주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 피고가 2022. 5. 9. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 2xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송 총 비용은 피고가 부담한다

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2002. 3. 8. 서울 ○○구 △△동 766-32 토지 267.8㎡ 및 그 지상 건물 498.88㎡(이하 위 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 한다)를 취득하고, 2016. 12. 16. 이를 1*억 2천만 원에 양도한 후, 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하여 양도소득세 1x,xx,xxx원을 예정신고․납부하였다.

 나. aa지방국세청장은 bbb세무서에 대한 종합감사를 실시하여, 2021. 7. 9. 이 사건 건물이 공부상으로는 3층 규모의 다가구주택에 해당하나, 서울특별시 3D(S-MAP) 사진을 검토한 결과, 이 사건 건물에 전입세대 이력이 있는 옥상 부분(이하 ‘이 사건 옥상 부분’이라 한다)이 존재하고 그 면적이 28.8㎡로 나타나는 점, 이 사건 옥상 부분에서 전기 및 도시가스를 사용한 내역이 존재하는 점, 이 사건 옥상 부분을 포함할 경우 이 사건 건물은 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 적용대상인 3층 이하의 다가구주택에 해당하지 않는 점 등을 들어, 당초 양도소득세 신고의 적정 여부를 재검토할 것을 권고하였고, 이에 따라 bbb세무서장은 원고의 주소지 관할 세무서장인 피고에게 해당 내용의 과세자료를 통보하였다.

 다. 피고는 이 사건 옥상 부분을 임차하였던 임차인이 2016. 4. 9. 전출 신고를 마친 이후에도 이 사건 옥상 부분에서 도시가스를 사용한 점을 확인하였고, 이에 이 사건 건물이 총 4층에 해당한다고 보아, 다가구주택에 적용하는 구 소득세법 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정하기 전의 것) 제155조 제15항 단서의 적용을 배제하고, 이 사건 건물 전체 면적 중 3층 부분에 대해서만 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하면서, 나머지 면적에 대하여는 일반세율을 적용하여 2022. 5. 9. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 2xx,xxx,xxx원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 라. 피고는 이 사건 처분 직전인 2022. 5. 2. 원고에게 이 사건 처분과 같은 취지의 과세예고통지를 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1부터 7, 9, 13, 16호증(이상 가지번호 있으면 모두 포함), 을 제6, 7, 8호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장 요지

  1) 절차적 하자

   피고는 이미 이 사건 건물에 관한 과세자료를 충분히 확보하였음에도, 합리적 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 않다가 국세부과제척기간 만료일이 임박한 2022. 5. 2. 과세예고통지를 하여 원고의 절차적 권리인 과세전적부심사 청구권을 박탈하였다. 따라서 이 사건 처분에는 중대한 절차적 하자가 있다.

  2) 실체적 하자

   이 사건 옥상 부분은 당초 물탱크실로 사용하던 공간으로, 원고가 이를 주거용으로 단기 임대한 적이 있기는 하나, 해당 임차인이 퇴거한 뒤로는 주거시설을 철거하여 독립한 주거생활을 할 수 있는 구조가 아니었으므로, 이를 주택으로 볼 수 없고, 따라서 이 사건 건물은 원고가 당초 신고하였던 바와 같이 3층 이하의 다가구주택으로서 그 전부를 1주택으로 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

 다. 절차적 하자 존부에 관한 판단

  1) 관련 법령 규정 및 그에 대한 법리적 해석

   가) 세무서장 또는 지방국세청장은 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다(국세기본법 제81조의15 제1항 제1호). 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있으나(같은 조 제2항 제2호), 세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다(같은 조 제3항 제3호).

   나) 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등 과세 관련 정보를 미리 납세자에게 제공하여, 충분한 시간을 두고 준비한 다음 과세전적부심사 절차에서 의견을 진술할 수 있도록 기회를 줌으로써, 스스로 권익을 보호할 수 있도록 보장하려는 제도로서, 성질상 처분의 사전통지에 해당한다. 또한, 심사․심판청구나 행정소송의 소 제기는 과세처분 이후에야 할 수 있는 것으로서, 시간이나 비용이 많이 들어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있는 반면, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법․부당한 처분을 할 가능성을 줄이고, 납세자도 과세처분에 앞서 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 사전적․예방적 구제제도로서 고유한 기능을 수행한다. 이러한 과세예고통지와 과세전적부심사 제도는 1999. 8. 31. 법률 제5993호로 국세기본법을 개정하면서 납세자의 권익 향상과 세정(稅政)의 선진화를 위하여 도입한 것으로서, 과세예고통지를 받은 자가 청구할 수 있는 과세전적부심사는 위법한 처분은 물론 부당한 처분까지 심사 대상으로 삼고 있어 행정소송보다 그 권리 구제의 폭이 넓다.

