[주 문]

심판청구를 기각한다

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.5.26. 산업용 및 군사용 내장 컴퓨터와 그 주변기기를 연구개발 및 제조·생산을 영위할 목적으로 설립된 내국법인으로, 2021.7.14. 국방과학연구소가 무기개발 시제업체로 선정한 A 주식회사(이하 “주체계업체”라 한다)와 물품공급계약을 체결(이하 “쟁점계약”이라 한다)하였고, 쟁점계약에 따라 시제품을 주체계업체에 개발하여 납품하였다.

나. 청구법인은 2017∼2022사업연도 법인세를 신고하면서 쟁점계약과 관련된 시제품 연구개발 관련 재료비, 외주가공비, 시험검사비 등에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청하지 않았으나, 이후 2023.3.31. 2017∼2021사업연도 법인세에 대한 연구·인력개발비 세액공제를, 2023.4.3. 2022사업연도 법인세에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 아래 <표1>과 같이 각 경정청구하였다.

<표1> 청구법인의 경정청구 내역

ㅇㅇㅇ

다. 처분청은 2023.12.8. 청구법인에게 ‘쟁점계약에 따른 연구·인력개발비는 시제품이 아닌 최초의 제품이고, 설령 시제품이더라도 자체연구개발이 아닌 위탁받아 수행하는 연구활동이며, 주체계업체가 이미 연구·인력개발비 세액공제를 받았으므로, 청구법인이 다시 세액공제를 받는다면 중복공제이다’라고 보아 거부통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 처분청이 최초의 제품이라고 하는 것은 주체계업체의 요구사양서에 따라 만든 시제품이고, 시제품에 대한 비용은 연구·인력개발비 세액공제가 적용되어야 한다.

  청구법인은 새로운 무기체계의 일부를 주체계업체의 요구사양에 기반하여 청구법인의 자체 기술로 시제품의 모든 개발활동(설계, 제작, 시험 등)을 청구법인의 책임과 비용으로 직접 수행하며, 이렇게 개발한 시제품이 요구조건에 부합하는지 자체 검증까지 수행하고 있으며, 이때 주체계업체는 청구법인이 개발한 시제품이 요구조건에 부합하는지 등에 대한 검증을 수행하는 것에 불과하다, 이렇게 청구법인이 개발하여 주체계업체에 납품하는 시제품은 방위산업의 무기 체계 연구·개발 절차상 반드시 필수적으로 요구되는 것이다.

  최종 적합 판정을 받은 무기체계만이 국가의 무기체계로 등록이 가능하고, 등록 이후 제품의 양산이 가능하므로 시제품은 최초의 (양산) 제품이 될 수도 없고 오직 시제품으로서 사용될 뿐이며, 청구법인이 제출한 NISP시스템 조회화면에서도 양산과 개발이 별도로 구분·관리하고 있다. 개발로 구분되는 시제품은 주체계업체의 연구소로 인도되는 바, 최초의 제품과는 엄연히 구분되는 것이다.

  따라서, 청구법인이 개발한 시제품이 무기체계 개발과정 특성상 불가피하게 주체계업체의 요구에 따라 납품되는 형식을 취한다는 이유로 최초의 제품이며, 쟁점비용이 연구개발비용이 아닌 제조원가에 불과하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용할 수 없다는 처분청 의견은 근거가 없다.

  실제 거래처의 납품 요구에 따라 제품을 개발하는 것도 당연히 세액공제 대상 연구개발 활동에 해당하는 것이고, “연구개발을 통한 시제품은 계정과목의 분류에도 불구하고 「조세특례제한법 시행령」 [별표6]의 1 가목의 요건에 해당하는 자체기술개발과 관련하여 발생한 비용이면 연구및인력개발비 세액공제 대상인 것”으로 해석하고 있어, 청구법인이 시제품 대가를 매출로 인식하고 있다는 이유로 연구·인력개발비 세액공제 제외되는 것은 아니다.

 (2) 청구법인의 연구개발은 지식재산소유권이 결과적으로 국가로 이전되는 자체기술개발로 보아야 한다.

