2.28. 2021년 12월분 증권거래세를 각 신고·납부하였으며, 2023.11.30.과 2023.12.6. 쟁점손해배상금을 쟁점주식의 양도가액에서 차감한다는 내용의 경정청구를 처분청에게 각 제기하였다(<표1> 참조).

<표1> 청구인의 양도소득세·증권거래세 신고 및 경정청구 내역

<양도소득세>

(단위 : 원)

<증권거래세>

(단위 : 원)

  (나) 양수법인은 2022.12.6. 법무법인을 통하여 “청구인은 2021.10.29. 체결한 주식매매계약서 제6조 진술 및 보장 조항을 위반하였으므로 동 계약서 제9조에 근거(<표2> 참조)하여 청구인에게 손해배상을 청구한다”는 내용의 내용증명을 발송(<표3> 참조)하였고, 청구인과 양수법인은 2023.11.15. 쟁점손해배상금을 지급하는 것에 합의한 것으로 나타난다.

<표2> 주식매매계약서의 일부(2021.10.29.)

<표3> 양수법인이 청구인 외 2인에게 발송한 내용증명 중 일부

 (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

   청구인이 양수법인과 작성한 주식매매계약서 제4조(거래종결)에는 ‘제5조에서 정한 거래종결의 선행조건이 모두 충족된 것’을 전제로 실제 거래종결이 이루어지고, 제5조(거래종결의 선행조건)에서는 ‘본 계약상 매도인들의 각 진술 및 보장이 진실하고 정확할 것’이라고 기재되어 있으며, 제9조(손해배상)에서는 매도인이 손해배상의무를 부담하는 경우, 매도인에게 지급하여야 하는 매매대금에서 해당 매도인의 손해배상금액을 차감한다고 되어 있는바, 양수법인은 2022.12.6. 청구인을 포함한 주식 매도인들에게 주식매매계약상 진술 및 보장 위반에 따른 손해배상 청구에 대한 내용증명을 발송하였고, 그 내용에는 청구인의 진술 및 보장사항 위반에 따른 손해액에 대하여 산정되어 있는 점, 청구인은 위 진술 및 보장사항 위반에 대하여 이를 인정하였고, 이와 같은 사실이 2023.11.15. 청구인과 양수법인이 작성한 쟁점손해배상금에 대한 합의서에서 확인되는 점 등에 비추어, 청구인이 주식매매계약서상의 진술 및 보장조항 위반에 따라 양수법인에게 지급한 쟁점손해배상금은 별개의 채무이행 이라기보다는 매매대금의 조정으로 봄이 타당하다 할 것이다.

   따라서 처분청이 청구인이 쟁점손해배상금을 양도가액에서 차감하여야 한다는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.