[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2002년에 경기도 성남시 OOO에 설립된 유전자 검사 전문법인인 주식회사 A(코스닥 상장법인으로 이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 2004년 2월부터 2023년 3월까지 대표이사를 역임한 자이다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023년 11월부터 2024년 2월까지 쟁점법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 아래와 같은 이유로 부당행위계산부인규정을 적용하여 소득금액변동통지 등을 하였다.

- 아 래 -

 ① 쟁점법인은 2018.7.11. B 주식회사, C 주식회사, 주식회사 D 등을 인수인으로 하여 발행총액 OOO원의 전환사채(이하 “쟁점전환사채”라 하고, 사채보유자에 대하여 쟁점전환사채를 매도 청구할 수 있는 콜옵션이 포함되어 있어 해당 콜옵션을 “쟁점콜옵션”이라 한다)를 발행하였다.

 ② 쟁점법인은 2020.9.28. 대표이사이자 최대주주인 청구인을 쟁점콜옵션의 행사자로 지정(매도기일 2020.10.12.)하였고 청구인이 이를 행사하여 쟁점전환사채를 취득한 것과 관련하여 처분청은 쟁점콜옵션의 무상양도가 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산부인대상(쟁점법인이 청구인에게OOO원의 이익을 분여)이라고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였다.

 ③ 이에 따라 처분청은 2024.3.11. 쟁점법인에게 상여처분에 따른 소득금액변동통지(청구인에게 2024.3.11. 소득금액변동사항 통지서 송달)를 하였고, 쟁점법인은 2024.4.2.(원천징수세액 법정신고·납부기한 2024.4.10.) 원천징수세액(2020년 귀속 종합소득세) OOO원을 납부(지급명세서 포함)하였다.

다. 이후 청구인은 2025.5.23. 2020년 귀속 종합소득세를 기한후신고를 한 후 2025.6.17. 쟁점콜옵션 행사자로 지정된 행위가 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.6.27. 경정청구기한(처분의 통지를 받은 날부터 3개월 이내)을 도과하였다고 보아 경정청구 거부처분(각하)을 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인의 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2에 따른 경정청구기간(5년 내)에 이루어진 적법한 청구이므로 처분청의 각하결정통지는 위법하다.

  (가) 「국세기본법」제45조의2 제1항 및 제5항에 따라 근로소득만 있는 자가 “원천징수로 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출한 자”는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”로 의제되어 “원천징수세액의 납부기한이 지난 후” 5년 이내에 경정정구를 할 수 있습다. 같은 조 제1항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서는 「소득세법」 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자의 경우 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용하도록 하면서 후단에서 제1항의 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자”로, 같은 조 제1항의 “법정신고기한이 지난 후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후”로 본다고 규정하고 있다. 그리고 이때 「소득세법」 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자는 원천징수대상 근로소득(인정상여 포함) 등이 있는 자 등이 해당된다.

  즉, 근로소득만이 있어 연말정산 내지 원천징수만으로 납세의무가 종결됨에 따라 당초 종합소득세 과세표준신고를 하지 않은 자라 하더라도 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제5항에 따라 원천징수의무자가 근로소득 등에 대한 원천징수세액을 납부하고 제출기한까지 지급명세서를 제출한 경우라면 원천징수대상자(소득자)도 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자로 의제되어 원천징수세액의 납부기한(법정신고기한)이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 원천징수세액에 대한 경정을 청구할 수 있는 것이다.

  (나) 청구인은 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제5항에 따라 ‘원천징수하여 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수대상자’에 해당하여 ‘법정신고기한’으로 의제된 ‘원천징수세액의 납부기한’이 지난 후 5년 이내에 원천징수로 납부된 상여처분에 대한 소득세와 관련하여 경정을 청구할 수 있는 권리가 있다.

  따라서 청구인이 2025.6.17. 처분청에게 한 경정청구는 상여처분에 대한 원천징수세액의 납부기한인 2024.4.10.이 지난 후 5년 이내에 이루어진 것으로서 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제5항에 따른 적법한 청구에 해당한다.

