주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2020. 2. 5. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 218,014,530원의 부과처분 중 187,712,436원(토지부분 171,918,498원, 건물부분 15,793,938원)을 초과하는 부분을 취소한다. 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용은 그중 85%를 원고가, 15%를 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2020. 2. 5. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 218,014,530원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 이 부분 판결 이유는 제1심 판결 이유 “1. 처분의 경위” 부분과 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다. 다만, 아래와 같이 일부 기재를 추가한다.

○ 제1심 판결 제1의 가.항 끝에 다음 기재를 추가한다.

『이후 2018. 5. 14.경 이 사건 농지 중 ○○시 ○○읍 ○○리 ***-1 답 549㎡(이하 ‘이 사건 1농지’라 한다)는 ***-1, ***-5, ***-6, ***-7 및 ***-8로 분할되었고, 같은 리 ***-4 답 2,479㎥(이하 ‘이 사건 2농지’라 한다)는 ***-4, ***-15, ***-16, ***-17, ***-18, ***-19, ***-20, ***-21, ***-22 및 ***-23로 분할되었다.』

○ 제1심 판결 제1의 마.항을 다음과 같이 바꿔 쓰고, 별지1, 별지2를 함께 추가한다.

『마. 피고는 위 양도소득세 신고에 대한 조사를 거쳐 2020. 2. 5. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세로 218,014,530원을 고지하였는데(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 그 처분근거는 다음과 같다.

1) 원고가 이 사건 건물에 대한 양도소득세 신고를 누락하였음을 지적하며 이 사건 토지와 이 사건 건물의 양도가액을 토지부분과 건물부분으로 안분하여 그 가액을 재산정하여 각 가액에 대한 양도소득세를 아래와 같이 부과하였다[아래 2), 3)항과 같이 산정한 양도소득세 합계액(원 이하 버림)이 이 사건 처분의 양도소득세이다].

2) 이 사건 농지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 하여 중과세율을 적용하는 한편, 8년 이상 재촌, 자경하였음을 전제로 한 원고의 양도소득세 감면 주장을 배척하여 별지1 양도소득세 결정결의서의 ‘경정결정’란과 같이 이 사건 농지에 대한 양도소득세를 171,918,498원으로 산정하였다(이하 이 부분 과세대상을 ‘토지부분’이라 한다).

3) 이 사건 건물이 주택에 해당함을 전제로 하여 1세대 2주택 중과세율을 적용하여 별지2 양도소득세 결정결의서의 ‘경정결정’란과 같이 이 사건 대지 및 건물에 대한 양도소득세를 46,096,045원으로 산정하였다(이하 이 부분 과세대상을 ‘건물부분’이라 한다).』

○ 제1심 판결 제1항의 ‘[인정근거]’란에 『을 제13 내지 17호증의 각 기재』를 추가한다.

2. 원고 주장의 요지 가. 토지부분 과세에 대한 주장 이 사건 농지는 과수원, 밭, 비닐하우스 및 기타 부분으로 구분되어 있는데, 모두 이 사건 양도 당시 ‘비사업용 토지’가 아니라 ‘농지’에 해당한다. 원고는 이 사건 농지를 8년 이상 직접 경작하였으므로 조세특례제한법 제69조에 따라 양도소득세가 감면되어야 한다. 그런데 이 사건 처분 중 토지부분에 대한 과세처분은 이 사건 농지를 비사업용토지로 보아 양도소득세를 중과하였으므로 위법하다.

나. 건물부분 과세에 대한 주장 이 사건 처분 중 건물부분에 대한 과세처분은 이 사건 건물은 ‘주택’이 아님에도 주택임을 전제로 하여 1세대 2주택을 이유로 한 양도소득세 중과를 적용하였으므로 위법하다.

3. 관계법령 별지3과 같다. 4. 토지부분에 대한 과세처분의 적법 여부 가. 관련법리 및 쟁점

1) 이 사건 처분의 과세요건 피고는 이 사건 농지에 대하여 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제8호가 정한 바에 따라 양도소득세를 중과하였는데, 이는 이 사건 농지가 같은 법 제104조의3 제1항 제1호 또는 제4호가 정한 ‘비사업용 토지’에 해당함을 전제로 한 것이다(이하 위 각 호의 요건을 각 ‘제1호’, ‘제4호’라고만 한다). 그 과세요건은 아래와 같다.

