주 문
이 건 과세전적부심사청구는 채택합니다.
이 유
1.과세예고통지 내용
가. 청구인(A, B, 배우자 관계)은 2021.4.1. 출자비율과 손익분배비율을 A 70%, B 30%로 공동사업약정을 체결하고 경기도 안산시 소재 C건물 D호를 임차하여 건강기능식품 등을 전자상거래 방식으로 판매하는 E(이하 “쟁점사업자”라고 한다.)을 개업하였다.
나. 청구인들은 2021.11.23. 기존 사업장 동일 건물 내 F호(이하 “쟁점부동산”이라 한다.)를 290백만원에 공동으로 취득하였다(각 지분율 50%).
1) 2022.4.15. 쟁점사업자 사업장 소재지에 쟁점부동산을 추가하는 사업자등록 정정 신고를 하였다.
2) 2021.2기 부가가치세 확정신고시 쟁점부동산 건물 매입세액 14백만원을 쟁점사업자의 매출세액에서 차감하여 부가가치세 신고․납부하였으나, 2026.1.7. 쟁점부동산의 건물분에 대한 매입세액을 ‘공제받지 못할 매입세액’으로 부가가치세 수정신고를 하였다.
3)청구인 A 2021년 및 2022년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점사업자 표준재무상태표에 쟁점부동산을 유형자산으로 계상하였다.
다.2024.6.20. 청구인들은 쟁점부동산을 사업장으로 부동산임대업 개인 사업자등록(이하 “G”라고 한다.)을 하였으며, 이후 쟁점부동산을 쟁점법인에 임대(보증금 10백만원, 월차임 1백만원)하였다.
1)청구인 A 2023년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점사업자 표준재무상태표에서 쟁점부동산을 유형자산에서 제외하여 신고하였으며,
2) 청구인 A 2024년 과세연도 종합소득세 신고시 쟁점부동산을 G의 유형자산으로 계상하였다.
라. 쟁점사업자는 2024.6.20. ㈜E(이하 “쟁점법인”이라 한다.)과 ‘포괄사업양도·양수계약서’(이하 “포괄사업양수도계약”이라 한다.)를 체결하고 2024.7.9. 24시 기준으로 쟁점사업자 사업을 포괄 양도한 후 쟁점사업자를 폐업 하였다
쟁점사업자는 포괄사업양수도계약에 따라 사업양도대금으로 산정된 영업권가액 200억원과 개인사업자 E의 사업양수도 기준일인 2024.7.9. 현재 재무상태표에 계상된 자산 중 부가가치세법상 재화의 공급대상인 재고자산과 유형자산에 대해서는 재화 공급의 특례가 적용되는「부가가치세법」제10조제9항제2호의 사업양도에 해당된다고 판단하여 세금계산서를 발행하지 아니하였다.
마. H지방국세청 감사관실은 2025.10.21.부터 2025.11.7.까지 I세무서에 대한 종합 감사를 실시한 결과, 쟁점부동산을 제외하고 사업을 양도한 것은 「부가가치세법」상 재화공급의 특례 사업양도에 해당하지 않으므로 영업권 등 공급대가 21,727백만원(공급가액 19,751백만원)에 대해 부가가치세 과세할 것을 감사 지적하였다.
바. 통지관서는 2026.2.24. 쟁점사업자에게 2024년 제2기 부가가치세 2,820백만원 과세예고 통지를 하였다.
사. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.20. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장
가. 쟁점사업자와 쟁점법인 간에 체결된 포괄사업양수도계약은 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당한다.
1) 쟁점사업자와 쟁점법인 간에 체결된 포괄사업양수도계약 세부적인 내용은 다음과 같다.
2) 포괄사업양수도계약상 명시된 의무 이행
가) 포괄사업양수도계약 당사자들은 계약서 전문에 「부가가치세법」 제10조제9항 및 「부가가치세법 시행령」 제23조에서 규정하는 사업양도 요건을 준수하도록 명시하였고, 사업양도자인 쟁점사업자는 제2조에서 정한 의무를 전부 이행하였으며 세부적인 내용은 다음과 같다.
나) 제2조제1항
사업양도자 쟁점사업자는 사업양수도기준일 2024.7.9. 24시 현재의 쟁점사업자 재무제표에 계상된 일체의 자산과 부채를 쟁점법인에 양도하였으며 세부현황은 쟁점사업자 폐업연도인 2024년 과세연도 종합소득세 신고서에 첨부된 재무상태표상 자산·부채와 같다.
다) 제2조제2항
사업양도자 쟁점사업자는 사업양도기준일 2024.7.9. 24시 현재 거래하고 있는 모든 고객에 대한 정보(DB)와 매입처를 인계하여 거래가 지속되도록 조치를 취하였다. 구체적으로 온라인쇼핑몰 홈페이지, 회원정보, 주문 및 배송 IT시스템, PG사 계약, 물류배송 택배회사와의 계약, 건강기능식품 제조사 계약이며 2024년 사업양도 이전과 사업양도 이후 거래금액은 다음과 같다.
라) 제2조제4항
사업양도자 쟁점사업자는 사업양도기준일 2024.7.9. 24시 현재 보유한 사업과 관련된 상표권을 다음과 같이 쟁점법인에게 양도하였다.
상표명 | 등록번호 | 상표를 사용할 상품 및 구분 |
E | 제40-OOOOO호 | 식이보충제용 건강기능식품 소매업등 20건 |
J | 제40-OOOOO호 | 식이보충제용 건강기능식품 소매업등 20건 |
A | 제40-OOOOO호 | 식이보충제용 건강기능식품 100건 |
또한 건강기능식품 판매와 관련된 인허가권[건강기능식품 영업신고증(유통전문판매업), 건강기능식품 영업신고증(일반판매업), 영업등록증(수입식품등 수입판매업)]을 쟁점법인에게 양도하였다.
라) 제2조제5항
사업양도자 쟁점사업자는 사업양도기준일 2024.7.9. 24시 현재 근무하고 있던 종업원 7명과 쟁점사업자의 공동사업자 2명, 합계 9명은 쟁점법인으로 승계 되었다.
또한 청구인 A와 B이 각각 쟁점법인의 대표이사로 취임함으로서 단순히 경영주체만 변경되었다.
마) 제2조제6항
사업양도자 쟁점사업자는 폐업일자를 사업양수도 기준일인 2024.7.9.로, 폐업사유를 사업양도로 폐업신고를 하였다
나. 쟁점부동산은 쟁점사업자의 자가 사업장이 아니다.
1) 쟁점부동산은 쟁점사업자 출자비율 A 70%와 B 30%와 달리 A, B가 각 소유지분 50% 공유 형태로 소유하고 있으므로 쟁점사업자의 출자비율과 쟁점부동산의 소유지분비율이 다르므로 쟁점부동산은 쟁점사업자의 자가 사업장이 될 수 없다.
