이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. 유한회사 A(이하 “청구법인”이라 한다)은 2019.10.4. 전라남도 영암군에 B(父, 이하 “B”이라 한다)과 C(子, 이하 “C”이라 한다)이 각각 50%씩 출자하여 산업플랜트, 철구조물, 선박구성품 제조를 주업으로 설립되었으며,

 2019.10.4. 설립 당시에는 B을 대표이사로 선임하였으나, B은 2019.12.2. 본인의 지분을 동생 F에게 전부 양도하고, 2019.12.10. 대표이사를 C으로 변경하여 현재까지 계속 사업중이다.

나. (유)D(이하 “D”라고 한다)는 B이 대표로 있는 선박철구조물제작업을 영위하는 법인으로 2006.5.1.부터 2019.10.4.까지 (유)A이라는 상호를 사용하였다.

다. E지방국세청(이하 “통지관서”라고 한다)은 2025.9.2.부터 2025.10.24.까지 청구법인에 대하여 2020∼2024 사업연도 법인세 통합조사를 실시하여,

   2025.11.6. 위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 부당감면 1,686,780,257원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 및 과다경비 계상 등의 이유로 법인세 1,776,779,803원과 원천세 89,097,357원을 고지를 하겠다는 내용의 세무조사 결과를 통지하였다.

라. 이에 청구법인은 쟁점금액에 대하여 조세특례제한법 제99조의9 【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】에 해당한다고 보아 2025.12.1 이건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

마. 본 처분과는 별개로 통지관서는 B, C, F 등에 대한 증여세 조사를 하여 청구법인의 지분 전부를 B이 소유한 것으로 보아 세무조사결과통지를 하였다(2025.11.05.).

2. 청구 주장

청구법인은 D와 다른 소재지에 사업장을 신설하여 설립된 법인으로 D의 직원을 승계, 채용하지 않았고, D와는 다른 새로운 매출처를 창출하였으며, B이 청구법인의 경영에 참여한 것은 사실로 보이나, 이는 청구법인의 설립을 부인하거나 법인격을 형해화하여 부인할 정도에는 이르지 않았으므로「조세특례제한법」제99조의9 제1항에 따른 사업장 신설로 보아 쟁점금액은 감면되어야 한다.

가. 청구법인은 상법 제549조【설립의 등기】의 규정에 따라 설립된 유한회사이고, D와는 사업장이 전혀 다른 공매물건의 소재지에서 사업장을 신설하여 설립된 법인이다.

  영암군 삼호읍 일대는 2018.5.4. 고용위기지역으로 지정되고, 2018.5.29. 산업위기특별대응지역으로 지정되었는데, 청구법인은 영암군의 삼호읍 대불산단3로 201에 제조업을 영위하기 위하여 2019.10.4. 신설되었다.

(표생략)

 * 2019.10.4. 상호를 D로 변경하였으며, 변경전 상호는 유한회사 A이었음.

나. 청구법인은 D의 직원을 승계하거나 채용하지 않고 전혀 다른 직원을 채용하였으며 이는 청구법인과 D의 사원현황을 통하여 확인된다.

(표생략)

다. 청구법인은 새로운 매출처를 창출하여 청구법인을 운영하고 있으며 청구법인과 D의 매출처 중 1억이상 고액은 2곳만이 중복된다.

(표생략)

라. B과 일부 임원이 청구법인의 경영에 관여하여 문서 결재, 자문 및 업무적 도움을 준 것은 사실이며, 청구법인이 D의 전 상호인 A이란 상호를 사용한 것도 사실이다.

  그러나 이것이 사업장을 신설한 사실을 부인하거나 법인격을 형해화하여 부인할 정도에는 이르지 않았으며, 이는 여러 법원의 판례 등을 통하여도 확인된다.

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마. 청구법인의 감면은 조세특례제한법 제6조의 신규창업감면이 아니라 조세특례제한법 제99조의9에 따른 위기지역 사업장 신설감면으로 법인의 사업장 신설에 따른 법인세 감면은 당연하므로 쟁점금액에 대한 과세예고통지는 취소되어야 한다.

