주 문

   A세무서장이 2025. 11. 3. 청구인에게 한 2017년 귀속 증여세 196,213,520원, 2018년 귀속 증여세 237,369,530원, 2019년 귀속 증여세 122,271,230원, 2020년 귀속 증여세 132,221,480원 및 2021년 귀속 증여세 82,202,150원, 총 770,277,910원의 증여세 부과처분은,

1. 증여세 부과처분의 대상이 되는 임대료, 유상사급, 부산물 관련 구체적인 이익분여액을 재조사하여 그 결과에 따라 청구인의 증여세 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. B(이하 ‘청구인’이라 한다)는 2007. 11. 13. 개업한 충남 A 소재 중기‧전장부품 제조/도매업 법인인 주식회사 C(이하 ‘특정법인’이라 한다)의 대표이사이다.

나. 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다)은 1996. 9. 1. 개업한 충남 A 소재 중장비부품 제조/도매업법인으로, 개업 시점부터 2024. 9.까지 D의 대표이사였던 E(’53년생, 남)는 청구인의 배우자이다{D의 현재 대표는 E의 아들인 F(’84년생, 남)임}.

다. G지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2022. 4. 12. ∼ 2022. 5. 31. 기간 동안 D의 2017년 ∼ 2021년 사업연도 법인통합조사를 실시하여 ① D이 특수관계법인인 특정법인으로부터 임차한 공장건물 등의 임차료를 시가보다 과다하게 지급하고, ② 발주처인 D과 외주가공처인 특정법인 간 철판 외주가공거래와 관련된 부산물(고철) 관련 이익 등을 D이 특정법인에게 분여한 것으로 보아, D의 임차료 과다지급액과 부산물 이익분여액 등에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세하였다.

라. 2024년 진행된 감사원의 조사청에 대한 기관운영감사 결과, 감사원은 상기 D과 특정법인 간의 이익분여액이 ‘상속세 및 증여세법’ 제45조의5 【특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제】에 해당한다고 보아 특정법인의 지배주주인 청구인에게 증여세를 부과할 것을 시정요구 하였다.

마. 조사청은 감사원의 시정요구에 따라 청구인의 관할세무서인 A세무서에 과세자료를 통보하였고, A세무서장은 통보내용에 따라 청구인에게 2025. 7. 17. 2017년 ∼ 2021년 귀속 특정법인 증여의제 관련 증여세 총 1,075,888,278원을 고지하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였다(송달일 2025. 7. 18.).

바. 청구인은 상기 과세예고통지에 대하여 2025. 8. 18. A세무서장에게 과세전적부심사청구를 하였고, 과세전적부심사청구는 2025. 9. 30. 일부채택(납부지연가산세 부분 청구 채택)되었다.

사. A세무서장은 2025. 11. 3. 청구인에게 납부지연가산세를 제외한 2017년 ∼ 2021년 귀속 증여세 총 770,277,910원을 고지하였다(송달일 2025. 11. 3.).

아. 청구인은 이에 불복하여 2026. 1. 30. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구인 주장

“조사청이 청구인에게 한 2017년 ∼ 2021년 귀속 총 770,277,910원의 증여세 부과처분은 이를 취소한다.”라는 결정을 구한다.

가. 특정법인이 D에게 부동산을 임대하고 수취한 임대료는 여러 경제적 상황 및 거래행위의 제반 사정을 종합적으로 고려한 정당한 임대료에 해당한다.

1) 청구인은 D이 경영상의 어려움으로 회사의 미래가 불확실한 상황에서 D이 요구하는 장소와 면적에 필요 설비를 갖춘 맞춤형 공장을 신축하여 제공(이하 특정법인이 D에게 임대한 공장 등 자산을 ‘쟁점임대자산’이라 한다)한 것이므로 임대료는 통상적인 임대료보다 높게 받는 것이 당연하겠지만, 청구인의 배우자가 운영하는 D의 경영 위기를 해결하기 위해 D이 필요한 가공 공장을 신축할 수도 임차할 수도 없는 상황에 있는 점을 고려하여 어려움을 함께 극복한다는 생각으로 특정법인은 투자자금 관련 금융비용 상환에 문제가 없고, D은 경영 정상화에 무리가 없는 최소한의 범위에서 상호 협의하여 평당 25,000원(전기‧가스료 평당 10,000원 포함)의 임대료를 책정한 것으로, 이는 양 법인의 경제적 상황과 원청‧하청 관계라는 거래행위의 특수성 등을 종합적으로 고려하여 산정한 정당한 임대료이다.

가) 청구인은 D이 시화공단의 공장을 충남 A시로 이전하는 과정에서 기존 공장의 매각 지연으로 인한 자금난과 신설 공장의 인허가 절차 등으로 공장의 규모가 축소되어 1차 가공공정을 외주방식으로 운영해야만 하는 상황에 이르자 청구인의 배우자인 D의 대표이시가 청구인이 법인을 설립하면 자금 조달과 공장 인허가 절차가 가능할 것으로 판단하고 청구인에게 연접 부지에 공장 2동을 신축하여 1동은 1차 가공공정을 하청받아 직접 운영하고 다른 1동은 임대할 것을 권유한 상황이어서, 청구인은 평소 돈 쓰기에 인색한 배우자가 임대료를 낮게 책정할 것을 알면서도, 한편으로 직접 회사를 운영하게 된다는 기대감에 특정법인을 설립하고 공장을 신축하였다.

나) 한편, 청구인은 D이 시화공단에서 10년 넘게 사업을 운영하면서 공장이 협소하여 공장 임차를 추진한 사실이 있고 A으로 공장을 이전한 후에도 1차 가공공정을 직접 운영하기 위해 임차 공장을 물색한 사실이 있어 누구보다도 공장 임대료 시세를 잘 알 수 있는 상황이었을 것으로 생각하였고, 또한 당시 A 지역은 석유화학단지의 공장 증설과 자동차산업단지의 공장 가동률이 증가하면서 일반 창고건물의 임대료가 평당 10,000원 이하는 없을 정도로 산업용 건물 수요가 증가하여 다른 지역보다 임대료가 높게 형성되고 있었기에 특정법인이 받은 임대료가 시세보다 낮으면 낮다고 생각했지, 높다고 생각해 본 적은 없었다.

2) 그런데, 조사청은 D에 대한 세무조사 과정에서 쟁점임대자산의 임대료를 아래 표와 같이 산정하였고, D에 대한 세무조사 과정에서 인용한 쟁점임대자산과 인접한 D 소유의 공장건물의 임대료 감정평가액을 근거로 특정법인에게 임대료를 과다지급하였다고 판단하였다. 이러한 판단은 감정평가서상의 평가목적과 평가대상을 확인하지 않고 단지 유사한 공장이라는 겉으로 드러난 것만 보고 객관적인 사실관계를 확인하지 못하여 발생한 것으로 쟁점임대자산 임대료를 조사청이 인용한 임대료 단가로 평가하는 것은 적절하지 않다.

가) 조사청이 D에 대한 세무조사 과정에서 인용한 임대료 감정평가액은 D에 납품한 불량 기계설비 지연 철거에 따른 부당 점유면적에 대한 손실보상액을 산정하기 위한 목적으로 평가한 것으로, 일반적인 임대료를 산정하는데 적용하기에는 적절하지 않다. 감정평가 규정에 정한 ‘적산법’으로 임대료를 평가하는 경우 대상 물건의 기초가액에 기대이율을 곱하고 여기에 감가상각비 등 유지관리에 필요한 제반 경비를 합산하여 평가하는데, 이때 임시적 이용과 표준적 이용에 적용하는 기대이율에는 많은 차이가 있다.

나) 조사청이 인용한 감정평가서에는 임대료를 적산법으로 평가하면서 기대이율과 감가상각비 등 제반 필요경비를 구체적으로 기재하지 않아 평가의 주된 요소인 이용목적에 따른 기대이율과 감가상각비를 어떻게 적용하였는지 구체적으로 알 수는 없지만, 적용한 기대이율 3.7%는 한국감정평가협회에서 제공하는 ‘기대이율 적용기준율표’상의 기타 공업용 토지의 임시적 이용률 0.843%(0.5% ∼ 2.5%)와 건물 감가상각률 2.857%(35년)을 합산한 것으로 추정되고, 이는 이 건과 같이 설비까지 갖춘 공장을 신축하여 맞춤형으로 제공하고 사용기한을 정함이 없이 장기적으로 이용하는 대상에 적용하는 표준적 이용률(1.5% ∼ 4.5%)과 감가상각비 등 제반 필요경비에 대한 경비율을 합산한 임대료율 5% ∼ 8%와는 큰 차이가 있다.

다) 또한 조사청이 인용한 임대료는 공장용지와 건물에 대한 임대료만 산정한 것이나 특정법인이 D에게 임대한 물건은 공장용지와 건물뿐만 아니라 고가의 설비까지 포함하고 있어 이 건에는 적용할 수 없는 것이 명백하며, 조사청은 특정법인이 공장건물만 임대하고 있다고 보아 평당 임차료 4,321원을 적용하여 적정 임대료를 산정하였으나 이는 공장건물의 정착 면적은 D의 소유지만 그 외 D이 사용하고 있는 정착 면적 외 부수토지나 자재 적치장으로 사용하는 토지 중 정착 면적을 초과하여 사용하고 있는 특정법인의 토지를 반영하지 아니하였기 때문이고, 2019년부터 추가로 임대하고 있는 가설공장이 임대료 평가에 반영되지 않는 등 조사청이 산정한 쟁점임대자산 임대료는 적정하지 않다.

3) 한편, 청구인이 이 건 처분에 대응하기 위해 특정법인이 D에게 임대하고 있는 자산에 대하여 감정평가를 의뢰한 결과 5년간의 임대료 합계액은 1,832백만 원으로 조사청이 산정한 순 임대료 합계액 2,030백만 원과 유사했지만, 조사청이 산정한 적정 임대료 합계액 627백만 원과는 차이가 많은 것을 알 수 있다. 청구인도 조사청이 인용한 감정평가방법인 적산법으로 평가하였고, 양 측의 평가 내용에 차이가 있다면 청구인 측은 평가에 적용한 기대이율과 감가상각비를 구체적으로 기재하였다는 점과, 평가 대상에 차이가 있다는 점이다.