   다) 이와 같이 사전구제절차로서 과세예고통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 고유한 기능과 이를 통해 가능한 권리 구제의 범위, 제도 도입의 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 동 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 반드시 하여야 할 과세예고통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결 등 참조).

   라) 비록 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않는 예외사유로 규정하면서, 단지 ‘기간’만 그 배제의 요건으로 삼고 있기는 하나, ① 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차뿐만 아니라 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하므로(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 등 다수 참조), 조세 법령 조항들을 해석할 때도 이에 합치하도록 하여야 하고, 특히 법원이 처분의 절차적 적법성을 심사할 때, 행정청이 그에 권한을 부여하는 개별 법령이나 행정규칙에서 정한 절차를 형식적으로 준수하였는지 살피는 것을 넘어서, 그러한 법정 절차가 헌법의 적법절차 원칙에 비추어 적합한지, 나아가 행정청이 해당 절차를 적법절차원칙에 맞게 운영하였는지까지 두루 검토하여야 하는 점(상고제기기간 도과로 확정된 서울고등법원 2023. 12. 19. 선고 2021누65721 판결 참조), ② 국세기본법상 과세예고통지는 과세전적부심사의 기회를 보장하기 위한 것인 점(앞서 본 대법원 2015두52326 판결 중 “과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가진다.”라고 한 부분 참조), ③ 법은 원칙적으로 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력을 갖는 사회의 보편타당한 규범이므로, 그 표준적 의미를 밝혀 객관적 타당성이 있도록 해석하여야 하고, 가급적 모든 사람이 수긍할 수 있도록 일관성을 유지함으로써 법적 안정성을 손상하지 않도록 하여야 하지만, 다른 한편, 실정법은 보편적이고 전형적인 사안을 전제하기 마련이어서 현실사회에서 일어나는 다양한 사안에 그 법을 적용하려면 구체적 사안에 맞는 가장 타당한 해결책을 도출할 수 있도록 해석하여야 하므로, 법률 조항은 가능한 한 그 문언의 통상적 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하되, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제․개정 연혁, 전체 법질서의 조화 및 체계성, 다른 법령과 맺는 관계 등을 고려하는 체계적․논리적 해석방법을 더하여 타당한 해석을 도모하여야 하는 점(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2010다81254 판결 및 대법원 2022. 10. 27. 선고 2022두44354 판결 등 참조), ④ 특히 납세자의 절차적 권리를 배제하는 규정일수록 이를 엄격히 해석함이 마땅한 점, ⑤ 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호에 해당하는 경우라도 같은 조 제1항에 따른 과세예고통지 자체나 같은 조 제2항에 따른 과세전적부심사 청구권 자체를 배제하는 것으로 보아서는 안 되는 점(대법원 2024. 4. 12. 선고 2023두58701 판결로써 상고기각하여 확정한 서울고등법원 2023. 10. 20. 선고 2023누36239 판결 참조), ⑥ 과세전적부심사 청구가 있으면 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하여 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 하고(국세기본법 제81조의15 제4항), 납세자는 과세전적부심사 절차에서 과세전적부심사 청구와 관련한 서류를 열람할 수 있으며(같은 조 제6항, 같은 법 제58조), 국세심사위원회의 심사 과정에서 과세관청 소속 공무원 등 관계인의 신문, 감정, 검증 등 증거조사를 신청하거나(같은 법 제81조의15 제7항, 행정심판법 제36조 제1항), 구술심리를 신청할 수도 있음은 물론, 이를 신청한 경우에는 서면심리만으로 결정할 수 있다고 인정하는 경우 외에는 구술심리를 원칙으로 하게 되어 있는 등(같은 법 제81조의15 제7항, 행정심판법 제40조)의 강력한 절차상의 보장이 뒤따르므로, 과세처분 전에 의견을 개진하고 소명자료를 제출할 사실상의 기회를 부여하였다 하여, 과세전적부심사의 기회를 아예 박탈하는 결과를 정당화할 수도 없는 점, ⑦ 국세기본법 제15조는 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.”라고 규정하여 신의성실의 원칙을 선언하고 있는바, 세무공무원에게 책임 있는 사유로 생긴 사실관계로 말미암아 납세자에게 불이익을 주도록 조세관련 법령 규정을 해석․적용하는 것은 지극히 부당하다고 볼 수밖에 없는 점 등에 비추어 보면, 과세관청이 스스로 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료 시점에 임박하여서야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우까지 적법한 과세예고통지가 있었다고 볼 수는 없으므로, 이러한 경우에는 비록 형식상 과세예고통지를 하였어도, 해당 과세처분에는 취소사유에 해당하는 절차상 하자가 있다고 보아야 한다.

