1. 환송 전 당심에서 확장된 청구를 포함하여 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

 가. 피고가 2018. 10. 2. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 '부과세액'란 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 중 '취소세액(DDD 관련 세액)'란 기재 각 부가가치세의 각 '가산세'란 기재 부분을 모두 취소한다

 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다

2. 소송총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 20xx. xx. xx. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 '부과세액'란 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 중 '취소세액(DDD 관련 세액)'란 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다(원고는 환송 전 당심에서 청구 취지를 확장하였다).

가. 원고는 □□ 등 도ㆍ소매업을 목적으로 설립된 회사이고, BBDD은 대한민국 BB 장병 및 그 가족(이하 '군인 등'이라 한다)의 DDD 업무를 담당하는 CCC CC이다.

나. 원고는 20xx년경부터 BBDD과 사이에 '위‧수탁거래계약서'(이하 '이 사건 계약서'라 한다)를 작성하고, BBDD이 운영하는 B 마트에 □□ 등(이하 '이 사건 제품‘이라 한다)을 납품하였다(이하 ’이 사건 거래‘라 한다).

 이 사건 계약서의 계약일반조건 중 주요 내용은 다음과 같다(이하에서는 제2조에 기재된 용어의 정의를 그대로 사용한다).

다. BBDD은 매월 판매가격에서 DDD, 관리수수료, 카드수수료를 공제한 금액을 원고에게 지급하였고, 그와 함께 '판매액(DD율정산액) - 관리수수료 – 카드수수료 = 지불액’내역이 기재된 업체결산결과통보서를 교부하였다.

 원고는 BBDD으로부터 위 통보서를 받으면 판매액(DD율정산액)의 10/11을 공급가액, 1/11을 부가가치세로 한 전자세금계산서를 BBDD에 발급하고, 위 부가가치세를 매출세액으로 납부하였다.

 라. 피고는 '이 사건 거래는 위탁매매계약으로 이 사건 제품이 군인 등에게 최종적으로 판매된 가격인 판매대금(= DD율정산액 + DDD)이 이 사건 제품의 공급대가에 해당함에도, 원고가 이 사건 거래 과정에서 발생한 DDD 2.976,076,736원(이하 '이 사건 DDD'이라 한다)과 관련하여 부가가치세의 신고ㆍ납부를 누락하였다'는 등의 이유로 20xx. xx. xx. 원고에게 별지 1 목록 기재와 같이 20xx년 2기분부터 20xx년 1기분까지의 각 부가가치세(각 가산세 포함)를 경정ㆍ고지하였다. 그중 이 사건 DDD과 관련된 부분은 별지 1 목록 '취소세액(DDD 관련 세액)'란 기재와 같다[이하 위 '취소세액(DDD 관련 세액)'의 '본세'란 부분을 '이 사건 각 본세 부과처분'이라 하고, '가산세'란 부분을 '이 사건 각 가산세 부과처분'이라 하며, 이를 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다].

[인정근거] 다톰 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다) 및 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

3. 이 사건 각 본세 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

   1) 이 사건 거래는 원고가 BBDD에 이 사건 제품을 공급하는 거래로 BBDD으로부터 받은 DD율정산액(매대금 - DDD)만이 공급대가에 해당하고, 이 사건 DDD은 BBDD과 군인 등 사이의 별개 거래에서 BBDD이 군인 등으로부터 수취한 돈으로 원고가 받은 공급대가에 포함되지 않는다.

