문서번호

조심-2024-중-3584

결정유형

일부인용

세목

법인

생산일자

2025.12.30

귀속연도

2024년

제목

청구법인이 부동산개발사업 과정에서 설립된 특수관계법인에 후순위로 자금대여하였다가 상환받은 쟁점금액이 원금충당이 아니라 이자수익에 해당하는지 여부

요지

특수관계법인과 대주단 간 업무위탁계약등에 따라 대주단이 특수관계법인 자금을 관리·통제하였고 쟁점금액을 원금상환으로 처리하는 등의 상환조건 등은 대주단 동의 및 청구법인·특수관계법인 간의 묵시적 합의에 따른 것으로 보이며, 이러한 상환조건 등이 경제적 합리성이 결여된 비정상적 거래라 보기 어려움

결정내용

결정 내용은 붙임과 같습니다.

관련법령

법인세법 제40조제1항 / 법인세법 시행령제70조제1항

상세내용

[주 문]

OO세무서장이 2024.3.8. 청구법인에게 한 2018～2022사업연도 법인세 합계 OOO원(2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원) 및 2019년도∼2021년도 종합부동산세 합계 OOO원(2019년도분 OOO원, 2020년도분 OOO원, 2021년도분 OOO원)의 부과처분은

 1. 청구법인이 2021.12.7. 및 2022.12.16. a㈜로부터 지급받은 OOO원과 OOO원은 이자소득이 아니라 후순위대출 원금으로 각각 회수(상환)한 것으로 하여 2021～2022사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 경정하고,

 2. 청구법인이 2006년경부터 2010년경까지 취득․소유하고 있는 인천광역시 OOO토지를 업무무관부동산에서 제외하고, 관련 지급이자 상당액을 손금산입하는 것으로 하여 2018～2022사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 경정하며,

 3. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1991.3.25. 설립된 후 주택건설업 및 분양업 등을 영위하고 있고, 설립 이후 현재까지 청구법인의 최대주주이자 사내이사 에 있는 b가 그 회장직을 수행해오고 있으며, 부동산 개발사업을 시행할 목적으로 서울특별시 용산구 OOO소재 토지(이하 “OOO”라 한다), 경기도 용인특례시 수지구 OOO 소재 토지(이하 “OOO”라 한다), 경기도 김포시 OOO소재 토지(이하 “OOO”라 한다) 및 인천광역시 OOO소재 토지(이하 “OOO”라 하고, OOO 및 OOO와 합하여 이하 “쟁점토지들”이라 한다)를 각각 매입하였다.

나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.9.14.부터 2023. 11.8.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 취득한 OOO에 대한 개발사업과 관련한 a㈜(이하 “a”이라 한다)의 대여금에 대한 이자수익을 인식하지 않아 그 인정이자 상당액을 익금산입(이하 “쟁점①처분”이라 한다), 쟁점토지들을 업무무관부동산으로 보아 관련 지급이자 등을 손금불산입(이하 “쟁점②처분”이라 한다), b에게 과다 지급한 인건비(이하 “쟁점인건비”라 한다)를 손금불산입(이하 “쟁점③처분”이라 한다)한다는 등과, OOO에 대한 종합부동산세를 부과(이하 “쟁점④처분”이라 한다)한다는 내용으로 청구법인에게 세무조사결과통지를 한 후, 관련 자료를 처분청에 통보하였는데, 구체적 내용은 아래 라-1〜라-4와 같다.

다. 처분청은 이에 따라 2024.3.8. 청구법인에게 2018사업연도∼2022사업연도 법인세 합계 OOO 및 2019년도∼2021년도 종합부동산세 합계 OOO을 각각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복[2018사업연도∼2022사업연도 법인세 합계 OOO, 2019년도∼2021년도 종합부동산세 합계 OOO원하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였다(아래 <표1> 참조).

<표1> 쟁점처분별 불복 청구세액의 내용

(단위: 원)

라-1. 청구법인은 부동산 개발사업을 시행할 목적으로 2017년 6월경 OOO가 실시한 입찰에 참여하여 OOO를 낙찰받은 후, 2017.7.3. OOO와 OOO에 대한 매매대금을 OOO원으로 하는 매매계약을 체결하고, 같은 날에 계약금 OOO원을 지급하였다.

  OOO 개발사업에 대한 중도금을 대출해 주기로 한 c(주) 등 대주단은 청구법인에게 별도의 법인을 설립하여 OOO 개발사업을 진행할 것을 요구하였고, 이에 따라 청구법인은 2017. 12.12. a을 설립하였으며, 2017.12.18. a에게 OOO에 관한 권리의무를 포괄적으로 이전하였다.

  또한, a은 2018.1.3.부터 2020.1.2.까지 대주단이 설립한 OOO인 d㈜로부터 4차례에 걸쳐 합계 OOO원의 중도금 대출을 받아 이를 OOO 중도금으로 지급하였고, 청구법인은 a이 OOO와 관련한 취득세, 중도금 대출이자 및 각종 수수료 등을 지급하기 위한 추가 자금이 필요하게 되어 대주단의 요구로 따라 아래 <표2>와 같이 a에게 d㈜의 채권보다 후순위로 하는 약 OOO원의 자금 대여(이하 “이 건 후순위대출”이라 한다)를 하였다.

<표2> 이 건 후순위대출 내용

(단위: 원)

  한편, a은 2021.12.17. d㈜ 및 e㈜로부터 OOO원의 제1차 토지담보대출로 차입한 자금으로 d㈜로부터 받은 중도금대출 OOO원을 상환하고, OOO 매매잔대금 OOO원과 지연이자를 각각 지급하였으며, 같은 날에 대주단의 동의를 받아 청구법인의 후순위대출 중 OOO원을 상환하였다.

  이후, a은 2022.12.16. d㈜, e㈜ 및 f㈜로부터 OOO원의 제2차 토지담보대출로 차입한 자금으로 제1차 토지담보대출 OOO원을 상환하고, 대주단의 동의를 받아 2022.12.19. 이 건 후순위대출 중 OOO원을 상환하였다.

  이에 청구법인은 a이 2021.12.17. 지급한 OOO원과 2022.12.19. 지급한 OOO원(이하 이들을 합하여 “쟁점지급금”이라 한다)을 이 건 후순위대출의 원금에 충당하는 등 이를 반영하여 2021사업연도 및 2022사업연도 법인세 신고·납부를 하였다.

  그러나 처분청은 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 이자가 회수된 것으로 보아, 법인세 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원 합게 OOO원을 경정결정하였다.

라-2. 청구법인은 부동산 개발사업을 시행할 목적으로 2002년경부터 2010년경까지 쟁점토지들을 매입하였다.

  처분청은 청구법인이 쟁점토지들을 취득한 후 5년이 경과할 때까지 사업에 직접 사용하지 아니하여 이들을 업무무관부동산으로 보아, 그 지급이자 상당액(지급이자 및 제세공과금)을 손금불산입하는 등으로 하여 2018사업연도∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원(<표1> 참조)을 경정결정하였다.

라-3. 청구법인은 그 회장인 b에게 2020사업연도부터 2022사업연도까지 합계 OOO원의 급여 및 성과급(아래 <표3> 참조, 쟁점인건비)을 지급하였다.

<표3> 쟁점인건비 지급내역

(단위 : 원)

  처분청은 청구법인이 b에게 지급한 쟁점인건비를 실질상「법인세법 시행령」제43조에 따른 이익처분에 의한 상여금과 동일한 것으로 보아, 쟁점인건비 중 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 2022사업연도분 OOO원 합계 OOO원을 과다지급한 것으로 보아 이를 각각 손금불산입하여 2020사업연도〜2022사업연도 법인세 합계 OOO원(<표1> 참조)을 경정결정하였다.

라-4. 청구법인은 2006월경부터 2010년경까지 OOO 토지의 취득과 관련한 매매대금을 모두 지급하였고, 취득 당시 토지거래허가구역으로 지정되었다가, 2014.2.6. 그 지정이 해제되었다.

  청구법인은 2014년 9월경 OOO 토지가「조세특례제한법」(2016.1.19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것) 제104조의19 제1항의 ‘주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’에 해당한다고 보아, 같은 조 제2항에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.

  처분청은 청구법인이 OOO 토지의 잔금을 모두 지급하였고, 2014.2.6. 토지거래허가구역의 지정이 해제되었으므로 청구법인이 OOO 토지를 취득한 것으로 볼 수 있는데, 그로부터 5년이 경과할 때까지 OOO에 대하여 관련 법령상 사업계획의 승인을 받지 못하였으므로 종합부동산세 과세표준 합산배제대상이 아니라고 보아, 2019년도〜2020년도 종합부동산세 합계 OOO원(<표1> 참조)을 경정결정하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점지급금은 청구법인과 a의 묵시적 합의에 따라 이 건 후순위대출의 이자가 아닌 원금에 충당되었고, 원금에 충당하기로 합의한 것에 사업상 합리적인 이유가 존재하므로 이 건 처분은 부당하다.

  (가) 채무자가 채무의 일부를 변제한 경우「민법」상 변제충당의 법리가 적용되므로 명시적 또는 묵시적 합의에 따라 원금과 이자 중에 어떤 것에 충당할 것인지의 순서를 자유롭게 결정할 수 있다.

  채무의 일부를 변제한 경우 이를 비용, 이자, 원본 중에 어느 것에 충당할 것인지를 정한「민법」제476조 내지 제479조는 임의규정으로 변제자와 변제받는 자 사이에 위 규정과 다른 약정이 있다면 약정에 따른 변제충당의 효력이 발생하고, 이를 합의충당이라 한다(대법원 2015.11.26. 선고 2014다71712 판결 등 참조).

  합의충당은 묵시적 합의로도 성립할 수 있고, 당사자의 일방적인 지정에 대하여 상대방이 지체 없이 이의를 제기하지 않은 경우에는 묵시적 합의에 따른 충당의 순서를 인정할 수 있다(대법원 2014.10. 15. 선고 2013다91788 판결 등 참조).

  (나) 법인의 회계처리 등을 통해 당사자들의 공통된 의사가 확인되는 경우에는 그 회계처리에 부합하는 의사표시를 인정할 수 있다는 것이 조세심판원과 법원의 입장이다.

  조세심판원은 ① 채무자법인이 원금의 반환으로 회계처리하고 채권자법인이 원금의 회수로 회계처리하였으며, 그 회계처리가 반영된 재무제표가 외부감사인에 의해 적정한 것으로 판단된 사안에서 원금부터 변제한다는 묵시적 약정을 인정하였고(국심 2007서1333, 2007. 10.25.), ② 채권자법인과 채무자법인이 각각 자신의 회계장부에서 채권‧채무를 상계하는 회계처리를 하고, 더 이상 채권 회수 및 변제를 위한 행위를 하지 않은 사안에서 채무면제에 관한 묵시적 합의를 인정하였다(조심 2019서4470, 2024.5.30.).

  법원은 주주들이 배당결의를 하면서 회사의 주주들에 대한 가지급금과 배당금을 상계하기로 합의하였고, 회사가 그에 응하여 배당금을 지급하지 않고 배당금 상당액만큼 주주들의 가지급금이 상환된 것으로 회계처리를 한 사안에서 쌍방의 의사가 합치함에 따라 배당금과 가지급금이 소멸하였다는 취지로 판시(서울고등법원 2022.6.9. 선고 2022나2004265 판결)하였다.

