1. 이 법원에서 추가한 청구에 관한 소를 각하한다.

2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 항소제기 이후의 소송비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 12. 15. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 116,072,000원의 부과처분을 취소한다(이하 ‘제1청구’라 한다). 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에 의하여 양도소득감면에 의해 양도소득부과금액을 재계산한다(이하‘제2청구’라 한다. 원고가 항소취지에 기재한 제2청구에 관하여는 이 법원에서 청구를 추가한 것으로 선해한다).

1. 제1청구에 관한 판단

가. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서 한 주장과 대체로 동일하고, 이 법원에 추가로 제출된 증거를 함께 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 따라서 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래 나.항과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

나. 고쳐 쓰는 부분

○ 2면 이유 5~9행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『나. 농지에 해당하는 이 사건 토지는 자연녹지지역에 속하였다가 2017. 8. XX. ○○시 도시관리계획(재정비) 결정에 의해 그 용도지역이 제1종일반주거지역으로 변경되면서 최초로 주거지역으로 편입되었고(○○시 고시 제2017-XXX호), 2021. 12. XX. 원활한 공동주택건설 및 계획적인 관리를 위한 ○○시의 도시관리계획(○○지구 지구단위계획구역 등) 결정에 의하여 제2종일반주거지역으로 변경되었다(○○시 고시 제2021-XXX호). 그 후 2022. 7. XX. 이 사건 토지를 포함한 ○○시 ○○동 244-2 외 44필지 37,519㎡에 주식회사 DDD이 사업시행자인 공동주택(아파트 794세대) 신축공사에 관하여 주택법 제15조에 따른 주택건설사업계획이 승인되었다(○○시 고시 제2022-XXX호).』

○ 2면 이유 14~15행의 “이 사건 토지가”를 “이 사건 토지가 양도일 현재 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지로서 구 조세특례제한법 시행령(2024. 3. 26. 대통령령 제34356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항 제1호에 따라”로 고쳐 쓴다.

○ 3면 2행의 “을 제1 내지 4호증의 각 기재”를 “을 제1 내지 6호증의 각 기재”로 고쳐 쓴다.

○ 3면 3행부터 8행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『2. 원고 주장의 요지

이 사건 토지는 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호의 감면대상 제외 농지의 예외를 정한 같은 호 각 목의 사유에 모두 해당하므로, 양도일 현재 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지났다 하더라도 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에 따른 양도소득세 감면규정이 적용된다. 즉, 이 사건 토지에서 총 개발면적이 7,XXX,XXX㎡로 대규모개발사업에 해당하는 ‘○○○○○○○○ 개발사업’이 시행되었고, ○○도가 국가행사인 ○○○○○○○○을 위하여 2017. 8. XX. ○○도 고시 제2017-XXX호로 시행한 도시관리계획에 따라 이 사건 토지를 포함하여 총 275,XXX㎡에 달하는 토지가 주거지역으로 용도변경됨으로써 대규모개발사업인 공동주택건설사업이 시행되었으므로, 이 사건 토지에서 시행된 공동주택건설사업의 실질적인 사업시행자는 ○○시로 보아야 하고, ○○시에 책임이 있다고 인정되는 부득이한 사유로 현재까지 공동주택건설사업이 지연되고 있으므로 위 각 목의 사유를 모두 충족한다. 설령 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 감면규정이 적용되지 않는다고 하더라도, 같은 항 단서 및 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에 따라 재계산한 양도소득금액에 대해서만 양도소득세가 부과되어야 한다.』

○ 3면 13~14행의 괄호 안 부분을 삭제한다.

○ 4면 5~6행의 “(구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목, 조세특례제한법 시행규칙 제27조)”를 “[구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목, 구 조세특례제한법 시행규칙(2026. 1. 2. 재정경제부령 제1호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조]“로 고쳐 쓴다.

○ 5면 6행 말미에 아래의 내용을 추가한다.