  (다) 청구인은 상여처분과 관련하여 처분청으로부터 직접 처분받은 사실이 없으므로 과세관청의 처분이 전제되어 계산되는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구기간 90일이 적용될 수 없다.

   1) 청구인이 수령한 통지서는 원천징수의무자인 쟁점법인에게 소득금액변동사항을 통보하였음을 알려주는 것에 불과하여 처분에 해당하지 않으므로 직접 처분이 전제된 경정청구 90일은 적용될 여지가 없다. 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서의 경정청구기간 90일은 경정청구권자가 과세관청으로부터 직접 과세처분 등을 받은 경우만이 해당되는 것이 법문상 명확하여 처분청으로부터 어떠한 처분도 직접 받은 사실이 없는 청구인에게는 적용될 여지가 없다.

   2) 「소득세법 시행령」 제192조 제1항에서는 과세관청이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때는 처분되는 상여소득 등은 그 결정일 경정일부터 15일 이내에 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에게 통지해야 하고, 다만 해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 해당 상여 등의 처분을 받은 거주자에게 직접 통지해야 하며, 제4항에서는 과세관청은 해당법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실을 상여처분을 받은 자에게 알려야 한다고 규정하고 있어 통지서는 동 시행령 제4항에 따라 해당 법인인 쟁점법인에게 한 소득금액변동통지 사실을 알리기 위한 것이다. 그러므로 청구인이 수령한 통지서는 「소득세법 시행령」 제192조 제1항에 따라 법인에게 통지하는 소득금액변동통지서와 달리 국세청 내부 훈령서식으로 이루어지고 그 내용에도 소득 귀속자 청구인, 소득발생 법인인 쟁점법인만이 기재되어 있을 뿐 처분에 대한 내용(소득종류, 귀속연도, 금액 등)은 전혀 없다.

   3) 이와 관련하여 법원(대법원 2006.4.20. 선고 2002두1878 판결)에서는 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 법인에 대한 소득금액 변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 판시한 반면, 개인에 대한 소득금액변동통지(해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 등의 사유로 해당 상여 등의 처분을 받은 거주자에게 직접 통지하는 경우)는 원천납세의무자는 「국세기본법」제45조의2 제1항 등에 따른 경정청구를 통해서 원천납세의무의 존부나 범위를 다툴 수 있어 소득 귀속자의 법률상 지위에 직접적인 법률적 변동을 가져오는 것이 아니므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수 없다고 판시하였다(대법원 2014.7.24. 선고 2011두14227 판결 외).

  (라) 청구인의 경정청구 기산일이 추가신고·납부 기한의 다음날이고, 이로부터 90일이 경정청구 기한이라는 처분청 의견은 「국세기본법」제45조의2에 반하는 주장으로 법적 근거가 없다.

   1) 처분청은 청구인이 근로소득만 발생한 자로 쟁점법인이 2024.4월 원천세를 추가 신고·납부 및 지급명세서를 제출함에 따라 종합소득세 과세표준 신고서를 제출한 것으로 갈음되었다고 하면서 청구인의 경정청구에 대하여 「소득세법 시행령」제134조 제1항에 따른 추가신고·자진납부 기한의 다음날(2024.6.1.)이 경정청구 기산일이고 이로부터 90일인 2024.8.31.까지가 경정청구 기한이라는 의견이나,

 「소득세법 시행령」 제134조 제1항에서는 법인세 과세표준 결정 또는 경정으로 인하여 소득금액변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준 확정신고 의무가 없었던 자 등이 소득세를 추가납부하여야 하는 경우 해당 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고한 때는 법정신고기한까지 신고한 것으로 본다고 규정하고 있는데, 처분청은 쟁점법인에 대한 소득금액변동통지일(2024.3.11.)로부터 다음다음 달 말일(2024.5.31.)이 추가신고 납부기한이고 그 다음날부터 90일인 2024.8.31.이 청구인의 경정청구 기한이라는 의견이다.

