1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여, 2020. 6. 8.에 한 2015년 귀속 법인원천징수분 배당소득세 3,502,580,910원(가산세포함)의 부과처분과 2020. 6. 9.에 한 2015년 귀속 법인세 100,000,000원(지급명세서미제출가산세)의 부과처분을 모두 취소한다

이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 아래와 같이 일부 추가하는 외에는 제1심판결의 해당란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다. ○ 제1심판결 제3면 제8행의 “무상증자를 실시하였고” 부분 다음에 “(이하 ‘이 사건 무상증자’라 한다)”를 추가한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 소득세법 제17조 제2항 제2호 본문의 ‘잉여금’은 법인의 잉여금을 자본에 전입함으로써 취득하는 주식의 가액을 의제배당소득으로 규정하고 있는데, 이는 세무조정 이후 손금산입되지 아니하여 법인세 과세대상이 되는 잉여금, 즉 세법상 잉여금을 의미한다. 기업회계기준에 의하면 주식양도차익에 관하여 자본잉여금이 발생하지만 구 조세특례제한법(2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제38조 적용으로 압축기장충당금으로 계상되어 손금에 산입됨에 따라 ‘세법상’ 순자산은 변동하지 않아 ‘세법상’ 잉여금은 발생하지 않는다. 이 사건 잉여금이 상법 내지 회계상 잉여금에 해당하더라도, 이 사건 주식교환에 따른 세법상 잉여금은 발생하지 않은 이상, 기업회계기준상 자본잉여금을 재원으로 무상증자를 실시하더라도 이 사건 잉여금을 재원으로 하여 주주가 취득한 무상주는 근본적으로 미실현이익에 불과하여 의제배당 과세 대상에 해당하지 않는다(주위적 주장).

2) 가사 이와 달리 보더라도, 위와 같은 무상주는 배당가능이익이 될 수 없는 자본준비금을 재원으로 한 것으로, 이 사건 잉여금은 소득세법 제17조 제2항 제2호 단서 가목의 ‘상법 제459조 제1항에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것’에 해당하므로 의제배당 과세 대상에서 제외되어야 한다(예비적 주장).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 주위적 주장에 관하여

가) 관련 용어의 개념과 법령의 내용

(1) 잉여금 및 준비금

(가) 대차대조표는 기업의 재무상태를 표시하는 재무제표로, 그 항목은 ‘자산’, ‘부채’, ‘자본’으로 구성되는데, 여기서 자산은 부채와 자본의 합(자산 = 부채 + 자본)이다. 자산은 현재 기업이 보유하고 있는 경제적 자원을 말하고, 부채는 기업이 부담하고 있는 경제적 의무를 말한다. K-IFRS(한국채택국제회계기준)상 자본은 일반기업회계기준에서 기업의 자산에서 모든 부채를 차감한 잔여지분으로 정의되며, 납입자본(자본금과 자본잉여금), 이익잉여금, 기타자본구성요소로 분류된다.

(나) 잉여금이란, 법인의 순자산액(= 총자산 - 총부채)에서 자본금을 공제한 금액을 말한다. 잉여금은 통상 자본거래에서 발생한 자본잉여금과 영업활동에서 발생한 이익잉여금으로 분류된다.

(다) 준비금이란, 자본금을 초과하는 회사의 재산액 중 일정한 목적을 위하여 이익배당 등으로 처분하지 않고 회사 내에 유보해 두는 금액을 말한다.

(라) 자본준비금이란, 자본잉여금 중 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 적립한 것으로, 상법 시행령 제18조는 ‘법 제459조 제1항에 따라 회사는 제15조에서 정한 회계기준에 따라 자본잉여금을 자본준비금으로 적립하여야 한다’고 규정하고 있고, 제15조는 ‘상법 제446조의2의 위임에 따른 구체적 회계기준’을 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제4조에 따른 외부감사 대상 회사의 경우 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제5조 제1항에 따른 회계처리기준이라고 정하고 있다.

(2) 무상증자

준비금은 상법 제460조의 규정에 따라 자본의 결손 보전에 충당하는 경우 외에는 처분할 수 없는 것이 원칙이다. 이에 대한 예외로, 준비금의 전부나 일부를 자본금에 전입하여 회사의 자본금을 증가시킬 수 있고 이를 일반적으로 무상증자라고 한다. 무상증자가 이루어지는 경우 상법 제461조의 규정에 따라 주주에 대하여 그가 가진 주식 수에 따라 주식을 발행하고, 주주들은 이를 ‘무상’으로 발행받게 된다. 따라서 무상증자가 이루어져서 주주들에게 무상주가 배정되더라도 그 발행법인의 순자산이나 이익 및 주주의 그 회사에 대한 지분비율에는 변화가 없다.

