1.원고 주식회사 aaa의 피고 AA세무서장에 대한 항소, 피고 AA세무서장의 원고 주식회사 aaa에 대한 항소, 피고 BBB세무서장의 원고 bbb에 대한 항소를 각 기각한다.

2. 항소비용은 각자 부담한다.

1. 청구취지

 가. 피고 AA세무서장이 2019. 12. 2. 원고 주식회사 aaa에 대하여 한 제1심판결 별지1 세목 ‘법인세’ 부분의 ‘잔존세액’란 기재 각 법인세 부과처분 및 피고 BBB세무서장이 2020. 1. 4. 원고 bbb에 대하여 한 제1심판결 별지1 세목 ‘증여세’ 부분의 각 증여세 부과처분을 취소한다.

 나. 피고 AA세무서장이 2019. 12. 9. 원고 주식회사 aaa(본점)에 대하여 한 제1심판결 별지1 세목 ‘부가가치세(본사)’ 부분의 각 부가가치세 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

 가. 원고 주식회사 aaa

 제1심판결 중 원고 주식회사 aaa 패소 부분을 취소한다. 청구취지 나.항과 같은 판결

 나. 피고들 제1심판결 중 피고들 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고들의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 이 법원의 심판범위

 원고 주식회사 aaa(이하 ‘원고 aaa’이라 한다)은 당심에서 제1심공동피고 CC세무서장에 대한 소를 취하하였다. 따라서 이 법원의 심판범위는 원고들과 피고들 부분에 한정된다.

2. 제1심판결의 인용

 이 법원이 적을 이유는, 제1심판결의 해당 부분(제1심공동피고 CC세무서장에 관한부분 제외)을 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고, 원, 피고들이 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 관하여 다음의 ‘3. 추가 판단’을 추가하는 외에는 제1심판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

〇 제1심판결 제6면 아래에서 10행부터 제7면 12행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『바. 피고 AA세무서장은 위 과세자료 통보에 따라 원고 aaa에 2019. 12. 2. 2015 사업연도 법인세 115,002,180원(가산세 포함), 2016 사업연도 법인세 288,296,240원(가산세 포함), 2017 사업연도 법인세 241,049,200원(가산세 포함), 2018 사업연도 법인세 231,793,040원(가산세 포함) 합계 876,140,660원을 부과하고, 2019. 12. 9. 2016년 제2기 부가가치세 관련 세금계산서 미발급 가산세 11,652,896원, 2017년 제1기 부가가치세 관련 세금계산서 미발급 가산세 33,361,668원, 2017년 제2기 부가가치세 관련 세금계산서 미발급 가산세 33,411,120원, 2018년 제1기 부가가치세 관련 세금계산서 미발급 가산세 32,821,836원, 2018년 제2기 부가가치세 관련 세금계산서 미발급 가산세 31,093,996원 합계 142,341,516원을 부과하였다[제1심판결 별지1 세목 ‘부가가치세(본사)’ 부분. 원고 aaa은 피고 AA세무서장이 같은 날에 한 부가가치세 및 나머지 가산세 부과처분에 대하여는 취소를 구하지 않는다].

피고 BBB세무서장은 2020. 1. 4. 위 과세자료 통보에 따라 원고 bbb에게 증여세 합계 445,844,480원(가산세 포함)을 부과하였다(각 증여일자 및 고지세액은 제1심판결 별지1 세목 ‘증여세’ 부분과 같다).

사. 원고들은 이에 불복하여 2020. 3. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2022. 8. 25. 이 사건 각 거래와 관련하여 eee가 발급․수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 한 부분의 과세표준과 세액을 경정하면서 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였다. 이에 따라 피고 AA세무서장은 원고 aaa에 대한 2015 내지 2018 사업연도 법인세 부과처분들 중 일부를 취소․환급하여, 2015 사업연도 법인세는 97,135,687원, 2016 사업연도 법인세는 246,190,142원, 2017 사업연도 법인세는 202,076,001원, 2018 사업연도 법인세는 193,904,447원 합계 739,306,277원이 남게 되었다(제1심판결 별지1 세목 ‘법인세’ 중 각 ‘잔존 세액’ 부분. 이하 위 부가가치세 관련 세금계산서 미발급 가산세 부과처분, 증여세 부과처분과 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).』

〇 제1심판결 제19면 5행과 6행 중 “위험회피, cccc의 해외진출에 대한 가맹점의 반발 회피 등”을 “위험회피 등”으로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결 제19면 10행 중 “다각화 및 해외진출과 같은”을 “다각화와 같은”으로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결 별지1 세목 ‘법인세’ 부분의 고지일자란 기재 ‘2019. 12. 13.’을 ‘2019.12. 2.’로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결 별지1 세목 ‘부가가치세(본사)’ 부분의 고지일자란 기재 ‘2019. 12. 13. 을 ‘2019. 12. 9.’로 고쳐 쓴다.