   2) 그러나 청구인은 상여처분에 따라 쟁점법인의 원천징수신고·납부만으로 납세의무가 종결되어, 원천징수의무자가 “원천징수하여 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수 대상자”로서 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제5항에 따라 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”로 의제되고, 「국세기본법」제45조의2 제1항은 경정청구기간에 대하여 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”는 “법정신고기한이 지난 후 5년 이내에, 결정 및 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 “해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내”라고 명확하게 구분하여 규정하고 있어 청구인의 경정청구기간은 “원천징수세액의 납부기한”이 지난 후” 5년이 적용된다.

   3) 법원(대법원 2016.7.14. 선고 2014두45246 판결)은 이 건의 경우처럼 과세관청의 세무조사에 따른 결정 및 경정으로 인한 소득금액변동통지에 따라 추가납부세액이 발생한 경우 추가 자진납부기한으로부터 5년 이내 경정을 청구할 수 있다고 판시하였다는 점에서도 처분청 주장의 위법성이 확인된다.

 (2) 쟁점콜옵션은 지정행위를 통하여 청구인에게 창설적으로 귀속된 것일뿐만 아니라 양도 가능한 세법상 자산이 아니므로 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산부인에 해당되지 않는다.

 (가) 쟁점콜옵션 지정행위는 「법인세법 시행령」제88조 제1항에서 열거하고 있는 부당행위계산부인 대상 유형 그 어디에도 해당하지 않는다. 과세관청은 쟁점법인이 쟁점콜옵션을 특수관계인인 청구인에게 지정한 행위가「법인세법」제52조의 부당행위계산부인에 해당하는 것으로 보아 청구인에게 인정상여 처분을 하였다.

「법인세법」제52조에서는 부당행위계산부인이란 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(부당행위계산)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산하는 것을 말하고, 이러한 부당행위계산 부인 대상이 되는 거래유형을 같은 법 시행령 제88조 제1항에 위임하여 열거 규정하고 있다. 그러므로 쟁점콜옵션 지정행위가 부당행위계산 부인 대상이 되기 위하여는 같은 항 각 호 중 어느 하나에 해당하여야 하나, 쟁점콜옵션 지정행위는 같은 항 각 호에서 열거하고 있는 부당행위계산 부인대상 유형 어디에도 해당되지 않는다.

  (나) 쟁점콜옵션은 지정행위를 통하여 청구인에게 귀속된 창설적 권리이므로 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호(자산을 무상으로 양도한 경우)의 부당행위계산부인으로 볼 수 없다. 과세관청은 아마도 쟁점콜옵션을 쟁점법인이 보유한 자산으로 보아 쟁점콜옵션 지정행위가 법인이 보유한 자산을 당시 특수관계자였던 청구인에게 무상 양도한 것으로서 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호(자산을 무상으로 양도한 경우)의 부당행위계산부인 대상에 해당하는 것으로 판단한 것으로 생각되나, 쟁점콜옵션은 지정행위를 통하여 청구인에게 귀속된 창설적 권리이므로 법인이 당초부터 보유한 자산을 양도한 것으로 볼 수 없다.

   1) 콜옵션은 전환사채를 발행한 회사가 만기이전에 매입상환하는 중도상환청구권으로서 일반적으로 대부분의 전환사채는 발행회사 뿐만 아니라 주주 등 발행법인이 지정하는 자도 콜옵션을 보유할 수 있도록 발행되고 있다.

   2) 쟁점콜옵션의 경우도 마찬가지로, 쟁점법인과 쟁점전환사채 인수인과의 콜옵션계약서에 따르면 발행회사(쟁점법인) 또는 발행회사가 이사회 결의를 통해 지정하는 자가 콜옵션을 가지도록 계약되어 있다. 즉, 쟁점콜옵션은 계약상 애시당초 발행회사가 보유하거나 발행회사가 지정하는 자에게 부여되는 것으로 계약상 지정행위를 통하여 청구인에게 콜옵션 행사권이 새롭게 창설된 것이지 기존에 법인이 보유하였던 콜옵션 행사권리를 양도한 것이 아니다.

