[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인 세대는 2010.3.31. 서울특별시 강남구 OO동 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였고, 2016.10.14. 서울특별시 마포구 OO동 OOO를, 2019.2.1. 서울특별시 마포구 OO동 OOO를, 2020.9.23. 서울특별시 서초구 OO동 OOO(이하 “대체주택”이라 한다)을 취득하였다.

나. 청구인은 2020.10.30. 쟁점주택을 양도한 후, 쟁점주택이 1세대 1주택(고가주택)에 해당한다고 보아, 9억원을 초과하는 양도차익에 대하여 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 2020.12.17. 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 처분청의 수정신고 안내에 따라 쟁점주택의 양도 당시에 조정대상지역에 1세대 3주택 이상을 소유한 경우에 해당한다고 보아 9억원을 초과하는 양도차익에 대하여 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2021.2.8. 양도소득세 OOO원을 수정신고․납부하였다.

다. 청구인은 2023.8.29. 매수인의 사정으로 인해 일시적으로 3주택 이상을 소유하게 되었으므로 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여야 한다며 위 수정신고한 양도소득세를 경정청구하였으나, 처분청은 2023.11.1. 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 2024.1.16. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.

마. 처분청은 2024.4.8. 청구인의 주장 중 일부를 받아들여 쟁점주택의 양도차익에 대하여 일반세율을 적용하여 일부 감액환급하였다(잔존세액은 OOO원).

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 쟁점주택을 양도하는 과정에서 투기목적 없이 대체주택을 취득하였고, 그에 따라 임대주택을 포함하여 일시적으로 4주택이 되었으므로 쟁점주택의 양도에 대하여 일반세율과 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

 (2) 한편 2010년 전후에 부동산 경기 침체로 인해 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 「소득세법」의 부칙 제14조(이하 “쟁점부칙조항”이라 한다)에서는 “이 법 시행 후 2010.12.31.까지 취득한 주택의 양도소득에 대하여는 일반세율을 적용한다”고 하고 있고, 2010.10.27. 다시 개정되면서 “2009.3.16.부터 2012.12.31. 취득한 자산을 양도하는 경우에는 일반세율을 적용한다”고 규정하고 있는바, 2010.3.31. 취득한 쟁점주택의 양도에 대하여 일반세율을 적용하고 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」 제95조 제2항에 의하면, 같은 법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 제104조 제7항 제3호에서는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 정하고 있는바, 청구인의 경우 쟁점주택을 양도할 당시에 조정대상지역에 4주택을 보유하고 있었으며, 쟁점주택은 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항에서 정하고 있는 장기보유특별공제 배제의 제외대상에도 해당하지 아니하므로 쟁점주택의 양도소득에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점주택이 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라고 보아 장기보유 특별공제를 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구인 및 그 배우자가 쟁점주택을 양도할 당시에 주택을 보유한 현황은 아래 <표1>과 같은바, 쟁점주택은 조정대상지역에 있는 것으로 나타난다.

<표1> 청구인 세대의 주택 보유현황

  (나) 청구인은 2020.6.13. 쟁점주택을 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결하였고, 2020.10.30. 잔금을 수령하였다.

  (다) 기획재정부는 다주택자가 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지의 기간 중에 취득한 주택을 추후 양도하는 경우의 세율 및 장기보유특별공제의 적용과 관련하여 아래와 같이 해석하였다.

<기획재정부 예규>

  (라) 처분청은 청구인의 2023.8.29.자 경정청구를 2023.11.1. 거부하였으나, 청구인이 이 건 심판청구 후에 2024.2.7. 다시 경정청구를 제기하자, 그 내용을 검토한 후, 2024.4.8. 아래 <표2>와 같이 쟁점주택의 양도차익에 대하여 일반세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 84백만원을 감액․환급한 것으로 나타난다.

<표2> 경정내용

OOO

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택에 대한 양도소득금액을 계산할 때 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제95조 제2항에서 같은 법 104조 제7항 각 호에 따른 자산, 즉 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’ 등은 장기보유특별공제를 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 각 호에서 ‘장기보유특별공제의 배제’를 적용하지 않는 경우를 정하고 있으나, 쟁점주택은 이에 해당하지 아니하는 점, 청구인은 조정대상지역에 있는 쟁점주택을 양도할 당시 4주택을 소유하고 있었고, 청구인의 소유한 주택 중에 주택 수 계산에서 산입하지 아니하는 주택(「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제1호)도 확인되지 아니하는바, 결국 쟁점주택은 「소득세법」 제95조 제2항 및 제104조 제7항 제3호의 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당한다 할 것인 점, 청구인은 투기목적이 없었고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지의 기간이 극히 일시적이었던 사정이 고려되어야 한다고 주장하나, 대체주택을 제외하더라도 3주택을 소유한 경우에 해당하고 2021.2.17. 개정된 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제13호는 해당 시행령의 시행 이후 양도하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 소득세법

  (가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것

  (나) 2009.5.21. 법률 제9672호로 개정된 것

(다) 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것

  (라) 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것

  (마) 2019.8.27. 법률 제16568호로 개정된 것

  제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

  제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (표1, 표2 생략)

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

  제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 (2) 소득세법 시행령

  (가) 2020.10.8. 대통령령 제31101호로 개정된 것

  제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

 가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

 나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

  제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

  제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.

  제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조 제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2.∼12. (생 략)

  (나) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것

  제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1.∼12. (생 략)

13. 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택