  위와 같이 의사의 합치가 없었다면 법인 간의 회계처리가 완전히 동일한 내용으로 이루어질 수 없으므로 공통된 회계처리는 당사자들의 의사 합치를 확인할 수 있는 강력한 정황에 해당한다.

  처분청은 위 사례가 특수관계 없는 자 사이의 거래에서 문제된 사안으로 특수관계법인 간의 거래에서 문제된 이 건에는 적용할 수 없다는 의견이나, 특수관계 있는지 여부는 묵시적 합의가 인정되는지를 판단함에 있어 본질적인 사항이 아니다.

  묵시적 합의가 존재하는지 여부는 당사자 사이에 동일한 의미를 가지는 표시행위가 있는지 여부에 따라 판단하는 것이다. 특수관계인에 해당하더라도 당사자 간의 표시행위를 동일한 의미로 해석할 수 있다면 당연히 묵시적 합의를 인정할 수 있는 것이다.

  (다) 청구법인과 a은 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 원금에 충당한 것으로 공통적으로 회계처리를 하였고, 이 건 세무조사 이전부터 감사보고서상 원금에 충당한 것으로 기재·공시하였으므로, 청구법인과 a 간에는 쟁점지급금을 원금에 충당하는 묵시적 합의가 존재한다고 보아야 한다.

  청구법인은 자신의 거래처 원장에 쟁점지급금의 액수만큼 이 건 후순위대출의 원금을 차감한 후 원금이 회수된 이 건 후순위대출의 잔액을 감사보고서에 공시하였고, a도 자신의 거래처 원장에 쟁점지급금의 액수만큼 후순위 차입금의 원금을 차감한 후 원금이 상환된 후순위 차입금의 잔액을 감사보고서에 공시하였다.

  또한 a은 쟁점지급금에 앞서 2018사업연도부터 총 10회에 걸쳐 청구법인에 대한 후순위 차입금의 일부를 상환해 왔고, 청구법인과 a은 해당 금원을 모두 원금에 충당하는 것으로 회계처리(거래처원장 참조)를 하였다.

  청구법인과 a의 회계처리와 그에 따른 재무제표 작성 및 감사보고서 공시는 법인의 의사를 추단할 수 있는 객관적인 표시행위에 해당한다. 만약 청구법인과 a의 의사가 일치하지 않았다면, 양사 내부에서만 이루어지는 회계처리가 완전히 동일한 내용으로 이루어질 수 없으므로 원금 충당에 관한 묵시적 합의가 있었다고 봄이 타당하다.

  처분청은 묵시적 합의가 있었다면 총 8차례의 후순위대출 중 어느 것에 먼저 충당할 것인지도 합의하였어야 하나 이러한 합의가 없었으므로 묵시적 합의를 인정할 수 없다는 의견이나, 충당 순서에 관한 모든 사항에 대해 일일이 합의하지 않았더라도 원금에 충당하기로 하는 묵시적 합의는 인정할 수 있다.

  변제충당에 관한「민법」규정은 임의규정으로 당사자 간의 특별한 합의가 있다면 그에 따르지만, 당사자 간의 합의가 없는 공백의 부분에는 보충적으로 적용된다.「민법」제477조는 채무 전부의 이행기가 도래한 경우 변제이익이 많은 채무에 충당하고(제2호), 변제이익이 같으면 이행기가 먼저 도래한 채무에 충당하며(제3호), 위 사항이 동일한 때에는 채무액에 비례하여 각 채무의 변제에 충당한다(제4호)고 규정하고 있다.

  쟁점지급금을 지급할 당시 이 건 후순위대출의 변제기가 모두 도래(<표6> 참조)하였고, 6차 후순위대출의 이자율은 연 4.6%이고, 이를 제외한 나머지는 모두 연 5%으로 변제이익은 6차 후순위대출이 적고, 나머지는 모두 동일하다. 따라서 1〜8차 후순위대출 중 어느 원금에 충당할 것인지 합의하지 않으면「민법」제477조에 따라 6차 후순위대출을 제외한 나머지 후순위대출에 대해 채무액에 비례하여 각 채무의 변제에 충당된다.

  (라) a에 선순위 토지담보대출을 실행한 대주단은 a이 청구법인에게 쟁점지급금을 지급하는 것에 동의하였는바, 원금충당에 관한 묵시적 합의가 있음을 뒷받침하는 사정이 존재한다.

  a의 후순위차입금 원금 상환은 대주단이 결정한 것이고, a은 자금관리, 재무제표 작성 등 업무 일체를 g(주)에 위탁하였으며, 업무위탁계약서에 따라 a이 취득하는 모든 금전의 수령 및 관리·운용·처분, 대출금 상환에 관한 업무, 회계장부 작성 및 회계감사인 선정은 모두 g(주)가 수행하였다.

  토지담보대출 약정에 따르면, a이 대주단의 동의를 받지 않고 청구법인의 이 건 후순위대출을 상환하는 경우 기한의 이익을 상실하여 즉시 대주단에게 채무 전액을 상환하여야 한다. 이에 대주단은 토지담보대출을 실행할 때마다 자금의 구체적인 용처와 금액을 기재한 ‘자금판’이라는 자료를 작성하여 a에게 송부하였다.

  대주단은 토지담보대출금 중 쟁점지급금 상당액을 청구법인의 이 건 후순위대출을 상환하는데 사용하도록 동의하였다. 2021.12.17.자 제1차 토지담보대출 관련 자금판에는 OOO원을 청구법인에 대한 대여금 상환에 사용하도록 기재되어 있고, 2022.12.19.자 제2차 토지담보대출 관련 자금판에는 OOO원을 청구법인에 대한 대여금 상환에 사용하도록 기재되어 있다.

  대주단이 토지담보대출금으로 이 건 후순위대출을 상환하는 것에 동의한 이유는, 청구법인이 OOO 개발사업의 실질적 주체로서 a의 취득세 등 비용을 부담하고 있는데, 청구법인의 자금난이 악화되면 a이 제대로 운영되지 못하여 OOO 개발사업이 실패할 위험이 있었기 때문이다.

  대주단은 이 건 후순위대출보다 우선하여 대출금을 회수할 권리를 보유하고 있음에도 대주단이 OOO 개발사업에 막대한 자금을 투입하고 OOO원도 회수하지 못한 상황에서 합리적 이유 등이 없이는 후순위 채권자인 청구법인이 자금을 먼저 회수할 뿐만 아니라 그 ‘이자’까지 빠짐없이 먼저 회수하는 것에 동의할 이유는 없다.

  청구법인과 a은 토지담보대출금을 유지하기 위하여는 대주단의 의사에 따를 수밖에 없었으므로 이 건 후순위대출의 원금 상환에 대한 대주단의 동의에 따라 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 원금에 충당하였던 것이다.

  (마) 청구법인과 a이 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 원금에 충당하기로 합의한 것은 ‘특수관계인에 대한 부당한 이익 분여’에 해당하지 않는다.

 「법인세법」상 부당행위계산의 부인은 조세의 감소를 초래한 거래행위가 건전한 사회통념이나 상거래 관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 경우에 한하여 적용할 수 있고, 경제적 합리성이 인정되는지 여부는 행위의 유형에 따라 일률적으로 단정할 수 있는 것이 아니라 개별적인 사안마다 구체적으로 판단하여야 하며, 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 판단할 수는 없다(대법원 2017.1.25. 선고 2016두50686 판결 등 참조).

  원금 충당은 a에게만 일방적으로 이익을 분여하는 행위가 아니라 a과 청구법인 모두에게 이익이 되는 행위이다. a은 원금에 충당된 부분에 대해 장래 이자가 발생하지 않는 이익을 얻었고, 청구법인은 이 건 후순위대출을 보유하고 있음에도 대주단에 앞서 채권을 회수할 수 있는 이익을 얻은 것이다.

  청구법인이 OOO 개발사업을 성공시켜 더 큰 이익을 얻기 위해서는, 이자수익의 일부를 포기해서라도 대주단의 선순위채권보다 우선해서 채권원금을 회수하여 자금을 확보할 사업상 필요가 있었다.

  (바) 청구법인은 OOO 개발사업의 실질적인 주체로 당초 개발사업을 직접 진행할 계획이었으나 대주단이 별도 법인을 설립할 것을 요청함에 따라 a을 설립하여 이를 통해 OOO 개발사업을 진행하게 되었다.

  a은 오로지 OOO 개발사업을 시행할 목적으로 설립된 법인으로 개발사업이 완료될 때까지는 이익이 발생할 수 없어 영업에 필요한 자금을 제3자로부터 차입해야만 하고, 이에 OOO 개발사업의 실질적 주체인 청구법인이 a에게 필요한 자금을 대여하는 방식으로 개발사업을 진행해 왔는바, 청구법인의 자금사정으로 인해 a의 운영자금이 제대로 조달되지 않으면 개발사업이 제대로 진행될 수 없다.

  2021사업연도와 2022사업연도 전후로 청구법인의 재무상태(아래 <표4> 참조)는 고금리와 부동산 경기 침체로 인해 계속 악화되었고, 2019사업연도에는 청구법인의 매출액, 영업이익 및 당기순이익이 OOO원이었으나, 2021사업연도에는 그 2분의 1 내지 3분의 1밖에 되지 않는 OOO원으로 급감하였고, 2022사업연도에는 심지어 당기순손실을 기록하였다.

<표4> 청구법인의 재무상태 요약

(단위 : 백만원)

  또한 쟁점지급금을 지급받기 전후 청구법인의 유동성 위기가 심각한 상황이었다. 청구법인의 현금 및 현금성 자산의 액수와 단기차입금의 액수(아래 <그림1> 참조)가 2020사업연도에는 OOO원과 OOO원이었고, 2021사업연도에는 OOO원이었으며, 2022사업연도에는 OOO원이었다.

<그림1> 청구법인의 현금 및 현금성 자산과 단기차입금 내역

  아울러 대주단의 별도 법인 설립요구가 없었다면 청구법인이 OOO 개발사업을 직접 진행하였을 것이고, 이 경우 후순위대출 자체가 발생하지 않아 이자수익이 발생할 여지가 없었다는 점도 고려되어야 한다.

  이상과 같이 OOO 개발사업이 안정적으로 진행되려면 개발사업의 실질적 주체인 청구법인의 자금난을 해소하는 것이 무엇보다 중요하였다. 청구법인은 OOO 개발사업의 성공을 위하여 장래의 이자수익 중 일부를 포기하더라도 대주단보다 먼저 후순위대출의 일부를 조기에 회수할 사업상‧경제상 필요가 있었다. 대주단도 이러한 필요성을 납득하였기 때문에 대출금 일부를 이 건 후순위대출의 원금 상환에 사용하도록 동의하였던 것이다.

  (사) 처분청은 OOO의 가치가 2.5배 상승하여 후순위대출의 원금 회수가 보장되었기 때문에 청구법인이 후순위대출의 원금이라도 우선적으로 회수해야만 하는 특별한 사정이 없었다는 의견이나, 이는 부동산 개발사업의 구조와 특성 등을 고려하지 않은 것으로 타당하지 않다.

  부지는 부동산 개발사업의 핵심 자산이므로 이를 사업 중간에 처분할 수 없기 때문에 부지 가격이 상승하였다는 사실 자체로 원금의 상환이 보장되는 것이 아니고, 또한 OOO는 대주단에게 담보로 제공되었기 때문에 가치 상승에 따른 이익은 대주단에게 귀속된다.