   3) 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제3호에서 부당행위계산부인 대상으로 규정하고 있는 ‘자산을 무상으로 양도한 경우’란 법인이 보유한 자산을 아무런 대가 없이 특수관계자에게 무상으로 양도한 경우를 말하는 것으로 경제적 효익을 창출시킬 수 있는 자산을 특수관계자에게 무상으로 양도함으로써 이익을 분여하는 행위를 제재하고자 함이다. 그런데 쟁점콜옵션은 계약상 발행회사가 보유하던가, 발행회사가 지정하는 자가 보유하는 것이고, 이러한 계약대로 이사회결의를 통하여 청구인이 취득한 것이므로 쟁점법인이 보유한 콜옵션 권리를 무상으로 양도받은 것이 아니다. 결론적으로 쟁점콜옵션은 지정행위를 통하여 청구인에게 부여된 창설적 권리로 ‘자산을 무상으로 양도한 경우’로서의 부당행위계산 부인대상에 해당하지 않는다.

  (다)전환사채 콜옵션은 제3자에게 양도할 수 있는 자산이 아니라는 점에서도 쟁점콜옵션 지정은 부당행위계산부인에 해당할 여지가 없다.

   1) 과세관청은 쟁점콜옵션 지정에 대하여 쟁점법인에게는 부당해위계산부인을 하고 지정을 받은 청구인에게 소득처분에 의한 소득세를 과세하였다. 그런데 「법인세법 시행령」 제106조(소득처분)에서는 소득처분의 전제로 ‘사외에 유출된 것이 분명한 경우’를 요건으로 하고 있으므로 소득처분이 가능하려면 쟁점법인에서 유출되는 세무상 자산이 있어야 한다.

   2) 그러나 전환사채 콜옵션은 사외유출, 즉 제3자에게 양도할 수 있는 자산이 아니라는 점에서도 쟁점법인이 쟁점콜옵션을 무상양도한 것으로서의 부당행위계산부인에 해당할 여지가 없다. 즉, 자산의 무상양도에 대한 부당행위계산 부인이란 법인이 보유한 부동산, 산업재산권 등의 유·무형자산을 경제적 합리성 없이 특수관계자와 시가보다 고·저가 거래를 한 경우 시가로 소득금액을 재계산하는 것이나 전환사채 콜옵션의 경우 이를 따로 떼어내어 제3자와 거래할 수 있는 성질의 것이 아닌바 제3자 거래가격(시가)을 산정한다는 것 자체가 모순된다.

  (라) 쟁점콜옵션의 행사자를 최대주주로 지정하는 것은 경제적 합리성이 결여된 비정상적 행위로 볼 수 없어서도 부당행위계산 부인에 해당하지 않는다.

   1) 부당행위계산 부인은 경제적 합리성을 무시한 비정상적 거래 등에 대하여 적용된다. 「법인세법」제52조의 부당행위계산 부인은 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다(대법원 2012.11.29. 선고 2010두19294 판결 등).

   2) 대법원은 부당행위계산부인 제도를 둔 취지에 대하여, 법인이 ‘특수관계인과의 거래’에 있어 그 행위 또는 계산이 사실에 합치되고 법률상 적법·유효한 것이라 하더라도, 그 거래행위가 경제적 합리성을 무시했다고 인정되는 비정상적인 것으로서 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 보일 때, 과세권자가 법인의 행위 또는 계산을 부인하고 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피 행위를 방지하고자 하는 데 있다고 판시하였다(대법원 2006.11.10. 선고 2006두125 판결 외). 나아가 대법원은 이러한 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고, 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하는 것으로서, 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 제반사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다는 점을 분명히 하였다. 그러므로 쟁점콜옵션 지정행위가 부당행위계산 부인대상에 해당하려면 경제적 합리성을 무시한 비정상적 행위에 해당하여야 한다.

