[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 「의료법」에 따라 설립되어 의료기관의 설치운영 등을 영위하는 법인으로, 2018사업연도 법인세 신고 시 「조세특례제한법」(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제29조의7(이하 “개정전법률”이라 한다)에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용하지 아니하고 신고·납부하였다가, 2022년 1월경 전체 상시근로자 증가인원 수를 기준으로 쟁점세액공제액을 계산하여 2018사업연도 경정청구(이하 “제1차경정청구”라 한다)를 하였고, 처분청은 이를 받아들여 OOO원을 환급하였다.

나. 이후 청구법인은 「조세특례제한법」(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것) 제29조의7(이하 “개정된법률”이라 한다) 제1항의 “증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다”는 규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용되므로, 그 전 사업연도인 2018사업연도는 청년등 상시근로자의 증가한 인원 수 및 그 외 상시근로자의 증가한 인원 수를 각각 계산해야 한다며 2024.3.26. 아래 <표3>과 같은 쟁점세액공제 내역으로 경정청구(이하 “제2차경정청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 개정된법률이 적용되는 시기(2020년 이후) 전의 사업연도 또한 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 산정되어야 한다며 2024.5.23. 등에 경정청구를 거부하였다.

<표3> 제2차경정청구 시 쟁점세액공제 내역(제1차경정청구 환급분 제외)

(단위 : 원)

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 개정된법률 전에는 쟁점세액공제가 가능한 상시근로자 수를 계산할 때, ‘청년등 상시근로자의 인원 수’와 ‘청년등 상시근로자 외의 상시근로자 인원 수’를 각각 구분 계산하였으며, 어느 쪽에서 인원 감소가 발생하더라도 상호 인원 수를 통산한다는 규정이 없었으나, 2019.12.31. 개정된법률로 인하여 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 하여 쟁점세액공제를 산정하도록 개정되었고, 이러한 개정내용은 개정된법률 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용된다.

(2) 조세심판원도 “개정후 규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이고, 이 건 경정청구 대상 과세기간인 2018ㆍ2019년 귀속분에는 적용되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당한 점, 세액공제 대상 상시근로자 인원 수의 산정에 있어 납세자에게 다소 불리하게 개정된 개정후 규정을 2019년 이전 귀속분에 대해서도 적용하는 것으로 해석할 경우 소급과세금지의 원칙을 위배할 소지가 있는 점” 등의 이유로 본 건과 동일한 쟁점에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 위법하다고 결정(조심 2023부443, 2023.5.17.)하였다.

(3) 한편 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.)는 개정된 법률이 2020.1.1. 이전 과세연도에도 적용된다고 해석하였고, 처분청은 위 기획재정부 예규와 같이 쟁점세액공제를 산정하여 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 이는 조세법률주의의 원칙 및 신의성실의 원칙, 「국세기본법」 제18조 제3항의 소급과세의 금지원칙을 위반한 처분으로서 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 개정된법률 부칙 제1조는 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다.”로, 제2조 제1항은 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.”고 각 규정하고 있다.

(2) 쟁점세액공제는 신규 일자리 창출에 대한 지원을 강화하기 위하여 신설된 것으로, 개정 시 개정이유에 쟁점세액공제 산정 시 “증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다”는 규정은 세액공제금액을 명확화하기 위한 것이라고 명시하고 있어 종전의 내용을 변경한다는 의미가 아니라 그 내용을 보다 명확하고 확실하게 해석될 수 있도록 개정한 것이고, 종전부터 해석해 오던 사항을 법문상으로 명시한 것에 불과하므로 그 부칙 조항에 적용시기 및 적용례를 별도로 규정하지 아니하였던 것이다.

(3) 또한 기획재정부도 2020.1.1. 이전 개시한 과세연도에 대하여 개정된법률에 따라 전체 상시근로자의 증가인원을 한도로 쟁점세액공제를 산정하도록 해석(기획재정부 조세특례제도과-199, 2024.3.8.)하고 있으며 이는 새로운 해석이나 관행이 아니므로 소급과세 금지의 원칙에 반한다고도 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

고용증대세액공제액 계산 시 2019.12.31. 개정된 「조세특례제한법」 제29조의7 제1항의 증가한 전체 상시근로자 수의 한도를 적용하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 제2차경정청구에 대하여 처분청은 다음과 같은 사유를 이유로 거부처분하였다.

<표4> 경정청구 거부처분 사유

(2) 법제처 국가법령정보센터에 조회해 보면, 개정된법률 개정 시 제29조의7 제1항의 개정이유는 “고용을 증대시킨 기업의 세액공제금액을 계산할 때 청년 등 상시근로자 증가 인원 및 그 외 상시근로자 증가 인원은 전체 상시근로자 수 증가 인원을 한도로 함을 명확히 규정함”이라고 기재되어 있다

(3) 기획재정부의 쟁점한도규정 관련한 예규 및 2019년 간추린 개정세법의 「조세특례제한법」개정내용은 아래 <표5>·<표6>과 같다.

