주 문
이 건 이의신청은 기각 결정합니다.
이 유
1. 처분내용
가. 청구법인은 2010.10.13 설립되어 부산 진구 당감로 에서 주택건설사업, 주택판매업 등을 영위하는 법인사업자이다.
나. A지방국세청은 2019년 3월부터 11월까지 청구법인의 2014~2018 사업연도에 대한 세무조사(이하 “직전세무조사”라고 한다)를 실시하여 2015년~2018년 청구법인의 지배주주인 B(이하 “B”이라 한다)에게 지급된 급여 19,293백만원 중 18,685백만원은 그 실질이 이익처분에 따른 상여금으로 판단하여 과다경비 등의 손금불산입 규정에 따라 손금에서 제외하여 과세하였고, 이에 불복이 진행되었으며 2025.4.24. 대법원에서 당초 과세처분 정당한 것으로 최종 판결하였다.
다. 청구법인은 2020.8월 이사회 의결을 통해 임원 보수 지급 규정과 성과평가 기준을 신설하였고, 청구법인의 지배주주인 B에게 2020년 급여로 6,020백만원(이하 “쟁점급여”라 한다)을 지급하였다.
라. 부산지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.12.23.부터 2026.4.30.까지 2022 사업연도 법인 통합조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하였고, B에게 사실상 이익처분 성격의 급여를 지급한 혐의에 대하여 2026.2.26. 조사범위 확대(2020~2021, 2023~2024) 후 부과제척기간의 만료일(2026.3.31.)이 임박하여 2020년 B에게 지급한 쟁점급여 중 동일업종 상위 3개 업체의 평균 급여액을 초과하는 금액을 사실상 이익처분으로 보아 초과 지급액 4,450백만원을 손금불산입하는 법인세 경정결의서(안)을 처분청에 통보하였다.
마. 처분청은 조사청의 통보자료에 따라 2026.4.9. 청구법인에게 2020 사업연도 법인세 1,577,470,460원을 경정·고지하였다.
바. 청구법인은 이에 불복하여 2026.5.28. 이 건 이의신청을 제기하였다.
2. 청구주장
<쟁점①>
가. 국세기본법 제81조의15는 세무조사 결과통지를 받은 납세자는 통지받은 날로부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있도록 규정하고 있다. 그러나 조사청은 납득할 만한 충분한 사유 없이 2026.3.3. 세무조사의 범위를 2020 사업연도까지 확대하고, 그와 동시에 2020 사업연도 법인세에 대한 세무조사 결과통지를 하였으며, 그로부터 9일만인 2026.3.12. 이 건 과세처분을 하였다. 이는 특별한 이유 없이 납세자의 과세전적부심사 청구권을 박탈한 중대한 위법이 있는 행위이다.
나. 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호에서 세무조사 결과통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사청구의 기회를 부여하지 않을 수 있도록 규정하고 있으나,
조사청은 특별한 이유 없이 국세행정을 장기간 해태함으로써 국세부과 제척기간 만료일까지 3개월 이하의 기간이 남은 시점에 이르러 납세자의 과세전적부심사 청구권을 박탈하고 과세처분 하는 것은 위법하다는 것이 대법원과 조세심판원의 일관된 입장이다(대법원 2025두33014, 조심 2025서2609, 조심 2024서148, 조심 2022서1817 등).
다. 직전세무조사 결과 청구법인이 대표이사 B에게 지급한 인건비는 구체적인 지급 규정이 없는 사실상 이익처분에 의한 상여에 해당한다고 보아 손금불산입하여 각 사업연도 법인세를 부과 처분한 사실이 있다. 이에 청구법인은 직전세무조사에 따른 부과처분 내역에 불복하여 전심 행정심판을 거쳐 행정소송을 제기하였고, 2025.4.24. 대법원 상고심(대법원 2025두30387)에서 당초 과세처분이 정당하다는 국승(청구법인 패소) 판결을 받은 사실이 있다.
직전세무조사 이후 청구법인은 B의 보수에 대한 근로소득 원천징수, 지급명세서 제출 등 인건비와 관련한 제세 신고 의무를 성실하게 수행하였다.
라. 조사청은 직전세무조사 이후 청구법인이 2020년 사업연도에 B에게 지급한 인건비에 관한 과세정보를 충분히 수집할 수 있는 상당한 시간이 존재하였고, 대법원판결이 선고된 시점인 2025.4.24. 당시 청구법인의 2022 사업연도에 대해 이미 세무조사 대상으로 선정된 상태였다.
조사청은 최소한 대법원의 최종판결 시점인 2025년 4월 이후에는 부과제척기간이 임박하기 전에 세무조사 대상으로 선정된 청구법인의 B 인건비와 관련하여 세무조사나 현장확인을 실시하는 등의 행위를 통해 충분히 청구법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여할 수 있었다.
마. 그런데도 조사청은 특별한 이유없이 장기간 이를 해태하였고, 단지 국세 부과제척기간이 3개월 미만이라는 단순한 사유로 청구법인에게 과세전적부심사 기회를 부여하지 아니하고 부과처분을 한 것은 위법한 과세처분에 해당한다.
이러한 과세전적부심의 절차를 조사청의 국세행정 집행 해태로 이행하지 않은 것임에도 불구하고 청구법인에게 절차적 이익을 상실하게 하고 그 권리를 박탈하는 것은 납세자의 권익을 심각하게 침해하는 것으로 이에 따른 부과처분은 당연히 취소되어야 한다.
<쟁점②>
가. 국세기본법 제81조의9는 세무조사의 범위를 확대하는 경우 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하고 있다. 청구법인에 대한 조사청 조사범위 확대는 납세자보호위원회의 사전 심의, 납세자에 대한 적법한 사전 통지 없이 이루어진 위법한 조사에 해당하며 그 이유는 다음과 같다.
나. 조사청이 2025.12.23.부터 2026.4.30.까지 실시한 청구법인에 대한 세무조사의 일자별 주요 진행 상황은 아래와 같다.
다. 조사청이 청구법인의 2022 사업연도 조사와 관련하여 수행한 주요 일자별 내역을 보면
1) 2026.1.5. 조사청은 청구법인의 임원보수와 관련하여 조사대상기간인 2022년이 아닌 2021년, 2023년 및 2024년 주주총회와 이사회 의사록과 각 연도별 성과평가 자료를 제출할 것을 구두로 요구하였다.
2) 2026.2.23. 조사청은 세무조사 중지 기간 종료 후 청구법인이 2020.8월 신설한 임원보수 지급규정과 이와 관련한 이사회 및 주주총회 의사록, 각 임원별 보수 개별한도 산정 근거 및 한도 변경 이력, 성과평가 평가자별 평가내역서 원시자료 등을 제시할 것을 서면으로 요구하여 청구법인은 조사청이 요청한 내용을 반영하여 2020년 부터 2024년 까지 개최한 주주총회 및 이사회 의사록, 임원보수지급규정, 연도별 성과평가내역서 및 임원보수한도 변경이력을 다음날인 2026.2.24. 제출하였다.