   2) 설령 이 사건 거래의 실질이 위탁매매계약일지라도, 과세관청은 BBDD에 대한 납품 및 거래구조가 일반매매거래라는 유권해석을 하였고, 특히 주류 납품업체에 대하여 주류 관련 거래를 일반매매거래로 보고 주류 납품에 관한 사전확인 및 면세승인을 하였는바, 이는 신뢰의 대상이 되는 공적 견해표명에 해당한다. 이 사건 처분은 과세관청이 위와 같이 수십 년간 일관되게 제시하여 온 BBDD과의 거래는 위탁매매가 아니라는 견해를 갑자기 번복하여, 그 견해를 신뢰하고 납세의무를 이행해 온 납세자에게 예상치 못한 막대한 조세부담을 지우는 것으로 신뢰보호의 원칙 및 비과세관행에 반하여 위법하며, 일부 거래업체에 대하여만 부가가치세를 부과한 점에서 과세형평에도 어긋난다.

나. 이 사건 DDD이 공급대가에 포함되는지 여부(이 사건 거래의 실질)

   1) 쟁점의 정리

부가가치세법 제10조 제7항 본문에 따르면 위탁매매의 경우 위탁자 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 보게 되므로, 위탁매매인의 거래상대방에 대한 재화의 공급가액 전부가 위탁자의 부가가치세 과세표준인 공급가액이 되는 것이 원칙이고, 위탁자는 위 공급가액을 과세표준으로 하여 산정한 매출세액을 납부할 의무를 부담한다. 이 사건 DDD은 BBDD의 군인 등에 대한 이 사건 제품의 판매가격 중 일부이므로, 이 사건 거래가 위탁매매에 해당할 경우 이 사건 DDD도 위탁자인 원고의 부가가치세 과세표준인 재화의 공급가액에 포함되어야 한다[이 사건 거래가 위탁매매인 경우, BBDD이 아닌 원고가 직접 군인 등에게 재화를 공급하는 것이어서 부가가치세법 제26조 제1항 제19호, 같은 법 시행령 제46조 제3호 (가)목에서 정한 면제규정에 해당하지 않고, 달리 이러한 거래에 대하여 부가가치세를 면제할 근거가 존재하지도 않으므로 부가가치세를 거래징수한다]. 그러므로 이 사건 거래가 위탁매매계약에 해당하는지 살펴본다.

   2) 관련 법리

부가가치세법 제10조 제7항 본문은 '위탁매매에 의한 매매를 할 때에는 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다'고 규정하고 있다. 여기에서 위탁매매란 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 물품을 구입 또는 판매하고 보수를 받는 것으로서 명의와 계산의 분리를 본질로 하는 것이므로, 어떠한 계약이 일반의 매매계약인지 위탁매매계약인지는 계약의 명칭 또는 형식적인 문언을 떠나 그 실질을 중시하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2005다6297 판결, 대법원 2011. 7 14. 선고 2011다31645 판결 등 참조).

 한편 처분문서는 진정성립이 인정되면 특별한 사정이 없는 한 처분문서에 기재되어 있는 문언의 내용에 따라 당사자의 의사표시가 있었던 것으로 객관적으로 해석하여야 한다. 당사자 사이에 계약의 해석을 둘러싸고 이견이 있어 처분문서에 나타난 당사자의 의사해석이 문제되는 경우에는 문언의 내용, 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2001. 2. 27. 선고 99다23574 판결, 대법원 2024. 8. 1. 선고 2024다227699 판결 등 참조).

   3) 판단

     가) 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거로 알 수 있는 다음 사실 내지 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 거래는 BBDD이 자기 명의로 하되 타인인 원고의 계산으로 이 사건 제품을 판매한 위탁매매에 해당한다고 봄이 타당하다.

 (1) 이 사건 계약서는 그 명칭이 '위ㆍ수탁거래 계약서'일 뿐 아니라, 그 내용 중에는 '위ㆍ수탁거래 계약이란 BBDD이 업체가 납품한 상품을 BBDD 명의로 판매 후 일정액의 수수료를 공제한 상품 판매대금을 업체에 지급하는 형태의 계약을 말한다(제1조)'는 정의와 함께, 이 사건 제품과 같은 방식으로 B마트에서 판매되는 물품을 '업체가 BBDD에 판매를 위탁한 물품' 내지는 '위탁물품'으로 칭하는 부분(제2조) 등이 포함되어 있다. 이와 같은 이 사건 계약서의 명칭 및 문언내용에 의하면, 원고는 일반매매와 같이 BBDD을 직접 상대방으로 하여 이 사건 제품을 판매하고자 한 것이 아니라, 오히려 BBDD 운영의 B마트를 찾는 군인 등에 대한 판매를 위탁하는 계약을 체결한 것이라고 볼 수 있다.

