주 문

이 건 이의신청은 기각합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 청구법인은 2012.2.21.「도시및주거환경정비법」(이하 ‘도시정비법’이라 한다) 제35조제2항에 따라 설립된 주택재개발 정비사업 조합으로, 경기도 OO시 A 일대 지역주택조합 아파트 건립사업을 추진하여 아파트 2,886세대(조합원분양 1,317세대, 일반분양 1,243세대, 임대주택 326세대)를 준공하고 2023.11.24. 준공인가를 받았다.

나. 청구법인은 관리처분계획인가에 따라 철거되는 주택에 거주 중인 주택소유자 조합원들의 ① 이주 촉진을 목적으로 지급된 무상이사비, ② 조합원들이 금융기관으로부터 대출받은 이주비에 대한 대출이자, ③ 조합원 이주비 보증수수료, ④ 특별제공 품목¹⁾ 등 총 59,883,225,306원을 대납하고 고유목적사업의 사업비로 회계 처리하였다.

다. 처분청은 2025.11.11.부터 2026.2.8.까지 청구법인의 2024 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 청구법인이 조합원들이 지급할 비용을 대납하여 수익사업 부문에서 발생한 이익을 조합원들에게 배당한 것으로 보고, 일반분양 비율로 안분한 27,946,902,172원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)을 조합원들에 대한 배당으로 처분하여 2026.4.7. 청구법인에 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.6.10. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 관련 법리

구 「조세특례제한법」(2026. 4. 1. 시행, 법률 제21223호, 2025. 12. 23. 일부개정, 이하 같음) 제104조의7 제2항 전단은 도시정비법에 따른 주택재개발정비사업조합을 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 구 「조세특례제한법 시행령」(2026. 4. 1. 시행, 대통령령 제36127호, 2026. 2. 27. 일부개정, 이하 같음) 제104조의4에서는 ‘「조세특례제한법」제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 도시정비법 및 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제3조제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.’라고 규정하고 있으므로, 위 각 규정에 따르면 비영리내국법인인 주택재개발정비사업조합이 조합원이 아닌 일반인에 대하여 한 분양사업만 수익사업에 해당하고, 이 사건 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제4조제3항에 따른 수익사업에서 제외된다.

한편, 수익사업의 범위와 관련하여, 법원은 “비영리 내국법인에 대하여 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나, 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다(대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결 등 참조).”라고 판시한 바 있다.

 또한, 구 「법인세법」(2026. 1. 2. 시행, 법률 제21065호, 2025. 10. 1. 타법개정, 이하 같음) 제19조제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.’라고 정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 ‘제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.’라고 각 규정하고 있다.

 대법원은, 위와 같은 법인세법상 손금의 범위에 대하여, “비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2020. 5. 28. 선고 2018두32330 판결 참조).”라고 판시하고 있고, 위 법리에 따르면 「소득세법」상 과세 대상인 배당소득은 내국법인의 이익이나 잉여금 발생을 전제하고 있고(「소득세법」제17조제1항제1호 및 제9호 참조), 청구법인이 조합원들에게 지급한 쟁점금액이 수익사업(일반분양분)에서 발생한 이익 또는 잉여금을 재원으로 한 수익이 조합원에게 배분되는 경우 소득세법상 배당소득으로서 소득세 부과 대상이 된다.

 그러나 이하에서 살펴보는 바와 같이 쟁점금액은 청구법인의 고유목적사업 수행을 위하여 지출된 비용일 뿐이고, 쟁점금액 지출의 재원 중 상당 부분은 조합원 분담금에 의존하고 있으므로 이를 배당으로 해석할 수 없다.

나. 청구법인이 일부 조합원들에게 지급한 쟁점금액을 배당으로 볼 수 있는지 여부

 1) 쟁점금액은 조합원에 대한 분양사업 중 조합원들의 주거 보장을 위하여 지출된 비용으로서, 고유목적사업 비용에 해당한다.

먼저, 도시정비법 제61조제1항은 ‘사업시행자는 주거환경개선사업 및 재개발사업의 시행으로 철거되는 주택의 소유자 또는 세입자에게 해당 정비구역 안과 밖에 위치한 임대주택 등의 시설에 임시로 거주하게 하거나 주택자금의 융자를 알선하는 등 임시거주에 상응하는 조치를 하여야 한다’라고 정하여 사업시행자에 대하여 정비사업으로 장기간 기존의 주거를 상실하게 되는 다수의 조합원들에 대하여 그에 상당하는 주거를 보장할 것을 명하고 있는바, 현금 청산을 받은 조합원이나 매도청구권을 행사하여 매매대금을 받게 되는 소유자 등과 비교하여 보더라도, 사업 시행으로 주거를 상실한 조합원들에게 스스로 이자 부담을 하면서 임시 주거를 마련하도록 한다면 조합원 간(또는 비조합원과)의 공평에도 반할뿐더러, 이는 도리어 주거환경 개선이라는 사업목적에도 반하는 결과를 초래하게 된다. 즉, 사업 시행으로 주거를 상실하게 되는 조합원들에 대한 이사비 등의 지원은 사업시행자에게 고유목적사업 수행에 상응하여 법률상 정해진 의무이행을 위해 예정된 비용임은 명백하다.