3) 같은 날 조사청은 청구법인의 특수관계 법인의 사용인인 D(청구법인의 직원아님)에게 B에 대한 인건비와 관련하여 문답서를 징취한 사실이 있는데, D은 세무범위확대 전인 당초 조사대상 사업연도인 2022 사업연도와 2020 사업연도에는 청구법인의 특수관계법인인 ㈜솔로몬이앤씨의 사용인으로 재직하였던 자로서 청구법인의 B에 대한 인건비와 관련한 조사청의 질문에 권한 있는 답변을 할 수 있는 위치에 있지 않은 자이다.
4) 2026.2.24. B에 대한 인건비와 관련하여 조사청은 2026.4.8. 부산지방국세청에서 개최할 예정인 과세사실판단 자문위원회에 제출할 조사팀 의견서를 청구법인에게 제시한 사실이 있다.
의견서를 보면 서두에는 ‘조사팀은 사주 B에게 지급한 ’21년~‘24년 급여 중 동일업종 상위 3개업체의 평균 급여 1,569백만원을 초과한 6,840백만원을 손금불산입하여 관련 법인세를 경정하고자 합니다’라고 기술하고 있고,
의견서 2페이지에는 ‘20년 8월 임원보수규정 및 성과평가 기준을 신설하였으나 구체적인 지급기준을 확인할 수 없고, 성과평가 또한 자의적인 것으로 판단된다’라고 기술하고 있다.
5) 이와 같이 조사청은 2026.2.24. 세무조사 범위확대를 위한 적법한 절차인 납세자보호위원회가 개최되기도 전에 이미 조사사업연도 외의 사업연도에 대한 조사를 실시하여 과세자료를 수집하였고, 그 절차를 위반하여 수집한 과세자료에 근거하여 조사범위를 확대한 것이 확인된다.
6) 따라서 법정 절차를 위반하여 수집된 과세자료는 그 자체로 위법하고 나아가 그 위법한 자료에 기초하여 이루어진 과세처분 역시 위법한 과세처분에 해당한다.
라. 조사청은 ‘26.3.3. 청구법인에게 부산지방국세청장 명의의 ’세무조사 범위확대통지‘ 공문을 청구법인 본점 사무실에서 서면 교부하면서 동시에 청구법인의 2020 사업연도에 대한 세무조사 결과통지를 하였다.
조사청이 통지한 세무조사범위확대 통지 공문에는 시행일자가 2026.2.19.로 기재되어 있다. 그러나 C지방국세청 납세자보호담당관실에서는 2026.2월 중순 청구법인에게 전화로 세무조사범위 확대에 관한 납세자보호위원회가 2026.2.26. 개최될 예정이며, 위원회에 참석하여 의견을 진술할 수 있다는 내용을 안내한 사실이 있다.
실제 조사범위 확대에 관한 납세자보호위원회가 2026.2.26. 개최되었으므로 조사청이 청구법인에게 제시한 세무조사범위 확대통지 공문은 위원회의 심의없이 사전에 작성된 문서이며 이 또한 적법한 절차를 위반한 것이다.
마. 법원은 세무조사 범위 확대는 납세자보호담당관의 승인이나 납세자에 대한 적법한 사전 통지 없이 이루어진 경우 위법하고, 그러한 위법한 확대조사 결과에 기초한 부과처분 또한 위법하다고 봄이 타당하다고 판시(서울행정법원 2023구합71995, 2025.6.27.)하고 있으며, 조세심판원도 수차례 반복된 결정을 통해 세무조사 범위 확대 통지의 누락은 절차상 중대한 하자에 해당하여 그에 따른 처분은 위법하다는 입장을 일관되게 취하고 있다(조심 2016중3708, 2017.8.24., 조심 2018서4063, 2019.6.26. 등 다수).
또한 헌법 제12조제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송 절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되므로 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 적법절차의 원칙은 반드시 준하여야 한다고 판시하고 있다(대법원2012두211, 2014.6.26.).
바. 결론적으로 조사청은 조사범위 확대 통지를 하기 전에 이미 부당하게 확대 조사를 실시하여 불법과세증거를 수집하였고, 이에 더해 납세자보호위원회의 심의가 있기도 전에 세무조사범위확대 통지 공문을 작성하여 이를 납세자에게 교부하였으므로 조사청의 청구법인에 대한 2020 사업연도 법인세 과세처분은 적법절차를 위반한 부당한 과세처분이다.
<쟁점③>
가. 2020년 8월 청구법인이 신설하여 적용한 임원보수 지급규정, 성과평가 기준 및 성과평가 결과표가 구체적이지 않고, 성과평가가 자의적이므로 대법원 판례에 따라 그 실질이 잉여금처분에 의한 상여에 해당한다는 조사청 주장에 대하여
1) 청구법인이 실시한 주요일자별 임원보수와 관련한 내역은 다음과 같다.
2) 청구법인은 2019년 조사청의 세무조사 이후 임원보수와 관련하여 문제의 심각성을 인식하고 이를 개선하기 위하여 임원보수 규정을 신설하였고, 신설된 임원보수 규정상의 구체적인 성과평가 기준에 따라 매년 임원별 성과평가 결과서를 작성하여 그 성과평가 결과서와 성과평가 기준상의 임원보수 산정 기준에 따라 임원보수를 결정하여 이사회의 승인 및 주주총회의 승인을 득하는 절차를 매년 준수하여 임원의 보수를 결정하고 각 임원과 연봉계약서를 체결하고 있다.
3) 상기와 같이 청구법인이 매년 적용한 임원보수지급규정, 성과평가기준 및 성과평가결과서에 따라 지급한 임원보수지급방식에 대하여 조사청은 이를 부인하는 구체적인 근거를 제시하지 아니하고, 청구법인의 성과평가기준 및 성과평가 결과가 자의적이다는 일방적인 주장을 하고 있다.
4) 청구법인은 매년 임원평가시 평가규정에 근거하여 평가 후 산출된 등급에 따라 임원보수지급규정상의 등급별 가중치를 적용하여 등급을 산출하고, 등급별 종합보수산정기준표에 따라 그 등급별 임원보수의 전년대비 증가 감소에 대한 이사회의 승인 및 주주총회의 승인을 득하여 임원보수를 결정하고 지급하여 왔다.
