[주 문]

1. 의정부세무서장이 2024.2.7. 청구법인에게 한 2018～2019사업연도 법인세 합계 OOO원(2018사업연도분 OOO원 및 2019사업연도분 OOO원)의 각 부과처분은, 청구법인이 2018년 제2기〜2019년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 A 및 B로부터 수취한 매입세금계산서상 공급가액 합계 OOO원 중 환수금액을 제외한 OOO원(2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원)을 손금산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

 2. 의정부세무서장이 2024.2.13. 청구법인에게 한 2018·2019년 귀속 합계 OOO원(2018년 귀속분OOO원 및 2019년 귀속분OOO원)의 각 소득금액변동통지 처분은, 위 손금산입액에 부가가치세 상당액을 가산한 금액을 소득금액변동통지 금액에서 제외하며,

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2018.5.17.부터 경기도 의정부시 OOO 소재지에서 의류 도·소매업 등을 영위하고 있는 업체로, 2018년 제2기〜2019년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 C 외 5개 업체(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 16매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각각 수취하여 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 공제받는 한편, 법인세 신고 시 매입액 상당액을 손금에 산입하였다.

나. 처분청은 2023.4.24.～2023.8.29. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 아래 <표1>과 같이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 세금계산서 불성실가산세 등을 가산하여 2023.10.11. 청구법인에게 2018년 제2기～2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였고, 쟁점세금계산서에 의한 거래 중 가공거래로 확정된 거래의 공급가액 합계 OOO원을 손금불산입하여 2024.2.7. 청구법인에게 2018～2019사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

<표1> 이 건 부가가치세 및 법인세 부과처분 내역

다. 한편, 처분청은 위 손금불산입한 금액에 부가가치세 상당액을 가산한 합계 OOO원(2018년 귀속분 OOO원 및 2019년 귀속분 OOO원)을 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 2024.2.13. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.21. 및 2024.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정·고지하였고, 그 매입금액을 손금에서 제외하여 법인세를 경정·고지하면서 같은 금액에 부가가치세 상당액을 가산하여 소득 귀속자를 대표이사인 D로 한 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인과 쟁점거래처 간에는 의류 및 원단의 실물거래가 존재함이 분명하고, 이 건 매입거래의 공급자가 쟁점매입처가 아닌 제3의 거래처라고 하더라도 이 건 매입거래와 관련한 실물거래가 존재하고 이와 관련하여 탈루된 세액도 없으므로 이 건 처분은 위법하다.

 (2) 청구법인의 대표이사 D와 전 사내이사 E는 청구법인 설립 이전인 2016년경부터 개인사업자로서 동대문상가에서 의류도·소매업을 영위하였는데, 사업 초기부터 쟁점매입처 중 F이 대표자인 A(이하 “쟁점①매입처”라 하고 관련 세금계산서를 이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)로부터 의류를, B(이하 “쟁점②매입처”라 하고 관련 세금계산서를 이하 “쟁점②세금계산서”라 하며, 쟁점매입처 중 쟁점①·②매입처를 제외한 나머지를 이하 “기타매입처”라 한다)로부터 의류 제작에 필요한 원단을 각각 납품받았다.

(가) 청구법인의 대표이사인 D와 전 사내이사인 E는 사업 초기 쟁점①매입처의 대표자인 F을 알게 되었는데, 당시 F은 동대문 의류도매상가 건물 3층에서 의류매장을 직접 운영하고 있었고, 동 매장은 같은 건물 내 매출 1위 업체였으며, F은 해당 건물에 입주한 각 매장들에 대한 월세, 운영비, 기타 비용을 직접 회수하는 등 건물 관리까지 맡고 있어서 영세한 다수의 업체들이 난립한 동대문상가에서 드물게 신뢰도가 높은 사업자였다. 특히 F은 청구법인과 같이 디자인만을 전문으로 하는 사업체나 매장 브랜드에게 옷을 외주가공하여 납품하는 사업도 병행하고 있어서 사업 초기부터 F을 전적으로 신뢰하고 의지하면서 사업을 영위하였다. 따라서 청구법인은 쟁점①매입처 등으로부터 의류를 매입할 때 F을 통하여 공급받았고, F이 안내한 대로 세금계산서를 수수하였다.

  한편, F과의 거래가 지속되던 과정에서 납품받은 의류에 불량률이 지속적으로 높아졌고, 하자 책임에 대한 이견도 발생하게 되어 F과의 사이가 소원해지고 사업상 신뢰관계도 파탄에 이르게 되었다. 이에 청구법인은 F과 더 이상 함께 거래를 이어나가기 어렵다고 보아 2019년 4월경부터 거래를 중단하였다. 청구법인과 F은 거래 중단 이후에도 기존 매입 의류 중 불량품에 대한 후속조치로 보상을 요구하는 과정에서 여러 번 다툼이 있었는데, 결국 거래대금에 대한 차액조차 제대로 정리되지 않은 상황에서 서로 연락이 두절되기에 이르렀다.

  (나) D와 E는 2016년경부터 개인사업자로 의류판매업을 영위하였는데, 중국 또는 국내 업체로부터 원단을 공급받아 중국 제작업체에 위탁하여 디자인 의류를 제작하기도 하였다. 위와 같은 의류의 경우, 원단 자체의 품질이 상당히 중요함에도 중국 현지에서는 적합한 품질과 가격의 원단을 구할 수 없어서 경기도 양주시나 포천시 등에서 원단을 보유한 사업자들이 청구법인에게 양질의 원단을 저렴한 가격에 제공하겠다고 제의하였고, 이에 청구법인은 위 사업자들 중 쟁점②매입처의 영업사원으로부터 원단 샘플 및 견적서 등을 요구하여 확인한 결과, 품질 및 가격이 우수하여 쟁점②매입처와 거래하게 되었다.

