[사건번호] | |||
[세 목] | [결정유형] | ||
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[주 문] |
심판청구를 기각한다. |
[이 유] |
1. 처분개요 가. 청구법인은 A 주식회사로부터 의약품 등을 매입하여 병원 등에 공급하는 사업을 영위하는 사업자로 2020년 제1기∼2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 특수관계법인 주식회사 B(청구법인의 대표이사 C의 배우자 D이 대표이사로 이하 “쟁점거래처”라 한다) 및 주식회사 E(이하 “E”라 한다)로부터 아래 <표1>과 같이 세금계산서를 수취하여 해당 과세기간의 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다. <표1> 세금계산서 수취 내역 나. AAA지방국세청장(이하 “조사청”이라고 한다)은 2023.11.14.부터 2024.1.18.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 2020년 제1기∼2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점거래처와 E로부터 재화나 용역을 공급받은 사실 없이 세금계산서를 수취하였다고 보아 해당 기간 쟁점거래처부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다), 주식회사 E로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 가공세금계산서로 확정하여(이 외에도 업무무관비용 계상액 OOO원을 부인하였음) 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.4.18. 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 관련 법인세 OOO원 및 부가가치세 OOO원을 각 경정⋅고지하면서 OOO원이 사외유출된 것으로 보아 청구법인의 대표이사인 C에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. <표2> 이 사건 부과처분 내역 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점거래처로부터 실질적인 용역을 제공받고 그 대가를 판매수수료로 지급하였는바, 쟁점거래처로부터 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수취하였다는 처분청의 주장은 사실이 아니다. (가) 청구법인은 쟁점거래처와 함께 의약품 도매업을 운영하고 있고, 실질적인 업무는 청구법인의 대표이사 C과 쟁점거래처 대표이사 D이 직접 수행하였는바, 쟁점거래처가 청구법인에게 제공한 구체적인 용역의 내용은 청구법인의 고객관리, 경리 및 자금관리와 의약품 도매업 공동 운영 등이고, 쟁점거래처는 D 대표이사의 영업실적에 대한 판매수수료와 청구법인의 고객관계 관리, 경리 및 자금관리에 대한 수수료를 공급가액으로 하여 청구법인에게 세금계산서를 발행한 것이다. (나) 청구법인이 A 주식회사로부터 제품을 매입할 권한이 있기 때문에 쟁점거래처가 의약품을 거래처(F)에 직접 공급하지 못하고 청구법인으로부터 영업에 대한 판매수수료만 지급받은 것이고, 쟁점거래처는 2020년 5월부터 2023년 12월까지 F에 대한 판매 및 고객관리에 대하여 매출액의 6%(이후 4%로 인하하였음)를 지급받는 조건으로 청구법인과 용역제공계약을 체결하였고, 현재도 계속 관련 용역을 공급하고 있다. (다) 쟁점거래처 D 대표이사가 청구법인의 고객관계관리, 경리업무 및 자금관리 등의 업무를 전부 처리하였고, 쟁점거래처가 청구법인을 위하여 업무를 처리하였다는 증거는 청구법인이 발송한 전자메일의 내용에서 확인할 수 있고, 쟁점거래처 D 대표는 청구법인의 업무를 처리하였음에도 청구법인으로부터 근로소득, 기타소득 등 어떤 용역대가도 개인적으로 지급받은 사실이 없다. (라) 처분청은 쟁점거래처 대표이사가 청구법인 대표이사의 배우자라는 사실에 비추어 청구법인이 쟁점거래처로부터 실제 용역의 제공없이 세금계산서를 수취하였다고 보았으나, 쟁점거래처 대표이사 D은 2012.6.4.