『원고는, 2017. 8. XX. ○○도 고시 제2017-XXX호에 의하여 주거지역으로 편입된 ○○시 소재 토지가 10만㎡를 넘어 275,XXX㎡에 이르고 그 전체에 공동주택개발사업이 시행되었으므로 이를 대규모개발사업으로 볼 수 있다는 취지로 주장하는 것으로 보이나, 이 사건 토지에 시행된 사업이 ‘주택법 제15조에 따른 주택건설사업’임은 앞서 본 바와 같고, 이를 10만㎡의 대규모개발사업 면적기준이 적용되는 구 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제3항의 ‘택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업‘으로 볼 아무런 근거가 없을 뿐만 아니라, 사업시행면적이 일정 규모 이상인 대규모개발사업지역은 ’사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역‘을 말하는 것인바(구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 가목), 이 사건 토지에 시행된 공동주택건설사업이 그 대지면적을 37,XXX㎡로 하여 승인되었음은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 토지를 포함한 위 ○○시 소재 토지 275,XXX㎡ 전체에 사업인정고시일이 같은 하나의 사업이 시행되었음을 인정할 아무런 증거도 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』

○ 5면 밑에서 2~4행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목은 ‘사업시행자가 국가, 지방자치단체, 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역으로 편입된 농지’일 것을 요건으로 하는데, 이 사건 토지가 주거지역으로 편입된 것은 ○○시의 도시관리계획에 의한 것이고 ‘도시관리계획’을 구체적인 개발사업 시행으로 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같으며(원고의 주장대로 공동주택개발사업이 시행되려면 이에 선행하여 용도지역을 주거지역으로 변경하는 도시관리계획이 이루어져야 한다고 하더라도 마찬가지이다), 이 사건 토지에서 주식회사 CCC이 사업시행자로 된 공동주택건설사업 외에 ○○시 등 지방자치단체 또는 공공기관이 사업시행자가 된 다른 개발사업이 이루어졌다고 볼 아무런 증거가 없으므로(주식회사 CCC의 공동주택건설사업마저도 이 사건 토지가 이미 주거지역으로 편입된 이후에 그 시행이 결정된 것이어서 시간의 선후상 ‘개발사업의 시행으로 인하여’ 이 사건 토지가 주거지역에 편

입되었다고 볼 수 없는 이상, 그 실질적 사업시행자가 ○○시라거나 ○○시가 위 회사에 사업시행을 위탁한 것이라는 등의 원고 주장의 당부에 관하여는 판단하지 아니 한다), ‘부득이한 사유’ 등 나머지 부분에 관하여 더 살필 필요 없이 이 사건 토지는 위 나목에 해당한다고 볼 수 없다. 원고는 또한, 주식회사 CCC은 위 ○○시 고시 제2022-XXX호에 의하여 사회기반시설인 도로의 개설 및 확장공사를 하였는데, 이는 ○○시가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 위 회사에 위탁한 것이므로 ○○시가 사업시행자라는 취지로 주장하나, 이 사건 토지는 공동주택의 부지가 된 것일 뿐도로개설과는 무관하므로(갑 제42호증 및 을 제6호증의 각 기재에 의하면, 도로개설을 위하여 수용된 것은 원고 소유의 다른 토지로 확인될 뿐이다) 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.』

○ 5면 마지막 행 말미에 아래 내용을 추가한다.

『(원고는 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서 및 같은 법 시행령 제66조 제7항에 따라 양도소득금액을 계산하여 양도소득세를 부과하는 것이 타당하므로 이 사건 처분이 위법하다는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지가 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 각 목에 해당하지 아니하여 그 양도를 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 ‘대통령령으로 정하는 토지의 양도’로 볼 수 없는 이상 이에 해당함을 전제로 하는 같은 항 단서 역시 적용될 여지가 없으므로 원고의 위 주장도 이유 없다)』

2. 제2청구의 적법 여부에 관한 직권 판단

이 부분 청구는 피고에게 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제7항에 따라 원고에 대한 양도소득세를 감면하여 다시 계산하라는 내용으로, 행정청을 상대로 특정한 내용의 처분을 할 것, 즉 작위의무의 이행을 구하는 것인바, 현행 행정소송법에서는 장래에 행정청이 일정한 내용의 처분을 할 것을 구하는 의무이행소송은 허용되지 아니하므로(대법원 2021. 12. 30. 선고 2018다241458 판결 등 참조), 이 부분에 관한 소는 부적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 제1청구는 이유 없어 기각하고 제2청구는 부적법하여 각하하여야 한다. 이와 결론을 같이한 제1심판결은 정당하므로 이에 관한 원고의 항소를 기각하고,이 법원에서 추가한 제2청구는 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.