(3) 의제배당

(가) 일반적인 현금배당은 회사의 내부에 유보되어 있던 이익을 배당결의에 의하여 그 주주나 출자자들에게 현금으로 분배하는 것을 뜻하므로, 현금배당을 받은 주주 등은 그 지분을 유지하는 상태에서 회사의 이익을 현금으로 받게 된다. 소득세법 제17조 제1항은 위 현금배당을 포함한 배당소득에 대한 과세를 규정하고 있다. 소득세법 제17조 제1항은 배당소득의 종류를 열거하고, 제3호에서는 의제배당을 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 그 각 호에서 의제배당의 종류를 열거하고 있다. 그 중 제2호는 주식배당에 따른 의제배당으로서 법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자의 금액에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자의 가액을 규정하면서, 다만 자본준비금과 재평가적립금(토지의 재평가차액에 상당하는 금액은 제외)의 자본전입에 의한 경우는 제외하도록 규정하고 있다.

(나) 소득세법 제17조 및 법인세법 제16조가 규정하는 의제배당은, 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출되지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등의 형식으로 사내에 유보된 이익이 위 각 법조 소정의 사유로 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제하여 과세하는데 그 취지가 있다(대법원 1991. 9. 10. 선고 91다10565 판결, 대법원 1993. 6. 11. 선고 92누16126 판결 등 참조). 또한 법인의 잉여금을 자본에 전입하면 자본충실의 원칙상 그 전입으로 인하여 증자된 만큼 회사재산을 유지하여야 하므로 회사재산의 사내유보가 가능하게 될 뿐더러 이익준비금을 자본에 전입한 때에는 다시 일정한도까지 이익준비금을 적립하여야 되고, 자본준비금이나 재평가적립금을 자본전입한 경우에도 자본금이 증가됨에 따른 이익잉여금의 적립한도가 증가되어 그에 상응한 회사재산의 사내유보는 가능하게 되므로 잉여금의 자본전입시에는 현금배당과 유사한 경제적 이익이 주주나 출자자에게 귀속된다고 할 것이다. 따라서 소득세법 제17조 제1항 제2호 및 법인세법 제16조 제1항 제2호가 그 본문에서 ‘법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자지분의 가액’ 내지 ‘법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본이나 출자에 전입함으로써 주주등인 내국법인이 취득하는 주식등의 가액‘이라고 규정한 것은 바로 이러한 이유 때문이라 할 것이고, 다만 그 각 단서에서 ’상법 제459조의 규정에 의한 자본준비금과 자산재평가에 따른 재평가적립금(토지의 재평가차액에 상당하는 금액은 제외)을 자본에 전입하는 경우’는 의제배당으로 보지 아니하는 예외를 인정하고 있는데, 그 취지는 이와 같은 경우의 자본전입에 따라 주주 등이 받는 주식 등의 가액에 대하여 비과세한다는 것이 아니라 자본전입에 따른 증자를 통하여 회사채권자를 보호하고 기업의 신용도를 높여 기업경영의 합리화를 도모하기 위하여 자본전입을 촉진하겠다는 정책적 고려에서 위 자본준비금 등의 자본전입 시에는 이를 의제배당으로 보지 아니하고, 다만 위 각 법조 소정의 사유가 생겨 그 소정의 초과금액 또는 유보이익의 증가액이 있을 때에 과세를 하겠다는 일종의 과세유보 규정이라고 봄이 상당하다(대법원 1992. 2. 28. 선고 90누2154 판결, 대법원 1993. 5. 25. 선고 91누9893 판결 등 참조).

(4) 세무조정과 과세이연

세무조정이란, 기업회계상의 당기순이익을 기초로 하여 관련 세법의 규정에 따라 익금과 손금을 가감 조정함으로써 각 사업연도별 익금, 손금, 소득을 계산하는 절차를 말하며, 이에 따라 세법과 기업회계 사이의 손익 인식 또는 귀속시기 차이를 조정하게 된다. 내국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득에서 이월결손금 등의 공제금액을 차감하여 구하게 되고(법인세법 제13조 제1항), 각 사업연도의 소득은 익금의 총액에서 손금의 총액을 뺀 금액으로 계산한다(법인세법 제14조 제1항). 익금은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익을 말하는데 그 익금의 범위는 법인세법 제15조에 규정되어 있고, 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 발생하는 손비를 말하는데 그 손금의 범위는 법인세법 제19조에 규정되어 있다.

