주 문

이건 과세전적부심사청구는 불채택한다.

이 유

1. 통지내용

가. 청구인은 2013.6.3.부터 ‘DL메디컬투어’라는 상호로 개업하여 국내 암환자 등을 대상으로 면역세포를 이용한 치료행위와 관련된 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하는 개인사업자이다.

나. 조사청은 2021.1.21.부터 2024.5.27.까지 청구인에 대한 2016～2020년 과세연도 개인통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구인이 차명계좌(이하 “쟁점차명계좌”라 한다)를 이용하여 매출액을 누락한 사실 등을 확인하여 관련 과세자료를 SAN세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2024.5.29. 청구인에게 2018년 과세연도 종합소득세 642백만원을 부과 처분(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였고, 이에 청구인은 2024.12.30. 심판청구를 제기하여 2025.11.19. 인용결정을 받았다.

라. 조세심판원은 ‘처분청이 청구인에게 과세전적부심사청구 기회를 부여하지 않은 채 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다’고 판단하였고, 이에 조사청은 2026.1.9. 청구인에게 2018년 과세연도 종합소득세 642백만원의 과세예고통지(이하 “쟁점과세예고통지”라 한다)를 하였다.

마. 이에 청구인은 2026.2.6. 본 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

(쟁점① 관련)

가. 쟁점과세예고통지로 이미 박탈된 ‘세무조사 결과통지에 따른 과세전적부심사’의 기회 또는 권리가 다시 부활하지 않는다.

 1) 세무조사결과 통지에 따른 과세전적부심사’와 ‘과세예고통지에 따른 과세전적부심사’는 별개이다.

  가)「국세기본법」제81조의15 제2항은 사전구제절차로서 과세전적부심사를 청구하여 권리구제를 받을 수 있는 사유를 ① 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 경우와(제1호), ② 제1항 각호에 따른 과세예고통지를 받은 경우(제2호)로 각 구분하여 규정하고 있는바, 각 통지들은 과세전적부심사의 독립적인 청구사유에 해당한다.

  나) 한편「국세기본법」제81조의12 제1항과「국세기본법 시행령」제63조의13는『세무공무원이 “세무조사를 마쳤을 때”에 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 ① 세무조사내용, ② 결정 또는 경정할 과세표준 세액 및 산출근거, ③ 세무조사 대상 세목 및 과세기간, ④ 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우에 그 사유(근거법령 및 조항, 과세표준 및 세액계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함), ⑤ 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거, ⑥ 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 수정신고가 가능한다는 사실, ⑥ 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있는다는 사실 등』을 세무조사 대상자에게 세무조사결과 통지로 서면통지하도록 규정하고 있다.「국세기본법 시행규칙」제37조에서는 ‘법 제81조의12에 따른 세무조사의 결과 통지는 별지 제56호 서식의 세무조사 결과 통지서에 따른다’라고 규정하고 있다.

  다) 반면에,「국세기본법」제81조의15 제1항에서 규정하고 있는 ‘과세예고통지’를 할 수 있는 경우는 ① 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우, ② 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우, ③ 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우이다. 즉 세무공무원이 “세무조사를 마쳤을 때”에는 과세예고통지로써 서면통지할 수 없다. 또한 과세예고통지는 세무조사결과통지와는 달리 법령에 과세관청이 해당 납세자에게 언제까지 어떠한 내용과 방식으로 통지하여야 하는지에 관하여도 규정하고 있지 않다.

  라) 따라서 위 국세기본법과 관련 법령을 논리적, 체계적으로 해석해 보면, 세법에서 독립적인 청구사유로 규정하고 있는 ‘세무조사결과 통지에 따른 과세전적부심사’와 ‘과세예고통지에 따른 과세전적부심사’는 별개로 구분되고, 세무조사를 받은 조사대상 납세자에게 그 조사의 결과와 그에 따라 과세될 세금의 근거를 설명하고 사전구제절차로써 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 점을 알리는 통지는 “세무조사 결과통지”로 하여야만 한다.

 2) 세무조사 결과통지와 별개인 쟁점과세예고통지로써 이미 박탈당한 ‘세무조사 결과통지에 따른 과세전적부심사’의 기회 또는 권리가 다시 부활하지 않는다.

  가) 조사청이 쟁점과세예고통지로써 밝히고 있는 과세예고의 내용은 “조심2025서674(2025.11.19.)에 대한 심판결정에 따른 후속처분으로서 납세자가 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기간을 부여하기 위한 과세예고통지입니다”라는 것이다. 그리고 조사청이 쟁점과세예고통지를 통해 통지하고 있는 ‘결정할 내용’은 청구인이 2024.5.27. 조사청으로부터 세무조사결과 통지서로써 이미 통지받은 ① 2021.1월경부터 무려 40개월 동안 청구인을 세무조사한 조사내용, ② 결정 또는 경정할 과세표준 및 세액과 그 산출 근거, ③ 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실 등이다. 요컨대, 청구인이 송달받은 2024.5. 27.자 세무조사결과 통지와 똑같다.

  나) 그러나 세무조사를 받은 조사대상 납세자에게 그 조사의 결과와 그에 따라 과세될 세금의 근거를 설명하고 사전구제절차로써 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 점을 알리는 통지는 “세무조사 결과통지”이지, 이를 조사청의 독단으로 행위당시가 아닌 사후에 소급적으로 작성된 과세예고통지로써 갈음할 수 없다. 절차적 하자의 중대성 여부는 원칙적으로 ‘행위 당시’를 기준으로 살펴보아야 하고 사후적으로 납세자에게 불복할 수 있는 기회가 부여되었다는 사정만으로 절차적 하자가 명백한 과세처분의 효력을 그대로 인정한다면, 세무공무원이 행위 당시에 납세자에 대하여 준수해야 할 절차적 권리를 보장할 수 있는 실효적인 방법을 강구하기 어렵기 때문이다(DL고등법원 2024. 11. 14. 선고 2023누64999 판결).

  따라서 청구인에게 세무조사결과 통지와는 독립적으로 별개인 과세예고통지로써 2024년 5월에 종료된 세무조사 내용을 중복하여 설명하였다고 하여서, 2024년 5월에 이미 박탈된 세무조사결과 통지에 따른 과세전적부심사의 기회가 다시 부활된다는 조사청의 주장은 타당하지 않다.