처분청이 제시한 협력개발 특약 (특수) 제21조 제2항에 따르면 “본 계약의 수행 결과 국가 예산으로 연구개발한 일체의 기술, 기술자료 및 지식재산권의 소유권과 사용권은 국가에 있다”고 규정되어 있어 주체계업체가 지식재산소유권을 가지고 있다는 처분청 의견은 근거가 없다.

  즉, 지적재산소유권이 모두 국가로 이전되는 위탁계약의 형식이라고 하더라도, 연구개발에 따른 책임과 위험의 귀속이 방위산업체에 있어 방위산업체의 기술개발 내용은 자체기술개발로 봄이 타당하다고 판단한 것이므로 연구개발에 따른 지식재산소유권이 결과적으로 국가로 이전되는 청구법인의 경우에도 동일하게 적용되는 것이다.

 (3) 주체계업체가 이미 연구·인력개발비 세액공제를 받았더라도, 해당 개발비는 부체계업체인 청구법인도 세액공제를 받을 수 있다.

  기획재정부는 납품업체가 시제품 대가를 국가나 지방자치단체 등으로부터 수령한 경우가 아니라면 해당 시제품 대가를 납품업체의 세액공제 적용대상에서 차감하지 않는 것으로 해석하고 있으며(조세특례제도과-177, 2017.2.9.), 특히 국세청은 방위산업 분야에서 ‘주체계업체와 부체계업체가 물품공급계약을 맺고 부체계업체가 계약 제품을 공급하기 위한 제품개발 연구를 진행할 경우’ 부체계업체가 주체계업체와의 납품계약 조건을 충족하기 위해 수행하는 연구개발은 실질적인 연구수행의 책임과 위험, 결과의 귀속에 따라 공제대상을 판단해야 한다고 하면서 동시에 주체계업체가 연구개발을 수행하는 과정에서 시제품의 제작에 사용하고자 연구용으로 구입한 부체계업체의 제품도 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 회신(서면-2020-법인-2893, 2020.12.29.)하고 있어, 주체계업체가 세액공제를 받더라도 부체계업체의 실질적인 연구수행의 책임과 위험, 결과의 귀속에 따라 세액공제가 가능하다는 입장인 바, 중복공제 되는 불합리한 결과가 초래된다는 이러한 처분청 의견은 기획재정부 및 국세청 해석에 비추어 보더라도 타당하지 않다.

  부체계업체인 청구법인이 연구개발활동에 따른 책임과 위험(실패시 비용부담)을 청구법인이 부담하므로 방위산업의 특성상 위수탁계약의 형식에도 불구하고 청구법인이 자체연구개발 활동 과정에서 발생한 쟁점비용(재료비 등)은 연구개발세액공제를 받을 수 있는 것이며, 주체계업체도 부체계업체에게 지급하는 대가는 주체계업체가 연구개발활동을 수행하는 과정에서 주체계업체의 시제품 제작에 사용하고자 구입한 재료비로서 연구개발세액공제를 당연히 받을 수 있다.

 (4) 처분청은 청구법인이 주장한 심판 사례(국심 2007서1000, 2008.8.29.)는 이 건에 적용할 없다는 의견이나, 위 심판 사례는 이 건과 유사하다.

  처분청은 위 심판 사례는 방산업체인 주체계업체가 정부로부터 방위산업물자의 생산 및 연구개발 등을 위탁연구용역의 형태로 수행하였음에도 국가의 요구에 따라 기술개발이 이루어질 수 밖에 없는 방위산업의 특수성을 감안하여 해당 연구개발을 자체연구개발로 본 사례이므로, 부체계업체인 청구법인의 경우 납품처가 주체계업체인 점에서 해당 심판례를 적용할 수 없다는 취지의 의견이다.