2) 쟁점부동산은 청구인의 공동사업재산이 아닌 개인소유 부동산이다.
가) 통지관서는 쟁점부동산을 제외하고 사업을 양도하였으므로 쟁점 사업양도는 부가가치세법 제10조제9항제2호의 사업양도에 해당하지 않는다고 주장하고 있다.
나) 그러나 청구인간 쟁점부동산의 소유지분비율이 쟁점사업자의 출자약정비율과 다르고, 별도로 청구인간 쟁점부동산을 쟁점사업자에 출자하기로 한 약정이 없으므로 쟁점부동산은 쟁점사업자의 공동사업재산이 아니다. 따라서 쟁점부동산을 쟁점사업양도 대상 자산에 포함할 수 없다.
다) 공동사업은 민법상 조합
사전-2018-법령해석소득-0076, 2018.12.27에 의하면 공동사업은 민법상 조합에 해당하고 민법 제703조에 의하면 ‘조합은 2인 이상이 상호 출자하여 공동으로 사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.’라고 명시되어 있다.
라) 쟁점부동산의 쟁점사업자 출자약정 부재
공동사업재산이 되려면 출자약정이 필수적인 요건이나 청구인은 각 소유지분이 50%인 쟁점부동산을 출자비율이 A 70%, B 30%인 쟁점사업자 공동사업(조합)에 출자키로 한 출자약정이 없다.
마) 쟁점부동산은 쟁점사업자의 공동사업재산이 아닌 청구인 각 개인 부동산이다.
쟁점부동산은 청구인간 쟁점사업자(공동사업출자비율 70% 대30%)에 출자할 목적이 없으므로 쟁점사업자의 공동사업재산이 아닌 청구인 각자의 개인부동산(소유비율 각 50%)이다.
상식적으로 30% 출자의무를 가진 구성원이 본인 소유 50%지분 부동산을 30% 출자의무가 있는 공동사업에 출자할리 없고 70%의 출자의무를 가진 구성원이 30%출자의무를 가진 구성원에게 50%소유 부동산의 출자를 강제할 수도 없는 것이다.
쟁점부동산의 취득금액이 3억원이 아닌 30억원이라고 가정할 경우 이해가 더욱더 명확해진다.
바) 청구인 A 개인통합조사 및 청구인 B 증여세조사
쟁점사업포괄양수도일 이후 청구인 A는 2019년 과세연도부터 2023년 과세연도를 대상으로(쟁점사업자는 사업개시일인 2021.4.1.부터 2023.12.31까지) 개인통합조사를 받았고, B는 2019.1.1.부터 2023.12.31.까지 기간에 대한 증여세조사를 받았다.
A는 개인통합 세무조사시 쟁점부동산이 계상된 2021년, 2022년 과세연도 재무상태표와 쟁점부동산이 제거된 2023년 귀속 재무상태표를 제출하였고 조사과정에서 쟁점부동산이 제거된 이유에 대해 소명하였다.
B는 쟁점부동산의 취득자금 출처조사에 대해 소명요청을 받았으며 취득당시에 사업용 계좌에서 인출된 자금거래와 사업양도일 이전에 소득분배금 사후정산 거래내역을 제출하여 시인 받았다. 그러므로 쟁점부동산은 명백히 청구인들의 소득분배금으로 취득한 것으로 과세관청에서 인정한 청구인들의 개인부동산이다.
다. 쟁점사업자가 직접 사용하던 쟁점부동산을 쟁점사업양도에서 제외하였다는 통지관서 의견에 대하여
1) 통지관서는 쟁점사업자가 쟁점부동산을 사업장으로 직접 사용하였으나 쟁점사업양도 계약에서 제외하였으므로 쟁점사업양도는 부가가치세법 제10조제9항제2호의 사업양도에 해당하지 않는다고 주장하고 있다.
2) 쟁점부동산에 대한 쟁점사업자의 사용권은 무상사용권에 해당한다.
청구인은 쟁점부동산을 단순히 청구인 개인이 각 1/2 공동소유목적으로 취득하였고, 쟁점사업자에게 출자할 목적이 없었으므로 청구인이 취득한 이후 쟁점부동산은 계속 공실로 있던 중,
쟁점사업자는 청구인이 쟁점부동산을 취득한 후 5개월 지난 2022.4.15.부터 청구인과 별도의 임대차계약 체결 없이 무상으로 사용하면서 쟁점부동산을 기존 C건물 D호(임차사업장)외에 사업장으로 추가 등록하였다.
쟁점사업자가 쟁점부동산을 무상으로 사용하게 되면서부터 사업장 소재지 추가등록은 했지만, 그 자체가 소유권 또는 출자귀속을 변경시키는 것은 아니다. 사업자등록은 사용 장소의 신고이고, 공동사업재산 귀속은 별도의 출자약정과 권리귀속 문제이기 때문이다.
따라서 청구인이 쟁점부동산을 공동임대사업자에 출자하여 별도 임대사업자로 등록한 후 2022.4.15. 쟁점사업자와 임대약정을 체결하였더라면 쟁점부동산은 당연히 쟁점사업자가 아닌 별도의 공동임대사업자의 재무제표에 계상되었을 것이고 명확하게 쟁점부동산은 쟁점사업양도와는 무관하였을 것이다.
그러나 청구인은 쟁점부동산 취득당시 이용목적이 미정이었으므로 쟁점부동산에 대해 2024.6.20. 이전에 별도로 임대사업자 등록도 하지 않은 것이고 따라서 쟁점사업자가 2022.4.15. 부터 쟁점부동산을 사용한 것은 청구인이 공실상태인 쟁점부동산을 쟁점사업자에게 무상으로 사용할 권리를 부여한 것으로 해석하는 것이 타당하다.
납세자가 쟁점부동산을 쟁점사업자의 사업장으로 추가로 등록 정정 신청 시 관할세무서가 쟁점부동산의 소유지분비율과 쟁점사업자의 출자약정비율이 상이하므로 유상임대차계약 또는 무상대차계약서를 요구했으면 이러한 오류가 걸러질 수 있었으나 그러한 확인 없이 사업자등록 정정신고를 처리해준 아쉬움이 있다.
3) 관련 심판례
다음 심판례를 기초로 판단하여 보면 청구인이 쟁점부동산을 쟁점사업자에게 각자의 소유지분을 출자한다는 약정이 없기 때문에 쟁점부동산은 쟁점사업자의 공동사업재산에 해당되지 않고 청구인이 쟁점사업자에게 쟁점부동산의 사용권리만을 무상으로 부여한 것이 명확하다.