세무조정 과정에서 세법이 정한 일정한 요건을 충족하는 경우, 자산의 취득ㆍ개량 등으로 발생한 소득 중 일정 금액을 손금에 산입하고, 그 상당액을 압축기장충당금(취득한 자산에 대해 과세를 뒤로 미루기 위해 설정하는 세법상의 충당금 계정) 등으로 계상함으로써 그 소득에 대한 과세시기를 이연할 수 있다.

이 사건에 적용되는 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법 시행령’이라 한다) 제35조의2 제1항에서는 “내국법인(이하 이 조에서 ‘완전자회사’라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 「법인세법」제91조제1항에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 ‘완전모회사’라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 ‘주식의 포괄적 교환등‘이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 이러한 규정에 따르면 주식의 포괄적 교환으로 인한 차익 상당액을, 압축기장충당금 계정을 사용하여 손금산입할 수 있도록 함으로써 주식의 포괄적 교환이 있던 당해 연도에 해당 금액에 대한 법인세 과세를 이연할 수 있게 되는 것이다.

나) 이 사건 주식교환 및 무상증자 당시의 회계처리

(1) 이 사건 주식교환 당시(2010. 10. 12.)의 회계처리

이 사건 주식교환 당시인 원고의 2010년 사업연도에는 한국채택국제회계기준(K-IFRS)이 도입되기 전이었고, 당시에는 일반기업회계기준이 적용되었다. 원고는 2010년 사업연도 법인세 신고 시 동BBBB로부터 교부받은 동BBBB 주식의 시가 47,433,668,453원에서 원고가 양도한 동CCCCCC 주식의 장부가액 14,732,348,522원의 차액인 32,701,319,931원에 대한 과세특례신청(과세이연)을 하였다. 그리고 2011년 한국채택국제회계기준(K-IFRS)이 도입되자 그 기준에 맞추어 2011년 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 주식교환이 연결회계대상법인(종속 및 피종속법인)간 지분법적용투자주식의 자본거래에 해당하는 것으로 보아, 위와 같이 교부받은 동BBBB 주식의 시가를 30,719,064,917원으로, 원고가 양도한 동CCCCCC 주식의 장부가액을 2,929,772,649원으로 재평가하고, 그 차액 27,789,292,268원(= 30,719,064,917원– 2,929,772,649원)을 아래와 같이 회계상 기타자본잉여금으로 계상하였다.

그런데 2016. 1. 1. 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1027호가 개정되었고, 이에 따르면 개별재무제표에서도 종속기업에 대한 투자에 지분법을 적용하는 경우 지배기업 개별재무제표에서의 회계처리를 수익계정인 당기손익(기타포괄손익)으로 처리하게 되었다.

(2) 이 사건 무상증자(2015. 10. 21.) 당시의 회계처리

원고는 이 사건 주식교환 당시 위와 같이 기타자본잉여금 계정에 계상하였던 금액 중 24,039,731,206원과 2003년 사업연도경에 발생한 주식발행액면초과액 7,846,148,794원 합계 31,885,880,000원을 재원으로 하여 2015. 10. 21. 이 사건 무상증자를 실시하며 주주들에게 신주 6,377,176주(31,885,880,000원 ÷ 주식 액면가액 5,000원)를 배정하고 아래와 같이 회계처리를 하였다[이에 따라 원고의 발생주식 총수는 이 사건 무상증자 전 5,314,314주에서 11,691,490주로 증가하고, 자본금도 이 사건 무상증자 전 26,571,570,000원에서 58,457,450,000원으로 증가한 것으로 보인다(갑 제2호증 및 원고의 2026. 1. 9.자 준비서면과 첨부자료 참조)].

다) 구체적 판단

원고의 주위적 주장과 관련된 쟁점은, 이 사건 무상증자의 재원이 된 이 사건 잉여금이 조특법 시행령 규정에 따라 2010년 사업연도 법인세 신고 시 손금산입되어 그 잉여금 상당액에 해당하는 부분은 법인세 납부 대상이 아님에도, 이 사건 무상증자를 통하여 주주들에게 배당된 신주가 위 ‘법인의 잉여금을 자본에 전입함으로써 취득하는 주식’에 해당하는지 여부이다. 이하 항을 나누어 이에 대하여 살펴본다.