 (2) 원고는 군 마트에 이 사건 제품을 공급한 즉시 BBDD으로부터 그 대가를 지급받은 것이 아니라, BBDD이 군인 등에게 이 사건 제품을 판매한 대금에서 이 사건 계약서에서 정한 DDD, 판매수수료, 카드수수료를 각 공제한 나머지를 매월 정기적으로 지급받았다. 특히 DDD은 이 사건 계약서에서 미리 정한 계산방식에 따라 이 사건 제품 판매가격에 일정 비율을 곱하는 방식으로 산정되었다. 이와 같이 BBDD에 귀속되는 DDD은 판매실적에 연동하여 구체적인 액수가 정해진다는 점에서 위탁매매인이 통상적으로 실적에 따라 위탁자로부터 받는 수수료와 유사하다고 볼 수 있다.

 (3) BBDD은 이 사건 제품을 판매한 후 정산을 거쳐 사전에 정하여진 계산방식에 따른 DDD 등만 얻는 데에 그친 반면, 원고는 이 사건 계약서 제8조 및 제13조 등에 따라 BBDD에 이 사건 제품을 납품한 이후에도 위 제품이 군인 등에게 판매되기까지의 일련의 과정에서 생기는 모든 비용과 제품의 손ㆍ망실, 훼손 등에 따른 위험을 부담하였다. 나아가 원고는 이 사건 계약서 제10조에 정해진 바와 같이 이 사건 제품의 판매대금 중 BBDD에 지급할 DDD을 차감한 나머지 부분을 BBDD으로부터 이전받을 권리를 취득ㆍ보유하였다. 이로써 이 사건 제품의 판매로 인한 경제적 효과는 실질적으로 원고에게 귀속되었다고 할 수 있다.

 (4) 이 사건 제품의 판매가격은 원고의 시중최저판매가에 원고가 입찰 당시 제시한 할인율 등을 적용하여 결정되었고, BBDD은 이 사건 제품이 계약 당시 시중최저판매가보다 낮은 가격으로 판매되는 것이 확인되는 경우에만 예외적으로 원고에게 판매가격 인하 등의 조치를 취해줄 것을 요구할 수 있었다. 이에 비추어 이 사건 제품에 대한 가격결정권도 원고에게 있었다고 볼 수 있다.

 (5) 이 사건 거래에 관하여 원고와 BBDD은 일반적인 물품공급계약과 마찬가지로 공급자를 '원고', 공급받는 자를 'BBDD'으로 하여 세금계산서를 수수하였다. 그러나 앞서 본 이 사건 계약서의 내용이나 정산 구조 등에 비추어 볼 때, 이와 같은 세금계산서의 명의 및 형태만으로 BBDD이 자신의 계산으로 이 사건 제품을 군인 등에게 판매한 것이었다거나, 원고와 BBDD 사이에 이 사건 제품에 관하여 부가가치세 과세대상인 '재화의 공급'이 별개 독립적으로 이루어졌다고 단정하기 어렵다.