3. 통지관서 의견

청구법인은 D로부터 상호를 무상으로 승계받아 설립된 회사로 D의 사업확장 분야와 기존 사업 분야를 이전받았고, D와 대표이사, 주요 임직원 등이 유사하며, B이 100% 소유하고 있는 법인으로 실질적으로 청구법인의 설립은 사업장 신설이 아닌 기존 사업장의 이전에 해당하므로 조사청이 쟁점금액에 대하여 감면 부인한 세무조사 결과 통지는 정당하다.

가. 사실관계

 1) D의 대표이사 B은 1996.4.1. 전라남도 영암군의 F(주)(구, G)에서 H이라는 상호의 개인사업자로 선박임가공업을 개업하였고,　　

  2001.1.1. 유한회사 H으로 법인전환 후 F(주) 안에서 선박임가공업을 계속 운영하였으며, 2006.5.1. 상호를 유한회사 A으로 다시 변경하여 2019.10.4.까지 약 20년간 사용했고,

  2007.2.7. 전남 영암군으로 소재지를 이전하고, 2009.10.26.부터 2020.12.6.까지 전라남도 영암군에서 사업을 영위해 왔다.

 ※ 사업자등록정정신청서에 따르면 D의 사업장 소재지는 ‘전남 영암’ 매각 후인 2020.12.7. 청구법인의 사업장 소재지인 ‘전남 영암’로 정정되었으나, 청구법인과 D의 전자세금계산서 발급 IP가 2020.1월 경부터 동일한 점으로 미루어, D의 소재지는 청구법인 설립(2019.10.4.)일에 청구법인의 사업장 소재지로 함께 이전하였다고 보는 것이 합리적이다.

 2) 2019.10.4. B은 자신이 운영하던 유한회사 A의 상호를 유한회사 D¹⁾로 변경등기 했다.

 3) 같은 날인 2019.10.4.에 B은 전라남도 영암에 본인 50%(18,000주, @10,000원), C 50%(18,000주, @10,000원)를 출자하여 상호를 유한회사 A으로 하는 신규법인(청구법인)을 설립하고 대표이사에 취임했다.

 4) 이후 2019.12.2. B은 출자주식 50%(18,000주)를 동생 F에게 액면가액(@10,000원)으로 전부 양도했고, 일주일 뒤인 2019.12.10. B의 자녀인 C이 대표이사에 취임했다.

나. 통지관서는 청구법인의 신규 설립은 조세특례제한법 제99조의9에서 의미하는 창업 또는 사업장 신설에 해당하지 않는다고 보아 과세예고통지 한 것이다.

 1) 청구법인은 통지관서가「조세특례제한법」제6조【창업중소기업에 등에 대한 세액감면】에 따른 창업과 같은 법 제99조의9 【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】에 따른 사업장 신설을 동일하게 본다고 하나,

    통지관서는「조세특례제한법」제6조를 근거로 이 사건 쟁점금액을 과세예고통지한 것이 아니라 B의 사업이력, 청구법인의 성립 경위 및 과정, 관련 증거 서류 등을 종합적으로 검토하여 청구법인의 신규 설립은「조세특례제한법」제99조의9에서 의미하는 창업 또는 사업장 신설에 해당하지 않는다고 보아 과세예고를 한 것이다.

  가) B은 1996년부터 (주)I 등을 운영하면서, J(주), F(주)(구, G)의 협력업체로 선박임가공 용역 등을 약 29년간 제공해 왔다.

(그림생략)

  나) B은 1996년부터 선박임가공 등을 주 사업으로 8개 업체를 운영해 왔으며, 청구법인이 설립된 시기에는 플랜트 제조 및 선박 관련 제조 업체인 D, (유)K, ㈜I 등을 운영 중이다.

(그림생략)

  ※ D는 2016년, 2018년 (유)K로부터 F(주) 물량을 도급받은 사실이 있고, 2021년에는 청구법인이 ‘F’로부터 직접 물량을 도급받음

  다) 청구법인은 2021년 하반기부터 B이 운영중인 D, (유)K 등으로부터 J(주), F(주)의 선박제조 등 관련 매출처를 승계받았으며, 해당 사업과 관련된 매출액은 총매출액 중 2021년 12%, 2022년 71%, 2023년 98%, 2024년 96%를 차지하고 있다.