(1) 소득세법 제17조 제2항 제2호 본문의 ‘잉여금’의 의미

앞서 살핀 바와 같은 소득세법상 의제배당 규정의 취지, 관련 규정의 내용과 체계 등과 아울러 앞서 든 증거와 갑 제2, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되거나 이에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 종합하면, 소득세법 제17조 제2항 제2호 본문의 ‘잉여금’을 원고 주장과 같이 ‘세무조정을 거친 후의 잉여금(원고 주장의 표현에 따르면 ’세법상 잉여금‘)’이라고 제한하여 해석할 수는 없다고 판단된다.

(가) 소득세법 제17조 제2항 제2호 본문은 ’법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자지분의 가액‘을 의제배당 금액이라고 규정하고 있다. 여기서 ’자본전입‘이란, 준비금이나 잉여금의 일부 또는 전부를 자본에 편입하는 것을 말하는데, ’준비금이나 잉여금에 계상되어 있는 항목을 자본에 전입하는 행위‘는 기업의 경영활동의 일부로서 이루어지는 것이므로, 이는 각 사업연도의 경영활동이 종료된 후 당기순이익을 기초로 하여 관련 세법의 규정에 따라 익금과 손금을 가감 조정함으로써 각 사업연도별 익금, 손금, 소득을 계산하는 세무조정과는 별다른 관련이 없다고 봄이 상당하다.

(나) 앞서 본 바와 같이 의제배당이란, 기업경영의 성과인 잉여금 중 사내에 유보된 이익이 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 비록 그 형식은 현금배당이 아니지만 실질적으로는 현금배당을 받은 것과 같은 경제적 이익이 있는 경우 과세형평의 원칙상 이를 세법상 배당으로 의제하여 과세하는데 그 취지가 있는 것이다. 소득세법 제17조 제2항 제2호가 잉여금을 자본전입함으로써 취득하는 주식에 대해 의제배당으로 보아 배당소득 과세가 이루어지도록 규정하고 있는 이유는, 잉여금의 자본전입으로 인해 주식이 발행되어 주주들에게 분배될 경우 그 주주들이 받는 무상주식은 소득세법 제17조 제1항 제1, 2호에 규정된 일반적인 배당금과 그 경제적 실질이 동일하기 때문인 것으로 볼 수 있다.

즉, 현금배당이 이루어질 경우에 주주는 그 주식지분비율을 유지하고 있는 상태에서 현금을 취득하게 되고, 잉여금의 자본전입으로 인해 주식이 발행되는 경우에 주주는 그 지분비율을 유지하고 있는 상태에서 추가적인 주식인수대금의 납입 없이 무상주를 취득하게 된다. 이처럼 잉여금을 재원으로 한 무상증자와 현금배당 모두 주주는 그 지분비율을 유지한 상태에서 새로운 재산인 현금 또는 무상주를 각 취득하게 되는 것이다. 또한 현금배당 또는 잉여금의 자본전입으로 인한 주식발행은 주주가 회사에 투자한 자본금이 아니라 기업이 경영활동을 통해 얻은 이익이 주주들에게 분배된다는 점에서 동일하다. 이 경우 무상증자의 재원이 되는 잉여금이 기업의 세무조정 과정에서 조특법 시행령 규정에 따라 손금산입되어 법인세 과세이연이 이루어진다고 하더라도, 기업이 경영활동을 통해 얻은 이익이 주주들에게 분배된다는 경제적 실질이 달라진다고 볼 수는 없다. 주주가 취득한 무상주의 재원이 된 잉여금이 과세이연되어 회사가 법인세를 납부하지 않은 경우와 과세이연을 하지 않고 회사가 법인세를 납부한 경우를 비교해 보더라도, 주주의 입장에서는 그 경제적 실질에 있어 별다른 차이가 없다. 따라서 무상증자의 재원이 된 잉여금이 법인세 과세이연 대상인지 여부는, 그 잉여금의 자본전입이 주주들에게 실질적으로 이익배당 내지 현금배당과 같은 경제적 이익을 주주들에게 귀속시킨 것이라는 실질에는 아무런 영향을 미칠 수 없다고 봄이 타당하다.