   3)지분율 이내의 콜옵션 부여는 경영권 보호 등을 위한 목적에서 허용되는 일반적인 거래관행으로서 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것으로 볼 수 없다. 기업은 유상증자, 차입, 회사채발행 등을 이용하여 자본을 조달하는 것 외에도 전환사채(CB) 및 신주인수권부사채(BW) 등의 방법을 이용하기도 하는데 이 경우 기존 주주들의 지분권 희석 및 경영권 상실의 위험이 발생하는바, 이해관계자들은 이러한 점을 고려하여 최대주주 등에게 통상적으로 콜옵션을 부여하는 경향이 있다. 즉, 쟁점콜옵션 계약은 어떠한 사회질서에 반하는 내용 없이 각 당사자가 사적자치에 따라 각 당사자 자신에게 최선의 이익이 되도록 판단한 결과인 것이다.

  4) 계약서에 따르면 매수청구권자(콜옵션 행사권자)가 행사금액(사채 권면금액의 100.5%)을 지급하면 사채권자는 전화사채를 인도하여야 하고, ‘발행회사 또는 발행회사가 이사회 결의를 통해 지정하는 자’에게 콜옵션을 부여하는 것으로 명시되어 있는바, ① 법인은 이사회 결의를 거쳐 최대주주를 매수청구권자(콜옵션 행사권자)로 지정하였으며, ② 최대주주는 사채권자에게 콜옵션 행사금액을 지급하는 등 각 당사자가 확정된 계약의 조건대로 자신의 의무를 이행한 것이 경제적 합리성이 결여되었다고 볼 수 없다. 더욱이 전환사채 콜옵션이 행사되면 결과적으로 전환사채를 인수하여 전환한 경우나 동일한 결과를 가져오는데 전환사채를 직접 인수한 경우에는 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다는 점으로 보더라도 전환사채 콜옵션 지정에 대해서만 부당행위계산 부인 과세를 적용하는 것은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 경정청구기한인 처분이 있음을 안날로부터 3개월이 도과한 이후에 경정청구를 하였으므로 ‘각하결정’은 적법하고, 이 건 심판청구도 각하되어야 한다.

  (가) 청구인은 근로소득만 발생한 자로 쟁점법인에 대한 법인통합조사결과 상여로 처분된 금액은 「소득세법 시행령」제134조에 따라 원천징수의무자인 쟁점법인이 2024년 4월 원천세(근로소득)를 추가신고·납부 및 지급조서를 제출함으로써 종합소득세 과세표준 신고서를 제출한 것으로 갈음되고, 청구인이 2025년 5월 2020년 귀속 종합소득세를 기납부로 신고한 행위는 「국세기본법」제22조에 따라 추가납부세액이 없으므로 확정의 효력이 없는 것이다.

  (나) 따라서 청구인의 경정청구 기산일은 「소득세법 시행령」제134조 제1항에 의거 과세표준 및 세액을 추가신고·납부한 경우에 해당하여 납부기한의 다음날(대법원 2011.11.24. 선고 2009두20274 판결)이고, 경정청구 청구기한은「국세기본법」제45조의2 제1항에 따라 세무조사 등에 따른 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내인 2024.8.31. 된다.

  (다) 그럼에도 불구하고 청구인은 291일이 경과한 2025.6.17. 경정청구를 하였는바, 이는 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구대상에 해당하지 않으므로 각하결정은 적법하다.

  (라) 또한 청구인이 주장한 대법원 판례의 경우 원천납세의무자 즉 청구인이 추가신고대상이 된 과세표준과 세액 전부에 대하여 경정청구권을 행사할 수 있는 것이나, 자신 명의로 납부된 세액에 관하여만 환급청구권자가 될 수 있고, 원천징수의무자 명의로 납부된 세액에 대하여는 원천징수의무자가 그 환급청구권자가 된다는 판례로 이 판례에 따르면 원천납세의무자인 청구인은 납부한 세액이 ‘0’원으로 경정청구할 세액이 없는 것으로 확인된다.

