[사건번호]

조심2024구4530 (2025.06.04)

[세 목]

양도

[결정유형]

기각

[제 목]

2009.3.16.〜2012.12.31. 기간 중 취득한 쟁점부동산을 조정대상지역으로 지정된 후 양도한 경우 장기보유특별공제가 적용되는지 여부

[결정요지]

쟁점주택은 「소득세법」 제104조 제7항에 기재된 조정대상지역내 다주택의 요건을 충족하는 이상, 쟁점부칙 제1항에 따라 「소득세법」 제104조 제1항 제1호의 기본세율이 적용된다고 하더라도 쟁점주택이 「소득세법」 제104조 제7항 각 호의 조정지역 내 다주택인 이상, 장기보유특별공제 적용대상에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨

[관련법령]

[참조결정]

[따른결정]

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2010.1.29. 대구광역시 동구 OOO대지 247.4㎡ 및 그 지상 4층짜리 다가구주택 499.24㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를, 그 이전인 2006.10.16. 대구광역시 수성구 OOO(이들을 합하여 이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 각각 취득․보유하다가, 2022.1.28. 쟁점주택을 a(주)에 OOO원에 양도한 후, 양도소득세 예정신고를 하면서 양도 당시 조정대상지역에 소재한 쟁점주택과 다른 조정대상지역 내 쟁점외주택을 보유하고 있어 1세대 3주택자에 해당하는 것으로 보아, 장기보유특별공제 적용을 배제하고 양도소득세 중과세율을 적용하는 등 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였다.

나. 이후 청구인은 쟁점주택 양도 당시 쟁점외주택을 보유하고 있었으나, 쟁점주택은 2010.1.29. 취득한 주택으로「소득세법」부칙(2008. 12.26. 법률 제9270호로 제정된 후 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것으로, 이하 “쟁점부칙”이라 한다) 제14조 제1항의 “2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지(이하 “특례취득기간”이라 한다) 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 적용한다”는 특례규정에 따라 일반세율 적용대상 및「소득세법」제95조의 제2항 제1호의 장기보유특별공제 적용대상에 각각 해당하는 것으로 보아, 2024.2.1. 과다납부한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 청구인의 경정청구 내용을 검토한 결과, 기획재정부 재산세제과-477(2024.4.17.) 등에 따라 쟁점주택의 양도에 대한 중과세율이 아닌 기본세율을 적용하고, 장기보유특별공제 적용은 배제하는 것으로 하여, 2024.5.9. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액경정(환급)하고, 나머지 세액OOO에 대하여는 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  2023.12.26. 생산된 기획재정부 예규(재산세제과-1422, 2023.12.26.)를 보면, “특례취득기간 중 취득한 주택의 소재지가 추후「주택법」에 따른 조정대상지역으로 지정된 경우로서, 해당 주택을 양도하는 경우에는 쟁점부칙 제14조 제1항에 따라「소득세법」제104조 제1항 제1호에 따른 세율을 적용하는 것입니다”라고 해석하고 있다.

  장기보유특별공제액을 규정한「소득세법」(2017.12.29. 법률 제15225호로 일부개정된 것) 제96조 제2항 괄호에 장기보유특별공제액의 적용을 받을 수 있는 토지 또는 건물에서 제외되는 자산을「소득세법」제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산으로 규정하고 있다.

 「소득세법」제104조 제7항 각 호는 조정대상지역에 있는 주택과 함께 다른 주택이나 분양권 또는 입주권을 보유하면서 조정대상지역에 있는 주택을 양도하는 경우에 보유형태별로 적용되는 중과세율을 규정하고 있다.

  따라서「소득세법」제95조 제2항에서 중과세율을 적용받는 조정대상지역 내 다주택자의 주택 양도는 장기보유특별공제 제외대상으로 규정되어 있기는 하나, 쟁점주택 양도의 경우 쟁점부칙 등에 따라 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하는바, 양도소득금액 계산 시 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

  쟁점주택의 양도는 세율 적용과 달리 관련 법령 및 쟁점부칙 등에 따라 장기보유특별공제 적용대상이 아니므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

  조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).