가) 제1호 요건 : 재촌, 자경하지 않는 농지 구 소득세법 제104조 제1항 제8호, 제104조의3 제1항 제1호 가목은 ‘해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정한 기간 동안 대통령령이 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’를 비사업용 토지로 정하고 있다. 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 일부개정되기 전의 것) 제168조의6 제1호는 ‘소득세법 제104조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간(가목), 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간(나목) 및 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간(다목) 모두에 해당하는 기간을 말한다’고 규정하고(이하 위 기간을 ‘비사업용 토지 기준기간’이라 한다), 제168조의8 제2항은 ‘소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”란 농지의 소재지와 동일한 시·군·구, 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다’고 규정한다. 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항은 “대통령령으로 정한 기간 동안 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것(제1호) 또는 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것(제2호) 중 어느 하나에 해당하는

것을 말한다‘고 규정한다.

나) 제4호 요건 : 농지 등 외의 토지 구 소득세법 제104조의3 제4호에 의하면, ’농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 등을 제외한 토지‘를 비사업용 토지로 정하고 있다

2) 비사업용 토지인지 여부에 관한 판단 기준

가) 과세처분취소소송에 있어 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 양도소득세가 중과되는 비업무용 토지의 요건에 관하여도 과세관청인 피고에게 그 증명책임이 있다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 취지 참조). 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 증명하지 아니하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 등 참조).

나) 이 사건 처분 중 이 사건 농지에 대한 과세요건사실은 ’이 사건 농지가 구 소득세법 시행령 제168조의5 제1호가 정한 기간 동안 원고가 자경한 토지가 아니라는 것(제1호)‘ 또는 ’이 사건 농지가 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지(제4호)에 해당한다는 것‘이다. 그런데 그중 ’경작하였다‘는 적극사실과 달리 ’경작하지 아니하였다‘ 는 소극사실을 직접 증명한다는 것은 통상 용이하지 않고, 이러한 경우 결국 간접사실 특히 그중에서도 객관적인 정황에 근거하여 경험칙에 따라 그 증명 여부를 판단할 수밖에 없다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두7899 판결 등 참조).

나. 이 사건 농지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

1) 이 사건 농지의 현황에 관한 원고의 주장

가) 원고는 2006. 3.경 묘목을 키워 판매할 목적으로 이 사건 농지 일부에 매실나무 50주, 자두나무 50주, 살구나무 50주, 대추나무 10주, 벚나무 50주 등을 심었다가 2011년경 그중 일부를 판매하고 매실나무 9그루, 자두나무 9그루, 살구나무 8그루, 대추나무 5그루 등을 이 사건 농지 적당한 장소에 옮겨 심어 이 사건 1농지(549㎡)와 이 사건 2농지 일부(441㎡) 합계 약 990㎡를 과수원으로 운영하였다(이하 ’이 사건 과수원‘이라 한다).

나) 이 사건 2농지의 나머지 부분 중 합계 432㎡는 비닐하우스 두 동과 그 앞 주차장으로 사용하였다(이하 ’이 사건 비닐하우스‘라 한다).

다) 이 사건 1농지의 약 1,155㎡ 부분은 콩, 배추, 무, 고구마 등 채소를 재배하였다(이하 ’이 사건 밭‘이라 한다).

라) 기타 면적은 약 140평 정도로, 이는 농사를 위한 농로, 수로, 경계지 등이다(이하 ‘기타 농지’라 한다).

2) 이 사건 과수원, 비닐하우스, 기타 농지 부분 : 제4호의 비사업용 토지 앞서 든 증거들, 갑 제2, 6, 7, 9, 15호증, 을 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재 또는 영상, 제1심 증인 송DD의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 과수원, 비닐하우스, 기타 농지 부분은 ’농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 등을 제외한 비사업용 토지(제4호)‘에 해당한다고 봄이 타당하다. 기타 원고 주장에 부합하는 듯한 원고 제출의 증거들만으로는 위 인정을 뒤집기 부족하다.

