[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.2.17. 개업하여 물류창고 개발업을 주업종으로 영위하는 법인으로, 경기도 이천시 OOO소재 토지 23,132㎡ 외 3필지(분할 전 토지, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 이를 용도에 맞게 토지형질변경 및 분할 등을 거친 후 개발행위허가를 받지 못하거나, 맹지 등 지목, 입지 조건이 좋지 못한 필지를 제외하고 양도(아래 <표1> 참조)하였다.

<표1> 쟁점토지의 취득 및 양도 내역

(단위 : 원)

나. 처분청은 2024.6.28.부터 2024.8.14.까지 청구법인의 2020∼2022사업연도 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 창고부지 개발 목적으로 취득한 토지 중 일부를 양도하지 않고 계속 보유 중임에도 취득한 토지 전부를 양도한 것으로 매출원가에 포함하여 법인세를 과소신고한 것으로 보아, 보유 중인 재고자산(토지)의 취득가액을 면적(쟁점토지의 총 취득가액 × 미양도 면적/총 면적)을 기준으로 안분계산하여 합계 OOO원을 손금불산입하고 유보로 소득처분하여 2020∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원, 2021년 제1기∼2022년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 2024.10.15. 청구법인에게 경정·고지(<별지1> 참조)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인이 취득한 토지는 ‘토지형질변경을 거쳐 개발행위허가를 받아 가치가 상승한 토지’와 ‘개발행위허가를 못 받아 가치가 없어진 맹지 등 양도 후 남은 잔여 토지’로 구분되어 있어, 가치와 용도가 상이한 토지이므로 단순히 토지의 총 취득가액을 면적비율로 안분하여 매출원가와 재고자산가액을 산정하는 것은 불합리하다.

  각 수익항목과 이에 관련되는 비용항목은 상응하도록 반영하여야 한다. 청구법인이 영위하는 물류창고 개발업의 경우 매입한 임야 등의 토지에 대하여 개발행위허가를 지방자치단체장에게 신청하였지만, 일부 토지는 개발허가를 받고 형질 변경되어 건축이 가능한 토지가 되었으나, 일부 토지는 개발허가를 받지 못하여 사용 용도가 거의 없는 잔여 토지, 접근이 힘든 맹지 등으로 남았다.

  임야이면서 사용 용도가 거의 없는 잔여 토지, 접근이 힘든 맹지 등은 개발행위허가가 불가능함은 물론 추후 매매도 쉽지 않을 것으로 예상되어 가치가 없다고 보아야 한다.

  그리고 토지의 양도에 대응하는 매출원가는 대부분 ‘형질변경 되고 개발 인허가를 취득한 토지’에 대응되는 것이지, 사용용도가 거의 없는 잔여 토지, 접근이 힘든 맹지, 허가받지 못한 토지에 대응되지 않는다.

 (2) 처분청은 청구법인 소유인 재고자산(토지)의 가액을 당초 취득 시의 단위당 단가에 재고토지의 면적을 곱하여 계산하였다. 청구법인의 당초 취득가액에서 처분청이 계산한 양도 후 재고토지의 가액을 차감하면, 토지의 매출액에 대응하는 매출원가가 될 것이다.

  처분청이 제시한 국세청의 유권해석(법인 46012-260, 2003.4.25.)은 ‘동일한 용도로 사용하던 같은 지번의 토지를 분할하여 양도하는 경우’에만 단순 면적으로 안분하는 것으로 일관되게 해석하고 있고, 이는 같은 용도, 같은 지번의 토지를 분할하여 양도하는 경우에만 해당되는 것이므로, 청구법인의 경우와 같이 그 가치와 용도가 분명하게 구분되는 경우에는 단순히 면적비율로 안분하여 이를 매출원가와 재고자산으로 산정하는 것은 적절하지 않다.

  다른 국세청의 유권해석(서면인터넷방문상담2팀-1618, 2005.10.10.)에서는 자산별 취득가액이 불분명한 경우에는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 각 호의 규정을 순차적으로 적용하여 계산한 시가를 기준으로 취득가액을 안분계산하도록 하고 있고, 같은 영 제89조 제2항 제1호는 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 본다고 규정하고 있다.

