주 문

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. ○○. ○○. 원고에게 한, 2019년 귀속 원천징수분 기타소득세 0,000,000원(납부지연가산세 포함) 및 2019 사업연도 귀속 법인세 000,000원(지급명세서제출불성실가산세)에 대한 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고(2022. ○○. ○○. 변경전 상호: 주식회사 ○○약품)는 양약도매업 등을 영위하면서 2020년경 피고에게 2019 사업연도 귀속 법인세를 신고·납부하였다.

 나. ○○지방국세청장은 2022. ○○. ○○. ~ 2022. ○○. ○○. 원고의 2019 사업연도 귀속 법인세에 대한 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 2022. ○○. ○○. 피고에게 원고가 아래 표 기재와 같이 관리약사 B에 대하여 지출한 급여 및 4대 보험료(이하 ‘이 사건 인건비’라 한다)는 손금불산입 대상이라는 내용의 과세자료를 통보하였다.

 다. 피고는 위 과세자료 통보에 따라 2022. ○○. ○○. 원고의 2019 사업연도 귀속 법인세를 경정하고, 원고에게 이 사건 인건비 중 위 급여 00,000,000원을 기타소득으로 하는 소득금액변동통지를 하였는데, 원고는 그 즈음 위 통지를 송달받고도 위 기타소득에 관한 원천징수의무와 지급명세서 제출의무를 이행하지 아니하였다.

 라. 이에 피고는 2023. ○○. ○○. 원고에게 2019년 귀속 원천징수분 기타소득세 0,000,000원(납부지연가산세 포함)을, 2019 사업연도 귀속 법인세 000,000원(전액 지급명세서제출불성실가산세)을 각 경정·고지(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

 가. 원고의 주장 요지

 B은 원고 대표이사 C의 처로서, 2012. ○○.부터 이 사건 세무조사 당시까지도 원고의 관리약사로 고용되어 재직하면서 원고의 의약품 도매 업무 관리를 수행하였고, 그 외에도 관리약사직을 수행하기 위하여 필수적으로 요구되는 교육을 이수하였다. 그리고 원고가 제출한 증거들에 의하면, B이 원고에 관리약사로 재직하면서 여러 업무를 수행한 사실도 충분히 증명된다. 이와 달리 B이 원고 사업장에 실근무하지 않았음을 전제로 하는 이 사건 각 처분은 위법하다.

 나. 관련 법리

   1) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 구체적인 위반사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용의 미비 등으로 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결, 대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두2864 판결 등 참조).

   2) 법인세법 제19조는 제1항에서 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여발생하는 손실 또는 비용(손비)의 금액으로 한다’고 규정하면서, 제2항에서 ‘손비는 이법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다.

   과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

   3) 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것) 제19조 제3호는 손비에 ‘인건비’를 포함하고 있는데, 여기에서 인건비란 임직원에게 근로에 대한 대가로 지출된 것을 말한다(대법원 1999. 6. 25. 선고 97누14194 판결 참조).

 다. 구체적 판단

   1) 앞서 든 증거들 및 갑 제4, 8 내지 11, 16호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 제1심증인 C의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음의 각 사정을 종합하면, 이 사건 인건비는 근로의 대가로서 지급된 것이 아니라는 점이 피고에 의해 상당한 정도로 증명된 것으로 볼 수있고, 원고가 제출한 증거만으로는 위와 같은 판단을 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

     가) 이 사건 세무조사 과정에서 원고 대표이사가 확인 후 자필로 서명한 확인서(을제3호증)에는 ‘대표이사 C의 배우자인 B은 원고에 실제 근무한 사실이 없으며, 원고는 급여를 지급하고 경비로 처리하여 신고한 사실이 있습니다’는 취지의 기재와 함께 이 사건 인건비의 액수가 B에 대한 급여와 4대 보험료로 나누어 기재되어 있고, 그 붙임자료로 근로소득 원천징수영수증 1부와 4대 보험료 회사부담분 집계내역 1부가 첨부되어 있다. 위 확인서 기재에 의하면, 원고 대표이사는 B의 근무 여부가 문제되는 기간이 이 사건 인건비와 관련된 근무기간이라는 것과 그 구체적인 금액이 얼마라는 것을 충분히 인지하고서 이를 확인해 준 것으로 보이고, ‘실제 근무한 사실이 없다’는 기재 부분의 의미도 분명하므로 이 사건 인건비를 실제 경비로 볼 수 없는 구체적인 경위나 이유 등의 내용이 기재되어 있지 않다고 하더라도 위 확인서의 내용의 미비 등이 있다고 보기 어렵다. 위 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명·날인되었다는 등의 특별한 사정도 없으므로, 위 확인서는 상당한 증명력이 있다.