3. 피고들의 주장에 대한 추가 판단

 가. eee실질적, 독립적 사업주체가 아니라는 주장에 대하여

 피고들은 eee는 유통업체 내지 중간도매상의 외양을 갖추고 있으나, 그에 부합하는 실질적 역할의 수행이나 효용을 제공하지 않고, 오로지 원고 aaa의 ㅇㅇㅇ소스 거래통제 또는 원고 aaa의 법적 책임 회피를 위해서만 존재하는 조직에 불과하므로, eee를 실질적이고 독립적인 사업주체로 볼 수 없다고 주장한다. 살피건대, 갑 제6, 8, 19, 40호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① eee는 자신의 명의로 공급계약서를 작성하고, 자신의 명의로 된 발주서와 물품인수증 등을 발행ㆍ수취하였으며, 해당 거래에 따른 권리ㆍ의무에 기반하여 자신 명의의 계좌를 사용하여 대금을 수수하고, 나아가 자신의 비용으로 각종 공과금 및 세금 등을 납부한 사실, ② kkkk․sssss, rr은 물론 hhh이나 cccc 지사들 역시 모두 eee를 자신의 거래상대방으로 인식하였던 사실, ③ eee는 hhh으로부터 그 사업장 내 사무실과 창고 일부를 보증금 500만 원, 임대료 월 50만 원에 임차하고, 실제로 위 보증금을 지급한 것은 물론 매월 임대료를 계속 지급하면서 해당 공간을 사용한 사실, ④ eee 설립 당시에는 원고 aaa의 임직원인 김**, 이**, 이##, 황**, 이** 등이 eee의 업무를 대신 처리하였으나, 이후 직원으로 국**를 채용하였고, 국**의 퇴사 이후에는 허xx을 채용하여 위 직원들이 eee의 업무를 처리한 사실, ⑤ 조세심판원은 2022. 8. 25. ‘eee 명의의 원재료 거래, 밀가루 거래가 시작된 경위 등에 비추어 볼 때 eee가 오로지 조세회피를 목적으로 설립되었다고 단정하기 어려운 점’, ‘새로운 사업을 기존 계열회사에 맡길 것인지 신규 계열회사를 설립하여 수행하게 할 것인지는 합리적 경영판단의 영역에 속하는 문제인 점’ 등을 이유로 eee가 독립적 사업주체로서 이 사건 각 거래들을 직접 수행한 것으로 인정한 사실[청구번호 조심 2020전1271, 서1376, 인1270(병합)], ⑥ 관련 형사사건에서 ‘eee 명의의 거래가 가공거래이고, ppp,ddd이 eee 명의의 가공거래를 통하여 eee에게 이익을 취득하게 하고 원고 aaa에게 손해를 가하였다’는 검사의 공소사실 주장이 모두 배척된 사실(서울고등법원 2022. 10. 14. 선고 2021노1714 판결, 대법원 2023. 5. 18. 선고 2022도13690 판결), ⑦ 공정거래위원회는 2024. 8. 13. ‘원고 aaa과 eee 간 거래단계추가 등에 의한 부당지원행위 혐의(독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제45조 제1항 제9호2 위반)에 관하여 무혐의 결정을 내린 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실들과 같은 증거들에 의하여 인정되는 다음 사정들, 즉 eee가 주로 영위한 중간유통업의 특성상 eee에 반드시 다수의 정직원들이 필요하지는 않았을 것으로 보이는 점, eee가 위와 같이 독립된 경제주체로 실재하면서 실제로 자신의 명의와 계산으로 사업을 수행한 이상, 설령 eee의 물적ㆍ인적 설비가 다소 부실하였고, 관계 회사에서 업무수행에 일부 도움을 주었다고 하더라도 그러한 사정만으로 eee가 실질적 사업주체가 아니라거나 eee 명의의 거래가 실질적으로 부존재한다고 볼 수는 없는 점 등을 더하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 eee가 오로지 원고 aaa의 사업상 필요에 따라 존재하고, 원고 aaa에 대해서만 효용을 제공하며, 원고 aaa의 이익에 영합하는 위성(衛星)조직에 불과하다고 보기 어렵다. 피고들의 위 주장은 이유 없다.