(그림생략)

다. 청구법인은 통지관서가 청구법인의 법인격을 부인하고 있다고 주장하지만, 조사청은 청구법인의 설립은 그 실질이 기존 사업장의 이전과 동일하므로「조세특례제한법」제99조의9에 따른 감면을 적용할 수 없다는 것이지 청구법인의 법인격을 부인한 것은 아니다.

 1) 청구법인은「조세특례제한법」제99조의9에서 의미하는 사업장 신설은 ① 상법에 따라 설립된 법인이면서 ② 법인 설립 당시 기존 법인과 사업장 소재지가 다르고 ③ 신규 설립된 법인이 신규 직원을 채용하면서 ④ 새로운 매출거래처를 창출하여 경영하는 경우 총 4가지 요건을 법인 설립 당시 만족하기만 하면 조세특례제한법 제99조의9에 따른 감면이 가능하다고 주장하나,

  청구법인 주장대로라면 신규법인 설립 당시에는 기존법인과 사업장 소재지가 다를지라도 청구법인의 경우처럼 기존법인(D)이 수일 내 신규 사업장(청구법인)을 같이 사용하는 경우에도 사업장 신설로 보아 법인세를 감면해줘야 한다는 결론에 이르게 되므로 타당하지 않다.

    기존법인이 조세특례제한법 제99조의9를 악용하여 위기지역에 동일 업종을 영위하는 신규법인을 설립하고, 상호, 기존법인의 거래처, 주요 인적 자원을 이전 후 기존법인은 실질적으로 운영하지 않아 그 실질이 “사업확장에 따른 기존 사업장의 이전”과 동일한 경우까지 조세특례제한법상 감면이 적용되어서는 안된다.

 2) D와 청구법인의 세금계산서 발행과 관련하여 CPU 고유번호, 랜카드 고유번호, IP주소가 동일한 점에 비추어 D와 청구법인은 청구법인 설립 후 청구법인의 사업장 소재지를 함께 사용했음이 확인된다.

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(그림생략)

 ※ 나불리 000는 대불산단3로 000과 같음

가)  3) 또한 신규 직원을 채용하고, 새로운 매출처를 창출하는 것은 반드시 신규 법인을 설립하는 경우에만 발생하는 것이 아니고, 기존 법인이 사업을 확장하여 기존 사업장을 이전하는 경우에도 동일하게 발생할 수 있다.

나)  4) 조세특례제한법 제99조의9에서 의미하는 사업장 신설은 기존 사업장의 이전이 아니다. 즉, 단순히 법인 등록만 새로 하는 것이 사업장 신설은 아니다.

다)   단순히 외형상 신설이라는 형식을 갖추더라도 법인의 설립 경위, 사업의 실태, 경영 관계 등을 종합적으로 감안하여 실질 내용에 따라 사업장의 신설 여부를 판단하고 이에 따라 조세특례제한법 제99조의9에 따른 감면 적용 여부를 판단해야 한다.

라)   D가 청구법인 설립 이후 기존 사업장을 매각한 점과 사업자등록 정정 신청 이전부터 청구법인 명의로 공장건물을 공매로 취득한 청구법인의 사업장에서 세금계산서를 발급하는 등의 업무를 수행한 점으로 보아 D는 기존사업장 이전 목적으로 신규법인인 청구법인을 설립한 것으로 결과적으로는 기존 사업장의 이전과 같다.

마)  4) 청구법인이 법인격 부인을 주장하며, 예시로 들고 있는 관련 판례(대법원 2022두45302 등)는 기존법인과 신규 설립 법인이 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취하였는지 여부가 쟁점으로 “가공발급 세금계산서”와 관련한 것으로 이 사건에 원용하는 것은 적절하지 않으며,

바) 증여세와 관련된 판례(서울고법 2019누38702) 또한 조세 회피 목적 외에 중요한 경영상의 선택이 존재하는 경우 명목 회사에 불과할지라도 적법하게 설립된 법인으로 보아야 한다는 내용으로 이 사건과 사실관계가 달라 원용하는 것은 타당하지 않다.