그리고 평가의 자의성을 최대한 배제하기 위하여 정성평가 가중치를 2, 정량평가 가중치를 8로 하여 최대한 수치에 의한 평가가 가능하도록 자의성을 배제하는 기준을 설정하였고, 보수반영비율의 C등급 구간이 넓은 이유는 급여는 생활을 유지하기 위한 필수불가결한 것이므로 아주 특별한 사유가 없으면 감액하지 않는다는 창업자의 정신이 반영된 것이다.
5) 결론적으로 조사청은 청구법인이 과거의 오류를 개선하고 세법에서 규정한 기준에 따라 합리적으로 제정하여 이를 근거로 매년 적용한 임원보수 지급규정을 구체적인 근거없이 임원보수지급규정이 없다고 하여 이익처분에 의한 상여로 처분한 것은 자의적인 과세에 해당하므로 근거과세 위반에 해당한다.
나. 배당가능한 이익잉여금이 충분함에도 배당금을 적게 지급하고 임원 보수를 과다하게 지급한 것이 이익잉여금 처분에 의한 상여금에 해당한다는 조사청 주장에 대하여
1) 청구법인의 연도별 배당실시 내역은 다음과 같다.
2) 배당의 선언과 배당금의 규모는 상법상 이사회의 승인요청과 주주총회의 결의에 따라 회사가 결정하여 실시하는 것으로 상법의 적법한 절차에 따라 배당을 실시하는 것에 대하여 세법이 관여할 어떠한 규정도 없는 바, 배당의 실시 여부, 배당 규모의 과다 여부에 대하여 세법인 관여하는 것은 사적자치원칙에 위배된다.
3) 다만, 이익잉여금에 대하여는 이익잉여금이 일정비율을 초과하여 사내유보를 하는 경우 조특법 제100조의32[구 법인세법 제56조(미환류 소득에 대한 법인세)]의 규정에 따라 별도로 과세가 이루어지고 있으므로 이익잉여금이 과다하는 이유로 임원에 대한 급여를 이익처분으로 보고 과세하는 것은 법조문 어디에도 없는 자의적인 과세에 해당한다.
4) 그럼에도 불구하고 조사청은 법률에 근거하지 아니하고 청구법인의 이익잉여금이 과다하고 배당이 적다는 사유로 이를 임원들에게 지급한 급여에 대하여 이익잉여금처분에 의한 상여로 과세하는 것은 일방적이고 자의적인 것이며, 조세법률주의를 위반한 부당한 과세처분에 해당한다.
다. 청구법인의 매년 매출액 규모, 영업이익 규모에 비추어 임원보수가 과다하다는 조사청 주장에 대하여
1) 임원연봉은 급여와 동일한 개념으로 관리회계에서는 급여를 고정비로 분류하고 있다. 청구법인의 임원연봉은 건설경기 악화에 따른 실적감소, 해당 임원의 성과평가 결과에 따라 임원보수가 매년 감소하였다.
연도 | ’19년 | ’20년 | ’21년 | ’22년 | ’23년 | ’24년 |
금액 | 7,220 | 6,020 | 3,620 | 3,620 | 3,620 | 2,220 |
2) 청구법인의 임원보수는 2019년 7,220백만원에서 2024년 2,220백만원으로 5년간 약 69% 감소하였다. 이러한 임원 보수의 감소 결과는 청구법인의 임원보수 산정 기준이 합리적이고 구체적인 기준이라는 것을 반증하는 것이고, 청구법인의 성과평가 기준에 따라 독립적으로 결정되고 있음을 객관적으로 입증하는 것이다.
3) 따라서 매출액·영업이익과의 상관관계를 근거로 임원보수가 과다하다는 조사청의 주장은 법적인 근거가 없는 것으로, 이를 이유로 한 손금불산입 처분은 조세법률주의에 위반된다.
라. 쟁점급여는 실질과세에 근거하여 사실상 이익처분에 의한 상여라는 조사청 주장에 대하여
1) 대법원은 납세자가 선택한 거래방식에 대하여 사업상 필요성 등 조세회피 외의 정당한 목적이 존재하는 경우, 단순히 세부담이 감소하였다는 사정만으로 그 거래 형식을 부인하고 실질과세의 원칙을 적용할 수 없다는 점을 명확히 판시하고 있다.
2) 대법원의 사례를 청구법인의 상황에 적용해 보면 청구법인의 임원보수 지급에는 조세회피와 무관한 정당한 목적이 존재한다. B은 청구법인의 경영을 총괄하면서 금융기관 대출에 대해 직접 연대보증을 부담한 사실이 있다. 이는 이전 세무조사에 관한 행정소송 항소심 판결에서 사법부가 직접 인정한 것으로, 임원보수지급에 대한 정당한 대가적 이유가 사법적으로 확인된 것이다.
3) 이처럼 청구법인의 임원보수에 대해 실질과세 원칙을 적용할 수 없음이 명백함에도 불구하고, 조사청은 임원보수가 과다하다는 일방적 주장을 근거로 실질과세를 적용하는 오류를 범하고 있다.
마. 조사청이 동종업계 평균급여를 과세기준금액으로 산정함에 대해
1) 조사청은 청구법인이 2020년 B에게 지급한 임원보수 6,020백만원 중 동종업계의 평균액을 기준으로 산정한 적정보수 1,569,948,885원을 초과하는 4,450,051,115원을 손금부인하였다.
2) 동종업계 평균급여를 '적정보수'로 규정한 법률은 세법을 포함한 어떤 법률에도 존재하지 않는다. 이는 단지 대법원 판례에서, “임원 보수 지급 규정이 없는 경우에 한하여” 적정보수의 산정 방법 중 하나로 제시된 기준에 불과하다.
3) 설령, 동종업계 평균급여를 적정보수의 참고기준으로 사용하더라도, 조사청의 산정 방식은 비교가능성을 갖추지 못하였다. 비교 대상 업체는 청구법인과 업종·규모·지역·사업구조·임원의 수·임원 업무 등에서 실질적으로 유사하여야 하고, 이를 엄격하게 적용하여야 비로소 의미 있는 기준이 될 수 있다. 그러나 조사청은 비교 업체가 청구법인과 업종·규모·지역·사업구조·임원의 수·임원 업무면에서 실질적으로 유사한지 여부를 전혀 검증하지 않은 채, 단순히 동일 업종 상위 3개 업체라는 이유만으로 그 평균급여를 적정보수로 단정한 것은 합리적 근거가 없는 자의적 산정이다.
4) 법원은 임원에 대한 보수지급 규정이 없는 경우 조사청이 산정한 적정 보수의 범위를 인정한 경우는 있으나, 청구법인의 경우와 같이 임원에 대한 보수 지급규정이 있는데도 이를 무시하고 아무런 법적 근거가 없는 기준을 적용한 조사청의 일방적인 적정보수 산정은 근거과세 원칙(국세기본법 제16조) 및 조세법률주의에 위반된 것으로서, 이에 기초한 과세처분은 취소되어야 한다.
