주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소제기 이후의 소송비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2015. 10. 15. 원고에게 한 738,669,953원의 법인세 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008 내지 2011 사업연도 법인세 과세표준을 신고하면서 사업연도별 결손금을 산정하였고, 이와 같이 산정한 결손금을 바탕으로 이월결손금을 공제하여 2014사업연도 법인세 과세표준을 5,010,384,788원으로 신고하였다. 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다.

<표 생략>

나. OO지방국세청은 2015. 7. 7.부터 2015. 8. 28.까지 원고에 대한 법인세조사를 실시하였고, 원고가 2008 내지 2011 사업연도 손금불산입 누락 등을 포함하여 세무조정을 적법하게 하지 않은 것을 확인하였다. 이에 OO지방국세청장은 원고의 2009 내지 2012 사업연도에 대한 세무조정을 한 다음 이를 바탕으로 2009 내지 2011 사업연도 결손금 및 2012 사업연도 소득금액을 각 감액경정하였고, 이에 따라 원고의 2014사업연도 과세표준을 10,027,418,025원으로 증액경정하였다(이하 일괄하여 ‘제1차 경정’이라 한다).

<표 생략>

다. 피고는 OO지방국세청장으로부터 위와 같은 과세자료를 통보받아 2015. 10. 15. 원고에게 2014 사업연도 법인세 1,158,134,695원을 증액경정·고지하였다.

라. 원고는 위 법인세 부과처분에 불복하여 조세심판을 청구하였다. 피고는 위 심판청구사건 진행 중 직권으로 원고의 2012 사업연도 소득금액(1,241,215,660)을 결손금 (-1,816,505,764원)이 발생한 것으로 경정하고, 이에 따라 2014 사업연도 과세표준을 감액경정하였다(이하 일괄하여 ‘제2차 경정’이라 하고, 제1차 경정 및 제2차 경정을 일괄하여 ‘이 사건 각 경정’이라 한다). 피고는 2016. 7. 15. 위 법인세 부과처분을 738,669,953원으로 감액경정·고지하였다(이하에서는 위와 같이 감액경정된 2015. 10. 15.자 법인세 부과처분을 앞서 본 바와 같은 ‘이 사건 처분’이라 한다). 이후 조세심판원은 2017. 1. 31. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 9호증, 을 제1, 3 내지 6호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 주위적 주장

원고는 피고로부터 이 사건 각 경정에 관한 통지를 받지 못하였으므로 이 사건 각 경정 처분에는 중대한 절차적 하자가 있고, 이 사건 처분은 그 자체로 치유 불가능한 중대한 절차적 하자가 있어 위법하다.

2) 제1 예비적 주장

원고는 피고로부터 이 사건 각 경정에 관한 통지를 받지 못하였으므로 이 사건 각 경정 처분은 효력이 발생하지 않았고, 이에 따라 피고는 원고의 신고 내용대로 2009 내지 2012 사업연도 과세표준 및 결손금을 확정하여야 하는데 그러하지 아니하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

3) 제2 예비적 주장

원고는 피고로부터 2010 사업연도 결손금 감액경정(앞서 본 제1차 경정 중 일부로서 이하 ‘이 사건 감액경정’이라 한다)에 관한 통지를 받지 못하였으므로 그 하자를 이 사건 처분에서 다툴 수 있는데, 이 사건 감액경정의 금액에는 오류가 있으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 주위적 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

개정 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 최초로 신고한 과세표준에 포함된 해당 사업연도에서 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다. 그러나 과세관청이 결손금 감액경정을 하면서 법인세법에서 정한 통지 등 절차를 준수하지 않아 납세의무자에게 방어권행사 및 불복의 기회가 보장되지 않은 경우에는 납세의무자가 결손금 감액경정에 대하여 다투지 않았다고 하더라도 이후 사업연도의 법인세 부과처분에 대한 불복절차에서 선행하는 결손금 감액경정의 위법성을 다툴 수 있다(대법원 2024. 12. 12. 선고 2021두34688 판결 참조).

나) 구체적 판단

(1) 먼저 원고가 피고로부터 이 사건 각 경정에 관하여 ‘법인세법에서 정한 통지’를 받았는지에 관하여 본다.