 (2) 조세심판원은 이 건과 유사한 사례의 선결정에서 콜옵션 지정행위를 부당행위계산부인 대상으로 보아 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단한 바 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 적법한 심판청구인지 여부

 ② 쟁점법인이 발행한 쟁점전환사채와 관련한 콜옵션의 행사자를 쟁점법인의 대표인 청구인으로 지정한 사안에서 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 쟁점법인이 청구인에게 이익을 분여한 것으로 보아 상여로 소득금액변동통지하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제22조(납세의무의 확정) ① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.

1. 소득세

2. 법인세

3. 부가가치세

4. 개별소비세

5. 주세

6. 증권거래세

7. 교육세

8. 교통ㆍ에너지ㆍ환경세

9. 종합부동산세(납세의무자가 「종합부동산세법」 제16조제3항에 따라 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우에 한정한다)

③ 제2항 각 호 외의 국세는 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때에 확정된다.

④ 다음 각 호의 국세는 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

1. 인지세

2. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

  제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

⑤ 「소득세법」 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자, 「소득세법」 제119조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 「법인세법」 제93조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 “원천징수대상자”라 한다)의 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자” 및 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 「소득세법」 제164조, 제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자(「소득세법」 제1조의2 제1항 제2호에 따른 비거주자 및 「법인세법」 제2조 제3호에 따른 외국법인은 제외한다. 다만, 원천징수의무자의 폐업 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 원천징수의무자가 경정을 청구하기 어렵다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다)”로, 제1항 각 호 외의 부분 본문ㆍ단서 및 제2항 제5호 중 “법정신고기한이 지난 후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후”로, 제1항 제1호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항 제2호 중 “과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액”은 “원천징수영수증에 기재된 환급세액”으로 본다.

 (2) 소득세법

  제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. 「법인세법」에 따라 상여로 처분된 금액

  제73조(과세표준확정신고의 예외) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

1. 근로소득만 있는 자

 (3) 법인세법

  제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (4) 법인세법 시행령

  제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외한다.

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

5. 출연금을 대신 부담한 경우

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  가. 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

  나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(재정경제부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

  다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 재정경제부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

  라. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제2조 제8호에 따른 장애인 표준사업장의 용도로 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 임대료로 제공하는 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 재정경제부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.

7의2. 재정경제부령으로 정하는 파생상품에 근거한 권리를 행사하지 아니하거나 그 행사기간을 조정하는 등의 방법으로 이익을 분여하는 경우

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등(소액주주등은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

  가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다.

  나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

  다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등의 주식등을 소각하는 경우

8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 자본거래를 통해 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 쟁점법인은 2018.7.11. B 주식회사 등을 인수인으로 하여 콜옵션이 포함된 OOO원의 쟁점전환사채를 발행하였고, 이후 이사회 의결을 거쳐 쟁점콜옵션의 행사자를 청구인 등으로 지정하였으며, 과세관청은 쟁점법인이 특수관계인인 청구인에게 쟁점콜옵션의 행사권을 무상으로 양도한 행위가 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 보고, 평가기준일을 2020.9.28.로 하여 외부평가기관[OOO㈜]에 평가를 의뢰하여 쟁점콜옵션의 가치를 총 OOO원(1주당 OOO원, OOO주)로 평가하여, 2024.3.11. 쟁점법인에게 상여처분에 따른 소득금액변동통지(2020년 귀속 종합소득세 OOO원)를 하였다.

  (나) 쟁점법인은 2024.4.2. 원천징수세액 OOO원을 납부(지급명세서 제출 포함)하였으며, 이후 청구인은 2025.5.23. 2020년 귀속 종합소득세를 기한 후 신고(기납부로 추가납부 세액 없음)하였으며, 2025.6.17. 쟁점콜옵션의 행사자로 지정된 행위가 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다는 취지로 경정청구를 하였다.

  (다) 이에 처분청은 청구인의 경정청구기간 기산일은 2024.6.1.로 보고 청구기한을 3개월 이내인 2024.8.31.로 보아 경정청구 기한이 도과하였다는 이유로 ‘각하’결정하였다.

