청 구 취 지

피고가 2023. 6. 13. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 종합소득세 111,381,482원 중 56,543,253원에 대한 경정거부처분을 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

가. AAA 주식회사2)(이하 ‘분할법인’이라고 한다)와 BBB 주식회사(이하 ‘합병법인’이라고 한다)는 2021. 3. 19. 및 2021. 4. 15. 분할법인의 투자사업 부문을분할하여 이를 합병법인에 흡수합병하고(분할합병기일 및 등기 예정일 2021. 7. 1.), 분할합병비율은 분할법인 주식 1주당 합병법인 주식 0.4719929주[분할합병비율 1:0.4719929(=분할비율 0.6895026 × 합병비율 0.6845412), 신주배정기준일 2021. 6. 30.]로 하는 내용의 분할합병계약 및 변경계약을 체결하였고, 2021. 7. 1. 그에 따른 분할합병등기를 마쳤다(이하 위 분할합병을 ‘이 사건 분할합병’이라고 하고, 위 분할합병비율을 ‘이 사건 분할합병비율’이라고 한다).

나. 원고는 ○○○증권 주식회사(이하 ‘○○○증권’이라고 한다)를 통해 2021. 6. 23.부터 2021. 6. 30.까지 분할법인의 주식 100,000주를 총 1,547,932,630원에 매수하여 2021. 6. 30. 기준으로 위 주식 100,000주를 보유하고 있었는데, 위 주식 중 이 사건 분할합병에 따라 소멸하는 68,950주(이하 ‘이 사건 분할법인 주식’이라고 한다)에 대하여 합병법인의 주식 47,199주를 배정받았다(이하 위 주식을 ‘이 사건 합병법인 주식’이라고 한다).

다. ○○○증권(원천징수의무자)은 이 사건 분할합병에 따라 원고가 취득한 이 사건 합병법인 주식의 취득가액에서 이 사건 분할법인 주식의 취득가액의 차액 230,551,800원(이하 ‘이 사건 분할합병차익’이라고 한다)이 구 소득세법(2022. 12. 31. 법률 제20615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제3호, 같은 조 제2항 제6호에 따른 의제배당액에 해당한다고 보고, 그에 따라 원고로부터 2021. 7. 귀속 배당소득세32,277,250원을 원천징수하였다. 위 의제배당액의 구체적 계산내역은 아래와 같다(이하 아래와 같은 방식으로 산정한 분할법인 주식 취득가액을 ‘자기자본비율 방식의 취득가액, 그 산정방식을 ’자기자본비율 방식‘이라고 한다).

라. 원고는 피고에게 2022. 5. 19. 이 사건 분할합병차익을 배당소득에 합산하여 2021년 귀속 종합소득세를 신고·납부한 뒤, 2023. 5. 25. 이 사건 분할합병차익을 58,396,347원으로 재계산하여 기 납부한 종합소득세 중 56,543,253원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2023. 6. 13. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2023. 9. 14. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2024. 6. 4. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10, 11, 14, 15호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 원고의 이 사건 합병법인 주식 취득가액은 분할합병등기일(2021. 7. 1.)이 아니라, 주식합병, 신주배정 등 이 사건 분할합병의 절차가 완료된 2021. 6. 30.을 기준으로산정되어야 한다.

나. 구 소득세법 제17조 제2항 제6호, 같은 조 제4항의 문언상 이 사건 분할법인 주식 취득가액은 자기자본비율 방식이 아니라 실제 사용한 금액으로 산정되어야 한다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 관련 규정 및 법리

구 소득세법 제17조 제1항 제3호의 의제배당은 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출되지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등 형식으로 사내에 유보된 이익이 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제하여 과세하는 데 취지가 있다(대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두4587 판결 등 참조).

그리고 구 소득세법 제17조 제2항 제6호는 ‘법인이 분할하는 경우 분할법인(분할되는법인)의 주주가 분할합병의 상대방 법인으로부터 분할로 취득하는 주식 등 재산가액의 합계액(분할대가)이 그 분할법인의 주식(분할법인이 존속하는 경우에는 소각 등으로 감소된 주식)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액’을 의제배당액으로 정하고 있다.