  부지의 가격 상승이 개발사업의 성공 가능성을 보장하는 것도 아니다. OOO 개발사업과 같은 고급 주거시설의 수요는 경기 변화 등에 매우 민감하게 변동하기 때문에 예상하지 못한 거시경제 환경 내지 정부정책 등의 변화에 따라 개발사업이 실패할 가능성이 있다. 실제로 OOO 개발사업의 건축심의 통과 및 시공사 선정이 모두 이루어진 후인 2023.6.27.자 OOO에서 “2022년 하반기부터 본격화된 미국발 금리 인상과 레고랜드 사태로 촉발된 부동산 PF 위기로 인한 부동산 시장의 침체 때문에 OOO 개발사업의 흥행 부진 가능성이 대두되고 있다”는 내용으로 보도하였다.

  (아) 처분청은 청구법인의 2021사업연도 영업이익률이 37%로 높기 때문에 경제적 상황이 어려웠다고 볼 수 없다는 의견이나, 이는 지나치게 단편적인 분석이다.

  2021사업연도 영업이익률 37%는 2019사업연도의 35%, 2020사업연도의 33%와 거의 차이가 없는데, 2021사업연도의 매출액과 영업이익은 2019사업연도의 절반 이하로, 당기순이익은 3분의 1이하로 각각 감소하였다. 이처럼 재무제표상 절대적 수치가 급감한 상황에서 단순히 영업이익률이 37%라는 이유만으로 청구법인의 경제적 상황이 어렵지 않다고 단정하는 것은 납득할 수 없다.

  (자) 처분청은 청구법인이 완전자회사인 a의 의사결정에 영향력을 미쳤다는 의견이나, a의 자금 집행은 대주단에 의해 관리되고 있고, 청구법인은 a의 자금 집행을 결정할 권한이 없다.

  청구법인이 a의 자금을 임의로 사용하여 이 건 후순위대출을 회수하면 대주단의 선순위대출의 기한의 이익이 즉시 상실되어 채무 전액을 즉시 변제하여야 한다. 또한 대주단은 a의 자의적인 자금 집행을 견제하기 위한 장치로서 공동대표이사 중 1인을 선정하였다.

  (차) 처분청은 청구법인이 조세를 회피할 목적으로 쟁점지급금을 원금에 충당하였다는 의견이나, 청구법인은 사업상 필요에 따라 법에 의해 허용된 정상적인 법률행위를 한 것으로 조세회피와는 전혀 관련이 없다.

  처분청은 청구법인이 쟁점지급금을 받음으로써 이자수익의 귀속시기가 도래했음에도 이자수익의 인식을 누락하였다는 의견이나, 이는 쟁점지급금이 이자에 충당되었다는 결론을 미리 전제하고 그 전제를 바탕으로 다시 전개하는 순환 논증의 오류를 범하는 것이다.

  이자수익의 귀속시기는「법인세법」제40조 제1항, 제2항, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제1호,「소득세법 시행령」제45조 제9의2에 따라 약정에 의한 이자지급일로 하되, 약정에 의한 이자지급일 전에 이자를 지급받는 경우에는 이자지급일로 한다. 즉, 약정일 전에 이자수익을 인식하려면 이자를 지급받아야 하나, 쟁점지급금은 묵시적 합의에 따라 이자가 아닌 원금에 충당되었으므로 이자수익의 귀속시기가 도래하지 않았다.

  처분청은 후순위대출 이자채권의 소멸시효가 곧 완성되므로 청구법인은 소멸시효 완성을 이유로 대손처리함으로써 이자수익에 대한 세금을 납부하지 않을 것이라는 의견이나, 이는 실제로 발생한 적이 없는 자의적인 가정에 기초한 것이다.

  채무 일부만을 변제하더라도 채무 전부에 대하여 소멸시효 중단의 효력이 발생한다(대법원 2014.5.16. 선고 2012다20604 판결 등 참조). a은 쟁점지급금을 지급한 이후인 2023사업연도와 2024사업연도에도 후순위대출의 일부를 상환하여 후순위대출 전체에 대한 소멸시효가 중단되었으므로 청구법인이 소멸시효 완성을 이유로 대손처리할 여지가 없다.

  처분청은 청구법인이 아무런 이유 없이 후순위로 자금을 대여하고, 아무런 대가 없이 변제기를 유예하며, 쟁점지급금을 원금에 충당함으로써 이자 약정을 사실상 무력화시켰고, 청구법인이 대주단보다 후순위로 자금을 대여할 이유가 없다는 의견이나, 이는 부동산 개발사업의 구조를 이해하지 못한 것이다. 사업주체가 대주단보다 후순위로 자금을 대여하는 것은 부동산 개발사업의 통상적인 거래관행이다. 사업주체는 모험을 통해 높은 수익을 얻는 것을 추구하는 반면, 대주단은 자금의 회수 가능성을 극대화하는 것을 우선하므로 사업주체와 동순위 또는 후순위로 자금을 대여하는 사업에 투자할 이유가 없다. 따라서 청구법인이 OOO 개발사업을 위한 자금을 조달하려면 반드시 대주단보다 후순위로 자금을 대여해야만 했다.

  처분청은 아무런 대가 없이 변제기를 유예하는 것이 비정상적이라는 의견이나, 이는 후순위대출의 성격을 간과한 것이다. 오로지 OOO 개발사업을 시행할 목적으로 설립된 a은 개발사업 완료 시까지 자체적으로 이익을 창출할 수 없기 때문에 후순위대출은 애당초 OOO 개발사업이 완료될 때 일시에 상환할 수밖에 없다. 청구법인이 변제기를 연장해주지 않으면 a은 개발사업이 한창 진행되는 와중에 파산하게 되므로 후순위대출의 변제기를 개발사업 완료 시까지 연장하는 것은 지극히 당연하다. 대주단도 마찬가지로 지속적인 리파이낸싱을 통해 개발사업이 완료될 때까지 변제기를 유예하여 왔다.

  처분청은 청구법인이 a에게 사실상 무이자로 자금을 대여한 것이라는 의견이나, 원금 충당이 있더라도 이미 발생한 이자가 소멸하지 않는다는 사실을 간과한 것이다. 원금 충당에도 불구하고 그 전까지 이미 발생한 후순위대출의 이자는 그대로 존재하고, 충당 이후 남은 후순위대출의 원금에서는 향후 이자가 계속 발생하므로 원금 충당으로 인해 이자 약정이 사실상 무력화된다는 것은 사실이 아니다.

 (2) 청구법인이 취득․보유한 쟁점토지들은 행정작용 또는 권리관계에 관한 소송 등 부득이한 외부적 사정 등으로 인해 현실적으로 사용이 불가능한 상태에 있었으므로 업무무관부동산에 해당하지 않는다.

  (가) 업무무관부동산과 관련한「법인세법」규정은 비업무용 부동산에 대해 무조건적인 불이익을 가하는 것이 아니라 투기 등을 목적으로 부동산을 취득하는 경우를 규제하기 위한 것이다(인천지방법원 2017.9.22. 선고 2016구합54958 판결, 대법원 2018.10.12. 선고 2018두47479 판결로 확정).

  법인이 부동산을 업무에 사용하기 위해 진지한 노력을 하였음에도 목적을 달성하지 못한 경우에는「법인세법」이 제재하는 업무무관부동산으로 판단할 수 없고, 법인이 진지한 노력을 하였는지 여부는 개별적인 사안의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2003.2.28. 선고 2001두8483 판결 등 참조).

  법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라 하더라도, 행정청이 그 행정작용의 일환으로 도시계획의 수립 등을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인·허가를 해주지 아니하고 있어 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우도 포함한다(대법원 2004.3.26. 선고 2001두10709 판결 등 참조).

 (나) 청구법인이 취득․보유한 경기도 용인특례시 소재 OOO 토지는「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제2호 가목에서 정하는 ‘취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되는 경우’에 해당한다.

  처분청은 OOO 토지가 h의 부대사업을 위한 부지라는 사정은 청구법인이 OOO 토지를 취득하기 이전부터 존재하던 사정에 불과하며, 하수처리시설의 입지 선정단계에서부터 지역 내 극심한 갈등이 있었고 이를 청구법인이 알고 있었으므로 OOO 토지로 청구법인의 개발사업이 불가능하다는 것을 알 수 있었다는 의견이나, h 사업 및 부대사업 실시계획의 승인 및 고시가 된 시점(2005.11.8.)은 청구법인이 OOO 토지를 취득한 이후(2002사업연도 7월경부터 2005사업연도 8월경까지)이다. 또한 단지 하수처리시설의 입지 선정단계에서 지역 내 갈등이 있다는 사정을 알고 있었다는 것만으로 경기도 용인특례시장이 약 15년에 걸쳐 일률적으로 도시개발구역 지정 제안을 거부할 것이라는 사정을 예상할 수는 없었다.

  (다) 청구법인이 2006년경부터 2008년까지 취득․보유한 경기도 김포시 소재 OOO 토지는「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제2호 가목이 정하는 ‘취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한되는 경우’에 해당한다.

  OOO 토지는「군사기지 및 군사시설 보호법」(이하 “군사기지법”이라 한다) 제2조 제6호에 따른 제한보호구역이다. 군사기지법은 통제보호구역과는 달리 제한보호구역에 대해서는 개발행위를 사전적으로 금지 또는 제한하지 않는다. 제한보호구역 내에서 개발행위를 하려면 인허가 여부에 대하여 행정기관의 장이 군사기지법 제13조에 따라 관할 부대장과 협의절차를 거쳐야 하고, 관할 부대장이 개발행위에 대해 동의해야 한다.

  청구법인은 2013년경부터 수 차례에 걸쳐 경기도 김포시장에게 도시개발구역의 지정을 제안하였으나, OOO 토지의 관할 부대장인 OOO이 개발에 부동의하여 개발사업을 추진할 수 없었다.

  청구법인은 2019.10.29. 경기도 김포시장에게 도시개발구역 지정 및 개발계획 제안서를 제출하였으나, 경기도 김포시장은 2019.12.30. 2020년 김포도시기본계획에 따르면 OOO 토지가 속하는 중부생활권의 인구가 220,000명인데, 중부생활권의 인구가 2019년 7월경 기준으로 이미 이를 초과하였으므로 추가적인 개발사업을 승인할 수 없다는 취지로 청구법인의 제안을 반려하였다.

  청구법인은 2021년 12월경 도시개발구역 지정 및 개발계획을 재차 제안했으나, 경기도 김포시장은 2035년 김포도시기본계획을 수립하는 중이라는 이유로 취하하도록 행정지도를 하였고, 청구법인은 2022년 5월경 또 다시 제안서를 제출하였으나, 경기도 김포시장은 해당 지역이 기본계획에 따라 공공주도 사업을 추진할 예정이라는 이유로 건축 등 행위제한을 결정하였다.

  이처럼 관할 부대장의 부동의로 인하여 OOO 토지 내에서 건축 또는 사용이 일괄적으로 금지되거나 경기도 김포시장이 도시계획 수립 등을 이유로 건축허가 등을 일체 반려하는 것은 행정작용의 일환으로 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우에 해당한다.

