[주 문]

OOO세무서장이 2025.10.13. 청구법인에게 한 2021〜2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업 등을 영위하는 법인으로, 2021～2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 경상북도 OOO 총 16개호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 보유하고 있고, 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상에 포함하여 2021~2023년 귀속 종합부동산세 등을 신고·납부하거나 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상에 포함하여 결정·고지한 2022~2024년 귀속 종합부동산세 등을 자진납부하였다.

나. 이후, 청구법인은 쟁점주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하므로 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하며 아래 <표1>과 같이 2021~2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

<표1> 경정청구 세액

○○○

다. 처분청은 이에 따라 청구법인의 경정청구를 검토한 결과, 청구법인이 쟁점주택에 대하여 지방자치단체에 임대사업자로 등록하지 아니하여 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 보기 어렵다는 사유 등으로 2025.10.13. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.20. 이의신청을 거쳐 2025.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 다가구주택을 건설하여 임대하기 위하기 건설업(주택신축판매업) 등으로 처분청에 사업자등록을 한 후 다가구주택을 준공하고 계속하여 주택임대업을 영위하고 있는바, 청구법인이 무지하여 쟁점주택이 종합부동산세 과세대상에 해당할 수 있다는 사실을 인지하지 못하고 사업자등록상 업종에 주택임대업을 추가하지 아니하였으나, 부가가치세 신고서, 법인세 신고서 및 계산서 등에는 주거용 건물 임대업(자기땅)으로 계속하여 표기해 옴으로써 주택임대업 영위 사실을 표방하고 있다. 따라서 「국세기본법」 제14조에 따라 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 봄이 타당하다(국심 2007구5052, 2008.1.25., 조심 2009서1755, 2010.5.31., 참조).

 (2) 「종합부동산세법 시행령」이 2020.2.11. 개정되기 전에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자의 경우 「법인세법」 등에 따른 사업자등록을 하는 경우 임대사업자로 보아 합산배제 임대주택으로 인정하였으나, 개정 이후에는 사업자등록과 임대사업자 등록을 모두 충족하여야만 합산배제 임대주택에 해당하게 되었다. 다만, 부칙(2020.2.11., 대통령령 제30404호) 제6조에서 다가구주택 임대사업자 등록에 관한 경과조치로서 위 시행령 개정 전에 합산배제 임대주택에 해당되는 경우는 종전 규정을 따른다고 규정하였다. 따라서 개정 전부터 다가구주택인 쟁점주택을 주택임대를 위하여 사업자등록을 한 청구법인은 개정 후에 임대사업자 등록을 하지 않았다고 하더라도 위 경과조치에 따라 임대사업자로 봄이 타당하다.

 (3) 「종합부동산세법」 제1조는 ‘이 법은 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다’고 규정하고 있는바, 청구법인이 무지하여 단순히 사업자등록상 주택임대업을 업종에 추가하지 않았다고 하더라도 처분청이 고액의 부동산도 아닌 다가구주택인 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 배제하고 종합부동산세 과세대상에 포함하여 청구법인에게 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 조세부담의 형평에도 반한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 2015.7.10. ‘건설업(주택신축판매업)’으로 사업자등록을 한 후 경상북도 OOO 소재 지상에 다가구주택인 쟁점주택을 주택으로 임대하며 2017년부터 쟁점주택에서 발생한 수입금액을 부가가치세 등 관련 제세 신고 시 면세수입금액(주택임대업종 수입금액)으로 신고하였는바, 청구법인은 이를 근거로 실질과세의 원칙을 내세워 ‘주택임대업’으로 사업자등록을 하지 않았음에도 「종합부동산세법 시행령」이 2020.2.11. 개정되기 전 합산배제 임대주택에 해당되는 경우 종전 규정에 따라 합산배제 임대주택에 해당한다고 주장하며 경정청구를 제기하였으나, 쟁점주택은 지방자치단체의 임대사업자 등록의무 면제대상에 해당하지 아니한다.