사)  ※ 서울고등법원 2019누38702(2019.12.13.) : 명목회사라 할지라도 적법하게 설립된 법인격을 갖춘 법인이 발행주식을 취득한 실질이 곧 원고가 이를 직접적으로 취득한 것과 동일하다고 평가할 수는 없음

아)  5) B은 청구법인 설립 전 2019.9.5. D 명의로 청구법인의 사업장 소재지를 41억원에 매수하고자 계약서도 작성하였다. 아래 공장매매계약서 특약사항에는 “신규법인이 설립되면 잔금을 지급함과 동시에 신규법인 명의로 별도의 매매계약서를 작성한다”고 기재하였다.

자) ※ B은 DSI 명으로 2019.9.5. 매수계약한 ‘전라남도 영암’ 공장이 2019.10월 공매에 들어가자 매매계약(00억원)을 취소하고, 2019.12.2. 청구법인 명의로 00억원에 낙찰받아 취득함.

차)   B은 청구법인이 설립되기 전인 2019.9.5.부터 D가 공장을 매수할 경우 기존 사업장 이전에 따른 사업장 신설에 해당되어 「조세특례제한법」제99조의9에 따른 사업장 신설에 해당하지 않아 법인세 등을 감면받을 수 없다는 점을 인식한 것으로 B은 법인세 감면을 부당하게 받을 목적으로 청구법인 설립 후 이면계약서를 작성한 것이다.

카)

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2)  ※ 계약당시 D의 상호는 유한회사 A임.

라. D(B)는 조선업 불황으로 2019년 사업부문 확장을 목적으로 L(주) 출신 M(이하 “M”이라 한다)²⁾을 사장으로 영입하고, 국내외 정유·화학 공장에 공급하는 사업용 가열로 제작사업과 발전 플랜트 사업분야로 사업부문을 확장했다.

(그림생략)

가)  1) 사업부문 확장으로 인한 D와 청구법인의 ‘플랜트제조 및 가열로 공사’매출은 아래와 같다.

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(표생략)

  * 여천000 및 000(대산석유학단지 내 현대케미칼) 가열로 공사이고, ‘가열로’란 나프타(원유) 등을 고온에서 열분해하여 석유화학 기초 원료를 생산하는 산업설비임

나)    D는 2019년 L(주) 출신 M을 영입 후 사업 분야를 확장했으나, 청구법인 설립 후 청구법인의 L(주)에 대한 매출은 2020～2021년 4,318백만원(2020년 매출액 중 67%, 2021년 매출액 중 45%)이 발생했다.

다)    이후 M이 대불산업단지 소재 N(주)로 이직 후 L(주)와의 매출은 발생하지 않고 있다.

(표생략)

^* L(주)가 발주한 가열로 공사 관련 매출처임

라)  2) 현재 D는 2021년 상반기 이후 플랜트제조 및 가열로 공사 매출이 전혀 없고, 2024년에는 플랜트제조 및 가열로 공사 뿐만 아니라 선박 관련 제조 등 관련 매출도 발생하지 않으며,

마)   2021년부터 매출이 대폭 감소하였고 현재 법인등기는 존속하고 있지만 2024년에는 B만 근로소득 지급명세서가 제출되는 등 소속 직원이 없는 사실상 운영되고 있지 않은 법인이다.

바)  3) 결국, D(B)가 2019년 D의 플랜트제조 및 가열로 공사 분야로 사업을 확장한 후 2020년부터 신규 설립한 청구법인으로 플랜트 제조 및 가열로 공사 분야의 거래를 이전한 것은 중요한 경영상 선택에 기인한 것이 아니라 법인세를 부당하게 감면받기 위한 목적이다.

사)  이는 청구법인이 신규 설립한 여타의 법인과 달리 법적·경영적 측면에서 위험과 책임을 부담한 사실은 없는 반면 조세 회피의 목적은 명백하기 때문이다.

