1. 사실관계

○신청공사는 ｢새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법｣(이하 “새만금사업법”)에 따라 2018.9.21. 설립된 국토교통부 산하 기타 공공기관으로

-국가(농림축산식품부)로부터 공유수면 매립면허권을 현물출자 받아 토지 및 도시개발에 관한 사업과 신재생에너지 설비의 설치 및 운영‧관리 등 수익사업을 영위하는 부가가치세 과세사업자임

○신청공사는 보유한 매립면허권 지역 중 선도사업으로 새만금 스마트 수변도시 조성사업(이하 “본건사업”)을 새만금사업법에 따라 새만금청장의 통합개발계획 승인*을 받아 시행하고 있으며

  *새만금개발청 고시 제2020-19호(2020.12.17.) 승인을 시작으로 제2025-35호(2025.11.18.)로 3차 변경 승인

- 본건사업은 공유수면을 매립 후 그 상부에 도로‧전기 등 주요 기반 시설을 설치하고 조성된 토지를 분양할 계획임

○새만금개발청이 새만금 스마트 수변도시 조성사업에 대하여 3차 변경 승인 고시한 주요내용은 다음과 같음

< 본건사업 3차 통합개발계획 변경 승인에 대한 주요내용 >

○신청공사는 새만금사업법에 따른 공공시행자로서 새만금청장의 통합개발계획 승인(새만금개발청고시 제2020-19호)을 받아 자기의 재원으로 토지를 조성하고 조성한 토지를 취득할 예정으로(새만금사업법 제14조④)

-신청공사가 일괄 시행하는 공유수면 매립공사와 토지조성공사(이하 통칭은 “매립‧조성공사”)는 매립공사 완료 후 토지를 등기하지 않고 토지조성공사까지 완료한 후에야

-새만금청장으로부터 본건사업의 준공 인가를 받아 새만금개발청에 매립‧조성공사용역의 공급에 따른 세금계산서를 교부하고 신청공사 명의로 토지 등기(원시취득)를 진행할 예정임

○신청공사는 공유수면 매립공사 이후 일괄하여 실시하는 토지조성공사에 관련된 매입세액이 공제대상인지 국세청에 질의^*하여

   * 사전-2022-법규부가-0879, 2022.12.22.

-신청공사와 같이 공유수면 매립공사와 토지조성공사를 일괄 시행하여 공유수면 매립공사 완료 후 토지 등기가 수반되지 않고 토지조성공사 준공 후 새만금개발청 준공승인에 따라 토지등기가 이루어지는 경우

-토지조성공사에 관련된 매입세액은 토지에 관련된 매입세액에 해당하지 아니하여 공제가 가능한 것으로 회신받아 매립‧조성공사에 관련된 매입세액을 공제하고 있음

○신청공사는 매립‧조성공사가 마무리된 1공구 내 일부 부지(28,560㎡)에 대해 ‘조성토지 공급계획’을 새만금청장에게 승인받아 2025.11.21. 사업준공 인가전(현재 조성공사 진행중) 선분양을 공고하였고(새만금사업법§22 근거)

-조성된 토지를 분양받고자 하는 자(이하 “수분양자”)로부터 해당 분양대금의 일부*(이하 “계약금등”)를 선분양 토지(이하 “쟁점토지”)의 양도 전에 미리 받고자 하며(새만금사업법§23 근거)

   * 계약일 계약금 10%, 2년 거치 후 1차 중도금 30%, 2년 6개월 후 2차 중도금 30%)

-새만금청장으로부터 사업준공 인가가 완료되면 신청공사 명의로 토지를 등기한 후 매매대금을 완납한 수분양자에게 계약된 토지를 양도할 예정임

2. 질의요지

○신청공사가 ｢새만금사업법｣에 따라 공유수면 매립‧조성공사 일괄시행 중

- (질의1) 대가로 받을 소유 예정부지를 선분양하고 선수금을 수취하는 것이 부가가치세 과세대상인지

-(질의2) 예정부지 선분양이 면세대상인 경우 공유수면 매립‧조성공사 중 발생한 매입세액이 토지와 관련된 매입세액에 해당하여 매입세액 불공제되는지

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조【재화의 범위】

① 「부가가치세법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호의 물건은 다음 각 호의 것으로 한다.

 1. 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물(有體物)

② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제4조【과세대상】

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

①재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

 1. 역무를 제공하는 것

 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】

① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

 1. 역무의 제공이 완료되는 때

 2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

 14. 토지

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

 ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

  1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가 <단서생략>

  2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

  6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우: 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액

○ 부가가치세법 시행령 제61조【외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산】

 ② 법 제29조제3항제6호에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다.

