이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 2004.10.20.설립한 청구법인”은 건설업을 영위하는 법인이며, 주상복합 및 물류센터 신축 등 과세사업과 국민주택규모이하 주택건설 등의 면세 사업을 겸업하고 있다.

나. 조사청은 2025.9.30.부터 2025.11.18.까지(이하 “당초 조사기간”이라 한다.) 청구법인의 2022년 사업연도에 대해 법인통합조사에 착수하여 공통매입세액 부적정 혐의가 있는 ’20.2기부터 ’21.2기 과세기간과 ’23.1기부터 ’25.1기 과세기간(2020년 사업연도를 제외하고 이하 “쟁점과세기간”이라 한다.)까지 조사범위를 확대하였다.

  1) 조사범위 확대 및 조사 중지･재개, 세무조사 결과통지까지의 사실관계를 요약하면 다음의 ＜사실관계 요약＞ 표와 같다.

다. 청구법인은 조사 중지신청을 하지 않은 쟁점과세기간에 대한 조사는 범위 확대를 위해 중지한 7일을 포함하여 2025.11.25. 종료되었으나, 2025.12.30. 쟁점과세기간에 대해 세무조사 결과를 통지하였으므로 이는 조사종료일로부터 20일을 도과한 중대한 절차상 하자에 해당하는바 그에 따른 부과처분은 위법이라는 취지의 이의신청을 2026. 5. 12.제기하였다.

2. 청구주장

가. 사실관계

1) 청구법인은 2025.11.12. 당초 조사대상연도인 2022년 사업연도에 대해 11.12.부터 12.15.까지 세무조사 중지 신청하였다.

 2) 조사청은 2025.11.13. ’세무조사 중지신청 승인 결과통지’ 하였고, 이에 따라 2022년 사업연도에 대한 조사 기간은 2025.9.30.부터 2025.12.22.까지 변경되었다.

 3) 그리고 세무조사 중지 결과통지 한 날에 조사청은 납세자보호담당관의 승인을 거쳐 청구법인에 ‘세무조사 범위확대 통지(조사유형: 부분조사)’하였고, 쟁점과세기간의 조사종료일은 범위 확대를 위해 조사를 일시 중지한 기간(7일, ’25.11.17〜11.23.)을 포함하면 2025. 11. 25.이다.

 4) 이후 조사청은 2025.12. 12. 청구법인에 당초 조사대상연도인 2022년 사업연도에 대하여 ‘세무조사 재개통지’를 하였고, 2026.1.5.청구법인에 당초 조사대상연도인 2022년 사업연도와 쟁점과세기간에 대해 ‘세무조사 결과통지’ 하였다.

 5) 쟁점과세기간의 조사종료일부터 세무조사 결과통지일까지 경과일 수는 다음과 같다.

 6) 청구법인이 쟁점과세기간에 대한 세무조사 중지신청을 하지 않은 사실에 대하여는 청구법인과 조사청 간에 다툼이 없다.

 7) 조사청의 경정결의안을 수보한 처분청은 2026.4.13.쟁점과세기간에 대해 부가가치세 총 1,734,547 천원을 청구법인에 부과하였다.

나. 구체적 청구주장

다음과 같은 이유로, 쟁점과세기간의 세무조사 결과통지가 조사 기간 종료일로부터 20일을 도과하여 중대한 절차상 하자에 해당하므로 그에 따른 부가가치세 과세처분은 위법･부당하다.

 1)「국세기본법」제81조의12 제1항은 “세무공무원은 세무조사를 마친 날부터 20일 이내에 조사결과를 납세자에게 서면으로 통지하여야 한다.”라고 명확히 규정하고 있다.

 2) 조사청은 쟁점과세기간에 대한 조사기간 종료일인 2025.11.25.부터 41일이 경과한 2026.1.5.에서야 쟁점과세기간에 대한 ‘세무조사 결과 통지’를 하였다.

 3) 대법원 판례에 의하면, ”세무조사 결과의 통지기한을 준수하지 못한 경우 중대한 하자가 존재하여 그 과세처분은 위법하다.“라고 판시하였다.(대법원 2025.4. 3.선고, 2024두66389 판결 참조)

 4) 조세심판원도 최근”세무공무원은 조사기간 종료일부터 20일 이내에 납세자에게 세무조사 결과를 서면으로 통지하여야 한다.”라는 취지의 결정을 하였다.(조심 2025중1027, 2025.12.22.참조)

3. 조사청 의견

세무조사결과 통지는 적법하게 통지되었으므로 청구법인의 절차적 권리를 침해하지 않았다.

  1) 청구법인은 쟁점 과세기간에 대해서 세무조사 중지신청을 하지 않았다는 사실에 조사청과 이견이 없다고 주장하나 이는 사실과 다르다.