부터 의약품 도매업(개인사업자)를 영위한 사실이 있고, 2020.3.30. 동 업체를 법인으로 전환하여 쟁점거래처를 설립한 것인바, D은 의약품 및 부재료 도매업 분야에서 8년 이상 영업을 한 사실이 있고, 청구법인에 대해 사무용역도 제공하였으며, D이 청구법인에게 제공한 경리업무 등의 용역을 제공한 사실은 조사청도 인정하였다. 다만, 청구법인과 D이 근로관계에 있지 아니하였으므로 위 용역제공에 대한 대가지급을 위해 청구법인이 거래처 중 일부를 양도하였던 것인바, D의 실제 사업 활동이 존재하고, 실질적으로 용역을 제공하였음에도 불구하고, 쟁점거래처가 쟁점거래처로부터 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수취하였다는 보아 과세한 처분은 잘못이 있다. (마) 청구법인은 조사 과정에서 일관되게 쟁점거래처로부터의 매입이 정상매입이라고 주장하였으나 받아들여지지 않았다. 1) 처분청은 조사 당시 쟁점거래처와 E가 청구법인과 특수관계이고, 이들로부터의 매입이 세금을 탈루하기 위한 컨설팅의 결과물이라고 보았으나, 청구법인의 대표이사 C은 E로부터의 매입이 가공인 사실은 인정하였으나, 쟁점거래처로부터의 매입은 정상거래라고 주장하며 사실확인서에 서명을 거부하였다. 2) 조사청은 조사 과정에서 청구법인 대표이사 C이 진술한 내용을 근거로 쟁점거래처로부터의 매입을 가공으로 보았으나, C은 조사 당시 세무대리인의 ‘가공매입으로 진술하지 않으면 조사 확대 등 회사에 큰 불이익이 있다’는 말에 따라 쟁점거래처로부터 실제 용역을 제공받았음에도 가공매입으로 진술하였던 것이다. 3) 조사 당시 판매수수료 약정서 및 산정 근거를 제출하지 않은 것은 조사 당시 세무대리인의 착오에 따른 것으로 청구법인은 조사 초기에 판매수수료 약정서 및 산정 근거를 세무사에게 제출하였음에도 조사청에 제출되지 아니하였는바, 청구법인이 과세전적부심사 단계에서야 이를 알게 되어 세무사에게 항의를 한 사실이 있고, 조사청은 자료가 제출되지 아니한 사실에 대하여 청구법인 대표에게 아무런 언급도 없었고 자료 제출을 요구한 사실도 없다. (바) 처분청은 청구법인의 F 관련 매출이 2015년부터 지속적으로 발생해 오던 것으로, 청구법인이 쟁점거래처로부터 판매관리 용역 등을 제공받을 필요성이 없다고 보았으나, 경쟁이 치열한 의약품 공급업계에서는 지속적인 고객관리가 필수적이므로 매출처에 대한 관리용역이 필요하다. (사) 처분청은 쟁점거래처가 근무직원이 없고, 별도 사무공간이 구별되지 아니한 점에 비추어 가공사업장이라고 보았으나, 쟁점거래처는 판매수수료 외에도 상품매출이 발생한 사실(2022년 OOO원, 2023년 OOO원)이 있고, 주택에 법인의 본점을 두는 경우도 많으며, 고정사업장이 필수가 아닌 현대 정보화 사회에서 사업장의 형태만 가지고 용역거래의 가공 여부를 판단할 수 없다. (아) 2023년 11월에 쟁점거래처로부터 판매대행 용역수수료를 수취하지 않은 것은 조사청이 세무조사 확대 등으로 청구법인을 압박하던 상황에서 조사청의 심기를 건드리지 말라는 세무사의 조언때문으로 청구법인은 용역거래 실질에 따라 처리하여야 한다고 판단하여 2023년 12월부터는 다시 판매대행 용역수수료를 수취하였다. (2) 처분청 의견에 대한 항변은 다음과 같다. (가) 구체적인 용역의 제공이 없었다는 의견과 관련하여 1) 쟁점거래처 대표이사 D은 청구법인의 대표이사 C의 배우자로 2012년부터 공동으로 사업을 영위하였고, C은 2014년 청구법인을 설립(C의 지분 100%)하여 D과 공동으로 법인을 경영하였는바, D은 청구법인에게 세무, 자금, 고객관계관리 등의 사업지원 용역을 제공하였음에도 불구하고 단 한차례도 청구법인으로부터 급여를 지급받지 아니하였다. 