 「소득세법」(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정된 것) 제95조 제2항은 장기보유특별공제 적용대상에서 같은 법 제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산(조정대상지역에 있는 주택으로 1세대 2주택 이상 등)은 제외하도록 규정하고 있다.

  쟁점부칙(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것) 제14조 제1항은 특례취득기간 중 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은 법 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정(중과세율)에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 적용(일반세율)하도록 정하고 있을 뿐, 같은 법 제95조의 제2항에서 정하는 장기보유특별공제에서 제외하는 자산임에도 장기보유특별공제를 허용한다는 내용을 규정하고 있지 않다.

  따라서「소득세법」제95조 제2항의 문언에 따르면, 장기보유특별공제 적용대상에서 제외하는 양도자산은「소득세법」제104조 제7항 각 호에 어느 하나에 해당하면 되는 것이고, 그 양도자산이 쟁점부칙 제14조 제1항에 따라 일반세율이 적용되는 자산이라고 달라질 것은 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2009.3.16.〜2012.12.31. 기간 중에 취득한 쟁점부동산이 이후 조정대상지역으로 지정되었다가, 2018.4.1. 이후 양도한 경우 장기보유특별공제 적용대상인지 여부

나. 관련 법률 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  (가) 심리자료 등에 의하면, 처분청은 청구인의 경정청구한 내용(환급신청세액 OOO원)을 검토한 결과, 쟁점주택의 양도는 쟁점부칙(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것) 제14조 제1항에 따라 양도소득세 기본세율을 적용하되, 장기보유특별공제는 적용배제하여 2024.5.9. 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 감액경정(환급)하고, 나머지 세액OOO은 거부한 것으로 나타난다.

  (나) 쟁점주택은 장기보유특별공제가 적용배제되는「소득세법」제104조 제7항 각 호의 하나에 해당하는 자산의 양도에 해당한다는 것에 대하여는 청구인과 처분청 간 이견이 없다.

 (2) 쟁점부칙의 개정연혁은 아래와 같다.

  (가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설(시행 2009.1.1.)된 쟁점부칙 제1항에서 이 법 시행 후 2010.12.31.까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다주택에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 기본세율 등을 적용하도록 규정하였고, 제2항에서는 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하였다.

  (나) 2009.5.21. 법률 제9672호로 개정(시행 2009.5.21.)된 쟁점부칙 제1항에서 2009.3.16.부터 2010.12.31.까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 기본세율 특례대상을 기존 다주택에서 비사업용토지로 확대하였다.

  (다) 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정(시행 2011.1.1.)된 쟁점부칙 제1항에서 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 특례취득기간을 종전 2010.12.31.까지에서 2012.12.31.까지로 확대하였다.

  (라) 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정(시행 2012.7.1.)된 쟁점부칙에서는 제2항(장기보유특별공제)을 삭제하였다.

 (3)「소득세법」제95조 제2항 본문 괄호의 장기보유특별공제가 제외되는 자산에 관한 개정연혁은 아래와 같다.

  (가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정(시행 2009.1.1.)된「소득세법」제95조 제2항 본문 괄호에서는 “제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다”고 규정하여 다주택, 비사업용 토지 및 미등기양도자산 등에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하였다.

  (나) 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정(시행 2012.7.1.)된「소득세법」제95조 제2항 본문 괄호에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다”고 규정하여 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.

  (다) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정(시행 2016.1.1.)된「소득세법」제95조 제2항 본문 괄호에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다”고 규정하여 비사업용 토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.

  (라) 2017.12.29. 법률 제15225호로 개정(시행 2018.4.1.)된「소득세법」제95조 제2항 본문 괄호에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다”고 규정하여 조정대상지역 내 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하였다.

 (4) 기획재정부가 발간한 2008년, 2011년 및 2017년 간추린 개정세법의 해설내용은 다음과 같다.

  (가) 2008년 개정세법 해설(쟁점부칙 신설 시)

  (나) 2011년 개정세법 해설(쟁점부칙 제2항 삭제 시)

  (다) 2017년 개정세법 해설(조정대상지역 다주택 중과세율 도입)

 (5) 청구인이 제시한 기획재정부 해석사례(재산세제과-1422, 2023. 12.26.)는 다음과 같다.