 따라서 위와 같은 비용지출이 과세 대상에 해당하는 사외유출 등으로 해석되기 위해서는 관리처분계획 등에 분명한 근거가 요구되는 것이고, 위와 같은 근거 없이 주택재개발사업 시행 기간 주거가 상실된 조합원들에 대하여 주거 보장을 위해 지출된 비용을 곧바로 조합원들에 대한 분배 또는 배당으로 해석할 수는 없다.

서울고등법원은, 정비사업조합이 조합원에 대하여 지급한 이주비 대출이자와 관련하여, “원고는 도시정비법과 정관이 정하는 바에 따라 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 토지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거 안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함'을 목적으로 설립되었고, 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’과 수익사업인 ‘조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업’을 함께 시행하였다. 그런데 원고는 사업시행 구역 안에 거주하고 있는 다수의 조합원들(또는 세입자들)이 다른 지역으로 이주하는 것을 지원하기 위해 시공사 및 금융기관과 연계하여 그 이주비 대출이자를 지출하였는바(조합원들이 이 사건 기본이주비를 무이자로 대여받을 수 있도록 하면서 그 이자를 부담), 이는 어디까지나 원고의 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’을 위한 지출 등에 해당하고, 그 행위 자체가 수익성을 가진 것이라거나 수익을 목적으로 한 것이라고 보기는 어렵다.

또한 원고가 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’과 수익사업인 ‘조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업’을 함께 시행하였고, 원고의 조합원들 이주비 대출이자 지출이 수익사업을 포함한 전체 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적인 지출이라는 사정만으로 그중 일부가 수익사업에 속하는 비용에 바로 해당한다고 보기도 어렵다. 구 「법인세법」에서 비영리법인이 수익사업을 하는 경우의 구분경리에 관하여 규정한 취지나 구 「법인세법 시행령」 및 구 「조세특례제한법 시행령」 등에서 비영리법인의 수익사업과 비수익사업을 구분하여 그중 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하는 취지를 고려하면, 재건축사업에서 수익사업인 일반분양 사업을 함께 하는 경우에, 원고의 주장과 같이 비수익사업과 관련된 특정 비용 지출이 결과적으로 공사 원가에 포함되어 일반분양분의 분양단가 산정의 고려 요소가 된다거나 또는 그 지출이 수익사업을 포함한 전체 재건축사업의 원활한 진행을 위하여 필수적이라는 등으로 수익사업과의 관련성도 인정된다는 사정만으로 이를 모두 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다고 볼 수는 없다(서울고등법원 2023누63170 판결 참조).”라고 판시하여, 수익사업의 비용에서 제외되고 고유목적사업의 비용에 해당하는 것으로 판단한 바 있다.

서울행정법원 또한 “이주비에 대한 대출이자는 조합원들이 금융기관으로부터 이주에 필요한 비용을 대출받아 지급 의무를 부담하게 된 금융비용이라며 조합이 신속하게 이주를 진행하기 위해 조합원들이 부담하는 기본이주비 대출금에 대한 이자를 대신 납부하기로 한 것인만큼 사업경비로 보아야 하며, 따라서 이주비 이자는 취득세 과세표준에 산입된다(서울행정법원 2024.6.11. 선고 2023구합83394 참조).」고 판시하였는바, 각 조합원이 채무자로 금융기관으로부터 이주비 대출을 받고 청구법인이 대납한 이자 비용에 대하여 조합원의 주거 보장을 목적으로 지출된 비용으로서 조합원에게 직접 지급되지 않고 청구법인이 금융기관에 지급하는 방식으로 지출되었으므로, 이는 지출 목적, 방식 등 어느 모로 보더라도 이익배당이 아닌 사업비로 보았고, 위 판례의 법리에 따르더라도 달리 볼 여지가 없다.