  2) 구체적 판단

   가) 갑 제4, 5호증, 을 제11, 13호증의 각 기재를 종합하여 보면, 아래와 같은 사실들을 인정할 수 있다.

    (1) aa지방국세청장은 bbb세무서에 대하여 종합감사를 실시하여, 2021. 7. 9. “1-⑥ 다가구주택 1세대 1주택 비과세 적정 여부 […] 서울특별시 ▽▽구 ◇◇로***길 45에 거주하는 AAA(600302-1******, bbb)은 서울특별시 △△동 7**-32번지 다가구주택(멸실)을 2016. 12. 16. 매매 후 1세대 1주택 비과세로 양도소득세 예정신고 하였고, bbb세무서장은 이를 신고시인 하였습니다. 해당 다가구주택은 공부상 1~3층에 다가구주택으로 되어 있으나, 서울특별시 3D(S-MAP) 사진을 검토한 바 옥탑층이 있는 것으로 확인되며, 면적은 28.8㎡입니다(전입세대 이력 있음). 감사기간 중 해당 옥탑층에 대한 전기 및 도시가스 요금을 확인한 바 실제 주택으로 사용한 혐의가 있습니다. 양도 당시 옥탑층을 주택으로 사용했을 경우 주택으로 사용한 층수가 4개층에 해당되어 다가구주택에 따른 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 않습니다.”,“bbb세무서 부가소득세과장, 재산법인세과장, cc지서장은 ① 붙임 ‘권고사항 명세 및 소관부서’에 따른 권고사항에 대해 과세 적정여부를 충분히 검토하여 처리하되, 최대한 빠른 시일 내에 제세경정 등 필요한 처분을 하도록 권고하며, ② 처리결과를 2021. 9. 7.(화)까지 대내포털시스템(화면명:IC**, ‘감사결과에 대한 처리전말 입력’), ③ 권고사항에 대한 처리가 불가피하게 지연되거나, 처리 지정일까지 완료하지 못할 경우 집행계획을 2021. 9. 7.(화)까지 감사관실에 제출하여 주시기 바랍니다.”등을 내용으로 하는 지적사항을 전달하였다(이상 굵은 글씨 및 밑줄은 모두 원문 그대로 옮겼으며, 주민등록번호 일부는 지적사항에 원래 있던 것을 개인정보 보호를 위하여 지운 것이다).

    (2) bbb세무서장은 2021. 8. 3. 피고에게 이 사건 건물에 대한 양도소득세 과세자료 등을 이관하였다.

    (3) 피고 소속 공무원은 2022. 4. 28. 원고에게 “‘22.04.27.(수) 방문하셨던 서울시 ○○구 ◎◎로 *길 50, 1세대 1주택 비과세 배제 여부 검토 진행 건에 대해 안내말씀 드립니다. 해당 물건 옥탑방이 비주거용으로 사용되었다는 최종적인 소명자료를‘22.04.29(금)까지 제출해주시기 바랍니다. 감사합니다.”라는 내용의 안내문자를 발송하였다.

    (4) 피고는, 2022. 5. 2. 원고에게 과세예고통지를 하였고, 과세전적부심사 절차를 거지치 않은 채 불과 일주일도 지나지 않은 2022. 5. 9. 이 사건 처분을 하였다.

   나) 앞서 인정한 사실들 및 이 사건 변론에 드러난 아래의 사정들을 종합하여 보면, 피고는 정당한 사유 없이 과세권 행사를 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 하였고, 그에 따라 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 채 이 사건 처분을 하였는바, 이는 원고의 절차적 권리를 침해하는 중대한 절차적 하자로서 처분의 취소사유에 해당한다 할 것이다.

    (1) 원고가 이 사건 건물을 양도한 시점은 2016. 12. 16.으로, 그에 대한 양도소득세 부과제척기간 만료일은 2022. 5. 31.인데[구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정하기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호 및 제9항, 동 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정하기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정하기 전의 것) 제110조 제1항 참조], 피고는 원고에게, 과세예고통지를 한 시점(2022. 5. 2.)으로부터 채 1주일이 지나지 않은 2022. 5. 9. 이 사건 처분을 함으로써 원고에게서 과세전적부심사의 기회를 박탈하였다.