(다) 소득세법 제17조 제1항 제1호에서는 ’배당소득‘의 하나로 ’내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금‘을 규정하고 있는데, 상법 제462조 제1항에서는 이익배당의 한도가 되는 금액을 ’순자산액에서 자본금, 그 결산기까지 적립된 자본준비금과 이익준비금의 합계액, 그 결산기에 적립하여야 할 이익준비금, 대통령령으로 정하는 미실현이익을 공제한 금액‘으로 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때 이익배당 시 배당가능이익을 계산함에 있어 법인세 신고를 위하여 세무조정을 거친 금액만을 그 재원으로 하는 것을 의미한다고 해석할 수는 없고, 이익배당의 재원이 되는 잉여금은 세무조정을 거치기 전 상법상(회계상) 잉여금을 의미한다고 해석함이 타당하다.

한편 법인세법 제18조의2, 제18조의4 등에서는 내국법인 수입배당익금의 익금불산입 또는 외국자회사 수입배당금액의 익금불산입에 관하여 규정하면서 ’잉여금‘을 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있는데, 법인세법상 익금, 손금, 소득을 계산하기 위한 위와 같은 규정들에서의 ’잉여금‘을 이미 세무조정을 거친 후의 잉여금을 의미한다고 해석하기는 어려울 것이다(만약 원고의 주장처럼 ’잉여금‘이 세무조정을 거친 후의 잉여금을 의미한다고 해석하게 되면 법인세법이 이미 ’세무조정을 거친 잉여금‘을 ’익금에 산입하지 아니하는‘ 세무조정을 하도록 규정하고 있는 것으로 해석해야 한다는 모순이 생긴다). 또한 소득세법 제17조 제2항 제2호 가.목에서는 의제배당에서 제외되는 금액으로 ’상법‘에 따른 자본준비금으로서 대통령령으로 정하는 것을 제외하고 있는데, 위 규정에서의 ’잉여금‘도 세법상 세무조정을 거친 후의 잉여금이 아니라 ’상법‘상 잉여금을 의미하는 것이라고 새기는 것이 법령의 체계적이고 합리적인 해석방법이라고 할 것이다.

(라) 원고는 합병에 의한 청산소득을 산정함에 있어서 ’기업회계상 결손금이 반영된 자본잉여금 및 이익잉여금의 합계액에 세무조정 유보금액을 가감한 금액‘을 납입자본금에 더하여 자기자본의 총액을 산정한 다음 여기서 ’세무회계상 이월결손금을 공제‘하여야 한다는 원심 판단을 수긍한 대법원 2008두14074 판결의 법리가 이 사건에도 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 살피건대, 위 대법원 판결의 사안에서 적용된 구 법인세법 제80조 제3항, 제79조 제4항은 법인이 해산할 때 청산소득을 산정하는 경우에 적용되는 규정으로, 위 대법원 판결은 청산소득 계산의 바탕이 되는 자기자본의 총액을 산정할 때 세무조정 과정에서 유보되어 있는 잔액을 고려해야 한다는 취지이다. 합병 등으로 해산하는 회사에 대하여 과거 법인세 과세이연된 잉여금이 있는 경우 그 청산 시점에 해당 잉여금에 대한 과세가 이루어지지 않는다면 이에 대해 국가는 더 이상 과세권을 행사할 수 없게 되므로 기업회계상 자본잉여금 및 이익잉여금의 합계액에 세무조정 유보금액을 가감한 금액을 기준으로 자기자본의 총액을 산정하는 것이 타당할 것임은 의문이 없다. 그러나 이 사건에서는 해산하는 회사의 법인세가 아니라 잉여금의 자본전입에 따라 발행된 주식을 주주가 취득한 경우 그 주주가 의제배당 소득세를 부담해야 하는지 여부가 문제되고 있고, 위 대법원 판결의 법리가 자본전입 시 소득세법상 의제배당의 대상이 되는 잉여금의 범위를 세무조정 유보금액을 가감한 금액으로 한정한 취지라고 해석할 수는 없다. 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

