문서번호 | |||
결정유형 | 일부인용 | 세목 | 양도 |
생산일자 | 2025.7.2. | 귀속연도 | 2019 |
제목 | 이 사건 경정청구를 부적법하다고 보아 거부한 처분의 당부 | ||
요지 | 청구인은 이 사건 19년 귀속 양도소득세 경정청구기한이내에 이 사건 경정청구를 한 점, 쟁점부칙이 정한 09.3.16.∼12.12.31. 기간 중에 취득한 쟁점주택의 양도에는 쟁점부칙이 우선 적용되어 ｢소득세법｣(2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것) 제104조 제1항 제1호에 따른 일반세율을 적용하는 것이 타당한 점, 이에 대하여는 심판청구 과정에서 당사자 간 다툼이 없었던 점 등에 비추어 이 사건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 보이지만, 증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항 단서에 따라 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있다 할 것인바, 이 사건 경정청구 거부처분은 청구인이 기한후신고한 세액의 한도 내에서 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨 | ||
결정내용 | 결정 내용은 붙임과 같습니다. | ||
관련법령 | |||
상세내용 | |||
[주 문] oo세무서장이 2025.4.8. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 ｢소득세법｣(2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것) 제104조 제1항 제1호에 따른 세율을 적용하여 OOO원의 한도 내에서 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유] 1. 처분개요 처분개요 가. 청구인은 2012.2.1.∼2012.7.20. 취득한 서울특별시 oo구 OOO소재 다가구주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2019.5.3. 양도한 후, 2021.5.27. 일반세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 기한후신고하였다. 나. aa세무서장은 2023.3.2.∼2023.5.8. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 다주택자 중과세율을 적용하여고 장기보유특별공제를 배제하여 2023.6.2. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다. 다. 청구인은 2025.1.22. 기획재정부 예규[재산세제과-1422(2023.12.26.)]를 근거로 일반세율을 적용하여 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구(이하 “이 사건 경정청구”라 한다)를 제기하였고, 처분청은 결정‧고지일로부터 3개월을 경과하여 이 사건 경정청구가 제기되었다는 이유로 2025.4.8. 이를 거부하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.25. 심판청구를 제기하였다. 1. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 납세자는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액결정사유로 함께 주장하여 다툴 수 있다. 다만, 당초 신고한 세액 범위 내에서 다툴 수 있다(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결, 참조). 증액결정처분에 따라 결정된 세액이 현재 법령(유권해석)에 반함에도, 증액결정에 대한 경정청구기한이 지났다는 이유만으로 경정청구를 거부한 처분은 위 대법원 판례 취지에 정면으로 반한다. (2) 이 사건의 경우, 일반적인 경정청구기한인 2025.5.31. 이전에 제기된 경정청구이므로 본안심리를 통해 기획재정부 예규에 따른 해석과 같이 ｢소득세법｣ 부칙 제14조 제1항(2008.12.26. 법률 제9270호 및 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것으로서, 이하 “쟁점부칙”이라 한다)에 따라 기본세율을 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다. 가. 처분청 의견 대법원의 판결 취지를 존중하여 특례기간에 취득한 쟁점주택의 양도소득세 과세표준에 일반세율을 적용하여 세액을 경정하되, 최초 양도소득세 과세표준 기한후신고 세액인 OOO원 내에서 감액경정하는 것이 타당한 것으로 보인다. 2. 심리 및 판단 나. 쟁점 이 사건 경정청구를 부적법하다고 보아 거부한 처분의 당부 가. 관련 법률 : <별지> 기재 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인은 2019.5.3. 쟁점주택을 양도한 후, 2021.5.27. 과세표준을 OOO원, 총 납부세액을 OOO원으로 하여 기한후신고를 하였다. (나) aa세무서장은 양도소득세 조사를 실시한 결과, 취득가액 계산 오류를 정정하고, 다주택자 중과세율을 적용하며, 장기보유특별공제를 배제하여 과세표준을 OOO원, 총 납부세액을 OOO원으로 각각 경정하여 2023.6.2. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다. (다) 기획재정부는 2023.12.26.자 예규로 ‘다주택자가 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 주택을 (조정대상지역 제도가 시행된) 2018.4.1. 이후에 양도한 경우 ｢소득세법｣ 제104조 제1항의 일반세율을 적용한다’고 해석하였다. (라) 이후, 청구인은 2025.1.22. 쟁점주택의 양도에 대한 양도소득세 계산 시 일반세율을 적용하여야 한다며 이 사건 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.4.8. 이 사건 경정청구가 부적법하다 하여 이를 거부하였다. (마) 청구인의 청구이유서 및 처분청의 답변서에 따르면, 쟁점주택의 양도와 관련하여 청구인이 양도 당시 다주택자에 해당한다는 사실 및 기본세율을 적용하여야 한다는 점에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼은 없다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 결정처분이 있음을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구하지 아니하였음을 이유로 이 사건 경정청구가 부적법하다 하여 이를 거부하였으나, 납세자는 법정신고기한 경과 후 5년의 일반경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사할 수 있고, 감액경정청구에 대한 거부처분 불복에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액 결정‧경정 사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다 할 것인바(대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결, 같은 뜻임), 청구인은 이 사건 2019년 귀속 양도소득세 경정청구기한(2025.5.31.) 이내인 2025.4.8. 이 사건 경정청구를 한 점, 쟁점부칙이 정한 2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 중에 취득한 쟁점주택의 양도에는 쟁점부칙이 우선 적용되어 ｢소득세법｣(2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것) 제104조 제1항 제1호에 따른 일반세율을 적용하는 것이 타당한 점(조심 2024서108, 2024.3.25., 같은 뜻임), 이에 대하여는 심판청구 과정에서 당사자 간 다툼이 없었던 점 등에 비추어 이 사건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 보인다. 다만, 증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항 단서에 따라 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있다 할 것이므로(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결 등, 같은 뜻임), 이 사건 경정청구 거부처분은 청구인이 기한후신고한 세액인 OOO원의 한도 내에서 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 1. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2.과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 (2) 소득세법 (가) 2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. 1.제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. <신설 2017.12.19.> 3.조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (나) 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 4.대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 부 칙<제9270호, 2008.12.26.> 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. <개정 2010.12.27.> (다) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것 제104조(양도소득세의 세율) ①거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “讓渡所得算出稅額”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 부 칙<제9270호, 2008.12.26.> 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다. 1.제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호의2에 따른 세율) 2.제104조 제1항 제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조 제1항 제1호의 개정규정에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율) ② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.
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