  다) 만약 세무조사의 결과를 세무조사결과통지서가 아닌 과세예고통지로 갈음함으로써 과세전적부심사 이후에 이루어진 사후적 과세예고통지를 가지고 다시 과세전적부심사를 통해 소급적으로 세무조사의 내용과 과세처분을 다툴 수 있다고 본다면, 과세전적부심사제도 자체를 형해화시킬뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 높다.

  라) 더 나아가 대법원 2025.4.3. 선고 2024두66839 판결로 확정된 DL고등법원 2024.11.14. 선고 2023누64999 판결은 과세관청이 세무조사 대상자에 대한 세무조사결과의 통지기한(세무조사를 마친 날부터 20일 이내)을 미준수한 행정행위에 대하여 “세무조사결과의 통지기한을 준수할 수 없었던 객관적 사정에 대한 신빙성 있는 주장이나 증거가 제시되지 않는 이상, 과세전적부심사청구의 불복기회가 보장되었다는 사정만으로 피고의 세무조사 통지절차의 하자가 치유된다고 볼 수 없다. 이는 절차적 하자의 중대성 여부는 원칙적으로 행위 당시를 기준으로 살펴보아야 하고, 과세관청이 세무조사기간 중에는 납세자에게 질문·검사권만 행사하고 조사기간이 종료된 이후 납세자로부터 제출받은 자료의 분석 등을 위하여 추가적으로 조사함으로써 실질적인 세무조사기간이 과세관청의 자의에 의하여 연장될 수 있는 폐해를 방지할 필요가 있다는 점에서도 그러하다. 만약 사후적으로 납세자에게 불복할 수 있는 기회가 부여되었다는 사정만으로 절차적 하자가 명백한 과세처분의 효력을 그대로 인정한다면, 세무공무원이 행위 당시에 납세자에 대하여 준수해야 할 절차적 권리를 보장할 수 있는 실효적인 방법을 강구하기 어렵다. 결국 이러한 납세자의 절차적 권리에 관한 보장 문제는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제함이 타당하다”라며 세무조사 대상자에 대한 세무조사결과의 통지기한 미준수가 과세처분을 취소해야 하는 위법사유에 해당한다는 점을 분명히 하고 있는바,

  청구인이 백번 양보하여 설령 쟁점과세예고통지가 세무조사 결과통지를 갈음할 수 있다고 보더라도, 쟁점과세예고통지는 청구인에 대한 세무조사가 종결된 2024. 5월경으로부터 무려 약 20개월이 지나서야 통지된 것이 역수상 분명하므로, 이미 박탈당한 ‘세무조사 결과통지에 따른 과세전적부심사’의 기회 또는 권리가 다시 부활하는지 여부와 관계없이 쟁점과세예고통지는 위법하다.

 마) 결론적으로 세무조사를 받은 조사대상 납세자에게 그 조사의 결과와 그에 따라 과세될 세금의 근거를 설명하고 사전구제절차로써 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 점을 알리는 통지는 “세무조사 결과통지” 뿐이므로, 조사청이 청구인에게 세무조사결과 통지와는 독립적으로 별개인 과세예고통지로써 2024년 5월에 종료된 세무조사 내용을 중복하여 설명하였다고 하여서, 2024년 5월경 이미 박탈된 세무조사결과 통지에 따른 과세전적부심사의 기회가 다시 부활되지 않는다. 따라서 조사청이 독단적으로 되풀이 하고 있는 쟁점과세예고통지는 위법·부당한 것이므로 취소되어야 한다.

나. 과세전적부심사 절차를 거치지 않고 과세처분한 절차상 하자는 중대‧명백한 하자로 당연 무효이므로 사후에 그 하자가 치유되지 않는다.

 1) 과세전적부심사 절차를 거치지 않은 하자는 당연‧무효이다.

  가) 절차의 하자란 행정행위가 행해지기 전에 거쳐야 하는 절차 중 하나를 거치지 않았거나 거쳤으나 그 절차에 하자가 있는 것을 말한다. 그리고 이 사건과 같이 “과세관청이 세무조사 결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 함으로써 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 경우는 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 당연 무효에 해당한다”는 점은 행정법 교과서에 널리 실려있을 정도로 일반적으로 확립된 확고한 법리이다(행정법강의 박균성 著 284페이지).

  나) 구체적으로 대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결은 “사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어,「헌법」제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다”라는 명확한 입장을 판시한 바 있다.

  다) 대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174 판결과 대법원 2023.11.2. 선고 2021두37748 판결에서도 “과세관청이 세무조사 결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 한 경우, 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 과세처분이 무효에 해당한다”며 관련 법리를 반복하여 밝히고 있다.

  라) 그런 이유로 조세심판원도 이 사건에 관하여 2025.11.19. 조심 2025서674 결정으로 당연 무효에 해당한다고 판단한 후, 청구인이 “세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 한 부과처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것이며, 그 절차상 하자는 중대하고도 명백하여 무효에 해당하므로, 무효선언의 취지에서 취소하는 결정을 하여 달라는 청구주장”을 인용하였다.

 2) 무효인 행정행위 등에 있는 하자는 치유되지 않는다.

  가) 조사청이 쟁점과세예고통지를 한 이유는 청구인에게 2024.5.27. 세무조사 결과 통지를 한 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 한 과세처분 등에 있는 무효의 하자를 사후적으로 치유하려는 의도로 추정된다.

  나) 그러나 무효인 행정행위의 하자는 다음과 같이 치유될 수 없다는 것이 통설이며, 오래전부터 확립된 판례의 확고한 입장이다.

  다) 구체적으로 대법원 1997.5.28. 선고 94누5308 판결은 “토지등급결정은 효력을 발생할 수 없는 무효의 처분이라고 할 것이다. 그리고 이와 같이 토지등급결정내용의 개별통지가 있다고 볼 수 없어 토지등급결정이 무효인 이상, 토지소유자가 그 결정 이전이나 이후에 토지등급결정내용을 알았다거나 또는 그 결정 이후 매년 정기 등급수정의 결과가 토지소유자 등의 열람에 공하여졌다 하더라도 이 사건 개별통지의 하자가 치유되는 것은 아니다.”라고 판시하였고, 대법원 2023.12.14. 선고 2020다282674 판결에서는 무효인 절차상 하자에 관하여 “피고가 상고이유로 파면한 원고를 복직시킨 후 승진임용 및 정년보장임용을 신청할 기회를 다시 부여하였음에도 원고가 신청하지 않았으므로 절차상 하자가 치유되었다는 주장에 대하여, 원고는 이미 이 사건 각 신청을 하였으므로 피고는 그에 관하여 적법한 심사절차를 이행할 의무가 있고, 피고가 그 심사절차를 이행하지 않은 채 원고에게 다시 승진임용 및 정년보장임용을 신청할 기회를 부여하였다고 하여 이 사건 거부처분의 하자가 치유된다고 볼 수 없다”라고 하여, 무효의 하자는 사후적으로 그 하자가 치유될 수 없다는 확고한 입장이다.