3. 처분청(조사청) 의견
<쟁점①>
가. 국세청은 가용조사인력, 조사기간, 조사범위 등을 고려해서 연간 조사계획을 수립하여 세무조사를 진행하고 있으며, 조사청은 국세기본법 제81조의6 제2항에 따라 청구법인을 ’정기조사 대상자‘로 선정하여 2025.12.23.부터 2026.4.30.까지 청구법인에 대한 2022 사업연도 법인 통합조사를 실시하였다.
나. 청구법인은 납세자의 권리를 박탈했다는 근거로 조세심판원 판례를 제시하고 있는데, 해당 판례는 과세관청이 국세기본법 제81조의6 제3항제4호에 따라 ’신고내용에 탈루나 혐의를 인정할 만한 명백한 자료‘를 수집하고, 국세행정을 장기간 해태하였는지 여부에 대한 다툼으로 이 건 과세처분과는 사실관계가 다르다.
다. 청구법인은 2020년 임원 보수규정을 신설하고, 동 규정에 따른 성과평가로 B의 급여를 지급하였으나, 금액적인 측면에서도 2020년~2024년 B의 평균 급여액은 3,820백만원인데 직전 조사기간인 2015년~2018년 B의 평균 급여액은 4,823백만원으로 차이가 상당하고, 2015년~2024년 연도별 급여액은 아래와 표와 같이 매년 상이함을 알 수 있다.
라. 직전 세무조사에 대한 법원 판결 내용을 살펴보면 2015년~2018년 청구법인이 지급한 B의 급여가 영업이익에서 차지하는 비율, 다른 임원과 격차 유무, 배당 지급 규모, 특별한 기여 여부, 지급기준 및 절차 준수 여부 등을 종합하여 B의 급여를 이익처분으로 판단하였다.
마. 청구법인의 주장은 조사청이 쟁점급여의 지급규정, 지급규모, 과세기간 등에 대한 사실관계 확인없이 직전조사 행정소송 판결 내용을 ’신고내용에 탈루나 혐의를 인정할 만한 명백한 자료‘로 판단하고 해당 판결 이후 장기간 국세행정을 해태하여 청구법인을 비정기 조사대상자로 선정하였을 때 성립할 수 있는 주장으로 조사청은 청구법인에 대한 정기조사를 진행하였고, 판결 내용이 아닌 조사 과정에서 쟁점 혐의를 확인하고 관련 절차를 준수하여 조사범위를 확대하였으므로 당초 과세처분은 정당하다.
<쟁점②>
가. 조사청은 적법한 절차에 따라 2026.2.26. 납세자보호위원회로부터 조사범위 확대를 승인받은 이후 확대된 조사연도에 대한 과세자료를 수집하여 세무조사를 진행하였고, 2026.3.3. 조사범위 확대의 사유와 범위를 청구법인에게 정상적으로 서면통지하였으므로 조사청의 당초 과세처분은 정당하다.
나. 청구법인이 쟁점2와 관련하여 인용한 판례를 살펴보면 조사범위 확대 이전 조사연도 외 과세자료를 납세자에게 소명 요청한 사실이 확인된 사례이고, 조세심판원 판례는 조사범위를 확대하면서 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하지 않고, 과세처분한 경우로서 쟁점 청구법인에 대한 과세처분과 사실관계가 다른 판례이다.
다. 청구법인은 직전 세무조사에서도 당해 조사와 유사한 사실관계에 있는 B의 급여에 대한 불복을 진행한 바 있어 조사청은 세무조사 과정에서 절차상 하자가 발생하지 않도록 자료제출요구서를 서면으로 요청하여 수집하였으며, 자료제출요구서 어디에도 조사연도 외 과세자료를 요청한 사실을 확인할 수 없고, 조사범위 확대 2일 전 절차를 위반하여 과세자료를 수집할 이유도 없으므로 조사청이 절차를 위반하여 과세자료를 수집했다는 주장에 대한 입증은 청구법인이 해야 한다.
라. 청구법인은 조사청이 2026.2.23. 쟁점급여에 대한 진술서를 징취한 D이 청구법인이 아닌 특수관계법인의 사용인으로 조사청의 질문에 권한있는 답변을 할 수 없는 자임을 주장하고 있으나,
청구법인이 제출한 임원 프로필에는 D이 2014년부터 현재까지 청구법인에서 근무하고, 제출일 현재 상무로 재직하고 있음이 기재되어 있다. D 명함에서도 D이 청구법인의 재무관리 상무로 재직하고 있음이 확인되며, 2025.12.24., 2026.2.25. 조사청의 자료제출 요구서 또한 D이 수령하였음이 확인된다.
조사청은 B의 급여 지급액과 관련하여 회사측 책임자를 요청하여 2026.2.23. D과 진술서 작성을 정상적으로 진행하였으며, 동 진술서 내용에도 D이 청구법인의 재무관리 상무로서 문답에 참여한 사실이 확인된다.
마. 조사청은 쟁점급여에 대하여 과세사실판단자문을 진행함에 따라 2026.2.24. 조사청의 과세의견을 청구법인에게 전달하였고, 청구법인은 동 의견서에 기재된 2개의 단락을 인용하여 조사청이 조사범위확대 승인 전 조사연도 이외 연도에 대한 과세자료를 위법 수집하였음을 주장하고 있다.
1) 과세사실판단자문에 제출할 조사팀 과세의견 중 ’조사팀은 사주 B에게 지급한 2021∼2024년 급여 중 동일업종 상위 3개 업체의 평균 급여 1,569백만원을 초과한 6,840백만원을 손금불산입하여 관련 법인세를 경정합니다’에 대한 내용을 살펴보면,
청구법인과 동일업종을 영위하는 상위 3개업체의 급여 자료는 국세청에서 매년 수집하는 근로소득 지급명세서를 통해 구축된 자료를 국세청 내부망을 이용하여 비교대사한 자료로서 청구법인이 주장하는 위법한 과세자료를 기초하여 작성된 내용이 아니다.
2) 또한 과세사실판단 자문에 제출할 조사팀 과세의견 중 ‘2020년 8월 임원보수 규정 및 성과 평가기준을 신설하였으나 구체적인 지급기준을 확인할 수 없고, 성과평가 또한 자의적인 것으로 판단된다’에 대한 내용을 살펴보면,
2020년 8월에 신설한 임원보수 규정과 성과평가 기준은 당초 조사연도인 2022년 B 급여에 대한 근거자료로서 청구법인이 소명한 과세자료이고, ‘구체적인 지급기준을 확인할 수 없고, 성과평가 또한 자의적인 것으로 판단됩니다’에 대한 내용 또한 청구법인이 제출한 임원보수 규정과 성과평가 기준을 바탕으로 청구법인이 법인세 신고시 제출한 재무제표 상으로 확인되는 영업실적 등과 비교하고 전술한 ‘D 문답서’ 내용 등을 통해 구체적인 지급기준 없이, 자의적인 성과평가로 쟁점 급여를 지급한 사실을 확인해서 작성한 단락이다.