(3) 청구법인과 쟁점①·②매입처 간에 실물거래가 존재하였으므로 실물거래가 없음을 전제로 한 이 건 부가가치세와 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분은 모두 위법하다.

  (가) 대법원은 “과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다”라고 판시함으로써 원칙적으로 실물거래가 없음을 이유로 관련 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부 등은 과세관청이 입증해야 한다고 명시적으로 판시하고 있다(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결 참조).

  또한, 대법원은 (가공거래가 아닌) 실물거래 여부의 판단기준에 관하여 “재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것으로서, (중략) 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다”고 판시하였다(대법원 2012.11.15. 선고 2010도11382 판결). 이 건의 경우 처분청은 청구법인과 쟁점매입처 간에 실물거래가 없었다고 단정하고 있으나, 달리 처분청의 의견을 입증할 만한 아무런 증거도 존재하지 않는 반면, 청구법인은 매입장, 매입 의류 및 원단에 대한 판매내역 등을 고려하면 쟁점매입처와 의류 및 원단 공급에 대한 구속력 있는 합의를 하고 그에 따라 실제로 의류 및 원단을 매입하였음이 입증된다.

  (나) 청구법인이 디자인한 의류를 쟁점①매입처에 전달하면, 동 매입처는 견본품을 제작하여 청구법인에게 보내주고, 청구법인은 이를 확인한 후 쟁점①매입처에 최종 주문 수량을 통보하여 필요한 수량을 납품받은 후 쟁점①매입처로부터 세금계산서를 수취하면서 거래대금을 결제하였고, 납품 직후 검수·검품 과정을 거쳐 불량품으로 분류된 의류는 반품하며, 일부 금액을 환수받는 방식으로 거래하였다. 또한, 쟁점①매입처로부터 세금계산서를 수취하면서 실제 납품받은 의류 내역은 매입장에 기재되어 있는데, 이 건 과세기간(2018년 제2기〜2019년 제1기) 동안 세금계산서를 수수한 공급가액은 OOO원이고, 의류입고 매입내역상 가액은 OOO원으로 대부분 일치함을 알 수 있다.

  청구법인과 쟁점①매입처는 지속적인 거래관계에 있었으므로 청구법인은 쟁점①매입처로부터 위탁 의뢰한 의류를 먼저 납품받은 후, 자금 사정에 따라 거래대금을 사후 정산하거나 의류 납품 전에 거래대금을 선지급하면서 세금계산서를 수수하기도 하였는데, a과 2019년 4월 이후 연락이 두절됨에 따라 일부 납품 의류에 대한 정산이 제대로 이루어지지 않은 채 거래가 종료되었고, 이에 세금계산서 수수금액 합계액과 실제 의류 매입금액 합계액에 일부 차이가 발생하였다.

  위와 같은 사유로 쟁점①매입처와의 세금계산서 수수금액과 매입금액이 완전하게 일치하지는 않으나, 이와 같은 사정만으로 청구법인과 쟁점①매입처 사이에서 실물매입이 전혀 존재하지 않았던 것으로는 도저히 볼 수 없다. F의 거래사실에 관한 진술, 청구법인 경리담당자의 진술 및 매입장의 존재, 위 금액이 세금계산서 수취 내역과 대부분 일치하는 점 등을 종합하면 청구법인과 쟁점①매입처 간에 실물거래가 있었음이 분명하다.

  한편, 청구법인이 쟁점①매입처로부터 매입한 의류는 실제로 “G”라는 온라인몰을 통해 판매되었는데, G에 의뢰하여 회신받은 판매 내역에 의하여도 이러한 사실이 확인된다. 즉, 청구법인은 쟁점①매입처로부터 의류를 매입하고, 같은 품목의 의류를 매입 시점으로부터 근접한 시점에 일정 마진을 가산하여 G 등 판매업체에서 실제로 판매하였음이 입증된다. 따라서 청구법인과 쟁점①매입처 사이에 실물거래가 있었음이 분명하다.

  (다) 청구법인은 화섬직원단을 사용하는 의류를 중국 제작업체에 제작·위탁하여 이를 수령한 후 G 등에서 판매하였는데, 위 의류는 원단 자체의 중요성이 크고 중국 현지에서는 적합한 품질과 가격의 원단을 구할 수 없었으므로, 화섬직원단은 쟁점②매입처로부터 직접 구매하였다. 청구법인은 쟁점②매입처로부터 위 원단을 구매한 후 동 매입처가 원단을 중국 제작업체가 요구하는 장소인 인천항 물류창고에 직접 전달하도록 하였으며, 청구법인은 물류창고 입고 사실을 사후적으로 확인하고 중국 제작업체로부터 화섬직원단을 사용한 의류를 납품받았는바, 이러한 사실은 중국 제작업체의 납품받은 내역 및 해당 의류의 G 판매내역에 의하여 객관적으로 확인된다. 즉, 청구법인은 쟁점②매입처로부터 원단을 매입하고, 이를 통하여 의류를 제작하여 해당 의류를 매입 시점으로부터 근접한 시점에 일정 마진을 가산하여 G 등 판매업체에서 실제로 판매하였음이 입증되므로 청구법인과 쟁점②매입처 간에도 실물거래가 있었음이 분명하다.