2) 쟁점거래처 대표이사 D은 2020년 3월 자신이 운영하던 의약품도매업체를 법인으로 전환하여 쟁점거래처를 설립하였고, 청구법인으로부터 기존 거래처 중 일부를 양도받았는바, 사업을 양수·양도할 당시 기존에 D이 청구법인에게 무료로 제공하던 세무, 자금, 고객관계관리 등의 사업지원 용역을 유료로 전환하고, 청구법인의 기존 거래처 유지관리 용역 중 일부(F 납품 관련)를 D에게 제공하는 조건이 있었다. 3) 즉, 청구법인은 위 거래조건에 따라 2020년 이후 쟁점거래처로부터 세무, 자금, 고객관계관리 등의 사업지원 용역을 제공받았고, 쟁점거래처가 의약품 도매업 업무를 일부 대행하여 병원에 납품 및 관리한 대가로 수수료를 지급하였으며, 판매수수료 명목으로 일괄하여 세금계산서를 발행하고 대금을 지급한 것이다. (나) 세무조사 당시 소명자료 제출을 하지 않았다는 주장과 관련하여 조사청은 세무조사 착수 직후 통상적인 자료 제출 요구를 하였고, 청구법인은 세무대리인을 선임한 후 해당 자료를 세무대리인에게 인계하였으나, 세무대리인이 이를 제출하지 아니하였음을 불복 과정에서 알게 되었는바, 청구법인이 조사청의 요구에 불응한 것이 아니라 세무대리인이 조사 과정에서 자료를 조사청에 제출하지 않은 것이다. (다) 청구법인이 조사 과정에서 세금 부담을 경감할 목적으로 세금계산서 수취한 사실을 인정하였다는 의견과 관련하여 1) 청구법인의 대표이사 C은 세무조사 과정에서 세무대리인으로부터 적극 협조하지 않을 경우 조사범위 확대, 조세범칙조사를 받을 수 있으므로 무조건 인정해야 한다는 압박을 받았고, 세무대리인의 지시대로 그 내용을 면밀히 검토하지 않고 모두 인정한 것이다. 2) 이후 C은 재차 조사청을 방문하여 쟁점거래처와의 거래는 정상적인 거래임을 주장하였고, 최종 확인서 작성 시에도 E와의 거래는 가공거래임을 인정하였으나, 쟁점거래처와는 실제 용역의 제공이 있었음을 주장하며 확인서 서명을 거부하였다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점거래처는 대표이사 D 외 근무직원이 없고, 사업장에 별도의 근무 공간도 없으며, 청구법인과 용역에 대한 구체적인 계약내역이 확인되지 않는 등 청구법인과 하나의 업체처럼 운영한 것으로 조사되었다. (가) 청구법인이 쟁점거래처로부터 제공받았다고 주장하며 제출한 판매수수료 약정서와 산출내역서는 불복과정에서 제출된 것으로, 조사청이 이 건 세무조사 과정에서 수 차례 요청하였음에도 조사 당시에는 제출하지 아니하다가 불복과정에서 제출된 점에 비추어 신뢰하기 어렵다. (나) 청구법인은 조사청이 자료 제출을 요구한 사실이 없다고 주장하나, 조사청은 2023.11.17. 청구법인에게 장부‧서류 등 자료제출 요구 공문을 발송하였고, 2023.11.20. 청구법인의 직원(양ㅇ희)이 공문을 수령한 사실이 자료제출 요구 공문 및 송달증빙에서 확인된다. (다) 청구법인이 제출한 판매수수료 약정서를 보면, F 납품 판매계약에 따른 판매수수료를 지급하는 것으로 명시되어 있고, 아래 <표3>과 같이 청구법인의 G OOO의료용품 등의 매출액을 근거로 산정되었으나, 판매수수료 산정대상이 되는 청구법인의 F(G OOO의료용품) 관련 매출은 아래 <표4>와 같이 2015년부터 지속적으로 발생해 오던 것으로, 2020년 5월 이후부터 발생한 쟁점거래처의 판매대행 용역 제공과는 아무런 관련이 없다. <표3> 판매수수료 산정 내역 <표4> 청구법인의 F 관련 