(마) 조특법 제38조, 조특법 시행령 제35조의2 제1항에서 완전자회사 주식의 양도차익에 관하여 주식의 포괄적 교환으로 취득한 완전모회사 주식을 처분할 때까지 법인세 과세를 이연할 수 있도록 규정한 취지는, 주식의 포괄적 교환을 통한 기업구조조정을 촉진하기 위한 것일 뿐, 그 과세이연된 주식의 양도차익이 주주에게 귀속되는 경우에 있어서까지 주주의 소득에 대한 과세를 하지 않겠다는 취지로 해석할 수는 없다. 더욱이 세무조정 과정에서 작성되는 ’세무조정계산서‘ 등에 ’잉여금‘이라는 항목이 따로 존재하지 않는 점, 원고가 주장하는 세무조정을 거친 후의 잉여금을 확인하기 위해서는 결국 기업회계상 잉여금을 기초로 세무조정계산서에서 해당 금액이 손금산입되었는지 여부를 확인하여야 하는데 그 금액은 재무제표나 세무조정계산서 등에서는 곧바로 확인할 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 소득세법 제17조 제2항 제2호 본문을 해석함에 있어 그 자본전입의 대상이 되는 ’잉여금‘이 세무조정을 거친 후의 잉여금만을 의미하는 것으로 한정하여 해석하기는 어렵다.

(2) 이 사건 무상증자로 원고 주주들이 취득한 주식이 ‘잉여금을 자본전입함으로써 취득하는 주식’에 해당하는지

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되거나 이에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 종합하면, 이 사건 무상증자로 원고의 주주들이 취득한 주식은 소득세법 제17조 제2항 제2호 본문의 ‘잉여금을 자본전입함으로써 취득하는 주식’이라고 봄이 타당하다.

(가) 이 사건 무상증자는 이 사건 잉여금을 재원으로 하여 실시되었다. 이 사건 잉여금은, 원고가 이 사건 주식교환을 통해 취득한 동BBBB 주식의 시가와 원고가 양도한 동CCCCCC 주식의 장부가액의 차액으로, 결국 원고가 이 사건 주식교환을 통해 얻은 이익 상당액이다. 이와 같이 이 사건 잉여금은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익으로서 법인세법 제15조 제1항에서 규정하는 ‘익금’에 해당한다. 한편 주식의 포괄적 교환은 소득세법 제88조 제1항이 규정하는 자산의 유상양도에 해당하고(대법원 2013. 8. 23. 선고 2013두5791 판결 등 참조), 조특법에서도 주식의 포괄적 교환 등으로 발생한 주식 양도차익에 상당하는 금액이 익금에 해당함을 전제로 과세이연을 규정하고 있으며, 원고 역시 이 사건 잉여금이 익금에 해당함을 전제로 과세특례신청(과세이연신청)을 하였다.

(나) 의제배당은, 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출되지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등의 형식으로 사내에 유보된 이익이 소정의 사유로 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제하여 과세하는데 그 취지가 있다. 그런데 이 사건 잉여금은 원고 주주들이 납입한 자본금이 아니라, 원고가 보유하고 있던 동CCCCCC 주식의 양도가 포함된 주식교환이라는 기업경영의 성과로 얻은 이익에 해당한다. 따라서 이 사건 무상증자는 기업경영의 성과로 얻은 이 사건 잉여금을 원고의 주주들에게 무상주의 형식으로 환원하여 귀속시킨 것으로 봄이 타당하다.

(다) 원고는 주주들이 이 사건 무상증자로 취득한 무상주로 인해 사실상 경제적 이익을 얻지 못하였고, 미국이나 일본에서도 잉여금의 자본전입으로 주주가 취득하는 무상주의 가액을 배당으로 의제하지 않고 있는 점 등에 비추어 보더라도 이에 대하여는 소득세가 과세될 수 없다는 취지로 주장하나, 다음과 같은 이유에서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

① 소득세법 시행령 제46조는 제2호에서 ‘잉여금의 처분에 의한 배당’의 경우 당해 법인의 잉여금 처분결의일을 배당소득의 수입시기로 하도록 규정하고 있다. 한편 배당소득의 수입시기에 관하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제46조와 관련하여 대법원 2015. 12. 10. 선고 2015두48433 판결은 ‘의제배당소득은 일반적인 주식 양도소득과는 달리 소득세법 시행령 제46조 제4호에서 정한 자본감소 결정일에 그 수입시기가 도래하는 것이고, 주식양도대금이 지급된 이후에 자본감소 결정이 이루어졌다고 하여 달리 볼 수는 없다’는 취지의 원심 판단이 정당하다는 취지로 판시하였음을 감안하면, 이 사건에서도 위 시행령 규정에 따라 잉여금의 처분결의가 이루어진 시기, 즉 이 사건 무상증자 당시를 배당소득의 수입시기로 봄이 상당하다.