가) 원고는 2004. 5.경 이 사건 농지를 농지원부에 등록하였고, 2011. 11. 21. 국립농산물품질관리원에 농업경영체 등록을 하였으며, 2014. 7. 14. 농업경영체 변경등록을 하였다. 위 변경등록 당시 이 사건 1농지 549㎡에 ’콩, 들깨, 소나무, 자두, 매실’ 등을 경작하고 있고, 이 사건 2농지 2,474㎡ 중 1,754㎡는 폐경하고, 725㎡에서 김장배추, 가을무, 풋고추, 마늘, 고구마 등을 경작한다고 되어 있다. 원고가 농업경영체 변경 등록을 할 당시 이 사건 2농지 중 폐경면적으로 등록한 1,754㎡ 부분은 이 사건 과수원, 이 사건 비닐하우스 및 기타 농지의 면적에 해당하는 것으로 보인다(농지원부에 기재된 ‘과수원 1,034㎡’는 이 사건 과수원이 아닌 원고가 보유하는 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 783 소재 과수원이다). 위 농지 폐경면적은 건축물(창고용도로 사용되는 비닐하우스 포함), 콘크리트 포장 부분, 주차장, 농로, 수로 등 재배가 불가능한 면적을 의미하므로(갑 제7호증의 3 참조), 이는 그 현황이 농지 또는 농사를 위해 사용되는 토

지라기보다는 제4호의 비사업용 토지로 평가하는 것이 타당하다.

나) 이 사건 토지의 경매(○○지방법원 2017타경7****호) 과정에서 2017. 8. 18.경 작성된 이 사건 농지에 대한 현황조사서에는 ’이 사건 1농지 지상에 소나무 및 품목 미상의 나무가 밀식되어 있고, 이 사건 2농지 지상에 은행나무 등 몇 그루의 나무가 식재되어 있다‘는 취지가 기재되어 있고(갑 제2호증의 2), 위 경매절차에서 2017. 8. 14. 작성된 감정평가서(갑 제2호증의 1)에는 ’이 사건 농지에 소재하는 수목은 별도의 경제적 가치가 크지 않은 통상적인 조경 수준의 수목에 해당한다‘는 취지가 기재되어 있을 뿐이다. 2011. 6.경 촬영된 로드뷰(을 제1호증)에 의하면 당시부터 소나무 및 품목미상의 나무가 식재되어 있고, 나무와 나무 사이에는 잡초가 자라고 있음이 확인된다. 위와 같이 확인되는 사실들을 종합하여 보면, 이 사건 과수원은 그 현황이 조경 수준의 수목이 자라는 잡종지 등으로 보일 뿐 실제 다년생식물 재배지로 사용되는 농지라고 보기는 어렵다. 원고가 그 주장대로 2006년경 매실나무 50주, 자두나무 50주, 살구나무 50주, 대추나무 10주, 벚나무 50주 등의 묘목을 구입하였다 하더라도, 원고가 위 나무들을 이 사건 과수원에 식재하여 장기간 직접 경작하였다고 인정하기도 어렵다.

라) 이 사건 보상약정에 의하면, B은 2019. 3. 6.경 원고에게 이 사건 과수원에 소나무, 매실, 대추, 살구, 벚꽃, 은행 등이 밀식되어 있음을 전제로 위 수목에 대한 손실보상으로 4천만 원을 지급하기로 하였다. 그러나 이 법원의 B에 대한 사실조회결과만으로는 위 손실보상금의 산정근거를 명확히 알기 어려울 뿐 아니라, 이 사건 과수원 부분에 원고 주장의 유실수 몇 그루가 식재되어 있었다고 하더라도, 앞서 본 바와 같은 토지의 현황 및 유실수의 분포 등에 비추어 볼 때 그러한 사정만으로 이 사건 과수원 부분을 경작목적의 농지라고 평가하기는 어렵다. 설령 이 사건 과수원 부분을 잡종지가 아닌 농지라고 보더라도, 아래 3)항에서 보는 바와 같이 제1호의 ’비사업용 토지인 농지‘에 해당한다고 봄이 타당하다.