(라) 처분청은 쟁점①·②매입처와의 실물거래가 존재하지 않는다는 점에 대한 아무런 증빙자료도 제시하지 못하고 있는 반면, 청구법인은 모든 거래에 있어서 실제 의류 및 원단을 공급받은 후 금융계좌를 통하여 거래대금을 지급하고 세금계산서를 정상적으로 수취하였는바, 위 의류 및 원단의 공급이 없었던 것으로 볼만한 사정은 전혀 존재하지 아니할 뿐만 아니라 처분청은 이 건 조사 당시 쟁점①·②매입처를 제외한 기타매입처와의 매입거래에 대하여는 청구법인이 제시한 매입장 및 G 매출 내역 등을 근거로 실제 의류를 매입한 사실을 모두 인정하였다. 기타매입처와의 매입거래와 쟁점①·②매입처와의 매입거래는 모두 유사한 물품을 대상으로 하고 유사한 방법을 통하여 이루어졌을 뿐만 아니라 통장거래 내역도 존재하고 해당 매입에 대응하는 매출도 각각 존재하는바, 쟁점①·②매입처로부터의 매입거래만을 가공으로 판단할 근거는 어디에도 없다.

  따라서 청구법인과 쟁점①·②매입처 간의 매입거래 중 환수금액을 초과하는 부분은 실물거래가 존재한다. 즉, 이에 관한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하므로 해당 세금계산서상 공급가액 중 환수금액을 초과하는 OOO원(2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원)은 법인세 산정 시 손금에 산입되어야 하며, 소득금액변동통지 중 위 금액에 부가가치세 상당액을 가산한 금액을 소득금액변동통지 금액에서 제외하여야 한다.

(4) 청구법인이 기타매입처로부터 수취한 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 아니한다.

  (가) 「부가가치세법」 제39조 제1항은 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, 제2호에서 “필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액”을 그 사유로 규정하고 있고, 같은 법 제32조 제1항은 세금계산서의 필요적 기재사항으로 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일을 각각 규정하고 있다.

  또한, 법원은 위와 같은 필요적 기재사항의 부실기재로 인한 매입세액을 불공제하는 대상을 제한적으로 해석하고 있다. 즉, 사실과 다른 세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제하는 이유는 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서 과세기간별로 공급받는 자가 공제받은 매입세액과 공급자가 거래 징수한 매출세액을 상호 검증하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위함이므로(대법원 2019.8.30. 선고 2016두62726 판결 참조), 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서라 하더라도 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우에는 매입세액의 공제를 허용하는 것이 부가가치세제의 기본원리에 부합한다는 점을 고려하여 매입세액 공제를 허용해야 한다는 것이다.

  구체적으로 살펴보면, 대법원은 공급받는 자의 명의를 위장하여 세금계산서를 발급받은 사안에서, “세금계산서에 기재된 ‘공급받는 자의 등록번호’를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있다면 ‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’이 실제 사업자의 것과 다르다는 사정만으로 이를 매입세액공제가 인정되지 않는 사실과 다른 세금계산서라고 단정할 수는 없다. 따라서 자기의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 아니하는 타인의 명의를 빌린 사업자가 어느 사업장에 대하여 타인의 명의로 사업자등록을 하되 온전히 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하며 부가가치세를 신고·납부하는 경우와 같이 명칭이나 상호에도 불구하고 해당 사업장이 온전히 실제 사업자의 사업장으로 특정될 수 있는 경우, 명의인의 등록번호는 곧 실제 사업자의 등록번호로 기능하는 것이므로 그와 같은 등록번호가 ‘공급받는 자’의 등록번호로 기재된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.”라고 판시함으로써 공급하는 자의 명칭이나 상호에도 불구하고 실물 공급이 있었음이 분명한 경우와 같이 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하는 데에 문제가 없는 경우에는 필요적 기재사항이 달리 기재되었음에도 이를 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 볼 수 없다고 판시하고 있다(대법원 2019.8.30. 선고 2016두62726 판결 참조).

위 각 판례의 취지에 비추어 볼 때, 세금계산서의 필요적 기재사항이 부실기재 되었다고 하더라도, 실물거래가 존재하고 관련하여 탈루한 세액이 존재하지 않는 등 세금계산서의 정확성과 진실성이 확보되어 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우에는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 않고, 이에 따라 공급받는 자의 매입세액 공 제도 허용됨을 알 수 있다.

  (나) 이 건 매입거래를 통한 의류의 실물공급이 있었다는 점에 대하여는 처분청도 다투지 아니한다. 다만, 처분청은 이 건 매입거래의 공급자는 ‘기타매입처’가 아닌 다른 제3의 거래처라고 판단함에 따라 관련 세금계산서를 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 보았으나, 이 건 매입거래 관련 세금계산서의 공급하는 자의 명칭 등 기재상 오류가 있었다고 하더라도, 이 건 매입거래에 대한 실물거래가 존재하고 이와 관련된 탈루세액이 전혀 존재하지 아니하는바, 세금계산서의 정확성과 진실성이 확보되는 경우에 해당하므로, 이와 같은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다.

  더욱이, 청구법인은 사업 초기부터 F을 전적으로 신뢰하고 의지하면서 사업을 영위하였는바, 기타매입처로부터 의류매입 거래를 할 때 F을 통하여 실제 의류를 공급받았고, F이 안내한 대로 세금계산서를 수수하였을 뿐이어서 기타매입처가 실질사업자에 해당하는지 여부를 쉽게 알 수 없었던 사정이 있었을 뿐만 아니라 위 세금계산서가 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해친 것이라고도 볼 수 없을 뿐만 아니라 당사자들이 수수한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당함을 이유로 한 부과처분의 입증책임은 과세관청에게 있는데, 처분청은 이 건 매입거래가 존재함은 인정하면서도 위 매입거래의 공급자가 기타매입처가 아닌 누구인지 여부에 대해서도 전혀 입증하지 못하고 있다.