(가) 앞서 본 법리를 법인세법 제70조, 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항, 구 법인세 사무처리규정(2016. 12. 27. 국세청훈령 제2173호로 개정되기 전의 것) 제77조의 각 규정에 비추어 보면, 위 ‘법인세법에서 정한 통지’란 납세지 관할 세무서장 등이 과세처분을 위하여 구체적인 세액(소득금액, 결손금 등) 및 그에 기초한 과세표준을 경정한 경우 그와 같이 경정되었음을 ‘법인세과세표준 등 결정(경정)통지서’ 등의 문서로 알리는 것을 의미한다고 봄이 상당하다.

(나) 앞서 든 증거, 이 법원의 피고에 대한 2025. 5. 21.자 과세정보회신 결과 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고가 이 사건 각 경정을 하면서 그 경정 내용을 원고에게 별도의 문서로 통지하지 않은 사실이 인정된다.

(다) 이에 대하여 피고는, 원고가 OO지방국세청장으로부터 세무조사결과를 통지받았으므로 이 사건 각 경정에 관한 통지가 적법하게 이루어졌다는 취지로 주장한다. 그러나 세무조사결과의 통지는 과세처분에 대한 사전통지로서 이 사건 각 경정 이전에 이루어진 것이고, 과세전적부심사청구 결과에 따라 그 내용이 이 사건 각 경정의 내용과 다를 수 있는 점 등에 비추어 보면, 위 세무조사결과의 통지에 의해 이 사건 각 경정에 관한 통지가 적법하게 이루어진 것이라고 보기 어렵다. 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

(라) 위와 같은 점을 종합하여 보면, 원고가 피고로부터 이 사건 각 경정에 관하여 ‘법인세법에서 정한 통지’를 받지 않았다고 봄이 상당하다.

(2) 위와 같이 원고가 피고로부터 이 사건 각 경정에 관하여 ‘법인세법에서 정한 통지’를 받지 못한 사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고는 이 사건 각 경정에 관한 하자를 이 사건 처분에 대한 불복 절차인 이 사건 소에서 다툴 수 있다.

(3) 나아가 위와 같은 통지의 흠결이라는 절차상 하자만으로 이 사건 처분이 위법한지에 관하여 본다. 살피건대, ① 이 사건 각 경정의 처분성을 인정하여 이를 다툴수 있게 하는 것은 조기의 권리구제 기회를 보장하기 위한 것이므로(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결 취지 참조), 이 사건 각 경정에 관한 통지는 위와 같은 기회를 보장하기 위한 절차적 수단으로서 그 흠결이 있을 경우에는 후행처분인 이 사건 처분에서 이 사건 각 경정에 관하여 다툴 수 있도록 하여 위와 같은 기회를 보장하면 족한 점, ② 이 사건 각 경정의 실체적 감액사유 존부와 무관하게 그 통지가 이루어지지 않았다는 사정만으로 별도의 후행처분인 이 사건 처분이 무조건 위법하다고 보는 것은 법인세법의 목적인 법인세의 공정한 과세, 납세의무의 적절한 이행 확보, 재정수입의 원활한 조달 등에 비추어 부당한 점 등을 종합하여 보면, 위와 같은 통지의 흠결이라는 절차상 하자만으로 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다.

(4) 따라서 이 사건 각 경정에 관한 통지의 흠결이라는 절차적 하자로 인하여 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주위적 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 제1 예비적 주장에 관한 판단

가) 원고가 피고로부터 이 사건 각 경정에 관하여 ‘법인세법에서 정한 통지’를 받지 못하였으므로 이 사건 각 경정에 관한 하자를 이 사건 소에서 다툴 수 있음은 앞서 본 바와 같다.

나) 나아가 위와 같은 통지가 흠결되었으므로 이 사건 각 경정의 효력이 발생하지 아니하여 그로써 이 사건 처분이 위법한지에 관하여 본다. 살피건대, ① 이 사건 각 경정에 관한 심사 및 결의 등이 이루어진 이상, 조기 권리구제의 기회를 보장하기 위한 절차적 수단으로서 통지가 이루어지지 않았다는 사정만으로, 위 심사 및 결의 등에 기초하여 이루어진 이 사건 처분이 효력이 없거나 부존재하는 과세표준 및 결손금(또는소득금액) 경정에 의하여 이루어진 것이라고 보기는 어려운 점, ② 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 경정의 실체적 감액사유와 무관하게 위 통지가 이루어지지 않았다는 사정만으로 별도의 후행처분인 이 사건 처분이 위법하다고 하는 것은 부당한 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 통지가 흠결되었다는 사정만으로 이 사건 처분이 위법하다고 보기어렵다. 따라서 이 사건 각 통지가 흠결되었음을 전제로 하여 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 제1 예비적 주장도 받아들이지 아니한다.