  ‘개발행위를 허가받고 형질변경된 토지’와 ‘양도 후 남은 잔여 토지, 허가받지 못한 토지’의 단위당 매입가액은 동일하나, 양도 시점의 단위당 시가(감정가액)는 토지의 개발허가 여부, 용도, 특성, 가치 등을 감안하여 개발행위 전후에 따라 크게 차이가 나타난다.

  따라서 실제의 시가(감정가액)를 기준으로 안분한 매출원가와 재고자산 산정방법이 합리적이고 법 규정에 맞는 안분방법이다.

 (3) 처분청의 답변에 대한 항변은 다음과 같다.

  (가) 처분청은 각 매매계약서상 취득가액과 면적을 기준으로 취득시점에 원가배분이 가능하므로 시가 안분계산 방식을 고려할 이유가 없다는 의견이나, 처분청의 의견처럼 매입한 토지의 총 취득가액(부대비용 포함)을 지자체의 개발행위 허가를 받고 양도한 토지와 양도 후 남은 잔여토지 등의 면적기준으로 안분한다면, 재고자산은 과대계상되고 매출원가는 과소계상되는결과를 초래한다. 필지별 용도와 가치가 다름에도 면적기준에 따른 취득가액의 안분은필연적으로 순자산과 손익에 왜곡을 가져오므로 받아들일 수 없다.

  필지별로 용도가 다르고 가치도 다르므로 가액기준의 안분은, 조세법의 적용원칙인 ‘근거과세의 원칙’ 및 ‘기업회계의 존중’에도 잘 부합하는 기준이다. 개발행위 허가를 득하고 양도된 토지의 가액은 높을 것이고, 잔여토지의 가액은 낮을 것이므로, 가액기준으로 안분계산한다면 자연히 매출원가와 재고자산은 적절히 산정된다.

  (나) 처분청은 토지의 취득 이전에 취득할 토지의 개발행위허가가 이루어졌고, 허가를 받은 토지와 허가를 받지 못한 토지가 명확히 구분된 상태에서 취득을 했다면, 개발행위허가 이후의 토지의 실질가치의 반영이 가능하다는 의견이나, 토지 취득 이전에 취득할 토지의 개발행위허가는 불가능하다.

  개발행위는 토지 취득 후 측량, 토목을 거쳐 토지 정형화를 하고, 설계, 토목, 필지분할, 재측량, 부담금납부, 오염방지, 경관 등 수많은 비용들을 투입하면서 개발행위 절차를 취한 후 인허가비를 납부하고 정형화된 토지에 대해 개발행위허가를 신청하여 허가를 받는 것이다. 처분청의 의견은 개발행위허가 절차 및 허가 절차 전후를 오해한 것이다.

  (다) 처분청은 사후 감정평가액은 불확실한 가치이므로 감정가액을 기준으로 취득가액을 안분하는 것은 불합리하다는 의견이나,조세심판원은 선결정례(조심 2021전2093, 2021.8.18., 조심 2009서3164, 2009.12.14., 조심 2023서686, 2023.6.26., 국심 2007중792, 2007.9.18.)에서 “감정평가업자가 감정평가에서 준수하여야 할 원칙과 기준을 정하여 평가하였다면, 이로 인한 평가금액이 잘못된 것은 아니며, 소급감정에 의한 감정가액도 시가로 볼 수 있고, 소급감정에 의한 감정가액도 취득가액으로 볼 수 있다”고 판단하였다.

  또한, 처분청은 미판매된 토지는 개별법으로 산정하여야 한다고 하나, 청구법인은 자산과 부채의 장부가액을 평가하여 증액 또는 감액하자는 것이 아니고, 당초 매입한 토지의 총 취득가액(부대비용 포함)을 가장 적절한 방법으로 배분하여, 판매된 토지의 배부액은 매출원가로, 미판매된 토지의 배부액은 재고자산으로 구분하여, 매출액에 잘 대응하는 매출원가를 산정하는데 목적이 있다.

나. 처분청 의견

 (1) 수익·비용 대응 원칙은 특정 회계연도의 수익과 그에 대응하는 비용을 일치시키는 회계학의 기본 원칙 중 하나로 기업의 경영성과를 정확히 반영하고 재무제표 이용자에게 유용한 정보를 제공하기 위한 필수적인 기준이다.

  그러나 세법은 회계학과 동일한 목적을 가지지 않으며, 과세형평, 법적 안정성 등의 목적을 더욱 중요시하기 때문에 회계상의 수익·비용 대응 원칙이 세법에 항상 우선 적용되는 것은 아니다. 그리고 세법에서는 법령에 따라 명확한 기준과 시점으로 과세하는 경우가 많으며, 이 또한 회계상의 원칙과 다를 수 있다.