  4. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 따라 매립용역을 제공하는 경우: ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 따라 산정한 해당 매립공사에 든 총사업비

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 7.면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

 2.건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 법인세법 시행령 제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

 1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 그 밖의 생산품(이하 이 조에서 "상품등"이라 한다)의 판매: 그 상품등을 인도한 날. 다만, 반환조건부 판매, 동의조건부 판매, 그 밖의 조건부 판매 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정된 날로 한다.

 3. 상품등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  2. “새만금사업”이란 새만금사업지역을 종합적이고 체계적으로 개발·관리 및 정비하기 위하여 제11조에 따라 용도별 개발실시계획 승인을 받아 시행하는 사업을 말한다.

  9. “원형지”란 새만금개발사업의 실시계획 승인을 받아 매립한 토지로서 부지조성공사를 하지 아니한 상태의 토지를 말한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제4조【다른 계획과의 관계】

 이 법에 따른 새만금사업의 기본계획과 실시계획은 다른 법률에 따른 개발계획에 우선한다. 다만, ｢국토기본법｣ 제6조제2항제1호에 따른 국토종합계획 및 ｢군사기지 및 군사시설 보호법｣에 따른 계획에 대하여는 그러하지 아니하다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제8조【사업시행자의 지정 등】

 ① 새만금청장은 다음 각 호의 자 중에서 새만금사업의 시행자를 지정한다. 이 경우 개발사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요한 경우에는 개발사업 중 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제2조제4호에 따른 공유수면매립사업의 시행자를 따로 지정할 수 있다.

  2. ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관

 ② 새만금청장은 제1항제1호부터 제3호까지의 자(이하 이 조 및 제14조에서 “공공시행자”라 한다)가 새만금지역의 효율적 개발을 위하여 협약을 체결한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동 사업시행자로 지정할 수 있다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제14조【｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣에 관한 특례】

 ③ 사업시행자가 제2항에 따라 매립에 관한 권리를 양도받은 때에는 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제28조에 따라 매립면허를 받은 것으로 본다.

 ④ 공공시행자가 자기의 재원으로 실시계획 승인을 받아 토지를 조성한 경우 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제46조제1항제2호부터 제4호까지를 적용하지 아니하고, 그 토지는 사업시행자에게 귀속된다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제17조【다른 법률에 따른 인·허가 등의 의제】

 ① 사업시행자가 실시계획의 승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 해당 법률에 따른 허가ㆍ인가ㆍ신고ㆍ결정ㆍ지정ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ해제 또는 심의 등(이하 "인ㆍ허가등"이라 한다)을 받은 것으로 보며, 새만금청장 또는 시ㆍ도지사가 관계법률등에서 정하는 절차에 따라 실시계획을 승인ㆍ고시한 경우에는 다음 각 호의 해당 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다.

  5. ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제8조에 따른 공유수면의 점용ㆍ사용 허가, 같은 법 제10조에 따른 협의 또는 승인, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 승인(매립면허를 받은 매립예정지는 제외한다), 같은 법 제28조에 따른 공유수면의 매립면허, 같은 법 제33조에 따른 면허고시, 같은 법 제35조에 따른 협의 또는 승인 및 같은 법 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인ㆍ고시

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제20조【준공검사】

 ① 사업시행자는 새만금사업의 전부 또는 일부를 완료한 경우에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 새만금청장에게 준공 보고서를 제출하고 준공검사를 받아야 한다. 이 경우 새만금청장은 대통령령으로 정하는 전문검사기관에 준공확인에 필요한 세부검사를 의뢰할 수 있다.

 ② 새만금청장은 제1항에 따른 준공검사를 한 후 그 공사가 승인된 내용대로 시행되었다고 인정하는 경우에는 준공검사증을 그 사업시행자에게 주어야 하며, 실시계획대로 완료되지 아니한 경우에는 지체 없이 보완시공 등 필요한 조치를 명하여야 한다. 이 경우 새만금청장은 제17조제1항 각 호에 따른 인ㆍ허가등에 대한 준공검사에 관하여 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 한다.

 ③ 제2항에 따른 준공검사증을 받은 경우에는 제17조제1항 각 호에 따른 인ㆍ허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가 등을 받은 것으로 본다.