 (6) 처분청이 제시한 기획재정부 해석사례(재산세제과-477, 2024. 4.17.)는 다음과 같다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부칙 제14조 제1항에서 기본세율을 적용하되 제2항에서 장기보유특별공제는 제외하였다가 2012. 1.1. 제2항이 삭제되었으므로 쟁점주택의 양도는 쟁점부칙 등에 따라 일반세율 적용대상 뿐만 아니라 장기보유특별공제까지 적용대상이라고 주장하나,

 쟁점부칙 신설 당시 제14조 제1항은 특례취득기간에 취득한 주택에 대하여는 다주택인 상태에서 양도하더라도 기본세율을 적용하면서, 제2항은「소득세법」제95조 제2항의 장기보유특별공제를 적용하지 않는 것으로 규정하고 있는 점, 쟁점부칙이 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정 시 제2항이 삭제된 이유는 해당 개정 시「소득세법」제95조 제2항 본문 괄호에 따라 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 일시 허용하는 것으로 개정함에 따라 특례취득기간 중 취득한 주택만 장기보유특별공제가 배제되는 불합리한 측면을 해소하기 위한 것인 점, 세율 적용과 달리 장기보유특별공제는 쟁점주택 양도 당시의「소득세법」에 따라 그 적용 여부를 판단하는 것이 타당하며, 2017.12.29. 법률 제15225호로 개정(시행 2018.4.1.) 시「소득세법」제95조 제2항 본문 괄호에 장기보유특별공제 제외대상으로 ‘법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산(조정대상지역 내 다주택 등)’을 규정하고 있는 점, 쟁점주택의 양도는 쟁점부칙 제14조 제1항에 따라 기본세율이 적용된다 하더라도, 쟁점주택이「소득세법」제104조 제7항 각 호의 조정대상지역 내 다주택인 이상, 장기보유특별공제 적용대상에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "讓渡價額"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "讓渡差益"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (이하생략)

제104조(양도소득세 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 : 제55조 제1항에 따른 세율

 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 : 양도소득과세표준의 100분의 40

 2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 : 양도소득과세표준의 100분의 50

 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) : 양도소득과세표준의 100분의 60

 2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) : 양도소득과세표준의 100분의 60

 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 : 양도소득과세표준의 100분의 50

 2의6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) : 양도소득과세표준의 100분의 50

 2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지 : 양도소득과세표준의 100분의 60

 2의8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 : 양도소득과세표준의 100분의 60

 3. 미등기양도자산 : 양도소득과세표준의 100분의 70

④ 제1항의 규정에 의한 세율은 그 세율에 100분의 15를 가감한 범위안에서 대통령령으로 조정할 수 있다. 다만, 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에는 그 적용대상을 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 한정할 수 있다.

 1. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산

 2. 제104조의2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산으로서 대통령령이 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택

⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에 해당하는 주택을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 같은 항 제2호의3부터 제2호의6까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

 1. 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택 : 양도소득과세표준의 10분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제1항 제2호의2에 따른 세율)

 (2) 소득세법(2009.5.21. 법률 제9672호로 개정된 것)

제95조 (양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “讓渡價額”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “讓渡差益”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조 (양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “讓渡所得算出稅額”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 : 제55조 제1항에 따른 세율

 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 : 양도소득과세표준의 100분의 40

 2의2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 : 양도소득과세표준의 100분의 50

 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) : 양도소득과세표준의 100분의 60

 2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) : 양도소득과세표준의 100분의 60

 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 : 양도소득과세표준의 100분의 50

 2의6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) : 양도소득과세표준의 100분의 50

 2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지 : 양도소득과세표준의 100분의 60

 2의8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 : 양도소득과세표준의 100분의 60

 3. 미등기양도자산 : 양도소득과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제3호에서 “미등기양도자산”이라 함은 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 가산한 세율을 적용한다.

 1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제1항 제2호의3에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

 2. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제1항 제2호의4에 따른 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우의 해당 주택

 3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

 4. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에 해당하는 자산을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용한다.