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가) 법인세법상 부당행위계산부인의 기준에 되는 시가의 범위는 법 제52조제2항 및 시행령 제89조에 규정되어 있고, 여기서 시가란 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격이라고 규정하고 있다.

나) ‘법인세법 시행령’ 제89조제1항은 시가를 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인과 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속하여 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다고 규정하고 있고, 제89조제2항은 시가가 불분명한 경우에는 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 감정가액을 우선 적용하고 감정가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 규정을 준용하여 평가한 가액을 적용하도록 규정하고 있다.

다) 한편, 대법원 판례에 따르면 법원은 일관되게 시가라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 따라 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만, 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함되는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다고 판결하고 있는 등 어떠한 경우에도 일관되게 소급 감정평가한 가액을 시가로 인정하고 있다(대법원 2013두2334, 2013. 5. 24. 등 다수).

라) 또한 조세심판원의 다수의 심판례를 보아도 알 수 있듯이 조세심판원도 소득세법 및 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하는 경우 소급 감정평가한 가액을 시가로 인정하는 결정을 하고 있다(조심 2019광0798, 2019. 5. 21. 등 다수).

마) 따라서, 청구인이 제시한 임대료 감정평가액은 비록 소급 감정에 의한 것이지만 감정기관에 의해 합리적인 방법으로 평가한 가액이므로 충분히 적정한 시가로 볼 수 있다.

4) 인근 공장 등의 임대 광고 사례를 보면 알 수 있듯이 세무조사 결과 산정된 쟁점임대자산 임대료는 주변 시세에도 미치지 못하는 가액으로 시가로 보기 어렵다. 인근 공장 및 창고의 임대 광고 사례를 보면 평당 월 임대료는 최소 10,000원에서 최대 30,488원으로 파악되며, 세무조사 결과 적정 임대료로 산정한 평당 월 임대료 4,321원은 주변 시세에도 턱없이 미치지 못하는 등 그 당시의 적정한 시가로 보기 어렵다.

5) 전술한 바와 같이 특정법인과 D 간 당초 쟁점임대자산 임대료는 거래당사자가 시세와 경제적 상황, 거래상 관계 등을 종합적으로 고려하여 상호 합의에 의해 결정된 합리적이고 정당한 임대료에 해당하고, 조사청이 산정한 쟁점임대자산 임대료는 객관적인 사실관계가 다른 감정평가 임대료를 유사 사례로 적용하여 산정한 비정상적인 임대료로, 이 건 임대료로 적합하지 않다. 또한 쟁점임대자산 임대차는 특수관계인 간의 거래이긴 하나 임차인의 경영 위기로 임대차계약이 언제 해지될지 모르는 상황에서 고가의 설비까지 갖춘 맞춤형 공장을 신축하여 임대하며 감수하게 되면 투자위험까지 반영한다면, 주변에 형성된 임대차 사례가 없다 하여 감정평가에 의한 임대료를 우선 적용하기보다는 당사자 간에 거래한 임대료를 시가로 인정하여야 할 것이다.

나. 특정법인이 D으로부터 유상사급으로 공급받은 원자재(철판)에서 발생한 부산물(고철)은 본래 특정법인의 소유로 이익 분여의 대상에 해당하지 않는다.

1) 특정법인은 암, 붐, 버켓 등 굴착기 제조에 들어가는 부품을 생산하며 ㈜△인프라코어 등에 납품하는 D으로부터 철판을 절단하는 절단 공정과 절단면을 매끄럽게 하거나 절곡하여 모양을 만드는 1차 가공공정을 도급받아, 직접 구매한 철판과 D으로부터 유상사급¹⁾ 거래와 무상사급²⁾ 거래로 공급받은 철판을 가공하여 납품하고 납품한 중량에 가공단가와 유상으로 구매한 철판 구매단가를 곱한 금액과 부산물 손실 보전액을 납품 대금으로 받아 제품매출로 신고하였으며, 가공 과정에서 발생한 부산물(고철) 중 특정법인이 유상으로 구매한 철판에서 발생한 고철을 판매하고 부산물매출로 신고하였다.

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가) 청구인은 회사를 운영한 경험이 없어 D을 운영하는 배우자의 도움을 받아 특정법인을 운영하면서 생산현장 관리에 치중하며 자금만 직접 관리하였고, 특정법인의 회계 및 인사관리는 D의 도움을 받았다. 이처럼 경영의 상당 부분을 배우자에게 의존한 탓인지 특정법인의 매출은 계속하여 증가하는데 회사의 경영상황은 나아지는 것이 없어 회계처리에 대한 의구심을 갖게 되었고, 그 원인이 D은 발주처로부터의 부산물에서 발생하는 손실{철판사용량 × (철판단가 – 부산물단가)}을 납품단가에 반영하여 보전받으면서, 특정법인에게는 납품단가에 반영해 주지 않았기 때문이다. 그래서 이와 같은 불공정한 거래를 점차 개선하기 위해 우선 사급 형식의 거래를 늘려갔고, 최종적으로 모든 거래를 임가공 계약(무상사급)으로 전환하였다.

나) 양 법인 간의 상기와 같은 거래형태는 특정법인의 철판 구매현황에도 잘 나타나 있다. 2015년까지는 철판 누적 구매량 22,124,412㎏ 중 유상사급이 2,117,437㎏이었는데 2016년에는 유상사급이 3,870,030㎏으로 증가하여 유상사급 누적구매량이 5,987,467㎏으로 증가하였고, 2017년 이후부터는 무상사급 거래가 큰 폭으로 증가하였음이 확인된다. 특정법인은 2020. 10. 27. 임가공계약서를 체결하고 2020. 11. 1.부터 그동안 부산물 손실에 대해 직접 구매분은 보전하지 않고 유상사급 구매분은 보전하던 이중 정산방식을 완전 임가공계약(무상사급)으로 전환하고, D이 제공하는 철판을 가공하여 납품한 후 가공료만을 받았다.

다) 또한 특정법인의 거래대금 청구내역과 매출세금계산서 발급 내역을 보면, 특정법인이 직접 구매한 철판의 부산물 손실은 보전받지 못하고, 유상사급 철판의 부산물 손실은 보전받았으며, 무상사급 철판은 가공비만 받았음이 확인된다.

(1) 특정법인은 POP시스템(공장 생산 실적을 현장에서 바로 관리하는 시스템)으로 생산과정을 전자적으로 관리하였고, 매월 말일 마감 후 청구용 자체 서식에 수량과 가공단가, 회계담당자가 통보하는 철판 단가를 입력하여 D의 회계담당자에게 전송하였고, 회계담당자가 수량과 가공단가는 고정값으로 두고 철판 단가는 구매단가를 반영하여 수정한 다음 유상사급 철판에서 발생한 부산물 손실을 소재비에 가산하고 무상사급 철판에 대한 소재비를 차감하는 방식으로 거래대금을 정산하여 매월 세금계산서를 발행하였다. 2017년 사업연도와 2018년 사업연도는 다음과 같이 정산하였다.

(2) 상기 표는 거래 당시에 작성한 것이 아니고 청구인이 이 건 이의신청을 진행하는 과정에서 사실관계를 입증하기 위해 보관하고 있는 거래명세서와 세금계산서를 바탕으로 작성한 것이다. 청구인은 특정법인의 회계업무를 D에 의존하여 거래대금 정산으로 인해 배우자와 마찰을 빚지 않으려고 별도의 정산을 하지 않았었고, 입금된 대금이 청구인이 생각하는 금액과 차이가 있을 때만 회계담당자와 유선이나 구두로 설명을 듣는 것으로 정산을 마무리하여 회계담당자가 통보한 거래명세서만 보관하고 있고 그 외 어떠한 서류도 작성하거나 보관하고 있지 않다. 또한 임가공비 관련 갈등으로 D과는 2024. 10. 31.자로 임가공 계약이 해지되었고, 현재는 양 법인 간 소송이 진행되고 있어 D으로부터 어떠한 도움도 받을 수가 없는 상황이다.

(3) 상기 표와 같이 세금계산서 발행금액과 거래명세서상 청구액이 차이가 있는 것은 양 법인 간의 거래대금 정산 약정에 따른 것으로, 2017년 가산 정산금액 1,411,282,129원은 청구금액에 철판 구매단가 정산액 1,120,341,929원과 유상사급 부산물 손실보전액 806,376,170원을 가산하고 무상사급 소재비 473,809,534원을 차감한 총 1,452,908,565원을 가산한 것인데 41,626,436원(과소)의 차액이 있고, 2018년 차감 정산금액 △2,945,653,988원은 청구금액에서 무상사급 소재비 3,035,715,573원을 차감하고 유상사급 부산물 손실보전액 52,173,132원을 가산한 총 △2,983,542,441원을 차감한 것인데 37,888,453(과소)의 차액이 있을 뿐이다. ⇒ 아래 거래대금 정산 명세서 참조

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2) 반면 조사청은 D이 그동안 유상사급으로 공급하던 철판을 2018년 사업연도부터 무상사급으로 전환하게 되면서 부산물의 소유가 특정법인에서 D으로 바뀌었으므로 가공비 단가가 인상되어야 함에도 가공비 단가가 같은 점을 들어 2017년 사업연도에 유상사급으로 공급받은 철판에서 발생한 부산물은 D의 것으로 보아야 한다는 논리를 적용하여 아래와 같이 유상사급으로 공급받은 철판 수량에 임의로 산정한 부산물 발생률을 곱하여 부산물발생량을 계산하고 여기에 고철 판매단가를 곱하여 계산한 금액을 분여이익으로 산정하였는데, 이는 유상사급을 무상사급으로 변경함에 따른 경제적 효익을 잘못 해석한 것으로 보인다.

