이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 주식회사 A(이하 ‘청구법인’이라 한다)는 B광역시 C지구 도시개발사업 시행을 목적으로 2018. 1. 22. 개업한 주거용 건물 개발 및 공급업을 주업으로 하는 법인으로, B광역시에 소재하고 있다. 청구법인의 개업 당시 대표자는 D(’61년생, 남)이었고, 2022. 9. 1.부터 현재까지의 대표자는 E(’67년생, 남)이다.

나. F세무서장(이하 ‘처분청’이라 한다)은 청구법인이 C지구 도시개발사업 목적으로 보유한 B 및 그 일원에 위치한 토지(이하 ‘쟁점토지’라 한다) 중 재산세 분리과세대상을 제외한 종합합산과세대상 토지분과 재산세 주택분에 대한 2020년도분 종합부동산세 238,912,770원을 2020. 11. 8. 최초 부과하였고, 이후 2022. 2. 10. 관할 지자체인 B G구청장이 쟁점토지 중 기존 2020년도분 재산세 분리과세대상이었던 토지를 ‘지방세법 시행령’ 제102조에 따른 분리과세대상 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 이를 재산세 종합과세대상으로 전환함에 따라, 쟁점토지 중 2020년도분 재산세 종합합산과세대상 전환분에 대한 2020년도 종합부동산세 2,881,262,160원을 2025. 5. 16. 추가로 부과하였다.

다. 처분청은 쟁점토지 중 청구법인이 2022. 9. 28. ‘조세특례제한법’ 제104조의19 규정에 따라 종합부동산세 합산배제대상으로 신고한 토지를 제외한 종합합산과세대상 토지분과 재산세 주택분에 대한 2021년도분 종합부동산세 1,269,471,212원을 2021. 11. 19. 최초 부과하였고, 이후 청구법인의 주택법상 주택건설사업자 등록일이 2022. 5. 26.인 것을 확인하고 2021년 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 현재 당초 합산배제대상으로 신고된 토지가 합산배제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 합산배제대상 신고 토지를 합산하여 2021년도분 종합부동산세 3,596,971,127원을 2025. 12. 1. 추가로 부과하였다.

라. 청구법인은 쟁점토지는 ① 2020년도 및 2021년도분 재산세 분리과세대상 토지에 해당하고, ② 조세특례제한법상 2020년도 및 2021년도분 종합부동산세 합산배제되는 주택신축용 토지에 해당한다는 이유로 2025. 11. 26. 처분청에 2020년도분 종합부동산세를 환급해 달라는 내용의 경정청구를, 2025. 12. 2. 처분청에 2021년도분 종합부동산세를 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였고, 처분청은 각 경정청구를 2026. 1. 14. 거부하였다(송달일 2026. 1. 20.).

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026. 3. 18. 이 건 이의신청을 청구하였다.

2. 청구법인 주장

가. 사실관계

1) 청구법인의 지위 및 C지구 도시개발사업의 개요

청구법인은 B광역시 G구를 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로, 쟁점토지에서 수용 또는 사용 방식으로 시행 중인 ‘B C지구 도시개발 사업’의 사업시행자이자 주택건설사업을 수행하는 주택건설사업자이다.

2) 이 건 도시개발사업 및 도시관리계획의 연혁

가) 이 건 도시개발사업은 2019. 12. 20. 도시개발구역으로 최초 지정 및 개발계획수립, 지형도면이 고시된 후 2023. 6. 9. 도시개발법에 따라 청구법인을 사업시행자로 하여 실시계획인가 및 동일자에 ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’(이하 ‘국토계획법’이라 한다) 제32조 등에 따라 지형도면이 고시되었으며, 2024. 2. ∼ 3. 사이에 이 건 도시개발사업 구역 내 주택건설사업계획을 승인받았다.

나) 또한, 지구단위계획구역 결정 조서에 따르면, 이 건 도시개발사업은 ‘C지구 2단계 지구단위계획구역’에 포함되어 있다.

다) 이 건 도시개발사업이 포함된 C지구 2단계 지구단위계획구역은 2011. 12. 30. 지구단위계획구역 결정 고시로 최초 지정되었으며, 2013. 7. 12. B C지구 2단계 도시관리계획이 결정 고시되었다.

라) 이 건 지구단위계획구역, 도시개발사업에 대한 주요 연혁은 다음과 같다.

3) 이 건 토지이용계획의 개요

가) 앞서 설명한 이 건 도시개발사업의 최초 실시계획 상에서는 기반시설에 대한 구체적인 배치와 규모 등이 구체적으로 결정된 기반시설계획 및 도시개발사업상 주거용지 및 기반시설용지에 대한 면적비가 기재된 토지이용계획을 고시하고 있으며,

나) 최초 실시계획인가 이후 실시계획이 3차례 변경 인가되는 과정에서 추가 지적 측량 결과는 반영하여 토지이용계획이 소폭 변동되었으며, 2024. 11. 1. 실시계획변경 결과에 따른 기반시설용지 등 토지(전체 569,180㎡) 세부면적은 다음과 같다.

다) 도시개발법에 따르면 도시개발사업 수행 결과 새로 설치한 공공시설은 지정권자가 공공시설에 대한 준공검사증명서를 시행자에게 내어 준 때에 국가 등에 무상으로 귀속되도록 규정하고 있음에 따라 기반시설용지는 준공 이후에 국가 등에 무상귀속될 예정이다.

나. 이 건 도시개발사업구역이 C지구 2단계 도시관리계획구역 결정 시점부터 포함되었다는 사실을 고려한다면, 쟁점토지를 지방세법에 따른 분리과세적용대상으로 보아야 함

1) 관련규정 및 법리

가) ‘지방세법 시행령’ 제102조제5항제2호가목 및 나목은 도시개발법에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지 또는 기부채납하기로 한 기반시설용 토지는 재산세 분리과세대상 토지로 규정하고 있으며, ‘지방세법 시행령’ 제102조제7항제4호가목은 ‘도시개발법’ 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 주택건설용 토지를 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 재산세 분리과세대상 토지로 규정하고 있다.