  (라) 청구인은 쟁점전환사채의 인수계약서(쟁점법인-B 주식회사 등)와 전환사채 콜옵션 계약서(쟁점법인-B 주식회사 등)를 제출하였고,

  콜옵션 계약서를 보면 ‘발행회사 또는 발행회사가 이사회 결의를 통해 지정하는 자는 본 사채의 발행일로부터 12개월이 되는 2019.7.11.부터 2020.10.11.까지 매 3개월 및 2020.12.11. 사채권자가 보유하고 있는 본 사채의 매도를 청구할 수 있는 권리를 가진다’는 내용이 포함되어 있다.

  (마) 쟁점법인은 이사회 의결을 거쳐 쟁점콜옵션(쟁점전환사채의 매도청구권)의 행사자를 청구인과 그 외 1인(관계사 대표 E)으로 지정하였고, 이와 관련한 이사회 회의록은 아래 <표>와 같다.

<표> 쟁점법인의 이사회 회의록(2020.9.28.)

○○○

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 2020년 귀속 종합소득세에 대한 경정청구 기한을 2024.8.31.로 보아 경정청구기한이 도과되어 부적법한 심판청구에 해당한다는 의견이나,

  청구인에 대한 고지처분이 존재하지 않아도「국세기본법」제45조의2 제1항에 따라 기한후 신고를 한 경우 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있는 점, 종합소득과세표준 확정신고기한이 경과한 후에 소득처분에 의하여 소득금액에 변동이 발생하여 구 「소득세법 시행령」제134조 제1항에 따라 과세표준 및 세액을 추가신고·자진납부한 경우 그에 대한 구 「국세기본법」제45조의2 제1항 제1호 소정의 경정청구기간(5년)은 구 「소득세법 시행령」제134조 제1항에서 정하는 추가신고·자진납부의 기한 다음날부터 기산된다고 보이는 점(대법원 2011.11.24. 선고 2009두20274 판결) 등에 비추어 이 건 종합소득세와 관련한 경정청구거부에 대한 심판청구는 적법한 것으로 판단된다.

  다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인이 쟁점콜옵션의 행사권자를 청구인으로 지정한 행위가 「법인세법」상 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점콜옵션은 사채권자에 대하여 쟁점법인이 발행한 전환사채에 대한 매도를 청구할 수 있는 권리로, 쟁점전환사채 인수계약서의 문언상 행사 주체가 ‘발행회사’ 및 ‘발행회사가 지정하는 자’로 동등하게 규정되어 있고, 권리의 내용도 ‘사채의 일부를 매도하여 줄 것’으로 규정되어 있는 등 발행회사는 자신의 권리를 지정행위에 의해 지정된 자에게 그대로 양도할 수 있다고 보이는 점, 금융위원회․금융감독원 및 한국회계기준원 등의 기관에서도 제3자 지정 콜옵션부 전환사채에 대하여 콜옵션을 “별도의 파생상품자산”으로 구분하여 회계처리하도록 하고, 제3자 지정행위를 통하여 콜옵션이 제3자에게 양도될 수 있다고 해석한 것으로 나타나며, 쟁점콜옵션을 위와 같이 ‘사채권자에 대한 전환사채의 매도청구권’ 또는 이와 유사한 ‘별도의 파생상품자산’으로 보고 양도가능성을 인정하는 이상, 쟁점법인이 정당한 사유없이 아무런 대가를 받지 아니하고 청구인을 전환사채의 매수인으로 지정한 행위는 쟁점콜옵션의 무상양도에 해당한다고 할 것이고, 이러한 행위는 경제적 합리성이 있는 것으로 보기 어려워 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당한다고 할 수 있는 점 등에 비추어, 쟁점법인이 쟁점콜옵션의 매수인을 청구인으로 지정한 행위는 「법인세법」 제52조 제1항 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호에 따른 부당행위계산부인 대상에 해당(조심 2023중3454, 2024중2681, 2025.2.18., 같은 뜻임)한다고 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.