마) 앞서 본 감정평가 당시 촬영된 사진 등에 의하면, 이 사건 비닐하우스 창고 2동은 이 사건 농지와 인접한 지역에서 농사를 짓는 전CC의 트랙터 등을 보관하는 용도로 사용되었던 것으로 보인다. 이 사건 농지 중 일부를 경작한 제1심 증인 송DD도 원고가 이 사건 비닐하우스 안에 보관되어 있는 트랙터를 이용하여 농업을 하였는지 기억나지 않는다고 진술하였다. 2019. 11. 7. 피고 측의 조사 당시 송DD는 이 사

건 비닐하우스에 ’건설자재 및 일부농기구, 기타 잡동사니가 보관되어 있었다‘고 진술하였고, 이 사건 농지 인근에 거주하던 박EE도 ’건설용품, 가정용품, 사무소 용품 등 이것저것 보관되어 있었다‘고 진술하였다. 이 사건 비닐하우스 부분 역시 실제 원고가 경작하는 농사를 위해 사용된 농지라기보다는 제4호의 비사업용 토지로 봄이 타당하다.

바) 이 사건 기타 농지 부분은, 앞서 본 감정평가서 작성 당시 촬영된 사진이나 위성사진 등에 의할 때 명백하게 이 사건 밭 부분과 독립되어 있고, 경계지 등으로 보기에는 넓은 면적으로, 주차장 등으로 이용되는 것으로 보일 뿐 달리 농지의 기능을 돕기 위한 토지라고 볼 자료는 없다. 따라서 이 부분 역시 농지가 아닌 제4호의 비사업용 토지로 봄이 타당하다.

3) 이 사건 밭 부분 : 제1호의 비사업용 토지 앞서 든 증거들, 갑 제12, 13호증, 을 제6, 8, 9호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지 양도일

(2019. 3. 14.) 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 이 사건 농지의 소유기간(2004. 5. 18.부터 2019. 3. 13.까지) 중 40% 이상에 해당하는 기간 모두를 충족하는 비사업용 토지 기준기간 동안 이 사건 농지에서 농작물 경작 또는 다년생 식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하지 않은 사실을 인정할 수 있으므로 제1호의 비사업용 토지인 농지에 해당한다고 봄이 타당하다. 기타 원고 주장에 부합하는 듯한 증거들만으로는 위 인정을 뒤집기 부족하다.

가) 원고는 2004. 10. 6.경부터 2005. 3. 10.경까지 ○○시 ○○읍 ○○리 소재지에서 ’임대업‘ 등의 사업자등록을, 2006. 5. 30.부터 2009. 12. 15.까지 ’초원관광농원‘이라는 상호로 ○○군 ○○면 ○○리 소재지에서 ’일반음식업‘ 등의 사업자등록을, 2013. 8. 14.부터 2017. 12. 12.까지 ○○시 ○○읍 ○○리 소재지에서 ’F‘라는 상호로 ’도매업‘ 등의 사업자등록을, 2014. 7. 17.부터 2017. 3. 31.까지 ○○군 ○○면 ○○리 소재지에서 ’부동산업‘ 등의 사업자등록 각 보유하고 있었다. 원고에 대하여, 임대업 운영과 관련하여 2004. 10. 6.부터 2004. 12. 31.까지 기간 동안, F 운영과 관련하여 2013. 7. 1.부터 2016. 6. 30.까지 기간 동안, 부동산업 운영과 관련하여 2014. 7. 1.부터 2014. 12. 31.까지 기간 동안 각 부가가치세가 부과되었다. 원고는 적어도 위와 같이 사업을 영위하여 수입이 발생한 기간 동안에는 농업에 상시 종사하지 않았다고 볼 수 있고, 설령 부분적으로 농업에 종사하였다고 보더라도

아래에서 보는 바와 같이 전체 농작업 중 가족 등을 포함한 자기의 노동력 투입 비율이 1/2 이상인 경우라고 쉽게 인정하기는 어렵다.

