판 결

사 건 2024누69236 양도소득세경정거부처분취소

원고, 항소인 AAA

피고, 피항소인 ○○세무서장

변 론 종 결 2025. 11. 21.

판 결 선 고 2026. 1. 23.

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2022. X. XX. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 ○○○○○○원에 관한 경정거부처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. BBB는 2007. x. xx. XX주택공사와 사이에 택지개발사업이 진행 중이던 XXXX 택지개발사업지구 내 단독주택용지(단xx-x) xxx㎡(이후 택지개발사업이 완료됨에 따라 XX시 XX읍 XX리 XXXX 대 xxx.x㎡로 전환되었다. 이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 분양대금을 xxx,xxx,xxx원으로 정해 단독주택용지 분양계약을 체결하고(이하 ‘이 사건 분양계약’이라 한다), 계약금 xx,xxx,xxx원을 납부하였다.

나. 한편 원고는 2007. x. xx. BBB와 사이에 이 사건 토지 관련 분양권을 위 분양대금 계약금 xx,xxx,xxx원에 프리미엄¹⁾ xx,xxx,xxx원을 더한 총 xx,xxx,xxx원에 양수하고, BBB의 양도소득세를 대납한다는 취지의 분양권 매매계약서(이하 위 분양권 매매계약서를 ‘2007. x. xx.자 매매계약서’라 한다)를 작성한 후 곧바로 분양자 XX주택공사, 수분양자1 BBB, 수분양자2 원고로 하는 3자간 용지 권리의무승계계약서를 작성하여 이 사건 토지 관련 분양권을 양수하였다.

다. BBB는 위 분양권 양도에 대해 2007. x. xx. 양도가액 xx,xxx,xxx원, 취득가액 xx,xxx,xxx원으로 하여 양도소득세(지방세 포함) xx,xxx,xxx원을 신고ㆍ납부하였는데, 위 양도소득세는 원고가 대납한 것이다.

라. 그 후 위 택지개발사업이 완료됨에 따라 원고는 2015. x. xx. 분양대금 xxx,xxx,xxx원(= 원금 xxx,xxx,xxx원 + 지연손해금 x,xxx,xxx원 –선납할인액 xx,xxx원)을 완납하고, 2015. x. xx. XX주택공사로부터 이 사건 토지의 소유권을 이전받았다.

마. 원고는 2016. xx. xx. 이 사건 토지를 양도한 후, 2017. x. xx. 양도가액을 xx,xxx,xxx원, 취득가액을 위 분양권 프리미엄(xx,xxx,xxx원)을 포함하여 총 xxx,xxx,xxx원[= 단독주택용지 분양대금 xxx,xxx,xxx원 + 프리미엄 xx,xxx,xxx원 + BBB의 양도소득세(지방세 포함) 대납액 xx,xxx,xxx원 + 취득세 등 xx,xxx,xxx원]으로 하여 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 (예정)신고ㆍ납부하였다.

바. 원고는 2022. x. xx. 이 사건 토지 관련 분양권을 취득할 당시 원고가 지출한 분양권 프리미엄이 xx,xxx,xxx원이 아니라 xxx,xxx,xxx원이라고 주장하며 기존에 (예정)신고ㆍ납부한 양도소득세 전부의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 피고는 분양권 프리미엄을 원고가 새롭게 주장하는 바와 같이 xxx,xxx,xxx원으로 볼 수 없다는 이유로 2022. 5. 20. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1 내지 7, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 분양권 프리미엄으로 xx,xxx,xxx원이 아니라 xxx,xxx,xxx원을 지급하고 BBB로부터 이 사건 토지 관련 분양권을 양수하였고, 2007. x. xx.자 매매계약서에 분양권 프리미엄을 xx,xxx,xxx원으로 기재한 것은 BBB의 요청으로 다운계약서를 작성하였기 때문이다. 그런데도 2007. x. xx.자 매매계약서에 기재된 분양권 프리미엄 가액 xx,xxx,xxx원이 이 사건 토지 관련 분양권의 정당한 프리미엄 가액에 해당한다는 전제에서 양도소득세를 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

가) 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말한다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 참조).

