1. 제2차 환송 후 이 법원에서 감축된 청구를 포함하여 제1심판결 중 ① 피고 B세무서장의 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 피고 B세무서장의 2006년 제1기 부가가치세 신고불성실가산세 부분, ② 피고 서울특별시 C구청장의 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) 부분을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고 B세무서장이 원고에게 한, ㉠ 2011. 4. 6. 자 2006 사업연도 법인세 *원의 부과처분, ㉡ 2012. 11. 19. 자 2006 사업연도 법인세 가산세 *원의 부과처분, ㉢ 2012. 11. 19. 자 2006년 제1기 부가가치세 신고불성실가산세 *원의 부과처분 중 *원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 피고 서울특별시 C구청장이 원고에게 한 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) *원의 부과처분을 취소한다.

다. 원고의 피고 B세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다.

2. 원고와 피고 B세무서장 사이에 생긴 소송총비용 중 15%는 원고가, 나머지는 피고 B세무서장이 각 부담하고, 원고와 피고 서울특별시 C구청장 사이에 생긴 소송총비용은 피고 서울특별시 C구청장이 부담한다.

청구취지

원고에게 한, ① 피고 B세무서장의 ㉠ 2011. 4. 6. 자 2006 사업연도 법인세 *원의 부과처분, ㉡ 2012. 11. 19. 자 2006 사업연도 법인세 가산세 *원의 부과처분, ㉢ 2012. 11. 19. 자 2006년 제1기 부가가치세 신고불성실가산세 *원의 부과처분, ② 피고 서울특별시 C구청장(이하 ‘피고 C구청장’이라 한다)의 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) *원의 부과처분을 각 취소한다.

[제2차 환송 후 이루어진 피고 B세무서장의 감액경정처분에 따라, 원고는 제2차 환송 후 이 법원에서 피고 B세무서장의 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분에 관한 청구취지를 감축하였다(2026. 3. 4. 자 청구취지 변경신청서).]

항소취지

1. 원고

제1심판결 중 아래에서 취소를 구하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고 B세무서장이 원고에게 한 2012. 11. 19. 자 2006년 제1기 부가가치세 신고불성실가산세 *원의 부과처분을 취소한다.

2. 피고들

제1심판결 중 피고들 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 각 기각한다.

1. 이 법원의 심판범위

가. 원고는 제1심에서 피고 B세무서장을 상대로 별지 1 부과처분 제1~3 목록 기재 각 부과처분의 취소, 피고 C구청장을 상대로 별지 1 부과처분 제4, 5 목록 기재 각 부과처분의 취소를 구하였다. 제1심은 피고 B세무서장의 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 피고 C구청장의 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) 및 2013. 4. 10. 자 2006 사업연도 법인세할(가산세 기준) 주민세(가산세 포함)의 각 부과처분 부분에 대한 원고의 청구를 인용하여 위 각 부과처분을 전부 취소하고, 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각하였다. 이에 대하여 원고와 피고들이 모두 항소를 제기하였다.

제1차 환송 전 이 법원은 2006 사업연도 법인세 부과처분, 2006, 2008, 2009 사업연도 법인세 가산세 부과처분, 2006, 2008, 2009 사업연도 법인세할(본세 및 가산세 기준) 주민세(가산세 포함) 부과처분을 각 일부 취소하고, 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 기각하였다.

이에 대하여 원고와 피고들이 모두 상고하였으나, 대법원은 원고 패소 부분 중 2006사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 신고불성실가산세 부분, 2006 사업연도 법인세할(본세 및 가산세 기준) 주민세 부분을 각 파기하고, 원고의 나머지 상고와 피고들의 상고를 모두 기각하였다.

이로써 2007 내지 2009 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 사업자미등록 가산세 부분, 2006년 제2기분 내지 2009년 제1기분 부가가치세 가산세 부분, 2007 내지 2009 사업연도 법인세할(본세 및 가산세 기준) 주민세(가산세 포함) 부분은 모두 확정되었고, 제2차 환송 전 이 법원의 심판범위는 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 신고불성실가산세 부분, 2006 사업연도 법인세할(본세 및 가산세 기준) 주민세(가산세 포함) 부분에 한정되었다.

나. 제2차 환송 전 이 법원은 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분, 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) 부과처분을 각 일부 취소하고, 2013. 4. 10. 자 2006 사업연도 법인세할(가산세 기준) 주민세(가산세 포함) 부과처분을 전부 취소하였으며, 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 기각하였다.

이에 대하여 원고와 피고 C구청장이 상고하였으나, 대법원은 원고 패소 부분 중 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부분, 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 신고불성실가산세 부분, 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) 부분을 각 파기하고, 피고 C구청장의 상고를 기각하였다.

이로써 피고 C구청장의 2013. 4. 10. 자 2006 사업연도 법인세할(가산세 기준) 주민세(가산세 포함) 부분은 확정되었고, 제2차 환송 후 이 법원의 심판범위는 피고 B세무서장의 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분과 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 가운데 신고불성실가산세 부과처분 부분, 피고 C구청장의 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세 부과처분 부분에 한정된다.

2. 처분의 경위

이 부분 판결 이유는 아래와 같이 고치는 외에는 제1심판결 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

○ 3쪽 20줄 “① 2006 사업연도에 관하여는”부터 4쪽 3줄의 “각 법인세 가산세 부과처분” 부분을 아래와 같이 고친다.

【 ① 2006, 2007 사업연도에 관하여는 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제1항 제1호 단서, 2008, 2009 사업연도에 관하여는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제2항에 각 근거하여 제2목록 기재와 같은 각 법인세 가산세 부과처분 】

〇 4쪽 아래에서 3줄과 4줄 사이에 다음 내용을 추가한다.

【 (4) 피고 B세무서장은 제2차 환송 전 판결에 따라 2006 사업연도 법인세를 *원으로, 2006 사업연도 법인세 가산세를 *원(신고불성실가산세 *원, 납부불성실가산세 *원)으로 각 감액경정하였다(을가369). 】

3. 관계 법령

별지 4 기재와 같다.