  (라) 청구법인이 2006년경부터 2010년까지 취득․보유한 인천광역시 소재 OOO 토지는 청구법인이 사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였음에도 도시계획변경 등 부득이한 사정으로 목적사업을 영위하지 못한 경우로서「법인세법 시행규칙」제26조 제5항 제30호에 따라 업무무관부동산에 해당하지 않는다.

  특히 OOO 개발사업과 같이 환지방식으로 진행되는 경우 사업주도권을 확보하지 못한 경우에도 자신이 확보한 토지를 통해 개별적인 사업을 진행하는 것이 통상적이다. m처럼 다른 민간개발사가 이미 확보한 토지에 대해 반사회적인 이중계약을 체결하면서까지 무리하게 토지를 확보하는 것은 매우 이례적인 상황이다.

 (3) 청구법인은 b에 대한 보수 등을 인상할 만한 상당한 이유가 존재하였으므로 쟁점인건비가 과다하다고 단정할 수 없다.

  (가) b는 1991년경 청구법인을 설립한 후 30년이 넘는 기간 동안 청구법인의 회장직을 맡아 왔다. b는 평생을 헌신하며 쌓아온 부동산 개발사업에 관한 경험과 노하우를 활용하여 청구법인이 수행하는 모든 개발사업의 세세한 부분까지 챙기면서 모든 업무를 총괄 지휘하고 있다. b는 대형 개발사업을 연달아 성공시키며 청구법인을 현재와 같이 견실한 기업으로 성장시켰음에도 청구법인의 자금 사정이 안정될 수 있도록 솔선수범하는 차원에서 대표이사로 취임한 1991.12.17.부터 1999년경까지 보수를 전혀 수취하지 않았다.

  (나) b는 2000년 2월경부터 급여를 지급받기 시작했으나, b에게 책정된 급여액은 동종업계의 유사한 지위에 있는 사람들이 수취하는 급여액보다 현저히 적었다. 청구법인은 과소평가되어 있던 b의 보수를 현실화하는 차원에서 부득이하게 인상을 추진하게 되었다.

  (다) 인상된 보수에는 접대비, 품위 유지비, 판공비 등 일체의 비용이 모두 포함되어 있다. 이러한 사정들을 고려하면 쟁점인건비가 결코 과다한 수준이라 단정하기는 어렵다.

  (라) 처분청은 동종업종 법인의 최대 급여액에 비해 쟁점인건비가 15배가 많다는 의견이나, 처분청이 청구법인과 비교가능한 법인을 적법하게 선정한 것이 맞는지 의문이 든다. 처분청이 선정한 법인은 청구법인보다 매출액과 영업이익이 현저하게 적어 유사한 규모의 법인으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 영업이익율에 있어서도 최대 5배까지 차이가 나기 때문에 해당 법인이 인건비로 지급할 수 있는 여력에 있어서도 큰 차이가 존재한다. 또한 b는 창업주로서 현재까지도 청구법인의 모든 업무를 총괄 지휘하고 있는데, 비교대상법인의 임원이 이러한 수준의 업무를 수행하고 있는지 확인할 수 없다.

 (4) 청구법인은 인천광역시 소재 OOO 토지에 대한 농지전용허가를 받지 못하여 배타적인 사용·수익·처분권을 갖고 있지 않으므로 OOO 토지를 아직 취득한 것으로 볼 수 없다.

  (가)「종합부동산세법」제12조에 종합부동산세는 당해 부동산에 대한 재산세 납세의무자가 부담하는 세금이고,「지방세법」제107조에 재산세 납세의무자는 재산을 사실상 소유하고 있는 자로 규정하고 있다.

  (나)「농지법」제6조는 법에서 정한 예외 사유에 해당하지 않는 한, 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 농지를 소유하는 것을 금지한다(제1항)고 규정하고 있는바, 청구법인이 농지를 취득하기 위해서는 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 해야만 하는데(제2항 제7호), 이 건 토지거래허가구역 지정이 해제된 경우「농지법」소정의 농지전용허가를 받거나 농지취득자격증명을 받은 것으로 간주하는 규정은 존재하지 않는다.

  (다) 청구법인은 도시개발사업을 추진하기 위해 OOO 토지에 관하여 매매계약을 체결하고 대금을 지급하였지만, 현재까지 농지전용허가를 받지 못한 상태이다. OOO 토지에 대해 토지거래허가구역 지정이 해제(2014.2.6.)된 사실이 있으나, 이로 인하여 농지전용허가 등이 의제되는 것이 아니기 때문에 청구법인이 OOO 토지를 취득하게 되는 것은 아니다. 따라서 청구법인은 OOO 토지를 사실상 소유하고 있다고 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

 (1) 이 건 후순위대출의 이자수익의 귀속시기가 도래하였고, 원금에 충당하기로 하는 합의가 존재하지 않으며, 설령 묵시적 변제충당 합의를 인정하더라도 이는 특수관계인에 대한 부당한 이익분여 행위로 청구주장을 받아들일 수 없다.

  (가) 이 건 후순위대출의 이자수익의 귀속시기가 도래하였다.

 「법인세법」제40조 제1항, 제2항, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제1호 및「소득세법 시행령」제45조 제9의2에 따르면, 약정에 의한 이자지급일이 도래하거나, 약정에 의한 이자지급일 전에 이자를 지급받는 경우에는 실제 이자지급일이 귀속시기가 된다.

  쟁점지급금은 2021.12.17. 및 2022.12.19. 지급되었고, 이 건 후순위대출약정상 원리금 지급시기는 2022.7.3.로 기재되어 있으므로 1차 쟁점지급금은 실제 이자지급일인 2021.12.17.에, 2차 쟁점지급금은 약정에 의한 이자지급일인 2022.7.3.에 이자수익의 귀속시기가 각각 도래하였다.

  청구법인은 귀속시기가 도래하였음에도 이자수익을 인식하지 않은 것인데, 향후 청구법인은 이 건 후순위대출 원리금에 대해「민법」상 소멸시효가 완성된 대여금 채권이라고 주장하며 세금을 납부하지 않을 가능성이 높다.

  (나) 청구법인과 a 사이에 쟁점지급금을 원금에 충당하기로 하는 합의가 존재하지 않는다.

  변제충당의 합의가 있는지는 이를 주장하는 사람에게 증명책임이 있으나, 후순위대출약정상 어디에도 변제충당에 관하여 규정하고 있지 않다.

  회계처리는 법인의 내부에서 이루어지는 것이지 상대방에 대한 의사표시로 볼 수 없으므로 쟁점지급금을 원금에 충당하기로 회계처리하였다는 사정만으로 원금에 충당하기로 하는 묵시적 합의를 인정할 수 없다.

  이 건 후순위대출의 약정은 8차례에 걸쳐 이루어졌으므로 변제충당의 묵시적 합의가 있었다면 1차 내지 8차 후순위대출약정 채무 중 어느 채무의 변제에 먼저 충당된 것으로 볼 것인지에 대한 합의도 이루어졌을 것임이 경험칙상 합당함에도 이와 관련된 합의가 없다.

  청구법인이 인용하고 있는 조세심판원 선결정례 및 판례들은 이 건과 사안을 달리하여 적용할 수 없다. 국심 2007서1333(2007.10.25.)결정은 각자의 이익을 추구하는 제3자가 동업계약을 해지한 사안이고, 조심 2019서4470(2024.5.30.) 결정은 특수관계인 간 채무면제를 위한 편법적인 회계처리를 인정하지 않은 사안이며, 서울고등법원 2022. 6.9. 선고 2022나2004265 판결은 회계처리 외에 주주총회 결의, 형사고소 취하 등의 사정이 종합적으로 고려된 사안이다.

  (다) 청구법인은 직접적으로든 또는 대주단을 통해서든 완전자회사인 a의 의사결정에 영향을 미칠 수 있는 지위에 있고, 청구법인의 2022사업연도 당시 대표이사인 n은 a의 2인의 대표이사 중 1인이기도 하다.

  (라) 설령 묵시적 변제충당 합의를 인정하더라도 이는 특수관계인에 대한 부당한 이익분여 행위이다.

  청구법인의 묵시적 변제충당 합의 주장은 이자수익의 귀속시기를 자의적으로 조절하기 위한 수단이다. 청구법인은 아무런 담보 없이 민사 법정이율인 연 5%로 대여하고, 원리금 변제기를 아무런 대가 없이 2022.7.3.로 연장해 주었다. 또한 이자를 매년 지급받지 않고 원금과 함께 변제하는 것으로 하고, 중도금 대출보다 후순위로 지급받을 이유가 전혀 없음에도 후순위라는 제한까지 달아 놓았다. 심지어 쟁점지급금이 원금에 충당된 것으로 처리함으로써 이자 약정을 사실상 무력화시켰는데, 이는 특수관계인과의 거래가 아닌 정상적인 거래에서는 존재하기 어려운 사정이다.

  이 건 후순위대출의 원금에 충당해야 하는 사업상 이유도 없다. OOO 개발사업은 2021년 7월경 건축심의 통과, 2022년 3월경 시공사 선정 등으로 순조롭게 진행되었고, OOO의 가치도 2.5배 가까이 상승하였기 때문에 원금의 회수가능성이 보장되는 상황이었다.

  또한 청구법인의 영업이익률을 보면, 2021사업연도가 37%로 2016 ～2021사업연도 중 가장 높기 때문에 쟁점지급금 지급 당시 청구법인의 경제적 상황이 어려웠다고 보이지도 않는다.

  한편 묵시적 변제충당은 a의 다른 채권자들과의 형평에도 맞지 않는다. a은 청구법인 외 제3자들에게는 묵시적 변제충당을 하지 않았음에도 유독 청구법인에게만 원금에 충당하였다.

 (2) 쟁점토지들은 청구법인의 업무에 직접 사용하지 않은 업무무관 부동산에 해당하고, 업무무관자산으로 볼 수 없는 부득이한 사유도 존재하지 않는다.

  (가)「법인세법 시행령」제49조 제1항 제1호 가목 및 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가목에 의한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 해당 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되는 경우이어야 한다.

  (나) OOO 토지는 업무무관부동산에 해당하고, 업무무관자산으로 볼 수 없는 부득이한 사유도 존재하지 않는다.

  h는 부대사업 부지에 대한 강제수용권이 없었으므로 청구법인이 OOO 토지를 사용 또는 처분하는데 직접적인 제한이 없었고, h는 2006.2.3. 청구법인에게 그 소유인 OOO 일부 부지에 대한 매입 협의를 요청하였으나 청구법인이 이를 거절한 점 등을 감안할 때, 청구법인은 이미 사업이 진행 중인 부지를 매수하여 중복적으로 개발사업을 시행하겠다고 주장할 뿐, 도시개발사업을 진행하는데 진지한 노력을 다하였다고 보기 어렵다.

  청구법인이 OOO 일부 토지를 취득하기 전인 1999년경부터 경기도 용인특례시는 OOO에 대한 하수도정비계획 변경을 추진하였고, h는 2002.5.17. 경기도 용인특례시에 민간투자 사업제안에 대한 사업계획서를 제출하였으며, 2005.1.14. 부대사업에 관한 실시협약에 따른 사업시행자 지정도 완료되었다.

  한편, h의 부대사업은 2007.4.30. 경기도가 폐천부지에 대한 변경고시 등을 할 수 없다고 회신함에 따라 최종 무산되었고, h가 부대사업의 무산에 관한 책임 소재를 다투는 민사소송을 제기한 결과, 2011.1.18. 법원판결(서울고등법원 2009나110653)이있었는바, 설령 OOO 토지에 대한 행정상 제한 등이 있었다 하더라도 그 무렵 제한이 해소되었다고 보아야 한다.