 (6) 처분청은 청구법인과 쟁점매입처 사이에 실물거래를 입증할 수 있는 증거가 부족하고, 청구법인이 반품대금을 개인계좌로 수취한 사정이 존재하며, 쟁점매입처가 모두 자료상으로 인정된다는 사유로 쟁점세금계사서를 사실과 다른 세금계산서로 보았으나, 쟁점①·②매입처와는 실물거래가 존재하지 않는다고 본 반면, 기타매입처(H, I, J, C)와는 실물거래는 존재하고 다만 기타매입처가 아닌 제3자로부터 공급받은 것으로 보았다.

  (가) 처분청은 이 건 각 거래가 가공거래에 해당한다고 보면서도 이를 뒷받침하는 어떠한 증거도 제시하지 않고 있다. 대법원은 실물거래가 존재하지 않음을 전제로 한 과세처분에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다고 판시하고 있고, 청구법인은 쟁점매입처와의 실물거래가 존재한다는 일응의 입증(매입거래에 대응하는 매출의 존재, 매입사실을 뒷받침하는 매입장의 존재, 거래당사자 및 매입 담당 직원의 확인서 등)을 하였음에도 처분청의 이 건 처분의 적법성에 대한 증명이 전혀 없는바, 이 건 처분은 취소되어야 한다.

  (나) 또한, 처분청은 쟁점①·②매입처와 기타매입처 사이의 유사한 거래를 전혀 다르게 판단하는 지극히 일관성 없는 처분을 하였는바, 청구법인이 쟁점①·②매입처 및 기타매입처와 각각 한 매입거래는 의류 또는 원단을 구매 후 가공하여 G 등 판매처에 판매할 목적으로 매입한 것으로, 그 구매 목적이 동일하고 매입 대상 물품(의류 또는 원단)도 유사하며 매입 방식도 동일하고 각 거래에 대한 통장 입출금 내역 및 매입 물품에 대한 매입장이 존재한다는 점도 동일하며 매입한 의류 중 불량품이 있는 경우 거래취소 이후 반품 및 판매대금이 반환되었다는 사실까지도 동일하다. 따라서 특별한 사정이 없는 한 쟁점①·②매입처 및 기타매입처의 각 거래는 동일하게 판단되어야 하고, 달리 쟁점①·②매입처로부터의 매입거래만을 전부 가공거래인 것으로 판단할 아무런 근거도 없다.

  (다) 한편, 처분청은 청구법인의 업종 특성상 위장 매입거래가 존재할 수 있고, 청구법인 측에서도 실제 의류의 매입이 존재한다고 주장하였으며, 매출 내역은 전산으로 확인되므로 청구법인과 기타매입처 사이의 실물거래는 존재한다고 보았는데, 위와 같은 근거는 청구법인과 쟁점①·②매입처 사이의 거래에도 동일하게 적용됨이 분명하다.

 (7) 처분청은 청구법인이 제시한 거래사실 확인서, 진술서 및 매입장을 신뢰할 수 없다는 의견이나, 실물거래가 없음을 전제로 한 부과처분의 적법성에 대한 입증책임은 처분청에 있는데, 처분청은 스스로는 아무런 입증도 하지 않는 반면, 청구법인이 제시한 증빙자료의 신빙성만을 다투면서 마치 실물거래 존재의 입증책임이 청구법인에게 있는 것으로 오해하고 있는바, 이는 처분청이 가공거래 해당 여부를 전혀 입증할 수 없다는 점을 반증하는 것에 불과하다.

(가) 처분청은 F의 거래사실확인서에 대하여, 청구법인이 다른 심판청구사건(조심 OOO)에서 위 확인서를 제출하였는데, 해당 사건이 기각되었으므로 위 확인서를 신빙성이 없는 것으로 보았으나, 별개의 심판청구사건이 기각으로 결정되었다고 하더라도 이는 위 확인서가 신빙성이 없다는 근거가 될 수 없다. 따라서 거래사실확인서가 증거로 제출된 사건에서 D의 청구가 기각되었다는 이유만으로 위 확인서가 신빙성이 없다고 단정할 수는 없다. 이와 달리 F의 거래사실확인서는 거래상대방의 대표자(F)가 직접 거래 사실이 존재한다고 진술한 것으로, 청구법인과 F 사이의 거래관계가 단절된 상황에서 F이 청구법인을 위하여 거짓진술을 할 어떠한 유인도 존재하지 아니하며, F이 자필로 거래사실이 존재함을 직접 확인하였다는 점 등을 고려하면 F의 거래사실확인서의 신빙성은 인정되어야 한다.

  (나) 처분청은 이 건 진술서가 세무조사 당시에 제출되지 않은 증거이므로 이를 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 진술서가 세무조사 과정에서 제출되었는지 여부는 증거의 신빙성과 아무런 관련이 없다. 이 건 담당 경리직원의 진술서는 매입거래 사실을 기장하는 경리직원이 직접 실물거래 존재를 확인하고 작성한 것이다. 즉, 담당 경리직원은 물류팀에서 청구법인의 매입 수량과 단가를 알려주면 이를 그대로 매입장에 기록하였다고 진술하였는데, 매입장에 기재한 필적과 진술서상 담당 경리직원의 필적이 일치하므로 위 진술서는 신빙성이 높다.