 한편 쟁점금액 중 이사비의 경우 조합원 중 철거되는 주택의 소유자에 국한하여 지급되는 것으로 오로지 이주를 촉진하여 사업을 적기에 추진하고자 하는 목적으로 지급되는 것이므로, 청구법인이 지정한 시점 이전에 이주를 완료하는지에 따라 조합원 간 지급된 금액에 차이가 있다. 따라서 만약 이사비를 배당이라고 해석한다면, 청구법인은 이하에서 살펴보다시피 배당가능이익이 없는 상태에서 선 배당한 것으로 이미 위법배당에 해당하게 될 뿐만 아니라 배당액을 조합원별 출자금에 비례하여 산정하지 않고 지급하였으므로 상법상 정해진 이익배당의 한계 및 주주 평등의 원칙에도 정면으로 충돌하게 되어 불합리한 결론에 이르게 된다.

결국 쟁점금액은 배당소득 또는 잉여금 분배로 볼 수 없는 것이고, 청구법인의 고유목적사업 달성을 위하여 지출된 필요경비성 금원으로 평가되어야 한다.

 2) 조합원들에게 쟁점금액을 지급할 당시 청구법인에 이익 또는 잉여금이 발생한 사실이 없다.

조합원에 대한 이익 분배를 배당소득으로 볼 수 있는지와 관련하여, 기획재정부는 “정비사업조합의 수익사업 부문에서 상환의무 없이 지급받는 이주비는 배당소득에 해당하는 것이며, 해당 이주비의 상환의무 여부 등은 사실 판단할 사항”이라고 해석하였고(기획재정부 조세법령운용과-879, 2022.7.17.), 국세청도 “그 분배금이 조합원 부담금의 과다 납부로 인하여 발생한 출자금을 반환하는 것이면 의제배당에 해당되지 아니하는 것이고, 당해 조합의 수익사업에서 발생한 이익을 분배하는 것이면 배당소득에 해당하는바, 그 분배금의 원천에 따라 사실 판단할 사항”인 것으로 해석하여(서면-2021-소득-7214, 소득세과-187, 2022.2.28.), 공통적으로 수익사업 부문에서 발생한 이익의 분배를 전제하고 있다.

한편, 이사비는 정비사업 시행으로 철거되는 주택의 소유자 또는 세입자에게 임시거주에 상응하는 조치로서 지급되는 비용으로, 관리처분계획인가 후 이주계획이 공고됨에 따라 이주가 완료되어야 비로소 철거·착공이 가능하게 된다는 점에서 조합원들의 이주를 촉진하기 위해 지급되는 이사비 등은 사업 시행의 순서상 초반부에 지출되는 비용으로 애초에 일반분양 수익은 쟁점금액의 직접 재원이 될 수 없다. 실제로 청구법인의 결산보고서상 ‘일반분양금수익’은 대출이자²⁾ 상당 부분이 기지급된 상태인 2023년에 처음 발생하였을 따름이고, 그 이전에는 수익 자체가 발생한 사실이 없음이 확인된다.

 반면, 청구법인의 이 사건 정비사업으로 일시적으로 주거를 상실하게 된 조합원들에 대한 쟁점금액 지급은 일반분양 이익이 발생하기 훨씬 이전인 2017년부터 2024년까지 이루어졌었고, 지급 당시 쟁점금액은 수익사업의 이익이나 잉여금이 아니고 차입금을 재원으로 하여 지급되었다.

 더 구체적으로, 쟁점금액 중 2017년 8월경부터 2020년 6월경까지 지출된 이사비는 국민은행으로부터 주택도시보증공사 보증을 받아 대출받은 사업비에서 지출되었고, 2017년 7월경부터 2024년 12월경까지 지출한 대출이자 및 이주비 보증수수료는 2017.7.25.경 이체된 ‘B(주)’의 차입금을 시작으로 각종 금융기관으로부터 입금된 ‘사업비 차입금’ 항목에서 지출되었음이 계정원장 상에서 확인된다.

 또한, 처분청도 청구법인에 대하여 일반분양 이익이 발생한 2024년도의 사업연도 소득에 대하여 법인세를 부과하였을 뿐인바, 위와 같은 처분 내용에 비추어 보더라도 조합원들에 대하여 쟁점금액이 지급된 2018년부터 2020년까지의 각 사업연도에 소득금액이 발생한 사정이 없었음을 알 수 있다. 즉, 처분청은 법인세를 과세할 소득금액이 발생하지 않은 사업연도에 대하여 소득이 조합원에 대한 배당으로 유출되었다는 논리로 이 사건 처분을 하였는바, 이는 법률상 근거를 결한 과세처분이다.

 3) 쟁점금액은 조합원 분담금에 포함되어 조합원들이 최종 부담하는 방법으로 사후 회수되었다.