  라) 요컨대, 조사청이 쟁점과세예고통지를 다시 하였더라도 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 무효의 하자는 사후적으로 치유되지 않아 적법 유효한 과세처분으로 더 나아갈 수 없다.

다. 쟁점과세예고통지는 조세심판결정의 기속력에 반하여 위법하다.

 1) 조사청은 조세심판결정의 기속력을 따라야 한다.

  가)「국세기본법」제80조는 심판결정의 효력에 관하여 ‘심판결정은 관계 행정청을 기속하고(제1항), 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다(제2항)’라고 규정하고 있다. 즉 조세심판의 인용결정이 있는 경우에는 과세관청은 같은 내용의 처분을 되풀이하지 못하고 그 인용결정의 취지에 따른 처분을 해야하는 의무를 부담한다. 이러한 조세심판의 기속력은 해당 결정 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에 미친다.

  나) 구체적으로 DL고등법원 2014.10.16. 선고 2013누30003 판결(국가 패소 확정)은 “종전처분과 동일한 처분을 되풀이 하는 처분은 특별한 사유가 없는 한 행정심판 재결의 기속력에 반하는 위법한 처분에 해당한다”는 분명한 입장이다.

 2) 무효인 절차적 하자를 되풀이 하고 있는 쟁점과세예고통지는 위법하다.

  가) 조사청은 2024.5.27. 청구인에게 2021년 1월경부터 무려 40개월 동안 청구인을 세무 조사한 ① 세무조사내용, ② 결정 또는 경정할 과세표준 및 세액과 그 산출근거, ③ 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실 등이 기재된 세무조사 결과통지서를 서면으로 통지하였는바, 앞에서 살펴본 것처럼 조사청이 청구인에게 세무조사결과 통지와는 별개 제도인 과세예고통지로써 2024년 5월에 종료된 세무조사 내용을 중복하여 설명한다고 하여서, 2024년 5월경 이 박탈된 세무조사결과 통지에 따른 과세전적부심사의 기회가 다시 부활되었다고 보기 어렵다. 즉 조사청이 청구인에게 있는 세무조사결과 통지에 따른 과세전적부심사를 받을 권리를 임의적으로 박탈하였다는 사실에는 여전히 변함이 없다.

  나) 또한 이 사건에 관한 조세심판결정의 전제가 된 요건사실의 인정과 판단은 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 한 부과처분이 납세자의 절차적 권리를 중대하게 침해하는 것이며, 그 절차상 하자는 중대하고도 명백하여 무효에 해당한다는 것이므로, 조사청이 쟁점과세예고통지를 되풀이 하였다 하여서 무효인 하자가 치유되지도 않는다.

  다) 더 나아가 조사청에는 조세심판의 인용결정의 취지에 따른 처분을 해야 하는 의무가 있다. 따라서 조사청으로서는 당연 무효로 판단한 조세심판 결정을 존중하고 그 취지에 따른 후속조치를 해야 할 의무만을 부담하고 있음에도, 종전 무효인 처분과 동일한 처분을 되풀이하기 위하여 자의적으로 쟁점과세예고를 통지한 것은 심판결정의 기속력에 명백하게 반하는 것이므로 위법하다. 따라서 조사청이 청구인에게 한 이 사건 과세예고통지는 조세심판의 기속력에 명백하게 반하는 위법한 통지이므로 취소되어야 한다.

(쟁점② 관련)

 라. 쟁점과세예고통지는 중복세무조사에 해당하여 위법하다.

 1) 쟁점과세예고통지를 위하여 처분청이 작성한 결의서를 살펴보면 조사유형이 “해당없음”으로 되어 있다. 그리고 경정사유는 “개인통합조사”로, 조사내용 및 산출근거는 “소득세법 제80조[결정과 경정] ▶개인통합조사”로 되어 있다.

<결의서 중 해당부분 발췌>

 2) 즉 결의서에서 확인되는 쟁점과세예고통지의 진실은 처분청이 지금까지 주장하였던 “당초 처분에 절차상 하자가 있는 경우이므로 그 위법사유를 보완하기 위하여 한 과세예고통지”라는 것이 아니라, 처분청이 아무런 근거도 없이 청구인을 “중복하여 세무조사하였다”는 것이다. 만약 위법사유를 보완하기 위한 것이었다면 결의서 조사유형은 “해당없음”이 아니라 “당초 세무조사”로, 경정사유와 조사내용 및 산출근거는 “파생자료 처리 등 또는 기타 등”으로 기재되어 있어야 마땅하다.

 3) 더 나아가 쟁점과세예고통지에서 기재된 경정과세표준, 경정 산출세액, 경정 가산세액의 과세근거와 그렇게 결정, 경정에 이르게 된 구체적 사실관계는 청구인이 동일과세기간, 동일세목에 대하여 이미 3년 4개월동안 세무조사받았던 것과 똑같다. 요컨대, 쟁점과세예고통지는 당초 조세범칙세무조사의 하자를 보완하기 위한 파생자료를 처리한 것이 아니라, 청구인을 당초 세무조사와는 별개로 중복하여 세무조사한 것이다.

 4) 대법원은 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다는 분명한 입장이다(대법원 2017. 3.16. 선고 2014두8360 판결 외).

 5) 따라서 쟁점과세예고통지는 청구인을 중복하여 세무조사하고 그 결과를 통지한 것이므로 위법하여 취소되어야 한다.

(쟁점③ 관련)

 마. 청구인이 차명계좌를 이용하여 조세를 누락한 행위에 대하여 조세범칙조사심의위원회에서 조세포탈 등의 혐의 없음으로 의결되었으므로 이 건은 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하므로 쟁점과세예고통지는 무효이다.