나) 따라서 2020년 쟁점토지는 상기 지방세법 시행령의 분리과세 규정의 다른 조건은 모두 충족하지만, 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지에는 해당하지 않는다.

2) 이 건 지구단위계획(도시관리계획) 결정과 이 건 개발사업 실시계획승인에 대한 법적 효력

가) ‘도시개발법’ 제17조 및 제18조에 따른 도시개발사업의 실시계획 인가시점부터는 도시개발사업 구역에 대한 토지조성, 공사착수, 기반시설 설치 등의 법적 효력이 발생한다.

나) 반면 ‘국토계획법’ 제31조는 도시관리계획의 결정의 효력은 지형도면을 고시한 날부터 발생한다고 규정하고 있으며, 해당 시점부터 지형도면에 고시된 부지에 대하여 토지이용 및 건축제한과 같은 개발행위 제한, 기반시설설치 등의 법적 효력이 발생하게 된다.

다) 즉, 도시개발사업과 달리 도시관리계획(지구단위계획)은 별도의 실시계획인가 절차가 존재하지 않으며, 도시관리계획 결정 시점부터 도시개발사업상 실시계획 인가와 같은 사업구역에 대한 법적효력을 발생시키게 되는 것이다.

3) 이 건 사안에의 적용

가) 이 건의 경우, 지구단위계획 결정 시점부터 개발사업에 대한 부지(쟁점토지) 전체가 C지구 2단계 도시관리계획 구역에 포함되어 있었다는 사실을 확인할 수 있으며, 지구단위계획 구역 결정 시(2011. 12. 30.)의 지형도면과 이후 개발사업구역 실시계획 인가(2023. 6. 9.)의 지형도면을 비교해보면 이 사건 개발사업 구역의 사업계획 상 변동이 거의 없다는 점을 확인할 수 있다.

나) 따라서 청구법인의 사업구역 전체를 도시관리계획에 포함하도록 결정된 지구단위 결정 고시 시점인 2011. 12. 30.부터 이 건 도시개발사업의 실시계획인가와 동일한 효력이 발생한 것으로 보아야 한다.

다) G구청장이 고시한 이 건 도시개발사업 토지이용계획 상 쟁점토지(569,180㎡)는 주거용지(335,455㎡, 비율 58.94%, 공동주택 및 단독주택)와 기반시설용지(233,725㎡, 비율 41.06%, 공원, 학교, 커뮤니티, 주차장, 도로 등)으로 구성된다. 결론적으로 쟁점토지의 주거용지는 ‘지방세법 시행령’ 제102조제7항제4호가 적용되어야 하고 도로를 포함한 기반시설용지는 같은 법 시행령 제102조제5항제2호가 적용되어야 하며, 이에 따라 2020년 쟁점토지는 전부 분리과세로 전환되어 종합부동산세가 과세제외 되어야 한다.

다. 지구단위계획 구역으로 결정된 이 건 도시개발사업을 진행하기 위하여 도시개발사업 구역지정 결정 전부터 농지전용허가를 받아야 했다는 실질을 고려한다면, 고시개발사업 구역지정 고시 시점부터 쟁점토지를 지방세법에 따른 분리과세 적용대상으로 보아야 함

1) 관련 규정 및 법리

가) ‘농지법’ 제6조제1항에 따르면 농업경영을 사업목적으로 하지 않는 일반 법인은 농지를 취득할 수 없다. 다만 같은 법 제2항제7호에 따르면 농지전용허가를 받거나 타 법령에 따라 농지전용허가 의제를 받는 경우에는 농업경영을 사업목적으로 하지 않는 일반 법인도 예외적으로 농지 취득이 가능하다.

나) ‘도시개발법’ 제19조는 도시개발사업에 대한 실시계획을 고시한 경우에는 농지법에 따른 농지전용허가가 의제된다고 규정하고 있다.

다) 또한 부동산 등기선례에 따르면 도시개발사업 구역으로 지정된 농지를 취득하기 위해서는 도시개발사업 실시계획인가로 농지전용허가가 의제된 후에 농지취득자격증명을 발급받아야 하지만, 행정규칙인 농지의 소유권이전등기에 관한 사무처리지침에 따르면 협의취득을 원인으로 하여 소유권이전등기를 신청하는 경우에는 농지취득자격증명 발급이 면제된다.

2) 이 건 사안에의 적용

가) 청구법인의 C지구 지구단위계획에 따라 지정된 도시개발사업구역 중 대부분(약 77.1%)이 최초에는 농지에 해당하였다.

나) 농업경영을 사업목적으로 하지 않는 청구법인은 도시개발사업 시행을 위하여 사업구역에 해당하는 농지를 전용허가 및 취득하여야 했으나, 도시개발법에 따른 농지전용허가가 의제되기 위해서는 상기 살펴본 바와 같이 ‘도시개발법’ 제19조에 따른 실시계획이 인가되어야 하며, 농지전용허가 의제를 받은 농지를 취득하기 위해서는 상기 살펴본 바와 같이 농지취득자격증명을 발급받아야 한다.

다) 이러한 농지전용허가 의제, 농지취득자격증명 발급 및 농지취득을 위한 등기 절차를 진행하는 것은 실시계획인가 시점 이루 즉시 도시개발사업 착공절차를 진행해야 하는 도시개발사업의 절차를 고려한다면 현실적으로 불가능하다.

라) 따라서 실무상 도시개발사업이 구역지정 고시로 필지가 확정되면 국가나 지자체 등과 협의를 통하여 농지를 사전 취득할 수밖에 없으며, 청구법인 역시 도시개발구역 지정시점에 B광역시와 농지전용허가 및 취득절차를 진행하였다.

마) 결론적으로 청구법인은 일반적인 방법으로는 취득할 수 없는 농지를 대상으로 이 건 도시개발사업을 위하여 농지취득협의절차 및 소유권이전절차를 진행한 것이고, 이러한 절차를 진행한 도시개발사업구역 지정고시 시점(2019. 12. 20.)부터는 쟁점토지가 도시개발사업 부지로 사용될 것이 명확하였다.

바) 따라서 ‘지방세법 시행령’ 제102조에서 규정하는 분리과세 요건 중 실시계획승인을 받은 토지의 요건을 충족하는 것으로 보아, 2020년 쟁점토지는 전부 분리과세로 전환되어 종합부동산세가 과세제외 되어야 한다.