3) 제2 예비적 주장에 관한 판단

가) 원고가 피고로부터 이 사건 감액경정에 관하여 ‘법인세법에서 정한 통지’를 받지 못하였으므로 이 사건 감액경정에 관한 하자를 이 사건 소에서 다툴 수 있음은 앞서 본 바와 같다.

나) 나아가 이 사건 감액경정의 금액에 오류가 있는지에 관하여 본다. 앞서 든 증거, 갑 제13, 14호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하여 보면, 이 사건 감액경정의 금액에 오류가 있다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

(1) 피고가 원고의 2010 사업연도 현재가치할인차금 상각액 1,940,126,908원을 손금불산입하여 원고의 2010 사업연도 결손금을 4,377,833,769원에서 2,437,706,861원으로 감액경정한 사실은 앞서 본 바와 같다.

(2) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결 등 참조). 원고의 대표이사 박OO은 2015. 8. 21. 앞서 본 세무조사 당시 OO지방국세청 세무공무원에게 확인서를 제출하였는데, 위 확인서에는 원고가 2010년 손금불산입 조정 누락한 이자비용계상액(현재가치할인차금 상각액)이 1,940,126,908원이라고 기재되어 있고, 위 확인서에 첨부된 자료인 ‘현재가치할인차금 계산 내역 및 연도별 이자비용 계상 명세서’에는 2010. 3. 31.부터 2010. 10. 31.까지 누락한 2010년 현재가치할인차금 상각액의 계산근거가 표로 정리되어 있으며, 그 합계가 1,940,126,908원이라고 기재되어 있다(을 제2호증의 3 제25면).3) 위와 같은 확인서가 박OO의 의사에 반하여 강제로 작성되었다거나 위 증빙자료가 허위라고 볼만한 자료가 없다.

(3) 이에 대하여 원고는, 원고의 2010 사업연도 현재가치할인차금 상각액은 피고가 산정한 1,940,126,908원이 아니라 1,784,131,798원이어야 한다고 주장한다. 살피건대, 원고의 2010년 감사보고서상 대차대조표에 계상된 2009 사업연도 현재가치할인차금 합계 7,407,400,488원에서 2010 사업연도 현재가치할인차금 합계 5,623,268,690원을 차감하면 1,784,131,798원이고, 원고의 의뢰로 작성된 SS회계법인의 세무검토의견서에는 위 차감액에 근거하여 세무조정이 필요하다는 취지로 기재되어 있기는 하다. 그러나 ① 현재가치할인차금 상각액은 일반적으로 위와 같은 차감 방식이 아니라 장부에 계상된 현재가치할인차금에 유효이자율을 적용한 뒤 실제로 지급한 이자를 제외하는 방식으로 계산되는 점, ② 재무제표의 대차대조표상 당해 연도와 직전 연도의 각 현재가치할인차금을 차감하는 방식을 통하여 대략적인 현재가치할인차금 상각액을 추정할 수는 있으나, 현재가치할인차금에 관한 부채의 분할 또는 중도 상환, 조정 등이 있는 경우에는 위와 같은 차감 방식을 통한 금액과 앞서 본 유효이자율 등을 적용한 금액이 일치하지 않을 수 있는 점, ③ 앞서 본 SS회계법인의 세무검토의견은 원고가 주장하는 2010 사업연도 현재가치할인차금 상각액이 적정하다면 그에 기초하여 세무조정이 필요하다는 취지일 뿐, 위 상각액이 적정한지에 대한 것이 아니며, 위 상각액의 적정여부에 관한 구체적인 검토가 있었던 것으로는 보이지도 않는 점 등을 종합하여 보면, 위와 같이 원고가 주장하는 사정만으로 원고의 2010 사업연도 현재가치할인차금 상각액이 피고가 산정한 1,940,126,908원과 달리 1,784,131,798원이라고 보기 어렵다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.