(다) 또한, 처분청은 매입장의 기재 내역이 통장의 입·출금 내역과 일치하므로 동 매입장을 신뢰할 수 없다는 의견이나, 통장 입·출금 내역과 매입장의 기재 내역이 일치하는 것은 정상적인 것이고, 이를 비정상적인 것으로 보는 처분청 의견이 오히려 납득하기 어렵다. 청구법인은 거래처와의 거래대금을 자금 사정에 따라 선지급 또는 사후정산 하기도 하였으나, 이는 어디까지나 예외적으로 자금 사정에 따라 매입시점과 대금 지급시점이 달라지는 경우도 존재한다는 것일 뿐 매입장의 기재 내용을 의심할 만한 어떠한 증거나 정황이 될 수 없다. 청구법인이 이 건 과세기간 동안 세금계산서를 수취한 공급가액은 OOO원이고, 매입장에 기재된 의류 등의 입고가액은 OOO원으로, 위 각 금액이 거의 일치하는바, 이 건 매입장은 실물거래가 존재한다는 사실을 입증할 수 있는 증빙자료로 보아야 한다. 청구법인은 쟁점매입처로부터 매입한 의류 등을 실제로 G 등 온라인몰에서 판매하였는데, 처분청 의견과 같이 청구법인의 의류 등 매입거래가 가공거래라면 실제로 의류를 판매할 수 없었을 것이다.

  (라) 청구법인은 쟁점매입처로부터 의류 및 원단을 납품받은 이후 검수·검품 과정을 거쳐 불량품으로 분류된 의류에 대한 거래를 취소하고 반품 및 대금을 환수받았는데(청구법인이 매입거래 중 일부 거래를 취소하고 판매대금을 환수받았다는 점에 대하여는 처분청도 인정하고 있다), 청구법인과 쟁점매입처 사이에 실물거래가 전혀 존재하지 않는다면 취소할 거래 자체가 존재하지 않았을 것이고, 환급받을 대금도 존재하지도 않았을 것이다. 즉, 처분청은 청구법인과 쟁점매입처 사이의 거래 취소 및 대금 환수 사실은 인정하면서도, 정작 취소의 대상이 되는 실물거래의 존재는 인정하지 않고 있다. 따라서 청구법인과 쟁점매입처 사이에 의류 등 매입거래 중 반품 취소된 부분을 제외한 부분에 대한 실물거래가 존재함이 명백하다.

 (8) 또한, 처분청은 거래 취소 후 대금을 개인계좌로 수령한 것을 비정상적으로 보아 청구법인과 쟁점매입처의 실물거래를 부인하였으나, 청구법인은 쟁점매입처로부터 의류 및 원단을 납품받은 후 검수·검품 과정을 거쳐 불량품으로 분류된 의류 등에 대한 거래를 취소하고 반품 후 대금을 환수받았는바, 청구법인이 거래 취소에 따른 대금을 개인계좌로 환급받았는지 여부는 실물거래가 존재하는지 여부와 아무런 관련이 없다. 오히려 거래의 취소 및 대금의 반환이 있었다는 것은 취소할 실물거래가 존재하고 그에 따른 대금이 지급되었다는 사실을 반증하는 것일 뿐만 아니라 청구법인이 매입 취소에 따른 환수금을 개인계좌로 수취한 것은 청구법인 및 거래처들의 영세성, 세법에 대한 전문적인 지식 부족, 재무·회계에 대한 별도의 시스템 및 인력의 미비 등에 기인한 것이고, 개인이 환수금을 취득할 목적으로 개인계좌로 수취한 것이 아닌 이상 달리 대금을 개인계좌로 수취하였다고 하여 어떤 법적 문제가 있는 것이 아니라 통상적인 것이다.

 (9) 한편, 처분청은 청구법인과 기타매입처 사이에 수수한 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하고, 청구법인이 제시한 판례(대법원 2019.8.30. 선고 2016두62726 판결, 대법원 2016.2.18. 선고 2014두35706 판결 등)의 법리는 이 건에 적용될 수 없다는 의견이나, 청구주장의 요지는 필요적 기재사항의 부실기재를 이유로 한 매입세액을 불공제하는 대상을 제한적으로 해석하는 판례의 법리에 비추어 볼 때 청구법인과 기타매입처 사이에서 수수한 세금계산서도 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 않는다는 것이다.

  (가) 대법원은 실물거래의 존재가 확인되는 경우와 같이 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하는 데에 문제가 없는 경우에는, 세금계산서 필요적 기재사항의 부실기재가 있다고 하더라도, 이를 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 볼 수 없다고 판시하고 있는바(대법원 2019.8.30. 선고 2016두62726 판결 참조), 대법원이 위와 같이 판시하는 취지는 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 위해서 과세기간별로 공급받는 자가 공제받은 매입세액과 공급자가 거래 징수한 매출세액을 상호 검증하여 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하고자, 사실과 다른 세금계산서에 대해 매입세액을 불공제하는 것이므로(대법원 2019.8.30. 선고 2016두62726 판결 참조), 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 세금계산서라 하더라도 전단계세액공제 제도의 정상적인 운영을 저해하거나 세금계산서의 본질적 기능을 해치지 않는 것으로 볼 수 있는 경우에는 매입세액 공제를 허용해야 한다는 것이다.