구 소득세법 시행령(2024. 12. 31. 대통령령 제35121호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제46조 제5호 다목에 의하면 구 소득세법 제17조 제2항 제3호·제4호 및 제6호의 의제배당의 수입시기는 법인이 분할 또는 분할합병으로 인하여 소멸 또는 존속하는 경우에는 그 분할등기 또는 분할합병등기를 한 날이고, 위 시행령 제191조 제1호에 의하면 의제배당의 경우 제46조 제4호 또는 제5호에 규정된 날에 그 소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

나. 이 사건 합병법인 주식 취득가격의 산정기준일에 관한 판단

1) 원고 주장의 요지

가) 구 소득세법 시행령 제46조는 합병법인 주식의 취득시기가 아니라 수입시기를 정하는 규정이므로 이에 따라 취득시기를 판단할 수 없고, 구 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 라목은 취득 당시의 시가로 의제배당액을 계산하도록 규정하고 있을 뿐이므로, 자산의 취득시기를 판단하는 일반 규정인 구 소득세법 제98조에 따라 거래 원인행위를 종결한 때(대금을 청산한 때)를 이 사건 합병법인의 주식을 취득한 때로 보아야 한다.

나) 이 사건 합병은 2021. 6. 30. 주식합병, 신주배정 등의 절차를 완료하였으므로, 구 소득세법 제98조에 따라 이 사건 합병법인 주식은 2021. 6. 30. 취득한 것으로 보아 의제배당액을 계산하여야 한다.

2) 판단

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을종합해 보면, 원고의 이 사건 합병법인 주식 취득가액의 산정기준일은 분할합병등기일로 봄이 타당하므로, 피고가 이 사건 합병법인 주식 취득가액을 분할합병등기일 기준으로 하여 산정한 것은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 원고의 이 사건 합병법인 주식 취득에 대한 의제배당액은 구 소득세법 제17조 제1항 제3호, 제2항 제6호에 따라 원고가 이 사건 합병법인 주식을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액이고, 그 수입시기는 구 소득세법 시행령 제46조 제5호 다목에 따라 분할합병등기일이다.

나) 구 소득세법 제17조 제5항, 구 소득세법 시행령 제27조 제1항에 의하면 의제배당액을 계산할 때 분할합병으로 취득한 주식의 가액은 원칙적으로 취득 당시의 시가이다. 소득세법상 이와 같은 경우 달리 주식의 취득시기에 관하여 규정하고 있지 않고, 상법 제530조의11 제1항, 제233조, 제234조에 의하면, 분할합병은 그 등기를 함으로써 효력이 발생하므로, 분할합병으로 인한 분할법인 주주의 합병법인의 신주 취득의

효력은 그 등기일에 발생한다고 보아야 한다. 구 소득세법 제98조 전단은 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있으나, 이는 양도소득금액 계산에 관한 것으로 배당소득인 의제배당에 관한 규정이 아니고, 달리 배당소득에 대하여도 적용된다고 볼 근거가 없다.

다) 그렇다면, 원고는 분할합병등기가 이루어진 2021. 7. 1.에 이 사건 합병법인 주식을 취득하였다고 할 것이므로, 의제배당액을 계산함에 있어 분할합병등기일 당시 가액을 기준으로 위 주식의 취득가액을 산정하여야 한다.

라) 한편, 원고는 분할합병등기는 형식적 절차에 불과하고 상법 제530조의11 제1항, 제526조 제2항에서 분할합병등기 전에 주주권을 취득하였음을 명문화하고 있으므로, 분할합병등기 여부와 관계없이 신주배정기준일에 실질적으로 합병법인 주식을 취득한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 상법 규정상 분할합병등기로서 분할합병의 효력이 발생하고, 합병당시에 발행하는 신주의 인수인은 합병의 보고총회에서 주주와 동일한

권리가 있다고 규정한 상법 제530조의11 제1항, 제526조 제2항은 문언상 분할합병등기 이전에 의결권 등 주주의 권리를 행사할 수 있게 해주는 예외 규정으로 해석될 뿐, 등기 이전에 합병법인 주식을 취득하는 규정이라고 해석되지 않는다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

다. 이 사건 분할법인 주식 취득가격의 산정방법에 관한 판단

1) 원고 주장의 요지

이 사건 분할법인 주식 취득가격은 분할합병 전 분할법인 주식 총 취득금액에 주식감소비율(0.6895026, 분할합병 전 보유하고 있던 분할법인 주식 중 이 사건 분할합병으로 감소한 주식의 비율)을 적용하거나 구 소득세법 제17조 제2항 제6호에 규정된 바와 같이 감소된 주식 수에 평균취득단가를 곱하여 산정하여야 한다.