 1) 조사청은 2024. 5월경 청구인에 대한 조세범칙 세무조사를 마치고 조세범칙조사심의위원회에 청구인을 조세범으로 형사고발하기 위하여 “청구인이 2016～2020년 기간 동안 쟁점차명계좌를 이용하여 조세를 누락한 행위가「조세범처벌법」제3조 제6항을 위반한 것”인지 여부를 심의요청 하였지만, 조세범칙조사심의위원회는 청구인에 대한 사기나 그 밖의 부정한 행위에 관하여 무려 40개월이나 세무조사한 결과에 대하여 “「조세범처벌법」제3조(조세포탈 등)에 해당하지 않아,「조세범처벌법」제19조에 따라 무혐의 결정함”한다고 의결하였고, 청구인에게 “혐의 없음(무혐의)”처분을 하였다.

 2) 한편「국세기본법」제26조의2 제1항은 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 5년으로 규정하면서(제3호), 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ‘부정행위’라고 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 10년의 부과제척기간(이하 ‘장기부과제척기간’이라 한다)을 적용하도록 규정하고 있다(제1호). 그런데 위「국세기본법」제26조의2는 ‘부정행위’를 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”라고 하면서 그 구체적인 양태를 대통령령에 위임하고 있는바, 그 위임을 받은「국세기본법 시행령」제12조의2는 부정행위란 “「조세범처벌법」제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다”라고 명시하고 있다. 요컨대 장기부과제척기간이 적용되는 ‘부정행위’와 조세포탈죄의 성립요건인 ‘부정행위’는 그 의미가 통일되어 같은 뜻이다.

 3) 기획재정부가 2012년 7월 개정 법률과 관련 시행령‧시행규칙의 개정내용을 담아서 발간한「2011 간추린 개정세법」에서도 위 국세기본법의 개정이유를 다음과 같이 부과제척기간 연장사유‧부정과소신고가산세 중과사유(국세기본법)와 조세범처벌법상 조세포탈 성립요건(조세범처벌법)인 부정행위의 구체적 유형을 통일적으로 규정하기 위함이라고 아래와 같이 분명하게 밝히고 있다.

 4) 결론적으로 조세범칙조사심의위원회는 청구인에 대한 세무조사결과는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위인 ‘부정행위’에는 해당되지 않는다고 보았으므로 청구인에게는 장기부과제척기간이 적용될 수 없는바, 쟁점과세예고통지는 역수상 5년의 부과제척기간이 경과되어 통지된 것이 분명하므로 무효로 취소되어야 한다.

바. 차명계좌 사용에 더하여 다른 적극적인 은닉행위는 없었다.

 1) 대법원 2019. 9. 9. 선고 2019두31730 판결은 차명계좌를 이용한 매출신고 누락행위를 부정행위로 보기 위해서는 “차명계좌를 이용하게 된 구체적 행위의 동기, 경위 등 정황에 비추어 차명계좌의 사용에 더하여 다른 은닉행위가 곁들여져 있거나, 적극적인 매출은닉 의도를 인정할 수 있는 다른 사정이 있어야 한다”는 분명한 입장이다.

 2) 그런데 이 사건 사안에서 차명계좌의 사용에 더하여 다른 적극적인 은닉행위가 곁들여진 바 없다. 즉 청구인이 대금을 여러 곳의 차명계좌에 분산입금한다거나 순차 다른 차명계좌에 입금을 반복한다거나 하는 방법으로 그 은닉 효과를 높이는 후속행위 또는 관련행위를 한바 전혀 없다.

 3) 오히려 차명계좌와 사업용계좌 상호간의 입출금 내역이 빈번하였다. 차명계좌에서 사업용계좌로 부족한 자금을 43회 12억 4,200만 원을 이체하였고, 사업용계좌에서 차명계좌로 8회 1억 2,500만 원을 이체하였다.

 4) 최근 조세심판원은 차명계좌와 사업용계좌 상호간의 입출금내역이 빈번했던 점을 들어 단순한 차명계좌의 사용이 조세탈루사실을 포착하기 어렵게 만든 적극적인 은닉행위에 해당하지 않는다고 결정한바 있다(조심 2022.10.6. 결정 2022광5671).

 5) 더하여 환자들이 쟁점차명계좌로 입금된 대금에 대하여 청구인에게 현금영수증 또는 세금계산서 발급을 요청하면 그대로 발급해 주었다. 비록 청구인이 면역세포요금을 차명계좌로 수취하였지만, 그에 대응하는 필요경비 등의 원가도 쟁점차명계좌에서 함께 지출하였으므로 오로지 수입금액 탈루만을 위해 적극적으로 차명계좌를 사용한 것으로 보기도 어렵다.

(조사청 주장에 대한 반박)

가. 조사청이 하자를 보완하려면 쟁점과세예고통지가 아니라 세무조사 대상자에게 하여야 하는 세무조사결과통지로써 보완해야 한다.

 1) 조사청이 내세우는 쟁점과세예고통지를 통지하게 된 이유는 당초 통지에 있는 절차상 하자를 치유하기 위함이라는 것인데, 당초 조사청이 청구인에게 한 원래 통지는 세무조사대상자인 청구인에게 하여야 하는 ‘세무조사결과통지’였다. 따라서 절차상 하자의 보완이 선행 절차 등에 있는 오류나 누락을 시정하는 것이라면 조사청으로서는 당초 세무조사결과통지를 ‘원본’으로 선행 처분에 있는 하자를 치유하여야 함이 마땅하다.

 2) 그럼에도 불구하고 조사청은 세무조사결과통지와는 전혀 별개의 통지이며 세무조사대상자에게는 할 수 없는 과세예고통지로써 ‘원본’에 있는 하자를 치유할 수 있다는 취지로 주장하는바, 이는 잘못되었다.

 3) 더 나아가 당초 세무조사결과통지에는 아무런 절차상 하자가 없다. 지금까지도 당초 세무조사결과통지는 여전히 유효하다. 따라서 조사청이 이미 유효한 세무조사결과통지에 추가하여 세무조사결과통지라는 취지의 이 사건 과세예고통지를 반복하여 하는 것은 ‘세무조사권 남용’을 금지하고(국세기본법 제81조의4), ‘거듭된 세무조사를 엄격히 금지’(「국세기본법」제81조의11)하고 있는 납세자의 권리를 중대하게 침해하는 위법한 행위이다.

나. 조사청이 내세우는 쟁점과세예고통지가 적법하다는 취지의 판례는 이 사건과 사실관계와 쟁점이 전혀 다른 사안에 관한 것이다.