◈ 조심 2009서4095, 2010.03.31.(국심 2004광0470,2004.4.21. 외 다수) 처분청은 청구인과 ○○○이 주택임대업의 공동사업자로 사업자등록을 하였고, 쟁점토지가 공동사업에 제공된 사실 등을 근거로 청구인이 쟁점토지를 공동사업에 현물출자한 것으로 판단하였으나, 청구인 등이 쟁점토지에 건물을 신축하여 부동산임대업을 영위하기 위해서는 임대부동산의 소유자별로 함께 공동사업으로 등록하여야 할 당위성이 인정된다 하겠고, 동업계약서에 공동사업자가 각자의 소유지분을 공동사업에 출자한다는 약정이 없을 뿐만 아니라, 쟁점토지의 소유권이 공동사업자 명의로 변경되거나 합유재산으로 등기된 사실이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인등이 각자의 토지 지분을 공동사업주체인 조합에 현물출자하였다기 보다는 사용권의 출자로 보는 것이 합리적이라 할 것 |
4) 쟁점사업자가 부여받은 무상사용 권리를 쟁점사업양도대상에 포함시킬 수 있는지 쟁점부동산의 취득 및 취득 이후의 사용이력을 도표로 정리하면 다음과 같다.
가) 쟁점사업자는 청구인 개인소유 쟁점부동산을 2022.4.15. 부터 무상으로 사용하였고, 청구인은 쟁점부동산을 2024.6.14.자로 G 공동사업에 출자하기로 약정을 하였다.
나) G는 2024.6.20. 쟁점법인과 유상임대차 계약을 체결하였다.
다) 그리고 쟁점사업자는 2024.6.20. 쟁점법인에게 2024.7.9 24시를 기준으로 쟁점사업자의 사업을 포괄양도하기로 계약을 체결하였다.
라) 그러므로 2024.6.20.부터 2024.7.9.까지는 쟁점부동산에 대해 쟁점사업자의 무상사용권리와 쟁점법인의 유상임대차계약이 병존하고 있었으며 쟁점사업양도의 효력이 발생하는 2024.7.9 24시부터 쟁점사업자의 쟁점부동산의 무상사용권은 혼동법리에 따라 소멸되었다.
마) 따라서 쟁점사업자의 쟁점부동산에 대한 무상사용 권리는 쟁점사업양도대상에 포함될 수 없다.
5) 설령, 쟁점사업자의 무상사용권리가 사업양수도일에 존재한다고 가정하더라도 해당 무상사용권리를 제외하고 양도하여도 사업양도에 해당된다는 국세청 유권해석을 다음과 같이 제시한다.
◈ 서면인터넷방문상담3팀-170, 2005.2.2. 갑과 을이 공동으로 의류 소매업을 영위하다 다른 사업자에게 당해 공동사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우(일반과세자가 간이과세자에게 사업을 양도하는 경우를 제외) 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 및 같은 법 시행령 제17조 제2항의 규정에 의한 사업의 양도에 해당하는 것이며, 이 경우 당해 공동사업에 무상으로 임차하던 갑 소유의 토지․건물을 제외하여도 사업의 양도로 볼 수 있는 것이나, 귀 질의의 경우 임대차관계에 해당하는지의 여부는 실제 임대여부 등 관련사실을 종합하여 판단할 사항입니다. |
라. 통지관서 주장을 전제로, 전자상거래업을 영위하는 쟁점사업자의 단순 사무실로 이용하는 부동산이 사업의 중요한 핵심적 구성요소인지 여부
1) 통지관서 주장
통지관서는 쟁점부동산이 쟁점사업자의 자가 사업장인 전제하에, 쟁점사업자의 사업부문에 직접 사용된 쟁점부동산을 제외하고 사업을 양도한 것은 전자상거래업을 영위하는 쟁점사업자 사업의 중요한 핵심적 구성요소 중 일부가 승계되지 아니한 것으로 사업의 포괄적 양도에 해당하지 않는다고 주장하고 있다.
2)「부가가치세법」집행기준
가)「부가가치세법」집행기준 10-23-1 제4호에서는 사업이 핵심적 구성요소가 아닌 일부 자산을 제외하고 사업에 관한 모든 권리와 의무를 승계시키는 경우에도 재화공급 특례가 적용되는 사업양도의 범위에 포함시키고 있다.
◈ 부가가치세법 집행기준 10-23-1 1-3. 생략 4. 사업과 관련 없는 특정 권리와 의무, 사업의 핵심적 구성요소가 아닌 일부 자산, 채권, 채무를 제외하고 사업에 관한 모든 권리와 의무를 승계시키는 경우 5-10. 생략 |
나) 설령, 쟁점부동산이 쟁점사업자의 사업부문에 직접 사용되었더라도 쟁점부동산은 전자상거래업을 영위하는 쟁점사업자의 단순사무실로 이용되고 있기 때문에 사업의 핵심적 구성요소에 해당하지 않는다.
참고로 쟁점사업자는 별도의 제조시설이 없고 판매되는 건강기능식품은 전량 외주 제조사를 통해 제조하고 있다.
쟁점사업자의 업종인 전자상거래 사업의 본질은 물리적 한계를 벗어나 온라인상에 마켓플레이스를 구축하여, 온라인을 통하여 고객과 거래관계 및 신뢰관계를 형성 하는 게 핵심적인 사업이다.
쟁점사업자는 유튜브 채널('K', 2026년4월 기준 구독자 39.3만명)을 기반으로 한 미디어 커머스(Media Commerce) 형태를 띠고 있다. 쟁점사업자의 폭발적인 매출 성장은 쟁점부동산의 물리적 공간에서 창출된 것이 아니라, 약 40만의 구독자를 보유한 유튜브 채널('K')의 막대한 트래픽과 'A약사'라는 개인의 전문성 및 브랜드 신뢰도(상표권 등)에서 기인한 것이다.
다) 쟁점사업자는 전자상거래업을 영위하고 있으므로 핵심적 구성요소는 사업양도일 현재 재무제표에 계상된 일체의 자산과 부채, 그리고 재무제표에 계상되지는 않았으나 쟁점사업자의 핵심적 구성요소인 상표권 등 사업관련 무형자산 일체와 인허가, 홈페이지를 비롯하여 모든 계약관계, 전 종업원이며 이는 모두 쟁점법인에게 승계되었다.
라) 그리고 쟁점사업양도 전후 업종이 동일하고, 전 종업원이 쟁점법인에 승계되었으며 청구인이 쟁점법인의 대표이사로 취임하였으므로 쟁점사업자의 쟁점사업양도는 사업의 동일성이 유지되고 경영권 주체만 변경된 재화공급의 특례가 적용되는 사업양도에 해당한다.
3) 쟁점부동산이 쟁점사업자의 핵심적 구성요소가 아니라는 점에 대해 다음과 같이 주장한다.
가) 쟁점부동산외에 쟁점부동산 역할을 수행할 수 있는 대체부동산 존재한다.
나) 쟁점사업양도일 전후 쟁점부동산을 포함한 쟁점사업자 사업장 현황 및 사업양수인 쟁점법인의 임대차계약 승계여부를 정리하면 다음과 같다.