  (다) OOO 토지는 업무무관부동산에 해당하고, 업무무관자산으로 볼 수 없는 부득이한 사유도 존재하지 않는다.

  청구법인은 당초부터 관할 부대장의 동의 없이는 건축허가가 허용되지 않는 토지를 취득하여 도시개발사업을 추진한 것이기 때문에 ‘부동산을 취득한 후에 건축허가가 제한된 경우’로 볼 수 없다.

  OOO 토지의 일부가 군사시설 보호구역 내에 위치하고 있었던 곳으로 도시개발사업 대상 지정구역을 조정하여 도시개발사업을 추진할 수도 있었던바, 청구법인이 군부대에 지속적으로 민원을 제기하였다 하여 이를 업무 목적에 사용하기 위한 정상적인 노력을 기울인 것으로 볼 수도 없다.

  대법원과 조세심판원도 유사한 사안에서 군사보호시설 내 관할부대장 등의 부동의가 있었더라도 해당 토지를 업무무관부동산으로 볼 수 있다는 취지로 결정(대법원 1995.3.10. 선고 94누12739 판결, 조심2018서2615, 2019.11.22.)하였다.

  또한 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 부동산의 사용이 금지 또는 제한되는 내용이 포함된 도시계획, 시행세칙, 고시 등에 의하여 직접적인 제한이 발생하는 것을 의미하므로, 경기도 김포시장의 인구계획 변경 같은 사유까지 포함되는 것이 아니다.

  (라) OOO 토지는 업무무관부동산에 해당하고, 업무무관자산으로 볼 수 없는 부득이한 사유도 존재하지 않는다.

  업무에 직접 사용하지 않은 부동산도 정당한 사유가 인정되는 경우 업무무관부동산에서 제외되는 것이고, 정당한 사유란 법령상·사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단해야 한다(대법원 2002.5.10. 선고 2000두4989 판결 등 참조).

  청구법인은 OOO 토지 개발의 불확실성을 감수하면서 매매계약을 체결하였다. 민간업체 간의 경쟁 및 이에 따른 시일의 소요는 미리 예측가능한 사정일 뿐이므로 이를 업무에 사용할 수 없는 사실상 장애로 보거나 청구법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였음에도 업무에 사용할 수 없는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

  OOO 토지는 원래 2003년경 공영개발 도시개발사업을 추진할려는 곳이었고, 인천광역시 도시계획위원회가 2008.11.19. 도시관리계획안을 부결하여 비로소 민영개발 방식으로 사업을 추진하게 되었다. 그런데 청구법인은 공영개발이 무산되기 전인 2006년경 OOO 토지의 매매계약을 체결하기 시작하였으므로, 민영개발 사업 추진과정에서 난항을 겪을 수 있음을 충분히 예상할 수 있었다.

  도시개발법령은 환지 방식의 도시개발사업에 대한 개발계획을 수립할 때 토지 면적의 3분의 2 이상 및 토지 소유자 총수의 2분의 1 이상에 해당하는 토지 소유자의 동의를 받도록 규정하고 있다. 청구법인은 토지 동의율을 안정적으로 확보하지 못한 상태에서 무리하게 사업을 진행했기 때문에 유예기간 내에 목적을 달성하지 못한 것에 불과하다.

  OOO 토지는 토지거래허가구역 내에 있었으므로 매매계약을 체결할 당시부터 토지거래허가와 관련된 법적 분쟁을 예견할 수 있었다. 실제로 청구법인이 토지 매도인들에 대해 제기한 소송은 토지거래허가 신청절차의 이행을 구한 것이다.

  청구법인은 OOO 토지를 법인 업무에 사용하지 못한 것에 달리 정당한 사유가 있었음을 입증할 만한 자료를 제시하지 못하였다.

 (3) 쟁점인건비는 보수의 형식을 취한 이익처분에 불과하므로 손금에 산입할 수 없다.

  (가)「법인세법」제26조, 같은 법 시행령 제43조의 입법취지 등을 보면, 법인이 지배주주인 임원에게 보수를 지급하였더라도 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적·계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 손금에 산입할 수 없다(대법원 2017. 9.21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

  (나) b는 청구법인의 지배주주로서 자신의 보수를 별다른 제약 없이 자유롭게 정할 수 있는 지위에 있었다. 그에 따라 쟁점인건비는 주주총회나 이사회 결의, 연봉계약서의 작성도 없이 결정되었고, 별도의 임원급여지급규정도 존재하지 않았다.

  (다) 쟁점인건비가 청구법인의 영업이익에서 차지하는 규모 등에 비추어 볼 때 정당한 직무집행의 대가로 보기도 어렵다.

  청구법인의 영업이익은 2020사업연도에 OOO원, 2021사업연도에 OOO원, 2022사업연도에 OOO원으로, 쟁점인건비가 영업이익에서 차지하는 비율은 각각 0.86%, 2.6%, 15.7%이다. 이는 매년 3배, 8배 가까이 증가한 것인데 보수의 비중과 증감 추이가 지나치게 크다.

  쟁점인건비는 2022사업연도 기준 대표이사 겸 사내이사인 n, o, p의 평균보수보다 약 20배 많은 금액이며, 전체 직원 급여 총 합계 OOO원의 3분의 1을 초과한다.

  사업규모가 유사하고 동종업종으로 볼 수 있는 주택신축판매업 및 부동산개발법인의 최대 급여수령 내역은 평균 OOO원 수준으로 쟁점인건비는 그의 15배에 달한다.

  청구법인은 지속적인 영업이익 및 이익잉여금 증가에도 2016사업연도에 단 한 차례의 현금배당을 실시한 것 외에는 주주들에게 배당을 하지 않았다.

  (라) 위 내용을 종합해 볼 때, 쟁점인건비는 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위해 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하고, 쟁점인건비 중 직무수행의 대가가 일부 포함되어 있어 손금산입의 대상이 되는 점에 대하여 청구법인이 달리 증명하지 못하였다.

 (4) 청구법인은 토지거래허가구역 지정이 해제(2014.2.6.)된 때에 OOO 토지를 사실상 취득하였다.

  (가)「지방세법」은 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있는데, 사실상 소유자는 공부상 소유자로 등재하였는지 여부를 불문하고 당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 의미한다(대법원 2006.3.23. 선고 2005두15045 판결 등 참조).

  (나) 토지거래허가구역 안에 있는 토지에 대해 토지거래허가를 받지 않고 토지거래계약을 체결한 후 토지거래허가구역 지정이 해제된 때에는 더 이상 관할 행정청으로부터 토지거래허가를 받을 필요 없이 토지거래계약이 확정적으로 유효가 되고, 거래당사자는 그 계약에 기하여 바로 토지의 소유권 등 권리의 이전 또는 설정에 관한 이행청구를 할 수 있다(대법원 2010.3.25. 선고 2009다41465 판결 등 참조).

  (다)「농지법」에 따라 농지를 취득할 수 없는 법인이 농지에 대한 매매계약을 체결한 경우에도「주택법」제19조 제1항 제7호에 따른 사업계획의 승인을 받으면「농지법」에 따라 농지전용허가가 의제된다. 따라서 OOO 토지가 토지거래허가구역에서 해제(2014.2.6.)된 이상 청구법인은「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받아 농지전용허가 의제를 받을 수 있었다.

  (라) 한편, 청구법인은 OOO 토지에 대한 토지거래허가구역 지정이 해제됨에 따라 취득세, 재산세를 납부하였고, OOO 토지의 매도인들도 양도소득세를 신고·납부하였다.

  (마) 조세심판원은 동일한 OOO 토지가 문제된 사안에서 아직 토지를 취득하지 못했다는 청구법인의 주장을 배척하고 종합부동산세 부과처분이 적법하다는 취지로 결정(조심 2022중2855, 2023.5.4.)하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점지급금을 이자수익으로 보아 인정이자 상당액 등을 익금산입한 처분의 당부

 ② 쟁점토지들(OOO 및 OOO 토지)을 업무무관자산으로 보아 관련 지급이자를 각각 손금불산입한 처분의 당부

 ③ 쟁점인건비를 과다지급한 것으로 보아 손금불산입한 처분의 당부

 ④ OOO 농지를 사실상 취득·소유한 것으로 볼 수 없으므로 종합부동산세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점①처분 관련하여 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  (가) 부동산매매계약서 등에 따르면, 청구법인은 2017.7.3. OOO와 OOO 44,935㎡를 OOO원에 매수하는 내용의 매매계약을 체결한 후, 2017.12.18. 완전자회사(100% 지분)인 a에게 위 매매계약상 권리의무를 포괄적으로 승계하는 내용의 권리의무승계계약을 체결한 것으로 나타난다.

  (나) a과 대주단 간 체결한 중도금대출 약정 등에 따르면, a은 2017.12.28.부터 2020.1.2.까지 총 4차례에 걸쳐 대주단이 설립한 OOO인 d(주)로부터 합계 OOO원을 차입하여 위 포괄적 승계계약에 따른 중도금을 납부한 것으로 나타난다(아래 <표5> 참조).

<표5> a의 중도금 등 대출내용

(단위 : 백만원)

  (다) 청구법인과 a 간 체결한 이 건 후순위대출의 약정 등에 따르면, a은 2017.12.28.부터 2021.1.4.까지 총 8차(아래 <표6> 참조)에 걸쳐 청구법인으로부터 약 OOO원을 차용하였고, 각 후순위대출의 이자율은 연 5%(6차 후순위대출은 연 4.6%)로 만기에 전액상환하는 조건이며, 1〜7차 후순위대출의 만기일은 2021.1.4.로 체결된 후 8차 후순위대출약정에 따라 2022.7.3.로 변경된 것으로 나타난다.

<표6> 이 건 후순위대출 내역

(단위 : 원)

  (라) a과 대주단 간 체결한 토지담보대출 약정 및 자금판(아래 <그림2>․<그림3> 참조) 등에 따르면, a은 2021.12. 17. d(주), e(주)와 OOO를 담보로 OOO원의 대출약정(1차)을 체결․차입하여, 같은 날에 d(주)에 대한 중도금 대출(2017.12.28.～2020.1.2.) OOO원을 모두 상환하고, 나머지로 이 건 후순위대출 OOO원을 상환한 것으로 나타나며, 이후 2022.12.16. d(주), e(주), f(주)와 OOO를 담보로 OOO원을 차입하는 토지담보대출약정(2차)을 다시 체결하고, 2022. 12.19. 위 1차 토지담보대출약정에 따른 대출금 채무 OOO원을 상환하고, 나머지로 이 건 후순위대출 OOO원을 상환한 것으로 나타난다. 또한 a이 대주단의 동의를 받지 않고 청구법인의 후순위대출을 상환하는 경우 기한의 이익을 상실하여 즉시 대주단에게 채무 전액을 상환하여야 한다고 약정되어 있다.