가) 조사청은 유상사급과 무상사급 거래에서 발생하는 경제적 효익의 차이를 부산물로 판단하였는데, 양 법인 간의 거래는 전술한 것과 같이 유상사급에서 발생한 부산물 손실을 전액 보전해 주었기 때문에 두 거래 간의 경제적 효익은 부산물이 아닌 부산물의 발생과 처분 시기의 차이로 인한 처분 손익과 공급받은 원자재의 관리책임 정도가 다르다는 것뿐이다. 만약 양 법인 간의 거래에서 부산물 손실이 보전되지 않았다면 무상사급 전환으로 특정법인의 이익이 부산물 손실만큼 증가할 것이고, 조사청의 주장처럼 유상사급에서 발생한 부산물의 소유권이 D에 있다면 유상사급으로 공급한 철판의 소재비를 절단 중량이 아닌 사용한 철판 중량에 대해서 지급받아야 하므로 결과적으로 무상사급을 가장한 유상사급이 되어 절단 중량으로 소재비를 받은 특정법인이 D에게 이익을 분여한 것이 되고, 그 분여이익은 유상사급에서 발생한 부산물 수량에 철판 단가를 곱하여 계산한 부산물 손실액에서 부산물 손실보전액을 차감한 금액이 될 것이다.

나) 통상 갑을관계의 계약에서 을에게 유리한 조건으로 계약이 변경되면 이를 이익의 증가로 보지 않고 불공정한 거래가 개선되었다고 보는 것이고, 반면 세법에서는 갑을이 특수관계자에 해당하면 불공정거래의 개선이라기 보다는 계약 변경으로 이익을 분여받았다고 보는 것이 일반적인 관점인데, 조사청처럼 계약 변경에 따라 불공정거래가 개선된 것을 두고 종전의 거래에서 이익을 분여받았다고 보는 것이 타당한 것인지 묻고 싶다. 아울러 조사청의 과세 논리를 세법 논리에 따라 다시 해석한다면 “유상사급 거래에서 무상사급 거래로 바뀌었는데 가공단가는 같으므로 유상사급 거래 시 특정법인이 D에게 이익을 분여하였다.”라고 해석하는 것이 올바른 해석일 것이다.

3) 한편 양 법인의 거래 형태가 바뀌는 과정을 살펴보면, 2020. 10. 27. 양 법인이 임가공계약서를 작성하기 전까지는 서면 계약이 아닌 구두 약정에 따라 특정법인이 원자재를 구매하여 가공‧납품하며 부산물에서 발생하는 손실을 전적으로 부담하다가 점차 원자재를 사급 거래로 공급받으며 부산물 손실에 대한 부담이 줄어들었고, 2020. 11. 1.부터는 임가공 단가는 그대로 유지하면서 원자재를 100% 무상사급으로 전환하는 임가공계약으로 부산물 손실이 D으로 전부 이전되었으며, 2022. 5. 1.부터는 이 건 부과처분에 이르게 된 D의 세무조사 결과를 반영한 임가공계약 변경으로 공장 임대료를 낮춘 것은 부당하지만 가공단가 인상으로 인한 이익이 더 많아 결과적으로 불공정한 계약이 상당 부분 정상화되었다. 이러한 계약 변경은 특정법인에게 불리했던 불공정계약이 점차 정상화되는 과정에서 유상사급 거래가 무상사급 거래로 전환된 것인데, 조사청은 이를 마치 특정법인이 유상사급 거래에서 부당하게 이득을 취하다 무상사급 거래로 전환되며 정상화되었다고 판단한 것으로 보인다.

다. 조사청이 계산한 부산물 무상이전 분여이익은 거래의 실질과는 다르게 특정법인의 부산물은 적게, D의 부산물은 과다하게 자의적으로 계산됨에 따른 것으로 특정법인은 D의 부산물을 판매한 사실이 없다.

1) 조사청은 결산서 상의 부산물 재고량에 출하량을 가감하여 당해 사업연도 부산물생산량을 산출한 후 부산물 평균생산수율을 구하고, 이렇게 구한 평균생산수율을 양 법인의 당해 사업연도 철판 사용량에 곱하여 환산부산물생산량을 산출하였고, 그런 다음 출하량에서 환산부산물생산량을 차감한 수량에 판매단가를 곱하여 계산된 금액 2018년 435,246,079원(1,085,402㎏ × 401원), 2019년 61,562,985원(169,595㎏ × 363원)을 이익분여액으로 과세하였다. 조사청의 부산물 추정 출납내역은 아래 표1, 표2와 같다.

2) 상기와 같은 조사청의 과세처분은 2018년 사업연도의 부산물 판매수량이 결산서에 기재된 수량보다 세금계산서 수량이 많아지자 차이가 난 수량을 해당 연도에 발생한 것으로 보고 결산서상의 발생량에 단순 합산하여 부산물 수율을 계산함으로 인해 실제보다 높게 수율이 계산되었고, 이렇게 계산된 수율을 2018년도부터 본격적으로 증가한 무상사급 수량에 적용하여 D의 부산물 606,087㎏(조사팀 산정 당기 부산물생산량 8,412,627㎏ - 당기 철판사용량 23,849,142㎏ × 2018년 부산물 수율 32.733%)이 과다하게 계산되었으며, 2017년 사업연도 유상사급에서 발생한 부산물은 특정법인 소유이고 비정상적으로 낮게 적용한 부산물수율 18.43%를 납품대금 정산자료에서 확인된 실제 수율 31.03%로 수정하여 부산물 발생량을 다시 계산하게 되면 2018년 기초재고 수량이 2,215,450㎏ 증가하여 조사청이 과세한 2018년 사업연도 1,085,402㎏과 2019년 사업연도 169,595㎏의 부산물은 모두 특정법인의 부산물에 해당하게 된다. ⇒ 아래 수율과 부산물 발생량 계산 근거 참조

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3) 조사청의 논리대로 결산서상의 기초‧기말재고 수량과 세금계산서상의 판매수량을 근거로 당기 부산물발생량을 계산하려면 결산서상의 기초‧기말재고 수량이 실제와 같다는 전제조건이 있어야 하는데, 조사청이 계산한 것과 같은 방법으로 2013년 ∼ 2019년 사업연도의 부산물 발생량을 환산한 결과 사업연도별로 많은 차이가 있다. 반면, 특정법인의 생산공정에서는 같은 제품을 같은 방법으로 반복 생산하기 때문에 생산 일별로 생산 품목에 따라 차이가 있을 수 있겠으나 연간 생산 수율은 거의 일정하고 오차 범위가 미미하므로 조사청의 계산 방법은 비합리적이고 신뢰할 수 없다는 것을 알 수 있다.

4) 위와 같이 결산서상 재고 수량과 실제 판매량으로 당기 발생량을 역산해 보면, 조사청이 계산한 연도별 생산수율과 특정법인의 법인 결산자료로 계산한 연도별 생산수율의 편차는 모두 정상적인 제조업체의 생산공정에서는 발생할 수 없는 편차에 해당한다. 정상범위를 벗어난 큰 편차가 발생한 이유는 연도별 기초‧기말재고가 실제 재고와 차이가 있기 때문인데, 만약 조사청이 조사 시점의 재고를 실사하고 실사한 재고를 기준으로 역산하며 작업지시서에 표기된 실제 생산수율을 적용하여 발생량을 계산하고 이를 근거로 기초재고를 역산하였다면 분여이익으로 과세한 부산물은 2017년 이전에 발생한 특정법인의 부산물임을 알 수 있었을 것이다.

5) 설령 조사청이 과세하는 방식으로 부산물의 소유를 구분하는 것이 회계원칙에 부합할지라도 이는 특정법인이 D으로부터 받는 임가공비가 통상적인 단가보다 낮아 아래 표와 같이 제품매출에서 발생하는 손실을 부산물로 보전해 주었다고 보는 것이 합리적이라 할 것이다.

라. 설령 본세는 추징한다고 하더라도, 가산세는 ‘국세기본법’ 제48조제1항제2호의 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하므로 과세할 수 없다.

1) ‘국세기본법’ 제48조제1항제2호는 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있다.

가) ‘법인세법 시행령’ 제106조제1항제1호는 법인세 과세표준의 결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액 중 사외유출된 금액은 그 귀속자 등에게 상여‧배당‧기타사외유출‧기타소득으로 처분한다고 규정하고 있고, ‘소득세법 시행령’ 제192조제1항 및 제4항은 법인세법에 따라 배당‧상여 및 기타소득으로 처분하는 세무서장 또는 지방국세청장은 그 결정일 또는 경정일로부터 15일 이내에 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에 통지해야 하고, 해당 법인에 통지하였다는 사실을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다고 규정하고 있다.

나) ‘소득세법 시행령’ 제134조제1항 및 제7항은 종합소득과세표준 확정신고기한이 지난 후에 법인세법에 따라 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당‧상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음 다음 달 말일까지 추가 신고한 때에는 확정신고기한까지 신고한 것으로 보며, 추가신고 기한까지 세액을 납부하였을 때 확정신고기한까지 납부한 것으로 본다고 규정하고 있다.

다) 상기 규정은 법인세 과세표준의 결정 또는 경정으로 처분되는 소득금액은 애초 납세의무가 없었고 추가로 발생한 납세의무인 점을 고려하여 해당 법인 및 소득처분자에게 소득금액변동통지를 하도록 규정한 것이며, 납세자가 추가된 납세의무에 대하여 추가신고 기한까지 자진 신고하는 경우 무신고가산세를 부과하지 않고 있다.

라) 위와 마찬가지로 법인세 과세표준의 경정으로 특정법인과의 거래를 통한 증여의제 이익에 대하여 지배주주에게 증여세를 과세하는 경우 해당 특정법인 및 지배주주는 애초의 거래를 정상적인 거래로 인지하고 있었기 때문에 증여의제 이익에 대한 납세의무가 있다는 것은 전혀 생각할 수가 없고, 애초 납세의무가 없었던 상태에서 소득금액변동통지와 같은 납세의무 안내통지를 받지 않는 이상 추가로 납세의무가 발생한 사실을 인지할 수 없다. 따라서, 해당 특정법인 및 지배주주에대 한 아무런 통지도 없이 청구인 본인이 스스로 증여세를 신고납부할 것을 기대하기란 어려운 상황이다. 이는 ‘국세기본법’ 제48조제1항제2호 규정에 따른 가산세 감면사유인 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 따라서, 이 건 무신고가산세는 감면되어야 한다.