나) 일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로, 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 당해 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 등 참조).

다) 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있다 할 것이므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들, 갑 제2호증의 1 내지 4, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 갑 제7 내지 10호증, 갑 제11호증의 1 내지 4의 각 기재, 제1심 법원의 2024. x. x.자 XX은행에 대한 금융거래정보 제출명령 결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합해 보면, 원고 주장과 같이 원고가 BBB에게 이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄 명목으로 xxx,xxx,xxx원을 지급하였을 개연성이 충분하고, 피고가 제출한 증거들만으로는 이와 달리 원고가 분양권 프리미엄 명목으로 지급한 금원이 xx,xxx,xxx원이라고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고가 이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄의 실지거래가액을 xx,xxx,xxx원으로 보아 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

가) 원고와 BBB 사이에 이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄을 xx,xxx,xxx원으로 정한다는 내용의 2007. x. xx.자 매매계약서가 작성되었으며, 이를 토대로 BBB가 위 분양권 양도에 대하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하는 한편, 원고 역시 이를 전제로 이 사건 토지의 양도에 관하여 양도소득세를 (예정)신고ㆍ납부하였던 사실은 앞서 본 바와 같다. 피고는 위 인정사실을 들어 원고가 BBB에게 지급한 이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄은 xx,xxx,xxx원으로 추인된다는 취지로 주장한다.²⁾

나) 그러나 원고는 이 사건 처분에 불복하며 제기한 조세심판청구 및 이 사건 소송 과정에서 이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄으로 xxx,xxx,xxx원을 지급하였다고 주장하면서 그 근거로 2007. x. xx.자 매매계약서가 작성되기 이전인 2005. xx. xx. 원고와 BBB 사이에 이 사건 토지 관련 분양권을 xxx,xxx,xxx원에 매매하는 취지로 작성된 매매계약서(갑 제2호증의 1, 이하 ‘2005. xx. xx.자 매매계약서’라고 한다), BBB가 2005. xx. xx. 원고로부터 이 사건 토지 관련 분양권 매매대금³⁾으로 xxx,xxx,xxx원을 수령하였다는 영수증(갑 제2호증의 2, 이하 ‘2005. xx. xx.자 영수증’이라고 한다), BBB가 2005. xx. xx. 본인 명의로 직접 발급받은 인감증명서, 2005. xx. xx. xx,xxx,xxx원, xxx,xxx,xxx원, xx,xxx,xxx원이 (자기앞수표로) 대체 출금되고, x,xxx,xxx원이 현금으로 출금되었다는 원고의 XX은행 통장(XXX-XXXXXX-XXXXX) 사본(갑 제2호증의 3) 등을 제출하였는바, 아래에서 보는 바와 같이 위 2005. xx. xx.자 매매계약서 및 영수증은 원고와 BBB 사이에 2005. xx. xx. 무렵 실제 작성된 것으로 인정된다. 이와 같이 분양권 프리미엄의 가액에 관하여 상반된 자료들이 존재하고, 관련 문서들의 작성형식이나 날인 형태, 중개사의 입회 여부 등에서 별다른 차이가 없어 어느 것이 비교적 우월한 증명력이 있다고 평가하기는 어려우므로, 2007. x. xx.자 매매계약서 기재 내용대로 분양권 프리미엄이 xx,xxx,xxx원으로 추정된다고 단정할 수 없다. 그리고 원고는 ‘2007.x. xx. 작성한 매매계약서 및 영수증은 BBB와의 다운계약서 작성 합의에 따른 것이다’라는 취지로 주장하고 있으므로, 2007. x. xx.자 매매계약서 및 영수증의 내용과 이 사건 토지에 관한 양도소득세의 (예정)신고ㆍ납부 경위만으로는 (다운계약서 작성 합의의 위법성 내지 부적절함은 별론으로 하더라도) 이를 분양권 프리미엄의 액수를 확정하는 사정이라고 평가할 수는 없다.