다. 쟁점토지는 토지 취득시점부터 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 것이 명확하였으므로, ‘조세특례제한법’ 제104조의19 과세특례의 입법 취지를 고려한다면 2020년 쟁점토지에 대한 종합부동산세 합산배제가 적용되어야 함

1) 관련 규정의 합산배제 적용 기준

가) ‘조세특례제한법’ 제104조의19제1항은 주택법에 따라 주택건설사업자등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지는 종합부동산세법에 따른 과세표준 합산대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것이라고 규정하고 있다.

나) 다만 “주택건설사업자로 등록을 하지 아니한 상태에서 토지를 취득하였다 하더라도 주택건설사업자 등록 이후 기간부터는 ‘조세특례제한법’ 제104조의19 조항의 적용대상에 해당한다.”라는 유권해석이 존재한다(기획재정부 재산세제과-163, 2012. 2. 29.).

다) 따라서 취득 후 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지 중 주택건설사업자 등록 이후 기간부터는 ‘조세특례제한법’ 제104조의19 조항의 적용 대상에 해당하며, 실제로 취득 후 5년 이내에 사업계획의 승인을 받은 경우에는 ‘조세특례제한법’ 제104조의19 조항의 추징대상에 해당하지 않는다.

2) 이 건의 경우

가) 청구법인은 2022. 5. 6. 이 건 도시개발사업에 대한 주택건설사업자 등록을 받았으며, 2024. 2. ∼ 2024. 3. 사이에 이 건 도시개발사업 내의 주택건설사업계획을 모두 승인받았다.

나) 따라서, 주택건설사업자 등록을 발급받기 전의 과세연도인 2020년에 대한 종합부동산세는 ‘조세특례제한법’ 제104조의19 조항을 적용받지 못하며, 적용을 받은 경우에는 추징대상에 해당한다.

다) 다만 대법원은 ‘조세특례제한법’ 제104조의19 조항에 대한 추징규정은 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하며, 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 않도록 하는데 그 취지가 있다고 판시한 바 있다(대법원 2018두47929, 2018. 10. 12.).

라) 청구법인의 경우, 쟁점토지 취득일부터 5년 내에 도시개발사업 내의 모든 주택건설사업계획을 승인받았으며, 승인 직후 착공한 주택들은 착공일로부터 약 3년 내에 준공될 예정이다.

마) 결론적으로 청구법인은 주택건설사업자를 쟁점토지 취득 이후에 등록하였을 뿐, 사업에 사용하기 위해 농지를 협의취득한 사실 등을 고려한다면 쟁점토지가 주택건설사업 외에 사용될 여지가 전혀 없었음이 명백한 점, 또한 주택건설사업이 차질없이 진행될 수 있도록 진지한 노력을 기울인 결과 실제로 쟁점토지 취득 후 5년 내에 모든 주택건설사업계획을 승인받았다는 사실을 통해 조세특례제한법’ 제104조의19 조항의 추징규정의 입법 취지를 벗어나지 않았다고 볼 수 있는 점 등을 고려한다면 청구법인의 쟁점토지는 주택건설사업자 등록 이전 기간이더라도 종합부동산세 합산 배제를 적용받아야 한다.

라. 쟁점토지 중 이 건 도시개발사업의 공공시설을 위한 토지는 과세기준일 현재 도시관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 미집행한 토지에 해당하므로 지방세특례제한법상 감면 대상에 해당함

1) 관련 규정 및 법리

가) ‘지방세특례제한법’ 제84조제2항은 ① ‘국토계획법’ 제2조제13호에 따른 공공시설을 위한 토지(주택의 부수토지 포함)로서 ② 같은 법 제30조 및 제32조에 따라 도시‧군관리계획의 결정 및 도시‧군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 ③ 과세기준일 현재 미집행된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의 50%를 경감한다고 규정하고 있다.

나) 또한 ‘지방세특례제한법’ 제84조에서 감면요건으로 규정하는 ‘공공시설을 위한 토지’는 ‘국토계획법’ 제2조제13호 및 같은 법 시행령 제4조에 근거하고 있으며, ‘국토계획법’ 제2조제13호 및 같은 법 시행령 제4조에 의하면 일반적으로 기반시설로 인정되는 유치원, 학교, 주차장은 공공시설을 위한 토지에서 제외된다.

2) 이전 판례, 결정례에 근거하는 ‘미집행 토지’ 종기일의 기준

대법원은 최근 ‘지방세특례제한법’ 제84조의 ‘미집행 토지’의 종기일의 기준을 공사 등이 이루어지고 있으나, 아직 완료되지 않은 상태의 토지라고 정의하면서, 도시관리계획의 결정 및 그에 관한 지형도면의 고시가 된 이후부터 준공인가 시점 이전의 토지는 도시관리계획 용도대로 집행이 되지 않았으므로 ‘지방세특례제한법’ 제84조 감면대상이라고 판시하고 있다(대법원 2024두35439, 2024. 6. 17., 대법원 2025두34430, 2025. 10. 30.).

3) 이 건의 경우

가) 이 건 공공시설용지는 ‘국토계획법’ 제2조제13호에 따른 공공시설인 도로, 공원, 하천 등으로 도시개발사업의 토지이용계획상 학교, 유치원, 복합커뮤니티를 제외한 기반시설용지에 해당한다(‘지방세특례제한법’ 제84조제2항의 요건 ① 충족).

나) 또한 B광역시장이 2013. 7. 12. 이 건 지구단위구역의 도시관리계획 결정 및 기반시설 부담구역을 지정할 때, ‘국토계획법’ 제32조에 따라 지형도면을 고시하였고, 2019. 12. 20. 이 건 도시개발사업의 구역 지정 및 ‘국토계획법’ 제32조에 따라 지형도면을 고시하였으며(‘지방세특례제한법’ 제84조제2항의 요건 ② 충족), 청구법인이 소유한 쟁점토지 중 공공시설용지는 2026년 6월경에 준공이 예정되어 있으므로, 이 건 공공용지는 2025년까지의 매 과세기준일 기준 도시관리계획의 용도대로 집행이 이루어지지 않은 미집행 토지이다(‘지방세특례제한법’ 제84조제2항의 요건 ③ 충족).