  (나) 이 건의 경우 필요적 기재사항 중 ‘공급받는 자의 성명 또는 명칭’에 대한 부실기재가 있으나, 청구법인과 기타매입처 사이의 실물거래가 존재하는 점, 기타매입처가 실물거래에 따라 세금계산서를 적법하게 발급한 점, 청구법인이 부당하게 세액환급을 누리거나 탈루한 세액도 전혀 없는 점 등에 비추어 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하는 데에 문제가 없으므로, 위 세금계산서는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 아니하므로 매입세액 공제가 허용되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인의 대표자 등이 쟁점매입처로부터 거래대금을 반환받은 점 등을 고려할 때 청구법인을 선의의 거래당사자로 보기는 어려우므로 쟁점①·②매입처로부터 가공세금계산서를, 기타매입처로부터 위장세금계산서를 각각 수취한 것으로 보아 부가가치세 및 법인세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다.

 (2) 처분청은 쟁점①매입처의 세무조사 과정에서 청구법인과의 거래를 가공으로 확정하였다. 즉, 쟁점①매입처를 조사한 결과, 의류 매입 내역을 확인할 수 없었고 거래대금의 지급시기와 세금계산서의 발행시기가 상이하여 실제 물품 납품 대가로 자금이 인출된 것인지 불분명할 뿐 아니라 거래대금 중 일부가 청구법인의 대표자 및 직원에게 반환되는 비정상적인 자금 흐름이 확인되었으로, 쟁점①매입처와의 매입거래를 전액 가공거래로 봄이 타당하다.

 (3) 처분청은 쟁점②매입처를 조사한 결과, 청구법인과의 거래를 가공으로 확정하였을 뿐만 아니라 청구법인은 거래를 입증할 만한 구체적인 증빙을 제출하지 못하고 있고, 청구법인이 쟁점②매입처에 송금한 대금 중 일부가 쟁점②매입처의 사업장 근처가 아닌 청구법인의 사업장 근처에서 현금으로 출금되거나 대체되었고 대금 결제액 중 일부가 청구법인의 직원 계좌로 반환된 점 등을 고려할 때 쟁점②매입처와의 매입거래 전부를 가공거래로 봄이 타당하다.

 (4) 기타매입처 중 H의 실행위자인 K은 의류 프로모션을 통하여 무자료로 매입한 의류를 실제로 매출하였다고 주장하였으나, 구체적인 증빙이 제시되지 아니하여 완전 자료상으로 확정된 반면, 청구법인이 수기 장부, 입고표, 품목별 매출 내역 등을 제시하며 선의의 당사자라고 주장함에 따라 당해 소명자료를 검토한 결과 실제 매입이 있었던 것으로 추정된다. 다만. H의 명의상 대표자인 O이 청구법인의 대표자 및 직원에게 일부 대금을 반환한 정황이 있어서 청구법인을 선의의 당사자로 보기는 어렵고, 대금 회수액 관련 거래(OOO원)는 가공거래, 그 외 거래(OOO원)는 위장거래로 각각 확정하였다.

 (5) 기타매입처 중 I의 실행위자인 K은 의류 프로모션을 통하여 무자료 매입 의류를 실제 매출이 있었다고 주장하였으나, 세무조사 당시 구체적인 증빙이 제시되지 아니하여 완전 자료상으로 확정된 반면, 청구법인이 수기 장부, 입고표, 매출 내역 등을 제시하며 선의의 당사자라고 주장함에 따라 당해 증빙자료를 검토한 결과 실제 매입이 있었던 것으로 확인된다. 다만, 청구법인의 대표자 D와 직원 E가 I에 매입대금을 결제한 후 K의 관련인 계좌로부터 OOO원을 회수하고 I의 명의상 대표자인 L으로부터 OOO원을 회수한 사실이 확인되어 청구법인을 선의의 당사자로 보기는 어려우므로 청구법인의 대표자 및 직원이 회수한 대금 관련 거래(OOO원)는 가공거래, 그 외 거래(OOO원)는 위장거래로 각각 확정하였다.

 (6) 청구법인이 기타매입처 중 C와 관련하여 제출한 소명자료를 검토한 결과 매입한 물품이 매출로 연결되어 실제 매입이 있었던 것으로 확인되나, 청구법인의 직원이 거래대금 중 일부를 C로부터 회수한 사실이 확인되어 이를 정상 거래로 보기는 어렵고, 회수금액 관련 거래(OOO원)는 가공거래로, 그 외 거래(OOO원)는 위장거래로 각각 확정하였다.

 (7) 기타매입처 중 J는 주요 매출처와 매입처가 모두 가공으로 확정된 완전 자료상이며, J가 발행한 전자세금계산서가 H 및 I가 발행한 세금계산서와 랜카드·CPU·저장매체의 각 고유번호가 일치하여 H과 I의 실행위자인 K이 발행한 정황이 확인되므로 청구법인이 해당 거래의 선의의 당사자라는 주장은 신뢰하기 어렵다. 다만, 청구법인이 제출한 자료를 통하여 실제 매입이 있었던 것으로 확인되므로 J와의 거래(OOO원)를 위장거래로 확정하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

 ② 쟁점①·②세금계산서와 관련하여 실물거래가 수반된 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법

  제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

  제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서 등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서 등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

 (2) 법인세법

  제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

 (3) 법인세법 시행령

  제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주 등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 직원인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

 라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 2018년 제2기～2019년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점매입처로부터 공급가액 합계 OOO원의 쟁점세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고 시 관련 매입세액을 공제받았고, 2018·2019사업연도 법인세 신고 시 매입액 상당액을 손금에 산입하였다.