 1) DL행정법원 2021구합86474(2022.10.25.) 판결과 그 관련 후속 판례 및 조세심판결정들은 이 사건과 달리 하자를 보완할 수 있는 사안에 관한 것들이다. 해당 사안은 “당초 과세예고통지를 하지 않아서 과세전적부심사의 기회를 박탈한 선행처분을 과세관청이 직권 취소하고, 절차상 하자의 치유 원본 대상에 해당하는 과세예고통지를 새롭게 한 사안”에 관한 것이다.

 2) 즉 위 판례 사안은 당초에 하지 않았던 과세예고통지를 새롭게 함으로써 그 하자를 치유할 수 있는 것이지만, 이 사건은 처분청이 세무조사결과통지를 하고 나서 곧바로 과세함으로써 발생하였던 무효의 하자이므로 물리적, 원초적으로 그 하자가 치유될 수 없는 성질의 것이다. 예를 들면 조사청이 타임머신을 타고 청구인이 세무조사결과통지를 받은 시점으로 돌아가서 즉시 과세처분을 하지 않고 30일의 과세전적부심사의 기회를 다시 주지 않는 한 하자는 치유될 수 없다.

 3) 이 사건에 관하여 조세심판원에서도 번잡한 절차의 반복을 피하고자 하자가 치유될 수 있는 것인지를 심도 높게 심리하였으며 조사청도 그 당시 위 판례와 조세심판결정들을 제시하면서 치유가능하다고 주장한바 있지만, 청구인의 경우는 하자의 치유가 불가능한 경우에 해당된다는 이유로 인용결정하였다. 즉 조세심판원은 이 사건은 처분청이 주장하는 판례 사안과 다르게 청구인에게 다시 세무조사결과통지 등을 하는 방식으로는 당초 절차에 있는 하자의 치유가 불가능하다고 보았다.

다. 세무조사결과통지를 지연하는 것은 위법하다.

 1) 설령 청구인이 백번 양보하여 쟁점과세예고통지가 세무조사결과통지를 갈음할 수 있다고 가정하더라도, 쟁점과세예고통지는 세무조사를 마쳤을때부터 상당한 기일이 지나서 통지된 것이므로 위법하다.

 2)「국세기본법」제81조의12 제1항과「국세기본법 시행령」제63조의13는 『세무공무원이 “세무조사를 마쳤을 때”에 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 ① 세무조사내용, ② 결정 또는 경정할 과세표준 세액 및 산출근거, ③ 세무조사 대상 세목 및 과세기간, ④ 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우에 그 사유(근거법령 및 조항, 과세표준 및 세액계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함), ⑤ 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거, ⑥ 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 수정신고가 가능한다는 사실, ⑦ 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있는다는 사실 등』을 세무조사 대상자에게 세무조사결과 통지로 서면통지하도록 규정하고 있다.

 3) 대법원 2025.4.3. 선고 2024두66839 판결로 확정된 DL고등법원 2024. 11.14. 선고 2023누64999 판결은 “과세관청이 세무조사 대상자에 대한 세무조사결과의 통지기한(세무조사를 마친 날부터 20일 이내)을 미준수한 행정행위에 대하여 위법하다”는 점을 분명히 하고 있다. 즉 세무조사결과 통지는 세무조사를 마친 날부터 20일 이내에 적법하게 통지되어야 하며, 그 기한은 훈시규정이 아니라 법령에 명시된 강행규정이므로 이를 위반한 경우에는 과세처분 자체가 위법하다.

 4) 그러므로 조사청 주장처럼 쟁점과세예고통지가 세무조사결과통지를 갈음할 수 있다고 가정하더라도, 쟁점과세예고통지는 세무조사를 마쳤을 때부터 상당한 기일이 지나서 통지된 것이 명백하므로 쟁점과세예고통지는 그 자체로 위법하므로 취소되어야 마땅하다.

라. 납세자보호 관점에서도 조사청의 일련의 행위들은 지나치게 가혹하다.

 1) 청구인은 무려 3년 6개월이나 조세범칙세무조사를 받았다. 그 기간은 유례를 찾아볼 수 없을 정도로 이례적이다.

 2) 또한 세무조사에서 핵심 다툼이었던 순액법, 총액법 적용에 관하여, DL지방국세청 과세사실판단자문위원회는 2021.4.15. “청구인이 바이오스타에 지급한 배양비를 제외한 금액이 청구인 사업장의 부가가치세 과세표준에 해당한다”라며 순액법이 타당하다고 결정하였음에도, 조사청은 위 결정에 따르지 않고 총액법으로 무리하게 과세하였으며, 이후 청구인은 수년간의 행정소송을 통해 순액법 적용이 타당하다고 판결을 받은 바 있다. 심지어 1심 법원은 판결문에 조사청이 과세사실판단자문위원회의 결정을 존중하지 않은 것을 꾸짖기까지 하였다.

 3) 더하여 DL지방국세청 조세범칙조사심의위원회가 청구인에 대한 세무조사결과는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위인 ‘부정행위’에는 해당되지 않는다고 의결하였음에도, 조사청은 반복하여 위 결정에 따르지 않고 그와는 정반대로 ‘부정행위’에 해당한다며 장기부과제척기간을 적용하여 무리하게 과세하였다. 청구인은 현재 해당 부과처분을 행정소송으로 다투고 있다.

 4) 이 사건에서도 조세심판원은 조사청의 부과처분에 중대한 무효의 하자가 있다고 취소결정하였음에도 조사청은 또 다시 결정 주문과 그 전제가 된 사실인정과 판단을 무시하고 쟁점과세예고통지를 하였다.

 5) 위 일련의 조사청의 행위들은 아무리 권한 있는 국가기관이라 하더라도 청구인에게 너무 가혹하며 그 유례를 찾아보기 힘들며 납세자의 권리가 전혀 보호받지 못하고 있다.

 6) 위와 같이 청구인에게는 너무 혹독하여 스트레스성 류마티스 관절염이 발병하여 현재 중증 만성상태로 아파서 거동하기조차 어렵다. 청구인의 배우자도 이례적인 세무조사와 일련의 과세처분으로 인한 스트레스로 신장암이 발병하였고 2023. 5월에 암수술을 받았지만 혹독한 과세행정으로 다시 신장암이 재발하여 현재 재수술을 위하여 병원에 입원 중에 있다(붙임1-1 등 진단서).

 7) 국세청장님께 간곡하게 부탁드린다. 저와 같은 영세한 납세자에게 넓은 관용과 아량을 베풀어 선처하여 주시길 간청드린다.