다) 따라서 쟁점토지 중 공공시설용지는 국토계획법상 공공시설을 위한 토지로 같은 법에 따라 도시‧군관리계획의 결정 및 도시‧군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 매 과세기준일에 미집행된 토지이므로, 2020년 과세기준일 기준 쟁점토지 중 공공시설용지의 비율만큼 재산세의 50%가 경감되어야 하며, 이에 따라 재산세를 과세표준으로 하는 후속세목인 종합부동산세도 기 부과세액의 50%가 경감되어야 하는 것이다.

3. 처분청 의견

가. 관할지자체의 통보자료에 의거하여 쟁점토지를 분리과세대상이 아닌 종합합산과세대상으로 하여 종합부동산세를 부과한 것은 타당함

1) ‘종합부동산세법’ 제11조에 따라 국내에 소재한 토지(주택 부수토지 제외)에 대한 종합부동산세는 ‘지방세법’ 제106조제1항에 따른 종합합산과세대상과 별도합산토지만을 과세대상으로 한다. 과세대상이 아닌 분리과세대상 토지는 지방세법에서 열거하고 있다.

2) 종합부동산세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정내용에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 행정안전부장관이 국세청장에게 통보한 과세자료에 따라 이를 경정 또는 재경정하여야 하고, 그 경정 및 재경정 사유가 ‘지방세법’ 제115조제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때의 경정‧재경정 또는 추징은 ‘종합부동산세법’ 제22조【시장‧군수의 협조의무】규정에 의하여 시장‧군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의하도록 규정되어 있다(‘종합부동산세법’ 제17조 및 같은 법 시행령 제9조).

3) ‘지방세법 시행령’ 제102조는 분리과세대상 토지로 ‘도시개발법에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 국가나 지자체에 무상귀속되는 공공시설용 토지와 개발사업 시행자가 국가나 지자체에 기부채납하기로 한 기반시설용 토지’(제5항제2호)와 ‘도시개발법에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정)로서 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 도시개발법에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말함)되거나 도시개발법에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지의 토지’(제7항제4호)를 규정하고 있는바, 분리과세대상 토지는 도시개발시행자가 보유한 토지로서 ‘개발사업의 실시계획이 인가된 토지’에 해당하여야 함이 명확하다.

4) 관할지자체인 G구청장은 청구법인이 C지구 도시개발사업의 최초 실시계획인가를 2023. 6. 9.에 받은바 쟁점토지는 2020년 재산세 과세기준일(2020. 6. 1.) 현재 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 관련법령에 따라 쟁점토지를 분리과세대상이 아닌 종합과세대상으로 하여 재산세를 경정 부과하였으며, 처분청은 이와 같은 G구청장의 결정 내용이 통보된 재산세 변동분 조정 과세자료 등에 근거하여 쟁점토지를 종합부동산세 과세대상으로 보아 합산과세하였다.

5) 쟁점토지는 지방세법의 문언상 분리과세대상으로 보기 어려운 점, 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행세목으로 종합합산과세대상 토지로 분류되어 선행세목인 재산세가 경정부과되었고 현재까지 이에 대한 별도의 변동통보 내역이 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 종합부동산세를 부과한 것은 잘못이 없고, 따라서 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

나. 쟁점토지는 과세기준일 전까지 조세특례제한법이 규정한 과세특례 요건을 충족하지 않으므로 종합부동산세 합산과세 배제대상에 해당하지 않음

1) ‘조세특례제한법’ 제104조의19제1항은 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함) 중 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받은 토지는 종합부동산세 과세표준 합산대상 토지의 범위에 포함하지 않는다고 규정하고 있는바, 동 조항은 과세특례 요건과 사후관리 요건을 명시하고 있고 과세특례 요건의 충족 시점을 과세기준일 전까지로 명시하고 있다.

2) 청구법인은 상기 ‘조세특례제한법’ 제104조의19 규정에도 불구하고, 대법원이 동 규정은 종합부동산세 감면혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 주택건설사업자가 사업수행을 게을리하지 않도록 하는 데 있다고 판시한 바 있다고 하여(대법원 2018두47929, 2018. 10. 12. 등), 청구법인은 주택건설사업자를 쟁점토지 취득 이후에 등록하였을 뿐 사업에 상용하기 위해 농지를 협의 취득한 사실 등 쟁점토지는 건설사업 외 사용될 여지가 없었다는 점 및 실제 취득 후 5년 내에 모든 주택건설사업계획을 승인받았다는 점을 통해 추징규정의 입법 취지를 벗어나지 않았다고 볼수 있는 것을 고려한다면 쟁점토지는 주택사업자등록 이전 기간이더라도 종합부동산세 합산배제를 적용받아야 한다고 주장하나,

3) 상기 대법원 판례는 사후관리 요건(5년 이내 사업계획 승인받을 것)에 대한 정당한 사유를 인정하여 추징대상에서 제외될 수 있는지가 쟁점이 되었던 판례로 과세특례 요건이 쟁점이었던 판례가 아닌 바 이 건 이의신청에 원용할 수 없으며, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 조세특례제한법의 문헌대로 주택건설사업자등록 이전에 토지를 취득한 경우 과세기준일 전까지 주택건설사업자 등록을 완료하여야만 과세특례 요건이 충족한 것에 해당한다.

4) 따라서 청구법인의 쟁점토지 도시개발사업에 대한 주택건설사업자등록일은 2022. 5. 6.로 2020년 종합부동산세 과세기준일(2020. 6. 1.) 전까지 주택건설사업자등록을 하지 않은 것인바, 조세특례제한법이 규정한 과세특례 적용을 배제하고 종합부동산세 합산과세한 것은 잘못이 없고, 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

다. 지방세특례제한법‘ 제84조제2항에 따른 재산세의 감면 적용 여부가 결정되지 않은 시점에서 이를 이유로 한 종합부동산세 감면이 적용될 여지는 없음

종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행세목으로, 선행세목인 재산세 과세표준을 경감하는 결정 혹은 경정이 있었고 이에 대해 지자체에서 처분청에게 별도의 변동통보 등을 한 이력이 없는 점에 비추어 청구법인이 쟁점토지에 대한 종합부동산세 경감의 이유로 드는 ‘지방세특례제한법‘ 제84조제2항에 따른 재산세의 감면 적용 관련 주장은 현재 시점에서는 근거 없는 주장으로, 당초 종합부동산세 과세처분을 유지하는 것이 타당하다.

