이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 사실관계

1) 청구법인은 2014. 7. 14. 개업하여 상호 (주)○○로 부산광역시에서 현재까지 부동산 중개ㆍ대리 및 분양대행업을 영위하고 있는 법인사업자이다.

2) 청구법인은 2021. 7. 15. 아래 <표1>과 같이 부산광역시 부산진구 전포동 A 대지를 포함한 총 22필지의 토지와 동 필지 중에서 전포동A, 전포동B, 전포동C 및 D 등 각 필지 지상의 건물 3채(이하 건물과 그 부속토지를 “쟁점건물”이라 하며 쟁점건물을 포함한 모든 부동산을 “쟁점부동산”이라 한다)를 총 3,472,000,000원에 양도하였다.

3) 청구법인은 쟁점부동산 양도를 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’의 과세대상이 아닌 것으로 보아 2022. 3. 31. ‘각 사업연도 소득’에 대한 2021년 사업연도 법인세만 ***,***,***원으로 확정신고하였다.

나. 처분내용

1) 서부산세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구법인의 쟁점건물 양도를 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’의 과세대상인 주택의 양도로 보아 2026. 3. 3. 청구법인에 2021년 사업연도 법인세***,***,***원을 경정 고지하였다.

2) 청구법인은 2026. 3 .6. 위 고지서를 수령하고, 이에 불복하여 2026. 6. 1. 이 건 이의신청을 하였다.

2. 청구법인 주장

가. 쟁점건물은 양도 당시 철거가 예정되고 주거 기능을 상실한 사실상 폐가이므로 동 부동산을 주택으로 보아 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 부과한 처분은 취소되어야 한다.

나. (관련 법리)‘토지 등 양도에 대한 법인세’의 과세대상인 주택에 해당하는지 여부는 공부상 용도 구분에 관계가 없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 따라 판단하여야 하는 것(국세청 법인세과-316, 2009. 2. 20.)이고, 주거 기능이 상실된 상태가 장기간 계속적으로 유지되어 양도일 현재 사실상 주거에 공하는 건물로 보기 어려운 경우 이를 주택으로 볼 수 없다(조세심판원 2014서1421, 2014. 7. 7.).

다. 쟁점건물은 양도 당시 주거 기능을 상실하였으므로 주택이 아니다.

    청구법인이 쟁점건물을 양도할 당시(2021년 7월) 동 건물은 철거가 예정되어 있었고, 지붕ㆍ기둥ㆍ벽이 있었으나(「건축법」상 건축물에 해당) 비계¹⁾ 설치로 출입로가 폐쇄되고 바닥ㆍ천장ㆍ방문이 파손ㆍ제거되었다(참고:양도 직후 현장사진). 따라서 쟁점건물은 양도 당시 주거 기능을 상실한 사실상 폐가로 주택이 아니다.

3. 처분청 의견

가. 쟁점건물은 공부상 주택인 것, 다수 세대가 전입신고한 것, 양도 당시「건축법」상 건물의 정의에 부합하는 것 등으로 보아 장기간 주거 기능을 상실하지 않으면서 실제 주거용으로 사용한 주택이다.

    따라서 처분청이 청구법인의 쟁점건물 양도에 대해 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 부과한 처분은 정당하다.

나. (관련 법리)‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’의 과세대상인 주택의 개념은「소득세법」제88조 제7호의 규정을 따를 것이고 동 조항은 ‘허가 여부나 공부(公簿)상의 용도 구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.’라고 규정하고 있다.

    법원은 ‘주택에 해당하는지 여부를 공부상의 용도 구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 한다(대법원 87누584, 1987. 9. 8.).’라고 판시하면서, ‘일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거 기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2004두14960, 2005. 4. 28.).’라고 판시하고 있다. 또한 조세심판원은 거주지 신고 이력이 있는 건물을 주택으로 인정(조세심판원 2025서0885, 2025. 5. 15.)하고 있다.

다. 쟁점건물은 공부상 주택이고 다수의 거주지 신고이력이 있으므로 실제 주거용에 공한 주택이다.

1) 쟁점건물은 건축물대장, 등기사항증명서 등 공부에 주택으로 등기ㆍ등재되어 있다.

2) 청구법인이 쟁점건물을 보유한 기간동안 동 건물 중에서 전포동A 소재 건물은 4회, 전포동B 소재 건물은 2회, 전포동CㆍD 소재 건물은 4회 등의 거주지 신고 이력이 있다.

3) 위 ‘2)’의 내용은 쟁점건물이 장기간 주거용으로 실제 사용되었음을 입증하는 것이므로 청구법인이 원용하는 국세청 예규 및 조세심판원 결정례에 의하더라도 쟁점건물은 주택에 해당한다.