다) 한편, 갑 제7호증의 기재 및 제1심 법원의 2024. x. x.자 XX은행에 대한 금융거래정보 제출명령 결과에 따르면 2005. xx. xx. 원고의 위 XX은행 계좌에서 합계 xxx,xxx,xxx원이 자기앞수표 xx장(xx,xxx,xxx원권 1장, xx,xxx,xxx원권 2장, xx,xxx,xxx원권 9장)으로 인출된 후 2005. xx. xx. xx,xxx,xxx원권 1장이 XXXXXXXXXXX은행에서, xx,xxx,xxx원권 2장 및 xx,xxx,xxx원권 8장 합계 xxx,xxx,xxx원이 XXXX에서, xx,xxx,xxx원권 1장이 XX은행에서 지급제시된 사실이 인정된다. 이에 따르면 이 사건 토지 관련 분양권에 대한 2005. xx. xx.자 매매계약서 작성 당일 원고가 그 계약서상 매매대금 xxx,xxx,xxx원에 상응하는 금액의 자기앞수표들을 인출하였는데, 그로부터 4일 뒤인 2005. xx. xx. 모두 지급제시되었고, 특히 위 자기앞수표 중 xxx,xxx,xxx원이 이 사건 토지의 소재지이자 BBB의 거주지 인근인 XX시 XX읍 소재 XXXX에서 지급제시되었음이 확인되는바, 2005. xx. xx.자 매매계약서의 작성 시기, 매매대금의 액수, 2005. xx. xx.자 영수증, 위 자기앞수표들의 인출시기, 인출금액, 지급제시 장소와 시점, 원고와 BBB의 거주지 및 이 사건 토지의 소재지 등을 고려하면, 원고가 2005.xx. xx.자 매매계약서에 따라 이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄 xxx,xxx,xxx원을 BBB에게 지급하는 것 외에 위와 같은 거액의 자기앞수표 인출 및 지급제시 경위를 설명하기 어렵다. 또한 BBB는 2회에 걸쳐 원고 주장에 부합하는 취지의 사실확인서(갑제5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 다만 갑 제6호증의 1, 2는 동일한 내용)를 작성해 주었고, 2025. x. xx.에는 원고와 대화 당시 분양권 딱지 대금(이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄을 의미)을 중개한 사람(XXX를 의미)을 통해 XX계좌로 받았다는 취지로도 진술하기도 하였는바(갑 제8호증, 3, 6, 8면), 이는 위와 같은 자기앞수표 인출 및 지급제시 내역에 대체로 부합한다. 이와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고는 2005. xx. xx. BBB와 이 사건 토지 관련 분양권에 대하여 프리미엄을 xxx,xxx,xxx원으로 정한 계약을 체결하고 그에 따라 2005. xx. xx.경 그 대금을 자기앞수표로 지급하였다고 볼 여지가 충분하다.⁴⁾

