주 문

청 구 취 지

이 유

1. 처분의 경위

가. 인천 C 환지공동주택조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)은 인천 D 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)의 공유자들이 위 토지 위에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 분양하는 사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 하여 그 수익금을 배분하는 것을 목적으로 하는 단체이고, 원고들은 이 사건 조합의 조합원이다.

나. 피고는 2024. 5. 9. 원고들에게, ‘이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 현물출자하였음에도 이에 대한 양도소득세를 신고·납부하지 않았다’는 이유로 2016년 귀속 양도소득세 및 가산세(일반무신고가산세 및 납부불성실가산세)를 부과하겠다는 세무조사결과를 각 통지하였고, 같은 날 원고들에게 2016년 귀속 양도소득세 각 269,842,240원(가산세 131,450,962원 포함)을 결정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

다. 원고들은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 8. 27. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 17, 19, 20, 32, 34, 35호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

가. 원고들은 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 사업시행에 따른 수익을 배분받을 수 있는 권리를 취득한 것으로, 이는 소득세법상 양도소득세 과세원인인 ‘양도’에 해당한다. 원고들이 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도한 시기는 이 사건 조합의 제2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6.이므로, 이 사건 각 처분은 부과제척기간(7년)을 도과한 후에 이루어져서 위법하다.

나. 이 사건 각 처분은 국세기본법에서 정한 과세예고통지 및 과세전적부심사 없이 이루어졌으므로 절차상 중대한 하자가 있다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 부과제척기간 도과 여부

가. 인정사실

  1) 이 사건 사업 시행 경과 및 이 사건 조합의 설립 경위

    가) 재정경제부는 2003. 8. 11. 인천 C 등 일원에 대한 개발사업을 추진하고자 해당 일대를 인천경제자유구역으로 지정하고, 2006. 12. 5. 인천광역시도시개발공사와 한국토지공사의 인천경제자유구역 C 개발사업 실시계획을 승인하였다.

    나) 한국토지공사는 2006. 12. 13. 위 개발사업에 편입된 토지의 소유자들에게 수용방식 또는 환지방식의 보상을 시행할 예정이라고 공지하였고, 환지계획이 인가됨에 따라 2009. 1. 23. 인천 C 환지예정지 지정을 예고하였다.

    다) 이 사건 조합은 2009. 11. 14. 인천 C A15, A56, A66 구역의 환지처분 대상자를 조합원으로 하여 창립총회를 개최하여 설립되었고, 창립총회에서 이 사건 조합의 정관을 승인하는 결의를 하였다. 위 정관에서는 조합원이 소유한 토지를 이 사건 조합의 사업목적에 따라 공여하고, 이 사건 조합은 건설산업기본법에 의한 건설업 등록을 한 자와 공동으로 위 구역에 공동주택을 건설하여 제3자에게 분양하는 개발사업을 시행하며, 조합원들에게 출자한 비율에 따라 수익을 배분하기로 정하였다.

    라) 한국토지주택공사는 도시개발법 등 관련 법령에 따라 환지방식의 보상을 받을 토지 소유자들에게 공동주택용지를 공유로 하여 환지를 지정하고, 2014. 1. 27. C A15구역의 환지처분 대상자 중 공동주택 건설에 동의하는 사람은 A15구역으로, 동의하지 않는 사람은 A56구역, A66구역으로 구분하도록 하는 최종 환지처분 공고를 하였다. 이에 따라 이 사건 조합의 사업대상 부지는 인천 C A15구역(이 사건 토지에 해당함)으로, 이 사건 조합의 조합원의 자격은 이 사건 토지의 공유자로 확정되었고, 각 조합원별 이 사건 토지 지분(원고들의 공유지분 각 25104분의 108.3)도 확정되었다.

  2) 2015. 5. 6. 제2차 총회 결의

    가) 이 사건 조합은 2015. 5. 6. 제2차 총회를 개최하여, 정관 개정(환지처분에 따라 확정된 이 사건 토지만 사업시행구역으로 하고, 조합원도 A15구역 소유자로 하며, 사업의 시행방법에 신탁개발 방식을 추가하는 내용, 이하 ‘개정 정관’이라 한다) 및 이 사건 토지 지상에 공동주택 및 부대복리시설을 건축하기 위한 사업계획을 승인하는 내용의 ‘개발사업 및 신탁결의 안건’을 의결하였다. 개정 정관 중 사업시행, 조합원 지위에 관한 부분은 아래와 같다.