 나. eee의 거래는 이른바 ‘끼워 넣기’에 해당한다는 주장에 대하여 피고들은 eee 명의의 거래는, 원고 aaa이 ‘eee 및 원고 bbb에 대한 이익 분여’만을 목적으로 eee를 이 사건 원재료 거래 및 이 사건 밀가루거래에 각 ‘끼워 넣기’하여 발생한 것으로, 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래에 해당한다는 취지로도 주장한다.

 부당행위계산의 부인은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 인정되는 경우에 적용될 수 있는 것인데, 제1심판결이 들고 있는 여러 사정들(제1심판결 제16면 아래에서 1행부터 제20면 아래에서 7행까지 부분) 및 ① 앞서 본 바와 같이 원고 aaa은 이 사건 원재료 거래를 통하여 ㅇㅇㅇ소스의 유출 방지라는 분명한 이익을 얻었고, 나아가 제한적이나마 사업상 각종 위험을 회피하고 식자재 유통사업 진출 등 사업의 다각화를 위한 교두보를 마련하는 이익을 얻게 된 점, ② 이 사건 밀가루 거래는 cccc 지사들의 요청에 의하여 이루어지게 된 것으로, eee와 밀가루 공급계약을 체결한 cccc 지사들의 경우 시중가보다 저렴하게 품질이 보장된 밀가루 제품을 공급받는 것에 대하여 만족한 것으로 보이는 점(갑 제31호증), ③ 피고들은 원고 aaa이 자신의 소득을 창업주의 아들인 원고 bbb 소유의 eee에 편법으로 증여하기 위하여 이 사건 각 거래를 하였다고도 주장하나 이를 인정할 증거가 없고, 관련 형사사건에서 ‘eee의 설립 이유가 부당한 기업승계 또는 증여세 내지 상속세 부당한 경감을 위한 것’이라는 검사의 주장이 배척된 점(위 서울고등법원 2021노1714 판결) 등을 보태어 보면, 피고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 거래가 정상적인 경제인이 볼 때 자연스럽고 불합리한 행위계산으로서 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 보기 어렵다. 피고들의 위 주장은 이유 없다.

 다. ㅇㅇㅇ소스의 고가매입 주장에 대하여

 피고들은 eee가 kkkk․sssss로부터 매입한 원재료가격을 ‘A’라고 하고, eee가 hhh에 원재료를 공급하면서 수취한 마진을 ‘B’라고 하며, hhh의 ㅇㅇㅇ소스 임가공비(고정액)를 ‘C’라고 할 경우, 원고 aaa의 ㅇㅇㅇ소스 매수가격은 ‘A + B + C’가 되는데, eee는 유통과정에서 아무런 역할을 한 바 없었기에 ㅇㅇㅇ소스의 시가는 ‘A + C’로 보아야 하고, 결국 원고 aaa은 eee로부터 ㅇㅇㅇ소스를 ‘B’[=매입가격(A + B + C) - 시가(A + C)]만큼 높은 가격으로 매수한 것이 되어 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 또는 제9호의 부당행위계산에 해당한다고 주장한다. 그리고 부당행위계산 부인의 효력으로, 원고 aaa에 대하여는 eee가 hh에 원재료를 공급하면서 수취한 마진(B)이 법인세법상 익금에 산입되어야 하고, 피고 bbb에 대하여는 같은 금액이 원고 aaa으로부터 증여된 것으로 의제되어야 한다고 주장한다.

 이에 대하여 원고들은 원고 aaa이 **과의 ㅇㅇㅇ소스 거래를 완전히 중단하기까지 **과 hh으로부터 같은 가격에 ㅇㅇㅇ소스를 공급받았고, **과의 ㅇㅇㅇ소스 거래를 완전히 중단하고 hh으로부터 독점으로 공급받은 이후에도 종전과 같은 가격으로 공급받았으며, eee 설립일인 2015. 6. 1. 전후로도 같은 가격에 ㅇㅇㅇ소스를 공급받았으므로, eee가 설립된 이후 원고 aaa이 ㅇㅇㅇ소스를 고가매입한 적이 없다고 주장한다. 또한 eee의 원재료 매입가격은 송○○○․삼○○○○와 협상을 거쳐 시중 매입가격보다 낮은 가격으로 정해진 것이어서 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이나 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치에 해당되지 않고, 따라서 여기에 hhh의 임가공비를 더한 가격을 ㅇㅇㅇ소스의 시가라고 볼 수 없으며, hhh의 원재료 매입가격은 hhh이 ㅇㅇㅇ소스를 독점 제조․공급하기로 하는 계약의 협상 과정에서 정해진 가격이므로 이를 그대로 분여된 이익 계산의 기준으로 삼을 수 없다고 주장한다.