청구법인이 조사중지를 신청한 날(’25.11.12.)에는 대표자와 세무대리인이 범위 확대 사실을 인지한 상황에서 청구법인의 소송 대응으로 인해 물리적으로 당초 조사연도 및 범위 확대 과세기간에 대한 자료 제출 및 소명이 불가능하다는 사유를 들어 전체 조사대상 기간에 대한 조사 중지의 의사를 밝히며 조사 중지를 신청하였다.

이에 조사청은 납세자의 권리보호를 위해 '22년 조사대상 기간만을 한정한 것이 아닌 부분 확대된 조사기간을 포함하여 전체 조사대상 기간에 대해 조사 중지를 통지하였다.

  2) 사정이 이러함에도 청구법인은 직접 작성한 조사중지 신청서에 조사대상 과세기간을 '22.1.1.부터 ’22.12.31.로 기재하였다는 사유만으로 마치 쟁점 과세기간에 대하여는 중지신청 및 결정을 받지 않은 것으로 주장하고 있는바, 이는 위에서 언급한 내용과 같이 청구법인이 전체 세무조사의 중지 의사를 밝히며 조사 중지를 신청한 사실관계와 다르다.

 3) 조사청은 조사 범위 확대 승인일('25.11.12.)과 청구법인의 조사중지 신청 다음 날인 '25. 11. 13. 청구법인에 ‘세무조사 범위 확대 통지서’와 ‘세무조사 중지신청 결과통지서를 직접 교부하였다.

이는 쟁점과세기간을 포함한 전체조사대상 기간에 대한 조사중지를 청구법인에 통지한 것이므로 전체 조사기간의 조사종결일은 '25.12.22.이며, 청구법인은 26.1.5. 쟁점과세기간에 대한 세무조사결과 통지를 수령하였으므로 세무조사결과통지는 조사를 마친 날로부터 20일 이내에 적법하게 통지되었다.

3)「국세기본법」제81조의12 제1항은 세무조사를 마친 후 일정 기간 내에 그 결과를 통지하도록 규정하고 있는데, 이는 납세자에게 과세처분의 근거를 사전에 알려 과세전적부심사청구 등과 같은 구제 절차를 거칠 수 있도록 절차적 권리를 보장하려는 데 그 취지가 있는 것으로,

조사 결과 통지의 흠결이 문제 될 때도, 그로 인하여 납세자가 과세전적부심사를 포함한 절차적 방어권을 실질적으로 행사할 수 없게 되었는지를 중심으로 그 하자의 중대성 및 효과를 판단하여야 한다. 더욱이 청구법인은 과세전적부심사를 청구하여 절차적 방어권을 실질적으로 행사하는 등 절차적 권리가 침해된 사실이 없으므로 청구주장은 수용하기 어렵다.

4. 청구법인 추가의견

   심리자료 열람 후 조사청에서 제시한 서울고등법원(인천)2025누10225 판례에 대해 다음과 같이 추가의견을 제시함

가. 관련 법령

1) 「국세기본법」 제81조의12【세무조사의 결과 통지】 ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2) 「국세기본법 시행령」 제63조의13【세무조사의 결과 통지 및 예외】 ② 법 제81조의12 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  3. 세무조사결과통지서 수령을 거부하거나 회피하는 경우

나. 조사청 관련 판례와 이 건 이의신청의 사실관계 비교

* 조심 2024인1901:세무조사결과통지서의 수령을 거부하거나 회피하는 경우 20일의 세무조사결과통지 기간을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 처분청의 당초통지 시도 내역에 의하면 청구인이 당초통지서의 수령을 지속적으로 회피한 것으로 볼 수 있으므로 쟁점재통지는 기간 미준수에 따른 절차적 하자가 있다고 보기 어려움

5. 심리 및 판단

가. 쟁점

조사 범위확대된 과세기간은 조사중지 신청을 하지 않았으므로 당초 조사종료일이 세무조사 결과 통지기한 20일의 기산점이라는 청구주장 당부

나. 관련 법령

 1) 국세기본법 제81조의8【세무조사 중지】［시행 2025.1.1.］제20611호, 2024.12.31.일부개정

  ④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다. <신설 2010.1.1>

  ⑤ 세무공무원은 제4항에 따른 세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대하여 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부 등의 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다. <신설 2017.12.19.>

1-1) 국세기본법시행령 제63조의9【세무조사의 중지】［시행 2025.2.28.］제35345, 2025.2.8.일부개정

법 제81조의8제4항에서 "납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2020.2.11>

   1. 법 제81조의7 제2항에 따른 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우

 1-2) 국세기본법 제81조의7【세무조사의 통지와 연기신청 등】

  ② 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다. <개정 2017.12.19>

 1-3) 국세기본법시행령 제63조의7【세무조사의 연기신청】

  ① 법 제81조의7제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

   1. 화재, 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때

   2. 납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때

   3. 권한 있는 기관에 장부, 증거서류가 압수되거나 영치되었을 때

   4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있을 때

 1-4) 국세기본법 제81조의9【세무조사 범위의 확대 제한】

  ② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

 1-5) 국세기본법 제81조의12【세무조사의 결과 통지】

  ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2019.12.31>

   1. 세무조사 내용 2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

다. 사실관계

 1) 청구법인의 사업자 기본사항은 다음과 같다.