<표2> 쟁점세금계산서 수취 내역

 (2) 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 가산세를 포함하여 아래 <표3>과 같이 부가가치세를 경정·고지하였다.

<표3> 부가가치세 신고 및 경정 내역

 (3) 또한, 처분청은 쟁점세금계산서에 의한 거래를 아래 <표4>와 같이 가공과 위장으로 구분하여 가공거래에 대하여 그 공급가액을 손금불산입하여 아래 <표5>와 같이 법인세를 경정·고지하였고 그 과정에서 쟁점매입처로부터 환수된 금액은 모두 가공거래와 관련된 것으로 보았는바, 쟁점매입처로부터 환수된 내역은 아래 <표6>과 같다.

<표4> 쟁점세금계산서에 의한 거래의 구분

<표5> 법인세 신고 및 경정 내역

<표6> 쟁점매입처로부터 환수된 내역

(4) 한편, 처분청은 가공거래에 해당하는 공급가액 상당액에 부가가치세를 가산한 합계 OOO원(2018년 귀속분 OOO원 및 2019년 귀속분 OOO원)을 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

 (5) 처분청의 쟁점매입처에 대한 주요 조사 내용은 다음과 같다.

(가) F이 운영하는 쟁점①매입처는 의류 도매업체로 자료상과의 거래로 인하여 세무조사를 받았는데, 조사 당시 청구법인과의 거래에 대한 구체적인 증빙을 제시하지 못하였고 청구법인의 대표이사 및 직원에게 거래대금 일부가 반환되는 비정상적인 자금 흐름이 확인되어 당해 거래 전부를 가공거래로 확정하였다.

  (나) 쟁점②매입처는 의류 도소매업을 영위하는 업체로, 매입 대비 매출이 과다하여 세무조사를 받았고, 자료상 이력이 있는 S가 실행위자로 위조된 임대차계약서를 이용하여 R 명의로 사업자등록을 한 것으로 조사되었으며, 청구법인이 송금한 대금이 청구법인의 사업장 인근에서 현금으로 출금되거나 대체되었고 일부는 청구법인의 직원 계좌로 반환되는 등 비정상적인 자금 흐름이 확인되어 관련 거래 전부를 가공거래로 확정하였다.

  (다) C는 N 등 제조업체로 자료상인 H과 M로부터 가공매입이 있는 것으로 조사되었으나, 청구법인이 제시한 계좌거래 내역, 입고표, 해당 품목이 판매된 인터넷몰의 매출 내역 등에 의하여 실제 매입한 물품이 매출된 사실이 확인됨에 따라 총거래대금 중 회수금액(OOO원)을 제외한 나머지(OOO원)를 위장거래로 확정하였다.

  (라) I는 의류 제조업체로 거짓 세금계산서 발급 혐의로 세무조사를 받았고, 그 대표자인 L은 실행위자인 K에게 명의대여를 한 것으로 확인되었으며, 청구법인이 제시한 수기 장부, 입고표, 매출 내역 등을 통하여 실제 매입 사실이 확인되어 총거래대금 중 회수대금(OOO원)을 제외한 나머지(OOO원)를 위장거래로 확정하였다.

  (마) J는 의류 도매업체로 거짓 세금계산서 수수 혐의로 세무조사를 실시한 결과 자료상으로 확정되었으나, 청구법인이 제시한 수기 장부, 입고표, 품목별 매출 내역 등을 통하여 청구법인의 실제 매입 사실이 확인되어 J와의 거래(OOO원)를 위장거래로 확정하였다.

  (바) H은 의류 제조업체로 거짓 세금계산서 발급 혐의로 세무조사를 받았고 그 대표자인 O은 해당 업종의 사업 이력이 없는 자로 실행위자인 K의 요청으로 명의대여를 한 것으로 확인되며, 청구법인이 제시한 수기 장부, 입고표, 품목별 매출 내역 등을 통하여 실제 매입 사실이 확인되어 총거래대금 중 회수대금(OOO원)을 제외한 나머지(OOO원)를 위장거래로 확정하였다.

 (6) 청구법인이 제시한 증빙자료 등은 다음과 같다.

  (가) 쟁점①매입처와 관련된 자료는 다음과 같다.

   1) 청구법인은 디자인한 의류를 쟁점①매입처에 전달하면 동 매입처가 견본품을 제작하여 청구법인에게 보내주고, 청구법인이 이를 확인한 후 쟁점①매입처에 최종 주문 수량을 통보하는 과정을 거쳐 실제 의류를 납품받았다고 주장하는바, 청구법인이 쟁점①매입처로부터 수취한 세금계산서 및 의류 입고 내역은 아래 <표7>·<표8>과 같다.

<표7> 세금계산서 수취 내역

<표8> 의류 입고 내역

   2) 한편, 청구법인은 쟁점①매입처로부터 매입한 의류를 온라인 쇼핑몰인 ‘G’를 통해 판매하였다고 주장하며 G에 의뢰하여 회신받은 판매 내역을 아래 <표9>와 같이 제시하였는데, 위 <표8>의 입고 내역과 비교한 결과 쟁점①매입처로부터 매입한 같은 품목의 의류가 매입 시점으로부터 근접한 시점에 판매된 것으로 나타난다.

<표9> G 판매 내역

(나) 쟁점②매입처와 관련된 자료는 다음과 같다.

   1) 청구법인은 쟁점②매입처로부터 원단을 구매하여 이를 중국 제작업체에 전달하여 의류 제작을 의뢰하여 납품받았다고 주장하며 쟁점②매입처로부터 원단 구매 시 수취한 세금계산서 및 원단 구매 내역을 아래 <표10>·<표11>과 같이 제시하고 있다.