나) 피고는 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시할 당시(2019. 11.경), 이 사건 농지 인근에 거주하는 송DD, 박GG의 진술을 청취하였는데, 송DD는 이 사건 밭 부분 중 일부 구역(창고 동쪽 부분과 창고 남쪽농지 중 왼쪽 부분, 수목 밀집장소에 존재하는 과일나무 몇 그루)을 본인과 배우자가 10년 이상 경작해왔다고 진술하였고, 이 사건 농지 인근에 거주하는 박GG은 약 8-9년 동안 위 송DD가 경작한 이 사건 밭의 나머지 부분 등에서 고추, 오이, 고구마 등을 경작하였다고 진술하였다(박GG은 송DD의 진술에서 원고가 경작하였다고 한 부분까지 자신의 경작지로 진술하였다). 위와 같은 조사결과는 피고 담당공무원이 송DD를 만나 이 사건 농지의 위성사진을 제시하고 실경작자 등을 확인한 것으로, 그 내용의 신빙성을 인정할 수 있다. 원고는 2004. 5.경 이 사건 농지를 매입한 이후부터 직접 경작하다가 2017년경 및 2018년경 수술을 하게 되어 이웃인 송DD와 박GG에게 300평 정도의 농지를 경작하도록 부탁하고 나머지 농지는 직접 경작하였다고 주장하나, 그에 부합하는 듯한 제1심 증인 송DD의 일부 증언, 이 법원의 H부동산(주JJ)에 대한 사실조회결과를 비롯한 기타 증거들은 위와 같은 신빙성 있는 조사결과와 배치되어 이를 그대로 믿기 어렵다.

다) 원고는 이 사건 농지 소유기간 동안 이 사건 건물에 주민등록상 주소지를 두었으나, 실제로 그곳에 거주한 적은 없고, 2015. 4.경까지는 서울시 노원구 공릉동 392-5번지(이 사건 토지로부터 직선거리 약 16㎞)에, 2015. 4.부터 2017. 7.까지 이 사건 토지 인근인 ○○시 ○○읍 ○○리 283-3에, 2017. 8.부터 2019. 5.까지 ○○시 ○○읍 ○○로 19(이 사건 토지로부터 직선거리 10㎞)에서 각 거주하여 왔다. 원고

가 위와 같은 거주지에서 다른 사업을 영위하기도 하면서 이 사건 밭 부분을 장기간 직접 경작하기는 어려웠다고 보는 것이 합리적이다. 원고가 이 사건 밭에서 일부 경작을 한 사실이 있다 하더라도, 비사업용 토지의 기간기준 동안 상시 농업에 종사하였다거나 부분적으로 농업에 종사하면서 1/2 이상의 노동력을 투입하여 경작하지는 않았다고 볼 수 있다.

라) 비사업용 토지에 대하여 중과하도록 한 규정의 입법 취지는 토지를 실수요에 따라 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 사용하는 경우 양도소득세를 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 철저히 회수할 목적으로, 부재지주의 농지·임야·목장용지 및 비사업용 나대지·잡종지의 양도차익에 대하여 일반 양도소득세율이 아닌 중과세율을 적용하도록 하는 데 있다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 참조). 앞서 본 원고의 주거지, 사업자등록 현황, 이 사건 토지 매입 이후 매각 시까지의 이용 현황, 이 사건 밭 부분의 경작 현황과 실제 경작자 등의 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 밭 부분을 비사업용 토지인 농지로 보아 원고에 대하여 비사업용 토지에 대한 중과세율을 적용하는 것이 법의 취지에 어긋난다고 볼 수 없다.

다. 소결론 이 사건 농지를 비사업용 토지로 보아 과세한 토지부분에 대한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없고, 원고가 위와 같이 비사업용 토지의 기준 기간 동안 자경요건을 충족하지 못한 이상 8년 자경을 전제로 한 원고의 양도소득세 감면 주장도 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

5. 건물부분에 대한 과세처분의 적법 여부

가. 관련 법리 및 쟁점 1) 소득세법 제88조 제7호는 허가 여부나 공부상의 용도 구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 ‘주택’으로 정의하면서, 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다고 규정하고 있다. 소득세법상 '주택'의 개념은 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있는 경우에는, 그 구조․기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에 이를 주택으로 볼 수 있다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 참조).