    나) 의결된 ‘개발사업 및 신탁결의’에 따라, 원고들을 비롯한 조합원들은 조합에 인감증명서를 첨부하여 조합이 관리형 또는 차입형 토지신탁 방식으로 사업을 시행하고, 이를 위해 부동산신탁회사와 관리형 또는 차입형 토지신탁을 체결함에 조합원이 동의한다는 내용의 ‘사업결의 및 신탁결의서’를 제출하였는데, 그 내용은 아래와 같다.

  3) 신탁계약의 체결 및 신탁등기의 경료 등

    가) 이 사건 조합은 2015. 8. 27. 주식회사 E신탁(신탁사), 주식회사 F(시공사), 주식회사 G(시행업무대행사)와 사이에 이 사건 사업 시행을 위한 사업협약을 체결하였다.

    나) 이 사건 조합은 2015. 11. 20. 제3차 총회에서 시공사의 선정, 환지등기 및 신탁등기 실행 안건(환지 촉탁등기, 이 사건 조합 명의로의 신탁등기, 신탁사 명의로의 신탁등기를 같은 날 경료한다는 내용)을 의결하였다.

    다) 이후 주식회사 E신탁이 이 사건 사업에 대한 투자심의를 보류하자, 이 사건 조합은 2016. 1. 21. 임시총회를 개최하여 H신탁 주식회사로의 신탁사 변경과 담보신탁을 통한 경비조달 등을 의결하고, 2016. 3. 22. H신탁 주식회사와 분양형 토지신탁계약을 체결하였다.

    라) 한국토지주택공사의 환지촉탁에 따라 2016. 3. 25. 이 사건 조합의 조합원들이 종전 토지 대신 이 사건 토지의 공유 지분을 취득하는 내용의 지분이전등기가 이루어졌고, 같은 날 그 지분에 관하여 이 사건 조합을 수탁자로 하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌고, 연이어 H신탁 주식회사를 수탁자로 하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

  4) 이 사건 사업의 완료

    H신탁 주식회사에 의하여 이 사건 사업이 진행되어 2018. 8. 20. 이 사건 토지 위에 8개동 577세대의 공동주택이 준공되었고, 이 사건 조합은 일반분양에 따른 분양수익금을 2019. 6.경부터 2023년경까지 원고들을 비롯한 각 조합원들에게 지분비율대로 정산하여 지급하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제1, 3, 6 내지 11, 13 내지 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 관련 법리

1) 소득세법은 ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 정함으로써(제88조 제1호), 양도인이 자산의 유상 이전으로 양도소득을 얻는 경우에 그 자산의 이전에 관하여 등기 또는 등록 절차를 마쳤는지 여부를 불문하고 양도소득에 관하여 납세의무를 진다는 점을 명시하고 있다. 소득세법령은 양도시기와 관련하여 원칙적으로는 양도에 따른 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 않거나 대금 청산 이전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기접수일로 하도록 규정하고 있다(소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항).

2) 조합에 출자된 자산은 출자자의 개인재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것이므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당하고, 그 양도시기는 조합에 현물출자를 이행한 때이다(대법원 2002. 4. 23. 선고 2000두5852 판결 등 참조).

다. 구체적 판단

  앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 원고들을 비롯한 이 사건 조합의 조합원들은 제2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 5. 6. 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 사실상 이전한 것으로 평가할 수 있고, 그에 대응하여 이 사건 사업에 따른 수익배분권을 부여받았으므로 해당 시점에서 대금의 청산도 완료된 것으로 봄이 상당하다.

  1) 이 사건 조합은 이 사건 토지에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 분양하여 수익금을 배분한다는 고유의 목적을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약(정관)을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행하여지며, 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 사업시행방법, 개발이익분배 등 단체로서의 주요사항이 확정되어 있으므로 비법인사단으로서 실체를 가진다. 총유에 있어서는 총유물에 대한 총유지분이라는 개념이 인정되지는 않으며, 총유물에 대한 사용·수익권은 단체의 구성원이라는 자격에서 인정된다고 할 수 있다.