3) 조사청은 ‘과세사실판단 자문신청서’, ‘조사범위확대검토조서’와 같이 적법한 절차로 수집한 과세자료를 근거로 검토서를 작성하여 납세자보호위원회에 제출하였으며, 조사청이 작성한 각 검토서 어디에도 조사범위를 벗어나 수집한 과세자료를 근거로 작성된 내용은 없다.
바. 청구법인은 조사청이 2026.3.3. 통지한 ‘세무조사 범위확대 통지’ 공문 하단에 기재된 문서번호의 괄호일자가 2026.2.19.로 기재되어 있으므로 동 통지 공문이 납세자보호위원회의 심의 없이 사전에 작성된 문서임을 주장하고 있으나,
‘세무조사 범위확대 통지’는 조사팀에서 수동으로 작성하는 문서가 아닌 납세자보호위원회의 심의결과에 따라 납세자보호담당관의 승인 절차를 거쳐 국세청 내부 전산망에서 출력되는 문서입니다. 청구법인이 주장하는 2026.2.19.은 조사범위확대가 시행된 날짜를 의미하는 것이 아니라 납세자보호위원회 일정에 따라 조사팀이 최초 전산입력한 날짜가 표기된 것으로 조사청은 적법한 절차에 따라 납세자보호위원회의 심의 결과에 따라 조사범위를 확대하였다.
<쟁점③>
가. B이 청구법인에 특별히 기여한 점을 확인할 수도 없고, 쟁점급여는 구체적인 지급기준 없이 지급되었으며, 자의적인 성과평가에 의해 지급됨이 확인되므로 쟁점급여의 실질은 이익처분에 의한 상여에 해당한다.
1) 청구법인이 2020∼2024년 지급한 B 급여 19,100백만원으로 지배주주가 아닌 임원들의 급여 대비 최대 78배, 평균 45배에 달하는 급여를 지급 받았으나 해당기간 B에게 고액 보수를 지급할 만한 특별한 기여를 확인할 수 없다.
가) 청구법인의 직전조사기간 지배주주가 아닌 임원과 B의 급여 차이는 최대 93배, 평균 68배로 수치상으로는 소폭 감소하였으나 유의미한 감소로 판단되지 않는다.
나) 청구법인은 B이 금융기관에 개인의 담보와 보증을 제공하여 운영자금과 공사대금을 조달하고, 건설부지 매입, 분양관리 등 청구법인의 업무를 총체적으로 수행하였으므로 청구법인에 특별한 기여를 한 것으로 소명하였으나 직전조사 불복과정에서 B이 청구법인 금융대출에 연대보증을 하고, 자금 조달업무를 주도한 것은 통상적인 대표이사의 역할로 판단한 바 있고(부산고법 2024누20666 판결 참조)
건설부지 매입, 분양관리 등의 업무 또한 건설업체의 일반적인 업무이고, 2020∼2024년 청구법인 영업실적 등을 고려해보면 B의 특별한 기여가 있었다고 볼 수 없다.
2) 청구법인은 ’20년 8월 이사회 의결을 통해 임원 보수 지급규정 및 성과평가 기준을 신설하였으나 구체적인 지급기준을 확인할 수 없고, 성과평가 또한 자의적인 것으로 확인되었다.
가) B은 청구법인의 지분 93.7%를 소유한 지배주주이고, 이사회 또한 대부분 B의 가족들로 구성(이사회 5인 중 4인)되어 있어 자신의 보수를 별다른 제약 없이 자유롭게 정할 수 있는 지위에 있다.
이사회에서 산정한 B의 급여 상한액은 직전 조사기간 손금부인했던 2018년 최대 급여액 6,520백만원과 차이가 없는 것으로 확인된다.
나) 청구법인은 부산지역 건설업체 매출규모, 영업이익 등을 고려하여 B의 급여를 산정한 것으로 소명하고 있으나 조사청이 수집한 부산, 울산, 경남 지역 건설업체 최대 급여자의 평균 급여액은 460백만원이고, 그 범위를 전국으로 확대하더라도 318백만원으로 B의 평균 급여 3,820백만원과 차이가 큰 것으로 확인된다.
다) 또한, 최대 급여자와 다른 임원들의 급여 차이를 비교해 보면 부산지역은 382%이고, 전국은 344%로 청구법인의 4,558%와 큰 차이를 보이고 있고, 전술한 바와 같이 청구법인은 동 차이를 설명할 구체적인 평가자료를 제출하지 않았다.
3) 청구법인이 제출한 성과평과에 대하여 살펴보면 다음과 같은 사유로 성과평가가 자의적인 것으로 판단된다.
가) 청구법인의 성과평가 시행 이전 5년과 조사기간을 비교해 보면 평균매출액은 399,229백만원에서 68,278백만원으로 83% 급감하였고, 평균 영업이익은 111,169백만원에서 △9,240백만원으로 적자전환하였으나,
같은 기간 B의 급여는 5,303백만원에서 3,820백만원으로 28% 감소, 회장 E은 136백만원에서 152백만원으로 11% 상승, 대표이사 F은 69백만원에서 84백만원으로 21% 상승한 것으로 확인되고, 비교기간을 조사기간으로 축소하여도 B의 급여는 64% 감소, E은 동일, F은 19% 상승한 것으로 확인된다.
청구법인이 제출한 성과평과 방식은 정량적 평가와 정성적 평가로 구분되고, 그 중 80%를 차지하는 정량적 평가는 경영성과와 연동된다.
나) 해당기간 청구법인의 경영성과를 살펴보면 매출액은 5분의 1토막이 되고, 영업이익은 적자전환 하였으나 직급별 보수 상한액은 조정되지 않았다. 동일한 경영성과를 기준으로 평가한 임원의 급여 증감액이 제각각인 것으로 확인된다.
다) 청구법인의 정성적 평가를 살펴보면 평가항목이 아래와 같이 추상적인데다, 평가자가 가족들로 구성되어 있어 B이 평가점수를 자유롭게 정할 수 있는 위치에 있고, 구체적인 평가자료 또한 제출되지 않았다.
나. 청구법인은 조사기간 7,207백만원의 배당금을 지급, 실질적인 이익배당이 있었으므로 쟁점 급여를 이익처분으로 보는 것은 부당하다 주장하였으나,
직전 불복과정에서 법원은 청구법인이 ’17년∼’18년 7,905백만원의 배당금을 지급하였음에도 미처분 이익잉여금 규모 대비 배당 지급액이 미미하단 점을 근거로 B 급여를 이익처분으로 판단한 바 있다.