(처분청 의견에 대한 청구법인 항변)

가. 쟁점토지는 과세기준일 현재 도시개발법에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지가 아니므로 지방세법에 따른 분리과세대상으로 보기 어렵다는 의견에 대하여: 쟁점토지가 속한 도시개발구역의 경우, 2011. 12. 30. 이 건 도시관리계획구역 결정 및 지형도면 고시 시점부터 도시개발사업의 실시계획인가와 동일한 효력이 발생한 것으로 보아야 한다.

1) ’도시개발법‘ 제17조 및 제18조애 따른 도시개발사업의 실시계획 인가 시점부터는 도시개발사업 구역에 대한 토지조성, 공사착수, 기반시설 설치 등의 법적 효력이 발생한다.

2) 한편 ’국토계획법‘ 제31조에 따르면 도시관리계획 결정의 효력은 지형도면을 고시한 날부터 발생한다고 규정하고 있으며, 해당 시점부터 지형도면에 고시된 부지에 대하여 개발행위 제한, 기반시설설치 지정 등의 법적 효력이 발생하게 된다.

3) 즉, 도시개발사업과 달리 도시관리계획(지구단위계획)은 별도의 실시계획 인가 절차가 존재하지 않으며, 도시관리계획 결정 시점부터 이 건 도시개발사업구역을 포함한 지구단위계획구역에 법적 효력을 발생시키게 되는 것이다.

가) 청구법인의 경우 이 건 지구단위계획 결정 시점부터 이 사건 개발사업에 대한 부지 전체가 C지구 2단계 도시관리계획 구역에 포함되어 있었다는 사실을 확인할 수 있다.

나) 또한, 이 건 지구단위계획 구역 결정 시점(2011. 12. 30.)의 지형도면과 이후 이 건 개발사업구역 실시계획 인가 시점(2023. 6. 9.)의 지형도면을 비교해보면 이 건 개발사업구역의 사업계획상 변동이 거의 없다는 점도 확인할 수 있다.

4) 따라서 청구법인의 사업구역 전체(=쟁점토지)를 도시관리계획에 포함하도록 결정된 지구단위결정 고시 시점인 2011. 12. 30.부터 이 건 도시개발사업의 실시계획인가와 동일한 효력이 발생한 것으로 보아야 한다.

나. 쟁점토지는 과세기준일 전까지 조세특례제한법상 과세특례 요건을 충족하지 않으므로 종합부동산세 합산과세 배제대상에 해당하지 않는다는 의견에 대하여: 쟁점토지는 취득시점부터 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 것이 명확하였으므로, ’조세특례제한법‘ 제104조의19 조항의 입법취지를 고려한다면 쟁점토지에 대하여 종합부동산세 합산과세 배제가 적용되어야 한다.

1) ’조세특례제한법‘ 제104조의19제1항은 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지는 종합부동산세법에 따른 과세표준 합산대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 합산배제를 받는 토지 중 주택건설사업자가 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 종합부동산세액을 추징하도록 규정하고 있다.

2) 대법원은 ’조세특례제한법‘ 제104조의19 조항의 추징규정은 “종합부동산게 감면의 혜택이 다른 목적으로 악용되는 것을 방지하며, 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 않도록 하는데 그 취지가 있다.”라고 판시한 바 있다(대법원 2018두47929, 2018. 10. 12.).

3) 처분청은 상기 대법원 판례의 경우 ’조세특례제한법‘ 제104조의19 조항의 ① 과세특례 요건이 아닌 ② 사후관리(추징) 요건에 관한 쟁점을 다루고 있으므로 이 건에 곧바로 원용할 수 없다고 주장한다.

4) 다만 대법원이 판시한 ’조세특례제한법‘ 제104조의19 조항의 입법 취지를 살펴보면, 과세특례 요건의 입법 취지는 주택건설사업자가 취득한 토지에 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승을 유발할 수 있으므로 이를 방지하기 위함이며, 사후관리 요건의 입법취지는 이러한 과세특례 요건이 다른 목적에 악용되거나 사업수행을 게을리하는 것을 방지하기 위함인 것으로, ’조세특례제한법‘ 제104조의19 조항은 ① 주택공급 활성화와 분양가 안정이라는 정책목표와 동시에 ② 투기억제, 사업지연 방지라는 통제 목적이 결합된 규정으로 이해할 수 있다.

5) 청구법인의 경우 쟁점토지 취득일로부터 5년 내에 도시개발사업 내의 모든 주택건설사업계획을 승인받았으며, 승인 직후 착공한 주택들은 착공일로부터 약 3년 내에 준공될 예정임을 고려한다면 쟁점토지는 주택건설사업 외에 사용될 여지가 없었으며, 실제로도 ’조세특례제한법‘ 제104조의19 조항의 입법 취지에 벗어나지 않았다는 점은 명확하므로, 쟁점토지는 주택건설사업자 등록 이전 기간이더라도 입법 취지에 맞게 종합부동산세 합산배제를 적용받을 수 있어야 한다.

다. ‘지방세특례제한법‘ 제84조제2항에 따른 재산세의 감면 적용 여부가 결정되지 않은 시점에서 이를 이유로 한 종합부동산세 감면이 적용될 여지는 없다는 의견에 대하여

1) 처분청은 종합부동산세는 지방세의 재산세의 후행세목으로 선행세목인 재산세에서 과세표준을 경감하는 결정이 있고 이에 대한 별도의 변동 통보 내역이 없으므로 감면 적용의 여지가 없다고 주장한다.

2) 다만 쟁점토지 재산세의 경우 2022. 2. 10. 종합합산과세로 전환된 후 90일이 경과하여 별도의 이의신청이 어려운 상황이었으나, 2025. 6. 15. 처분청에 의해 종합부동산세가 과세된바 종합부동산세 납부기한으로부터 90일 내에 경정청구를 진행할 수밖에 없는 불가피한 상황이었다.