4. 인정사실

이 부분 판결 이유는 아래와 같이 추가․변경․삭제하는 외에는 제1심판결의 해당부분(8쪽 2줄부터 133쪽 밑에서 5줄까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

○ 9쪽 3줄의 “A Ltd., Bahamas”를 “‘A Ltd.,Bahamas"로 고친다.

○ 10쪽 6, 7줄의 “2005. 12.경 홍콩에 원고를 설립하였다.”를 아래와 같이 고친다.

【 2005. 12. 13. 홍콩에 주소지를 ‘D'로 하여 설립하고 그 등기를 마쳤다. 】

○ 10쪽 10줄의 “별지 1, 2 도면”을 “별지 2-①, ② 도면”으로, “(을가55)”를 “(을가49-1, 2)”로 각 고친다.

○ 13쪽 27줄의 “6)“ 다음에 ”기획관리팀의 E 및 F, G 등은 2006년 초 경부터 시****의 H과 함께 S그룹과 시****의 중국 내 합작회사 설립을 구체적으로 논의하였고,“를 추가하고, 13면 28행의 ”을가216“을 ”을가212 내지 216“으로 고친다.

○ 14쪽 16~18줄을 아래와 같이 고친다.

【 8) E은 2009. 5. 27. J(참조: MM, K)에게 원고와 운송주선인인 L(이하 ‘L’라 한다) 사이의 합작회사 설립에 대한 Proposal Review, 기본안 및 상호 Advantages를 보고하면서 선박 1척의 이관문제 및 H 사장과 관계 재정립 등의 문제가 남아있다는 내용의 메일을 보냈고, 2009. 5. 28. MM(참조: F)에게 원고가 L의 지분 49%를 인수하는 방식으로 중국 해운업에 합작투자하는 방안을 검토하는 메일을 보냈다(을가88-71, 208). 】

○ 14쪽 20줄 다음에 아래 내용을 추가한다.

【 10) J는 2007. 10. 30. N, K, P 등에게 ‘조직개편안’이라는 제목의 메일을 보냈는데, 그 중 기타 항목에는 ‘당분간 기획, 인사, 총무, 경리업무는 종전대로 서울서 총괄 관리’라고 기재되어 있다(을가88-4). 】

○ 14쪽 22줄의 “(1) 보고서 등” 다음에 아래 내용을 추가하고, 14쪽부터 21쪽까지의“(가)에서 (바)까지”를 순차로 “(나)에서 (사)”로 고친다.

【 (가) 2003년경 S**에서 작성된 'Pure A Operation Scheme <Draft>' 및 ‘NEW(H**/K**) C** C****** OPERATION-SCHEME <DRAFT>’는 A와 A 바하마의 설립과 관련하여 투자구조 및 사업운영 등의 대략적인 구도를 나타내고 있는데, 그 내용은 아래와 같다(을가18, 20).

이와 같이 SC**와 A 바하마는 당초 국내 중고차나 Q, R 등 국내기업 차량의 해상운송사업을 위해 설립된 수송선 사이나 국내가 아닌 조세피난처 파나마와 바하마에 회사를 두고 포괄적 업무위탁계약을 통해 국내회사에서 위 업무를 수행하도록 계획되었다. 】

○ 23쪽 1줄의 “발송하였다” 다음에 “(을가45)”를 추가한다.

○ 25쪽 3, 4줄을 아래와 같이 고친다.

【 (나) 원고의 임직원 현황과 그 수행 업무는 아래와 같고, S그룹의 기획관리팀이 2005. 12. 20.자로 마련한 원고의 기본운영안에 의하면, 원고는 2006. 1. 1. 업무개시일을 기준으로 Y과 J의 업무 지휘 아래 영업팀, 운항팀, 안전품질팀, 관리팀으로 조직되어 있는데, 그 중 관리팀(회계․관리 담당)을 제외한 나머지 부서들의 구성은 임시 안이었다(을가9, 51-2, 91). 】

○ 27쪽 표 아래 6줄 다음에 “(을가54)”를 추가한다.

○ 37쪽 10줄부터 38쫄 6줄까지 부분을 삭제하고, 38쪽 7줄의 “(라)”를 “(다)로 고친다.

○ 42쪽 23줄 다음에 아래 내용을 추가하고, 42쪽 24줄의 “(가)” 및 43면 2행의 “(나)”를 “(나)” 및 “(다)”로 각 고친다.

【 (가) T은 2009. 1. 23. U에게 원고의 법인 신용카드와 관련하여, U의 지시에 따라 원고의 2008년 법인 신용카드 내역과 S**과 원고의 전체 관리용(공동사용) 카드의 사용 방법 및 용도, 법인카드의 소지자 현황 등을 보고하는 메일을 보냈다(을가150). 】

○ 48쪽 25줄 다음에 아래 내용을 추가한다.

또한, VVV의 W은 2007. 9. 11. z에게 메일로 원고의 신규운임에 관하여 자동차선 선복형태에 따라 승용, 승합, 화물로 구분하여 적용 방법을 검토하여 달라고 요청하였고, 이에 z는 2007. 9. 13. 타 선사의 중국운임을 조사한 결과를 보고하였다(을가81-38).】

○ 50쪽 3줄 다음에 “(을가131 내지 141)”을 추가한다.

○ 52쪽 12줄의 “(을가82)”를 삭제하고, 14줄 다음에 “(을가82-1)”을, 17줄 다음에 “(을

가82-4, 6 내지 14)”을 각 추가한다.

○ 52쪽 18~20줄을 아래와 같이 고친다.

【 3) W은 2008. 8. 22. F(참조: Y, MM, AA, AB)에게 일본 3대 선사(AC, AD, AE)의 하반기 순이익 감소 전망에 관한 내용의 메일을, 2008. 11. 27. F(참조: Y, MM, AF)에게 ‘한국 중고차 운임조정안’이라는 제목으로 한국 중고차 시장의 동향 및 한시적인 운임 인하 방안 등에 관한 내용의 메일을 각 보냈다(을가82-16, 17). 】

○ 54쪽 2줄 다음에 아래 내용을 추가한다.