마) 또한, 법인세 결정‧경정으로 상여‧배당‧기타소득으로 처분되어 거주자에게 소득세 납세의무가 발생할 때에는 소득세법에 규정된 추가신고 규정을 근거로 추가신고 기한이라는 기한의 이익을 주는 반면, 가타사외유출로 처분되어 거주자에게 증여세가 과세되는 경우에는 상속세 및 증여세법에 소득세법과 같은 추가신고 규정이 없다는 것만으로 기한의 이익을 주지 않는 것은 세법 규정의 흠결을 납세자에게 전가하는 것으로 조세법의 기본원칙인 조세평등주의에도 어긋나는 것이다.

바) 예를 들어 법인이 대표이사로부터 부동산을 고가로 매입한 경우 시가초과액을 익금산입하고 상여로 처분하는 경우와 법인이 특수관계인 법인으로부터 부동산으로 고가로 매입한 경우 시가초과액을 익금에 산입하고 기타사외유출로 처분하는 경우(동시에 특정법인과 거래를 통한 이익의 증여의제에 해당하여 법인의 지배주주에게 증여의제 이익에 대한 증여세 과세)하는 경우는 같은 성격의 거래임에도 불구하고 상여처분 소득의 귀속자는 기한의 이익으로 가산세가 부과되지 않고, 증여의제 이익의 귀속자는 기한의 이익 없이 가산세가 부과되는 것은 과세형평에 맞지 않는다.

3. 조사청 의견

가. 의견에 앞서

1) 이 건 이익분여액의 적정성을 논하기에 앞서, 조사청이 2022년에 조사한 조사대상법인은 D이다. 조사청은 2022. 4. 12.부터 2022. 5. 31.까지 D의 2017년 ∼ 2021년 사업연도에 대한 세무조사를 실시하였고, D은 2022. 6. 2. 조사 결과에 대해 조기결정신청 후 고지세액을 전액 납부하였다.

2) 청구인이 제기한 부당행위계산부인 쟁점 2개(암대료 관련, 부산물 관련)는 2022년 조사 당시 D과 수차례에 걸쳐 자료를 제출받고 논의를 거친 끝에 산정된 금액으로, D은 이를 모두 시인하였으며, 확인서를 작성하였다.

3) D은 조사 종결 후 조사결과에 대하여 어떠한 불복도 청구하지 않았다. 확인서 작성, 고지세액 납부, 불복 미청구 사실 등을 볼 때 D은 세무조사 당시 청구인이 제기한 쟁점항목에 대해 이익분여 사실을 시인한 것임을 알 수 있다. 조사종결 이후 3년여가 지난 현재 시점에서 D의 세무조사 결과에 따른 이익분여액의 적정성을 다투는 것은 올바르지 않다고 사료된다.

나. 쟁점임대료는 D이 특수관계법인인 특정법인에게 산정 근거 없이 지급한 것으로, 조사청이 부당행위계산부인 등 관련 법령에 따라 산정한 시가는 정당함

1) 쟁점임대료는 ‘법인세법 시행령’ 제88조 및 제89조에 따라 부당행위계산부인 대상에 해당한다. 부당행위계산부인 적용 시 행위‧계산에 부당성이 있었는지는 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로서 세법적 측면에서 부당하다고 인정되는 거래를 말하는 것으로, ‘법인세법 시행령’ 제88조제3항에서 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 해당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있는바, D이 특정법인에 과다지급한 임대료는 상기 조건을 만족하므로 부당행위계산부인 대상에 해당한다.

2) 청구인은 쟁점임대자산의 당초 임대료는 D과 특정법인 간 합의에 따른 적정한 임대료로 조사청이 인용한 감정평가서의 임대료를 적용하는 것은 부적합하다고 주장하나, ① D은 세무조사 당시 임대차계약서 외에는 쟁점임대자산 임대료 산정과 관련한 어떠한 근거도 제시하지 못했으며, ② 조사청이 인용한 임대료 감정평가서는 조사 당시 임대료에 대해 ‘법인세법 시행령’ 제89조에 따른 시가 산정 시 D에서 직접 제출한 것이고, ③ 이는 쟁점임대자산의 바로 옆에 위치하고 동일한 제품을 생산하는 D 소유 공장에 대한 임대료를 감정평가한 것으로, 동 임대료 감정평가액은 쟁점임대자산의 적정 임대료와 가장 유사한 금액에 해당한다.

3) 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 적정임대료의 산정은 당해 부동산과 유사한 임대 실례를 비교하여 산정함이 타당하고, 유사 임대 실례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위 환경, 이용현황, 사용범위는 물론 임대(또는 임대보증금)를 형성하는 개별적인 요인과 인접 지역 내 다른 부동산의 대가격 등을 종합적으로 검토하여 합리적으로 계산함이 타당하다 할 것인바(조심 2012서0522, 2012. 4. 30. 외), 조사청이 시가 판단 근거로 제시한 감정평가서의 금액을 시가(적정임대료)로 봄이 타당하다.

4) 특수관계에 있는 내국법인 간의 부동산 임대차 거래에 있어 임대료의 시가는 ‘법인세법 시행령’ 제89조제1항, 제2항 및 제4항을 순차적으로 적용하여 산출한 금액에 따른다. 이에 조사청은 쟁점임대자산의 임대료 시가를 파악하기 위해 인근 제3자간 거래가액을 확인하였으나 부동산의 위치와 주위 환경, 이용 현황 등이 동일한 제3자 거래가액이 없었으며, 특정법인이 제3자에게 공장을 임대한 (유사)사례가 없고, 쟁점임대자산을 대상으로 하는 감정평가에 따른 임대료 감정도 없었는바, 세법이 규정하는 보충적 평가방법으로 적정한 쟁점임대자산 임대료를 산출하고자 하였다. 보충적 평가방법{(자산시가×50%-보증금)×정기예금이자율}을 준용하여 계산한 시가는 다음과 같다.

5) 이에 D은 조사 당시 쟁점임대자산의 바로 옆 공장 건물로 쟁점임대자산과 위치가 유사(D과 특정법인은 하나의 울타리 안에서 경계 없이 사업장을 운영)하고 이용현황이 동일한 충남 A시 공장건물의 감정평가서를 제출하였다. 조사청은 부동산의 위치와 주위 환경, 이용현황 등을 종합적으로 고려할 때 감정평가서의 임대료를 최종적으로 쟁점임대자산 임대료 시가로 보았으며, 이는 보충적 평가방법을 적용하여 계산한 것보다 납세자에게 유리한 결정이었다.

6) 청구인은 조사청이 인용한 임대료 감정평가서(이하 ‘인용감정평가서’라 한다)의 감정평가방법이 적절하지 않다고 주장하나, 인용감정평가서는 D에 납품한 불량기계설비 지연철거에 따른 부당점유면적에 대한 손실보상액을 산정하기 위한 목적으로 평가한 것으로서, 공신력 있는 감정평가법인이 객관성 및 공정성을 가지고 감정평가를 실시한 정당한 감정가액이다.

7) 청구인은 적산법으로 임대료를 평가하는 것 또한 적정하지 않다고 주장하나, 적산법은 임대료 감정평가방법인 임대사례비교법, 적산법, 수익분석법 중 하나로서 대상 물건의 기초가액에 기대이율을 곱하여 산정된 기대수익에 대상 물건을 계속하여 임대하는 데에 필요한 경비를 더해 물건의 임대료를 산정하는 방법으로, 유사한 임대 사례를 찾기 어려운 경우 특수한 용도의 부동산이나 대규모 부동산, 신규 개발지역이나 임대시장이 활성화되지 않는 지역 그리고 비교 가능한 임대사례 수익자료를 찾기 어려운 경우에 적합한 방법에 해당하여 적산법에 따라 감정평가한 임대료를 인용하여 산정한 쟁점임대자산 임대료 시가는 적정하다.

8) 청구인은 이 건 처분에 이의를 제기하며 D에게 임대하고 있는 쟁점임대자산에 대해 소급 감정평가를 의뢰하였으며, 소급감정액이 당초 임대료와 비슷한 수준이므로 당초 임대료가 적정하다고 주장하나, 국세청과 조세심판원은 조세법률주의에 근거하여 소급감정을 인정하지 않고 있다. 또한 대법원도 부과제척기간이 경과한 이후 양도소득세 감액을 목적으로 감정평가를 의뢰한 것은 객관적으로 이루어진 신빙성 있는 것이라 보기 어려우므로 소급감정가액을 시가로 인정하지 아니한다고 판시한 바 있다(대법원 2019두30997, 2019. 4. 25.).

9) 청구인은 이 건 처분 이전 과세전적부심사청구를 위해 쟁점임대자산에 대해 소급감정평가를 의뢰하였다. 소급 감정가액은 ‘법인세법 시행령’ 제89조제2항에 따른 시가로 인정되는 감정가액에 해당하지 아니하고, 쟁점임대자산 임대료의 지급일로부터 감정가액 평가서 작성일까지 약 8년이 경과한 현재 제출한 소급감정가액은 객관적이고 합리적인 금액으로 보기 어렵다. 따라서 조사청이 D을 대상으로 한 2022년 세무조사 당시 D이 제출한 인용감정평가서에 따른 감정가액을 시가로 보아 당초 임대료와의 차액을 부당행위계산부인 대상으로 하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

다. 특정법인의 D으로부터 유상사급으로 발생한 부산물(고철)과, 부산물의 발생량과 판매량 차액에 대해 산정한 이익분여액은 정당한 금액임

1) 구분

가) D과 외주가공업체인 특정법인 간 철판 외주가공 업무와 관련하여 2018년 중 유상사급에서 무상사급으로 외주가공형태가 전환되면서 가공과정에서 발생하는 부산물의 소유권이 특정법인에서 D으로 바뀌었음에도 외주가공단가는 동일한 점에서, 무상사급의 외주가공단가를 적정 시가로 보아 유상사급 기간 동안 특정법인이 가공한 철판 물량에서 발생한 부산물 가액만큼 이익분여액을 산정하였다.

나) D과 특정법인은 각자 발생한 부산물을 한 곳에 보관하여 특정 시점에 처분하고 있었고, 부산물의 소유 구분이 불명확하여 양 법인이 가공한 총 철판 물량 대비 부산물 수율을 구한 값을 각 법인에 적용하여 산출된 부산물 가액과 양 법인의 실제 부산물 매출액의 차이를 이익분여액으로 산정하였다.