  가) 국세청은 ‘주택 여부 판단기준을 공부상 용도가 아닌 실제 용도에 의하여 판단하여야 한다(법인세과-316, 2009. 3. 20.).’라고 해석하고 있고, 쟁점건물은 위 ‘2)’에서 본 바와 같이 거주지 신고 이력으로 주거용으로 실제 사용된 것이 확인된다. 따라서 국세청 예규에 의하더라도 쟁점건물은 주택이다.

  나) 조세심판원은 ‘주거 기능이 상실된 상태가 장기간 계속적으로 유지된 경우 사실상 주거에 공하는 건물로 보기 어렵다(조세심판원 2014서1421, 2014. 7. 7.).’라고 보고 있고, 쟁점건물은 위 ‘2)’에서 본 바와 같이 거주지 신고 이력이 수 회에 거쳐 장기간 있었던 것이 확인된다.

      따라서 청구법인이 원용한 조세심판원 결정례는 쟁점건물에 적용될 수 없다.

라. 쟁점건물은 주거 기능이 장기간 유지된 상태에서 양도 당시「건축법」상 건축물에 부합하는 요건을 갖추고 있었으므로 주거와 관련한 일부 시설이 훼손되었다는 사정만으로 쟁점건물을 주택이 아닌 것으로 볼 것은 아니다.

1) 청구법인이 제출한 현장사진(양도 직후 촬영)에 의하면, 쟁점건물이 기둥ㆍ벽ㆍ지붕이 있는 상태에서 출입로가 폐쇄되고 바닥ㆍ천장ㆍ방문이 훼손된 것이 확인된다.

2) 위 ‘1)’의 내용은 청구법인이 쟁점건물을 양도할 당시 동 건물이「건축법」상의 건축물에 해당함을 입증하는 것이고 쟁점건물의 일부 시설이 훼손된 것은 건물의 본래 용도와 관련한 외형적ㆍ구조적 형태와 별개의 사항으로 이를 이유로 쟁점건물이 주거 기능을 상실하였다고 볼 수 없다.

3) 또한 법원은 기둥ㆍ벽ㆍ지붕이 갖추어져 있고 장기간 일정한 수준의 주거생활이 가능한 상태였다면 철거된 사정만으로 주택이 아니라고 보기 어렵다고 판시하고 있다(서울고등법원 2023누69925, 2025. 8. 14.).

마. 쟁점건물의 양도차익에 대해 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 부과한 처분은 동 조항의 입법취지에 부합한다.

 1) ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’의 입법취지는 법인의 부동산 투기를 억제하고 주택가격의 안정을 도모하기 위한 것이고, 청구법인의 쟁점건물 양도차익은 2,411,215,000원의 거액이므로 동 양도차익에 대한 법인세 부과 처분은 입법취지에 부합한다.

2) 양도 직전 철거 준비행위가 있었다는 이유만으로 주택성을 부정한다면 동 행위는 입법취지를 잠탈하여 조세회피 수단으로 악용될 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   쟁점건물은 주거 기능이 상실되어 주택으로 볼 수 없으므로 동 건물의 양도에 대해 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 부과한 처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

  ○ 법인세법 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

   ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서「소득세법」제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (후단 규정 생략)

      1. (생략)

      2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. (단서 규정 생략)

      3.～4. (생략)

   ②～⑧ (생략)

 ○ 법인세법 시행령 제92조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

   ① (생략)

   ② 법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. (단서 규정 생략)

      1.～4. (임대주택 등으로 각 호 규정 기재 생략)

   ③～⑨ (생략)

 ○ 소득세법 제88조【정의】

   이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1.～6. (생략)

   7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

   8.～10. (생략)

 ○ 소득세법 시행령 제152조의4【주택의 범위】

   법 제88조 제7호 전단에서 "대통령령으로 정하는 구조"란 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조를 말한다.

 ○ 주택법 제2조【정의】

   이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

   2.～29. (생략)

 ○ 건축법 제2조【정의】

   ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

      1. (생략)

      2. "건축물"이란 토지에 정착(定着)하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소ㆍ공연장ㆍ점포ㆍ차고ㆍ창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

      3.～21. (생략)

   ② (생략)

다. 사실관계

1) 국세통합전산망에 의하면, 청구법인의 사업이력은 아래 <표2>와 같이 확인된다.

2) 국세통합전산망에 의하면, ①청구법인의 쟁점건물 양도차익에 대해 청구법인은 ‘토지 등 양도차익에 대한 법인세’를 신고하지 않은 것, ②처분청은 동 양도차익에 대해 2021년 사업연도 토지 등 양도차익에 대한 법인세 ***,***,***원을 경정 고지한 것 등이 확인되며 그 내용은 아래 <표3>과 같다.