【 9) VVV의 MM은 2006. 4. 21. Y(참조: G, F)에게 원고의 자동차 해상운송에 있어서 운송 물량의 확보 현황 및 예상되는 수준과 이에 따른 선박 조달계획과 함께 종전과 다른 항로 변경 사항 및 항로별 선박 배정에 관한 결정 사항과 그 결정의 근거를 보고하였다(을가81-18).

10) VVV의 AG는 2008. 5. 8. AF, MM, z, H 등에게 남미서안 선적실적이 AH에 비해 현저히 낮은 문제의 심각성을 지적하면서 그 대책으로 취해야 할 조치 및 지원 사항을 알려 줄 것을 메일로 요청하였다(을가87-22).

11) z는 원고 소속으로 있는 동안 2008. 5. 20. VVV의 임원들인 F, MM, AG에게 흑해 수송 및 아프리카 콘테이너 운반 등에 관한 선복계획과 운임을 검토한 메일을 보냈다(을가85-7). 】

○ 57쪽 9~12줄을 아래와 같이 고친다.

【 사) AJ의 AK는 2007. 12. 18. VVV의 W(참조: AL)에게 AM와 계약을 체결하는 데 필요한 장기운송계약(COA) 초안에 대하여 승인 여부를 알려달라는 내용의 메일을 보냈고, 2008. 4. 15. VVV의 W과 AA에게 **에 방문하여 협의한 내용을 메일로 보고하였다(을가81-43, 87-21). 】

○ 58쪽 2줄 다음에 아래 내용을 추가한다.

【 차) VVV의 W은 2009. 2. 11. F(참조: Y, AB)에게 영업협의를 위하여 AM 측 B**를 방문할 예정으로 관련 협의지침 등을 전달하였고, 보다 구체적인 영업협의는 2009. 2.말경 또는 3.초경으로 예정된 VVV의 유럽 출장시 B**를 직접 방문하여 할 것임을 메일로 보고하였다(을가81-70). 】

○ 58쪽 3줄 다음에 아래 내용을 추가하고, 4줄의 “VVV의”를 “나) VVV의”로 고친다.

【 가) **의 AN는 2006. 6. 7. VVV의 AO, AP에게 **이 원고한테 보낼 거래명세표를 메일로 먼저 보내어 작성의 적절성 여부 등에 관한 검토를 요청하였다. 】

○ 58쪽 마지막 줄의 “을가156”을 “을가156-3, 5”로 고친다.

○ 60쪽 20줄 다음에 아래 내용을 추가한다.

【 7) F는 2006. 11. 9. 영업팀 직원들에게 ‘① 모든 recap of fixture, ② 모든 fixture memo 및 계약서, ③ 모든 운임을 포함한 입금처리서 및 출금처리서’에 관하여는 F를 최종 결재자로 한 결재를 올리되 그 시기는 즉시이며, 영업지원팀의 협조 서명 또는 e-mail copy도 보내달라는 내용의 메일을 보냈다(을가271). 】

○ 66쪽 5줄 다음에 아래 내용을 추가한다.

【 7) MM은 2009. 6. 30. AB, AQ 등을 비롯한 VVV의 직원들에게, 용선관련 CP 등과 관련하여 VVV에서 작성된 계약서 원본을 원고의 홍콩사무실로 보낼 때에는 홍콩에서 서류를 보관․관리하는 담당자의 부재를 이유로 유실되거나 다른 자료와 섞이는 경우를 방지하고자 하겠다면서 수신인을 ‘M****’으로 단일화하고, 보내는 계약서가 어떤 내용인지에 관해 간략히 설명을 덧붙일 것을 메일로 요청하였다. 】

○ 89쪽 14줄 다음에 아래의 내용을 추가한다.

【 이에 대하여 AR는 같은 날 E에게 한 답장에서, 홍콩 ***가 컨설팅 수행과정에서 당해 프로젝트가 누설된 점을 사과하고 재발 방지를 약속함과 동시에, 위 S그룹의 기획관련 프로젝트를 ‘람마(Lamma)' 프로젝트로 부르자고 제안하였다(을가 50-1). 】

○ 98쪽 12줄 다음에 아래의 내용을 추가하고, 13줄의 “(너)”를 “(더)”로 고친다.

【 (너) AR은 2010. 6. 28. F에게 메일로 보낸 ‘VVV 2010. 3. 결산 세무조정 결과 보고’에는 ‘국세청 제출 세무조정명세서 중 특이사항’으로 VVV과 원고는 국제조세조정에 관한 법률 시행령에 따른 특수관계에 해당하여 국세거래명세서를 제출할 의무가 있다는 점 및 ‘VVV의 세무 RISK 사항’으로 법인세 조사 시 원고의 실질사업장에 대한 논란의 소지가 있고 VVV의 영업이익이 동종업계 평균이익률보다 밑도는 경우 특수관계로 인해 평균이익률만큼 법인세 부과소지가 있다는 점 등을 지적하고 있다(을가79). 】

○ 106쪽 16줄의 “피고인의”를 “Y의”로 고친다.

○ 128쪽 16줄의 “2006. 3. 39.”를 “2006. 3. 28.”로 고친다.

○ 133쪽 16~23줄의 “인정근거“에 “을가 제45, 54, 79, 131 내지 141, 150, 271, 282,369호증”을 추가한다.

5. 피고 B세무서장의 부과처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 절차적 하자 관련 주장

가) 원고는 세무조사결과에 대한 통지를 받지 못하였고, 피고 B세무서장은 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간이 경과하기 전에 원고에게 과세처분을 하는 등 원고의 절차적 권리를 침해하였으므로, 피고 B세무서장의 각 과세처분은 절차상 하자가 중대․명백하여 무효이다.

나) 원고는 피고 B세무서장의 2012. 11. 19. 자 2006 사업연도 법인세 가산세 부과처분 및 2006년 제1기 부가가치세 가산세 부과처분 납세고지서를 송달받지 못하였으므로, 위 각 부과처분은 효력이 발생하지 않았다.