  청구법인은 수익·비용 대응 원칙을 근거로 제시하며, 단순 면적 비율을 기준으로 취득가액을 매출원가와 재고자산에 안분할 경우 자산의 왜곡이 발생하므로 개발행위 허가 이후의 가치를 기준으로 즉, ‘개발행위 허가를 받은 토지’와 ‘개발행위 허가를 받지 못한 토지’에 대해 개발행위 허가 이후 실시한 감정평가기관의 감정가액을 기준으로 매출원가와 재고자산에 안분계산하여야 한다고 주장하나,

개발행위 허가 이후의 가치는 취득 시점에 확정되지 않은 불확실한가치로 특별한 사유가 없는 한 세법상 취득가액 안분계산 기준으로 삼기에 적합하지 않으며, 「법인세법」에서도 취득시점의 객관적인 취득가액을 기준으로 안분계산하도록 규정하고 있으므로 매매계약서를통해 각 토지의 취득가액이 명확하게 확인되는 이상 감정가액을 기준으로 안분계산하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

  (2) 청구법인이 제시한 국세청의 유권해석(서면인터넷방문상담 2팀-1618, 2005.10.10.)은 법인이 토지, 건물, 기계장치 등 여러 자산을 일괄 매입한 경우 즉, 매매계약서에 여러 자산의 자산별 취득가액의 구분이 불분명한 경우 「법인세법 시행령」 제89조 제2항의 규정을 적용하여 시가를 기준으로 취득가액을 안분계산하여야 한다는 내용으로 이 건과 동일한 사례로 볼 수 없다.

  청구법인은 창고부지로 개발하여 양도하기 위해 토지만을 매입하였고, 각 매매계약서를 통해 토지의 취득가액이 명확히 확인되므로 계약서에 기재된 취득가액과 면적을 기준으로 취득 시점에서 충분히 원가 배분이 가능하며, 시가 안분계산 방식을 추가적으로 고려할 필요가 없다.

  청구법인은 취득 당시 가액을 면적 기준이 아닌 개발행위 허가 이후 사후 감정평가를 통해 산출된 금액을 기준으로 매출원가와 재고자산에 안분하여야 한다고 주장하나, 취득 시점에는 얼마만큼의 토지가 개발행위 허가를 받을 수 있을지 알 수 없는 상태였으며, 청구법인은 취득한 토지의 전체 면적에 대해 개발행위 허가를 신청하였다. 즉, 청구법인은 취득 당시 명확하게 알 수 없었던 개발행위 허가 이후의 상황을 반영한 감정가액을 기준으로 취득가액을 안분계산하여야 한다고 주장하고 있는 것으로 이는 세법상 취득가액 규정에 위배되어 받아들이기 어렵다.

  만약 토지의 취득시기 이전에 취득할 토지의 개발행위 허가가 이루어졌고, 허가를 받은 토지와 허가를 받지 못한 토지가 명확하게 구분된 상태에서 전체 토지를 취득하였다면 매출원가와 재고자산의 가액이 개발행위 허가 이후 토지의 실질가치를 반영하여 결정되었을 가능성이 있으나, 이 건의 경우는 토지를 취득한 후 개발행위 허가를 신청하였으므로 개발행위 허가 여부와는 무관하게 취득 당시 가액과 면적을 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구법인이 보유 중인 재고자산(토지)의 취득가액을 필지별 감정가액을 기준으로 재계산하여 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점토지의 취득 및 양도 내역과 처분청이 경정한 재고자산 내역은 다음과 같다.

(가) 쟁점토지의 취득 및 양도 관련 상세 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점토지의 취득 및 양도 내역

(단위 : 원)

  (나) 처분청은 청구법인이 보유 중인 재고자산(토지)의 취득가액을 면적(쟁점토지의 총 취득가액 × 미양도 면적/총 면적)을 기준으로 안분계산하였고, 그 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 처분청의 재고자산(토지) 취득가액 안분 내역

(단위 : ㎡, 원)

 (2) 청구법인이 제출한 재고자산(토지)의 취득가액 안분 내역 및 쟁점토지의 분할 내역은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 토지의 총 취득원가를 매출원가와 재고자산으로 안분시 필지별 가치와 용도가 상이하고 개별공시지가가 없는 경우도 있으므로 취득가액은 감정가액(OOO감정평가기준시점 : 2021.5.27., 작성일 : 2024.8.9., OOO감정평가기준시점 : 2022.1.28., 작성일 : 2024.8.10.)을 기준으로 안분계산하여야 한다고 주장하며 안분 내역을 아래 <표4>와 같이 제출하였다.