<그림2> OOO 개발사업 1차 자금판 발췌

<그림3> OOO 개발사업 2차 자금판 발췌

  (마) 청구법인은 이 건 후순위대출에 대한 거래처 원장(아래 <그림4> 참조)에 a으로부터 2021.12.17. 지급받은 OOO원을 후순위대출의 원금으로 회수한 것으로 기재하여 후순위대출의 원금이 OOO원에서 OOO원으로 줄었다가, 2021. 12.27. a에게 OOO원을 추가로 대여하여 2021사업연도말 후순위대출 원금이 OOO원이 되었으며, 청구법인의 2021사업연도 감사보고서(아래 <그림5> 참조)에도 위와 같은 내용으로 기재되어 있다.

<그림4> q의 거래처 원장(일부 발췌)

<그림5> q의 2021사업연도 감사보고서(일부 발췌)

  (바) a은 2021.12.17. 청구법인에게 OOO원을 지급하였고, 후순위대출의 잔액이 OOO원에서 OOO원으로 줄어든 것으로, 그의 거래처 원장(아래 <그림6> 참조)과 감사보고서(아래 <그림7> 참조)에 각각 기재되어 있다.

<그림6> a의 거래처 원장(일부 발췌)

<그림7> a의 2021사업연도 감사보고서(일부 발췌)

 (사) 청구법인은 d㈜와 g(주)[d㈜의 업무수탁자임]가 2017.12.28. 체결한 업무위탁계약서(아래 <표7> 참조)를 제시하였고, g(주)는 위탁계약서 제4조에 따라 a이 취득하는 모든 금전의 수령 및 관리를 하고, 제10조에 따라 a의 회계장부 작성 및 회계감사인을 선정하며, 제12조에 따라 이 건 후순위대출금의 상환 및 지급 대행을 담당한다고 약정되어 있으며, 이에 대하여 청구법인은 a이 전적으로 대주단의 통제하에 있었고, 이 건 후순위대출의 원금을 상환하기로 한 결정도 청구법인이 아닌 대주단이 한 것이며, 청구법인이 이러한 a의 원금 상환에 대하여 이의를 제기하지 않고 쟁점지급금을 그대로 수령하였으므로 이 건 후순위대출의 원금을 상환하는 묵시적인 합의가 성립되었다고 봄이 타당하다고 항변한다.

<표7> d㈜와 g 간 체결한 업무위탁계약서

 (2) 쟁점②처분 관련하여 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  (가) OOO 토지 관련

   1) 청구법인은 아래 <표8>과 같이 2002사업연도경부터 2015사업연도경까지 경기도 용인특례시 수지구 죽전동 소재 임야를 취득하여 현재까지 개발행위 없이 보유하고 있다.

<표8> OOO 토지 취득 내역

(단위 : ㎡)

   2) h는 2002.5.17. 경기도 용인특례시에 OOO 부대사업을 포함한 민간제안사업계획을 제출하였고, 경기도 용인특례시와 h는 2005.1.14. 경기도 용인특례시 하수처리시설 민간투자사업 실시협약을 체결하였으며, 경기도 용인특례시장은 2005.11.8. h를 사업시행자로 하여 하수처리시설의 보급 및 OOO 일원에 251세대 규모의 아파트를 신축하는 내용의 경기도 용인특례시 하수처리시설 민간투자사업 실시계획을 승인하였다.

   3) 경기도 용인특례시장은 2005.10.27. 청구법인의 도시개발사업 구역지정 및 개발계획 제안에 대하여 경기도 용인특례시 하수처리시설 민간투자사업 계획에 포함된 부대사업 부지와 같은 위치에 있고, 사업시행자인 h의 부대사업 등이 우선되어야 한다는 이유로 이를 반려하였으며, 청구법인은 경기도 용인특례시장의 반려 처분에 대한 취소를 구하는 행정심판을 제기하였으나, 경기도 행정심판위원회는 2007.5.29. 이를 기각하였다.

   4) 경기도 용인특례시장은 2014.1.8. OOO 토지 내에 국·공유지인 폐천부지가 포함되어 있고, 경기도 용인특례시와 h 사이에 체결한 하수처리시설 민간투자사업 실시협약상 부대사업 예정지와 중복된다는 이유로 청구법인의 OOO 토지에 대한 도시개발사업 구역지정 및 개발계획 수립 제안도 반려하였다(아래 <그림8> 참조).

<그림8> 2014.1.8.자 반려 처분(일부 발췌)

   5) 경기도 용인특례시장은 2019.12.31. 청구법인의 도시개발사업 구역지정 및 개발계획 수립 제안을 수용하였다가, 경기도 수자원관리심사위원회가 2020.11.19. 및 2021.9.8. OOO 토지 내 폐천부지 관리계획 변경을 부결하자, 2022.2.16. 위 제안 수용 취소를 통보하였다(아래 <그림9>·<그림9-1> 참조).

<그림9> 2020년 경기도 수자원관리심사위원회 심의 결과(일부 발췌)

<그림9-1> 2021년 경기도 수자원관리심사위원회 심의 결과(일부 발췌)

  (나) OOO 토지 관련

   1) 청구법인은 아래 <표9>와 같이 2006사업연도경부터 2008사업연도경까지 경기도 김포시 OOO소재 전 또는 답을 취득하여 현재까지 개발행위 없이 보유하고 있다.

<표9> OOO 토지 취득 내역

(단위 : ㎡)

   2) 청구법인은 2013년 3월경 경기도 김포시장에게 도시개발사업 구역 지정 및 개발계획 수립을 제안하였으나, 경기도 김포시장은 2013.4.24. 관할 부대장인 육군 OOO의 군사시설보호구역상 제한보호구역(1950년경부터) 내에 속해 있었던 점으로 군사시설물이 다수 포함되어 있는 중요지역이라는 이유로 부동의 의견을 통보(아래 <그림10> 참조)받아 이를 반려하였다.

<그림10> 2013.4.24.자 육군 OOO공문(일부 발췌)

   3) 청구법인은 2019.10.29. 경기도 김포시장에게 도시개발사업 구역 지정 및 개발계획 수립을 제안하였으나, 김포시장은 2019.12.30. OOO 토지가 경기도 김포시의 2020도시기본계획상 중부생활권에 속해 있고 중부생활권의 계획상 인구가 220,000명인데, 2019년 7월 기준으로 인구가 226,157명이므로 도시기본계획에 부합되지 아니한다는 이유로 이를 반려하였다(아래 <그림11> 참조).

<그림11> 2019.12.30.자 반려 처분(일부 발췌)

   4) 청구법인은 2022.5.24. 경기도 김포시장에게 도시개발사업 구역지정 및 개발계획 수립을 제안하였으나, 경기도 김포시장은 2022.11. 11.「공공주택 특별법」등에 따라 OOO 토지를 OOO공공주택지구로 지정하기 위하여 주민 등 의견청취 공고를 하면서 청구법인 등의 건축물건축 등에 대한 행위제한을 하였다(아래 <그림12> 참조).

<그림12> 2022.11.11. 경기도 김포시장 공고(일부 발췌)

  (다) OOO 토지 관련

   1) 청구법인은 아래 <표10>과 같이 2006사업연도경부터 2010사업연도경까지 인천광역시 OOO소재 답을 취득하여 현재까지 개발행위 없이 보유하고 있다.

<표10> OOO 토지 취득 내역

(단위 : ㎡)

   2) 인천광역시는 2006.5.4. ‘2020년 인천광역시 도시기본계획’을 공고하여 OOO 토지를 시가화예정용지로 지정하였고, 인천광역시 도시계획위원회가 2008.11.19. 인천광역시 도시개발공사의 도시개발사업 구역지정 제안을 부결한 후 도시개발사업이 민영개발 방식으로 진행되었다.

   3) 청구법인은 2007.1.15. 인천광역시 부평구청장에게 도시개발구역 지정을 제안하였으나, 토지 소유자 동의 요건을 갖추지 못하였다는 이유로 2007.1.22. 반려되었다.

   4) 청구법인 컨소시엄은 2008년경부터 경쟁관계에 있는 m과 이중계약을 체결한 토지 소유자들을 상대로 토지거래허가 동의절차 이행 등을 구하는 소송을 제기(총 42건, 아래 <표11> 참조)하였고, 토지 소유자들의 상고 포기 및 2013년 9월경 대법원 판결로 청구법인 컨소시엄이 전부 승소하였다.

<표11> 청구법인 컨소시엄이 토지 소유자를 상대로 제기한 소송 내역

   5) 청구법인은 2017.1.10. 법제처에 토지거래허가 동의의 의사표시를 명하는 법원의 확정판결이 도시개발사업을 수행하기 위한 토지 소유자의 동의서에 갈음할 수 있는지에 대한 법령해석을 요청하였고, 법제처는 2017.5.1. 동의의 의사표시를 명하는 법원의 확정판결이 「도시개발법」상 토지 소유자의 동의로 의제될 수 있다는 취지로 회신하였다(아래 <그림13> 참조).

<그림13> 2017.5.1.자 법제처 회신(일부 발췌)

   6) m은 2018년 10월경 사업 철수를 결정하고 2019.9. 2. 토지 소유자들에 대한 매매대금 반환청구권을 청구법인에게 양도하였고, m과 이중계약을 체결한 토지 소유자들은 비상대책위원회를 결성하고 청구법인 컨소시엄을 상대로 계약해제 및 계약금 몰취를 구하는 집단소송을 제기하였으며, 청구법인 컨소시엄은 그에 대하여 토지 소유자들을 상대로 토지 소유권이전등기를 구하는 반소를 제기(총 47건, 아래 <표12> 참조)하였고, 2023.3.30. 대법원 판결로 청구법인 컨소시엄이 최종 승소를 하였다.

<표12> 토지 소유자들이 청구법인 컨소시엄을 상대로 제기한 소송 및 청구법인 컨소시엄의 반소 내역

   7) 법원은 토지 소유자들이 청구법인 컨소시엄을 상대로 토지매매계약 해제 및 계약금 몰취를 구하는 소송에 대한 판결에서 토지 매도인들의 협조의무 위반과 그에 따라 발생한 문제를 해결하기 위해 여러 소송을 장기간 진행한 것이 도시개발사업 지연의 주요 원인이 되었다는 취지로 판시(수원고등법원 2022.11.10. 선고 2021나20244 판결, 아래 <그림14> 참조)하였다.

<그림14> OOO 토지 관련 소송 판결문(일부 발췌)

   8) 청구법인은 2022.6.30. 인천광역시 부평구청장에게「도시개발법」에 따른 토지 소유자 동의요건을 충족하였는지 여부를 심사하여 줄 것을 청구하였고, 부평구청장은 2022.7.21. 동의요건이 충족되었다는 취지로 회신하였다(아래 <그림15> 참조).

<그림15> 2022.7.21.자 협의 요청에 대한 회신(일부 발췌)

   9) 청구법인은 2023.9.8. 인천광역시 부평구와의 사전 협의를 거쳐 OOO 토지에 대한 도시개발구역 지정을 제안한 상황이다.

 (3) 쟁점③처분과 관련하여 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  (가) 청구법인은 회장 b, 그 배우자 및 자녀들이 지분 100%를 보유하고 있고, 청구법인의 주식보유 및 등기임원 현황은 아래 <표13>과 같다.

<표13> 청구법인의 주식보유 및 등기임원 현황

(단위 : 주, %)

  (나) 청구법인의 2019년부터 2022년까지 주요 임원들에 대한 인건비 지급 현황은 아래 <표14>와 같다.

<표14> 청구법인의 주요 임원 인건비 지급 현황

(단위: 천원)

  (다) 청구법인의 전체 직원 급여 대비 쟁점인건비 비중은 아래 <표15>과 같다.