 살피건대, 피고들의 이 부분 주장은 eee가 이 사건 각 거래의 실질적, 독립적 사업주체가 아니거나 eee 명의의 거래는 이른바 ‘끼워 넣기’에 해당하여 이 사건 각 거래에 실제 기여하거나 관여한 바가 일절 없음(따라서 이 사건 각 거래에서 eee의 마진은 ‘0’원이 되어야함)을 전제로 하는 것인데 이러한 전제가 타당하지 않음은 앞서 판단한 바와 같고, 원고 aaa의 ㅇㅇㅇ소스 매수가격이 ‘eee가 송○○○․삼○○○○로부터 매입한 원재료가격’, ‘eee가 hhh에 원재료를 공급하면서 수취한 마진,‘hhh의 ㅇㅇㅇ소스 임가공비’를 단순 합산한 것과 같은 금액이라거나, 원고 aaa이 hh으로부터 ㅇㅇㅇ소스를 매수할 당시 ㅇㅇㅇ소스의 시가가‘eee가 kkkk․sssss부터 매입한 원재료가격’과 ‘hhh의 ㅇㅇㅇ소스 임가공비’를 단순 합산한 것과 같은 금액임을 인정할 증거나 자료가 없다. 나아가 원고 aaa이 hhh으로부터 매수한 ㅇㅇㅇ소스의 가격이 당시의 시가보다 고가임을 인정할 증거도 없다. 따라서 피고들의 위 주장은 이유 없다.

 라. 자산 또는 용역의 무상제공 주장에 대하여

 피고들은 당심에서 원고 aaa이 eee에게 무상으로 이 사건 각 거래로 인하여 발생하는 유통마진을 취득할 수 있게 해주었고, 안정적인 거래선과 유통업체로서의 지위를 부여하거나, 실제 업무를 모두 관리하고 대행해주었는바, 이들은 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호가 규정하고 있는 부당행위계산에 해당한다고 하면서 이를 처분사유로 추가하였다.

 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 본문은 “금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우”를 구 법인세법 제52조 제1항의 부당행위 중 하나로 규정하고, 같은 시행령 제89조 제3항은“제88조 제1항 제6호에 따른 금전의 대여의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율을 시가로 한다”, 제4항은 “제88조 제1항 제6호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다”는 등으로 규정하고 있다.

 살피건대, 먼저 피고들 주장의 ‘유통마진의 무상 취득’은 ‘금전의 증여’를 의미하는 것으로 보이는바, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호는 위와 같이 ‘금전의 대여’에 관한 것이므로 이 부분 피고들의 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다. 다음으로 피고들 주장의 ‘안정적인 거래선과 유통업체로서의 지위 부여’ 또는 ‘업무의 관리 또는 대행’은 위 조항의 ‘금전 아닌 자산 또는 용역의 무상 제공’을 의미하는 것으로 보이는바, 설령 피고들의 주장과 같은 용역 등의 무상 제공이 있었다고 하더라도, 이러한 경우 피고들로서는 제공된 용역의 실질가액을 평가한 다음 그 용역의 시가와의 차액에 해당하는 만큼만 그 제공의 효력을 부인하고 이로 인하여 회피된 조세를 산정하여야 함에도, 피고들은 이러한 평가나 산정을 일절 하지 아니한 채 이 사건 처분을 한것이니, 이는 위법한 부과처분에 해당한다. 따라서 피고들의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

4. 결론

 그렇다면 원고 aaa의 피고 AA세무서장에 대한 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 원고 bbb의 피고 BBB세무서장에 대한 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 하는바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고 aaa의 피고 AA세무서장에 대한 항소와 피고 AA세무서장의 원고 aaa에 대한 항소 및 피고 BBB세무서장의 원고 bbb에 대한 항소를 각 기각한다.