<표4> 청구법인의 재고자산(토지) 취득가액 안분 내역

(단위 : ㎡, 원)

  (나) 쟁점토지의 분할 내역 및 개별공시지가는 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점토지의 분할 내역 및 개별공시지가

(단위: ㎡/원)

 (3) 쟁점토지의 매매계약서(일부 발췌)와 감정평가서상 확인되는 개발행위허가 내역은 다음과 같다.

<매매계약서(OOO)>

<감정평가서상 개발행위 허가 내역>

(단위 : ㎡)

 (4) 처분청의 2021년 제1기 ∼ 2022년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 관련 경정 내역은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 부가가치세 경정 내역

(단위 : 원)

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조에 따르면, 자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용을 더한 금액이고, 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 시가에 비례하여 안분계산하는 것으로 규정하고 있으며, 시가가 불분명한 경우에는 감정가액, 개별공시지가 등으로 안분계산하도록 규정하고 있는바,

  청구법인은 쟁점토지의 취득가액을 면적을 기준으로 안분 계산할 경우 재고자산인 토지는 취득원가가 과대계상되고 매출원가는 과소계상되는 결과를 초래한다고 주장하나, 청구법인은 분할 전인 쟁점토지를 매수하면서, 매매계약서상에 분할 전 토지와 분할 후 토지의 매매가액을 구분하여 기재한 사실이나 별도의 가액으로 평가한 특약사항이 없고, 쟁점토지 취득 당시에는 분할 전 토지와 분할 후 토지의 이용상황과 공시지가가 같은 것으로 나타나므로 취득 당시 가치와 용도가 동일하였다고 볼 수 있는 점,

청구법인이 제시한 감정가액은 양도일(2021.5.27. 등) 이후에 감정된가액(작성일 : 2024.8.9. 등)으로 취득 당시가 아닌 양도 당시(기준 시점 : 양도일)의 가액에 해당하여 취득 시의 안분 기준인 시가에 해당하지 않고, 같은 지번의 토지를 매수한 이후 분할하여 양도하는 경우 양도된 토지의 취득가액은 총 취득면적에서 양도된 토지의 면적이 차지하는 비율로 안분하는 것이 타당해 보이는 점등에 비추어, 처분청이 청구법인이 보유 중인 재고자산(토지) 취득가액을 면적(쟁점토지의 총 취득가액 × 미양도 면적/총 면적)을 기준으로 안분계산하여 이 건 법인세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 처분청의 경정·고지 내역

(단위 : 원)

<별지2> 관련 법령

 (1) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부개정된 것)

 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제42조(자산·부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

② 제1항 제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

 (2) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부개정된 것)

 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

 제74조(재고자산의 평가) ① 제73조 제1호의 규정에 의한 재고자산의 평가는 다음 각호의 1에 해당하는 방법(제1호의 경우에는 동호 각목의 1에 해당하는 방법을 말한다)중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

1. 원가법：다음 각목의 1에 해당하는 방법에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법

  가. 재고자산을 개별적으로 각각 그 취득한 가액에 따라 산출한 것을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "개별법"이라 한다)

 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액.

 (3) 상속세 및 증여세법(2019.12.31. 법률 제16846호로 일부개정된 것)

 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

  「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

 (4) 상속세 및 증여세법 시행령(2020.2.11. 법률 제30391호로 일부개정된 것)

 제50조(부동산의 평가) ① 법 제61조 제1항 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개별공시지가가 없는 해당 토지와 지목·이용상황 등 지가형성 요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산 가격공시에 관한 법률」 제3조 제7항에 따른 비교표에 따라 납세지관할세무서장(납세지관할세무서장과 해당 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 해당 토지의 소재지를 관할하는 세무서장으로 한다)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」 제4조 제1항 단서에 따라 시장·군수가 산정한 가액 또는 둘 이상의 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액의 평균액을 평가가액으로 할 수 있다.

1. 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 의한 신규등록토지

2. 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)