<표15> 전체 직원 급여 대비 쟁점인건비 비중

(단위 : 천원, %)

  (라) 청구법인의 정관상 임원의 보수는 주주총회 결의로 정한다고 규정하고 있고, 청구법인은 2021년 3월경 개최된 주주총회에서 이사보수 한도액을 OOO원으로 정하였으나 구체적인 보수액은 정하지 않았다(아래 <그림16>․<그림17> 참조).

<그림16> 청구법인 정관(일부 발췌)

<그림17> 청구법인 2021년 3월 주주총회 의사록 발췌

  (마) 청구법인은 별도의 임원급여지급규정을 달리 제시하지 않은 것으로 나타난다.

  (바) 청구법인의 영업이익 대비 지배주주 b 보수 비율은 아래 <표16>과 같고, 2022년 기준 대표이사 겸 사내이사인 n·o·p의 평균 보수보다 약 20배 많은 금액이며, 전체 직원 급여 OOO원의 3분의 1를 초과하는 금액이다.

<표16> 청구법인의 영업이익 대비 지배주주 b 보수 비율

(단위 : 원, %)

  (사) 사업규모가 유사한 동종업종인 주택신축판매업·부동산개발 법인의 최대 급여수령 내역은 평균 OOO수준인 반면, 지배주주인 b는 15배 많은 금액으로 그 차이가 높다(아래 <그림18> 참조).

<그림18> 동종업계 임원보수 내역

(단위 : 백만원, %)

  (아) 청구법인은 지속적인 영업이익의 증가 및 이익잉여금의 증가에도 2016사업연도 단 한차례의 현금배당(OOO원)을 실시한 것 외에 주주들에 대한 배당을 실시하지 아니하였다.

 (4) 쟁점④처분 관련하여 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  (가) 청구법인은 도시개발사업을 추진하기 위해 토지거래허가구역 내에 있는 OOO 토지를 매수하는 계약을 체결하고, 2006년 12월경부터 2010년 6월경 사이에 매매대금 잔금을 완납하였다.

  (나) OOO 토지에 관하여 2014.2.6. 토지거래허가구역 지정이 해제되었다.

  (다) 처분청이 제시한 심리자료상 청구법인은 OOO 토지에 대한 토지거래허가구역 지정이 해제된 후 관련 취득세 및 재산세 등을 납부하였고, OOO 토지의 소유자들(매도인들)도 관련 양도소득세를 신고·납부한 것으로 나타난다.

  (라) 청구법인이 OOO 토지의 매매잔금을 지급하고, 토지거래허가구역 지정이 해제된 2014.2.6.부터 5년이 경과하도록「주택법」에 따른 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못하였다.

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인과 a 간 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 원금에 충당하겠다는 묵시적 변제충당 합의 등이 있었다고 보기 어렵고,「민법」제479조 제1항에 따라 비용, 이자, 원본 순으로 충당하여야 하므로 이 건 처분은 정당하다는 의견이나,

  채무의 일부를 변제한 경우 이를 비용, 이자, 원본 중에 어느 것에 충당할 것인지를 정한「민법」제476조 내지 제479조는 임의규정으로 변제자와 변제받는 자 사이에 위 규정과 다른 약정이 있다면 약정에 따른 변제충당의 효력이 발생하고 이를 합의충당이라 하는데, 합의충당은 묵시적 합의로도 성립할 수 있는 것이고(대법원 2015.11.26. 선고 2014다71712 판결 등 참조), 한편 당사자 사이에 충당 순서에 관한 다른 약정이 없으면「민법」제479조에 따라 비용, 이자, 원본의 순서로 충당하여야 할 것이나 당사자의 일방적인 지정에 대하여 상대방이 지체없이 이의를 제기하지 아니함으로써 묵시적인 합의가 되었다고 보여지는 경우에는 그 ‘법정충당’의 순서와 달리 충당의 순서를 인정할 수 있으며(대법원 2014.10. 15. 선고 2013다91788 판결),

  부당행위계산의 부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당되는 것으로 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하는 것인바(대법원 2006.5.11. 선고 2004두7993 판결),

  대주단과 a 간 업무위탁계약서 및 토지담보대출 약정 등에 따르면, 위탁계약상 대주단[g(주)]은 a이 취득하는 모든 금전의 수령 및 관리, a의 회계장부 작성 및 회계감사인 선정, 후순위대출금의 상환 및 지급 대행을 담당한다는 등으로 약정되어 있고, 토지담보대출 약정상 a이 대주단의 동의를 받지 않고 이 건 후순위대출을 상환하는 경우 기한의 이익을 상실하여 즉시 대주단에게 채무 전액을 상환하여야 한다는 등으로 기재되어 있으며, 대주단은 토지담보대출을 실행할 때마다 자금의 구체적인 용처와 금액을 기재한 이른바 ‘자금판’을 작성하여 a에게 송부한 점 등을 감안할 때, 대주단은 a의 모든 금전의 수령 및 관리·운용·처분, 대출금 상환에 관한 업무 등을 직접 통제하였다고 볼 수 있는 점,

  a은 대주단이 실행한 선순위대출금 잔액 중 쟁점지급금을 청구법인에 지급함에 따라 청구법인과 a은 각각의 계정별 원장 및 감사보고서상에 이자비용이 아닌 후순위대출 원금 일부를 회수(상환)한 것으로 계상(공시)한 점을 감안할 때, 청구법인과 a 간 묵시적 합의 뿐만 아니라 대주단의 동의 하에 쟁점지급금을 이 건 후순위대출 원금으로 회수(상환)한 것으로 보이는 점,

  청구법인과 a 간 체결한 이 건 후순위대출 약정(1〜8차)상 이자율은 연 5%(6차 후순위대출만 연 4.6%)로 하여 만기에 전액 상환하는 조건 등으로 기재되어 있고, 대출의 변제기일이 OOO에 대한 개발사업이 완료될 때까지 최종 유예되었음에 대하여 청구법인과 처분청 간 이견이 없는 점,

  OOO 개발사업의 실질상 주체는 청구법인이나, 대주단의 요청에 따라 완전자회사인 a을 설립한 후, 대주단이 OOO를 담보로 하여 a에게 사업자금을 대출하고 이를 관리하고 있는바, 사업추진 중 핵심 자산인 OOO를 매각 등 처분할 수 없고, 해당 부지의 가격이 상승하였다는 사실 자체로 이 건 후순위대출 원금의 상환이 보장된다고 단정할 수는 없는 점,

  청구법인의 2021사업연도 영업이익률은 37%로 나타나나, 그 매출액과 영업이익은 2019사업연도에 비해 절반 이하로 감소하였고, 당기순이익은 3분의 1 이하로 감소하였는바, 이는 코로나19 팬데믹 등으로 인하여 청구법인의 자금사정 등 경제적 상황이 녹록하지 아니하였음을 뒷받침한다고 할 수 있는 점,

  채무 일부만을 변제하더라도 채무 전부에 대한 소멸시효 중단의 효력이 발생하는바(대법원 2014.5.16. 선고 2012다20604 판결 등), a이 이 건 후순위대출의 일부를 상환하더라도 후순위대출 전체에 대한 소멸시효가 중단되므로 청구법인이 이 건 후순위대출에 대한 이자를 회수하는데 있어 소멸시효 완성을 이유 등으로 이자소득의 귀속이 사실상 무력화된다거나 대손처리할 여지는 없어 보이는 점,

  사업주체인 청구법인이 대주단보다 후순위로 추가자금을 대여하는 것은 부동산 개발사업의 통상적인 거래관행이고, a은 개발사업 완료 시까지 자체적으로 이익을 창출할 수 없는 구조인바, 이 건 후순위대출은 OOO에 대한 개발사업이 완료될 때에 일시 상환할 수밖에 없고, 이는 건전한 사회통념 등에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래이거나 부당한 이익분여의 행위라고 하기에는 무리가 있어 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 a으로부터 지급받은 쟁점지급금을 이 건 후순위대출의 이자를 상환(회수)한 것으로 보아 청구법인에게 2021〜2022사업연도 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지들이 행정작용 또는 권리관계에 관한 소송 등 부득이한 외부적 사정 등으로 인하여 현실적인 사용이 불가능한 상태 등에 있었으므로 취득 후 5년이 경과하였다는 이유로 이를 업무무관부동산으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나,

  첫째, OOO 토지에 대하여 심리자료 등을 보면, 청구법인이 2002.7.16.부터 2005.8.17.까지 OOO 토지를 취득하기 전인 2002. 5.17. h가 경기도 용인특례시에 민간투자 사업제안에 대한 사업계획서를 제출(2005.1.14. 부대사업에 관한 실시협약 체결)한 점, 경기도 용인특례시의 2005.11.8.자 실시계획승인 시 h에게 OOO 토지에 대한 강제수용 등의 권한이 언급되지 아니한 점을 감안할 때, 청구법인이 소유한 OOO 토지를 사용 또는 처분하는 데에 직접적인 제한 등이 있었다고 보기 어려운 점, h가 경기도 용인특례시의 실시계획승인 후 2006.2.3. 청구법인에게 OOO 토지의 매입을 제안하였으나 청구법인이 이를 거부하는 등 청구법인이 OOO 토지를 사용 또는 개발하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  둘째, OOO 토지에 대하여 군사기지법상 관계 행정청이 군사시설보호구역 안에서 가옥 기타 축조물의 신축 또는 증축, 도로 설치, 토석, 토사 채취, 입목의 벌채, 토지의 개간 또는 지형의 변경 등을 허가하고자 할 때에는 미리 관할 부대장과 협의를 하여야 하고, 국방부장관 또는 관할 부대장 등은 관계 행정기관의 장이 협의를 거치지 아니하거나 협의조건을 이행하지 아니하고 허가 등을 한 경우에는 당해 행정기관의 장에게 그 허가 등의 취소, 행위의 중지, 시설물의 철거 등 원상회복에 필요한 조치를 할 것을 요청할 수 있고, 그 요청을 받은 행정기관의 장은 특별한 사유가 없는 한 이에 응하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 OOO 토지를 취득하기 60여년 전부터 OOO 토지는 군사기지법 제2조 제6호 나목의 제한보호구역 내에 속해 있었던 점, OOO 토지는 군 당국의 동의가 없는 한 건축 또는 사용이 금지되는 점, 청구법인이 2006년경 OOO 토지를 취득한 후 15년 이상 위 사유로 법인의 업무에 사용하지 못하다가 2019년 및 2022년 김포도시계획의 변경(인구계획의 변경)에 따라 행위제한을 받았다는 이유만으로 이를 현실적으로 부동산의 사용이 금지 또는 제한되는 부득이한 사정이 있었다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  셋째, OOO 토지에 대하여 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라 하더라도, 행정청이 그 행정작용의 일환으로 도시계획의 수립 등을 이유로 건축허가 등 그 목적에 반하는 토지이용에 관한 인·허가를 해주지 아니하고 있어 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한되는 경우도 포함되고(대법원 2004.3.26. 선고 2001두10709 판결 등 참조), 부동산을 법인의 업무에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있는지 여부는 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득 목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2002.5.10. 선고 2000두4989 판결), 청구법인은 2005년 12월경부터 OOO 토지를 취득하기 시작하였고, 이후 인천광역시장은 2006년 5월경 OOO 토지를 시가화예정용지로 지정하였으며, 2008년 11월경 민간개발 방식으로 전환되어 청구법인 컨소시엄과 후발업체인 m 간 경쟁이 본격화되기 시작한 것으로 나타나는 점, 민간개발 방식으로 도시개발사업을 추진하는 경우 사업자 사이에 토지소유자의 동의를 확보하기 위한 경쟁이 발생하는 것은 통상적이나, 후발업체인 m이 청구법인 컨소시엄과 이미 토지매매계약을 체결하고 도시개발사업에 동의하기로 한 토지소유자들과 이중계약을 체결하고 청구법인에 대한 동의의 철회를 유도하는 등 통상적인 수준을 벗어난 경쟁으로 청구법인이 OOO 토지를 취득할 당시 이를 예상할 수 있었다고 보기는 어려운 점, OOO 토지가 2014.2.6. 토지거래허가구역 지정에서 해제되긴 하였으나 청구법인은 후발업체인 m과 이중계약을 체결한 토지 소유자들을 상대로 2008년경부터 2023년경까지 약 80여건의 소송을 진행하였던 점을 감안할 때, 청구법인이 OOO 토지를 취득한 후 법인 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였음이 상당하다고 보이는 점, 법원은 청구법인이 도시개발구역지정 제안을 하지 않은 이유가 토지 소유자들의 협조의무 위반에 따른 것으로 보이고, 이러한 협조의무 위반에 따라 발생한 문제를 해결하기 위해 여러 소송을 장기간 진행한 것이 도시개발사업 지연의 주요 원인이 되었다고 판시(수원고등법원 2022.11.10. 선고 2021나20244 판결)한 점 등에 비추어, 처분청이 OOO 토지를 업무무관부동산으로 보아 관련 지급이자를 손금불산입한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 b에게 지급한 쟁점인건비가 적정하므로 이를 과다지급한 것으로 보아 손금불산입한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나,