 (3) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득 의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 : 제55조 제1항에 따른 세율

 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 40

 3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 50

 4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) : 양도소득 과세표준의 100분의 60

 5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다) : 양도소득 과세표준의 100분의 60

 6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 : 양도소득 과세표준의 100분의 50

 7. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다) : 양도소득 과세표준의 100분의 50

 8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 : 양도소득 과세표준의 100분의 60

 9. 제94조 제1항 제4호 다목에 따른 자산 중 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 보유 현황을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산 : 양도소득 과세표준의 100분의 60

 10. 미등기양도자산 : 양도소득 과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제10호에서 “미등기양도자산”이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.

 1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항 제4호에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

 2. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항 제5호에 따른 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우의 해당 주택

 3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

 4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다

 (4) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 : 제55조 제1항에 따른 세율

 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 40

 3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 50

 4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) : 양도소득 과세표준의 100분의 60

 5. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다) : 양도소득 과세표준의 100분의 60

 6. 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 : 양도소득 과세표준의 100분의 50

 7. 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령으로 정하는 경우는 제외한다) : 양도소득 과세표준의 100분의 50

 8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 : 양도소득 과세표준의 100분의 60

 9. 제94조 제1항 제4호 다목에 따른 자산 중 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 보유 현황을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산 : 양도소득 과세표준의 100분의 60

 10. 미등기양도자산 : 양도소득 과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제10호에서 “미등기양도자산”이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 제6항을 적용할 때 제1항 제1호의 세율을 적용하지 아니하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다.

 1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항 제4호에 따른 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

 2. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제1항제5호에 따른 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우의 해당 주택

 3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

 4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑥ 제1항 제4호부터 제9호까지에 해당하는 자산을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 제1항 제4호부터 제9호까지에서 규정한 세율을 적용하지 아니하고 제1항 제1호에 따른 세율(해당 보유기간이 2년 미만인 자산은 제1항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

 (5) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 일부개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 : 제55조 제1항에 따른 세율

 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 40

 3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40)

 10. 미등기양도자산 : 양도소득 과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제10호에서 “미등기양도자산”이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 1. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

 2. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 대통령령으로 정하는 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우의 해당 주택

 3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

 4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑤ 해당 과세기간에 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에서 규정한 자산을 둘 이상 양도하는 경우 양도소득 산출세액은 다음 각 호의 금액 중 큰 것으로 한다.

 1. 해당 과세기간의 양도소득과세표준 합계액에 대하여 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액

 2. 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 계산한 자산별 양도소득 산출세액 합계액

⑥ 그 밖에 양도소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (6) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정된 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 : 제55조 제1항에 따른 세율

 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 40

 3. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40)

 4. 제94조 제1항 제2호에 따른 자산 중「주택법」제63조의2 제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다) 내 주택의 입주자로 선정된 지위(조합원입주권은 제외한다). 다만, 1세대가 보유하고 있는 주택이 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. : 양도소득 과세표준의 100분의 50

 10. 미등기양도자산 : 양도소득 과세표준의 100분의 70

③ 제1항 제10호에서 “미등기양도자산”이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 양도하는 경우 제55조 제1항(제3호의 경우에는 제1항 제8호)에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 부동산 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항(제3호의 경우에는 제1항 제8호)에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 3. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제104조의3에 따른 비사업용 토지

 4. 그 밖에 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 부동산 가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

⑤ 해당 과세기간에 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에서 규정한 자산을 둘 이상 양도하는 경우 양도소득 산출세액은 다음 각 호의 금액 중 큰 것으로 한다. 이 경우 제2호의 금액을 계산할 때 제1항 제8호 및 제9호의 자산은 동일한 자산으로 보고, 한 필지의 토지가 제104조의3에 따른 비사업용 토지와 그 외의 토지로 구분되는 경우에는 각각을 별개의 자산으로 보아 양도소득 산출세액을 계산한다.

 1. 해당 과세기간의 양도소득과세표준 합계액에 대하여 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액

 2. 제1항부터 제4항까지 및 제7항의 규정에 따라 계산한 자산별 양도소득 산출세액 합계액

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

⑧ 그 밖에 양도소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (7) 소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 개정된 것)

제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

 1.「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

 2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 1주택과 조합원입주권 또는 분양권을 1개 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.