2) 유상사급 관련 부산물 이익분여

가) 부산물은 유상사급의 경우 외주가공업체(이 건에서는 특정법인)에게, 무상사급의 경우에는 원청(D)에게 귀속되므로 유상사급에서 무상사급으로 전환되는 경우 외주가공단가가 높아지는 것이 일반적이다.

나) D과 특정법인 간 외주가공계약이 2018년 중 유상사급에서 무상사급으로 바뀌었음에도 단위당 외주가공 단가가 동일하여 조사청이 문제를 제기하였고, 조사대상자인 D은 2018년 중 무상사급으로 바뀐 후 조사착수일 현재까지 유지 중인 무상사급 단가가 적정 시가라고 주장하였다.

다) 따라서, 조사청은 2017년 ∼ 2018년 유상사급이던 시기의 D과 특정법인의 외주가공 단가가 과다한 것으로 판단하였고, 유상사급 기간 동안 특정법인이 가공한 철판에서 발생한 부산물 가액을 과다 금액으로 산정하였다.

라) 조사 당시 조사청이 산정한 부산물 이익분여 금액은 조사청이 일방적으로 계산한 금액이 아니라 조사대상자 D으로부터 제출받은 자료를 바탕으로 산출한 것으로, D으로부터 동 부산물 금액만큼 이익을 분여했다는 사실을 확인하는 확인서를 제출받는 등 부산물 이익분여 금액은 정당하게 산출된 금액이다.

마) 또한 청구인은 특정법인이 D으로부터 이익을 분여받은 것이 아니라 유상사급에서 발생한 부산물 손실을 보전받은 것이라 주장하며 연도별 거래대금 정산 현황을 제시하였지만, 이는 조사청이 D을 조사할 당시에는 제출하지 않은 자료이며 청구인의 주장 내용이 정확하게 이해되지 않아 반박하기가 어렵다.

3) 부산물 소유 구분에 따른 이익분여

가) D과 특정법인은 사업장 내 공터에 양 법인에서 발생한 부산물을 소유자 구분 없이 한곳에 모아두었다가 특정 시점에 판매하였다. 양 법인 모두 부산물 생산량을 따로 관리하지 않아 양 법인에서 발생한 부산물량을 구분‧특정할 수 없어 조사청은 양 법인에서 가공한 철판 물량의 합을 기준으로 부산물 수율값을 곱해 구한 값을 양 법인에 적용한 결과, D에서 생산된 부산물 대비 부산물 판매량이 적은 사실을 확인하여 D이 특정법인에 부산물을 무상이전하였다고 판단하였다.

나) 조사청은 조사대상자인 D이 제출한 자료를 바탕으로 소유 구분이 명확하지 않은 부산물의 귀속을 구분하였고, 연도별 부산물 시세를 적용하여 이익분여액을 합리적으로 산정하였다. 조사청이 산정한 이익분여액이 잘못되었다면 조사 당시 또는 종결 후 불복청구를 통해 문제를 제기하였어야 함에도 수년이 지나 당시 계산이 잘못되었다고 문제를 제기하는 것은 적절하지 않다.

라. 가산세 관련하여, 국세기본법이 규정한 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않음

1) 특수관계법인 간 임대료 과다, 부산물 관련 이익 분여에 따라 특정법인 지배주주(청구인)에게 ‘상속세 및 증여세법’ 제45조의5에 따른 증여이익이 발생하였고, 이에 따라 증여세를 신고할 의무가 있음에도 의무를 이행하지 아니하였으므로 무신고가산세를 적법하게 부과한 것이며, 법령의 부지나 착오 등은 의무위반을 탓할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는다.

2) 또한 과세전적부심사청구 당시 무신고가산세와 납부지연가산세 부과 적법 여부를 다투었었고, 납부지연가산세 부과 취소(채택)/무신고가산세 부과 정당(불채택)으로 판단된 바 있다.

<조사청 의견에 대한 청구인 항변>

가. 쟁점임대자산 임대료 이익분여 관련 항변

1) D이 세무조사 당시 임대차계약서 외에 임대료 산정과 관련한 아무런 근거도 제시하지 못하였으며, 조사청의 인용 감정평가서는 D이 제출한 것으로 쟁점임대자산과 가장 유사한 공장건물에 대한 결과로 인용 감정평가서의 임대료를 적정임대료로 과세하였다는 조사청 주장 관련 항변

가) 특정법인과 D 간의 임대차계약은 민법상의 계약으로 당사자의 합치로 성립하는 것이지 임대차계약의 조건에 따라 성립하는 법률행위에 해당하는 것이 아니므로 임대료의 산정 근거가 없다고 하여 임대차계약에 하자가 있는 것은 아니고, 이러한 당사자 간의 계약이 경제적 합리성과 조세의 공평성에 부합하는 지를 법률로써 규제하는 것이 법인세법상 ‘부당행위계산부인’ 규정인바 동 규정에 따라 임대료의 적정성을 판단하면 되는 것이고, 판단의 기준이 되는 ‘적정임대료’에 대한 입증의 책임은 조사청에 있는바 임대료 산정에 대한 구체적인 근거가 없다 하여 부당행위계산부인의 판단 근거가 될 수는 없다.

나) D은 세무조사 당시 인근 공장의 임대 광고사례를 들어 쟁점임대자산 임대료의 정당성을 주장한 사실이 있는바 근거를 제시하지 않았다는 조사청의 주장은 사실과 다르고, 또한 동 임대 광고사례는 쟁점임대자산과 건물 구조만 같을 뿐 규모가 작고 시설장치가 전혀 없는데도 평당 임대료가 쟁점임대자산 임대료의 2배에 이르고, 조사청이 인용한 임대료와는 7배 정도의 차이가 있다.

다) 조사청은 조사청이 인용한 감정평가 임대료는 쟁점임대자산의 바로 옆에 있는 D의 건물로 이용현황이 같아 쟁점임대자산의 적정 임대료와 가장 유사한 임대료에 해당하고 임대물건의 개별적 용인과 인접 지역 내의 다른 부동산 임대료 등을 종합적으로 검토하여 합리적으로 계산한 정당한 임대료라고 주장하나, 조사청의 주장과는 다르게 조사청이 인용한 감정평가 임대료는 쟁점임대자산과 건물구조만 같을 뿐 평가목적과 내부 시설장치 등 평가대상이 상이하여 유사 임대사례에 해당하지 않고 D이 제시한 인근 임대사례와도 많은 차이가 있어 조사청의 주장은 객관적 사실관계와 많은 차이가 있는 것으로 확인된다. 아울러 쟁점임대자산의 적정 임대료에 대한 입증책임이 조사청에 있음에도 어떻게 이러한 처분이 있을 수 있었는지 의문이 따를 뿐이다.

2) 조사청이 인용한 임대료 감정평가서는 공신력 있는 감정평가법인이 적산법으로 평가한 가액으로 객관성과 공정성을 가진 정당한 가액이고, 청구인은 적산법으로 임대료를 평가하는 것은 적정하지 않다는 조사청 주장 관련 항변

가) 청구인은 조사청 인용 감정평가서의 평가방법이 적산법인 것이 적정하지 않다고 주장하지 않았으며, 청구인이 주장하는 것은 감정평가의 평가목적과 평가대상에 차이가 있어 인용 감정평가서의 임대료를 적정 임대료로 판단하는 것은 적정하지 않다는 것이다.

나) 청구인이 제출한 감정평가서 또한 적산법으로 평가한 것으로 평가방법에 있어서는 조사청 인용 감정평가서와 동일하다. 인용 감정평가서는 납품한 불량기계의 지연 철거에 따른 부당점유 손실보상액을 산정하기 위한 임시적 이용에 대한 평가로, 표준적 이용에 해당하는 쟁점임대자산과는 평가에 적용하는 기대이율에 차이가 있고, 쟁점임대자산과는 다르게 시설장치가 포함되어 있지 않아 평가대상에 차이가 있는 것은 분명한 사실인바, 이처럼 쟁점임대자산과 유사성이 없는 인용 감정평가서의 임대료를 가지고 산정한 조사청의 임대료는 정당하지 않다는 것이다.

3) 청구인이 과세처분에 대응하는 과정에서 평가한 임대료는 소급감정에 의한 것으로 국세청 및 조세심판원에서는 조세법률주의에 근거하여 소급감정을 인정하지 않고 있다는 조사청 주장 관련 항변

가) 조사청이 제시한 소급감정을 인정하지 아니한다는 예규는 법인세법에서 시가로 인정하는 감정평가액에 대한 정의를 설명한 것이고, 대법원 판례는 상속세 및 증여세법은 재산의 가액을 상속개시 당시 및 증여 당시의 시가에 따르도록 하여 시가 평가를 원칙으로 규정하고 시가로 인정하는 가격과 평가기간을 법으로 규정하며 평가기간을 벗어나 소급하여 감정한 가액은 시가로 인정하지 아니한다는 것으로, 이는 조사청의 주장과 부합하지 아니하거나 이 건과는 관련이 없는 사례에 해당한다.

(1) 법인세과-144(2013. 3. 12.) 예규는 법인이 개인 주주로부터 토지를 무상으로 취득하고 취득일 이후 감정평가한 가액을 법인세법상의 취득가액으로 볼 수 있는지에 대해 법인세법에서 취득 당시의 시가에 해당하는 감정가액이란 ‘거래 당시의 시가를 감정한 가액’을 말한다라고 답변한 것으로 소급감정을 인정하지 아니한다는 조사청의 주장에 부합하는 사례에 해당하지 아니하고, 오히려 소급감정평가액을 객관적 교환가격으로 보아 시가로 인정하여야 한다는 청구인의 주장에 부합하는 사례에 해당한다.

(2) 재법인22601-2287(1990. 12. 4.) 예규는 법인이 부동산을 저가로 양도한 후 평가한 소급감정평가액을 ‘구 법인세법 시행규칙’ 제16조의2에 따른 ‘감정한 가액’으로 볼 수 있는지에 대해 ‘감정한 가액’의 정의를 설명한 것일 뿐 소급감정을 인정하지 아니한다는 사례에 해당하지 않는다.