 (6) 어떠한 거래가 위탁매매인지 여부는 사실인정 내지 계약해석에 기초한 법리적용의 문제로서 각 개별사안마다 결정되어야 한다. 원고는 대법원 2002두12724 판결에서 BBDDD과의 거래가 준위탁매매거래에 해당하지 않는다고 판단한 바 있으므로 이 사건 거래도 위탁매매에 해당할 수 없다고 주장하나, 위 판결은 전자오락기 용역의 공급에 관한 것으로 BBDDD이 장병들에게 전자오락기 용역을 제공했는지가 여부가 중요한 판단기준이 되는 반면, 재화의 공급에 관한 이 사건은 이 사건 제품의 소유권 귀속이 중요한 판단기준이 되는 등 논의의 국면을 서로 달리하므로, 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.

 (7) 원고는, 이 사건 계약서 중 BBDD의 물품 판매가격 결정 및 통제에 관한 조항(제6조, 제9조), 위약금 부과 등 제재조항(제17조), 납품업체에게 위험 및 책임을 전가하는 조항(제8조, 제13조, 제19조 등) 등은 '신의성실의 원칙을 위반하여 공정성을 잃은 조항', '상당한 이유 없이 급부의 내용을 사업자가 일방적으로 결정하거나 변경할 수 있도록 권한을 부여하는 조항' 등에 해당하여 약관의 규제에 관한 법률 제6조, 제8조, 제9조 제2호에 따라 무효이고, 또한 BBDD이 거래상 지위를 남용하여 납품업체에게 불이익한 거래조건을 강요하는 것으로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 '공정거래법'이라 한다)에서 정한 불공정거래행위에도 해당하여 무효이므로, 무효인 계약 조항들을 들어 이 사건 거래를 위탁매매로 판단할 수 없다고도 주장한다.

 그러나 위 주장은 앞서 인정한 사실 및 갑 제7, 13호증의 각 기재로 알 수 있는 다음과 같은 점에서 이유 없다. ① 이 사건 제품에 대한 가격결정권은 원고에게 있고, BBDD이 원고에게 가격 인하를 요구하거나 이에 불응할 경우 제재를 가할 수 있는 요건은 이 사건 제품의 판매가격이 시중판매가보다 높은 것으로 확인된 경우로 한정된다. BBDD은 시중가격보다 저렴한 가격의 재화 공급을 통한 군인 등의 복지증진을 위해 납품업체 정기선정절차에서 시중판매가보다 저렴한 가격에 제품을 판매할 업체를 선정한다. 따라서 이 사건 계약서에서 시중판매가보다 높은 경우 BBDD이 가격 인하를 요구하거나 제재를 할 수 있도록 규정한 것은 조건 위반에 대비한 책임을 정한 것으로, 이를 공정성을 잃거나 상당한 이유 없이 급부의 내용을 사업자가 일방적으로 결정하거나 변경할 수 있도록 권한을 부여한 것이라고 볼 수 없다. ② 이 사건 거래의 경우, 납품업체로 선정된 업체는 군인 등을 상대로 제품을 판매할 수 있는 기회를 얻게 되고, 하위 30%에 해당되지 않는 이상 계약이 연장되어 안정적인 매출의 확보가 가능하여 납품업체로 선정되고자 하는 기업은 다수인 반면, B마트 운영권한 내지 납품업체 선정권한은 BBDD만이 가지므로, BBDD이 납품업체를 선정하는 구조가 될 수밖에 없다. 또한 납품 및 판매의 장소가 B마트라는 특수성상 납품에 요구되는 표시, 품질, 가격 등에 관한 엄격한 기준이 별도로 존재할 수밖에 없다. BBDD이 납품업체를 선정하고, 이 사건 계약에서 제품의 납품 등과 관련하여 검사권이나 제재권 등을 규정하는 것은 B마트 납품의 특수성에 따른 것이다. BBDD이 원고로부터 B매점에서 판매할 물품을 매수하면서 우월적 지위를 이용하여 원고가 주장하는 조항들을 원고의 의사에 반하여 계약내용에 포함시켰다고 보기 어렵다[원고는, 이 사건 계약이 공정거래법 제45조 제1항 제6호 소정의 거래상 지위 남용에 해당한다고 주장하나, 이 사건 거래는 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률이 적용되고(제2조), 위 법률에서는 계약상대자의 계약상 이익을 부당하게 제한하는 특약 또는 조건을 무효로 한다고 규정하고 있다(제5조 제3항, 제4항)]. (3) 상법 제112조는 위탁자와 위탁매매인간의 관계에는 민법의 규정을 보충적으로 적용하도록 규정하고, 위임에 관한 민법 제688조 제3항은 '수임인이 위임사무의 처리를 위하여 과실 없이 손해를 받은 때에는 위임인에 대하여 그 배상을 청구할 수 있다'고 규정하고 있다. 이 사건 계약서 제18조, 제19조 등에서 상품에 부패ㆍ하자가 존재하는 경우 그로 인한 손해배상책임 등 비용부담의 주체를 원고로 정한 것은 민법 제688조 제3항의 취지를 그대로 반영한 것으로 보일 뿐이다.