호 수 | 소유자 | 용도 | 면적(㎡) | 임대차 승계여부 | 비고 |
D호 | 제3자 | 창고 | 100.1 | 승계 | |
F호 (쟁점부동산) | A 50% B 50% | 사무실 | 50.05 | 해당없음 | G 2024.6.20. 쟁점법인과 임대차계약 |
L호 | A | 보조사무실 겸 회의실 | 37.32 | 승계 |
다) 쟁점부동산의 각 층별 외부 및 내부사진은 다음과 같다.
라) 이상을 종합하여 볼 때, 쟁점사업자는 다음과 같이 쟁점부동산외에 쟁점부동산 역할을 수행할 수 있는 대체 부동산이 존재하므로 쟁점부동산은 전자상거래업을 영위하는 쟁점사업자의 핵심적 구성요소가 아니다.
마) 쟁점부동산의 1층과 복층의 내부 사진에서 알 수 있는 바와 같이 책상과 컴퓨터 외에 사업에 중요하게 영향을 미치는 자산은 존재하지 않는다.
바) 쟁점부동산의 복층 직원 근무장소 전용면적은 31.145㎡이다. 보조사무실 겸 회의실인 L호는 전용면적이 37.32㎡이고 별도의 인테리어가 필요 없는 책상 1개와 회의용 테이블 1개만 존재하므로 쟁점부동산에 위치한 책상과 컴퓨터를 L호로 이동시키면 쟁점부동산에서 수행하던 업무를 중단 없이 처리할 수 있다.
사) 쟁점부동산 사용 이전에 쟁점사업자는 D호(100.1㎡)에서 사무실과 일부 공간을 창고로 이용하였다. 필요한 경우 간단한 공사를 통해 D호 일부를 사무실로 이용할 수 있다. 결국 쟁점부동산의 사무실 공간은 L호와 D호를 통해 언제라도 즉시 충분히 대체 가능하다.
4) 전자상거래업의 특성상 고객은 온라인상의 플랫폼과 브랜드를 보고 구매결정을 내리는 것이지 사무실의 위치나 보유여부는 고객의 구매결정에 영향을 미치지 않는다. 결국 쟁점부동산은 수익창출의 본질적 요소가 아니므로 쟁점사업자 사업의 핵심적 구성요소가 아니다.
가) 쟁점부동산 연간 임차료가 쟁점사업자의 재무제표에서 차지하는 비중
쟁점부동산의 연간임차료는 0.12억원(월100만원×12개월)에 불과하고 다음과 같이 쟁점사업자의 쟁점사업양도일이 속하는 2024년 연간 전체 총수입금액과 필요경비 중 차지하는 비율은 각각 0.05%와 0.07%로 극히 미미하므로 쟁점부동산을 쟁점사업자의 핵심적 구성요소로 보기 어렵다.
나) 쟁점부동산의 취득가액 0.0억원이 쟁점사업양도대금에서 차지하는 비중
쟁점사업자와 쟁점법인간의 사업양수도 대금 대비 쟁점부동산의 취득가액이 차지하는 비율은 1.37%로 극히 미미하므로 쟁점부동산을 쟁점사업자의 핵심적 구성요소로 보기 어렵다.
5) 쟁점사업의 중단여부
사업양수도일 이후 쟁점법인의 전자상거래 사업은 중단 없이 2024.7.10.부터 개시되었으며 양수법인의 통장거래내역을 보면 2024.7.10.부터 무통장입금 매출이 발생된 것이 확인이 가능하다. 이러한 사실은 쟁점부동산이 쟁점사업자의 핵심적 구성요소가 아니라는 사실을 반증하고 있다.
마. 쟁점부동산을 재무상태표에 유형자산으로 계상하였다가 제거한 이유
1) 청구인 A가 2021년 및 2022년 과세연도 종합소득세 신고 시 쟁점사업자 재무상태표에 쟁점부동산을 유형자산으로 계상하였다가 2023년 귀속 종합소득세 신고 시 제거한 이유는 다음과 같다.
가) 청구인은 재무제표 작성과 세무신고 업무를 세무대리인에게 위임
청구인은 쟁점사업자의 재무제표 작성과 세무신고 업무를 세무대리인에게 위임하고 있다.
나) 쟁점부동산을 2021년도와 2022년도에 재무상태표에 계상한 이유
세무대리인은 쟁점부동산 취득연도인 2021년 쟁점사업자 결산을 하면서 쟁점부동산의 매매대금이 쟁점사업자 사업용 계좌에서 인출되었으므로 쟁점부동산 소유권비율도 당연히 쟁점사업자 출자비율인 A 70%, B 30%로 공유등기가 되었을 것으로 오인하여 별다른 사실관계 확인 없이 쟁점사업자 재무상태표에 계상하였다.
2022년도 재무제표 마감 시에도 쟁점부동산은 전기부터 이월된 자산이므로 별도의 소유권 확인절차를 취하지 않아 쟁점부동산이 쟁점사업자 재무제표에 계상된 사실을 발견하지 못한 것이다.
다) 쟁점부동산이 쟁점사업자 재무상태표에 계상된 것을 청구인이 발견하지 못한 이유
청구인은 직원들로부터 월별 매출과 필요경비에 대한 보고는 받고 있으나 청구인과 직원들은 회계지식이 부족하여 소득세와 직접적으로 관계가 없는 재무상태표에 대해서는 별도로 관심을 기울이지 못하였다.
청구인은 보증기관으로부터 보증을 받거나 금융기관으로부터 대출을 받은 적이 없으므로 외부에 재무제표를 제출한 적이 없으며 재무상태표와 관련된 부채비율 등 재무비율에 대해서도 특별한 관심을 기울이지 않았다.
상기와 같은 이유로 청구인은 쟁점부동산이 재무상태표에 계상된 것을 발견하지 못한 것이다.
라) 쟁점부동산 재무상태표 계상 오류를 세무대리인이 발견하게 된 배경
세무대리인은 2023년 결산을 진행하면서 쟁점사업자의 법인전환 검토를 동시에 진행하고 있었고 그러한 과정 중에 쟁점부동산의 등기부등본을 발급하여 확인결과 소유권비율이 쟁점사업자 출자비율 70%대 30%와 상이하게 각 50% 공유지분으로 등기된 것을 발견하였다.
또한 쟁점부동산의 매매계약서 매수인란에도 쟁점사업자 문구는 기재되지 않았고 매수인 A, 공동명의인 B으로만 기재되어 있다.
이에 세무대리인은 청구인에게 별도 합의를 통해 쟁점부동산을 쟁점사업자에 출자를 한 것이냐는 질문을 하였고, 청구인은 쟁점부동산을 쟁점사업자 출자가 아닌 청구인이 각1/2 공동소유 목적으로 취득한 것이고 취득 당시에는 청구인 A가 단독으로 운영하는 ‘A약국’과 청구인들이 70%대 30%로 공동 운영하는 쟁점사업자 사업이 계속 성장세였으므로 C건물 내 추가적인 사업장이 있으면 좋을 것으로 예상되어 일단 청구인들이 공동소유로 취득하였고 취득 후 수개월 후 쟁점사업자의 사무실 공간이 필요해서 쟁점부동산을 사용하게 된 것이라고 답변하였다.