  b는 청구법인의 총 주식의 81.33%를 보유하고 있는 지배주주로서 자신의 인건비를 별다른 제약 없이 자유롭게 정할 수 있는 상황에 있었던 점, b의 쟁점인건비에 대한 연봉계약서 작성이 없었고, 임원급여지급규정을 달리 제시하지 못하며, 2021년 3월경 개최된 주주총회의 의사록이 제시되었으나, 그 시기나 내용 등이 구체적이지 않고 불분명해 보이는 점, 2020～2022사업연도 쟁점인건비를 차감하기 전 청구법인의 영업이익 대비 쟁점인건비가 차지하는 비율은 각각 0.86%, 2.6%, 15.7%로, 약 3배에서 8배까지 지나치게 증가한 점, 쟁점인건비가 동종업종 법인의 최대 급여액 대비 약 15배가 높은 점, 2019〜2022사업연도 전체 임직원의 인건비 인상은 거의 없었음에도 b의 쟁점인건비만 전년 대비 190%, 208% 및 148% 인상된 점, 2022사업연도 b의 인건비는 사내이사인 n·o·p의 평균 보수보다 약 20배 많고, 전체 직원 급여 합계 OOO원의 약 3분의 1을 초과하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

  (4) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO 토지는 청구법인이 토지 소유자 등과의 소송 등 ‘정당한 사유’로 인하여 사업계획승인을 받지 못하였고, 농지전용허가를 받지 못하여 배타적인 사용·수익·처분권을 갖고 있지 아니하는 등 사실상 OOO 토지를 취득하지 아니하였으므로 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나,

  심리자료상 청구법인은 2006년 12월경부터 2010년 6월경 사이에 OOO 토지의 매매대금을 모두 완납한 점, 청구법인은 2014.2.6. OOO 토지에 대한 토지거래허가구역 지정이 해제된 후 취득세 신고·납부를 하고, 매년 재산세를 납부한 점, OOO의 토지 소유자들 역시 위 잔금청산일을 양도일로 하여 양도소득세를 각각 신고·납부한 점 등을 감안할 때,「농지법」등 자격요건 미비에 따른 소유권이전등기와 관계 없이 청구법인이 2019년∼2021년 종합부동산세 과세기준일 (6.1.) 현재 OOO 토지를 사실상 취득․소유하고 있는 것으로 봄이 타당한 점(조심 2022중2855, 2023.5.4., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

 (1) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 인건비

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

  가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

  나. 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

제73조(내국법인의 이자소득 등에 대한 원천징수) ① 내국법인(대통령령으로 정하는 금융회사 등의 대통령령으로 정하는 소득은 제외한다)에 다음 각 호의 금액을 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)는 그 지급하는 금액에 100분의 14의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세(1천원 이상인 경우만 해당한다)를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. 다만,「소득세법」제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익에 대해서는 100분의 25의 세율을 적용하되,「온라인투자연계금융업 및 이용자 보호에 관한 법률」에 따라 금융위원회에 등록한 온라인투자연계금융업자를 통하여 지급받는 이자소득에 대해서는 100분의 14의 세율을 적용한다.

 1.「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득의 금액(금융보험업 을 하는 법인의 수입금액을 포함한다)

 2.「소득세법」제17조 제1항 제5호에 따른 집합투자기구로부터의 이익 중「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자신탁의 이익(이하 “투자신탁의 이익”이라 한다)의 금액

 (2) 법인세법 시행령

제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

 9. 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 “가지급금등”이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

  가. 제2조 제5항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)

  나. 제2조 제5항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 “채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권

제43조(상여금 등의 손금불산입) ① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다.

 1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

  가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

 3. 상품 등 외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

제70조(이자소득 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 구분에 따른다.

 1. 법인이 수입하는 이자 및 할인액 :「소득세법 시행령」제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날(한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인의 경우에는 실제로 수입된 날로 하되, 선수입이자 및 할인액은 제외한다)이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정할 때 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액(법 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수되는 이자 및 할인액은 제외한다)을 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다.

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 (3) 법인세법 시행규칙

제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “기획재정부령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.

 1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제1호의 규정에 의한 공장용 부지로서「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」또는 「중소기업 창업지원법」에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서 “기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다.

 2. 해당 부동산의 취득 후 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 부동산(다목 및 라목의 경우 제1항 제2호의 매매용부동산을 제외한다)

  가. 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)

 30. 당해 부동산의 취득 후 제2호부터 제29호까지의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산

⑧ 제1항의 규정에 의한 부동산의 유예기간을 적용함에 있어서 제5항제2호 각목의 사유가 발생한 경우 그 기간계산은 다음 각호에 의한다.

 1. 제5항 제2호 가목 또는 나목의 규정에 해당하는 경우에는 각각 해당 법령에 의한 사용의 금지ㆍ제한이 해제된 날 또는「문화재보호법」에 의한 보호구역지정이 해제된 날부터 기산할 것

 (4) 조세특례제한법

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

 1.「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

 (5) 민법

제476조(지정변제충당) ① 채무자가 동일한 채권자에 대하여 같은 종류를 목적으로 한 수개의 채무를 부담한 경우에 변제의 제공이 그 채무전부를 소멸하게 하지 못하는 때에는 변제자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 그 변제에 충당할 수 있다.

② 변제자가 전항의 지정을 하지 아니할 때에는 변제받는 자는 그 당시 어느 채무를 지정하여 변제에 충당할 수 있다. 그러나 변제자가 그 충당에 대하여 즉시 이의를 한 때에는 그러하지 아니하다.

③ 전2항의 변제충당은 상대방에 대한 의사표시로써 한다.

제477조(법정변제충당) 당사자가 변제에 충당할 채무를 지정하지 아니한 때에는 다음 각호의 규정에 의한다.

 1. 채무 중에 이행기가 도래한 것과 도래하지 아니한 것이 있으면 이행기가 도래한 채무의 변제에 충당한다.

 2. 채무 전부의 이행기가 도래하였거나 도래하지 아니한 때에는 채무자에게 변제이익이 많은 채무의 변제에 충당한다.

 3. 채무자에게 변제이익이 같으면 이행기가 먼저 도래한 채무나 먼저 도래할 채무의 변제에 충당한다.

 4. 전2호의 사항이 같은 때에는 그 채무액에 비례하여 각 채무의 변제에 충당한다.

제479조(비용, 이자, 원본에 대한 변제충당의 순서) ① 채무자가 1개 또는 수개의 채무의 비용 및 이자를 지급할 경우에 변제자가 그 전부를 소멸하게 하지 못한 급여를 한 때에는 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당하여야 한다.

② 전항의 경우에 제477조의 규정을 준용한다.

 (6) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

 7.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

 8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

 (7) 주택법

제19조(다른 법률에 따른 인가ㆍ허가 등의 의제 등) ① 사업계획승인권자가 제15조에 따라 사업계획을 승인 또는 변경 승인할 때 다음 각 호의 허가·인가·결정·승인 또는 신고 등(이하 "인·허가등"이라 한다)에 관하여 제3항에 따른 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인·허가등을 받은 것으로 보며, 사업계획의 승인고시가 있은 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 고시가 있은 것으로 본다.

 7.「농지법」제34조에 따른 농지전용(農地轉用)의 허가 또는 협의

 (8) 농지법(2016.5.29. 법률 제14209호로 개정되기 전의 것)

제6조(농지 소유 제한) ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.

 1. 제34조 제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가·허가·승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

제8조(농지취득자격증명의 발급) ① 농지를 취득하려는 자는 농지 소재지를 관할하는 시장(구를 두지 아니한 시의 시장을 말하며, 도농 복합 형태의 시는 농지 소재지가 동지역인 경우만을 말한다), 구청장(도농 복합 형태의 시의 구에서는 농지 소재지가 동지역인 경우만을 말한다), 읍장 또는 면장(이하 "시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면의 장"이라 한다)에게서 농지취득자격증명을 발급받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 농지취득자격증명을 발급받지 아니하고 농지를 취득할 수 있다.

 1. 제6조 제2항 제1호ㆍ제4호ㆍ제6호ㆍ제8호 또는 제10호(같은 호 바목은 제외한다)에 따라 농지를 취득하는 경우

 (9) 종합부동산세법

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

 1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

 2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

 (10) 조세특례제한법

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

 1.「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

 (11) 군사기지 및 군사시설보호법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

 6. “군사기지 및 군사시설 보호구역”이란 군사기지 및 군사시설을 보호하고 군사작전을 원활히 수행하기 위하여 국방부장관이 제4조 및 제5조에 따라 지정하는 구역으로서 다음 각 목의 것을 말한다.

  나. 제한보호구역 : 보호구역 중 군사작전의 원활한 수행을 위하여 필요한 지역과 군사기지 및 군사시설의 보호 또는 지역주민의 안전이 요구되는 구역

제13조(행정기관의 처분에 관한 협의 등) ① 관계 행정기관의 장은 보호구역 안에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항에 관한 허가나 그 밖의 처분(이하 “허가 등”이라 한다)을 하려는 때에는 대통령령으로 정하는 협의절차와 국방부장관이 정하는 작전성 검토 등 협의기준에 따라 국방부장관 또는 관할부대장 등과 협의하여야 한다. 국가기관 또는 지방자치단체가 다음 각 호에 해당하는 행위를 하려는 경우에도 이와 같다. 다만 보호구역의 보호, 관리 및 군사작전에 지장이 없는 범위 안에서 대통령령으로 정하는 사항은 그러하지 아니하다.

 1. 건축물의 신축, 증축 또는 공작물의 설치와 건축물의 용도변경