3. 조사청 의견

(쟁점①관련)

가. 부과제척기간이 경과하지 않은 경우 절차상 하자가 있는 당초처분을 취소하고 절차적 요건을 갖추어 재처분할 수 있다.

 1) 과세관청은 부과제척기간의 범위 내에서 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있고 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견하는 경우에 이를 다시 경정할 수 있는 것이므로, 당초 처분에 절차상 하자가 있는 경우에도 과세권이 소멸되지 않는 이상 이를 취소한 후 위법사유를 보완하여 당초 처분과 동일한 내용의 재처분을 할 수 있다(대법원 2023.7.13. 선고 2023두40922).

 2) 본 건의 경우 부과제척기간이 경과하지 않았으므로 과세전적부심사청구 기회를 부여하지 않아 절차상 하자가 있는 당초처분을 조세심판원의 결정(조심2025서674, 2025.11.19.)에 따라 취소하고 당초처분과는 별개의 처분으로서 새로운 과세를 위해 쟁점과세예고통지를 한 것이다.

 3) 당초의 세무조사결과 통지는 세무조사를 마친 날부터 20일 이내에 적법하게 통지하였고, ｢국세기본법｣ 제81조의15 제1항제3호에서는 ‘납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우 과세예고통지를 하여야 한다’고 규정하고 있으므로 조세심판원 결정에 따라 취소한 당초처분과 별개의 처분으로 과세하기 위해 쟁점과세예고통지를 하였다.

 4) 조사청은 새로운 과세처분에 앞서 쟁점과세예고통지를 하고 청구인에게 과세전적부심사 청구기회를 주어 그 절차적 권리를 보장하였고, 그에 따라 본 건 과세전적부심사청구가 이루어졌다.

 5) 한편, 조사청이 쟁점과세예고통지를 당초 조사 종결(2024.5.17.) 후 상당한 시일이 지난 후에 행한 것은 당초 과세처분에 대해 조세심판원 판결에 따라 그 하자를 치유하여 지연 통지한 것이므로 쟁점과세예고통지 자체의 적법성에 영향을 미칠 만큼 중대한 것이라고 보기 어렵다.

나. 쟁점과세예고통지는 조세심판 결정의 기속력에 반하지 않는다.

 1)「국세기본법」제80조에서는 심판결정의 효력에 관하여 제1항에서 심판결정은 관계 행정청을 기속하고, 제2항에서 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다고 규정하고 있다.

 2) 조심2025서674(2025.11.19.) 심판결정문에서 “과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하므로 이 건 종합소득세 부과처분은 이를 취소함이 타당한 점, 청구인이 차명계좌를 이용하여 매출을 누락한 행위가 부정행위에 해당되므로 10년의 부과제척기간 적용은 잘못이 없는 것으로 결정된 점” 등의 이유로 인용 결정을 내렸으므로 처분청은 당초 처분을 취소하고 부과제척기간 10년을 적용하여 적법한 절차에 따라 쟁점과세예고통지를 한 것은 심판결정의 판단 취지에 따른 것으로, 이는 기속력에 반하는 것이 아니라 오히려 기속력에 부합하는 조치인 것이다.

 3) 대법원에서도 과세처분을 취소하는 확정판결의 기판력은 확정판결에 나온 위법사유에 대하여만 미치므로 과세처분권자가 확정판결에 나온 위법사유를 보완하여 한 새로운 과세처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 과세처분과는 별개의 처분으로서 확정판결의 기판력에 저촉되지 아니한다(대법원 2002.7.23. 선고 2000두6237 판결 등 다수)고 판시하고 있다.

(쟁점② 관련)

다. 조사청은 쟁점과세예고통지와 관련하여 청구인에게 질문․조사권을 행사하지 않았다.

 1) ｢국세기본법｣ 제2조에서는 세무조사를 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다’고 규정하고 있다.

 2) 청구인은 조사청이 통보한 ‘결의서’에 적힌 문구를 근거로 중복조사라고 주장하고 있지만, 종합소득세 과세표준을 산출한 경정사유는 “개인통합조사”가 맞으며 조세심판원 결정 이후 조사청에서 청구인에게 질문을 하거나 서류 등을 조사하거나 그 제출을 요구한 사실은 전혀 없다. 당초 개인통합조사에 따라 종합소득세 과세표준을 산출하였으므로 결의서의 경정사유에 “개인통합조사”라고 기재한 것이다.

 3) 조사청은 당초 세무조사 이후 청구인에게 국세기본법에서 정의하고 있는 ‘세무조사’와 관련된 어떤 행위도 하지 않았는데 중복조사하였다는 청구인의 주장은 아무 근거가 없으며, 조사청은 조세심판원의 결정에 따라 청구인에게 과세전적부심사청구 기회를 부여하기 위해 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제1항 제3호에서 ‘납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우 과세예고통지를 하여야 한다’고 규정하고 있으므로 해당 규정에 따라 과세예고통지를 한 것이다.

 4) 또한, 청구인이 명확히 이해할 수 있도록 과세예고통지서를 다음과 같이 작성하여 송달하였다.

(쟁점③ 관련)

다. 청구인은 ‘부정행위’로 국세를 포탈하였으므로 부과제척기간은 10년으로 보아야 한다.

 1) ｢국세기본법｣ 제26조의2 제1항은 국세의 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 납세자가 ｢조세범 처벌법｣ 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위(이하 “부정행위”라 합니다)로 국세를 포탈하는 경우 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 규정하고 있다.

 2) ｢조세범 처벌법｣ 제3조 제6항 각 호는 부정행위로 ‘장부의 거짓 기장’, ‘소득‧수익‧행위‧거래의 조작 또는 은폐’ 등을 열거하고 있다.

 3) 청구인은 신고된 사업용계좌가 있음에도 동서인 김미영의 차명계좌를 이용하여 면역세포치료 용역에 대한 대가 및 면역관문억제제 판매대금을 지급받았고, 해당 매출액을 부가가치세 과세표준 신고에서 누락하였으며, 장부에도 해당 매출액을 기재하지 않아 ‘부정행위’로 국세를 포탈하였음이 명확하다.