참고로, C 건물 내 청구인 A와 청구인 B가 소유한 건물현황은 다음과 같으며 쟁점부동산을 제외한 건물은 청구인이 자가 사용 또는 임대를 하고 있는 것으로 보아도 쟁점부동산을 청구인이 임대하거나 개인소유 목적으로 취득했음을 알 수 있다.
호 수 | 소유자 | 취득일자 | 용 도 |
M호 | A | 2019.11.29 | ‘A 약국’ 자가사용 |
N호 | A | 2019.11.29 | |
L호 | A | 2020.12.24 | 2023.4.30까지 A약국 자가사용 2023.05.01부터 쟁점사업자에 임대 |
F호 | A 50% B 50% | 2021.11.23 | 2022.04.15까지 공실 2022.04.15부터 쟁점사업자 무상사용 |
O호 | B | 2025.10.21 | A 약국 임대 |
2) 2023년 재무상태표에서 쟁점부동산을 제거한 회계처리는 정상적인 오류수정이다.
쟁점부동산은 쟁점사업자의 공동사업재산(출자재산)이 아닌 청구인들의 개인부동산에 해당하므로 오류로 재무제표에 계상된 쟁점부동산의 회계처리를 2023.1.1자로 수정한 것이며 회계전표 적요란에도 오해소지가 없도록 ‘50:50 공동소유 확인 정정’으로 기재하였다.
납세자가 과세표준과 세액을 과소신고한 경우에는 자진수정신고, 과대신고한 경우에는 경정청구를 통해 경정을 요청하는 것처럼 청구인이 재무제표의 오류를 정정한 회계처리는 국세기본법 제20조(기업회계의 존중) 규정에 따라 정당한 것이며 인위적인 회계처리를 한 것이 아니다.
만일 父소유의 토지에 子가 건물을 신축하여 父의 토지를 무상으로 사용하면서 子 단독으로 부동산임대업을 영위하면서 子의 재무제표에 父소유의 토지를 계상하였다고 하여 부와 자가 공동의 사업을 영위한 것이라고 단정 할 수 없으며 실질에 따라 해석하여야 한다.(사전-2018-법령해석소득-0076, 2018.12.27 참조)
바. 쟁점부동산의 건물분 부가가치세 공제를 받았다는 통지관서 의견에 대하여
1) 청구인은 쟁점사업자와 무관하게 쟁점부동산을 청구인 A와 B 각 공유지분 50%로 취득하여, 쟁점사업자 출자지분비율(A 70%, B 30%)과 다르게 각 50% 공유지분으로 소유권등기를 하였고, 위와 같이 취득한 것을 세무대리인과 상의했더라면 청구인은 별도의 부동산임대 공동사업자로 등록하여 해당 공동사업자로 건물분 매입세금계산서를 수취하였을 것이다.
세무대리인도 쟁점부동산 취득시 단순히 취득대금이 쟁점사업자 사업용 계좌에서 인출되었으므로 쟁점부동산이 쟁점사업자 출자지분비율과 동일하게 소유권을 취득하였을 것이라고 오인하여 출자지분비율과 다를 경우 쟁점사업자로 세금계산서 수취 및 건물분 부가가치세 공제가 불가하다는 별도의 조언을 못한 것이고, 후일 오류 인지를 하고 쟁점부동산을 쟁점사업자 재무제표에서 제거할 당시에는 건물 분 부가가치세 매입세액공제를 받은 부분은 미처 생각을 못하고 쟁점부동산 무상사용과 관련된 부가가치세, 소득세 등은 소액이라는 상담만 해주었다.
따라서 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시 사용목적이 정해지지 않은 상태로 별도의 임대사업자등록을 하지 않은 상태임에도 쟁점부동산 취득대금에 대한 세금계산서만 수취하면 건물분 부가가치세 공제를 받을 수 있다는 착오로 쟁점사업자 명의로 건물분 부가가치세 매입세액공제를 과다공제 받은 사실만으로 쟁점부동산이 쟁점사업자의 공동사업재산으로 간주 되는, 즉 오류가 실질귀속까지 바꾸는 것은 심히 부당하다.
청구인은 2026.1.7. 쟁점부동산의 건물분 부가가치세 매입세액을 불공제 처리하여 수정신고 납부하였다.
사. 사업양도 기준일 이전에 쟁점부동산은 G에 출자된 상태이다.
1) 통지관서는 당해 사업용 자산의 기장여부에 관계없이 사업용 자산을 제외한 양도계약은 부가가치세법 제10조제9항의 규정에 의한 사업의 양도에 해당하지 않는다고 주장한다.
그러나 사업양도 기준일 이전에 쟁점부동산은 G에 출자된 상태이므로 쟁점사업양도 대상에 포함될 수 없으며 쟁점사업자의 쟁점사업양도는 G와 별도의 독립된 사업양도에 해당한다.
2) 쟁점사업자의 쟁점부동산 무상사용에 대한 세무상 문제
청구인은 세무대리인으로부터 쟁점부동산의 소유지분비율과 쟁점사업자와 출자약정비율이 다른 쟁점부동산을 쟁점사업자가 무상으로 이용하고 있는 경우에는 부가가치세법 부당행위계산(「부가가치세법」제29조), 소득세법상 부당행위계산(「소득세법」제41조), 부동산 무상사용에 따른 이익의 증여(「상속세 및 증여세법」제37조) 세무상 문제가 있다고 조언을 받았다.
3) 쟁점부동산에 대해 부동산 임대 공동사업약정체결 및 공동사업자 등록
청구인은 세무상의 문제를 시정하기 위하여 쟁점부동산에 대해 2024.6.14. 소유 지분비율 각 50%와 동일하게 출자비율과 손익분배비율을 각 50%로 하는 부동산 임대 공동사업약정을 체결하였고, 2024.6.20. ‘G’라는 상호로 사업자등록을 하였다.
청구인이 G 부동산임대 공동사업자를 등록한 이유는 무상사용과 관련한 세무상 문제를 시정하기 위한 것이지 사업양도 직전에 「부가가치세법」상 재화공급 특례를 적용 받기 위해 인위적으로 사업장을 분리한 것이 아니다.
4) G는 쟁점사업자와 다른 민법상 새로운 조합
청구인의 2024.6.14. G 공동사업약정과 더불어 2024.6.20. G의 사업개시로 청구인의 출자약정이 모두 이행완료 되었으므로 G라는 민법상 새로운 조합이 설립되었고 청구인 2024년 소득세 신고시 첨부한 ‘G’ 재무상태표에 쟁점부동산을 계상하였다.