<표10> 세금계산서 수취 내역

<표11> 원단 구매 내역

   2) 또한, 청구법인이 쟁점②매입처로부터 매입한 원단을 중국 제작업체에 보내 의류를 제작하였다고 주장하며 제시한 의류 입고 내역 및 G 판매 내역은 아래 <표12>와 같다.

<표12> 의류 입고 및 판매 내역

  (다) 그 밖에 청구법인은 이 건 과세기간 동안 작성하였다는 매입장 및 동 매입장을 작성하였다는 경리담당자 P의 진술서, 쟁점①매입처 대표자의 확인서 등을 각각 제시하였는데, 매입장의 일부 내용은 다음과 같고 동 매입장과 진술서상 필체가 동일한 것으로 나타난다.

 (7) 청구법인의 대표이사인 D는 Q라는 상호로 2014.11.25.〜2018.6.30. 기간 동안 의류 도·소매업을 영위하다가 2018년 제2기 부가가치세 과세기간에 동 업체를 청구법인으로 전환하여 현재까지 같은 업종을 영위하고 있는바, 처분청은 D가 2017년 제2기〜2018년 제2기 과세기간 동안 쟁점①매입처로부터 공급가액 합계 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 이유로 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였고, D가 이에 불복하여 2022.3.15. 심판청구(조심 OOO)를 제기하였으나, 우리 원은 이에 대하여 2022.11.23. 쟁점①매입처와의 거래를 정상거래로 인정하기에는 그 입증이 부족하다고 보아 기각으로 결정한 것으로 나타난다.

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 세금계산서의 필요적 기재 사항이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공급 주체가 세금계산서 발행 명의자와 다른 경우 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다 할 것인바(대법원 2012.4.26. 선고 2012두959 판결 등 참조), 이 건의 경우 처분청의 쟁점매입처에 대한 조사 내용에 따르면 쟁점매입처는 자료상 혐의로 세무조사를 받은 이력이 있는 자료상 확정업체로서, 의류나 원단을 공급할 수 있는 인적·물적 시설을 갖추고 있지 아니한 것으로 보이고, 쟁점매입처의 대표자 등도 동일 업종의 사업 이력이 없거나 명의대여자로 조사된 점 등에 비추어 쟁점세금계산서 관련 거래의 공급자를 쟁점매입처로 보기는 어렵다 할 것이다.

 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점①·②세금계산서에 의한 거래를 실물거래를 수반하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 이 건 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지 처분을 하였으나, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 법인세 과세표준의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액이 실지비용인지의 여부가 다투어져서 그것이 허위임이 밝혀지거나 납세의무자 스스로 신고금액이 허위임을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용에 소요되었다고 주장하는 경우에는 그 다른 비용의 존재와 액수에 대하여는 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

 이 건의 경우 처분청은 쟁점매입처 중 쟁점①·②매입처를 제외한 기타매입처와의 거래에 있어서는 각 매입처로부터 환수된 금액을 제외한 부분은 실물거래를 인정하고 이를 위장거래로 보아 그 매입액 상당액을 손금에 산입한 것으로 나타나는바(청구법인도 쟁점①·②매입처와의 거래금액 중 환수된 금액은 하자 등의 사유로 거래가 취소된 것임을 인정하고 있음), 처분청은 청구법인이 이 건 조사 시 기타매입처와 관련하여 제시한 금융자료, 수기 장부, 입고표, 품목별 매출 내역 등을 근거로 실제 매입 사실을 인정하였는데, 동 증빙자료는 쟁점①·②매입처와의 거래에 있어서도 제시된 동일한 자료로 보이는 점,

 처분청은 2024.10.2. 이 건 조세심판관회의에 참석하여 쟁점①·②세금계산서에 의한 실물거래를 부인한 이유에 대하여 쟁점①매입처의 경우 청구법인의 대표이사가 개인사업을 영위하던 때부터 거래하던 업체로 그 당시 동 대표이사가 부가가치세 부과처분에 대하여 제기한 심판청구사건(조심 OOO, 2022.3.15.)에 대하여 우리 원이 기각으로 결정한 사실을 그 근거로 제시하였는데, 이는 필요경비와 관련된 결정이 아니므로 손금 해당 여부를 판단하는 경우에 그대로 원용하기 어렵고, 쟁점②매입처의 경우 다른 매입처와 달리 ‘의류’가 아닌 ‘원단’을 매입하였다는 이유로 실물거래를 부인하였다고 진술하였는데 이를 과세근거로 보기에는 부족한 점,

 특히 쟁점①·②세금계산서에 의한 실물거래를 부인할 경우 매출액은 존재하는 반면, 이에 대응되는 매입액은 부인되어 이 건 과세기간 동안의 원가율이 지나치게 낮게 산출되어 불합리한 면이 있고, 이러한 면에 대하여는 처분청도 이 건 조세심판관회의에 참석하여 조사 종결 무렵 청구법인에게 경정청구 등을 권고하기도 하였다고 진술한 점 등에 비추어 쟁점①·②세금계산서와 관련하여 실물거래가 수반된 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

 따라서 처분청은 청구법인이 2018년 제2기〜2019년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점①·②매입처로부터 수취한 매입세금계산서상 공급가액에서 환수된 금액을 제외한 금액을 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 위 손금산입액에 부가가치세 상당액을 가산한 금액을 소득금액변동통지 금액에서 제외함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.