     나) 원고는 B이 2019년도에 원고 사업장에서 관리 약사로 계속 근무하였다고 주장하나, B이 2019년도에 근무하였음을 인정할 수 있는 근로계약서나 기타 이와 유사한 서류는 존재하지 않는다. 원고와 B 사이에 작성된 2021. 3. 2. 자 근로계약서에 B의 채용일자가 2012. 8. 1.로 기재되어 있기는 하나, 위와 같은 근로계약서 기재만으로는 앞서 본 확인서 기재와 달리 B이 원고 사업장에서 ‘실제로’ 근무하였다고 인정하기에 부족하다.

     다) B이 2019년 원고에 고용되어 정상적으로 출근하여 근무한 것처럼 기록된 출근부가 존재하긴 한다. 그러나 원고 대표이사의 증언에 의하면 위 출근부는 원고의 직원이 임의로 작성하여 제출한 것으로, 실제 B의 출근내역이 반영된 것이라고 볼 수 없다. 더욱이 위 출근부에는 B이 해외에 체류한 기간에조차 B이 원고 사업장에 출근하였다는 내용이 기재되어 있기도 하므로, 이를 그대로 믿을 수 없다.

     라) 원고는 원고의 업무 관련 문서에 B의 이름이 기재되어 있고, 회사조직표에도 B의 이름이 기재되어 있으므로 B은 원고 사업장에서 실제로 근무하였다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 제시한 마약류(원료) 양도승인신청서(갑 제8호증)는 2013 내지 2014년 경에 작성된 자료에 불과하고, 자율점검 결과보고서, 세부계획서(갑 제11호증) 역시 2023년경 작성된 자료에 불과하여 이를 근거로 B이 2019년에도 원고 사업장에서 근무하였다고 볼 수 없다. 또한 B이 2019년경에 마약류취급자교육 등을 이수한 것 역시 B을 형식적으로 원고의 관리약사로 등록해두기 위한 방편이었을 가능성이 있으므로, 이를 근거로 B이 원고 사업장에서 실제로 근무하였다고 인정하기도 어렵다. 원고 대표이사는 B에 대하여 출퇴근 관리도 하지 않았고 B이 마음대로 출근하거나 퇴근하였다는 취지로 증언하기도 하였는바, 이러한 증언에 비추어 보더라도 B이 원고 사업장에서 실제로 근무를 하였는지 의문이다.

   2) 원고는, B이 비규칙적이라 하더라도 원고에게 근로를 제공한 것은 사실이므로, 기타소득으로 소득금액변동통지된 급여 00,000,000원 중에는 손금에 산입할 수 있는 인건비가 일부 포함되어 있다고 할 것인데, 피고가 그 인건비 부분을 특정하여 정당세액을 입증하지 못한 이상, 이 사건 각 처분 전부가 취소되어야 한다고도 주장한다. 그러나 아래와 같은 이유로 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

   가) 원고가 주장하는 사정과 제출한 증거만으로는 앞서 본 확인서 기재와 달리 B이 2019년에 원고 사업장에서 비규칙적으로나마 근로를 제공하였다고 보기 어렵다.

   나) 나아가 원고 대표이사의 증언에 의하더라도 ‘원고는 B에 대하여 출퇴근 관리를 하지 않았고 B이 마음대로 출근하거나 퇴근’한 것일 뿐이다. B이 원고를 위해 근로를 제공한 적이 있다고 하더라도 위 급여는 근로에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 원고에 유보되어 있는 이익을 원고 대표이사의 배우자인 B에게 분여하기 위하여 대외적으로 급여의 형식을 취한 것에 불과하다. 따라서 위 급여는 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 손실 또는 비용에 해당하지 않으므로 손금에 산입할 수 없다.

   이러한 경우에 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어 위 급여는 전체를 손금불산입의 대상으로 삼아야 하고, 위 급여에 근로의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 그 급여 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결의 취지 참조, B이 원고에게 근로를 제공하였더라도 피고가 B의 근로의 대가를 특정하지 못하는 것은 원고와 B 사이에 근로계약서가 작성되지 않았거나 근로계약의 내용과 다르게 근무가 이루어졌으며, 원고가 B의 근무를 관리하지도 않았기 때문이다). 그런데 원고가 제출한 증거만으로 위 급여 00,000,000원 중 B의 근로의 대가를 특정하기 어렵다.

3. 결론

 원고의 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.