마. 청구법인은 새로운 제품이나 서비스를 생산·판매하기 위한 기업 조직을 새로 만들고 실질적인 사업 활동을 시작하기 위한 신규 투자 및 활동을 위해 설립된 것이 아니라, 기존 사업장 이전을 목적으로 사업장을 신설한 것이다.

 1) 청구법인은 D의 사업과 인적·물적 연관성이 없고, D의 사업을 실질적으로 계속하지도 않았다고 하나, 청구법인은 설립 후 바로 D가 수주했던 산업용 플랜트 및 가열로 제조와 관련한 거래처 및 선박 제조와 관련된 거래처를 승계받았다.

아)  사업실적과 거래처 확보는 청구법인의 업종 특성상 수익의 원천으로 매우 중요한 요소이다.

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(그림생략)

2) 상호는 영업상의 본인을 나타내기 위하여 사용하는 명칭으로 동일 상호의 사용은 영업의 동일성을 표시하고, 대외적으로 그 신용을 유지하는 실익이 있다.

자)   가)D와 동일한 영업을 하는 청구법인이 대외적으로 중요한 표시인 A이라는 상호를 승계한 것은 기존법인인 D의 영업을 이전 받았다고 볼 수 있는 근거이다.

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차)   나) 2020.1.20. 작성된 D 회사소개서에는 청구법인의 공장 및 기계장치 등의 사진을 게재하면서 청구법인을 D의 제2공장으로 표시하였다.

(그림생략)

카)   다) 통지관서가 조사시 장부⋅서류 등의 일시보관을 통하여 확보한 D와 청구법인의 조직도를 통하여 보면 대표이사, 사장, 상무, 부장, 차장 등 중요 직위 7명³⁾의 인원이 청구법인으로 이동하는 등 청구법인은 D에서 주요 인적자원을 승계하고 규모 확장을 위하여 신규 직원을 채용한 것이다.

(그림생략)

3)   라) 청구법인에 대한 플랜트 등 사업의 거래처가 작성한 협력업체 보고서를 통해서도 D로부터 주요 인적자원의 승계가 이루어졌음이 확인된다.

(그림생략)

가)   마) 결국, 청구법인이 주장하는 고용창출 효과는 D로 부터 플랜트 및 가열로 공사 분야의 승계가 없다면 발생할 수 없었을 것이고, 청구법인이 신규 설립되지 않더라도 D에서 동일한 고용창출 효과가 발생될 것임이 충분히 예상되므로 청구법인 설립으로 인해 원시적인 고용창출 효과가 발생한 것은 아니다.

 3) B은 D를 통해 청구법인의 공장 매입 계약서를 작성하면서 “잔금 지급함과 동시에 매수인이 설립한 신규법인 명의로 별도 계약서 작성“이라는 특약사항을 기재하고, 유형자산을 취득할 수 있는 권리도 청구법인에 승계시켰다.

(그림생략)

4)

 4) 청구법인은 B과 일부 임원이 청구법인의 문서결재나 법인업무를 수행한 사실은 있지만 이러한 행위가 청구법인에 대한 경영자문 수준의 차원이라고 하나,

  2021년 청구법인의 조직도에는 B을 대표이사로 기재하고 있으며, 청구법인 설립 이후 현재까지 결재 문서에서 확인되는 최종 결재권자(의사결정자)는 B이다.

(그림생략)

5)  ※ 2019.9.24. 당시 D의 상호는 유한회사 A임.

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(그림생략)

마. 세무조사 결과 B이 청구법인의 주식을 100% 소유하고 있음이 이미 밝혀졌으므로 청구법인 설립은 사업장 신설이 아닌 사업확장에 따른 기존 사업장의 이전으로 보는 것이 합리적이다.

가)  1) B은 청구법인 설립시 F과 C에게 1차 명의신탁하고, 2차로 외국법인에게 명의신탁⁴⁾했다.

나)   F은 형인 B의 지시로 2019.12.2. 청구법인의 주식 18,000양수하면서 주식 양수의 대가를 지급하지도 않았으며, 2020.9.17. 외국법인에게 해당 주식을 재차 양도하면서 주식 양도의 대가를 받지도 않았다.