  가) 조사청의 청구인에 대한 세무조사는 조사청이 청구인의 조세포탈 사실을 인지한 것이 아니라, 쟁점면역세포치료 용역 이용자가 청구인이 수입금액을 차명계좌로 지급받고 있음을 신고하여 시작되었으며, 주민등록등본만으로 청구인과 특수관계 여부를 알기 어려운 ‘청구인 동서’ 명의 계좌는 과세당국의 입장에서 쉽게 확인될 수 없는 계좌로서 해당 차명계좌의 사용은 특단의 사정이 없는 한 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 한 적극적인 행위에 해당한다.

  나) 청구인은 ｢조세범 처벌절차법｣에 따른 조세범칙조사심의위원회 심의 결과에서 ‘무혐의 처분’을 받았으므로 ‘부정행위’가 없었다고 주장하나, 대법원에서는 조세범칙심의위원회의 무혐의 판단은 조세범처벌법 위반의 범칙 증빙이 불명확하다는 조세범칙심의위원회의 판단에 따른 것일 뿐이고, 형사사건과 행정사건에서의 입증의 정도나 방법이 다른 이상 이러한 점만으로 부당과소신고가산세의 과세요건이 충족되지 않았다고 보기는 어렵다고 판시하고 있다(대법원 2015두55394, 2016.1.28. 판결).

  다) 종합소득세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식이므로 납세의무자가 스스로 적법한 신고를 하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루사실을 포착하기 대단히 어려운 점까지 더해 보면, 청구인이 차명계좌 사용과 장부의 거짓 기장을 통해 과세표준 신고를 누락한 행위는 ‘부정행위’에 해당한다고 보는 것이 합리적이다.

 4) 또한, 조사청은 청구인에 대한 2016.1기 부가가치세 부과처분 시 청구인의 행위를 부정행위로 보아 부당과소신고가산세를 적용하였으며, 대법원에서는 해당 부과처분에 대해 부당과소신고가산세 적용이 적법한 것으로 판결하였다(대법원 2024두61797, 2025.03.13. 판결)

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1) 당초 세무조사결과통지가 절차상 위법하다는 심판 인용결정 후 조사청이 다시 송달한 쟁점과세예고통지로는 세무조사결과통지의 하자를 치유할 수 없는 것이므로 쟁점과세예고통지는 위법하다는 청구주장의 당부

 2) 쟁점과세예고통지는 2018년 과세연도를 과세할 사유가 없음에도 재차 통지한 것은 중복조사금지원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

나.관련 법령

 1) 국세기본법 제2조 【정의】(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정된 것)

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

 2) 국세기본법 제80조【결정의 효력】

  ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

  ② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

 3) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】

  ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

  ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

   1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

   2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

   3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

   4. 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

   5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

   6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

   7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

  ③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

 4) 국세기본법 제81조의12【세무조사 결과의 통지】

  ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

   1. 세무조사 내용

   2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거

   3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 5) 국세기본법 제81조의15【과세전적부심사】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

   1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

   2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지

   3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우.

  ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

   1.「국세징수법」제14조에 규정된 납기전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

   2.「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

   3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

   4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계

 1) 조사청의 쟁점과세예고통지 내용

  가) 조사청은 청구인의 2018년 과세연도 종합소득세 642백만원의 부과처분에 대한 조세심판원의 인용 결정(조심 2025서0674, 2025.11.19.)에 대하여 아래와 같이 2차 경정을 취소하였으나, 해당 과세표준에 대한 부과제척기간이 경과하지 않았기 때문에「국세기본법」제81조의15 제1항제3호에 따라 청구인에게 과세예고통지(3차 경정)를 한 사실이 국세청 전산망에서 확인된다.

  나) 참고로 조사청이 청구인에 대한 세무조사 결과 과세 기간별, 세목별 부과처분 내역과 불복진행은 다음과 같이 확인되며, 본 과세전적부심대상은 2018년 과세연도의 종합소득세의 과세예고통지내용이다.

 2) 청구인에 대한 조사 중지 내용

  조사청은 2021.1.21.부터 2.19.까지 청구인의 2016～2019년 과세기간에 대해 개인통합 세무조사를 착수하였으나, 세무조사 진행 중 청구인의 세무조사 중지신청, 조사청의 직권 중지, 조사기간 연장, 일본의 국외정보 자료수집 등으로 조사 기간이 2024.5.17.까지 연장되었으며 이를 요약하면 다음과 같다.

 3) 청구인이 주장하는 세무조사 및 불복 진행 내역

 4) 조사청의 조사내용 요약

  가) 조사청의 조사결과 청구인이 동서 김미영 명의의 차명계좌(이하 “차명계좌”라 한다)를 사용하여 매출을 누락하고 장부를 거짓 기장한 것을「조세범처벌법」제3조제6항제4호와 제7호에 규정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하는 것으로 보아「조세범처벌절차법」제5조에 따른 조세범칙조사심의위원회에 심의안건으로 상정하였고, 2021.7.22. 해당 위원회에서 범칙조사개시‧조사범위확대‧조사기간 연장을 승인하여 2016～2020년 과세기간에 대해 조세범칙조사를 실시하였다.

  나) 청구인의 매출누락금액은 다음과 같이 확인된다.

  다) 조사청은 2024.5.23. 청구인에 대하여「조세범처벌절차법」제5조에 따른 조세범칙조사심의위원회를 개최하였으며, 그 결과 청구인은「조세범처벌법」제3조(조세포탈 등)에 해당하지 않아「조세범처벌법」제19조에 따라 무혐의 결정한다는 통보를 받은 것으로 확인된다.

  라) 조사청은 2024.5.28. 청구인의 대리인 및 배우자에게 2017년 제1기부터 2020년 제1기 부가가치세와 2016～2020년 과세연도 종합소득세에 대해 세무조사결과를 통지하였고, 처분청은 2024.5.29. 배우자에게 위 결과통지에 대한 고지서를 교부송달한 것으로 확인된다.

 4) 심판청구 인용결정 내용

 청구인은 처분청이 고지한 2018년 과세연도의 쟁점처분에 불복하여 2024.7.9. 이의신청을 거쳐 2024.12.30. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2025.11.19. “처분청이 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 채 종합소득세를 부과한 쟁점처분은 잘못이 있다”고 인용 결정하였다.

 5) 청구인이 제출한 차명계좌 관련 증빙 검토

  가) 쟁점차명계좌에서 (필요경비 등 목적으로) 출금된 내역이라고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.