② 원고 주장의 주된 논거는, 원고의 주주들이 이 사건 무상증자로 인해 주식을 취득하더라도 그 주식지분비율에는 아무런 변동이 없고, 무상증자는 회사의 가치가 동일한 상태에서 발행주식총수만 늘어나는 것일 뿐 주주들의 실질적 재산가치에는 아무런 차이가 없다는 취지이다. 그러나 사내유보된 이익의 일반적인 현금배당이 이루어지는 경우에도 그 총 배당액만큼의 현금이 회사에서 유출되어 회사의 가치가 낮아짐으로써 1주의 가치가 하락하는 대신 주주들은 현금을 배당받게 되므로, 회사 자산의 외부 유출 여부는 별론으로 하더라도 이론상 주주들이 보유하게 되는 실질적인 재산가치에는 변동이 없다고 볼 수 있으므로, 원고가 주장하는 위와 같은 사유만으로 이 사건 무상증자가 의제배당으로 볼 수 없는 결정적 근거가 된다고 보기는 어렵다. 주주의 무상주 취득에 대하여 소득세를 과세하지 않는 외국의 입법례가 있다고 하더라도, 각 국의 조세정책과 입법적 토대와 상황이 다른 이상 이를 근거로 이 사건 무상증자가 의제배당 과세에서 제외된다고 볼 근거로 삼기는 어렵다. 이 사건 잉여금의 자본전입 및 무상주 교부에 따라 원고의 주주들로서는 그 보유주식수가 증가하였고, 원고로서도 준비금과 자본의 구성이 바뀌어 준비금의 적립한도가 달라지는 등 변화가 생겼음을 부인 할 수 없고, 더욱이 이 사건 잉여금은 기업경영의 성과로 얻은 것인 이상 현금배당과 유사한 경제적 이익이 원고의 주주들에게 귀속된 것으로 봄이 타당하다. 한편 원고가 주장하는 대법원 2011. 7. 14. 선고 2009두21352 판결 등은 기존의 명의신탁 주식 외에 이익잉여금의 자본전입에 따라 기존의 명의수탁자에게 그 보유주식에 비례하여 배정된 무상주는 상증세법상 증여의제 규정의 적용대상이 아니라는 취지로 판시한 판결인데, 이는 실제 주주가 그 무상주에 대하여 자신의 명의로 명의개서를 하지 아니하였다고 해서 기존 주식의 명의신탁에 의한 조세회피의 목적 외에 추가적인 조세회피의 목적이 있다고 할 수 없는 점 등을 고려하여 그와 같이 판단한 것일 뿐, 기업경영의 성과로 얻은 잉여금이 무상증자를 통해 주주들에게 무상주로 교부된 이 사건과는 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다. 따라서 원고의 위 주장은 모두 받아들이기 어렵다.

③ 원고는 주식배당 시점에 주주에게 배당소득을 과세하지 않더라도, 주주가 배당받은 주식을 장차 양도하면 그 취득가액이 ‘0원’으로 취급되어 결국 배당받은 부분과 양도가액의 차익에 대해 양도소득세가 과세되기 때문에 과세시점만 달리할 뿐 과세누락의 문제는 발생하지 않는다는 취지로 주장하기도 한다. 살피건대, 원고는 주권 비상장법인이므로 원고의 주주들이 이 사건 무상증자로 교부받은 무상주를 양도하는 경우 원칙적으로 양도소득세 과세대상에 해당하지만, 현행 세제상 주권비상장법인의 주식이라고 하더라도 일정한 요건에 해당하는 경우에는 양도소득세 비과세 대상이 될 가능성도 있고, 원고의 주주들이 위 무상주를 양도할지 여부는 불확실하다. 한편 상장주식의 경우 그 주식양도로 발생하는 소득은 소득세법 제94조 제1항 제3호 가.목 및 나.목에 따라 대주주 등 일정한 요건이 충족되지 않으면 양도소득세 과세대상이 되지 않는데, 원고가 장차 주권상장법인이 될 가능성도 배제하기는 어려워 보인다. 따라서 원고의 주주들 전부가 위 무상주를 양도하고 그에 따른 양도소득세가 과세됨으로써 과세누락이 발생하지 않을 것이라고 단정하기는 어렵다. 하지만 이 사건 무상증자의 재원이 된 잉여금이 세무조정 과정에서 조특법에 따라 손금산입되어 법인세 과세이연이 이루어졌다고 하는 우연한 사정으로 인해, 회사로부터 개별 주주에게로 부가 이전된 부분에 대한 소득세 과세누락 내지 조세회피 가능성이 발생할 수 있게 된다는 것은 타당하지 않다. 한편 원고의 주주들은 이 사건 무상증자에 따라 이미 현실적으로 주식을 취득하였으므로, 의제배당 소득은 현실적으로 실현되었거나 적어도 과세대상 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정된 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 무상증자에 따른 주식 취득이 미실현 소득으로서 과세될 수 없다는 취지의 원고의 주장 역시 받아들이기 어렵다.