     나) 따라서 이 사건 DDD은 위탁자인 원고의 부가가치세 과세표준인 재화의 공급가액에 포함되어야 한다. 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다

다. 신뢰보호의 원칙 위반 내지 비과세관행 성립 여부 및 과세형평 위반 여부

   1) 관련 법리

 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두112233 판결 등 참조). 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다.

 또한 비과세 관행 존중의 원칙도 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것으로서, 이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 간행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 1992. 9. 8. 선고 91누13670 판결, 대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

   2) 판단

     가) 원고가 과세관청의 유권해석이라고 들고 있는 질의회신들은 "CC 운영매점의 실지의 활동이 자기 책임과 계산 하에 독립적으로 운영되는 경우에는 위탁매매에 해당하지 않는다"[부가46015-3882(2000. 11. 28.)]거나, "재화의 제조업자 등으로부터 재화를 공급받아 자기의 책임과 계산 하에 재화를 공급하는 경우에는 수탁판매에 해당하지 아니한다"[부가46015-920(2000. 4. 26.)]거나, "CCC 운영매점이 별도의 경영권을 가지고 자기 책임과 계산 하에 독립적으로 운영되는 경우 위탁매매에 해당하지 않으므로 당해 매점에 재화를 공급하는 사업자는 세금계산서를 교부하여야 한다"[부가22601-107(1991. 1. 25.)]는 내용이다. 위 질의회신들은 CCC 내지 DD이 운영하는 매점을 통한 물건 판매의 법적 성격에 관한 것이기는 하나, 모두 '자기명의, 타인계산'이라는 기준에 따라 위탁매매 여부를 판단하여야 한다는 일반적인 법리에 기초하여, B매점이 '자기의 책임과 계산 하'에 물품을 판매하는 것은 위탁매매에 해당하지 않는다는 점을 밝히고 있을 뿐이다. 다만, '부가46015-1975(1996. 9. 19.)'는 "BBDDD의 활동은 위탁매매에 해당하지 않고 지원단이 세금계산서를 교부받은 경우에는 매입처별세금계산서 합계표를 사업장관할세무서장에게 제출하여야 하는 것임"이라는 내용이 기재되어 있기는 하나, "귀 질의의 경우에는 붙임 기 질의회신문(부가22601-107, 1991. 1. 25.)을 참조하시기 바란다"는 내용이 바로 이어서 기재되어 있고, "귀 질의의 경우 CC 운영 매점의 실지의 활동이 별도의 경영권(상품구입, 관리, 판매행위)을 가지고 자기 책임과 계산 하에 독립적으로 운영되는 경우에는 부가가치세법 제23조 제4호에서 규정하는 위탁매매에 해당하지 아니하는 것"이라는 취지의 부가22601-107(1991. 1. 25.)의 요지도 아울러 명시되어 있다. 따라서 위 질의회신을 이유로 과세관청이 구체적인 사실관계를 고려하여 위탁매매에 관한 법리를 적용하거나 '자기명의', 타인계산'의 요건을 갖춘 경우에도 BBDD과의 거래는 위탁매매로 볼 수 없다는 취지의 공적 견해 표명을 하였다고 보기 어렵다. 설령 원고가 위 질의회신들의 특정 문구를 신뢰하였다고 하더라도 그러한 신뢰가 합법성의 원칙을 희생하면서까지 보호할만한 가치가 있는 정당한 것이라고 보기 어렵다.