다) 피고 B세무서장은 본세인 법인세 및 부가가치세와 각 가산세 부과처분에 대하여 처분별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하지 않았고, 이는 납세의무자인 원고로 하여금 과세처분의 내용을 알기 어렵도록 한 중대한 하자이므로, 피고 B세무서장의 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

2) 2006 사업연도 법인세 및 가산세 부과처분에 관한 주장

가) 피고 B세무서장이 2006 사업연도의 법인세 및 가산세 부과처분의 대상인 소득에 대하여 그 처분사유를 당초에는 원고가 내국법인으로서 얻은 소득이라고 하였다가 당심에 이르러 원고가 VVV이라는 국내사업장을 통하여 얻은 외국법인의 국내원천 소득이라고 변경한 것은 기초적 사실관계의 동일성이 인정되지 않는 처분사유의 변경에 해당하여 부적법하다.

나) 위와 같은 처분사유의 변경이 적법하다고 하더라도, 원고가 VVV의 사무실에 대한 처분권한 또는 사용권한을 가지고 있고, VVV에서 원고의 본질적이고 중요한 사업활동이 수행되었다는 점에 관한 피고 B세무서장의 주장과 증명이 없으므로, VVV은 법인세법상 외국법인인 원고의 국내사업장으로 볼 수 없다.

다) VVV이 원고의 국내사업장으로 인정되더라도, 선박의 외국항행으로 인하여 발생한 소득은 상호면세 규정에 따라 법인세의 과세표준에서 공제되어야 한다.

라) 원고는 홍콩에 본점을 둔 외국법인으로서, 원고에게 법인세 신고납부의무가 있는 지 여부에 관하여 해석이나 의견의 대립이 있어, 납세의무자에게 의무 이행을 기대하기 어려운 경우에 해당하므로 원고에게는 가산세 면제의 정당한 사유가 존재한다.

3) 2006년 제1기 부가가치세 가산세 부과처분 중 신고불성실가산세 부분에 관한 주장

가) 원고는 영세율 과세표준 신고의무를 부담한다고 보기 어렵고, 외국법인의 외국항행 용역에 대하여는 국내에서 화물이 적재되는 경우에만 부가가치세 과세대상이 되고 영세율이 적용되어 과세표준 신고의무가 있으므로, 원고의 매출수익 중 국외선적 화물로 인한 매출액에 대한 신고불성실가산세 부과처분은 위법하다.

나) 영세율 과세표준 신고의무와 관련하여 법률조항의 문언해석상 원고가 스스로 신고할 것을 기대하기는 어려우므로 이를 이유로 가산세를 부과한 것은 위법하다

나. 절차상 하자 주장에 관한 판단

1) 과세전적부심에 관련된 절차적 하자

다음 사정을 종합하면 원고에게 과세전적부심사의 기회가 부여되지 않았다고 하더라도 이를 위법하다고 볼 수 없다.

가) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의15 제1항 제1호에 의하면 세무조사결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다. 그러나 같은 조 제2항 제2호는 조세범처벌법 위반 혐의로 고발 또는 통고처분하는 경우를 제1항이 적용되지 않는 예외사유의 하나로 정하고 있고, AT지방국세청장은 2011. 3. 말경 원고를 조세범처벌법 위반으로 고발하였으므로, 원고에게는 과세전적부심사에 관한 규정이 적용되지 않는다. 세무조사결과통지는 과세전적부심사의 전제 조건으로 기능한다는 점에 그 의의가 있으므로, 원고가 과세전적부심사를 청구할 수 없었던 이상, 세무조사결과통지의 누락으로 인해 원고의 절차적 권리가 침해당하였다고 볼 수 없다.

나) 고발 이후 법원에서 일부 또는 전부 무죄판결이 선고되었다고 하더라도 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다는 결론에는 아무런 영향이 없다.

다) 부과예정세액의 극히 일부만이 조세포탈과 관련이 있음에도 과세관청이 과세전적부심사의 기회를 의도적으로 배제하기 위하여 고발 또는 통고처분을 거쳐 과세권을 행사하는 등 과세권 남용으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않은 과세처분이 위법하다고 할 수 있을 것이나, 이 사건에서 과세관청이 원고의 과세전적부심사의 기회를 의도적으로 배제하기 위하여 과세권을 남용한 것이라고 인정할 증거가 없다.

2) 납세고지서 송달의 하자

을가 제285, 361, 362호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 2006 사업연도 법인세 가산세, 2006년 제1기 부가가치세 가산세 납세고지서가 2013. 3. 27. 홍콩에 소재한 원고의 본점으로 발송되어, 현지시간으로 2013. 4. 2. 도달한 사실이 인정된다. 따라서 각 가산세 납세고지서를 송달받지 못하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 납세고지의 하자

가산세는 본세의 세목별로 그 종류가 매우 다양할 뿐 아니라 부과기준 및 산출근거도 제각각이다. 따라서 납세고지서에 가산세의 산출근거 등이 기재되어 있지 않으면 납세의무자로서는 무슨 가산세가 어떤 근거로 부과되었는지 파악하기가 쉽지 않은 것이 보통일 것이다. 이와 같은 점에 비추어 보면, 납세고지에 관한 국세징수법 제9조 제1항의 규정이나 개별 세법의 규정 취지는 가산세의 납세고지에도 그대로 관철되어야 마땅하다. 한편 본세의 부과처분과 가산세의 부과처분은 각 별개의 과세처분인 것처럼, 같은 세목에 관하여 여러 종류의 가산세가 부과되면 그 각 가산세 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분이라고 보아야 한다. 따라서 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 판결 참조).

을가 제1, 2, 285호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 피고 B세무서장은 2011. 4. 6. 원고에게 2006 사업연도 법인세 및 가산세, 2006년 제1기 부가가치세 가산세 부과처분을 하였다가 이후 위 2010두12347 판결의 취지에 따라 가산세의 종류와 산출근거를 명시하기 위하여 2012. 11. 19. 위 각 가산세 부과처분을 직권 취소하고,가산세의 종류와 산출근거 등을 명시하여 다시 각 가산세를 고지한 사실이 인정된다.