  그러나, 청구법인의 계약은 심판 사례의 계약 형식과 동일하게 방위산업물자의 생산 및 연구개발 등을 위탁연구용역의 형태로 수행하였던 것이고, 청구법인이 연구개발하여 제작한 시제품을 계약상 주체계업체에 납품한다고 하더라도 국가의 요구에 따라 기술개발이 이루어진 것은 동일하며 그 결과물의 귀속 또한 국가라는 점에 심판 사례와 차이가 없으므로, 청구법인도 방위산업의 특수성을 고려한 위 심판 사례를 적용하는 것이 타당하다.

나.처분청 의견

 (1) 이 건 제품은 시제품이 아닌 주체계업체의 요구사항에 따라 만든 최초의 제품이다.

  시제품의 의미는 최초로 제작한 제품을 말하는 것이 아닌, 연구과정에서 본격적으로 상품화하기 앞서 성능을 검증 및 개선하기 위해 핵심 기능만 넣어 제작한 기본 모델을 의미하는 것이고, 양상과정에서 발생할 수 있는 위험을 줄이기 위한 시험용 제품을 의미한다. 청구법인은 주체계업체가 제시한 요구사양서 또는 시험절차 등 기준에 따라 계약명세서에 기재된 개발제품을 납기에 따라 납품하고, 해당 시제품의 성능검사가 통과되면 그대로 청구법인에서 제품을 양산한다. 해당 시제품은 연구개발 과정에서 부수적으로 만들어진 것이 아닌 주체계업체의 요구사항에 따라 만들어진 초품에 해당하고, 거래명세서 등에 납품단가가 기재되어 있는 점, 시제품에 대한 대가를 받고 매출로 인식하는 점 등에 비추어 볼 때, 해당 시제품 관련 비용은 연구 관련 비용이 아닌 영리목적으로 생산·판매된 제품의 제조원가에 해당한다.

 (2) 설령 시제품으로 보더라도, 이는 「조세특례제한법」 제1조의2에 규정하는 위탁받아 수행하는 연구활동에 해당하므로, 이는 자체연구개발이 아니다.

  방위산업 분야에서 부체계업체가 주체계업체와의 납품계약 조건을 충족하기 위해 수행하는 연구개발은 실질적인 연구 수행의 책임과 위험, 결과의 귀속에 따라 공제대상이 달라지며, 부체계업체의 연구개발이 공제 가능한지는 업체가 맺은 계약의 조건, 권리·의무의 귀속 등을 사실판단할 사항이다(서면 2020법인2893, 2020.12.29.).

  협력개발 특약(특수)에 따르면, 주체계업체가 계약에 대한 모든 결정권 및 소유권을 가지고 있으며, 청구법인은 산출물에 대한 소유권이 전혀 없고, 주체계업체로부터 연구개발 업무를 위탁받아 자체 보유한 노하우를 활용하여 연구개발서비스 활동을 수행하였음을 알 수 있고, 해당 국책과제의 주된 계약당사자는 국방과학연구소이고, 주체계업체는 연구과제의 총괄관리 및 수행자로 계약과 관련된 모든 지적소유권 관리가 주체계업체와 국방과학연구소로 귀속된다.

  실질적으로 연구과제를 수행하면서 연구개발의 실패 등에 따른 책임과 위험은 권리의 귀속인 주체계업체와 국방과학연구소가 부담하며, 청구법인은 요구사양서, 업무기술서상 기술적 수행능력 부재, 납품검사 불합격, 납기지연, 자료제출 불능 등 납품과 관련된 사항의 불이행 시 계약의 해지를 통한 책임만을 부담하고 있어 연구과제개발에 대한 책임과 위험을 부담한다고 보기 어렵다(협력개발 특약(특수) 중 제12조 참조).

  연구개발에 대한 모든 결정권이 주체계업체 또는 국방과학연구소에 귀속되어 연구개발에 대한 책임과 위험을 청구법인이 부담하지 않으므로, 청구법인이 수행한 연구 활동은 「조세특례제한법 시행령」 제8조 제2항 제7호의 위탁받아 수행하는 연구활동에 해당하며, 연구·인력개발비 세액공제 대상이 아니다.

 (3) 주체계업체가 이미 연구·인력개발비 세액공제를 받았으므로 부체계업체인 청구법인은 세액공제를 적용받을 수 없다.