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다)  2) 청구법인이 2020.9.8. 싱가포르 법인 S에 컨설팅비 명목으로 지출한 $97,500은 2020.9.17. F이 외국법인 T(T) 에 양도한 주식 11,520주(32%)에 대한 대가로 $96,477을 받음으로써 2020.9.16. 청구법인의 계좌로 돌려받았다⁵⁾.

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라)  3) 그후 3개월 뒤인 2020.12.1. 10:58경 청구법인의 계좌에서 115백만원이 F에게 출금된 후 4시간 뒤인 14:46경 B 명의로 청구법인에 재입금 됐다.

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마)  4) B은 법인세를 부당하게 감면받을 목적으로 본인 소유의 청구법인의 주식 100%를 수차례 명의신탁하여 청구법인의 설립 경위 및 실체 등을 통지관서가 파악하기 어렵게 은폐했고, B의 이러한 일련의 행위⁶⁾는 청구법인 설립이 사업장 신설이 아닌 사업확장에 따른 기존 사업장의 이전임을 입증하는 것이다.

바. 결론

6)  신설 사업장인 청구법인은 B이 운영하는 기존 사업장인 D로부터 상호를 무상으로 승계받아 설립된 회사로

7) D의 사업확장 분야인 플랜트제조 및 가열로 공사 및 기존 사업 분야인 선박 제조와 관련 주요 거래처를 이전받았고,

8) D와 대표이사, 주요 임직원, 주주 구성 등이 유사한 인적 연관성 및 사업장의 이전 등의 물적 연관성을 있으며 실질적으로 D의 사업을 계속하고 있으며,

9) B이 100% 소유 및 지배하고 있는 법인으로 D의 사업장이 청구법인의 사업장과 동일 혹은 유사하므로 실질적인 기존 사업장의 이전에 해당한다.

10)  따라서, B은 청구법인 설립 시 조세특례제법 제99조의9를 악용하여 부당하게 법인세를 감면받은 사실이 있어 조세회피 목적이 명백하므로 조사청이 쟁점금액에 대하여 세무조사 결과 통지를 한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 설립을 조세특례제한법 제99조의9에 따른 사업장 신설로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

 1) 조세특례제한법 제2조【정의】

  ② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.

 2) 조세특례제한법 제3조【조세특례의 제한】

  ① 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다.

   2. 「법인세법」

   4. 「부가가치세법」

 3) 법인세법 제9조【납세지】

  ① 내국법인의 법인세 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지(국내에 본점 또는 주사무소가 있지 아니하는 경우에는 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지)로 한다. 다만, 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 장소로 한다.

 4) 부가가치세법 제6조【납세지】

  ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

  ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 5) 부가가치세법 제8조【사업자등록】

  ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

 6) 부가가치세법 시행령 제8조【사업장】

  ① 법 제6조제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

   2. 제조업 : 최종제품을 완성하는 장소. 다만, 따로 제품 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소와 「개별소비세법」제10조의5에 따른 저유소는 제외한다.

 7) 상법 제172조【회사의 성립】

  회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

 8) 조세특례제한법 제99조9【위기지역 창업기업에 대한 법인세 등의 감면】

  ① 위기지역에 2025년 12월 31일까지 제6조제3항 각 호에 따른 업종(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)으로 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외하며, 위기지역으로 지정 또는 선포된 기간에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우로 한정한다)하는 기업에 대해서는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 법인세 또는 소득세를 감면한다. <개정 2021.12.28, 2023.12.31>

  ② 제1항에 따른 기업은 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지는 소득세 또는 법인세의 100분에 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2019.12.31>

  ③ 중소기업 외의 기업이 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액은 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 한다.

   1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

   2. 해당 과세연도에 제1항의 적용대상이 되는 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천5백만원[청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 하는 감면대상사업장의 상시근로자의 경우에는 2천만원]

  ④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

  ⑤ 제3항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

  ⑥ 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자 및 청년 상시근로자의 범위, 상시근로자의 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  ⑦ 제1항의 규정을 적용할 때 창업의 범위에 관하여는 제6조제10항을 준용한다.

  ⑧ 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 제12조의2제8항의 이자상당가산액 등에 관한 규정을 준용한다. <신설 2021.12.28>

   1. 감면대상사업장의 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 법인의 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다.