따라서 쟁점부동산은 2024.6.20. 별도의 G라는 공동사업에 명확히 출자되어 기장하고 있었으므로 쟁점사업자의 공동사업재산이 될 수 없다. 따라서 쟁점부동산이 쟁점사업양도 대상 자산에 포함될 수 없는 것이다.
5) G가 쟁점부동산의 임대차계약을 쟁점법인과 체결한 이유
쟁점법인은 사업자등록을 위해 사업장 소재지가 필요하였고, 쟁점법인은 G와 2024.6.20. 보증금 1,000만원, 월차임 100만원에 임대차계약을 체결하였다.
쟁점사업자는 2024.6.20. 쟁점법인과 2024.7.9. 24시를 양수도기준일로 하여 쟁점사업양도 계약을 체결하였다.
쟁점부동산을 무상사용하고 있는 쟁점사업자는 2024.6.20. G와 임대차계약을 체결한 후에 쟁점사업양도 계약에 임대차계약을 포함하여 승계할 수도 있었으나, 포괄사업양수도 계약일 2024.6.20.과 사업양도 기준일인 2024.7.9.까지는 단기간인 관계로 어차피 쟁점사업자의 쟁점부동산에 대한 무상사용권은 쟁점양수도계약 효력이 발생하면 쟁점법인의 임대차계약에 혼동으로 흡수되어 소멸됨이 명백하므로 쟁점사업자는 G와 별도의 임대차계약을 체결하지 않은 채 무상사용권을 유지하고 있었다.
6) 쟁점사업양도는 G와 관계없는 별도의 독립적인 사업양도에 해당한다.
위와 같이 쟁점사업양수도 기준일인 2024.7.9. 현재 쟁점사업자와 ‘G’라는 별도의 독립된 공동사업이 존재하고 있었다.
「부가가치세법 시행령」제23조에 의하면 ‘사업양도란 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것’을 말한다.
「부가가치세법」집행기준 10-23-1에서 사업양도의 구체적 범위에 대해서 다음과 같이 명시하고 있다.
1-7. 생략 8. 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 그 중 한 사업장에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우 9-10. 생략 |
따라서 쟁점사업양도는 쟁점부동산이 출자된 ‘G’와는 별도의 쟁점사업자의 독립된 사업장을 양도하는 것이므로 ‘G’에 출자된 쟁점부동산을 제외한 쟁점사업양도는 부가가치세법상 재화공급 특례 판단에 영향을 미치지 않는다.
아. 통지관서 제시 판례 및 국세청 해석례에 대한 청구인 주장
1) 통지관서 제시 판례요약
통지관서는 사업에 사용하던 토지 및 건물을 제외한 쟁점사업양도는 재화 공급 특례적용이 되지 않는다는 대법원 판례를 제시하였다. 통지관서가 제시한 대법원 판례와 관련 하급심의 판례 내용을 요약하면 다음과 같다.
◈ 대법원 2013두18827, 2014.1.16. 사업에 사용하던 토지 및 건물은 임차하여 사용하고 사업의 영업권을 평가하여 사업을 양도 양수하였더라도 사업의 포괄적 양도양수로 볼 수 없고, 또한 영업권은 부가가치세 과세표준에 해당함 파이프형강 및 철강재 제조사업을 양도하면서 그 양도대상에서 제외한 이 사건 토지와 공장건물은 양도대상 사업에 사용되는 사업용부동산으로서 그 사업과 직접 관련이 있으므로 원고의 사업양도는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다고 볼 수 없음 ◈ 부산고등법원 2013누0925, 2013.08.21. 이 사건 토지와 건물의 실제 가치는 위 실제 가치를 반영한 양도 전 결산보고서 기준 원고의 자산[결산보고서상 원고자산+이 사건 토지와 건물의 (실제가치-결산보고서상 가액)]의 약 55%에 해당하는 중요자산임. ◈ 부산지방법원 2012구합4099, 2013.3.29. 양도에서 제외된 부동산인 토지는 공장용지이고 건물은 강관제조시설이 설치되어 있어 강관제조 및 판매업무에 직접 사용된 사업용 재산이며, 양도 직전연도 기준으로 145억원 상당의 고액재산으로 양도 전 원고 자산의 25%1) |
상기 판례의 사업양도에서 제외한 토지와 건물의 실제가치가 사업양도인 자산의 55%를 차지하고 영위한 업종이 제조업이고 토지와 공장건물은 생산기반시설이므로 당연히 핵심적 구성요소에 해당하는 자산에 해당한다. 따라서 통지관서가 제시한 판례를 본 쟁점사업양도에 적용하는 것은 무리가 있다.
2) 통지관서 제시 국세청 해석례
통지관서가 제시한 국세청 해석례를 요약하면 다음과 같다.
◈ 부가가치세과-4939, 2008.12.12 처분청은 자기 소유의 토지 및 건물에서 도소매업을 영위하다 사업용 토지와 건물을 제외하고 사업을 양도하는 경우에는 당해 사업용 토지와 건물의 기장 여부에 관계없이 사업의 양도에 해당되지 아니하는 것임 |
통지관서가 제시한 국세청 해석례는 쟁점사업자와 달리 자기소유의 부동산에서 오프라인 도소매업을 영위하다가 사업을 양도하는 사례이다.
그러나 쟁점사업자의 사업은 오프라인 도소매업이 아니고 온라인 전자상거래업에 해당하고 쟁점부동산의 소유비율은 청구인 각1/2 공동소유이고 쟁점사업자의 출자비율과 손익분배비율은 A와 B이 각각 70%와 30%로 쟁점부동산이 쟁점사업자의 자기소유의 부동산에 해당되지 않으므로 쟁점사업양도에는 적용할 수 없다.
또한 쟁점사업양수도 기준일 2024.7.9. 이전에 이미 쟁점부동산은 ‘C’에 출자된 부동산이고 ‘C’ 사업자의 재무상태표에 계상된 상태여서 통지관서 제시 국세청 해석례를 적용할 수 없다.
자. 청구인 제시 판례
1) 청구인은 사업의 동일성을 해치지 않는 핵심적 구성요소가 아닌 일부 자산을 제외(부동산, 재고, 종업원)하고 양도하여도 재화의 공급으로 보지 않는 판례를 다음과 같이 제시한다.
2) 부동산을 제외한 사업양도 인정사례 1
◈ 서울고등법원 2009누19986, 2010.4.1. 건물 및 그 부지를 제외한 가전제품 도ㆍ소매와 관련된 사업용 재산 일체를 양도한 것으로 확인되므로 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만 교체된 것으로 보아 사업양도로 봄이 타당함 |
참고로 상기 판례의 의미는 도소매업에서 토지 및 건물은 사업의 핵심적 구성요소가 아닌 자산을 의미한다. 그리고 항소심 계류 중 과세관청이 부가가치세 부과처분을 직권으로 취소하여 법원이 소의 이익이 없으므로 소를 각하하였다.