(3) 대법원 2019두30997(2019. 4. 25.) 판례는 상속세 부과제척기간이 경과한 이후 양도소득세 감액을 목적으로 상속받아 양도한 토지에 대하여 상속개시일을 기준시점으로 소급하여 감정평가하고 상속세 결정가액이 양도소득세 취득가액이 된다는 규정에 따라 소급감정가액을 취득가액으로 신고한 것에 대해 소급감정을 인정하지 아니한 사례로, 상속세 및 증여세법은 평가기간 이후 취득 당시로 소급한 감정평가는 인정하지 않고 있는바 이에 대한 정당한 판례로 이 건과는 관련이 없다.

나) 반면 청구인이 제시한 판례는 소득세법 및 법인세법의 부당행위계산부인 규정의 ‘시가’에 대한 다툼에 관한 것으로 양도가액을 감정평가액으로 과세한 처분에 대해 불복과정에서 재감정한 가액으로 과세하고, 거래당사자의 합의로 결정한 임차료를 부인하고 보충적 평가방법으로 과세한 처분에 대해 감정평가액 등의 시가로 과세하도록 결정하거나 조사과정에서 소급감정한 임차료로 과세한 것에 대한 사례로, 소급하여 감정한 가액을 모두 시가로 인정하고 있다.

(1) 대법원 2013두2334(2013. 5. 24.)와 대법원 2010두28328(2012. 5. 24.)는 같은 사건에 대한 판례이며, 동 판례들은 개인이 특수관계법인에 개별공시지가로 양도한 토지의 양도가액을 저가 양도로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 대출목적으로 평가한 감정가액을 시가로 보아 과세한 처분에 대해 대출목적으로 평가한 감정가액이 과다하게 평가되었다는 조세심판원 결정에 따라 처분청이 소급감정한 가액으로 다시 과세한 처분 관련하여 소급하여 감정한 가액을 시가로 인정한 처분청 승소 판례로, 청구인의 주장과 일치하는 사례에 해당한다.

(2) 조심2019광0798(2019. 5. 21.) 심판례는 개인이 특수관계에 있는 법인으로부터 병원을 임차하고 지급한 임차료에 대하여 유사한 임차사례와 임차료에 대한 감정 사실이 없어서 시가를 알 수 없는 경우에 해당된다고 보아 ‘법인세법 시행령’ 제98조제4항제1호를 준용하여 평가한 보충적 평가액으로 과세한 것에 대해, 부당행위계산부인규정을 적용 시 기준이 되는 ‘시가’에 대한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에 있고, 이때 시가는 당해 부동산과 유사한 임차사례를 비교하여 산정하여야 하며, 임차사례가 없는 경우에도 감정가액 또는 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상의 실태, 사용범위는 물론 임차료를 형성하는 개별적인 요인과 인접 지역 내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하여 합리적으로 결정하여야 한다는 과세관청 패소 사례로 청구인의 주장과 차이가 없다.

(3) 조심 203서9518(2024. 1. 4.) 심판례는 특수관계인에 해당하는 임차인에 대한 세무조사 과정에서 임차인은 처분청의 임차료 과다지급 지적에 대응하여 소급하여 감정한 임대료를 적정임대료로 주장하였고 이에 대해 처분청은 소급감정한 임대료를 적정임대료로 인정한 후 이를 근거로 임대인에게 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과소신고한 임대료를 과세한 것에 대해 임대인이 소급감정한 임대료를 시가로 볼 수 없다고 주장하자, ‘법인세법 시행령’ 제89조제1항제1호에 따라 감정평가법인이 감정한 가액을 시가로 볼 수 있다 할 것이고, 해당 규정에는 감정평가의 기간 등에 대한 제한을 두고 있지 아니하므로 소급하여 감정한 가액도 시가로 인정된다는 처분청 승소사례로 청구인의 주장과 일치하는 사례에 해당한다.

나. 부산물 이익분여 관련 항변

1) 유상사급에서 무상사급으로 전환되는 경우 외주가공단가가 높아지는 것이 일반적이라는 조사청 주장 관련 항변

가) D과 같이 철판을 절단하여 부품의 형상을 제작하는 가공공정에서는 상품화되지 못하는 고철이 다량으로 발생하게 되어 이에 대한 손실을 어떻게 보전하는지가 거래형태와 납품단가를 결정하는 주된 요인으로 작용한다. 그래서 외주업체가 철판을 직접 구매하거나 발주처로부터 구매하여 가공 후 납품하는 납품계약(유상사급)에서는 부산물에서 발생하는 손실을 재료비와 가공비에 반영하여 임가공계약(무상사급)과의 차이를 조정하게 되는데, 이때 부산물 손실을 재료비에 반영하여 보전하게 되면 납품계약과 임가공계약의 가공단가는 동일하게 되고, 가공단가에 반영하게 되면 납품계약의 가공단가가 높아지게 된다.

나) 따라서 특정법인과 같은 외주업체의 경우 통상적으로 부산물 손실에 대한 부담과 발주처와의 마찰을 회피하기 위해 임가공계약(무상사급)을 선호하게 되는데, 조사청은 마치 철판을 유상으로 구매하는 것이 무상으로 공급받는 것보다 유리한 것처럼 거래의 실질을 오인하고 있다.

2) 조사청은 D으로부터 제출받은 자료를 바탕으로 이익분여액을 산출하였고, 산출된 이익분여액을 D이 인정한 것이라는 주장 관련 항변

가) 유상사급 거래에서 발생한 부산물의 귀속을 판단하기 위해서는 유상사급으로 거래한 철판의 중량과 금액, 납품한 중량과 금액, 가공과정에서 발생한 부산물의 중량과 손실액 등 거래물량과 대금의 정산에 대한 검토가 있었어야 하며, 만약 이렇게 검토하였다면 양 법인 간의 거래 정산에 사용한 유일한 자료로 납품한 제품의 종류와 수량, 무게 등 매월 생산현황이 모두 기재되어 있는 청구인이 제출한 ‘거래명세서 월별 집계 현황’ 자료를 보았어야 했는데, 조사청은 이를 세무조사 당시에는 제출하지 않은 자료라고 주장하고 있어 어떤 근거로 분여이익을 산정하였다는 것인지 알 수가 없고, 조사청이 주장하는 분여이익 산출근거는 단순히 유상사급 거래에서 발생한 부산물의 수량과 금액을 산출한 것으로 그것이 과세근거가 될 수는 없다.

나) D이 부당한 과세처분에 대해 수긍한 것은 특정법인이 유상으로 구매한 철판에서 발생하는 부산물 손실에 대해 지속적으로 보전을 요청하여 불공정계약의 개선을 요구하는 과정에서 세무조사를 이용 계약관계의 정당성을 주장하기 위해 그동안 불공정계약으로 착취한 이익을 마치 분여한 것처럼 가장하기 위한 것임이 양 법인간의 계약이 납품계약에서 임가공계약으로 변경되는 과정을 보아도 쉽게 알 수 있다.

3) “청구인이 D으로부터 이익을 분여받은 것이 아니라 유상사급에서 발생한 부산물 손실을 보전받은 것이라 주장하였다.”라는 조사청 주장 관련 항변

 청구인은 유상사급 거래에서 발생한 부산물은 특정법인이 구매한 철판에서 나온 부산물로 본래부터 특정법인의 소유이기 때문에 이익분여의 대상이 될 수 없고, 철판구매단가와 부산물 판매단가의 차이에서 발생하는 부산물 손실을 납품대금 정산 시 소재비에 가산하여 정산받았다고 주장한 것이지, 유상사급 거래에서 발생한 부산물을 판매하여 유상사급에서 발생한 부산물 손실을 보전받았다고 주장한 것이 아니다.

다. 조사청이 계산한 이익분여액이 잘못되었다면 세무조사 당시 또는 조사 종결 후 불복을 통해 문제를 제기했어야 함에도 수년이 지나 당시 계산이 잘못되었다고 문제를 제기하는 것은 적절하지 않다는 조사청 주장에 대한 항변

1) 청구인은 이 건 처분이 진행되기 전까지는 세금이 부과된다는 사실을 안내받거나 통지받은 사실이 없을뿐더러, D 세무조사의 당사자도 아니었으며, 과세요건 사실에 대해 불복할 절차적 지위도 없었다. D이 조사 결과에 대해 과세의 정당성을 다투지 않아 D에 대한 과세가 확정된 것은 맞지만 그렇다고 해서 과세요건 사실이 정당한 것으로 확정된 것은 아닐 것이다. 조세법률주의에 의한 과세처분은 그 상대방인 납세의무자에 대하여 개별적으로 그 적법성이 판단되어야 하는바 청구인이 청구인에 대한 과세처분에 대해 납세자로서의 권리를 주장하는 것은 정당한 것이고, 지금에 와서 문제를 제기하는 것은 적절하지 않다는 조사청의 주장은 조세법률주의에도 맞지 않다.

2) 국세부과원칙 중 하나인 근거과세의 원칙에 의하면 세법에 따른 과세표준과 세액의 결정은 납세자가 비치‧기장한 장부와 이에 관계되는 증빙서류에 의하여야 한다고 규정하고 있으며, 이는 과세처분이 객관적이고 합리적 근거에 기초하여 이루어져야 한다는 것이다.

3) 특정법인이 D으로부터 이익을 분여받았다면 청구인의 이 건 과세처분을 받아들일 수 있지만 앞서 계속 주장한 바와 같이 특정법인은 D과의 거래에서 이익을 분여받은 사실이 없기에 이 건 처분은 청구인 입장에서는 부당한 처분일 수밖에 없으며, 조사청이 계산한 이익분여액이 잘못되었다는 청구인의 주장은 객관적인 증거자료에 의한 것으로 납세자의 정당한 권리인 동시에 근거과세의 원칙에도 부합하는 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

(주위적 쟁점①) 조사청이 산정한 임대료를 바탕으로 결정한 이익분여액의 적정 여부

(주위적 쟁점②) 유상사급 및 부산물 무상이전 관련하여 산정된 이익분여액의 적정 여부

(예비적 쟁점) 무신고가산세는 감면되어야 한다는 주장의 당부

나. 관련법령

1) 상속세 및 증여세법 제45조의5 【특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제】

① 지배주주등의 주식보유비율이 100분의 30 이상인 법인(이하 이 조 및 제68조에서 "특정법인"이라 한다)이 지배주주 및 그 특수관계인과 다음 각 호에 따른 거래를 하는 경우에는 거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 본다. <개정 2023. 12. 31., 2025. 3. 14., 2025. 12. 23.>

1. 재산 또는 용역을 무상으로 제공받는 것

2. 재산 또는 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 양도ㆍ제공받는 것

3. 재산 또는 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 높은 대가로 양도ㆍ제공하는 것

3의2. 불균등 감자 등 대통령령으로 정하는 자본거래를 통하여 이익을 분여 받는 것

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 거래와 유사한 거래로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 증여세액이 지배주주등이 직접 증여받은 경우의 증여세 상당액에서 특정법인이 부담한 법인세 상당액을 차감한 금액을 초과하는 경우 그 초과액은 없는 것으로 본다.