   2. 감면대상사업장을 위기지역 외의 지역으로 이전한 경우

  ⑨ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. <개정 2021.12.28>

  ⑩ 제3항제2호에 따라 서비스업에 대한 한도를 적용받는 기업은 제143조를 준용하여 서비스업과 그 밖의 사업을 각각 구분하여 경리하여야 한다. <개정 2021.12.28>하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

 9) 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

  ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다. <개정 2017.12.19, 2018.5.29>

   1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

    가. 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우

    나. 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 경우

   2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

   3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

   4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

 10) 조세특례제한법 시행령 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

  ⑲ 법 제6조제10항제1호가목에서 "토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 토지와 「법인세법 시행령」제24조의 규정에 의한 감가상각자산을 말한다.

 11) 조세특례제한법 집행기준 6-0-2【창업의 범위】

  ① 창업이라 함은 중소기업을 새로이 설립하는 것을 말하는 것으로서 법인의 경우 창업일은 법인 설립등기일이고 개인사업자의 경우「소득세법」또는 「부가가치세법」에 따른 사업자등록을 한 날이 된다.

  ② 벤처기업으로 확인받은 날은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조의 규정에 의하여 중소기업청장 또는 지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인받은 날(해당 규정에 의하여 발급 받은 벤처기업 확인서의 유효기간의 초일)을 기준으로 판단한다.

  ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 창업으로 보지 아니한다.

   1. 합병⋅분할⋅현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 인수 또는 매입한 자산이 창업 당시 토지와 사업용자산 총액의 30% 이하인 경우 및 사업의 일부를 분리하여 해당 기업의 임직원이 사업을 개시하는 경우로서 「조세특례제한법 시행령」제5조 제21항 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 창업으로 본다.

  창업으로 인정되는 자산인수비율 = 인수 또는 매입한 자산가액/창업 당시(토지 + 감가상각자산)의 가액 ≦ 30%

   2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

   3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

   4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

  ④ 타인의 사업 승계시 종전 사업자가 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 동종의 사업을 영위하는 경우 창업에 해당하지 아니하는 것이다.

  ⑤ 부동산임대업을 영위하는 개인사업자가 기존사업장과 다른 사업장에서 제조업을 새로이 개시하는 경우에는 창업에 해당한다.

  ⑥ 법인이 다른 사업자(이하 ’폐업자‘라 함)가 폐업한 사업장의 건물을 그 소유주로부터 임차하고 기례장치 등 사업용 자산을 새로이 취득하여 폐업자가 영위하던 사업과 동종의 사업을 개시하는 경우에는 「조세특례제한법」 제6조 규정에 의한 창업중소기업세액감면을 적용받을 수 있는 것이다.

  ⑦ 개인이 제조업 등을 창업하고 법인전환요건에 따라 중소기업법인으로 전환하여 개인사업의 창업일로부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우, 창업벤처중소기업 세액감면 가능하다.

다. 사실관계

1) 청구법인과 D의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

  가) 청구법인의 기본사항

(표생략)

 * 2019.10.4. 설립시 대표자는 B이었으며, 2019.12.10. C으로 변경함.

  나) D의 기본사항

(표생략)

(편집상 여백입니다)

2) B과 C의 사업이력은 다음과 같다.

(표생략)

(표생략)

3) 청구법인의 법인세 신고, 경정내역과「조세특례제한법」제99조의9에 따른 감면 신청 내역은 다음과 같다.

(표생략)

(표생략)

 4) 청구법인의 둥기사항전부증명서는 다음과 같다.

(표생략)

5) D의 둥기사항전부증명서는 다음과 같다.

(표생략)

(그림생략)

 6) 통지관서가 작성한 증여세 조사 종결 보고서 중 일부는 다음과 같다.

(표생략)

(편집상 여백입니다)

7) 2019~2020 사업연도 중 D와 청구법인에서 근로소득지급명세서가 제출된 사람들의 명단은 다음과 같으며 중복된 명단은 없다.

(표생략)

  8) 사전열람결과 신청인의 추가의견은 아래와 같다.