이로써 당초 납세고지의 하자는 치유되었다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 2006 사업연도 법인세 및 가산세 부과처분에 관한 판단

1) 처분사유의 변경

가) 조세소송의 소송물은 과세관청이 결정한 소득금액의 존부이고, 과세관청으로서는 그 처분의 동일성을 해하지 아니하는 범위 내에서 과세처분 취소소송의 변론종결 시까지 당해 과세처분에서 인정한 과세표준액 등이 객관적으로 존재함을 인정할 모든 주장과 자료를 제출하고 그때까지 제출한 주장과 자료에 의하여 소득금액의 존부를 판단할 것을 주장할 수 있다(대법원 1989. 12. 22. 선고 88누7255 판결 참조). 한편, 법인세법 제2조 제1항 제2호, 제91조 제1항 등은 국내사업장을 가진 외국법인에 대하여는 국내 원천소득이 있는 경우 이를 과세표준으로 하여 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있는데, 같은 법 제94조 제1항, 제2항, 제4항의 문언 내용 및 그 취지 등에 비추어 보면, 국내에 외국법인의 고정사업장이 존재한다고 하기 위하여는 외국법인이 ‘처분권한 또는 사용권한’을 가지는 국내의 건물, 시설 또는 장치 등의 ‘사업상의 고정된 장소’를 통하여 외국법인의 직원 또는 그 지시를 받는 자가 예비적이거나 보조적인 사업활동이 아닌 ‘본질적이고 중요한 사업활동’을 수행하여야 하며, ‘본질적이고 중요한 사업활동’인지 여부는 그 사업활동의 성격과 규모, 전체 사업활동에서 차지하는 비중과 역할 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두19229, 19236 판결 참조).

내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ‘실질적 관리장소’란 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리․처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록․보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 1. 14. 선고 2014두8896 판결 참조).

나) 위와 같은 외국법인의 국내사업장 법리, 사업의 실질적 관리장소의 의미 및 그 판단기준으로부터 알 수 있는 다음의 사정 즉, 외국법인에 대한 국내사업장 인정 여부

에 관한 판단의 고려요소는 모두 동일한 사실관계를 기초로 하여 그 소득이 실질적으로 어디에 귀속되는지에 대한 것인 점, 변경 전후의 처분이 법인세로서 세목과 과세기간이 같고 사업장이 국내로서 같은 점 등에 비추어 보면, 과세관청인 피고 B세무서장이 당초 원고의 실질적 관리장소를 국내로 인정하여 내국법인의 소득으로 법인세를 부과하였다가 이 사건 소송계속 중 VVV을 원고 사업의 전부 또는 일부를 수행하는 고정된 장소로서 구 법인세법 제94조(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 정하는 국내사업장으로 보아 외국법인의 국내원천소득으로 법인세를 부과한 것은 당초의 과세원인사실과 동일한 사실의 범위 내로서 과세의 기초사실이 달라지는 것이 아니므로 처분의 동일성이 유지되어 적법하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

2) VVV이 원고의 국내사업장인지 여부

앞서 인정사실로 알 수 있는 다음 사정을 위 1)항에서 본 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, VVV은 원고의 본질적이고 중요한 사업활동이 이루어진 국내사업장으로서 원고의 실질적 업무 수행 장소에 해당하므로, 2006 사업연도에 대한 원고의 매출수익은 모두 VVV에서 행하는 사업이나 VVV에서 제공하는 인적 용역 또는 그곳에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 인한 소득으로서 국내원천소득에 해당한다.

가) VVV이 원고의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소로서 실질적 관리장소로 인정되는 이상 원고의 사업에 중요하고 본질적인 부분이 VVV에서 이루어졌다고 볼 수 있다.

나) 원고의 대표이사 Y이 VVV에 사무실을 두고 업무를 처리한 점, VVV의 직원들이 실제 수행한 위와 같은 업무내용 등에 비추어 VVV은 원고의 ‘처분권한 또는 사용권한’을 가지는 국내의 건물, 시설 등으로서 ‘사업상의 고정된 장소’에 해당한다.

다) 원고의 매출은 자동차해상운송 부분과 용대선 부분으로 나뉘고 자동차해상운송 부분이 그 대부분을 차지하고 있는데, 원고가 각국의 대리점을 개설․관리하고 거래처들과 운송계약을 체결하거나 선박의 운용․영업계획을 수립하는 업무의 본질적 사항이 모두 VVV에서 이루어졌다.

라) VVV의 직원들이 용선계약 검토 및 용선계약 체결, 용선료 청구 등을 비롯하여 원고의 용대선업무를 수행한 후 Y에게 그 진행사항과 결과 등을 보고하여 왔고, 영업1팀이 VVV의 조직도상 2006. 1. 1.부터 용대선업무를 담당하였으며 그 업무내역으로도 용대선업무가 포함되어 있을 뿐만 아니라 용대선계약서 및 그 관리대장, 용선료에 관한 거래명세표 등이 대부분 VVV에서 작성․보관되어 왔다.

3) 2006 사업연도 법인세 과세표준

가) 관련 규정의 내용 및 관련 법리

(1) 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제91조 제1항은 ‘국내사업장을 가진 외국법인 등의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 합계액(제98조 제1항의 규정에 의하여 원천징수되는 국내원천소득금액을 제외한다)에서 다음 각호의 규정에 의한 금액 또는 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다’고 규정하고, 제3호에서 ‘선박 또는 항공기의 외국항행으로 인하여 발생하는 소득. 다만, 그 외국법인의 본점 또는 주사무소가 있는 외국이 우리나라의 법인이 운용하는 선박 또는 항공기에 대하여 동일한 면제를 하는 경우(이하 ’상호면세‘라고 한다)에 한한다’고 규정하고 있다.