  청구법인은 쟁점계약과 관련된 연구개발 재료비, 외주가공비, 시험검사비 등 연구·인력개발비 세액공제를 신청하였는데, 해당 개발비는 이미 주체계업체가 연구·인력개발비 세액공제를 적용받았다. 만약 청구법인이 해당 개발비에 대한 세액공제를 적용받는다면 중복하여 세액공제를 받는 것이 되고, 해당 개발비에 대한 세액공제는 연구개발의 소유권 및 재산권을 가진 주체계업체가 적용받아야 하므로, 부체계업체인 청구법인은 해당 개발비에 대하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다.

 (4) 청구법인이 주장하는 심판 사례(국심 2007서1000, 2008.8.29.)는 이 건에 적용할 수 없다.

  해당 심판 사례는 방산업체인 주체계업체가 정부로부터 방위산업물자의 생산·연구개발 등을 위탁연구용역의 형태로 수행하였음에도, 국가의 요구에 따라 기술개발이 이루어질 수 밖에 없는 방위산업의 특수성을 감안하여 해당 연구개발을 자체연구개발로 본 사례이고, 주체계업체가 위·수탁 계약을 체결한 국방과학연구소는 수익사업을 영위하지 않는 국가기관에 해당하여 관련 비용에 대해 이중으로 세액공제되지 않고, 지식재산권이 주체계업체 또는 국방과학연구소에 귀속되는 것으로 보아 주체계업체가 위탁에 대한 세액공제를 받을 권한이 있다고 보았다.

  청구법인의 방산물자를 개발하는 과제를 수행하고 있지만, 그 납품처가 국가가 아닌 방위산업체가 주체계업체이고, 청구법인이 시제품 대가를 매출로, 발생비용을 매출원가로 계상한 점, 주체계업체가 청구법인에 지급한 시제품 대가에 대해 주체계업체가 연구·인력개발비 세액공제를 받은 점 등을 종합하면, 부체계업체인 청구법인이 수행한 연구개발은 자체연구개발로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  부체계업체인 청구법인이 쟁점계약과 관련하여 지출한 비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법

  제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. “연구개발”이란 과학적ㆍ기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.

12. “인력개발”이란 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말한다.

  제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2029년 12월 31일(제2호의 국가전략기술 중 반도체 분야 기술의 경우 2031년 12월 31일)까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “중견기업”이라 한다)의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50]에 상당하는 금액

 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

  1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

  2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

   가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 20

   나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

  3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

  4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

 (2) 조세특례제한법 시행령

  제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2 제1항에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

[별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)

1. 연구개발

 가. 자체연구개발

  1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

   가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

   나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

   다) 「법인세법 시행령」 제44조의2 제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의2 제1항 제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

  2) 1)에 해당하는 직원 및 전담요원이 가입한 법 제30조의4 제4항제1호부터 제5호까지의 사회보험에 대해 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액

  3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(인사, 급여 등 일반 사무에 사용하는 소프트웨어로서 기획재정부령으로 정하는 것은 제외한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

  4) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제25조의3 제3항 제2호 가목에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 따른 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

  5) 「클라우드컴퓨팅 발전 및 이용자 보호에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 클라우드컴퓨팅서비스의 이용에 필요한 비용

나. 위탁 및 공동연구개발

  1) 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

   가) 「고등교육법」에 따른 대학 또는 전문대학

   나) 국공립연구기관

   다) 정부출연연구기관

   라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

   마) 「산업기술혁신 촉진법」 제42조에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관

   바) 전담부서등(전담부서등에서 직접 수행한 부분으로 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관

   사) 영리를 목적으로 「연구산업진흥법」 제2조 제1호 가목 또는 나목의 산업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업

   아) 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단

   자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업

   차) 「산업디자인진흥법」 제4조 제2항 각 호에 해당하는 기관

   카) 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인은 1999. 5월경 컴퓨터 및 그 주변기기의 연구 및 개발, 제조, 판매를 영위하기 위하여 설립되었고, 2000.6.15. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따라 기업부설연구소를 설립하였으며, 2023.8.10. 코스닥시장에 상장되었다.