매출 내역 (라) 청구법인은 F 관련 매출을 지속적으로 관리하기 위해 쟁점거래처에 판매대행 용역을 의뢰한 것이라고 주장하나, 청구법인이 수년간 관리하던 고정 거래처를 특수관계법인에 고액의 용역료를 지급하면서 용역을 의뢰하는 것은 정상적인 거래 형태로 볼 수 없다. (마) 또한 청구법인은 세무조사가 진행 중이던 2023년 11월 갑자기 F 매출 OOO원과 관련하여 이에 대응하는 판매수수료 관련 세금계산서를 쟁점거래처로부터 수취하지 아니하였는바, 이는 세무조사로 인해 청구법인의 가공세금계산서 수취 행위가 밝혀짐에 따라 자기 시정을 한 것으로 보이고, 이후 2023년 12월 청구법인 대표이사가 진술을 번복하고 쟁점세금계산서를 실거래라고 주장하며 다시 판매수수료 명목으로 세금계산서를 수취하였다. (바) 청구법인은 세무조사 과정에서 조사청에 쟁점거래처 대표이사 D의 전자메일 출력물을 제출하면서 청구법인이 쟁점거래처로부터 경리 및 자금관리 용역 등을 제공받았다고 주장하였으나, 제출한 전자메일은 2014년부터 2023년까지 D과 세무대리인 등이 주고받은 이메일로, 이는 쟁점거래처가 제공한 용역과 무관한 내용이고, D이 과거부터 배우자가 경영하는 청구법인의 업무에 일부 도움을 주고 있었던 것에 불과하다. (사) 쟁점거래처는 대표이사 D 외 근무 직원이 없고, 사업장에 별도의 근무 공간도 없으며, 청구법인과 체결한 구체적인 계약내역도 확인할 수 없는바, 청구법인과 쟁점거래처의 의료기기 영업활동은 전체적으로 청구법인 대표이사 C과 청구법인의 직원들이 담당하고, D은 자택에서 관련 법인들의 경리업무 등을 일부 처리하며 하나의 업체처럼 운영한 것으로 보인다. (아) 청구법인 대표이사 C이 이 사건 세무조사 과정에서 세금 부담을 경감시킬 목적으로 쟁점 세금계산서를 수취한 사실을 인정한 점, 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점거래처로부터 제공받았다고 주장하는 용역은 그 실체가 불분명한 점 등에 비추어 쟁점세금계산서가 실제 용역의 제공에 따라 수취한 것이라는 청구주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 제공 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2014년 12월 설립된 의료기기 도‧소매업체로, 대표이사 C이 100%의 지분을 소유하고 있고, A㈜로부터 부정맥 치료용 카데터 등 의료용품을 매입하여 대학병원 등에 납품하고 있고, 쟁점거래처는 2020년 3월 설립된 의료기기 도‧소매업체로 D이 2012년부터 운영하던 개인사업자를 2020.3.30. 법인으로 전환하여 설립한 것으로 청구법인 대표이사 C의 배우자인 D이 지분의 48%를 보유하고 있으며, E는 2011년 7월 설립된 기계부품 제조업체로, 청구법인 대표이사 C의 부친 H이 2020년 9월경 지분인수를 통하여 대표이사로 취임한 것으로 나타난다. (나) 청구법인에 대한 조사내용은 다음과 같다. 1) 청구법인과 쟁점거래처, E는 사업장 소재지가 동일하고, 조사청이 사업장 방문하여 확인한 결과, 청구법인 소속 직원 이외에 쟁점거래처 및 E의 직원은 근무하고 있지 아니한 것으로 조사되었다. 2) 조사청은 청구법인에게 쟁점거래처와 E로부터 수취한 세금계산서 관련 계약서, 거래명세서, 판매대행 상세내역 등 실거래를 입증할 수 있는 자료의 제출을 요구하였으나 청구법인은 자료를 제출하지 아니하였고, 청구법인의 세무대리인은 위 세금계산서 수취와 관련하여 구체적인 증빙자료가 없다고 답변한 것으로 나타난다. 3) 조사청은 사실관계를 확인하고자 2023.12.11. 