구 법인세법 제93조는 각호에 외국법인의 국내원천소득을 열거하면서 제5호 본문에서‘외국법인이 영위하는 사업에서 발생하는 소득(조세조약에 따라 국내원천 사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것’을 국내원천 사업소득으로 규정하고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제132조 제2항 제7호는 국내원천 사업소득 중 하나로 ‘외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우에는 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생하는 수입금액을 기준으로 하여 판정한 그 법인의 국내업무에서 발생하는 소득’을 들고 있다. 그리고 구 법인세법 제93조 제11호는 ‘제1호 내지 제10호의 규정에 의한 소득 외의 소득으로서 다음 각목의 1에 해당하는 소득’을 국내원천 기타소득으로 규정하고 있는데, (차)목에서 국내원천 기타소득 중 하나로 ‘(가)목 내지 (자)목 외에 국내에서 행하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적 용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 인한 소득 또는 이와 유사한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득’을 들고 있다.

(2) 앞서 본 관련 규정의 내용과 체계 등을 종합하여 보면, 국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우 위 사업에서 발생하는 소득 중 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득만이 구 법인세법 제93조 제5호에 따른 해당 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준에 포함된다고 보아야 하고, 국외에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득은 국내원천 사업소득이 아니어서 법인세 과세표준에 포함되지 아니한다. 그리고 국내원천 기타소득에 관한 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목을 근거로 하여서도 국내 및 국외를 불문하고 위 국제운송업에서 발생하는 소득 전부가 국내원천소득에 해당한다고 해석할 수는 없다.

(3) 또한 과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 존부 및 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로 국내사업장을 가진 외국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 국내원천소득 총합계액에 관한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 ‘선박의 외국항행소득’의 존재 및 범위도 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다.

구 법인세법 제91조 제1항 제3호는 선박의 외국항행소득이 외국법인의 국내원천소득으로서 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 국내원천소득 총합계액에 포함되는 것을 전제로 상호면세의 경우에 한하여 법인세 과세표준 산정 시 해당 소득을 공제하여야 한다고 규정한 것에 불과하다.

나) 구체적 판단

(1) 원고의 2006 사업연도 당시 원고는 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 국내사업장을 가진 외국법인으로서, 법인세 과세대상인 국내원천소득으로 인정될 수 있는 소득은 구 법인세법 제93조 제5호, 구 법인세법 시행령 제132조 제2항 제7호의 국내원천 사업소득, 즉 ‘국내에서’ 선적․승선한 항행으로 발생한 소득이다.

(2) 을가 제3호증의 2, 을가 제285호증의 15의 각 기재에 따르면, 원고 설립일인 2005. 12. 13.부터 2006. 3.까지의 기간에 대한 손익계산서(이하 ‘2006 사업연도 손익계산서’라고 한다)상 순수익은 *홍콩달러(기타운영수익 *홍콩달러 포함)이고, 피고 B세무서장은 위 순수익에 1홍콩달러당 평균 환율 *원을 적용하여 원고의 2006 사업연도 과세표준을 *원으로 산정하였다.

그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 2006 사업연도에 국내뿐만 아니라 국외에서도 선박으로 화물을 운송하는 사업을 영위하였으므로 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익에는 화물의 국외 선적과 관련하여 발생한 소득이 포함되었을 개연성이 높다.

따라서 위 매출수익이 오로지 화물의 국내 선적과 관련하여 발생한 소득으로 구성되었다는 점에 대하여 과세관청의 아무런 주장․입증이 없는 이상(피고 B세무서장은 국내외 매출 구분이 불가하다고 주장하고 있을 뿐이다), 위 매출수익 전부가 국내원천 소득에 해당한다고 보기 어렵다.

(3) 피고 C구청장이 과세요건사실인 과세표준 산정에 대해 최소한의 증명을 다하지 않은 이상 원고에게로의 증명책임 전환을 논할 여지는 없을 뿐만 아니라, 과세관청이 2011년 세무조사 과정에서 상당한 과세자료를 이미 확보한 점, 원고는 시일이 상당히 경과하여 분실․폐기 등으로 2006년 외국항행소득, 국외 선적 매출분 관련 자료 등을 찾기 어렵다고 밝히면서 원고에게 유리한 자료임에도 결국 제출하지 못한 점, 원고가 16년 전인 2006년경 관련 자료를 쉽게 확보하여 제출할 것을 기대하기 어려운 점등에 비추어, 원고에게 증거제출의 불이행을 탓하거나 그로 인한 불이익을 귀속시킬 수 없다.

(4) 피고 B세무서장은 제2차 환송 후 당심에 이르러, 원고가 2006 사업연도 총매출 대비 국내 매출비율이 *.*%임을 자인하였다는 이유로 2006 사업연도 손익계산서상 2006 사업연도 순수익에서 기타운영수익을 제외한 나머지 *원의 *.*%에 세율을 곱한 *원을 정당세액이라고 주장한다(피고 B세무서장의 2025. 4. 22. 자 준비서면 참조).

살피건대, 원고는 2012. 3. 19. 이 사건 소를 제기하면서 국내에 실질적 관리장소를 둔 것으로 볼 수 없다고 주장하면서 그 정황 중 하나로 원고가 작성한 S** 지역별 매출자료를 갑 제6호증(을 제363호증과 같다)으로 소장에 첨부하여 제출하였다. 위 c*** 지역별 매출자료에는 원고가 2005. 12. 13. 3)부터 2006. 3.까지 일본, 중국, 한국, 유럽, 기타 국에서 매출을 얻었고, 그중 한국에서의 매출은 운송매출이 *달러, 용선매출이 *달러로 총매출 대비 *.*%라고 정리되어 있다.

그러나 매출과 매출에서 비용을 공제한 수익은 별개이고, 원고의 매출액과 소득액이 정비례한다고 볼 만한 근거가 없으며, 갑 제6호증의 기재만으로 원고가 2006 사업연도 손익계산서상 매출수익의 *.*%가 국내원천소득임을 자인하였다고 볼 수 없다.