3) 또한 쟁점토지에 대하여 2025년도에 부과된 재산세의 경우 현재 이 건과 동일한 쟁점으로 근시일 내에 심판청구가 진행될 예정이므로, 이에 대한 심판결과 및 G구청장의 판단내용을 참고하여 이 건에 대한 결정을 내려주길 바란다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지를 재산세 분리과세대상이 아닌 종합합산과세대상으로 본 경정청구 거부처분은 부당하다는 청구주장의 당부

② 쟁점토지는 조세특례제한법상 ‘주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례’ 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점토지 중 공공시설용 토지는 지방세특례제한법상 재산세 감면대상 토지에 해당하므로 종합부동산세 역시 감면이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 종합부동산세법 제3조 【과세기준일】

종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다. <개정 2010. 3. 31.>

참고) 지방세법 제114조 【과세기준일】

재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다.

2) 종합부동산세법 제6조 【비과세 등】

① 「지방세법」, 「지방세특례제한법」 또는 「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다. <개정 2010. 3. 31., 2020. 6. 9., 2025. 12. 23.>

② 「지방세특례제한법」제4조에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다. <개정 2010. 3. 31., 2020. 6. 9.>

③ 제1항 및 제2항에 따라 재산세의 감면규정을 준용하는 경우 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다. <개정 2005.12.31, 2020.6.9>

④제1항 및 제2항의 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과할 때 제1항 및 제2항 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다. <개정 2018. 12. 31., 2020. 6. 9.>

3) 종합부동산세법 제11조 【과세방법】

토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」제106조제1항제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조제1항제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. <개정 2010. 3. 31.>

4) 종합부동산세법 제17조 【결정과 경정】

① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 "관할지방국세청장"이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다. <개정 2007. 1. 11.>

② 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제16조제3항에 따른 신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 해당 연도의 과세표준과 세액을 경정한다. <개정 2007.1.11, 2020.6.9>

③ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다. <개정 2008. 12. 26.>

5) 종합부동산세법 시행령 제9조 【결정‧경정】

① 법 제17조제1항의 규정에 의한 결정은 법 제21조제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 행정안전부장관이 국세청장에게 통보한 과세자료에 의한다. <개정 2008. 2. 29., 2013. 3. 23., 2014. 4. 22., 2014. 11. 19., 2017. 7. 26.>

② 법 제17조제2항 및 동조제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 제8조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 현황 등에 대한 실지조사에 의한다.

③ 법 제17조제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.

④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징을 함에 있어서 행정안전부장관에게 의견조회를 할 수 있다. <개정 2008. 2. 29., 2013. 3. 23., 2014. 4. 22., 2014. 11. 19., 2017. 7. 26.>

6) 지방세법 제106조 【과세대상의 구분 등】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. <개정 2010. 12. 27., 2015. 12. 29., 2016. 12. 27., 2017. 12. 26., 2019. 12. 3.>

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

가. 삭제 <2019. 12. 3.>

나. 삭제 <2019. 12. 3.>

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

7) 지방세법 시행령 제102조 【분리과세대상 토지의 범위】

① ∼ ④ (생략)

⑤ 법 제106조제1항제3호마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. <개정 2017. 12. 29., 2018. 2. 27., 2021. 12. 28., 2022. 6. 14., 2025. 10. 1.>

1. (생략)

2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」, 「도시 및 주거환경정비법」, 「주택법」 등(이하 이 호에서 "개발사업 관계법령"이라 한다)에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 개발사업 관계법령에 따라 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지

나. 개발사업의 시행자가 국가나 지방자치단체에 기부채납하기로 한 기반시설(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제6호의 기반시설을 말한다)용 토지

3. ∼ 5. (생략)

⑥ (생략)

⑦ 법 제106조제1항제3호사목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 않은 토지는 제외한다. <신설 2017. 12. 29., 2018. 2. 9., 2018. 2. 27., 2019. 4. 2., 2020. 12. 31., 2021. 6. 8., 2022. 2. 17., 2023. 7. 7.>

1. ∼ 3. (생략)

4. 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 「토지구획정리사업법」(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.

가. 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지

나. 토지구획정리사업의 시행인가를 받은 날 또는 사업계획의 공고일(토지구획정리사업의 시행자가 국가인 경우로 한정한다)부터 종전의 「토지구획정리사업법」에 따른 토지구획정리사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제61조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지

다. 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제14조에 따른 준공검사를 받을 때까지

(이하 생략)

8) 조세특례제한법 제104조의19 【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」제13조제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. <개정 2010. 12. 27., 2013. 1. 1., 2016. 1. 19., 2017. 2. 8., 2020. 12. 29.>

1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2. 「주택법」제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3. 「도시 및 주거환경정비법」제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4. 제104조의31제1항에 따른 법인

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. 다만, 천재지변, 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유가 발생하여 제1항에 따른 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2025. 12. 23.>

[본조신설 2008. 12. 26.]

9) 지방세특례제한법 제84조 【사권 제한토지 등에 대한 감면】

① (생략)

② 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조제13호에 따른 공공시설을 위한 토지(주택의 부속토지를 포함한다)로서 같은 법 제30조 및 제32조에 따라 도시ㆍ군관리계획의 결정 및 도시ㆍ군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다. <개정 2014. 12. 31., 2015. 12. 29., 2016. 12. 27., 2018. 12. 24., 2021. 12. 28., 2024. 12. 31.>

(이하 생략)

참고) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 【공공시설】

1. ∼ 12. (생략)

13. "공공시설"이란 도로ㆍ공원ㆍ철도ㆍ수도, 그 밖에 대통령령으로 정하는 공공용 시설을 말한다. (이하 생략)

참고) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제4조 【공공시설】

법 제2조제13호에서 "대통령령으로 정하는 공공용 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다. <개정 2009. 8. 5., 2011. 3. 9., 2017. 9. 19., 2018. 11. 13., 2021. 1. 5.>

1. 항만ㆍ공항ㆍ광장ㆍ녹지ㆍ공공공지ㆍ공동구ㆍ하천ㆍ유수지ㆍ방화설비ㆍ방풍설비ㆍ방수설비ㆍ사방설비ㆍ방조설비ㆍ하수도ㆍ구거(溝渠: 도랑)

(이하 생략)

10) 도시계획법 제17조 【실시계획의 작성 및 인가 등】

① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 도시개발사업에 관한 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여야 한다. 이 경우 실시계획에는 지구단위계획이 포함되어야 한다.