3) 건축물대장, 등기사항증명서, 매매계약서 등에 의해 청구법인의 쟁점건물 양도와 관련한 내용을 살펴본다.

  가) 건축물대장, 등기사항증명서 등에 의하면, 쟁점건물의 용도는 주택으로 확인되며 그 내용은 아래 <표4-1>～<표4-3>과 같다.

  나) 등기사항증명서에 의하면, ①청구법인의 쟁점건물 양도에 대한 소유권이전 접수일이 2021. 7. 15.인 것, ②매매계약서의 작성일은 2021. 11. 3., 잔금약정일은 2021. 12. 31. 등으로 이는 소유권이전 접수일보다 늦은 것, ③잔금 지급 후 매수인의 요청이 있는 경우 매도인 책임하에 세입자를 즉시 전출시키기로 한 것 등이 확인되며 그 내용은 위 <표4-1>～<표4-3> 및 아래 <표5-1> 및 <표5-2>와 같다.

4) 청구법인과 처분청이 제출한 현장사진을 살펴보면, ①동 사진은 청구법인의 쟁점주택 양도에 대한 소유권이전 접수일 이후 촬영된 사진인 것, ②기둥ㆍ벽ㆍ지붕이 있는 상태로「건축법」상의 건축물 요건을 충족하는 것, ③가림막 설치로 쟁점부동산 소재지 일원(一圓)의 출입이 폐쇄되고 일부 주택은 벽지, 방문 등 내부시설 일부가 훼손된 것 등이 확인되며 그 내용은 아래 <표6-1> 및 <6-3>과 같다.

5) 국세통합전산망에 의하면, 청구법인이 동 건물을 취득하기 이전부터 양도(2021. 7. 15.)하기 직전까지 다수의 전입신고 이력이 확인되며 그 내용은 아래 <표7>과 같다.

6) 부산진구청 고시문(제2021-626호)에 의하면 쟁점부동산 일원은 2021. 4. 26. 지역주택조합설립 인가가 있었던 것이 확인되며 그 내용은 아래 <표8>과 같다.

라. 판단

  청구법인은 쟁점건물이 양도 당시 주거 기능이 상실되어 사실상 주택으로 볼 수 없으므로 동 건물을 주택으로 보아 그 양도에 대해 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 부과한 처분은 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

 「법인세법」제55조의2 제1항 제2호는 주택을 양도한 경우 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 부과하도록 규정하고 있다.

   내국법인이 양도하는 건물이 주택에 해당하는지 여부는 건물의 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보는 것(국세청 서면-2015-부동산-0072, 2015. 3. 26.)이고, 장기간 공가 상태로 방치한 건물이「건축법」상 건축물로 볼 수 없을 정도로 폐가가 된 경우에는 주택으로 보지 아니하는 것(국세청 서면-2015-부동산-0072, 2015. 3. 26.)이나, 장기간 일정한 수준의 주거생활이 가능한 상태라고 한다면, 해당 건물에 대하여 단전․단수가 있었다거나 사실상 철거가 예정되어 있다거나 과세기준일 이후 주택이 철거되었다는 사정만으로 주택법 제2조 제1호의 ‘주택’에 해당되지 않는다고 보기 어렵다고 할 것(조세심판원 2014서1421, 2014. 7. 7.)이다.

 이 건의 경우 ①건축물대장 및 등기사항증명서에 의하면 쟁점건물이 주택으로 등기ㆍ등재된 것이 확인되는 점, ②국세통합전산망에 의하면 쟁점건물 양도일 직전까지 전입신고 이력이 있는 것이 확인되는 점, ③현장사진은 ⅰ)쟁점건물 양도 이후 촬영된 사진으로 동 건물 양도 당시의 현장을 반영하지 못하고 있고 ⅱ)동 사진에 의하면 쟁점건물은 기둥ㆍ벽ㆍ지붕이 있는 상태에서 바닥ㆍ천장ㆍ방문 등이 훼손된 것이 확인되는바 이는 쟁점건물이 동 건물 양도일 현재「건축법」상 건축물에 해당하고 주거 기능과 관련한 일부 시설이 훼손된 것만으로 그 건물이 본래 용도인 주거 기능을 완전히 상실하였다고 보기 어려운 점 등을 고려하면 쟁점건물이 주거 기능을 상실하여 사실상 주택이 아니라는 청구주장은 이유가 없어 보인다.

   따라서 처분청이 쟁점건물을 주택으로 보아 동 건물의 양도에 대해 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.