청구법인이 조사기간 지급한 배당금액은 아래와 같이 직전조사 대비 비율적 측면 또는 금액적 측면에서 특별히 증가한 사실이 확인되지 할 수 없으므로 동 배당금 지급을 근거로 쟁점 급여가 이익처분에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장은 수용할 수 없다.
다. 유사 판례(대법원 2015두60884) 판단 기준에 따라 쟁점 급여를 비교해 보면 조사기간 동일업종 지배주주의 급여가 영업이익에서 차지하는 비율은 아래와 같이 5.4%로 확인되나 청구법인은 41.3%(절대값)에 달하고 있다.
청구법인은 조사기간 누적 영업결손인 업체로 모수인 영업이익이 결손일 경우, 지배주주의 급여액과 상관없이 결손액이 커질수록 급여 비율이 낮아지는 왜곡된 결과 값이 도출되므로 지배주주 급여가 매출액 측면에서 차지하는 비율과 비교해 봐도 동일업종 평균비율 0.5%이고 청구법인은 5.6%에 달하고 있어 청구법인이 지배주주 B의 급여를 월등히 많이 지급하고 있는 것으로 확인되고 청구법인의 결손액이 커짐에도 쟁점 급여 비율이 증가하고 있어 영업이익 변동과의 연관성 및 계속 지급 가능성 측면에서도 경제적 합리성이 결여된 과도한 급여로 판단된다.
라. 위와 같이 B이 수령한 고액 급여에 대한 특별한 기여가 확인되지 않고, 신설한 임원 보수 지급규정에 대한 구체적인 지급기준을 확인할 수 없으며 성과평가 또한 자의적이므로 2020년 B의 급여 중 동일업종 상위 3개업체의 평균 급여를 초과하여 지급한 4,450백만원은 사실상 이익처분으로 보아 법인세법 제19조 및 제26조, 동법 시행령 제43조를 적용하여 과세처분함이 타당하다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 부과제척기간이 임박하다는 사유로 과세전적부심사 기회를 부여하지 않고 과세처분한 것이 적법한 행위인지 여부
② 조사범위 확대에 앞서 적법한 절차를 이행하지 아니한 상태에서 과세자료를 수집하고, 이에 기초하여 조사범위 확대를 실시하여 청구법인에게 부과처분한 경우, 그 부과처분이 적법한지 여부
③ 청구법인이 B에게 지급한 급여가 이익처분에 의한 상여에 해당하는지 여부
나. 관련법령
[쟁점①](부과제척기간이 임박하여 과세전적부심사 기회를 부여하지 않음)
1) ｢국세기본법｣ 제81조의6 [세무조사 관할 및 대상자 선정]
① 생략
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 "정기선정"이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.
1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우
2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우
3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우
③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.
1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우
2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
④ 세무공무원은 과세관청의 조사결정에 의하여 과세표준과 세액이 확정되는 세목의 경우 과세표준과 세액을 결정하기 위하여 세무조사를 할 수 있다.
⑤ 세무공무원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 자에 대해서는 제2항에 따른 세무조사를 하지 아니할 수 있다. 다만, 객관적인 증거자료에 의하여 과소신고한 것이 명백한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 업종별 수입금액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 사업자
2. 장부 기록 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업자
2) ｢국세기본법｣ 제81조의12 [세무조사의 결과통지]
① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날로부터 20일 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다.
1. 세무조사 내용
2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거
3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
3) ｢국세기본법｣ 제81조의15 [과세전적부심사]
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 과세적 적부심사라 한다]를 청구할 수 있다. (이하 생략)
1. 제81조의 12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지(이하 생략)
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
[쟁점②](조사범위 확대 전 과세자료 수집)
1) ｢국세기본법｣ 제81조의 9 [세무조사 범위 확대의 제한]
① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.
② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.
2) ｢국세기본법 시행령｣ 제63조의 10 [세무조사 범위의 확대]
법 제81조의9제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우
2. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우
3) ｢납세자보호사무처리규정｣ 제55조 (조사범위 확대 승인)
② 주무국(과)장이 중소규모 납세자 이외의 납세자에 대한 조사범위 확대를 신청한 경우 지방국세청 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 조사관서장이 그 승인 여부를 결정한다.
4) ｢납세자보호사무처리규정｣ 제58조 (조사범위 확대 여부 통보)
② 제1항에 따라 조사범위 확대 통보서를 받은 주무국(과)장은 그 내용을 조사사무처리규정 제39조에 따라 납세자에게 송달하여야 하며, 이 때 조사범위 확대 승인에 이의가 있을 경우 납세자보호위원회에 권리보호 요청을 신청할 수 있음을 안내하여야 한다.
5) ｢조사사무처리규정｣ 제39조 (조사범위 확대의 제한)
② 제15조제2항에 따른 중소규모 납세자 이외의 납세자에 대한 조사에서 조사범위를 확대하는 경우에는 납세자보호위원회의 승인을 받아야 한다.
⑤ 조사공무원은 조사범위가 확대된 경우에는 조사 범위확대 통지(별지 제22호 서식)에 확대사유를 구체적으로 기재하여 납세자에게 통지하여야 한다.
6) ｢조사사무처리규정｣ 제30조 (조사권의 남용 금지)
② 조사공무원은 조사편의 등의 목적으로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 해서는 아니된다.
4. 관련 법령 및 규정에서 정한 승인 절차에 의하지 아니하고 임의로 조사기간의 연장, 조사범위의 확대 또는 거래처 현장확인을 하는 행위
7) 과세전적부심사사무처리규정 제3조 【세무조사결과 등 통지】
① 세무서장 또는 지방국세청장이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 과세할 때에는 과세표준이나 예상 고지세액 등을 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다.
1. 법 제81조의12에 따른 세무조사를 마친 때
2. ~ 6. (생략)
[쟁점③](B에게 지급한 급여가 이익처분에 의한 상여에 해당하는지)
1) 국세기본법 제14조 【실질과세】
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 「조세특례제한법」 제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
3) 법인세법 제26조 【과다경비 등의 손금불산입】
다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 인건비
4) 법인세법 시행령 제43조 【상여금 등의 손금불산입】
① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. (이하 생략)
다. 사실관계
국세통합전산망, 청구법인과 조사청이 제출한 심리자료 등을 종합하면 다음의 사실들이 나타난다.
1) 청구법인의 사업자등록 내역과 주주현황, 세무조사 내역은 아래와 같다.