② 시행자(지정권자가 시행자인 경우는 제외한다)는 제1항에 따라 작성된 실시계획에 관하여 지정권자의 인가를 받아야 한다.

(이하 생략)

11) 도시계획법 제18조 【실시계획의 고시】

① 지정권자가 실시계획을 작성하거나 인가한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 관보나 공보에 고시하고 시행자에게 관계 서류의 사본을 송부하며, 대도시 시장인 지정권자는 일반에게 관계 서류를 공람시켜야 하고, 대도시 시장이 아닌 지정권자는 해당 도시개발구역을 관할하는 시장(대도시 시장은 제외한다)ㆍ군수 또는 구청장에게 관계 서류의 사본을 보내야 한다. 이 경우 지정권자인 특별자치도지사와 본문에 따라 관계 서류를 받은 시장(대도시 시장은 제외한다)ㆍ군수 또는 구청장은 이를 일반인에게 공람시켜야 한다. <개정 2008. 3. 28., 2020. 6. 9.>

② 제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우 그 고시된 내용 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 도시ㆍ군관리계획(지구단위계획을 포함한다. 이하 같다)으로 결정하여야 하는 사항은 같은 법에 따른 도시ㆍ군관리계획이 결정되어 고시된 것으로 본다. 이 경우 종전에 도시ㆍ군관리계획으로 결정된 사항 중 고시 내용에 저촉되는 사항은 고시된 내용으로 변경된 것으로 본다. <개정 2011. 4. 14.>

③ 제2항에 따라 도시ㆍ군관리계획으로 결정ㆍ고시된 사항에 대한 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제32조의 도시ㆍ군관리계획에 관한 지형도면의 고시에 관하여는 제9조제4항을 준용한다. <개정 2011. 4. 14.>

12) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제31조 【도시‧군관리계획의 결정의 효력】

① 도시ㆍ군관리계획 결정의 효력은 제32조제4항에 따라 지형도면을 고시한 날부터 발생한다. <개정 2013. 7. 16.>

(이하 생략)

13) 농지법 제6조 【농지 소유 제한】

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농지를 소유할 수 있다. 다만, 소유 농지는 농업경영에 이용되도록 하여야 한다(제2호 및 제3호는 제외한다). <개정 2008. 2. 29., 2008. 12. 29., 2009. 5. 27., 2009. 6. 9., 2012. 1. 17., 2012. 12. 18., 2013. 3. 23., 2016. 5. 29., 2017. 10. 31., 2020. 2. 11., 2021. 4. 13., 2021. 8. 17.>

1. ∼ 6. (생략)

7. 제34조제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

(이하 생략)

14) 도시개발법 제19조 【관련 인ㆍ허가등의 의제】

① 제17조에 따라 실시계획을 작성하거나 인가할 때 지정권자가 해당 실시계획에 대한 다음 각 호의 허가ㆍ승인ㆍ심사ㆍ인가ㆍ신고ㆍ면허ㆍ등록ㆍ협의ㆍ지정ㆍ해제 또는 처분 등(이하 "인ㆍ허가등"이라 한다)에 관하여 제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제18조제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우에는 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시나 공고를 한 것으로 본다. <개정 2009. 1. 30., 2009. 6. 9., 2010. 4. 15., 2010. 5. 31., 2011. 9. 30., 2014. 1. 14., 2014. 6. 3., 2016. 1. 19., 2016. 12. 27., 2020. 1. 29., 2021. 7. 20., 2022. 12. 27.>

1. ∼ 7. (생략)

8. 「농지법」제34조에 따른 농지전용의 허가 또는 협의, 같은 법 제35조에 따른 농지의 전용신고, 같은 법 제36조에 따른 농지의 타용도 일시사용허가ㆍ협의 및 같은 법 제40조에 따른 용도변경의 승인 (이하 생략)

다. 조사내용

1) 청구법인은 ‘B G구 C지구 도시개발사업’을 시행할 목적으로 설립되었다.

2) 청구법인은 2019. 12.경 쟁점토지를 취득하였다.

3) 처분청의 청구법인에 대한 2020년도 및 2021년도 종합부동산세 최종 부과 내역은 다음과 같다. 청구법인에 부과된 종합부동산세에는 토지분 외 주택분 종합부동산세도 포함되어 있다.

4) 2022년 G구청장은 당초 재산세 분리과세 적용된 C지구 토지가 종합합산과세대상에 해당함을 확인하고 청구법인에게 관련 재산세를 경정 고지하였다. 위 경정내역은 처분청으로 (전산)통보되었다.

5) 국세통합전산망을 통해 확인한바 청구법인은 2021. 9. 30. 쟁점토지 관련 주택신축용토지 합산배제 신고(최초)하였고, 이후 2025년까지 매년 합산배제 신고하였다. 처분청은 2025. 9.경 합산배제신고 사후관리 업무를 수행하여 청구법인의 주택건설사업자등록일이 2022. 5. 26.인 사실을 확인하여, 2021년도분 종합부동산세 합산배제를 부인하고 종합부동산세를 부과하였으며, 이후 연도분은 합산배제신고 인용한 바 있다.

6) 청구법인은 처분청에게 2025. 11. 26. 2020년도분 종합부동산세 부과분 전체를 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였고, 2025. 12. 2. 2021년도분 종합부동산세 부과분 전체를 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다. 처분청은 2026. 1. 14. 위 두 건의 경정청구를 거부 처분하고 이를 청구법인에 통지하였다.

7) 쟁점 ① 관련하여 확인된 사항은 다음과 같다.

가) 2019. 12. 20.자로 C지구 도시개발사업에 대한 도시개발 구역지정 및 개발계획이 수립되어 고시되었다(B광역시 고시 제2019-240호).