    (2) aa지방국세청장이 bbb세무서에 대한 종합감사 과정에서 이 사건 건물의 양도소득세 부과와 관련하여 구체적인 문제점들을 지적하였고, bbb세무서장은 그에 따른 과세자료 등을 최종적으로 피고에 이관하였으므로, 피고는 aa지방국세청장이 지적한 사항을 추가 조사하여 신속하게 과세 여부를 판단하였어야 마땅하다(앞서 본 바와 같이 aa지방국세청장도 종합감사 결과 지적사항을 bbb세무서장에게 2021. 7. 9. 통보하면서, 그에 따른 결과를 약 2개월 후인 같은 해 9. 7.까지 대내포털시스템에 입력하도록 요구한 바 있다).

    (3) 처분의 적법성은 처분청이 입증하여야 한다는 것이 행정법의 대원칙이고, 특히 부과처분 절차상 적법성은 그 입증사항의 특성으로 보더라도 과세관청이 이를 입증하여야 할 것이므로, 과세예고통지가 늦어질 수밖에 없는 정당한 사유가 있었다는 점에 관한 입증책임 또한 과세관청인 피고에게 있다고 할 것이지만, 피고는 그러한 사정을 뒷받침할만한 아무런 객관적 증거를 내놓지 못하고 있다. bbb세무서장이 피고에게 이 사건 건물에 대한 양도소득세 과세자료 등을 이관한 시점은 2021. 8. 3.이고, 과세예고통지를 한 시점은 2022. 5. 2.인데, 그 사이 무려 9개월에 가까운 기간 동안 피고가 계속 원고에 대한 양도소득세 부과 여부를 검토하거나 관련 사실을 조사하였다고 볼 증거도 없고(앞서 본 바와 같이 이 사건 건물은 이미 철거한 상황이었으므로, 피고로서는 원고를 면담하거나 관련 자료 제출을 요구해 보는 것 외에 달리 과세 여부나 부과세액 등을 결정하기 위하여 추가 조사할 것이 남아있었다고 보기도 어렵다), 그밖에 과세예고통지가 늦어지게 된 데 정당한 사유가 있었음을 인정할만한 아무런 객관적 자료가 없다. 이에 대하여 피고는 원고에게 계속하여 소명 기회를 부여하였음에도 원고가 충분한 소명을 하지 않아 기다리다가 부득이 뒤늦게 과세예고통지를 한 후 과세를 한 것이라는 취지로 주장하나, 2022. 4. 27. 이전에 피고의 담당공무원이 원고에게 굳이 유선 등 흔적이 남지 않는 방법으로 소명 자료의 제출을 계속하여 촉구하였다거나, 스스로 사실관계의 조사 등을 행하였다고 볼 객관적 증거도 전혀 없거니와, 가사 피고의 주장이 모두 사실이라 하여도, 원고가 위와 같은 촉구에도 불구하고 아무런 소명을 하지 않았다면, 피고로서는 늦어도 2022. 2. 말까지는 원고에게 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사의 기회를 보장하였어야 한다.

    (4) 이처럼 피고는, 원고에게 과세예고통지를 하여 과세전적부심사 등 사전적 구제절차의 기회를 가지게 할 시간적 여유가 있었음에도, 이렇다 할 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일의 임박이라는 상황을 형성하고, 이를 빌미로 원고에게 과세전적부심사의 절차적 기회를 보장하지 않은 것인바, 단지 국세기본법에서 과세관청이 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 한 경우 과세전적부심사를 배제하는 규정을 두고 있다는 이유만으로, 과세예고통지가 어떠한 경위로 늦어졌는지에 대하여 아무런 제한 없이 만연히 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 보는 것은, 헌법상 절차적 적법절차의 원칙 및 과세전적부심사 제도의 도입 취지에 반할 뿐만 아니라, 과세관청이 자의(恣意)로 과세전적부심사를 회피할 수 있게 하여 과세전적부심사 제도 자체를 형해화하는 결과를 낳을 수 있다.