나아가 앞서 살핀 바와 같이 국내사업장을 가진 외국법인의 과세표준은 ‘국내원천소득의 총합계액 –㉠ 이월결손금 - ㉡ 비과세소득 –㉢ 상호면세되는 선박․항공기 외국항행소득’으로 산정된다(법인세법 제91조 제1항). 국외 선적․승선 선박의 항행소득은 애당초 ‘국내원천소득 총합계액’에 포함되지 아니하고, 국내 선적․승선 선박의 항행소득만이 이에 해당한다(구 법인세법 제93조 제5호, 법인세법 시행령 제132조 제2항제7호). 한편 홍콩과의 국제운수소득에 대하여 상호면세 규정이 1998년부터 시행되었으므로, 국내사업장을 가진 홍콩법인인 원고의 경우 구 법인세법 제91조 제1항 제3호에 따라 ‘국내원천소득의 총합계액’에서 ‘㉢ 상호면세되는 선박․항공기 외국항행소득’이 공제된 금액이 과세표준이 되는데, 법인세법 시행규칙 제62조는 ‘㉢ 상호면세되는 선박․항공기 외국항행소득’을 ‘외국항행을 목적으로 하는 정상적인 업무에서 발생하는 소득(제1호)’과 ‘자기소유 선박을 외국항행을 조건으로 정기용선계약(나용선인 경우를 제외)을 체결하고 동계약에 의하여 자기소유선박이 외국항행을 함으로써 지급받는 용선료 수입(제2호)’으로 규정하고 있다. 그러므로 국내사업장을 가진 외국법인의 과세표준을 산출함에 있어 ‘상호면세되는 외국항행소득’은 순자산을 증가시키는 익금(‘국내원천소득의 총합계액’)에 해당되어 사업연도 소득에 일단 합산되었다가 다시 상호면세되는 경우 공제(‘㉢ 상호면세되는 선박․항공기 외국항행소득’)하는 형식을 통하여 과세표준이 산출된다. 즉, 피고 B세무서장이 주장하는 손익계산서상 수익의 *.*%를 원고가 국내에서 선적․승선한 자동차운송사업과 선박용선사업으로 발생한 국내원천소득의 과세근거로 삼더라도, 그중 타인소유 선박을 이용한 용선료 수입을 제외한 나머지는 상호면세가 인정되어 다시 국내 선적․승선 화물운송과 선박용선 관련 외국항행소득으로 공제되어야 한다. 그런데 피고 B세무서장은 손익계산서상 수익의 *.*%를 국내원천소득으로 주장할 뿐, 국내원천소득 합계액의 구체적인 소득 구분, 종류 및 금액 주장․증명하지 못하고, 그로 인해 다시 공제되어야 할 상호면세되는 국내 선적․승선 외국항행소득 등에 대해서도 주장․증명하지 못하고 있으며, 이를 산정할 만한 자료도 없다.

4) 처분의 적법 여부

피고 B세무서장은 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 순이익을 2006 사업연도 원고의 국내사업장에 대한 국내원천소득 합계액으로 보아 원고에 대하여 2006 사업연도 법인세 및 그 가산세 부과처분을 하였다. 그런데 앞서 본 바와 같이 피고 B세무서장이 위와 같이 산정한 국내원천소득 총 합계액이 오로지 국내 선적․승선과 관련하여 발생한 소득으로 구성되었다는 점, 상호면세되는 국내 선적 외국항행 소득이 공제되었다는 점에 대하여 과세관청의 주장․입증이 없고, 제2차 환송 후 이 법원의 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 추가로 제출하지 못하고 있다. 따라서 2006 사업연도 법인세 및 그 가산세 부과처분은 모두 위법하여 취소되어야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

라. 2006년 제1기분 부가가치세 가산세 중 신고불성실가산세 부분

1) 관련 법리

구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제10조 제2항 제2호, 제11조 제1항 제3호, 제2항, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 등 관련 규정의 문언과 체계 등을 종합하여 보면, 비거주자 또는 외국법인에 의하여 제공되는 외국항행용역의 경우에는 여객의 탑승이나 화물의 적재가 국내에서 이루어지는 경우에 한하여 부가가치세 과세대상이 되고, 특히 해당 외국법인이 상호면세국의 사업자인 경우에는 우리나라에서 여객이나 화물이 탑승 또는 적재되는 경우에만 영세율이 적용되므로, 외국항행용역을 제공하는 외국법인은 위와 같은 경우에만 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가있다(대법원 2021. 2. 25. 선고 2017두237 판결 참조). 그리고 어떠한 거래에 대하여 영세율 적용 여부의 다툼이 있는 경우 영세율 적용요건에 관한 증명책임은 영세율 적용을 주장하는 자에게 있고(대법원 2024. 4. 12. 선고 2023두58701 판결 참조), 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세와 관련하여 그 과세의 근거가 되는 영세율 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로 그 영세율과세표준 확정의 기초가 되는 공급가액이 적법하게 산정되었다는 사정에 대한 증명책임도 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 과세관청에 있다고 봄이 타당하다(대법원 1994. 8. 12. 선고 92누12094 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 원고는 2006년 제1기 부가가치세 과세기간(2006. 1. 1.부터 2006. 6. 31.까지) 중 2006. 1. 1.부터 2006. 3. 31.까지는 국내사업장을 가진 외국법인, 2006. 4. 1.부터 2006. 6. 30.까지는 국내에 사업의 실질적 관리장소를 둔 내국법인에 해당한다. 그러므로 2006년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 발생한 외국항행용역 매출분 중, ① 2006.1. 1. ~ 2006. 3. 31.에는 원고가 외국법인으로 국외 선적 화물운송 외국항행용역의 공급가액은 영세율 신고대상에 해당하지 아니하며 국내 선적 화물운송 외국항행용역의 공급가액에 한하여 영세율과세표준 신고의무가 있고, ② 2006. 4. 1. ~ 2006. 6. 30.에는 원고가 내국법인으로 인정되어 국내외 선적 화물운송 외국항행용역의 공급가액에 대하여 영세율과세표준 신고의무가 있다.