2) 청구법인이 2015년 부터 2024년 까지 주주임원 B에게 지급한 임원보수는 아래 표와 같으며, 조사청은 2019년 직전세무조사 당시 2015~2018년 임원보수액 19,293백만원 중 18,685백만원을 그 실질이 이익처분에 따른 상여금으로 보아 손금에서 제외하여 과세하였고, 이번 쟁점세무조사에서 제척기간이 임박한 2020년 B에 대한 쟁점급여 6,020백만원 중 4,450백만원을 그 실질이 이익처분에 따른 상여금으로 보아 손금불산입 결정하였다.
3) 직전세무조사에 따른 청구법인의 불복 사건내역 및 판단
4) (쟁점2) 청구법인은 조사청이 2026.2.24. 세무조사 범위확대를 위한 적법절차인 납세자보호위원회가 개최되기 전에 이미 조사사업연도 외의 사업연도에 대한 조사를 실시하여 자료를 수집하였다고 주장하며, 조사청이 과세사실판단자문위원회의 조사팀 의견서를 제출하였다.
5) (쟁점2) 청구법인은 조사청이 세무조사범위확대 승인(2026.2.26.)이 있기 전에 세무조사범위확대 통지 공문을 작성하였다고 주장하며 세무조사범위 확대통지서를 제출하였으며, 통지서의 시행일자는 2026.2.19.로 기재되어 있다. 그러나 해당 세무조사 범위확대 통지서는 조사청이 수동 작성한 서류가 아닌 납세자보호위원회의 승인을 거쳐야 전산출력이 가능한 서류로 확인된다.
청구법인에 자료제출요구서를 보냈으며, 제출요구서에는 조사연도 외의 사업연도에 관한 자료를 요청한 사실은 확인되지 않는다고 주장한다.
7) (쟁점2) 청구법인은 조사청이 조사기간에 작성한 D의 문답서에 대해 D은 청구법인의 직원이 아니라고 주장하며, D의 건강보험자격득실 확인서를 제출하였다. 제출된 자료를 살펴보면 D은 2014~2018년, 2019년(1개월), 2023년~2024년(9개월) 청구법인에 근무하였음이 확인된다.
8) (쟁점3) 청구법인은 2019년 직전세무조사 이후 임원 보수 문제의 심각성을 인식하고 이를 개선하기 위하여 임원보수 규정을 신설하였고, 신설된 임원보수 규정상 구체적인 성과평가 기준에 따라 매년 임원별 성과평가 결과서를 작성하여 그 성과평가 결과서와 성과평가 기준상의 임원보수 산정 기준에 따라 임원보수를 결정하여 이사회의 승인 및 주주총회의 승인을 득하는 절차를 매년 준수하고 있으며, 각 임원들과 연봉계약도 체결하였음을 주장하며, 이사회 의사록 및 임원보수지급규정, 연봉근로계약서 등을 아래와 같이 제출하였다.
가) 이사회 의결 개정 사항(임원 보수규정과 산정근거 신설, 성과평가에 따른 임원보수 지급 의결)
나) 보수규정 신설
9) (쟁점3) 조사청은 쟁점급여 6,020백만원 중 동일업종을 영위하는 상위 3개 업체의 평균 급여 1,569백만원를 초과한 4,450백만원을 사실상 이익처분으로 보아 손금불산입으로 판단하였다.
10) (쟁점3) 조사청은 2026.3. 과세사실판단자문위원회에 ‘쟁점법인이 B에게 지급한 급여가 법인세법 제26조 및 동법 시행령 제43조에 따른 과다경비에 해당하는지 여부’에 대해 과세사실판단자문신청을 하였고, 과세사실판단자문위원회는 2026.4. 조사청에게 아래와 같이 “과세 의견”으로 그 의결 내용을 통보한 것으로 나타난다.
라. 판단
먼저 쟁점① 부과제척기간이 임박하다는 사유로 청구법인의 과세전적부심사 기회를 부여하지 않고 과세처분한 것이 적법한지에 대하여 살펴본다.
1) 「국세기본법」제81조의15제2항에는 ‘제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지(제1호)를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구 할 수 있다‘고 규정하고 있으며, 제3항에는 ’다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다‘고 하면서 그 예외 사유 가운데 하나로 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다.
2) 이러한 과세예고통지 및 과세전적부심사청구 규정은 과세관청이 납세자에 대하여 과세하려는 정보 등을 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 세금을 부과하기 전에 과세하려는 내용의 적법성에 관한 심사 절차를 통하여 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하려는 절차 규정이라고 할 것이다.
법원은 위의 규정과 관련하여 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위 등을 고려하여 보면, 과세예고 통지 후 과세전적부심사청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 처분은 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다. 그러나 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세전적부심사를 생략하고 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결 등 참조).
3) 위의 법리와 앞서 살펴본 사실관계에 비추어 보건대, 청구법인은 조사청이 직전세무조사 이후 B에게 지급한 2020 사업연도 쟁점급여에 관한 과세 정보를 충분히 수집할 수 있는 상당한 시간이 존재하였기에 충분히 청구법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여할 수 있었으나 특별한 이유없이 장기간 이를 해태하였고, 단지 국세부과제척기간 3개월 미만이라는 사유로 청구법인에게 과세전적부심사 기회를 부여하지 아니하고 부과처분을 한 것은 위법한 과세처분이라고 주장하나,
4) 쟁점세무조사는 국세기본법 제81조의6제2항제2호에서 규정한 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우에 해당하여 정기적으로 대상을 선정하여 세무조사를 한 경우로 구체적인 혐의점이 있어 조사대상자로 선정된 경우와 다르며, 세무조사 과정에서 쟁점 혐의점를 확인하고 조사범위를 확대한 것으로 보인다.
5) 따라서 청구법인이 조사청의 조사결과통지를 하는 날로부터 국세부과제척기간까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 과세전적부심사청구 기회를 부여하지 않고 한 과세처분은 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
쟁점② 조사범위 확대에 앞서 적법한 절차를 이행하지 아니한 상태에서 과세자료를 수집하고 이를 기초하여 조사범위 확대를 실시하여 청구법인에게 부과처분한 경우 그 부과처분이 적법한지에 대하여 살펴본다.
1) 「국세기본법」 제81조의9 제1항은 ‘세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다’고 규정하고, 제2항은 ‘세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다’고 규정하고 있다. 「국세기본법 시행령」 제63조의10제2호는 세무조사 범위 확대를 할 수 있는 사유 중 하나로 ‘명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우’를 들고 있다. 한편 국세청 훈령인 조사사무처리규정 제39조제2항은 중소규모 납세자 이외의 납세자에 대한 조사에서 조사범위를 확대하는 경우에는 납세자보호위원회의 승인을 받도록 정하고 있다.