 2) 조사청은 청구법인의 2021년 사업연도부터 2024년 사업연도 법인세를 총△138백만원으로 경정하고, 2020.2기부터 2025.1기 과세기간의 부가가치세로 총 2,518백만을 경정하여 다음과 같이 2025.12.30.세무조사 결과 통지하였고, 청구법인은 2026.1.5.수령하였음이 우편물 수령 명세로 확인된다.

 3) 조사청은 조사대상연도인 2022년의 공통매입세액 안분계산 부적정 혐의가 쟁점과세기간에도 확인되어 2025.10.30. 조사범위 확대 신청을 하였고, 2025.11.12.승인받아 조사 범위확대 통지하였고, 청구법인은 2025.11.13.범위 확대 과세기간(조사유형 : 일반부분조사)이 첨부된 조사범위 확대 통지서를 수령하였다.

 4) 청구법인은 조사범위 확대 신청이 승인된 2025.11.12. 세무조사 중지신청을 하였는데, 신청서에 조사대상 과세기간은 2022. 1. 1.부터 2022. 12. 31.까지, 조사 중지 기간은 2025.11.12.부터 12.15.까지로 작성하여 조사청에 제출하였고, 조사청은 신청내용을 승인하여 2025.11.13. 세무조사 중지신청 결과를 통지하였다.

  가) 조사 중지신청서 작성 내용

  나) 조사 중지신청 승인에 따라 조사기간 종료일은 2005.12.22.로 변경되었고, 통지 서식에는 중지하는 조사대상 과세기간은 기재되어 있지 않다.

  다) 세무조사 재개통지서는 2025.12.12.청구법인에 송달되었고, 통지 서식에는 조사대상 과세기간은2022.1.1.부터 2022.12.31.이며,재개일은2025.12.16.로 나타난다.

  라) 조사청은 2025.12.30. 당초 조사대상연도 및 쟁점과세기간에 대해 세무조사 결과를 통지하였고, 청구법인은 2026.1.6.수령하였다. 세무조사 결과 통지내용은 다음과 같다.

라. 판단

청구법인은 별도의 조사 중지신청을 하지 않은 쟁점과세기간에 대한 조사는 2025.11.25.종료하였으므로 조사종결일로부터 20일을 도과하여 이루어진 쟁점과세기간의 세무조사 결과 통지는 위법한 통지라고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

청구법인은 쟁점과세기간에 대한 세무조사결과 통지가 조사 기간 종료일로부터 20일을 도과하여 이는 중대한 절차상 하자에 해당하므로 쟁점과세기간에 대한 부과처분은 위법하다고 주장하나,

 조사범위 확대에 따른 쟁점과세기간에 대한 조사는 당초 2022년 사업연도 세무조사 과정에서 확인된 동일 탈루 혐의에 대하여 그 범위를 확장하여 실시한 것이어서 별개의 독립된 세무조사라기보다는 기존의 세무조사와 절차적 동일성이 유지되는 일체의 조사로 보아야 한다.

그리고 청구법인은「국세기본법」제81조의7 제2항의 조사를 받기 어려운 사정으로 조사 중지를 신청한 것인데 조사를 받을 수 있는 과세연도와 중지대상 과세연도를 달리 구분한다는 것은 납세자의 권익 보호라는 조사 중지 규정의 취지와도 맞지 않는다.

그러므로 2022년 사업연도에 대한 조사 중지 승인의 효력은 그에 터 잡아 범위 확대된 쟁점과세기간에 대한 부분조사에도 함께 미치고 조사종결일 또한 2022년 사업연도 조사종료일에 함께 종료된 것으로 보아야 한다.

 아울러 청구법인은 쟁점과세기간에 대해 세무조사 결과의 통지기한을 준수하지 못한 중대한 절차적 하자가 있는 근거로 제시한 대법원 판례(대법원 2024두66839, 2025.4.3. 선고)의 사실관계는, 조사대상 과세기간에 대한 조사종결일이 명확히 확정된 상황에서 법정기한을 경과하여 세무조사결과 통지가 이루어진 사안에 관한 것으로, 조사종결일 자체가 문제가 되는 이 건과는 사실관계를 달리하고 있어 판단 근거로 삼기 어렵다.

 따라서 청구주장과 같이 쟁점과세기간에 대해서만 당초 조사기간 종료일에 조사가 종결된 것으로 볼 수 없고, 이를 전제로 세무조사 결과 통지가 조사종료일부터 20일을 경과하여 이루어졌다고 보기는 어렵다.

6. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 같은 법 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.