이에 대해 피고는, 2005. xx. xx.자 매매계약서에 기재된 xxx,xxx,xxx원이 분양권 프리미엄이 아닌 원고가 승계할 이 사건 토지의 분양대금을 의미한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고는 2015. x. xx. 이 사건 토지의 분양대금 xxx,xxx,xxx원(= 원금 xxx,xxx,xxx원 + 지연손해금 x,xxx,xxx원 –선납할인액 xx,xxx원)을 완납하였음은 앞서 본 바와 같고, 갑 제3호증의 5 내지 7, 갑 제9, 10호증, 갑 제11호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, ① 이 사건 분양계약은 “분양자는 토지대금을 직접 수납하지 않으며 분양자의 예금계좌에 직접 입금하여야 한다(분양자의 예금계좌에 계약자 명의로 입금된 금액만 유효함)”이라고 정한 사실(특약사항 12항, 갑 제3호증의 5), ② 2007. x. xx. 이 사건 분양계약이 체결된 이후 곧바로 분양자 XX주택공사, 수분양자1 BBB, 수분양자2 원고로 하는 3자간 용지 권리의무승계계약서가 작성되었는데, 그 계약서에는 “수분양자2는 수분양자1의 매매계약상의 일체의 권리의무를 그대로 승계한다.”라고 규정하고 있고, 명의변경신청서가 첨부된 사실(갑 제3호증의 6, 7), ③ 원고는 2007. x. xx. 이 사건 분양계약 및 권리의무승계계약 체결 당일 분양대금 계약금 xx,xxx,xxx원을 BBB 명의로 납부한 것을 비롯하여 2008. x. xx. xx,xxx,xxx원, 2009. x. xx. xx,xxx,xxx원, 2010. xx.xx. xxx,xxx,xxx원, 2011. x. xx. x,xxx,xxx원, 2015. x. x. x,xxx,xxx원 등 합계 xxx,xxx,xxx원(지연손해금 포함)을 납부하였고, 위와 같은 분양대금 납부액에서 면적정산금을 제외하면 위 분양대금 납부액 총액 xxx,xxx,xxx원과 일치하는 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 분양계약의 수분양자 명의를 원고로 변경한 다음, 2005. xx. xx.경 자기앞수표로 지급하였던 금원과는 별도의 재원으로 이 사건 토지의 분양대금을 완납하였다고 보이므로, 피고의 주장과 같이 원고가 BBB를 통하여 이 사건 토지의 분양대금을 납부하였을 가능성은 합리적으로 배제할 수 있다.

라) 나아가 다음과 같은 사정에 비추어 보면 원고는 XX주택공사와 이 사건 분양계약 관련 권리의무승계계약을 체결하기 이전에 BBB에게 분양권 프리미엄으로 xxx,xxx,xxx원을 지급하고 분양권 매매계약서, 영수증 등을 작성해 두는 방법으로 BBB로부터 이 사건 토지를 확실하게 양수하고자 하였던 것으로 보인다. 즉 ① 원고는 BBB와 2005. xx. xx.자 매매계약서를 작성하면서 같은 날 BBB로부터 액면금 xxx,xxx,xxx원의 약속어음 공정증서를 교부받았는데, 위 약속어음에 관한 공정증서가 작성된 일자나 그 금액, 그리고 위 약속어음 공정증서에 특약사항으로 ‘본 약속어음 공증은 발행인(BBB)이 XX시 XX리 XX-XXX(이 사건 토지)의 이주자택지 및 상업용지 분양권이 수취인(원고)에게 이전될 시에는 본 공증은 무효로 한다’는 내용이 포함되어 있는 점 등을 고려해 보면, 이는 이 사건 토지 관련 분양권을 양수하는 내용의 2005.xx. xx.자 매매계약서의 이행을 담보하기 위한 목적에서 원고의 주장과 같이 분양권 프리미엄 xxx,xxx,xxx원의 약 2배 상당액인 x억 원을 액면금으로 하여 약속어음 발행 및 공정증서 작성이 이루어졌던 것으로 보인다. ② 원고는 BBB와 2007. x. xx.자 매매계약서를 작성하면서 BBB에게 ‘이 사건 토지의 분양권을 매수함에 있어 상기 분양권으로 인해 발생하는 양도소득세는 1차 계약서(2005. xx. xx.자 매매계약서를 의미하는 것으로 보인다) 매수인이 전부 책임지기로 한다. 상기 내용을 이행치 않을 경우 계약은 무효로 한다.’라는 취지로 기재된 각서(갑 제3호증의 1, 2면)를 작성하여 주었는데(BBB는 위 각서 말미에 ‘양도소득세 중 일부 xx,xxx,xxx원을 2007. x. xx. 영수하였다’라는 취지로 자필로 기재한 후 날인하였다), 이는 2005. xx. xx.자 매매계약서가 유효함을 전제로 원고가 이 사건 토지 관련 양도소득세를 대납하는 것을 확약하고자 작성한 것으로 보인다. ③ 이 사건 토지 관련 분양권의 거래상대방인 BBB 또한 2회에 걸쳐 원고 주장에 부합하는 취지의 사실확인서(갑 제5호증, 갑 제6호증의 1, 2, 다만 갑 제6호증의 1, 2는 동일한 내용)를 작성해 주었다. 위 사실확인서 중 2022. x. xx. 작성된 당초 사실확인서(갑 제5호증)에는 이 사건 토지를 “계약서대로 매매하였음을 확인한다”고만 기재되어 있어 실제 매매계약의 대상이 어느 계약서에 의한 것인지 다소 불분명하기는 하나, 원고가 이후 제1심 법원에 제출한 2024. x. xx.자 사실확인서(갑 제6호증의 1, 2)에서 BBB는 보다 구체적으로 위 분양권을 xxx,xxx,xxx원으로 하는 매매계약을 체결하였고, 계약 체결일경에 매매대금을 수표금으로 전액 지급받았으며, 그 이행의 담보를 위해 액면금 xxx,xxx,xxx원의 약속어음 공정증서를 작성하여 원고에게 교부한 사실을 모두 인정하였다.