2) 그런데 해당 부동산의 공부상 용도가 근린생활시설로 되어 있음에도 이와 달리 사실상 주거로 이용되었다고 인정되기 위해서는 해당 부동산이 영업용 시설로 사용되지 않았다거나 구조가 주거용과 같다는 점만으로는 부족하고, 적극적으로 거주자의 주거에 제공되었음이 인정되어야 한다. 이때 근린생활시설이 공부상의 용도와 달리 주거용으로 사용되었다는 점은 과세관청이 증명하여야 하고, 그 증명은 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나 이를 인정할 만한 간접적인 사실을 밝히는 방법으로도 증명할 수 있으며, 이때 그와 같이 추정할 수 있는지 여부는 해당 건물의 현황, 임차인이 사용한 경우 임대차계약의 내용, 임차인의 주민등록지, 다른 주거지의 존부, 직업과 직장 등 여러 사정들을 종합하여 판단하여야 한다. 나. 이 사건 건물이 ‘주택’인지 여부

1) 이 사건 건물의 구조, 용도 및 현황 앞서 든 증거들, 갑 제3, 14, 15을 제7호증의 기재 또는 영상, 이 법원의 우신감정평가사사무소에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 이 사건 건물에 관하여 다음 사실을 인정할 수 있다.

가) 이 사건 건물의 최초 용도는 ‘주택 및 창고’였고, 이 사건 건물의 전 소유자인 석KK은 원고에게 이 사건 건물을 매도한 2004. 5. 18.경까지 이 사건 건물에서 거주하였다. 이후 이 사건 건물은 2004. 5. 18. 그 용도가 ‘제2종 근린생활시설 및 창고’ 로 변경되었으나, 이 사건 건물에 대하여 2005년부터 이 사건 양도가 이루어진 2019년까지 건축물의 구조에는 변동이 없었고, 줄곧 개별주택가격이 고시되었으며, 해당기간동안 이 사건 건물이 주택임을 전제로 한 재산세가 부과되어 왔다.

나) 그런데 원고가 이 사건 건물을 매수하여 그 용도를 ‘근린생활시설 및 창고’ 로 변경한 당시 이 사건 건물에 사람이 거주하며 이를 주택으로 사용하였다고 볼 자료는 없다. 원고는 2004. 4. 19.경, 원고의 배우자 한태문은 2010. 9. 7.경 각 이 사건 건물에 전입한 것으로 신고하고, 그때부터 이 사건 건물을 매도할 때까지 주민등록상 거주지로 유지하였는데, 위 기간 동안 원고와 그 배우자가 이 사건 건물에 실제로 거주한 적은 없다. 원고와 그 배우자 외의 자가 전입한 사실도 확인되지 않는다.

다) 2017. 8. 18.자 △△세무서장이 발급한 상가건물 임대차 현황서에는 주식회사 M이 2011. 3. 23.부터 2012. 3. 22.까지 이 사건 건물을 임차한 것으로 되어 있는데(임대차보증금 5천만 원), 2010. 9.경부터 ○○읍 ○○리 733-1 일대 약 52,000평 규모의 지구단위계획사업 부지를 매입하는 용역을 수행하던 주식회사 N가 이 사건 건물을 사무실로 사용하였고, 2019. 4.경까지 이 사건 건물에 집기, 토너 등을 적치하여 두고 있었으며, 2017. 8.경에는 위 사업의 시행사가 이 사건 사무실을 현장 사무실로 사용하고 있었다. 감정평가 당시 촬영된 건물의 내부사진(P감정평가사무소의 2023. 8. 16.자 사실조회회신 첨부)에 의하면, 현장 사무실 직원 등 이 이를 숙소 등의 용도로 사용한 것으로 보인다.