(2) 임대주택의 종합부동산세 과세표준 합산배제를 적용하기 위해서는 ‘주택임대업 사업자등록’이 필수적인 요건에 해당한다. 즉, 위 시행령 개정 전에 “주택임대업으로 세무서 사업자등록을 하여” 임대하고 있던 다가구주택으로서 합산배제 적용요건을 충족한 경우에는 개정 후에 임대하는 기간까지는 종전 규정에 따라 지방자치단체에 대한 임대사업자 등록의무가 면제된다. 따라서 청구법인은 2023.4.27. 최초로 세무서에 주택임대업 사업자등록을 하였으므로, 지방자치단체에 대한 임대사업자 등록의무가 면제되지 아니할 뿐만 아니라 청구법인은 심판청구일 현재까지도 지방자치단체에 임대사업자 등록을 한 사실이 없으므로 쟁점주택은 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하지 아니한다.

 (3) 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바, 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에서 ‘주택임대업 외 업종으로 주택임대사업을 한 자가 「종합부동산세법」 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기한(9.30.)까지 사업자등록 정정신고를 통하여 “주택임대업을 추가”한 경우, 그 신고기한이 속하는 과세연도부터 종합부동산세 합산배제가 적용되는 것’으로 명시적으로 규정하고 있으므로(법규재산-7744, 2025.36.24., 참조), 임대주택의 종합부동산세 합산배제와 관련하여 임의로 실질과세의 원칙을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 주택임대업 사업자등록 여부와 관계없이 실제로 쟁점주택을 주택임대업에 제공한 경우 이를 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제1조【목적】이 법은 국세에 관한 기본적이고 공통적인 사항과 납세자의 권리·의무 및 권리구제에 관한 사항을 규정함으로써 국세에 관한 법률관계를 명확하게 하고, 과세(課稅)를 공정하게 하며, 국민의 납세의무의 원활한 이행에 이바지함을 목적으로 한다.

  제3조【세법 등과의 관계】① 국세에 관하여 세법에 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 법에서 정하는 바에 따른다.

  제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 (2) 종합부동산세법

  제8조【과세표준】② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

 (3) 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정된 것)

  제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

 부칙<제30404호, 2020.2.11.>

  제6조【다가구주택 임대사업자 등록에 관한 경과조치】이 영 시행 전에 종전의 제3조 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 제3조 제3항 및 제4항의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(4) 종합부동산세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전의 것)

  제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다.

 (5) 민간임대주택에 관한 특별법

  제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

    가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

    나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

  제5조【임대사업자의 등록】① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

   ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상에 포함하여 2021·2023년 귀속 종합부동산세를 신고·납부하거나, 처분청이 아래 <표3>과 같이 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상에 포함하여 부과한 2022·2024년 귀속 종합부동산세를 납부하였으나, 이후 쟁점주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하여 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하며 2021~2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

 <표2> 청구법인의 종합부동산세 신고 내역

  ○○○

 <표3> 처분청의 종합부동산세 결정 내역

  ○○○

 (2) 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 검토한 결과, 청구법인이 쟁점주택에 대하여 지방자치단체에 임대사업자로 등록하지 아니하여 합산배제 임대주택으로 보기 어렵다는 사유 등으로 2025.10.13. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

 (3) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 국세청의 국세통합시스템에 따르면, 청구법인은 2015.7.10. 경상북도 OOO를 사업장으로 하고 건설업(주업종 : 오피스텔신축 및 분양, 부업종 : 주택신축판매)을 업종으로 하여 사업자등록을 하였다가 2018.8.23. 사업장 소재지를 ‘경상북도 OOO’로 정정하였으며, 2023.4.27. 부동산업/주거용건물임대업(장기임대공동·단독주택)을 부업종으로 추가한 것으로 확인되나, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따라 쟁점주택에 대하여 지방자치단체에 임대사업자로 등록한 사실은 없는 것으로 나타난다.