    (5) 한편, 피고는 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 생략할 수 있는 예외사유가 존재함에도 법문에 없는 과세예고통지기한을 창설하여 과세예고통지가 늦은 데 정당한 이유가 있는지를 판단하는 것은, 납세자의 절차보호를 강화한다는 명목으로 부과제척기간이 남아 있는 과세권을 박탈하는 것으로, 조세법률주의에 반한다는 취지로 주장한다. 그러나 조세법률주의는 조세의 세목과 세율은 법률로 정하여야 한다는 것(헌법 제59조)일 뿐, 이 사건의 쟁점과는 하등 관련이 없고, 이를 조세법규의 엄격해석 원칙을 말하려는 것으로 선해하여도, 이는 어디까지나 법령해석의 원칙들 중 하나일 뿐, 헌법상 적법절차의 원칙이나 합헌적 법률해석의 원칙, 처분의 적법성은 처분청이 입증하여야 한다는 행정소송의 원칙에 우선할 수 없다. 나아가 과세예고통지를 지연하였어도 과세처분 전에 과세전적부심사 청구 및 그에 대한 결정을 마치는 한, 부과제척기간까지 3개월이 채 남지 않은 시점에 과세예고통지를 하였다는 것 자체가 과세처분의 무효․취소사유가 되는 것도 아니므로, 세무공무원의 책임있는 사유로 과세예고통지를 지연하여 납세자에게서 과세전적부심사의 기회를 박탈하는 결과를 낳은 경우, 적법한 과세예고통지가 있었다고 볼 수 없다는 법리적 결론이 법령에도 없는 과세예고통지 기한의 설정을 의미하는 것으로 볼 수도 없다.

 라. 실체적 하자의 존부에 관한 판단

  1) 관련 법령 규정

   구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정하여 2017. 1. 1. 시행하기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 (가)목에서는 1세대가 1주택을 보유하는 경우로 서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택의 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하도록 규정하고 있고, 동 시행령(2017. 1. 17. 대통령령 제27793호로 개정하기 전의 것) 제155조 제15항은 1세대 1주택 양도소득세 비과세에 관하여 규정한 같은 시행령 제154조 제1항을 적용할 때 건축법 시행령 [별표 1] 제1호 (다)목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보되(본문), 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보고 있다(단서). 한편, 구 건축법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27751호로 개정하기 전의 것)은 [별표 1] 제1호 (다)목에서, 다가구주택을 ① 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것(단서 생략), ② 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660㎡ 이하일 것, ③ 19세대 이하가 거주할 수 있을 것의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것으로 정의하고 있다.

  2) 구체적 판단

   가) 갑 제1, 2, 7, 9, 11, 12, 13, 16, 17호증, 을 제4호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 아래의 사실들을 각 인정할 수 있다.

    (1) 이 사건 건물은 공부(公簿)상 철근콘크리트조 평슬래브지붕 3층 다가구용 단독주택으로, 각 층별 면적(용도)은 지하층 135.62㎡(주차장), 1층 132.42㎡(다가구주택 2가구), 2층 128.18㎡(다가구주택 2가구), 3층 97.66㎡(다가구주택 1가구)이고, 그 대지면적은 267.8㎡, 건축면적은 141.98㎡이다.

    (2) 원고는 이 사건 옥상 부분에 화장실과 보일러 등 설비 공사를 시행한 후 2015. 5. 20.부터 2016. 4. 19.까지 BBB에게 이 사건 옥상 부분을 임대차보증금 5**만 원, 차임 월 2*만 원으로 정하여 임대하였고, BBB는 같은 기간 이 사건 건물에 주민등록법상 주소지를 두고 있었다.

    (3) 원고는 BBB가 이 사건 옥상 부분에서 2016. 4.경 퇴거한 후 이 사건 옥상 부분의 싱크대, 화장실 등 주거에 필요한 시설들을 철거하여, 최소한 2016. 11. 5. 12:22경까지는 그와 같이 철거한 상태를 유지하고 있었다.

    (4) 2016. 5. 6.부터 2016. 10. 5.까지는 이 사건 옥상 부분의 도시가스 사용기록이 존재하지 않는다.

    (5) 원고는 2016. 7. 29. CCC와 이 사건 건물에 관한 매매계약을 체결하였다. 위 매매계약에 따르면, 원고는 이 사건 건물 자체는 2017. 4. 28. CCC에게 인도하되, 2016. 12. 16.(원래는 인도일과 같은 2017. 4. 28.로 기재하였다가 이를 삭제하고 다시 위와 같이 정정 기재하였으며, 잔금 지급일은, 매도인인 원고 측 사정이 있을 경우에 한하여, 5개월 가량 연기할 수 있도록 별도 특약을 두었다) 매매대금 중 계약금과 기존 세입자의 전세보증금을 공제한 나머지를 수령함과 동시에 CCC에게 소유권이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 등기절차에 협력하기로 하기로 하고, CCC는 소유권이전등기 후 저당권 설정으로 잔금 지급에 갈음할 수 있도록 정하였다. CCC는 그에 따라 2016. 12. 21. 이 사건 건물에 관하여 그 명의로 소유권이전등기를 마치고, 그와 동시에 원고 명의의 근저당권을 설정하였다.