(3) 소결론

그러므로 이 사건 무상증자에 따라 원고가 그 주주들에게 이 사건 무상주를 교부한 때에 원고에게는 의제배당 소득에 대한 원천징수의무가 발생하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주위적 주장은 모두 받아들이지 아니한다.

2) 예비적 주장에 관한 판단

가) 관련 법령

소득세법 제17조 제2항 제2호 단서 가목, 소득세법 시행령 제27조 제4항 본문에서는, 자본준비금을 전입한 것으로서 법인세법 제17조 제1항 각 호에 해당하는 것을 의제배당 과세 대상에서 제외하고 있다. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법‘이라고만 한다) 제17조 제1항에서는 자본거래로 인한 수익으로서 익금에 산입하지 아니하는 금액을 규정하면서, 제1호에서는 주식발행액면초과액을, 제2호에서는 주식의 포괄적 교환차익을 규정하고 있는데, 위 제2호는, 주식의 포괄적 교환차익의 경우 ’상법 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 한 경우로서 같은 법 제360조의7에 따른 자본금 증가의 한도액이 완전모회사의 증가한 자본금을 초과한 경우의 그 초과액‘은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.

나) 판단

위 법령의 문언에 따르면, 자본전입의 경우 의제배당 과세 대상에서 제외되는 대상은 ’상법에 따른 자본준비금 중 법인세법 제17조 제1항 각 호에 해당하는 금액‘이다. 그런데 법인세법 제17조 제1항 제2호는 주식의 포괄적 교환에 따라 완전모회사가 되는 회사가 증가할 수 있는 자본금 금액에 관련하여, 상법에서 규정한 그 한도액이 완전모회사가 된 회사의 증가한 자본금을 초과한 경우 그 초과액을 익금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 결국 위 법인세법 규정은, 주식의 포괄적 교환을 하여 ’완전모회사가 된 회사‘를 대상으로, 상법상 자본금 증가의 한도액이 완전모회사의 증가한 자본금을 초과한 경우 그 초과액에 대하여 규정한 것으로 봄이 상당하고, 위 규정이 주식의 포괄적 교환을 통해 ’완전모회사가 된 회사가 아닌 회사‘를 대상으로 한 규정이라고 해석하기는 어렵다. 그런데 이 사건의 경우, 원고는 완전자회사였던 동CCCCCC 주식 전부를 동BBBB에게 양도하여 이 사건 주식교환을 하였고 그 결과 원고는 완전모회사의 지위를 상실하고 동BBBB가 동CCCCCC의 완전모회사가 되었다. 이 사건 주식교환은 원고와 동BBBB 사이에 이루어진 것으로 이를 통해 원고는 동BBBB의 주식 일부를 취득하였지만, 이 사건 주식교환을 통해 동CCCCCC의 완전모회사가 된 주체는 원고가 아니라 동BBBB이므로, 법인세법 제17조 제1항 제2호가 원고에게 그대로 적용된다고 보기는 어렵다. 다른 한편, 앞서 본 바와 같이 이 사건 주식교환 당시에는 지배기업의 개별재무제표와 연결재무제표 사이의 불일치를 막고자 하는 일반기업회계기준에 따라 이 사건 잉여금이 기타자본잉여금으로 계상되었던 것으로 보이나, 그러한 회계처리와 무관하게 그 실질이 주식양도차익(다른 회사와의 주식교환으로 발생한 이익)이라는 점에는 변함이 없다고 할 것이고, 더욱이 2016. 1. 1. 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1027호가 개정되어 개별재무제표에서도 종속기업에 대한 투자에 지분법을 적용하는 경우 지배기업 개별재무제표에서의 회계처리를 수익계정인 당기손익(기타포괄손익)으로 처리하게 된 점 등에 비추어 보더라도, 이 사건 잉여금이 의제배당 과세 대상이 아닌 상법상 자본준비금에 해당한다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 예비적 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.