  나) 청구인의 자금담당 직원(동서의 남편)은 쟁점차명계좌를 사용하게 된 경위와 목적을 “2016년부터 변경된 국제연계방식도 병행운영하게 되자 청구인이 일본에 거의 매주 출장하게 되었는바

  그 당시 은행 정책상 금융계좌의 보안카드는 1개만 발행되었고 계좌이체를 하려면 공인인증서와 보안카드를 동시에 소지하면서 보안카드의 지정번호 2개를 입력해야만 했었는데, 사업용 신용카드 사용한도가 초과되거나 환자의 건강상태의 급변으로 긴급 환불 요청 등의 즉시 출금이나 계좌이체하여야 하는 긴급한 상황에서 청구인이 출장 또는 외근중으로 연락이 되지않아서 업무가 중단되는 사태가 발생하게 되어 부득이 자금업무담당자로써 이 사건 차명계좌를 보조 금융계좌로 사용하게 되었다”고 주장하고 있다.

  다) 부정행위에 친숙한 접대비, 자녀 유학생활비 등은 쟁점차명계좌가 아닌 사업용 계좌에서 지출되었으며, 빈번하고 신속하게 대금결제 또는 지출해야 하는 성격의 환자환불금, 특수약제구입비, 채혈 주사비, 환자소개비, 홍보비 등은 사업용계좌가 아니라 쟁점차명계좌에서 주로 지출되었다는 점은 실제로 자금담당 직원이 쟁점차명계좌를 사업용 보조계좌로 사용하였다고 주장하고 있다.

  라) 2019.8.29. 환자에 관하여 NK면역세포요법 신청서를 작성하고 그 대금을 사업용계좌와 차명계좌에 각 나눠서 송금한 정은행은 그 당시 신청서 작성과정과 안내받은 입금절차, 세금계산서 발행 등에 대하여 다음과 같이 사회통념상 부정하다거나 이상한 점은 없었다고 주장하면서 아래와 같은 확인서를 제출하였다.

 5) 쟁점과세예고통지의 경정결의서 내용

  조사청이 청구인에게 쟁점과세예고통지를 하면서 작성한 2018년 귀속 종합소득세 결정결의서 상 조사유형은 “해당 없음”으로 확인되며 2026.1.2. 통지한 것으로 나타난다.

 6)「국세기본법」제81조의12 ‘세무조사결과통지’ 보완의 개정내용

  가) 개정취지

 ○ 세무조사 투명성 제고 및 납세자 권익보호 강화

  나) 개정내용

  다) 적용시기 및 적용례

 ○ 2018.4.1. 이후 세무조사를 종결하는 분부터 적용

라. 판단

 1) 쟁점과세예고통지의 적법성에 대한 판단

  가) 관련 법리

  과세관청은 부과제척기간의 범위 내에서 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있고 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견하는 경우에 이를 다시 경정할 수 있는 것이므로, 당초 처분에 절차상 하자가 있는 경우에도 과세권이 소멸되지 않는 이상 이를 취소한 후 위법사유를 보완하여 당초 처분과 동일한 내용의 재처분을 할 수 있다(대법원 2023.7.13. 선고 2023두40922).

  나) 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합해 볼 때 조사청의 쟁점과세예고통지는 적법하므로 당초 세무조사결과통지의 하자를 치유할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다.

  (1) 부과제척기간이 경과하지 않은 경우 절차상 하자가 있는 당초 처분을 취소하고, 절차적 요건을 갖추어 재처분함이 부적법한 것으로 보이지 않는다.

  (2) 과세처분을 취소하는 확정판결의 기판력은 확정판결에 나온 위법사유에 대하여만 미치는 것으로 과세처분권자가 확정판결에 나온 위법사유를 보완하여 한 새로운 과세처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 과세처분과는 별개의 처분으로 확정판결의 기판력에 저촉된다고 보기는 어렵다.

  (3) 당초의 세무조사결과 통지는 세무조사를 마친 날부터 20일 이내에 적법하게 통지하였고,「국세기본법」제81조의15 제1항제3호에서는 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우 과세예고통지를 하여야 한다고 규정하고 있다. 이에 따라 조사청은 조세심판원의 결정에 따라 취소한 당초 처분과는 별개의 처분으로 과세하기 위하여 미리 통지한 것이므로 쟁점과세예고통지는 적법하게 보여진다.

  다) 따라서 통지관서가 청구인에게 한 쟁점과세예고통지는 잘못이 없다고 판단된다.

 2) 쟁점과세예고통지가 중복조사인지에 대한 판단

  가) 관련법리

 「국세기본법」제2조에서는 세무조사를 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부‧서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사‧조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다’고 규정하고 있다.

  나) 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합해 볼 때 쟁점과세예고통지가 중복조사에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다.

   (1) 청구인은 쟁점과세예고통지가 중복조사에 해당한다고 주장하나, 조사청은 쟁점과세예고통지와 관련하여「국세기본법」제2조에서 규정하는 질문조사권을 행사하거나 그 제출을 명하는 활동을 행한 사실이 없으므로 조사를 하였다고 볼 수 없다.

   (2) 조사청은 단지 조세심판원의 결정에 따라 청구인에게 과세전적부심사청구 기회를 부여하기 위해 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우에 해당하여 쟁점과세예고통지를 한 것으로 보이므로 조사행위를 거쳐 이루어진 과세예고통지로 볼 수는 없어 보인다.

  다) 따라서 통지관서가 청구인에게 한 쟁점과세예고통지는 잘못이 없다고 판단된다.

 3) 부과제척기간이 5년인지에 대한 판단

  가) 관련법리

 「국세기본법」제26조의2 제2항은 국세의 부과제척기간에 대하여 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급‧공제를 받는 경우은 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 규정하고 있다.

  나) 위 법리와 다음과 같은 사정을 종합해 볼 때 차명계좌를 이용한 행위는 조세의 부과 등을 곤란하게 한 행위로 볼 수 있으므로 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다.

   (1) 과세관청으로는 주민등록등본만으로 청구인과 특수관계 여부를 알기어려운 청구인의 동서명의 차명계좌의 사용은 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 한 적극적인 행위에 해당한다 할 것이다.

   (2) 종합소득세는 신고납세방식의 세목으로 납세의무자가 스스로 적법한 신고하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루사실을 포착하기 어렵다는 사정을 감안하면 청구인이 차명계좌 사용과 장부의 거짓 기장을 통해 과세표준 신고를 누락한 행위는 부정행위에 해당한다고 보는 것이 타당하게 보인다.

  다) 따라서 통지관서가 청구인에게 한 쟁점과세예고통지는 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

  이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조의15 제5항 제1호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.