  (나) 청구법인은 2021.7.14. 주체계업체와 체계연동탄 AAM 외 3종에 대한 물품구매계약을 체결하였는데, 이는 국방과학연구소가 주관하고, 주체계업체가 수행하는 체계연동탄 외 3종의 시제품 제작을 위한 계약이다.

  (다) 쟁점계약에 따르면, 주체계업체가 제시한 기준이 인정된 경우에만 최종납품이 완료된 것으로 본다고 규정되어 있고, 입고된 개발제품의 상태가 요구조건과 현저히 상이하여 시험항목의 50% 이상 불합격으로 판정된 경우, 정당한 사유없이 계약기간의 20% 이상 최종 납품일이 지연된 경우에는 계약을 해제할 수 있으며, 해지 시까지 수행한 개발의 대가를 지급한다고 규정되어 있다. 주체계업체가 제공하는 모든 자료 등은 청구법인의 책임하에 보관되고, 이에 대한 모든 권리는 주체계업체와 국방과학연구소에 귀속시킨다고 기재되어 있다.

  (라) 국방과학연구소와 주체계업체, 청구법인 간 거래를 요약하면 다음 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점계약 거래흐름도

  (마) 청구법인은 2017∼2022사업연도 법인세 신고 시 방위산업 분야에서 부체계업체로서 시제품 연구·개발에 소요된 재료비, 시제품 시범제작에 소요되는 외주가공비 및 시험비에 대한 연구·인력개발비에 대한 세액공제 신청하지 않았으나, 2023년 3월경 방위산업 분야에서 부체계업체로서 시제품 연구·개발에 소요된 재료비, 시제품 시범제작에 소요되는 외주가공비 및 시험비에 대한 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여 OOO원 중 이월세액공제액을 제외한 OOO원의 법인세 환급을 구하는 경정청구를 아래 <표3>과 같이 하였고, 주체계업체는 청구법인에게 지급한 비용에 대해 이미 연구·인력개발비 세액공제받았다.

<표3> 청구법인의 경정청구 내역

ㅇㅇㅇ

<표4> 청구법인의 이월세액공제액 계산식

ㅇㅇㅇ

  (바) 처분청은 2023.12.8. 청구법인에게 ‘쟁점계약에 따른 연구·인력개발비는 시제품이 아닌 최초의 제품이고, 설령 시제품이더라도 자체연구개발이 아닌 위탁받아 수행하는 연구활동이며, 주체계업체가 이미 연구·인력개발비 세액공제를 받았으므로, 청구법인이 다시 받는다면 중복공제이다’고 보아 경정청구를 거부하였다.

  (사) 청구법인이 주장하는 방위산업의 무기 체계 연구·개발 절차는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 방위산업의 무기 체계 연구·개발 절차

  (아) 처분청이 제출한 자료에 의하면, NISP 시스템상 양산과 개발은 서로 구분하도록 나누어져 있으며, 전산상 납품처는 “PK-판교”라고 기재되어 있다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 부체계업체로서 연구·인력개발비를 지출하였으므로 세액공제가 적용되어야 한다고 주장하나, 청구법인과 주체계업체가 약정한 ‘물품구매계약서’상 주체계업체가 제공하는 모든 자료 등은 청구법인의 책임하에 보관되고, 이에 대한 모든 권리는 주체계업체와 국방과학연구소에 귀속된다고 약정하고 있는 바, 주체계업체가 위탁자의 지위에서 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것인 반면, 청구법인은 수탁자의 지위에서 납품한 것으로 자체연구개발에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보기 어려운 점, 위탁자인 주체계업체가 연구·인력개발비 세액공제를 이미 적용받았고, 청구법인에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 또다시 허용한다면 동일 금액에 대해 중복공제에 해당하는 점, 한편 연구개발의 실질적인 연구 수행의 책임과 위험, 결과의 귀속에 따라 공제대상이 달라지는데, 쟁점계약의 위험과 귀속은 수탁자인 청구법인에게 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.