③ 제1항에 따른 지배주주의 판정방법, 증여일의 판단, 특정법인의 이익의 계산, 현저히 낮은 대가와 현저히 높은 대가의 범위, 제2항에 따른 초과액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

[전문개정 2019. 12. 31.]

2) 상속세 및 증여세법 시행령 제34조의5 【특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제】

① ∼ ③ (생략)

④ 법 제45조의5제1항에서 "특정법인의 이익"이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다. <개정 2025. 5. 7.>

1. 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 재산을 증여하거나 해당 법인의 채무를 면제ㆍ인수 또는 변제하는 경우: 증여재산가액 또는 그 면제ㆍ인수 또는 변제로 인하여 해당 법인이 얻는 이익에 상당하는 금액

나. 법 제45조의5제1항제3호의2에 따른 자본거래의 경우: 제2항 각 호의 거래 유형에 따라 법 제38조, 제39조, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2, 제42조의2, 이 영 제28조제3항부터 제7항까지, 제29조제2항, 제29조의2, 제29조의3, 제30조제1항ㆍ제2항ㆍ제5항, 제31조의2제2항 및 제32조의2를 준용하여 계산한 이익에 상당하는 금액

다. 가목 및 나목 외의 경우: 제7항에 따른 시가와 대가와의 차액에 상당하는 금액

2. 가목의 금액에 나목의 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 특정법인의 「법인세법」 제55조제1항에 따른 산출세액(같은 법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다)에서 법인세액의 공제ㆍ감면액을 뺀 금액

나. 제1호에 따른 이익이 특정법인의 「법인세법」 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액에서 차지하는 비율(1을 초과하는 경우에는 1로 한다)

⑤ 법 제45조의5제1항을 적용할 때 특정법인의 지배주주와 그 친족(이하 이 조에서 "지배주주등"이라 한다)이 증여받은 것으로 보는 경우는 같은 항에 따른 증여의제이익이 1억 원 이상인 경우로 한정한다. <개정 2020. 2. 11., 2025. 2. 28.>

⑥ (생략)

⑦ 법 제45조의5제1항제2호 및 제3호에서 "현저히 낮은 대가" 및 "현저히 높은 대가"란 각각 해당 재산 및 용역의 시가와 대가와의 차액이 시가의 100분의 30 이상이거나 그 차액이 3억 원 이상인 경우의 해당 가액을 말한다. 이 경우 금전을 대부하거나 대부받는 경우에는 법 제41조의4를 준용하여 계산한 이익으로 한다. <개정 2020. 2. 11., 2025. 5. 7.>

⑧ 제7항을 적용할 때 재산 또는 용역의 시가는 「법인세법 시행령」 제89조에 따른다. <개정 2019. 2. 12.>

(이하 생략)

3) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. <개정 2011. 12. 31., 2018. 12. 24.>

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. <개정 2011. 12. 31., 2018. 12. 24.>

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2011. 12. 31., 2018. 12. 24.>

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018. 12. 24.>

[전문개정 2010. 12. 30.]

4) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2005. 2. 19., 2006. 2. 9., 2007. 2. 28., 2008. 2. 22., 2008. 2. 29., 2009. 2. 4., 2010. 2. 18., 2010. 6. 8., 2011. 6. 3., 2012. 2. 2., 2016. 2. 12., 2018. 2. 13., 2019. 2. 12., 2020. 2. 11., 2021. 2. 17., 2025. 12. 30.>

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. ∼ 6. (생략)

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 재정경제부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.

(이하 생략)

5) 법인세법 시행령 제88조 【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 생략). <개정 2007. 2. 28., 2009. 2. 4., 2012. 2. 2., 2021. 2. 17., 2023. 2. 28., 2025. 12. 30.>

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. <개정 2002. 12. 30., 2003. 12. 30., 2005. 2. 19., 2010. 12. 30., 2013. 2. 15., 2014. 2. 21., 2016. 2. 12., 2016. 8. 31., 2017. 2. 3., 2018. 2. 13., 2019. 2. 12., 2021. 2. 17.>

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. (단서 생략)

③ (생략)

④ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다. <개정 2000. 12. 29., 2001. 12. 31., 2012. 2. 2., 2021. 2. 17.>

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

(이하 생략)

6) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. <개정 2018.12.31, 2020.12.22>

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(이하 생략)

7) 국세기본법 시행령 제28조 【가산세 감면 등】

① 법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <신설 2019. 2. 12., 2021. 2. 17.>

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

(이하 생략)

8) 국세기본법 제47조의4 【납부지연가산세】

① ∼ ② (생략)

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항제1호 및 제2호의 가산세(법정납부기한의 다음 날부터 납부고지일까지의 기간에 한정한다)를 적용하지 아니한다. <개정 2013. 6. 7., 2014. 12. 23., 2015. 12. 15., 2017. 12. 19., 2018. 12. 31., 2020. 12. 22., 2020. 12. 29., 2023. 12. 31.>

1. ∼ 3. (생략)

4. 「법인세법」제66조에 따라 법인세 과세표준 및 세액의 결정ㆍ경정으로 「상속세 및 증여세법」제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따른 증여의제이익이 변경되는 경우(부정행위로 인하여 법인세의 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하는 경우는 제외한다)

(이하 생략)

다. 조사내용

1) 국세통합전산망을 통해 확인한 특정법인과 D의 2021년말 기준 주주 현황은 다음과 같다.

2) 청구인에게 부과된 특정법인과의 거래를 통한 증여의제이익 관련 증여세 산정내역은 다음과 같다.

※ 조사청이 D 세무조사를 통해 확정한 D의 부당행위계산부인 규정 적용 내역은 다음과 같으며, 이를 근거로 하여 청구인의 지분율을 반영한 이 건 증여의제이익을 산정하였음

3) 특정법인의 매출은 철판을 가공하여 D에게 납품하는 매출(제품매출), D으로부터 수취하는 쟁점임대자산 임대료 매출(부동산임대수입), 철판가공 중 발생하는 부산물 판매 매출 등(기타매출)으로 구성된다. 특정법인이 D에게 청구하는 제품매출(D의 입장에서는 외주가공비)은 소재비, 절단비, (2차)가공비로 구성된다.

* 오랜 기간이 지나서 청구인과 조사청 모두 당시의 단가를 확인할 수 있는 직접적인 자료를 제시하지는 못하였지만, 2018. 2. 양 법인 간 거래 방식이 유상사급에서 무상사급으로 전환된 것과, 외주가공비(절단비, 2차가공비 등을 포함하는 전체 비용)단가의 변화는 없었음은 청구인과 조사청 간 이견이 없음

4) 특정법인(임대인)과 D(임차인) 간 쟁점임대자산 임대차 관련하여 확인된 사실은 다음과 같다.

가) 특정법인이 2017년 ∼ 2021년 기간 동안 D으로부터 수취한 임대료(부가가치세 제외)는 월 60,500,000원, 총 3,630,000,000원이다(순 임대료에 전력, 가스비가 포함된 금액).

* 특정법인과 D은 D의 세무조사 결과를 감안하여 2022년 쟁점임대자산 임대차계약서를 새로 작성하였음

나) 조사청은 D에 대한 세무조사 시 D이 제출한 쟁점임대자산과 인접하고 이용현황이 동일하며 쟁점임대자산에서 생산하는 제품과 유사한 제품을 생산하는 D 사업장 내에 소재하는 소재 D 소유의 공장건물 감정평가서(2021. 5. 26.자)의 가액을 바탕으로 쟁점임대자산의 임대료를 산정(총 627,375,940원)한 후, 특정법인이 D으로부터 수취한 임대료 총 3,630,000,000원에서 전력비 및 가스비를 제외한 금액과 산정한 임대료와의 차액에 부당행위계산부인을 적용하였다.

* 상기 산정내역의 (연간)기본 임차료를 월별로 산정(÷12)한 내역은 다음과 같음(‘평당’ 월 임차료는 쟁점임대자산 공장건물 평수 2,420평을 적용하여 산정)

다) 이 건 이의신청 청구 시점에 청구인이 제시한 자료는 다음과 같다.

(1) 청구인은 조사청이 인용 감정평가서를 바탕으로 산정한 임대료는 부당하다고 주장하며 작성일자가 2025. 5. 29.인 쟁점임대자산 감정평가서를 제시하였다. 감정평가는 적산법을 사용하여 이루어졌으며(기대이율 토지 2%, 건물 3%), 감정평가 결과 2017년 ∼ 2021년 기간 동안의 총 임대료는 1,832,001,600원이다.

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(2) 청구인이 제시한 쟁점임대자산 임대료 (소급)감정평가서에는 평가대상에 공장 내의 기계장치가 포함되어 있다. 조사청이 인용한 인근 공장 감정평가대상에 기계장치는 포함되어 있지 않은데, 청구인은 기계장치 또한 쟁점임대자산에 포함되는 것으로 적정 임대료를 산정함에 있어 반영되어야 한다고 주장한다.

(3) 청구인은 이 건 이의신청 청구 시 충남 A시 소재 공장 등의 임대사례(광고)들을 제시하였다.

5) 사급거래 및 부산물 무상이전 관련하여 확인된 사실을 정리하면 다음과 같다.

가) 조사청의 이익분여액 산정 내역은 다음과 같다.