    (6) CCC는 2017. 1. 13. 이 사건 건물을 헐고 그 부지에 주택을 신축하기 위하여 건축허가를 받은 다음, 2017. 6. 20. 이 사건 건물을 철거하였으며, 2017. 5. 22. 착공하여, 2017. 11. 1. 신축주택에 대한 사용승인을 받았다. [위 (5), (6)의 사실들을 종합하여 보면, CCC는 처음부터 이 사건 건물을 철거하여 그 부지에 주택을 신축할 의도로 이 사건 건물을 매수하였고, 원고도 그러한 매수인 측의 의도를 인지하여, 이를 전제로 매매계약 내용을 정하였으며, 잔금 수령 및 소유권이전등기 전에 세무 관련 대책 등을 위하여 시간이 더 필요할 수도 있음을 고려하여 별도 특약을 한 사실을 어렵지 않게 추인할 수 있다.]

   나) 어떠한 건물이 소득세법에서 규정한 주택에 해당하는지는 건물공부상 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인지에 따라 판단하여야 하고, 건물의 구조․기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거에 적합한 상태이며, 주거기능을 그대로 유지•관리하고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물인 경우에 이를 주택으로 볼 수 있는바(대법원 1987. 9. 8. 선고 87누584 판결, 대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 등 참조), 이 사건 옥상 부분은, 그곳에 개수대, 화장실, 벽지, 바닥장판 등 주거에 필요한 시설 등을 갖추고 임차인이 거주하였던 2015. 5. 20.부터 2016. 4. 19.까지는 주택으로 보아야 할 것이나, 그 후 원고가 이 사건 건물을 매도하기 얼마 전인 2016. 5. 12.경 주거에 필요한 시설들을 철거하여, 매수인에게 소유권을 이전하기 얼마 전인 2016. 11. 5.경까지도 그와 같이 철거한 상태를 유지한 이상, 그로부터 한 달 반 정도 뒤인 이 사건 건물 양도 당시, 즉 매매 잔대금 수령일까지도 같은 상태에 있었을 것임은 어렵지 않게 추인할 수 있으므로, 이 사건 옥상 부분의 구조․기능이나 시설 등이 주거에 적합한 상태로서 주거기능을 그대로 유지•관리하고 있어 이를 언제든지 주택으로 사용할 수 있었다고 볼 수 없다. [다만, 을 제4호증의 기재에 따르면, 이 사건 옥상 부분에서 2016. 10. 6.부터 2016. 12. 8.까지 도시가스를 사용한 사실을 알 수 있기는 하나, 같은 증거에 따르면 그 사용량이 임차인이 거주하던 기간의 사용량보다 현저히 적고, 특히 임차인이 퇴거한 후인 2016. 5. 6.부터 2016. 10. 5.까지 약 5개월은 앞서 본 바와 같이 도시가스를 사용하지 아니하였음을 알 수 있는바, 이미 원고가 2016. 7. 29. 이 사건 건물을 매도하여 2016. 12. 중 하순경 소유권이전등기절차까지 이행할 것을 예정하고 있었고, 더구나 매수인이 이 사건 건물을 인도받으면 조만간 철거할 것이라는 점까지 인지하고 있는 상황에서, 단기간 스스로 주거로 사용하고자 다시 이 사건 옥상 부분의 구조․기능이나 시설 등을 주거에 적합한 상태로 회복하였다는 것은 경험칙에 명백히 반하므로, 위와 같은 수준의 도시가스 사용기록만으로 원고가 이 사건 옥상 부분을 주택으로 사용하였다고 추단할 수도 없다.]

   다) 그렇다면 원고가 이 사건 건물을 양도할 당시 이 사건 옥상 부분을 주택으로 쓰고 있었다고는 볼 수 없으므로, 이 사건 건물은 1세대 1주택 양도소득세 비과세특례의 적용 대상인 구 건축법 시행령상 다가구주택에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

 마. 소결

  결국, 이 사건 처분은 절차상으로나 실체상으로나 모두 위법하여 취소를 면할 수 없다.

3. 결 론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론이 달라 부당하다. 원고의 항소는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.