  2) 원고들은 환지방식으로 이 사건 토지(공동주택용지) 지분을 취득한 다음 이를 이 사건 조합에 제공하여 공동주택을 건설하기로 동의하고 사업추진위원회에 동의서를 제출하였고, 2014. 1. 27. 환지처분으로 이 사건 토지의 공유지분이 확정됨에 따라 원고들을 비롯한 조합원들이 이 사건 조합에 현물출자하는 재산의 종류와 수량은 이미 확정되어 있는 상태였다.

  3) 이 사건 조합은 2015. 5. 6. 제2차 총회에서 이 사건 토지를 사업시행구역으로 정하고, 조합원은 소유한 토지를 조합의 사업목적에 따라 공여 또는 신탁하며, 조합은 공동주택을 건설하여 그에 따른 수익을 조합원들에게 출자 비율에 따라 배분하기로 결의하였고, 원고들을 비롯한 조합원들(115명)은 이러한 결의내용에 동의하여 총회결의 이후 ‘사업결의 및 신탁결의서’를 제출하였다. 위 사업결의 및 신탁결의서의 내용은 이 사건 조합이 이 사건 사업을 관리형 토지신탁 또는 차입형 토지신탁으로 시행함에 동의한다는 것으로서, 조합원들이 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합 또는 신탁회사에게 공여 또는 신탁하는 방식으로 현물출자하고 조합이 위탁자(대외적 소유권자)로서 선정된 부동산 신탁회사와 신탁계약을 체결하는 등 사업을 추진한다는 것을 전제하는 것이다.

  위와 같이 이 사건 사업시행의 범위와 방식, 조합원의 범위, 조합원이 각 현물출자하는 재산의 종류와 수량, 현물출자의 대가로서 출자지분에 따른 사업시행수익을 배분받을 것이라는 점, 이 사건 조합이 정한 바에 따라 이 사건 토지의 지분을 신탁등기하여야 한다는 점 등이 확정됨에 따라, 원고들을 비롯한 조합원들은 이 사건 토지의 지분을 이 사건 조합 또는 조합이 선정한 부동산신탁회사에 신탁등기를 하여야 할 구체적인 의무를 부담하게 되었고, 더 이상 자신의 토지 지분을 이 사건 조합의 사업 시행 외의 목적으로는 사용할 수 없게 되었으며, 만약 조합원들이 이러한 의무를 이행하지 않는다면 이 사건 조합은 조합원들에게 추가적인 급부를 제공함이 없이 곧바로 신탁등기 이행의 소를 제기할 수 있게 되었다.

  4) 특히 이 사건 조합의 개정 정관은 사업시행방법과 관련하여 ‘조합원은 소유한 토지를 조합의 사업목적에 따라 공여 또는 신탁하고, 조합은 사업을 시행하여 공동주택 등을 건설, 일반에게 분양하여 조합원에게 출자비율에 따라 수익을 배분한다(제5조)’고 정하고 있고, 조합원의 권리로서 ‘사업이익의 출자비율에 따른 이익배당권(제12조)’을 명시하였으며, 사업의 종료 후 조치와 관련하여 ‘조합은 본 사업을 통해 발생한 이익금에서 제36조의 사업비를 제외한 개발이익을 조합원에게 권리금액의 비율대로 분배한다(제42조)’고 정하였다. 즉, 원고들을 비롯한 이 사건 조합의 조합원들이 이 사건 조합에 이 사건 토지 중 지분을 현물출자하고 받은 대가는 ‘이 사건 사업의 추진에 따른 장래의 불확정한 개발이익을 배당받을 수 있는 권리’ 그 자체라고 보아야 하는바, 원고들을 비롯한 조합원들이 2015. 5. 6. 이 사건 조합에 이 사건 토지의 지분을 사실상 이전하고 그 결과 조합원으로서 개발이익을 분배받을 수 있는 권리를 취득함으로써 위 권리이전에 따른 대금의 청산은 완료되었다.

  한편 제2차 총회 결의 이후 2015. 11. 20. 제3차 총회에서 이 사건 토지 지분의 신탁등기절차 등의 의결이 이루어졌고 이후 신탁사가 H신탁 주식회사로 변경되었으며, 2016. 3. 25. 조합원들로부터 이 사건 조합으로 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐지기 이전에 같은 날 원고들을 비롯한 조합원들과 이 사건 조합 사이에 신탁계약서가 작성된 사실이 있기는 하나, 이러한 신탁계약서의 작성이나 신탁에 따른 이전등기의 완료는 이미 제2차 총회결의에서 확정되어 있는 현물출자의무를 이행하는 절차에 불과하다고 평가할 수 있다.