2) 판단

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 피고가 이 사건 분할법인 주식 취득가격을 자기자본비율 방식의 취득가액으로 산정한 것은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

가) 구 소득세법은 분할에 따른 의제배당액을 산정할 때 주식 취득가액이 불분명한 경우 그 주식의 액면가액을 취득가액으로 본다고 규정하고 있을 뿐(제17조 제4항), 분할법인 주식의 취득가액 산정기준에 대해서는 달리 규정하고 있지 않다. 따라서객관적이고 합리적인 방법에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 산정할 수밖에 없다.

나) 피고가 취하고 있는 ‘자기자본비율 방식’은 이 사건 분할합병 전 분할법인 주식의 취득가액에다가 이 사건 분할합병으로 감소한 분할법인의 세무상 자기자본비율(= 이 사건 분할합병으로 감소한 분할법인의 자기자본 / 이 사건 분할합병 전 분할법인 자기자본)을 곱한 금액을 산정하는 것으로 결국 자기자본비율에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 안분하는 방식이다.

그런데 이와 같이 자기자본비율(순자산비율)에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 안분하는 것은 재무제표 등에 기반하여 분할법인 주식의 취득가액을 객관적으로 산정할 수 있는 방식이다. 또한 자기자본은 분할 직전의 단기적인 손익에 별다른 영향을 받지 않고 법인의 청산가치를 반영하는 지표이므로, 자기자본비율에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 안분하는 것이 불합리하다고 보이지도 않는다. 나아가 회사의 분할합병은 분할합병의 등기를 함으로써 그 효력이 발생하여 실제 분할된 자산과 부채가 분할합병의 상대방 법인에 귀속되므로(상법 제530조의11, 제234조 등 참조), 분할합병등기일 기준의 자기자본비율에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 안분하는 것 역시 객관성과 합리성이 있다.

다) 한편, 원고는 구 소득세법 제17조 제2항 제6호 및 같은 조 제4항의 문언상 분할법인 주식 취득가격은 실제 주식의 취득금액으로 산정하여야 함을 전제로 앞서 본 바와 같은 산정방법을 주장하고 있다. 그러나 위 규정은 취득가격에 관하여 ‘주식을 취득하기 위하여 사용한 금액’이라고만 정하고 있을 뿐 이 사건과 같은 분할합병의 경우에 이를 어떻게 나누어야 할지에 대하여는 구체적으로 정하고 있지 않고, 이 사건 분할합병으로 인하여 특정 주권발행번호에 해당하는 주식이 소각되는 것으로 보이지 않는다. 그리고 피고는 국세청의 법인세법 기본통칙 16-0…16)에 따라 세무상 자기자본비율 방식을 적용하여 이 사건 분할법인 주식 취득가격을 산정하였는데, 분할합병등기일을 기준으로 한 세무상 자기자본비율 방식이 소득세법에 따른 객관적이고 합리적인 취득가액의 안분 방식이라고 보이는 이상, 위 규정이 법규적 효력이 있는지 여부와 관계 없이 이 자기자본비율 방식을 적용한 이 사건 처분이 위법하다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

라) 또한 원고는, 이 사건 분할합병비율은 K-IFRS(한국채택국제회계기준)에 따라 작성된 재무제표의 회계상 순자산가치를 기준으로 산정되었고, 법인세법 기본통칙 16-0…1 규정을 해석해 보면 회계상 자기자본비율을 적용하여야 한다는 주장도 한다.

그러나 기업회계는 기업정보의 이용자가 합리적인 의사결정을 할 수 있도록 재무자료를 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 처리하여, 유용하고 적정한 정보를 제공하게 하는 것을 목적으로 재무제표를 작성하는 것을 의미하고, 세무회계는 국가의 재정조달 및 적정 과세를 목적으로 세법에 의한 과세소득을 산정하는 것을 의미한다.

이와 같이 기업회계와 세무회계는 서로 다른 목적을 가지고 있으므로, 이 사건 분할합병비율이 기업회계를 바탕으로 산정되었다는 사정만으로 과세소득 산정을 할 때에도 같은 기준을 적용하여야 한다고 볼 수 없고, 명문의 규정 없이 법인세법 기본통칙 16-0…1 규정을 원고 주장과 같이 해석할 수도 없다.

라. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.