3) 부동산을 제외한 사업양도 인정사례 2
◈ 대법원 90누2376, 1990.05.22. 관광숙박업사업자명의와 증축중인 건물을 일괄하여 양도하고 소외회사가 관광숙박업을 경영하고 있다면 관광숙박사업을 양도한 것이라 할 것이어서 건물부지, 주차시설이 양도의 대상에서 제외되어도 영업잔존재화는 아니라고 하여 부가가치세 과세대상이 되지 않음 |
상기 판례는 대지와 주차시설이 없더라도 관광숙박업에는 지장이 없으므로 대지와 주차시설은 사업의 핵심적 구성요소가 아니어서 재화 공급 특례가 적용되는 사업양도에 해당된다는 판례이다.
3) 부동산을 제외한 사업양도 인정사례 3
◈ 심사 부가2010-0141, 2010.10.18. 건물 및 그 부지가 양도대상에서 제외되었더라도 사업양수인이 양도인의 사업과 동일성을 유지하면서 사업을 계속하는데 아무런 지장이 없는 점, 양도인의 업태, 종목 등이 모두 동일한 점으로 보아 사업양도로 판단한 사례 |
상기 사례는 갑과 을이 공동으로 영위하는 부동산임대업과 해당 부동산 일부장소에서 영위하는 갑의 제조업은 별도의 사업장으로 보기 때문에 각각 별도의 사업자등록을 하여야 함을 의미하고 갑과 을의 공동임대사업자로부터 유상대차 또는 무상대차 계약을 통해 사업장을 임차하여 사용하던 갑의 단독사업을 법인에게 사업양도한 것은 재화공급 특례가 적용되는 사업양도에 해당된다는 사례이다.
4) 재고자산의 일부를 제외한 사업양도 인정사례
◈ 대법원 97누3224, 1998.3.27. 개인사업체가 현물출자 대상에서 재고자산 중 일부를 제외하고 그 처분을 위하여 1년 가량 종전의 사업을 계속하였다고 하더라도 이는 실질적으로 종전 사업을 폐업하기로 하면서 은행에 대한 대출금채무상환이라는 잔존사무를 정리하기 위하여 불가피하게 취하여진 조치에 불과하다면, 위와 같은 사유는 개인사업체가 위 법인에게 위와 같이 재화를 현물출자 형식으로 양도한 것이 사업의 양도에 해당한다고 보는데 장애가 되지 아니함 |
상기 판례의 원심판결문에 사업양도에서 제외한 재고자산이 현물출자액의 8%에 해당하는 금액이라고 명시되어 있다.
5) 종업원 중 일부를 제외한 사업양도 인정사례
◈ 대법원 2006두17895, 2008.12.24. 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시킨 경우에 해당된다면 종전의 종업원이 그대로 인수인계되지 아니하였다고 하여도 사업의 양도에 해당함 |
상기 판례는 인적설비가 핵심적인 구성요소가 아니라 할 것이어서 인적설비에 대한 승계가 이루어지지 않았다는 사유로 관련 사건의 사업양도를 사업의 양도로 인정하는 데에 장애가 되지 아니한다는 내용이다.
차. 결론
청구인은 쟁점법인과 체결한 포괄사업양수도계약에 따라 사업양도기준일 2024.7.9. 24시 현재 쟁점사업자의 재무제표에 계상된 일체의 자산과 부채뿐만 아니라 종업원 전부와 전자상거래업의 핵심적 구성요소인 온라인쇼핑몰 홈페이지, 회원정보, 주문 및 배송 IT시스템, PG사 계약, 물류배송 택배회사와의 계약, 건강기능식품 제조사 계약을 이전하여 포괄사업양수도 계약서상의 의무를 전부 이행하였다.
또한 청구인 A와 B가 각각 쟁점법인의 대표이사로 취임함으로서 단순히 경영주체만 변경되었으므로 청구인과 쟁점법인의 포괄사업양수도계약은「부가가치세법」제10조제9항제2호의 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당한다.
3. 통지관서 의견
가. 처분의 적법 타당성
1)쟁점부동산 취득시, 쟁점사업자 사업자등록번호로 세금계산서 수취하고 부가가치세 신고 시 매출세액에서 공제하여 신고하였고,
2021년 및 2022년 과세연도 종합소득세 신고시 재무상태표 유형자산으로 계상한 사실로 미루어 보아 쟁점부동산은 쟁점사업자의 사업장으로 사용되었다.
2)쟁점사업자는 자가 사업장인 쟁점부동산을 사업 포괄사업양수도 대상에서 제외한 후 쟁점부동산에 별도의 부동산임대업 사업자등록을 하고 쟁점법인에게 임대하는 형태를 취하였다.
쟁점사업자의 사업부문에 직접 사용된(쟁점법인의 사업장으로 현재까지 사용 중) 쟁점부동산을 제외하고 사업을 양도한 것은 사업의 중요한 핵심 요소 중 일부가 승계되지 아니한 것으로 사업의 포괄적 양도에 해당하지 않는다고 할 것이다.
3)2023년 과세연도 종합소득세 신고시(2024.6.21.)에는 쟁점부동산을 표준재무상태표에서 제거하여 신고한 후사업양수도 기준일(2024.7.9.) 현재 쟁점사업자의 재무상태표에 계상된 일체의 자산과 부채를 쟁점법인에 양도하였다고 주장하나,
당해 사업용 자산(토지․건물)의 기장 여부에 관계없이 사업용 자산을 제외한 양도 계약은「부가가치세법」제10조 제9항의 규정에 의한 사업의 양도에 해당하지 않는다고 할 것이다.(부가가치세과-4939, 2008.12.22.)
나. 결론
「부가가치세법」제10조제9항제2호에 따른 사업의 양도는 그 사업용 자산을 비롯한 인적・물적 설비 및 당해 사업에 관련된 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켜 경영 주체만 변경되는 것이라고 할 것인바, 쟁점사업자가 직접 사용하던 쟁점부동산을 제외하고 사업을 양도한 것은 사업의 중요한 요소 중 일부가 승계되지 아니한 것으로 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하지 않는다.
4.심리 및 판단
가.쟁점
재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 대해 부가가치세 과세는 부당하다는 청구주장의 당부
나.관련법령
1) 부가가치세법 제10조【재화 공급의 특례】(2023.12.31. 법률 제19931호로 개정된 것)
⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.
2) 부가가치세법 시행령 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】(2024.2.29. 대통령령 제34270호로 개정된 것)
법 제10조제9항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
1. 미수금에 관한 것
2. 미지급금에 관한 것
3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것
3) 부가가치세법 시행규칙 제16조【사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등의 범위】(2024.3.22. 기재부령 제1055호로 개정된 것)
영 제23조제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 구분에 따른 자산을 말한다.
1. 사업양도자가 법인인 경우:「법인세법 시행령」제49조제1항에 따른 자산
2. 사업양도자가 법인이 아닌 사업자인 경우: 제1호의 자산에 준하는 자산
4) 법인세법 시행령 제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 것)
① 법 제27조제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산,「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.