  5) 이에 대하여 피고는 이 사건 조합의 일부 조합원들은 2015. 5. 6. 제2차 총회 신탁결의 이후 이 사건 조합과 신탁계약을 체결하지 않은 채 이 사건 토지의 지분을 매도하였고, 잔금청산일을 양도시기로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다다는 점을 들어 2025. 5. 6. 신탁결의일 당시에는 원고들을 비롯한 조합원들의 현물출자가 이행 완료되었다고 볼 수 없다고 주장하나, 위 7명의 조합원들은 2015. 5. 6. 제2차 총회 결의 당시 이 사건 사업에 동의하지 않아 사업결의 및 신탁결의서를 제출하지 않고 이 사건 조합을 탈퇴한 사람들로서, 원고들과 같이 이 사건 사업에 동의하여 사업결의 및 신탁결의서를 작성 및 제출한 조합원들의 현물출자 시기가 위와 같은 사정에 따라 달라진다고 보기 어렵다.

   아울러 이 사건 조합의 정관¹⁾에 의하더라도 조합원이 본인 소유의 토지를 양도하면 조합원 자격을 상실하도록 하고 있고(제13조 제1항), 조합원의 권리가 이전된 경우에는 권리를 양수받은 자로 조합원이 변경된 것으로 보아 조합원 지위의 승계를 인정하고 있으며(제11조 제1항), 조합원은 조합에서 임의로 탈퇴할 수 없지만 부득이한 경우 총회 의결에 따라 탈퇴할 수 있고 이 경우 조합원 제명의 경우에 준하여 토지를 감정평가하여 조합이 매수하는 것을 원칙으로 하는바(제13조 제6항), 원고들을 비롯한 조합원들이 현물출자로서 이 사건 토지의 지분을 이 사건 조합에 사실상 이전한 이후이더라도 토지에 관한 권리를 양도하는 방식으로 조합원 지위를 제3자에게 양도하는 것은 가능하고, 조합원이 이 사건 조합에서 탈퇴하기로 하고 이 사건 조합에 토지지분을 매도하는 것도 가능하다. 따라서 2015. 5. 6. 제2차 총회 이후에도 일부 조합원들이 제3자에게 토지를 양도하거나 이 사건 조합에 토지지분을 매도하였다는 사정만으로는 앞서 본 바와 같은 판단에 방해가 되지 않는다.

라. 소결론

  원고들이 이 사건 토지 지분을 이 사건 조합에 유상으로 이전한 양도시기는 2015. 5. 6.이므로 2015년 귀속 양도소득세 신고기한은 2016. 5. 31.이다. 이 사건 각 처분은 위 신고기한으로부터 부과제척기간 7년이 도과한 이후에 이루어진 것으로서 위법하다

(따라서 원고들의 나머지 주장에 관하여는 더 나아가 살펴보지 않는다).

   부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효라 할 것이지만(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결 참조), 원고들은 이 사건 각 처분의 취소를 구하고 있고 원고들의 취소 청구에는 무효를 선언하는 의미에서 취소를 구하는 취지가 포함되어 있다 할 것이므로, 원고들의 청구에 따라 이 사건 각 처분을 취소한다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 국세기본법

제26조(납부의무의 소멸)

국세 및 강제징수비를 납부할 의무는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에 소멸한다.

2. 제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때

제26조의2(국세의 부과제척기간)

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 '부과제척기간'이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 '국제거래'라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

  1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

■ 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

제5조(과세기간)

① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.

제88조(양도의 정의)

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 '양도'란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제98조(양도 또는 취득의 시기)

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제110조(양도소득과세표준 확정신고)

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다.

제111조(확정신고납부)

① 거주자는 해당 과세기간의 과세표준에 대한 양도소득 산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제110조 제1항(제118조에 따라 준용되는 제74조 제1항부터 제4항까지의 규정을 포함한다)에 따른 확정신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. ② 제1항에 따른 납부를 확정신고납부라 한다.

■ 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 '대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우'란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

끝.