마) 피고가 지적하는 바와 같이, 원고의 이 사건 양도소득세 경정청구를 받은 후 원고에 대한 세무조사를 진행하는 과정에서, BBB의 아들인 CCC이 2022. x.경 피고 직원과 통화하면서 ‘BBB가 고령으로 이 사건 토지 관련 분양권 양도대금을 정확히 기억하지는 못하나 대략 xx,xxx,xxx원 정도로 기억하고 있고 관련 계약서는 분실하였으며 당시 거래하였던 XX은행 통장도 해지하여 자료가 남아 있지 않다’고 답변한 사실이 있기는 하다(을 제3호증, 수기 부분). 그러나 CCC의 위와 같은 진술은 BBB의 진술을 대신 전달한 것으로서 주로 BBB가 노령(80세)으로 거래가액을 정확하게 기억하지 못한다는 것에 불과하고, 그나마 BBB가 원고와의 기존 다운계약서 작성 합의에 따라 위와 같이 진술하였을 여지가 있으므로, 위 사정만으로는 BBB가 분양권 프리미엄이 xx,xxx,xxx원이라는 점을 자인하였다고 보기는 어렵다.

바) 피고의 주장과 같이 2007. x. xx.자 매매계약서의 기재 내용대로 원고와 BBB 사이에 이 사건 토지 관련 분양권에 대한 매매계약이 이루어진 것이라면, 위 계약서 작성 무렵 원고로부터 BBB에게 xx,xxx,xxx원의 금원이 지급되었을 것임이 합리적으로 예상됨에도 불구하고, 이 사건 소송자료만으로는 원고가 2005. xx. xx. 인출하여 BBB에게 지급한 것으로 보이는 위 자기앞수표 11장 합계 xxx,xxx,xxx원 외에 원고와 BBB와 사이에 금융거래가 이루어진 사실을 확인할 수 없고, 달리 이 사건 분양권 매매대금으로 신고된 xx,xxx,xxx원을 BBB가 어떻게 지급받았는지 설명하기 어렵다. 오히려 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 소득세법 제96조 제1항이 개정되면서 2006. 1. 1. 이후 양도하는 자산의 양도가액을 실지거래가액으로 산정하도록 함에 따라 원고와 BBB간에 BBB의 양도소득세 절감을 위해 실제 거래가액보다 대금을 낮추어 다운계약서를 작성하게 되었다는 취지의 원고의 설명이 더 납득이 가는 측면이 있다.

사) 이와 같은 사정들을 종합하여 보면, 2005. xx. xx.자 분양권 매매계약서는 원고와 BBB 사이에 유효하게 작성되었고, 원고는 위 계약서에 따라 2005. xx. xx. 양도인인 BBB에게 이 사건 토지 관련 분양권 프리미엄 명목으로 xxx,xxx,xxx원을 지급하였을 개연성이 충분하다. 반면 피고가 제출한 증거나 주장하는 사정만으로는 앞선 사정들을 뒤집고 분양권 프리미엄이 이 사건 처분이 전제하는 바와 같이 xx,xxx,xxx원이라는 점이 충분히 인정되었다고 볼 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 한다.