<표5> 기획재정부 예규

<표6> 2019년 간추린 개정세법 개정내용

(4) 청구법인이 제시한 2017년부터 2020년까지의 상시근로자 수는 아래 <표7>과 같다.

<표7> 청구법인의 2017년부터 2021년까지의 상시근로자 수

(단위 : 명)

(5) 청구법인은 쟁점세액공제를 전체 상시근로자의 증가한 인원 수 한도 내에서 산정하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 증가한 인원 수 및 그 외 상시근로자의 증가한 인원 수를 각각 계산하는 방식으로 산정하면 쟁점세액공제 내역(제1차경정청구 환급분 및 제2차경정청구 세액 포함)은 아래 <표8>과 같다고 한다.

<표8> 쟁점세액공제 내역(제1차경정청구 및 제2차경정청구 합계)

(단위 : 원)

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 개정된법률이 2020.1.1. 전 개시하는 사업연도에도 적용되므로 2018·2019사업연도 쟁점세액공제액 계산 시에도 청년등 상시근로자의 증감 인원 수와 그 외 상시근로자의 증감 인원 수를 통산하여 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 산정하여야 한다는 의견이나,

2018·2019사업연도 당시 「조세특례제한법」제29조의7 제1항은 ‘증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다’는 내용을 규정하고 있지 아니한 점, 개정된법률 부칙 제1조(시행일)는 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하였고, 제2조(일반적 적용례) 제1항은 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있어 개정된법률은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 증가한 전체 상시근로자의 인원 수를 한도로 2018·2019사업연도 상시근로자의 증감 인원 수를 산정하여 청구법인의 2018·2019사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2023부443, 2023.5.17. 같은 뜻임).

다만, 개정된법률 부칙 제1조 및 제2조에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분에 대하여는 개정된법률이 적용되는 것이고, 2020.3.13. 기획재정부령 제776호로 개정된 「조세특례제한법 시행규칙」별지 제10호의8 서식 “고용 증대 기업에 대한 공제세액계산서”의 작성방법에서도 2차년도 및 3차년도 세액공제액 계산 시 각 공제금액(청년/청년 외)은 전체 상시근로자 수 증가분을 한도로 한다고 기재되어 있으므로, 이 건 처분 중 처분청이 개정된법률에 따라 2021사업연도 법인세 쟁점세액공제액을 계산하여 청구법인의 2021사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것)

제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수 × 300만원[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 700만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액]

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 1,000만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 1,100만원

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 중소기업 또는 중견기업이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 과세연도의 전체 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서도 공제한다.

1. 청년등 상시근로자 수가 감소하지 아니한 경우 : 제1항 제1호 및 제2호에 따라 공제받은 금액 상당액

2. 제1호 외의 경우 : 제1항 제2호에 따라 공제받은 금액 상당액

③ 제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 청년등 상시근로자 수 또는 전체 상시근로자 수가 공제를 받은 과세연도보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의6까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 7년, 제10조에 따라 공제할 세액을 중소기업이 설립일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못하는 경우는 10년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)

제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

(3) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 것)

제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우 : 700만원

나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우 : 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

※ 부 칙

제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제118조 제1항 제22호의 개정규정 및 제121조의13 제5항의 개정규정은 2020년 4월 1일부터 시행하고, 제96조 제1항의 개정규정(감면세액과 관련된 부분에 한정한다), 제106조의2 제13항의 개정규정 및 제126조의2의 개정규정(신문 구독료와 관련된 부분에 한정한다)은 2021년 1월 1일부터 시행하며, 제38조의2의 개정규정은 2027년 1월 1일부터 시행하고, 제121조의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

(4) 조세특례제한법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제776호로 개정된 것)

(별지 삽입을 위한 여백)

(5) 조세특례제한법(2021.3.16. 법률 제17926호로 개정된 것)

제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ⑤ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간에 대하여 제2항을 적용한다. 다만, 2020년 12월 31일이 속하는 과세연도에 대해서는 제2항 후단을 적용하지 아니한다.

⑥ 제5항을 적용받은 내국인이 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소하지 아니한 경우에는 제1항 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 3년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

⑦ 제6항을 적용받은 내국인이 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도의 전체 상시근로자의 수 또는 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 최초로 공제받은 과세연도의 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 제2항을 적용한다.

⑧ 제1항, 제2항 및 제5항부터 제7항까지의 규정을 적용할 때 청년등상시근로자 및 전체 상시근로자 수의 계산방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.