2) 이 건의 경우 청구법인은 조사청이 조사범위확대에 앞서 적법한 절차를 이행하지 아니한 상태에서 과세자료를 수집하였고, 이 자료를 기초로 하여 조사범위 확대를 실시하였으므로 그 부과처분은 부당하다고 주장하나,
3) 관련 법령의 내용과 사실관계 등을 비춰 살펴보면 이 사건 범위확대조사는 조사청이 「국세기본법 시행령」제63조의10제2호를 근거로 하여 부산지방국세청 납세자보호담당관에게 2026.2.19. 범위확대 승인 신청을 하였고, 이를 2026.2.26. 승인을 받았으며, 2026.3.3. 청구법인에게 조사범위 확대사실을 통지한 것으로 확인된다.
청구법인은 조사청이 2026.1.5. 구두로 조사대상기간(2022사업연도)이 아닌 타 사업연도의 주주총회와 이사회의사록 및 각 연도별 성과평가 자료를 제출할 것을 요청받았다고 주장하나 관련 증빙을 제출하지 않았고, 조사청이 제출한 자료제출요구서에도 타 사업연도 자료 제출을 요청한 사실은 확인되지 않는다.
또한 청구법인은 2026.2.24. 과세사실판단 자문위원회 제출용 조사팀 의견서의 내용으로 보아 세무조사 범위확대에 대한 납세자보호위원회의 승인 전에 조사대상기간이 아닌 타 사업연도에 대한 조사를 실시하여 과세자료를 수집하였다고 주장하나, 제출된 의견서의 내용만으로 납세자보호위원회 승인이 있기 전에 당초 조사대상기간 외의 타 사업연도에 대한 조사를 하였다고 보기도 어렵다.
더욱이 청구법인은 조사청이 2026.3.3. 통지한 세무조사 범위확대 통지서 공문의 시행일자인 2026.2.19.이 납세자보호위원회의 승인일자인 2026.2.26.보다 빨라 납세자보호위원회의 심의 없이 사전에 작성된 문서라고 주장하나, 해당 통지서는 조사청이 수동으로 작성한 공문이 아닌 납세자보호위원회의 승인을 받은 후 국세통합시스템에서 출력이 가능한 문서임이 확인된다.
4) 따라서 조사청이 조사범위 확대 통지 전 부당하게 확대 조사를 실시하여 과세증거를 수집하였고, 납세자보호위원회의 승인이 있기 전 세무조사범위확대 통지 공문을 작성하여 청구법인에게 교부하였으므로 적법절차위반이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
마지막으로 쟁점③ 청구법인이 B에게 지급한 급여가 이익처분에 의한 상여에 해당하는지에 대하여 살펴본다.
1) 「법인세법」제19조제1항은 ‘손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제2항은 ‘손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두51310 판결 등 참조). 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되나, 임원이 법인에 제공하는 반대급부와 법인으로부터 지급받는 보수 사이에는 합리적 비례관계가 유지되어야 한다(대법원 2015.9.10. 선고 2015다213308 판결 참조).
2) 법인이 지배주주인 임원에게 보수를 지급하였더라도, 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적ㆍ계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).
3) 청구법인은 직전세무조사 결과 확인된 임원보수에 대한 문제점을 인식하여 2020년 이를 개선하고 적법한 절차에 따라 임원보수 지급규정을 신설하였으며, 구체적인 성과평가 기준을 마련하여 임원보수를 지급하였으므로 쟁점급여는 실질적 이익처분에 의한 상여에 해당하지 않으며 정상적인 손금에 해당한다고 주장하여 이에 대해 살펴본다.
4) 직전세무조사(2015~2018사업연도) 결과에 따라 청구법인이 제기한 소송 에서 대법원은 심리불속행(기각) 판결을 하였고, 고등법원 판결문에는 B이 통상적인 대표이사의 역할을 넘는 특별한 기여를 하였다거나 동종업계에서 대표이사에게 지급되는 보수의 수준을 현저하게 상회할 정도의 역할을 수행한 것이라고 보기 어려우며, 주주총회 및 이사회 의사록이 작성되기는 하였으나 일부 일자에 상이한 내용의 서로 다른 주주총회 의사록이 중복작성되어 있을 뿐 아니라 B이 청구법인의 지배주주이고 B의 가족들로 사내이사가 구성되어 있으며, 각 의사록에는 대표이사의 보수에 대한 구체적인 지급기준이나 성과평가에 관한 자료없이 변경 전후의 보수 금액만이 정해져 있을 뿐이어서 어떠한 내용을 근거로 쟁점 보수가 정해진 것인지를 알 수 없는 이상 청구법인이 대표이사의 보수지급에 필요한 절차를 거치거나 관련 서류가 작성되었다는 사정만으로 쟁점보수가 실질적 이익처분이 아닌 정당한 직무집행의 대가라고 인정하기 어렵다고 보았다. 또한 2017~2018 사업연도 배당금 79억500만원 중 74억 원가량이 B에게 지급되었으며, 청구법인의 미처분 이익잉여금의 규모에 비추어 다른 주주들에게 지급된 배당금은 미미한 수준에 불과하다고 보이므로 청구법인이 일부 사업연도에 배당을 실시하였다는 사정만으로 B에게 지급된 쟁점보수가 실질적 이익처분이 아니라고 단정할 수 없다고 판단하였다.
5) 쟁점세무조사를 해당 판결에 비추어 보면 다른 사정은 동일하나 임원보수지급기준과 성과평가 기준을 마련하였다는 점에서 차이가 난다. 청구법인이 제출한 임원보수규정에 대한 이사회의사록을 살펴보면 B은 성과평가등급이 최하위 등급인 D등급이며, D등급은 C등급인 보수반영 비율 10~50%보다 비율이 낮아야 하나, 2020.8.28. 작성된 이사회회의록에서는 B이 ‘회사의 전반적인 재무상황에 대한 책임과 대부분의 의사결정을 수행하고 있으므로 임원보수를 전기 대비 대폭 감소한 금액인 60억으로 책정한다’고 기재되어 있고, 이 지급액을 정한 이사회는 B의 가족들로 구성된 점은 임원보수 지급액을 성과평가에 따라 지급되었다고 보기 어렵다고 판단된다.
6) 한편 조사청은 동종업계 평균급여를 과세기준금액으로 산정하였으며, 직전세무조사에 따른 소송 판결문에서 청구법인의 전 대표이사 E의 보수 상당액을 기준으로 B의 직무집행의 대가를 산정함이 부당해 보이지 않는다고 판단한 사실이 있고, 쟁점세무조사에서 B의 2020 사업연도 급여 152백만원이 아닌 동종업계 평균급여 1,569백만원을 기준금액으로 산정함이 청구법인에게 불리하다고 볼 수도 없다.
7) 따라서 쟁점급여는 B의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기 보다는 청구법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입의 대상이 된다고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
5. 결론
이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호(기각)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