     나) 주세법 시행령 제5조 제3항은 BBCC 또는 공신력이 있다고 인정되는 판매기관과의 직접계약에 따라 반출하는 일정 주류의 경우 그 계약금액을 주세의 과세표준 계산을 위한 주류의 통상가격(주류 제조자가 통상의 도매 수량과 거래 방식으로 판매하는 가격)으로 한다고 규정하고 있고, 주세법 시행규칙 제2조는 주류제조자가 주세법 시행령 제5조 제3항을 적용받으려는 경우 납품계약을 한 주류의 종류, 수량, 계약기간, 계약상대기관 및 계약금액 등의 서류를 관할 세무서장에게 제출하여야 하고, 그 서류를 제출받은 세무서장은 해당 납품가격을 통상가격으로 하기에 적정한지를 확인해야 한다고 규정하고 있다. 이러한 주세법령의 내용에 따르면, 주류 납품업체들이 BBDD에 주류를 납품하면서 계약금액을 'DDD이 제외된 납품가격'으로, 계약상대기관을 'BBDD'으로 명시한 서류를 관할 세무서장에게 제출하고, 관할 세무서장이 이에 대하여 별다른 이견 없이 확인을 하였다고 하더라도, 이는 위 계약금액이 통상가격, = 주류 제조자가 통상의 도매 수량과 거래 방식으로 판매하는 가격으로 하기에 적정하다는 취지일 뿐, 더 나아가 위 계약금액이 곧 부가가치세의 과세표준으로서 재화의 공급가액이라는 공적 견해표명을 한 것이라고 볼 수 없다.

     다) 와 같이 이 사건 거래에 관한 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다고 보기 어렵고, 과세당국이 그동안 BBDD을 통해 물품을 위탁판매한 다른 업체들에게 DDD 징수액에 상응하는 부가가치세를 부과하지 않았다고 하더라도 그러한 부작위만으로 그 부가가치세에 관하여 확고한 비과세관행이 형성되었다고 보기도 어렵다. 나아가 이 사건 부과처분이 합리적 이유 없이 원고만을 불리하게 차별한 것이라고 볼 만한 사정도 없다.

     라) 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다

4. 이 사건 각 가산세 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

 원고는 대법원과 과세관청 및 BBDD의 기존 입장을 신뢰하고 이 사건 DDD을 공급대가에서 제외하여 부가가치세를 신고한 것이므로 원고에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 인정된다. 또한 이 사건 거래가 위탁매매라면 원고는 세금계산서를 발급할 의무가 없으므로 이 점에서도 세금계산서미발급 가산세 부분은 위법하다.

나. 관련 법리

국세기본법 제48조 제1항은 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 이에 따라 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 가산세 부과의 근거가 되는 개별 법령 규정의 취지를 충분히 고려하면서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 납세의무자가 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 경우에 해당하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결, 대법원 2016. 10. 13. 선고 2014두39760 판결 등 참조).

다. 판단

   1) 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거로 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 원고로서는 이 사건 DDD과 관련한 부가가치세 신고에 있어서 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 봄이 타당하다.