가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.
5) 부가가치세법 집행기준 10-23-1 사업양도의 구체적 범위
재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도란 사업장별로 사업용 자산을 비롯한 물적・인적시설 및 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말하며(미수금, 미지급금, 사업과 관련 없는 토지・건물 등 제외), 다음과 같은 사례가 포함된다.
4. 사업과 관련 없는 특정 권리와 의무, 사업의 핵심적 구성요소가 아닌 일부 자산, 채권, 채무를 제외하고 사업에 관한 모든 권리와 의무를 승계시키는 경우
다.사실관계
1)쟁점부동산 취득
가) 2021.11.23. 청구인들은 쟁점부동산을 290백만원에 취득하였으며, 쟁점부동산 매매계약서에 매수인란에 청구인 인적사항이 기재되어 있다.
나) 쟁점부동산 등기사항증명서에 청구인 각 지분이 1/2로 기재되어 있다.
다) 쟁점부동산 취득자금 306백만원(취·등록세 등 포함)은 쟁점사업자 사업용계좌에서 지급되었으며, 2024.7.8. 청구인 A에게 204백만원을 쟁점사업자 사업용계좌에서 추가 지급하는 방법으로 쟁점사업자 손익분배비율에 맞게 정산하였다.
라) 2024.8.26.부터 2024.10.9.까지 통지관서는 청구인 B에 대해 2019년부터 2023년까지 대상으로 증여세조사를 실시하였으며, 쟁점부동산 관련 추징내역은 없다.
마) 2024.8.26.부터 2024.10.9.까지 통지관서는 청구인 A에 대해 2019년 과세연도부터 2023년 과세연도까지 개인통합조사를 실시하였으며, 쟁점부동산 관련 추징내역은 없다.
바) 쟁점부동산 건물가액 139백만원에 대해 2021.11.23.을 작성일자, 쟁점사업자를 공급받는자로 세금계산서가 발행되었다.
2)쟁점사업자 소재지 청구인 개인사업자 사업내역
상 호 | 대 표 | 개업일 | 폐업일 | 업종 | 소재지 |
A약국 | A | 2014.5.2. | 소매 의약품 | C건물 O호, M호, N호, L호(임대) | |
E | A (70%) B( 30%) | 2021.4.1 | 2024.7.9. | 도소매 전자상거래 | C건물 D호, F호, L호 |
G | A (50%) B (50%) | 2024.6.20. | 부동산 임대 | C건물 F호 | |
OO임대 | B | 2025.10.21. | 부동산 임대 | C건물 O호 |
3)쟁점사업자 소재지 청구인 부동산 보유내역
(단위: 백만원, ㎡)
소재지 | 취득자 | 취득일 | 취득가액 | 건물면적 | 사용용도 |
C건물 M호 | A | 2019.11.29. | 325 | 50.05 | A약국 자가사용 |
C건물 N호 | A | 2019.11.29. | 325 | 50.05 | A약국 자가사용 |
C건물 L호 | A | 2020.12.24. | 100 | 37.32 | A약국이 E에 임대 |
C건물 F호 | A,B | 2021.11.23. | 290 | 50.05 | E사용, 임대사업자 등록 |
C건물 O호 | B | 2025.10.25. | 360 | 50.05 | 임대사업자 등록 |
C건물 L호에 대해서 ‘A약국’은 2023.5.1.을 입주일로 쟁점사업자에게 임대하였다고 부가가치세 신고시 임대공급가액명세서를 제출하였다.
4)쟁점법인 설립 현황
가) 2024.6.20. 쟁점법인 ㈜E을 설립하였으며, 업종은 도소매 전자상거래, 대표이사는 청구인 A, B이다.
나) 자본금은 50백만원이며, 주주는 청구인 A 20%, B 20%, P 등 자녀 3명이 각 지분 20%를 출자하였다.
다) 소재지는 경기도 안산시 C건물 F호로 등록하였다.
라) 쟁점법인은 2024.12.31. 기준 C건물 F호(쟁점부동산), D호(제3자로부터 임차), L호(청구인 A 소유)를 사업장으로 사용하고 있다.
5)쟁점사업자 및 쟁점법인 신고내역
6)과세예고통지 과세표준
가) 통지관서는 본 건 의견서에 영업권 등 공급대가 21,727백만원(공급가액 19.752백만원)에 대해 과세예고통지하였다고 기재하였으나, 21,727백만원에 산출근거는 제출하지 못하였다.
나) 청구인은 2024.7.9. 를 통해 쟁점사업자 영업권을 20,000백만원으로 감정평가하였다.
다) 쟁점사업자 2024.7.31. 현재 기준 재무상태표 자산 목록 중 부가가치세 과세대상 재화는 재고자산 1,597백만원, 유형자산 132백만원이다.
라) 2024.7.9. 포괄사업양수도 시점에 쟁점사업자가 보유한 부가가치세 과세대상 재화는 영업권 포함 21,729백만원이다.
7)쟁점부동산 공동사업 계약
가)청구인 A와 B는 2024.6.14. 쟁점부동산 공동사업계약을 체결하였다.
나) 공동사업 상호는 ‘G’로 하고, 출자비율 및 손익분배비율을 각 50%로 하고, 공동사업 개시시점은 2024.6.20.로 한다.
라.판단
1)관련 법리
「부가가치세법」 제10조 및 「부가가치세법 시행령」 제23조에 따르면 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업장별로 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것이며, 일부 건물 및 그 부지가 양도대상에서 제외되었다고 하더라도 기존의 사업과 동일성을 유지하면서 사업을 계속하는데 아무런 지장이 없다면 사업의 양도로 보아야 한다(대법원 2004.12.10. 선고 2004두10593 등 참조).
2)쟁점 포괄사업양수도가 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도 에 해당하는 지에 대한 판단
가) 쟁점사업자 공동사업 출자 지분율과 쟁점부동산 보유 지분율이 상이하고, 쟁점사업자가 쟁점부동산을 무상으로 사용하였다는 사유만으로 쟁점부동산을 쟁점사업자에 출자된 자산이라고 보기는 무리가 있는 점, 쟁점부동산이 사업양도 대상인 전자상거래업을 영위하는데 핵심적인 구성요소는 아닌 것으로 판단되는 점, 쟁점 포괄사업양수도 계약을 통해 전자상거래업 관련 물적·인적 자산을 포괄적으로 양도하여 사업의 동질성을 유지하면서 경영주체만 교체된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보건대 쟁점 포괄사업양수도는 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다고 봄이 타당하다.
나) 따라서, 쟁점 포괄사업양수도를 사업의 양도에 해당하지 않는 것으로 보아 부가가치세를 과세하겠다는 통지관서의 이 건 과세예고통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다.
5. 결론
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
1)고등법원에서 실제 가치로 문구를 변경하면서 55%로 변경됨