  (나) 청구법인은 쟁점주택을 신축하여 2016.5.13. 다가구주택으로 사용승인을 받았는바, 쟁점주택의 일반건축물대장 일부는 다음과 같다.

○○○

  (다) 청구법인은 「법인세법」상 주택임대업 사업자등록은 아니하였으나 실제로 계속하여 쟁점주택을 주택임대업에 제공하였으므로 이를 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 보아 종합소득세 과세대상에서 제외하여야 한다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

   1) 청구법인은 부가가치세 신고서상 쟁점주택에 대한 면세사업 수입금액을 신고하였다고 주장하는바, 2020년 제1기 예정신고 일부를 발췌하면 다음과 같다.

○○○

   2) 청구법인은 쟁점주택의 임대료 수입을 법인세 신고서에도 반영하였다고 주장하며 법인세 신고서를 제시하고 있는바, 그 중 2020사업연도 법인세 신고서의 일부는 다음과 같다.

○○○

   3) 청구법인이 쟁점주택 임대와 관련하여 발급한 계산서 일부는 다음과 같다.

○○○

 (4) 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제2항·제3항·제4항은 다가구주택도 합산배제 임대주택에 요건에 일반 임대주택과 같이 시군구 임대주택등록을 포함하기 위하여 2020.2.11. 대통령령 제30404호로 다음과 같이 개정되었다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점주택에 대한 사업자등록 시 그 업종을 주택임대업이 아닌 건설업으로 하여 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 볼 수 없다는 의견이나,

「종합부동산세법」 제8조 제2항은 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다’고 규정하면서 제1호로 ‘「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택’이라고 규정하였고, 위 위임에 따른 같은 법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항은 ‘법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제3조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다’고 하여 각 호로 세부 내용을 규정하였다.

 또한, 위 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제3항은 ‘다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다’고, 같은 조 제4항은 ‘제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다’고 각각 규정함으로써 다가구주택에 대한 합산배제 임대주택 요건에 지방자치단체 임대사업자 등록을 면제하였으나, 위 같은 법 시행령 제3조 제3항·제4항이 2020.2.11. 대통령령 제30404호로 개정되면서 다가구주택도 합산배제 임대주택에 요건에 일반 임대주택과 같이 지방자치단체 임대사업자 등록을 포함하였고, 그 경과조치로 부칙 제6조에서 ‘이 영 시행 전에 종전의 제3조 제3항 및 제4항에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구주택이 합산배제 임대주택에 해당하는 경우에는 제3조 제3항 및 제4항의 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정하였다.

 이 건의 경우 청구법인이 당초 ‘주택임대업’이 아닌 ‘건설업’으로 사업자등록을 하였다고 하더라도 사업자등록은 과세관청으로 하여금 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보하려는 데 제도의 취지가 있고, 실제 영위하는 업종과 다르게 등록하였다고 하더라도 이는 사업자등록상기재일 뿐 사업자로서의 지위에 영향을 주는 등 실체상의 권리관계를 변동시키는 효력이 없으며, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자는 「부가가치세법」 제5조에 의한 사업자등록증을 교부받아야 하고 이 경우 당해 사업자는 「법인세법」 제111조에 의한 사업자등록을 별도로 하지 아니하는바, 2020.2.11. 개정 전 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제3항은 합산배제 임대주택의 요건으로 ‘주택임대로 사업자등록을 하는 경우’라고 규정하지 아니하고 ‘주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우’라고 규정하고 있으므로, 청구법인이 2015.7.10. 건설업/오피스텔신축 등으로 사업자등록을 하였다고 하더라도 주택임대를 목적으로 사업자등록을 한 이상 위 경과조치를 적용받을 수 있어 보이고, 실제로도 청구법인이 쟁점주택을 계속하여 주택임대업에 제공하고 있음이 법인세 신고서, 부가가치세 신고서 및 계산서 발급 내역 등에 의하여 객관적으로 확인되므로 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 봄이 타당하다 할 것이다.

 따라서 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상으로 보아 청구법인에게 종합부동산세 등의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.