     가) 이 사건 계약서를 비롯하여 B매점 내지 B마트에 물품을 납품하는 거래계약서는 BDD시설을 운영하는 국방부 CCC, 각 B 및 그 예하 CC에서 작성한다. BDDD은 1991년부터 2000년까지 4차례에 걸쳐 개괄적이나마 이 사건 거래와 같은 판매대금 정산방식, 공급물품 재고의 소유관계 등을 제시하면서 이러한 방식으로 제품을 납품받아 B매점에서 판매하는 거래의 실질이 위탁매매인지 여부에 관하여 과세관청에 질의하였다. 과세관청이 비록 '자기의 계산과 책임' 하에 판매하는 것은 위탁매매가 아니라는 일반론적 내용으로 회신하였지만, 그 질의자가 이 사건 거래의 구조와 내용을 만든 BDDD이고, 질의내용에 이 사건 거래와 같은 구조 및 내용이 개괄적이나마 제시되어 있으므로, 원고로서는 과세관청의 회신이 이 사건 거래의 구조와 내용을 반영하여 이루어진 것이라고 오인할 여지가 있다.

     나) 부가가치세법 제26조 제1항 제10조, 같은 법 시행령 제46조 제3호 (가)목에 따라 BBDD이 군인 등에게 공급하는 상품에는 부가가치세가 면제되므로 부가가치세를 거래징수하지 않는다.

 BBDD은 환송 전 이 법원의 사실조회에 대하여 '군인 등에게 이 사건 제품을 판매하면서 부가가치세를 거래징수하지 않았다'고 회신하였던바, 원고는 이 사건 제품도 B마트에서의 물품판매로 BBDD이 군인 등을 상대로 운영하는 면세거래로 오인하였을 수 있다.

     다) 부가가치세법 시행령 제69조는 위탁판매의 경우 수탁자가 재화를 인도할 때 위탁자 명의로 세금계산서를 발급하되, 비고란에 수탁자의 사업자등록번호를 부기하도록 규정하고 있다. 그리고 위탁매매인은 위탁자를 대신하여 거래상대방에게 재화를 판매하는 것이지만, 위탁자에게 용역을 공급하고 받는 보수(= 수수료)에 있어서는 용역사업자이므로, 위탁매매인은 위탁자로부터 받은 보수를 공급가액으로 하여 위탁자에게 세금계산서를 발급하여야 한다.

 BBDD이 이 사건 소송계속 중 이 사건 거래가 위탁매매에 해당한다는 의견을 밝힌 것과 별개로, BBDD은 앞서 살핀 과세관청에 대한 질의회신을 거쳐 부가가치세 업무를 처리하면서 위탁매매에 있어 세금계산서 발급방법을 취하지 아니하였다. 즉, 위탁매매인으로서 구입자에게 위탁자 명의로 세금계산서를 발급하거나 위탁자로부터 받은 보수를 공급가액으로 하여 위탁자에게 세금계산서를 발급하지 아니하였고, 오히려 일반매매와 같이 납품업체에 세금계산서 발행을 요청하였다. 상대적으로 우월적 지위에 있는 국방부 CCC인 BBDD이 자신이 마련한 계약의 실질에 대한 과세관청의 질의회신을 거쳐 상당기간 다수 납품업체들과 거래를 하면서 부가가치세와 관련된 세금계산서 발급 업무를 위와 같이 처리하여 온 이상, 원고로서는 위와 같은 업무처리가 잘못되었다고 의심하거나, 이 사건 거래가 위탁매매임을 전제로 BBDD의 부가가치세 관련 업무 처리에 이의를 제기하면서 자신이 세금계산서를 발급하지 아니하고 BBDD에 물품판매에 대한 세금계산서 및 수수료 용역에 대한 세금계산서의 각 발급을 요청하는 등의 절차를 이행할 만한 상황에 있었다고 보기 어렵다.

   2) 따라서 원고에게 가산세를 면제할 사유가 있으므로, 이 사건 각 가산세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다(원고의 이 부분 주장을 받아들이는 이상 나머지 주장은 나아가 판단하지 아니한다).

5. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 일부 결론을 달리한 제1심판결은 부당하므로 원고가 환송 전 당심에서 확장한 청구 및 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.