   가) 통지관서는 청구법인과 D의 전자세금계산서 발급 IP가 2020.1월 경부터 동일한 점으로 미루어, D의 소재지는 청구법인 설립(2019.10.4.)일에 청구법인의 사업장 소재지로 함께 이전하였다고 보는 것이 합리적이라고 하나,

   父인 B은 청구법인의 경영자문에 도움을 주었고, 子인 C은 D의 전자세금계산서와 이메일 관리에 도움을 주었으며, 이는 서로 도움을 주고받으며 청구법인과 D를 경영한 사실을 확인한 것일 뿐이고,

   청구법인의 감면 근거는 「조세특례제한법」제99조의9에 따른 위기지역 법인신설로 청구법인은 법인세법 및 부가가치세법에 따라 법인사업장을 신설하였으며, 상법에 따라 회사가 성립한 것이다.

   백번 양보하더라도 청구법인의 설립일은 2019.10.4.이고 D가 임대차계약을 통하여 본점을 이전한 것은 2020.12.1.로 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

   나) 통지관서는 청구법인이 B이 운영하는 D, (유)K 등으로부터 J(주) 및 F(주)의 선박제조 등 관련 매출처를 승계받았다고 하고 있으나, 이는 사실과 다르다.

   D는 J(주) 및 F(주)와 거래한 사실이 없고, F(주)의 협력업체와도 거래한 사실이 없으며 협력업체에 해당하지도 않는다.

     청구법인은 J(주)에서 직접 하청을 받은 적이 있으나 거래품목이 선박도장이고 D는 사업장이 협소하여 선박도장을 할 수 없으며, J(주)의 협력업체로부터의 하청 또한 J(주)의 승인하에 가능한 것이므로 매출처를 승계받았다는 주장은 타당하지 않다.

   다) 통지관서는 청구법인의 설립을 D의 사업확장이라고 하나, 청구법인은 D와 공장임대차계약을 작성하여 월 33백만원의 임차료를 받고 있으며, 통지관서 또한 이를 사실로 확인하고 인정하고 있으므로 통지관서의 주장은 타당하지 않고, 2019.9.5. D가 작성한 공장 매매계약서는 취소된 계약으로 이를 근거로 삼아서는 안될 것이다.

   라) 통지관서는 D가 2019년 D의 플랜트제조 및 가열로 공사 분야로 사업을 확장한 후 2020년부터 신규 설립한 청구법인으로 플랜트 제조 및 가열로 공사 분야의 거래를 이전한 것이라고 하며, 주요거래처로 제인앤케이글로벌(주)와의 매출 내역을 첨부하였으나,

   L(주)의 플랜트(가열로) 납품은 발주처(원청)의 요구에 따라 납품계약이 결정되는 것으로 청구법인의 납품계약 원청회사는 PERTAMI인도네시아 국영 석유기업이고, 납품명은 RDMP RU BALILKPAPAN PROJECT FIRED HEATER이고, D 원청회사는 U이고, 납품명은 CCR CONVECTION 교체건이다.

라. 판단

 청구법인은 청구법인의 설립은 사업장신설이라고 주장하나,

청구법인은 청구법인의 설립일인 2019.10.4.까지 D가 사용하던 상호를 무상으로 승계받아 사용하고 있는 점,

 청구법인과 D가 발행한 세금계산서의 아이피주소가 동일한 사실로 보아 실질적으로 청구법인 설립일부터 청구법인과 D가 동일한 사업장에서 업무를 수행한 것으로 보이는 점,

 청구법인에 대한 협력업체 보고서, 회사소개서 및 언론기관 보도 자료, 청구법인의 조직도, B이 최종 서명한 발주 및 결재서류로 보아 최종의사결정권자가 B인 청구법인과 D는 인적자원과 물적자원을 공유 내지 통합하여 사업을 영위한 것으로 보이는 점 등,

이상의 사실관계를 종합하여 살펴본 바, 청구법인의 설립은 사업장의 이전에 해당하므로 청구법인의 설립을「조세특례제한법」제99조의9 제1항에 따른 사업장 신설에 해당하지 않은 것으로 보아 감면세액을 부인한 과세예고통지는 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.