 ④ 제2항에 따른 준공검사증을 교부받기 전에 새만금사업으로 조성 또는 설치된 토지 및 시설을 사용하기 위하여는 새만금청장에게 준공 전 사용의 허가를 받아야 한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제22조【조성토지등의 공급】

 ① 사업시행자는 새만금사업으로 조성된 토지 또는 원형지(이하 "조성토지등"이라 한다)를 공급하려는 경우에는 조성토지등의 공급계획을 작성하여 새만금청장의 승인을 받아야 한다. 공급계획을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제23조【선수금】

 ① 사업시행자는 조성토지등을 공급받고자 하는 자로부터 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 대금의 전부 또는 일부를 미리 받을 수 있다.

 ② 사업시행자는 제1항에 따라 해당 대금의 전부 또는 일부를 미리 받고자 하는 경우에는 새만금청장의 승인을 받아야 한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제36조의2【설립】

 새만금사업의 효율적이고 신속한 추진을 위하여 새만금개발공사(이하 “공사”라 한다)를 설립한다.

○ 새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제36조의4【자본금 및 출자】

 ① 공사의 자본금은 3조원으로 하며, 공사의 자본은 주식으로 분할한다.

 ② 제1항에 따른 자본금은 국가, 지방자치단체, ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 공공기관, ｢지방공기업법｣에 따른 지방공기업 또는 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 출자한다.

 ③ 국가는 새만금사업지역(새만금호 및 제54조에 따라 농림축산식품부장관이 직접 시행하는 지역은 제외한다) 내 ｢공유수면 관리 및 매립에 관한 법률｣ 제28조제1항에 따른 공유수면 매립면허 권리를 실시계획 승인 전에 공사에 현물로 출자할 수 있다. 이 경우 제14조제1항 및 제2항에도 불구하고 공유수면 매립면허 권리(이하 "매립면허권"이라 한다)가 양도된 것으로 보며, 매립목적은 실시계획이 승인된 때에 변경된 것으로 본다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제2조【정의】

 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  1. “공유수면”이란 다음 각 목의 것을 말한다.

   가. 바다: ｢해양조사와 해양정보 활용에 관한 법률｣ 제8조제1항제3호에 따른 해안선으로부터 ｢배타적 경제수역 및 대륙붕에 관한 법률｣에 따른 배타적 경제수역 외측 한계까지의 사이

   나. 바닷가: ｢해양조사와 해양정보 활용에 관한 법률｣ 제8조제1항제3호에 따른 해안선으로부터 지적공부(地籍公簿)에 등록된 지역까지의 사이

   다. 하천·호소(湖沼)·구거(溝渠), 그 밖에 공공용으로 사용되는 수면 또는 수류(水流)로서 국유인 것

  4. “공유수면매립”이란 공유수면에 흙, 모래, 돌, 그 밖의 물건을 인위적으로 채워 넣어 토지를 조성하는 것(간척을 포함한다)을 말한다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제45조【준공검사】

 ① 매립면허취득자는 매립공사를 완료하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립지의 위치와 지목(｢공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률｣ 제67조에 따른 지목을 말한다)을 정하여 매립면허관청에 준공검사를 신청하여야 한다. 이 경우 매립면허취득자가 제38조제2항에 따라 공구를 구분하여 매립실시계획의 승인을 받은 경우에는 공구별로 준공검사를 신청할 수 있다.

 ② 제1항에 따라 준공검사를 신청받은 매립면허관청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 준공검사를 한 후 그 공사가 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되었다고 인정하면 해양수산부령으로 정하는 준공검사확인증을 내주고 그 사실을 고시하여야 하며, 매립실시 계획의 승인된 내용대로 시행되지 아니한 경우에는 지체 없이 보완공사 등 필요한 조치를 명하여야 한다.

 ③ 제1항에 따라 준공검사를 신청한 자가 제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우에는 제39조제1항 각 호 및 같은 조 제2항의 인가ㆍ허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가를 받은 것으로 본다. 이 경우 매립면허관청은 그 준공검사에 관하여 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.

 ④ 제3항에 따라 준공검사ㆍ준공인가의 의제를 받으려는 자는 제1항에 따라 준공검사를 신청할 때 해당 법률에서 정하는 관련 서류를 함께 제출하여야 한다.

○ 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제46조【매립지의 소유권 취득 등】

 ① 매립면허취득자가 제45조제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.

  1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용으로 사용하기 위하여 필요한 매립지: 국가 또는 지방자치단체

  2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가 중 매립공사로 새로 설치된 공용시설 또는 공공시설 용지에 포함된 바닷가의 면적은 제외한다)의 매립지: 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 매립면허취득자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다.

  3. 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지: 매립면허취득자

  4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따라 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지(이하 "잔여매립지"라 한다): 국가