라) 이 사건 건물 등에 대한 ○○지방법원 2017타경7****호 경매 사건과 관련하여 2017. 8. 10. 기준으로 조사된 감정평가서에 기재된 이 사건 건물의 현황은 ‘공부상 근린생활시설 및 창고이나 현황 공히 주택으로 이용 중임‘이라고 기재되어 있고, 첨부된 도면에 따르면 방, 주방, 거실, 다용도실 등으로 구분되어 있는데, 첨부된 사진등에 따르면 사람이 실제로 거주하는지 여부는 확인되지 않는다(위 감정평가서에도 임

차여부가 확인되지 않는다고 기재되어 있고, 2017. 8. 18. 집행관이 실시한 부동산현황 조사보고서에도 ’점유, 사용자 및 임대차관계 등을 확인하기 위하여 출장조사 하였으나 아무도 만나지 못하였고, 주민등록표에 원고와 그 배우자 외에 거주자로 등록된 사람이 없다‘는 취지가 기재되어 있다).

2) 판단 가) 이 사건 건물은 이 사건 양도 당시까지 당초 건축 당시와 같은 주택으로서의 구조를 갖추고 있었다. 그러나 피고 제출의 증거들만으로는 원고가 이 사건 건물을 취득하여 근린생활시설로 용도변경한 뒤 이를 소유하고 있던 기간 동안에는 공부상 용도와 달리 사실상 주거로 이용되어 왔다고 인정하기는 부족하고 달리 이를 인증할 증거가 없다. 일부 기간 동안 이 사건 건물을 상가로 임차한 임차인 측에서 이를 재건축 사무실로 사용하면서 그 직원들 숙소 등으로 사용하였다 하더라도 그러한 사정만으로 이를 주거용으로 사용된 주택이라고 볼 수는 없다.

나) 원고는 이 사건 건물을 취득할 당시부터 이를 주거용으로 사용할 의도가 없었고, 이 사건 건물에 주민등록을 해두긴 하였으나 그곳에 실제 거주하지도 않았으며, 보유기간 중 일부 기간 동안 이 사건 건물을 상가용 건물로 임대하였을 뿐 임차인으로 하여금 실제 주거용으로 사용하도록 임대한 바도 없다. 원고가 이 사건 건물을 매도할 당시에도 그 주택의 구조를 그대로 유지하고 있기는 하였으나, 이를 매수한 B도 이를 주택으로 사용하기 위하여 매수한 것이 아니다.

다) 이처럼 원고가 이 사건 건물을 취득하여 근린생활시설로 그 용도를 변경한 뒤 14년여 동안 소유하면서 이를 주거용으로 사용하거나 주거용으로 임대한 바 없다면, 그 건물이 주택의 구조와 기능을 그대로 유지하고 있었다거나 건물이 주택임을 전제로 하여 재산세가 부과되었다는 등의 사정만으로는 그 사실상의 용도가 ’주택‘이라고 인정하기는 어렵다. 1세대 2주택의 소유자에게 양도소득세를 중과세하는 것은 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지인바, 이처럼 실제 주거용으로 사용되어온 사실이 인정되지 않는 근린생활시설인 건물에대하여도 그 구조가 주택과 같다는 사정만으로 위 규정을 적용한다면, 이는 중과세 대상을 합리적 이유 없이 확대하는 것이 되어 양도소득세 중과의 취지에 부합하지 않는다.

다. 소결 이 사건 처분 중 건물부분에 대한 과세처분은 실제 주거용으로 사용되지 않은 근린생활시설인 건물에 대하여 주택임을 전제로 한 중과세율을 적용한 위법이 있으므로 취소되어야 한다. 6. 취소의 범위 가. 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야한다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 참조).

나. 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분 중 토지부분에 대한 과세처분은 정당하나, 건물부분에 대한 과세처분은 이 사건 건물이 주택임을 전제로 한 것으로 부당하다. 이 사건 건물이 주택이 아님을 전제로 하여 산출된 건물부분의 정당한 세액은 아래 산정 내역과 같이 15,793,938원이다. 결국 이 사건 처분은 위 정당한 세액인 187,712,436원(토지부분 171,918,498원, 건물부분 15,793,938원)의 범위 내에서 적법하므로 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

7. 결 론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 일부 결론이 달라 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다.