청구법인 대표이사 C을 면담하였고, C은 청구법인의 매출이 급격하게 증가하다 보니 세금 부담이 가중되어 이를 줄여보고자 특수관계법인인 쟁점거래처, E로부터 실제 재화나 용역의 공급없이 세금계산서를 수취하였다고 진술하였으나, 이후 세무조사에 따른 예상고지세액이 과도하다며 조사청에 쟁점거래처 대표이사 D이 청구법인의 경리업무 등을 수행한 사실이 있으니 쟁점세금계산서 중 일부를 실거래로 인정해 달라고 요청하였고, 조사청은 이를 받아들이지 아니한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 용역계약이 존재하였음을 입증하기 위하여 판매수수료 약정서 및 판매대행용역 약정서 등을 제출하였고, 쟁점거래처에 대한 용역대가 지급 의무가 발생하였고 이를 지급한 사실 등을 입증하기 위해 2020사업연도∼2023사업연도 청구법인의 외상매입금 명세서를 제출하였는바, 이 건 소득금액변동통지금액 중 쟁점거래처에게 지급한 외상매입금 지급분에 해당하는 금액은 상여처분을 취소하여야 한다는 것이 청구법인의 주장이다. <청구법인이 제출한 외상매입금명세서 중 일부> (라) 청구법인은 쟁점거래처의 판매수수료 외 상품매출 등 영업내용을 입증하기 위해 쟁점거래처의 손익계산서 및 계정별 원장을 아래 <표5>와 같이 제출하였고, 쟁점거래처가 청구법인으로부터 수취한 수수료 수취 내역을 아래 <표6>과 같이, 수수료 산정 세부내역 30매를 아래 <표7>과 같이 제출하다. 또한 쟁점거래처 대표이사 D이 청구법인의 고객관계관리, 경리업무 등 용역제공 내용을 입증하기 위해 D이 발송한 전자메일 내역을 제출하였고, 쟁점거래처의 주식등변동상황명세서, 계정과목별 거래처 현황 등의 자료를 제출하였다. <표5> 쟁점거래처의 손익계산서 및 계정별 원장 중 일부 <표6> 청구법인의 F 관련 매출 내역 <표7> 수수료 산정 세부내역 중 일부 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처로부터 실질적인 용역을 제공받고 그 대가를 판매수수료로 지급하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자 측으로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 시인하는 내용의 확인서 등을 작성․교부받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 또는 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서 등의 증거가치를 함부로 부정할 수 없는바(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결, 대법원 2006.2.24. 선고 2005두12589 판결 등 참조), 조사 당시 청구법인은 판매수수료 약정서와 수수료 산출내역 등 실제 용역을 제공받은 사실이 확인되는 자료를 제출하지 아니하였고, 대표이사 C이 세금 부담을 경감시킬 목적으로 쟁점세금계산서를 수취한 사실을 인정한 점, 조사청의 현장 확인 결과, 쟁점거래처는 대표이사 D 외 근무 직원이 없고, 사업장에 별도의 근무 공간도 없는 것으로 조사된 점, 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 쟁점거래처로부터 제공받았다고 주장하는 용역은 그 실체가 불분명하고, 청구법인이 불복과정에서 제출한 판매수수료 약정서와 산출내역서 등의 증빙만으로는 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라는 당초 조사결과를 뒤집기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> (1) 부가가치세법 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 법인세법 제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. |