(1) 조사청은 외주가공거래 시 무상사급인 경우 유상사급보다 외주가공단가가 높은 것이 일반적이라는 논리를 기반으로 하여, 특정법인(외주가공처)과 D(발주처) 간 외주가공단가는 동일한 상태로 당초 유상사급에서 2018년 중 무상사급으로 변경된 사실관계에서 조사당시 D의 주장대로 무상사급의 외주가공단가를 적정 단가로 보아 유상사급 기간에 D이 특수관계법인인 특정법인에게 외주가공비를 적정 가액보다 과다지급하여 이익을 분여한 것으로 판단하고, 유상사급 기간 동안 특정법인이 가공한 총 철판 물량에서 발생한 부산물 가액만큼을 이익분여액으로 산정하여 부당행위계산부인 규정을 적용하였다.

(2) 조사청은 D과 특정법인이 각 법인 소유의 부산물을 소유자 구분 없이 같은 장소에 보관하였다가 구분 없이 판매하였던 사실관계에서, D에서 생산된 부산물량 대비 부산물 판매량이 적은 것으로 확인(양 법인에서 가공한 철판물량의 합을 기준으로 부산물 수율값을 곱해 구한 값을 양 법인에 적용)하고 D이 D 소유의 부산물을 특수관계법인인 특정법인에게 무상으로 이전하였다고 판단하여 부당행위계산부인 규정을 적용하였다.

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* 특정법인의 2018년 세금계산서상 부산물 매출량(7,171,330kg)과 결산서상 수불부의 매출량(5,893,186kg)은 차이가 있는데, 조사청은 부산물 무상이전 관련 분여이익 산정 시 실제 매출로 신고된 금액인 세금계산서상 부산물 매출을 반영하였음

나) 청구인의 주장을 정리하면 다음과 같다.

(1) 청구인은 유상사급 거래에서의 부산물은 애초에 외주가공처인 특정법인의 소유이므로 이익분여 관련 과세대상에 해당하지 않고, 거래가 유상사급과 무상사급의 사급 단가가 동일했던 것은 실제로 유상사급 거래 중 발생한 손실 일부를 보전해주는 효과로 불공정한 거래구조의 개선이며 이는 이익분여 관련 과세대상에 해당하지 않는 것으로 보는 게 합리적이라고 주장한다.

(2) 청구인은 조사청이 산정한 부산물 무상이전 관련 분여이익은 그 산정 내역에 오류가 있어 부당하다고 주장한다.

(가) 조사청은 20108년 철판사용량 대비 부산물 수율을 철판사용량 대비 결산서 상 부산물 생산량의 비율인 35.27%로 산정하였으나, 청구인은 2018년 부산물 수율로 철판사용량 대비 철판사용량에서 철판 가공품 중량을 차감한 중량의 비율인 32.73%를 제시하였다.

* 청구인과 조사청이 부산물 산정 수율 산정에 반영한 철판사용량은 2018년 23,849,142kg으로 동일함

(나) 청구인은 동일한 방식으로 전년도인 2017년의 부산물 수율을 31.03%로 산정하였고, 산정한 수율을 적용한 2017년의 부산물 생산량은 6,011,810kg으로 특정법인의 2017년 결산서상 부산물 발생량인 3,796,360kg보다 2,215,450kg이 많으며, 따라서 조사청이 2018년 D이 특정법인에게 무상이전한 것으로 본 부산물 1,085,402kg은 당초부터 특정법인의 소유였다는 주장을 제시하였다.

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6) 심리담당은 청구인에게 2017년 ∼ 2018년 기간 적용된 D과 특정법인 간 사급거래 관련 계약서를 제시해줄 것을 요청하였으나, 청구인은 동 기간에는 별도의 서면 계약서 작성 없이 구두계약으로 양 법인 간 거래가 이루어졌으며, 2020. 10. 27.자로 최초 서면계약서(임가공계약서-무상사급)를 작성하였다고 답하였다.

* 2020. 10. 27자 계약서에는 임가공단가가 명시되어 있지 않고, 이후 2022. 5. 1.자로 작성된 계약서에는 계약서의 특약사항에 단가가 명시되어 있음

7) 이 건 이의신청 전 청구인의 과세전적부심사청구 시 다른 쟁점은 불채택되었지만, 납부지연가산세를 감면하여야 한다는 청구는 채택된 바 있다.

라. 판단

    먼저 조사청이 산정한 쟁점임대자산의 임대료는 적정임대료에 해당하지 않으므로 이를 바탕으로 하여 청구인에게 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 규정에 따른 증여세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

   쟁점임대자산의 공장 건물 내에는 고가의 기계 설비가 다수 설치되어 있고 임차인인 D이 이를 사용한 것으로 보이는바 쟁점임대자산의 임대료에는 동 기계 설비에 대한 임대료가 포함되어야 함이 합리적인 것으로 판단되나, 조사청이 쟁점임대자산의 적정임대료로 인용한 D 소유의 유사 용도 인접 공장의 임대료 감정평가서에는 기계 설비 임대료에 대한 감정평가는 포함되어 있지 않은 것으로 확인되는 등 이를 쟁점임대자산의 적정임대료를 산정하는 데 직접 인용하기는 어려워 보인다.

   청구인은 ‘시가’는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로 평가한 가액도 포함하는 개념으로서 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하더라도 달라지지 않는 것(대법원 2010두28328, 2012. 5. 24. 같은 뜻)이라고 주장하면서 이 건 이의신청 심리 중 쟁점임대자산 임대료 (소급)감정평가서를 제시하였고, 동 감정평가에는 상기 언급하였던 기계 설비 임대료 관련 감정평가가 포함되어 있는 등 평가대상이나 평가목적이 쟁점임대자산의 적정임대료를 산정하는데 비교적 적합한 것으로는 보이나, 이는 이 건 증여세 부과처분 이후 불복과정에서 사후적으로 작성된 것이고 증여세 부과대상시점(2017년 ∼ 2021년) 당시의 쟁점임대자산의 개별적 특성이나 인근 시장 상황을 정확히 반영한 것인지는 검토가 필요한 것으로 보이는바, 이 건 쟁점임대자산의 적정임대료 산정에 있어 직접적인 기준으로 삼기는 어려워 보인다.

 이상의 관련 사실관계를 종합할 때 쟁점임대자산과 인접한 공장건물의 임대료 감정평가 결과를 인용하여 조사청이 산정한 임대료를 바탕으로 한 이익분여액에 대한 증여세 부과처분은, 실제 임대 대상이 되는 자산과 그 자산에 대한 적정임대료 산정에 필요한 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 청구인의 증여세를 경정하여야 할 것으로 판단된다.

   다음으로 조사청이 특정법인과 D 간 사급거래 중 유상사급 기간에 D이 특정법인에게 특정법인이 가공한 철판에서 발생한 부산물 가액만큼 외주가공비를 과다하게 지급하고, 철판 가공 중 발생한 D의 부산물 판매이익을 특정법인에 분여한 것으로 보아 이와 관련하여 특정법인의 지배주주인 청구인에게 증여의제이익에 대한 증여세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

   청구인은 D과 특정법인 간 외주가공거래 형태가 유상사급에서 무상사급으로 전환되었음에도 가공비 단가가 동일한 이유는 유상사급 시기에 발생한 특정법인의 손실 일부를 보전하기 위함이었다고 주장하나, 이는 특정법인 입장에서의 결과론적인 추정일 뿐 명확한 손실보전 여부와 이에 따른 가공비 단가산정과의 연관성을 확인할 수 있는 증빙자료는 제시되지 않는 등 청구주장이 타당한지 객관적으로 확인되지는 않는 것으로 보이고, 유상사급에서 무상사급으로 거래구조가 전환되는 경우 가공비 단가가 상승하는 것이 일반적이라는 조사청의 기본 전제가 이 건 이익분여액 산정에 그대로 적용될 수 있는 것인지에 대하여도 D과 특정법인 간 거래의 여러 제반 상황을 반영한 추가적인 검토가 필요해 보인다.

 또한 조사청이 산정한 부산물 무상이전 관련 이익분여액 관련하여 청구인은 조사청의 이익분여액 산정에 오류가 있다고 주장하나 조사청과는 다른 가정을 통해 조사청의 산정 결과를 단순 부정하는 것에 그칠 뿐 특정법인이 D으로부터 부산물을 무상으로 이전받지 않았다는 사실을 명확하게 입증할 수 있는 근거자료 등을 제시하지는 못하고 있는 것으로 보이며, 조사청이 특정법인의 결산자료 등을 토대로 산출한 부산물 생산율은 2017년 약 18%, 2018년 약 35%로 일정하지 않고 연도마다 변동이 다소 심한 것으로 확인되는바, 이를 바탕으로 산정한 부산물 무상이전 관련 이익분여액을 그대로 신뢰하기는 어려워 보인다.

   이상의 관련 사실관계를 종합할 때 특정법인과 D 간 사급거래 중 유상사급 시기에 D이 특정법인에게 특정법인이 가공한 철판에서 발생한 부산물 가액만큼 가공비를 과다하게 지급하고, 철판 가공 중 발생한 부산물 판매이익을 특정법인에 분여한 것으로 보아 산정된 이익분여액에 대한 증여세 부과처분은, 유상사급 및 부산물 관련 정확한 이익분여액 산정에 필요한 장부 등 관련 자료 및 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 청구인의 증여세를 경정하여야 할 것으로 판단된다.

   마지막으로 청구인에게 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 관련 증여세가 부과된다고 하더라도 청구인은 증여세 납세의무가 발생한 것을 알 수 없었으므로 이는 국세기본법이 규정한 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하는바, 무신고가산세는 감면되어야 한다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

   D이 특정법인에게 임대료를 과다 지급하고 사급거래 및 부산물 무상이전 관련 이익을 분여함으로서 특정법인의 지배주주인 청구인에게 증여세 과세대상인 증여이익이 발생하였고, 청구인은 이에 따라 증여세를 신고할 의무가 있음에도 이를 이행하지 않은 것인바 국세기본법이 규정한 무신고가산세가 부과되는 것은 타당한 것으로 보이고, 법령의 부지‧착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 달리 청구인에게 이익분여 관련 증여세 신고 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 하기는 어려워 보인다.

   이상의 사실관계를 종합할 때, 청구인에게 이 건 증여세를 부과하면서 고지세액에 무신고가산세를 포함한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 ‘국세기본법’ 제65조제1항제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.