나) 앞서 본 바와 같이 원고는 2006 사업연도에 국내뿐만 아니라 국외에서도 선박으로 화물을 운송하는 사업을 영위하였으므로 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출액에는 화물의 국외 선적과 관련하여 발생한 매출액이 포함되었을 개연성이 높다.

다) 이러한 경우 원고의 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 중 영세율 신고의무가 있는 부분은 화물의 국내 선적과 관련하여 발생한 매출액에 한정되므로, 영세율 적용을 주장하는 피고 B세무서장에게 화물의 국내 선적 관련 매출액의 존재 및 범위에 관한 증명책임이 있다. 그런데 피고 B세무서장은 2006 사업연도 손익계산서상 매출액 전부가 화물의 국내선적과 관련한 매출액이라는 점에 대한 자료를 제출하지 않았다. 이처럼 영세율과세표준액 산정의 적법성이 과세관청에 의하여 먼저 상당한 정도로 증명되지 아니한 이상 납세의무자인 원고에게 그 증명의 필요를 돌릴 수는 없다.

라) 피고 B세무서장은 제2차 환송 후 당심에 이르러, 2006 사업연도 영세율과세표준이 “*원(2006 사업연도 매출액) × 갑 제6호증에 기재된 국내매출비율 *.*%”이라고 주장하면서, 2006년 제1기 부가가치세 신고불성실 가산세의 정당세액은 *원이라고 주장한다.

갑 제19호증, 을가 제2, 3, 368호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 산출한 원고의 2006 사업연도 매출액 *원, 2006년 제1기 과세기간 매출액 *원은 세무조사 과정에서 원고가 매출액 등 관련 자료로 과세관청에 제출한 자료로서 홍콩에서 작성된 원고의 재무제표에 근거한 것이고, 홍콩에서 작성된 원고의 재무제표에 적용된 회계기준이 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제79조 각 호의 회계기준에 배치된다거나 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 관행에 해당하지 않는다고 볼 만한 자료도 없으므로, 이를 매출액의 근거로 삼을 수 있다.

한편 원고의 2006 사업연도 당시 매출은 자동차화물운송과 선박의 용대선사업으로 발생하였고, 용대선사업은 타인 선박을 이용하여 이루어졌으며, 그중 상당 부분이 국내 선적과 관련하여 발생된 것임은 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다. 또한 원고가 국내 매출 관련 자료로 A 지역별 매출자료를 갑 제6호증으로 제출하였음은 앞서 본 바와 같고, 위 매출자료는 원고가 이 사건 소를 제기한 2011년경 무렵 작성된 것으로 그로부터 상당한 시일이 경과함에 따라 원고의 폐업, 관련 자료의 분실, 폐기 등으로 그 작성 방법 내지 근거자료 등을 확인할 수 없기는 하나, 원고 스스로 국외 매출이 더 많음을 드러내기 위하여 작성한 자료라는 점에서 국내매출비율이 원고에게 불리하게 산정되었을 것으로 보이지 아니하고, 국가별, 사업별로 1달러 단위까지 구체적인 금액이 기재되어 있으며, 피고가 그 신빙성을 탄핵하는 자료를 제출하거나 적극적으로 다툰 바도 없으므로, 위 매출자료에 기재된 국내매출비율을 통해 국내매출액을 산출하는 것은 합리적이고 타당한 방법으로 보인다.

그러나 앞서 든 증거에 따르면 피고 B세무서장이 주장하는 2006 사업연도 매출액 *원에는 2005. 12. 13.부터 2005. 12. 31.까지의 매출액이 합산되어 있음을 알 수 있고, 2006. 1. 1.부터 2006. 3. 31.까지 발생한 매출액만을 특정할 수 있는 자료가 없다. 다만, 2006년 제1기 과세기간이 원고의 회계연도에 따라 내국법인인 기간과 외국법인인 기간으로 구분되고, 그중 내국법인으로 인정되는 2006. 4. 1.부터 2006. 6. 30.까지 발생한 국내외 선적 외국항행용역의 공급가액에 대해서는 영세율 과세표준 신고의무가 있으며, 그 공급가액은 적어도 2006년 제1기 과세기간 매출액 *원에서 2006 사업연도 매출액 *원을 공제한 나머지 *원으로 특정될 수 있다.

마) 한편, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두4689 판결 참조). 원고가 위 인정부분에 대하여 영세율과세표준을 신고하지 못한 것은 단순히 법령의 부지나 법령 해석의 착오에 기인한 것이므로, 원고에게 가산세 면제사유로서의 정당한 사유를 인정하기 어렵다.

바) 2006년 제1기분 부가가치세 신고불성실 가산세의 정당세액은 *원(= 영세율과세표준 *원 × 1%)으로, 피고 B세무서장의 2006년 제1기분 부가가치세 신고불성실 가산세 부과처분 중 *원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

사) 원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

6. 피고 C구청장의 2016 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) 처분의 적법 여부

2006 사업연도 법인세할 주민세는 법인세액을 과세표준으로 삼아 그 세액에 대하여 단일세율(10%)에 해당하는 금액을 납부하도록 하는 형태로 운영되므로, 앞서 본 바와 같이 2006 사업연도 법인세 부과처분이 위법하여 모두 취소되는 이상, 피고 C구청장의 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) 부과처분도 위법하여 취소되어야 한다.

7. 결론

그렇다면 원고의 피고 B세무서장에 대한 청구 중 2006 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 피고 C구청장에 대한 2011. 7. 13. 자 2006 사업연도 법인세할(본세 기준) 주민세(가산세 포함) 부과처분 부분은 이유 있어 인용하고, 원고의 피고 B세무서장에 대한 2006년 제1기 부가가치세 신고불성실 가산세 부과처분 부분은 일부 이유 있어 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 피고 B세무서장에 대한 항소를 일부받아들여 제2차 환송 후 이 법원에서 감축된 청구를 포함하여 제1심판결을 주문과 같이 변경한다