나) C 지구는 2011. 12. 30.자 B광역시 고시 제2011-219호로 최초 고시된 ‘B C지구 2단계 지구단위계획구역’(전체면적 3,006,319㎡)에 포함되어 있다.

다) 2023. 6. 9.자로 C지구 도시개발사업 실시계획이 인가되어 최초 고시되었다(B광역시 G구 고시 제2023-107호).

* 동 실시계획에 따른 (쟁점)토지이용계획은 다음과 같음(주거용지 335,455㎡/기반시설용지 233,725㎡, 총 569,180㎡)

라) C지구 도시개발사업 대상 토지(쟁점토지)의 대부분(약 77%)는 농지인 것으로 확인된다. 2019. 11. 19.자로 C지구 도시개발사업 구역지정 및 개발계획 수립을 위한 농지분야‧전용허가를 동의하는 협의가 있었다.

8) 쟁점 ② 관련하여 확인된 사항은 다음과 같다.

가) 청구법인은 2022. 5. 26.자로 주택법상 주택건설사업자로 등록되었다.

<그림 삽입을 위한 여백>

나) 청구법인은 쟁점토지 취득일로부터 5년 내인 2024. 2. ∼ 2024. 3. C 도시개발사업 내의 주택건설사업계획을 승인받았다.

* C지구 주택건설사업계획 승인내역 정리

9) 쟁점 ③ 관련하여 확인된 사항은 다음과 같다.

가) 심리담당자가 G구청 재산세 담당자를 통해 유선으로 확인한바, 쟁점③ 관련하여 2025년도분 재산세 감면(50%)을 구하는 심판청구가 2025. 12.경 청구되어 현재 진행 중이다. G구청 담당자는 향후 있을 심판청구 결정에 따라 필요하다면 재산세 감면 경정을 진행할 예정이라고 언급하였다.

나) 처분청은 현재까지 쟁점③ 관련해서 G구청장으로부터 쟁점토지 중 공공용지에 대한 재산세 감면이 있었다는 통보 등을 받은 것은 없다고 언급하였다.

라. 판단

 먼저 첫 번째 쟁점에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점토지는 2020년 재산세 분리과세대상 토지에 해당하여 종합부동산세 부과대상에 해당하지 않는바, 고지된 종합부동산세를 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장한다.

 ‘지방세법 시행령’ 제102조는 개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공되는 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지 등(제5항제2호) 및 도시개발법에 따른 도시개발사업시행자가 도시개발사업에 제공하는 주택건설용 토지로서 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 공급 완료된 날 또는 공사 완료 공고가 날 때까지의 기간 동안의 토지(제7항제4호)는 토지에 대한 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있다.

 쟁점토지 관련 도시개발사업 실시계획이 승인‧인가된 시점은 2023. 6. 9.인 것으로 확인되는바 실시계획 인가 이전인 2020년(과세기준일 2020. 6. 1.) 쟁점토지는 재산세 종합합산과세대상에 해당하고, 따라서 같은 기간 종합부동산세 과세대상에 해당하는 것으로 보이며, 상기와 같은 사유로 관할 지자체에서 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 경정하여 그 사실을 처분청에 통보하였고, 이후 다른 내용으로의 변경(경정) 통보는 없었던 것으로 확인된다.

 이상의 관련 법령 및 사실관계를 종합할 때, 처분청이 쟁점토지를 2020년 재산세 종합합산과세대상에 해당하는 것으로 하여 2020년 종합부동산세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

   이어서 두 번째 쟁점에 대하여 살펴본다. 청구법인은 2020년 쟁점토지는 ‘조세특례제한법’ 제104조의19가 규정하는 주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다고 주장한다.

   ‘조세특례제한법’ 제104의19는 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지는 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지에 포함되지 않는 것으로 규정하면서, 동 과세특례를 적용받을 수 있는 자는 토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택법에 따라 주택건설사업자등록을 한 주택건설사업자임을 명시적으로 규정하고 있다.

   조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이며 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 등 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것으로,

   청구법인이 쟁점토지를 2019년 말경에 취득하여 취득 시점부터 5년 이내인 2024년 3월경 주택건설사업계획의 승인을 받은 사실은 확인되나, 청구법인이 주택법에 따른 주택건설사업자등록을 완료한 시점은 2022. 5. 26.로, 이전 시점인 2020년(과세기준일 2020. 6. 1.) 쟁점토지는 종합부동산세 과세표준 합산대상임이 명백한바 ‘조세특례제한법’ 제104의19 조항의 취지에 맞는다는 사정만으로 종합부동산세 합산배제를 적용할 수는 없는 것으로 보인다.

 이상의 관련 법령 및 사실관계를 종합할 때, 처분청이 2020년 쟁점토지는 조세특례제한법상 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 이를 이유로2020년분 종합부동산세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

   마지막으로 세 번째 쟁점에 대하여 살펴본다. 청구법인은 비록 이 건 이의신청일 현재까지 실제 2020년분 재산세 감면이 실제로 적용되지는 않았지만 쟁점토지 중 공공시설용지는 지방세특례제한법상 재산세 50% 감면 대상에는 해당하므로 후행세목인 종합부동산세가 감면되는 것이 타당하다고 주장하나,

 ‘종합부동산세법’ 제6조는 지방세법, 지방세특례제한법 등에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과하는 경우에 준용한다고 규정하고 있고, 종합부동산세가 감면되기 위해서는 먼저 재산세가 감면되어야 하는 것으로(종합부동산세과-1146, 2008. 9. 22. 같은 뜻),

 쟁점토지에 대하여 실제 ‘지방세특례제한법’ 제84조제2항이 규정하는 재산세 감면이 이루어져 이러한 변동사실이 지자체로부터 처분청으로 통보된 내역은 없는바, 재산세가 감면되지 않은 상황에서 종합부동산세 감면이 적용될 수 있는 여지는 없는 것으로 보인다.

 이상의 사실관계를 종합할 때, 2020년 쟁점토지 중 공공시설용지에 대한 종합부동산세 50% 감면을 적용하지 않는 것은 타당하다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 ‘국세기본법’ 제65조제1항제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.