 법원은 조합이 지출한 이주비 대출 이자비용이 다수의 조합원들에 대한 배당으로 볼 수 있는지와 관련하여 “이에 대하여 관리처분계획 변경에 따라 그 소요 비용 추산액에 비로소 조합원들 이주비 대출이자 비용이 포함된 점에 비추어 보면, 원고는 다수의 조합원들이 부담하여야 할 이주비 대출이자를 조합원들 분담으로 충당하기 위해 관리처분계획 변경을 통하여 이를 조합원들 분담금에 최종 포함시켰을 가능성을 배제하기는 어렵고, 이로써 그것이 조합원들에게 법인 밖으로 유출되거나 배당되었다고 단정하기 어려울 뿐만 아니라, 대출이자를 수익사업의 손금으로 처리하였다는 사실을 인정하기에 부족(서울고등법원 2023누35359)」하다고 판시하여, 조합이 쟁점금액을 관리처분계획상 조합원들 분담금으로 자금 조달한 것으로 볼 여지가 있다면 이는 조합 밖으로 유출되거나 배당되었다고 단정하기 어렵다는 취지로 판시한 바 있다.

 이 사건 정비사업의 경우, 청구법인은 2023.10.3. 4차 관리처분계획 변경을 통해 변경된 일반분양가를 반영하여 분양금 총수입을 관리처분계획에 반영하였는데, 이에 따르면 최종 조합원 분양 가격 총수입은 543,403,000,000원으로, 전체 총수입³⁾의 약 35%를 차지한다.

 청구법인 관리처분계획 4차 변경 자료에 따르면, 이주촉진비(이사비) 8,909,858,000원, 조합원 이주비 금융비용 38,000,000원, 이주비 보증수수료 4,197,450,000원을 포함한 정비사업비 총액은 1,287,701,330,639원으로 집계되는바, 위와 같이 집계된 쟁점금액은 조합원 분담금이 상당 부분을 차지하고 있는 총수입에서 차입금이 변제됨으로써 상당 부분이 조합원 분담금으로 사후 청구되어 회수되었다고 봄이 타당하다.

 결국 쟁점금액은 법인 밖으로 유출되거나 배당된 것이 아니고, 청구법인 총수입의 상당 부분을 차지하는 조합원 분담금으로 회수되었을 가능성을 배제할 수 없는 것이다.

 4) 청구법인은 법인세 신고 시 쟁점금액을 수익사업과 구분하여 비수익사업 비용으로 반영하고 손금 산입하지 않았다.

 경기도는 2023.8.18. 정비사업 표준 예산·회계규정과 세칙을 고시한 바 있고, 그 내용에 따르면 사업비 예산서상 주거 이전비, 이주비 이자, 기타 이주 보상비를 포함하는 ‘이주비’는 조합의 사업비 예산서상 ‘사업비’에 포함되어 있다.

청구법인은 이 사건 정비사업에 관하여 「법인세법」제113조제1항에 근거하여 비영리법인 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여 오면서 위와 같은 예산회계 규정에 근거하여 적법하게 이 사건 정비사업에서 발생한 ‘이주비’ 비용을 수익사업과 구분하여 고유목적사업의 사업비로 처리하고 법인세 신고 시 손금 처리하지 않았는바, 세무공무원은 세법에 특별한 규정이 있지 않은 이상 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 존중해야 할 의무가 있다(「국세기본법」 제20조 참조). 따라서 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인의 조합원들이 쟁점금액을 분담금으로 최종 부담하고 청구법인은 이를 고유목적사업에 해당하는 조합원 분양 사업의 비용으로 처리한 사실에 비추어 보더라도, 쟁점금액은 청구법인의 수익사업에서 발생한 이익의 사외 유출이나 배당으로 해석될 수는 없는 것이다.

 5) 청구법인은 쟁점금액 혜택을 입지 않은 기타 조합원에 대하여 금융비용 상당을 각 분담금에서 공제하였다.

청구법인은 2023.11.23. ‘C 제68차 대의원회’에서 ‘제1호 안건 : 이주비 미수령자에 대한 대출이자 보전 심의의 건’을 의결하여, 청구법인으로부터 ‘기본이주비’를 수령하지 않은 조합원에 대하여, 조합원 간의 형평성을 위해 이주 개시일 이후 각 조합원의 입주일까지 발생한 이자를 평균치(4.078%)로 계산하여 추후 각 조합원이 지급해야 하는 분담금에서 공제하는 방법으로 보전하였다.

 청구법인이 미수령 조합원에 대해 분담금 공제를 결정한 위와 같은 처리 방식에 비추어 보더라도, 이는 전체 사업비와 조합원 분담금 구조 안에서 사후 정산된 비용에 해당하는 것이지 특정 조합원에게 무상으로 귀속된 이익이 아님을 알 수 있다. 더 나아가, 이 사건 처분에 따를 경우, 쟁점금액에 대하여 배당소득으로 과세하는 데에 반하여, 이에 상응하여 이자 상당을 분담금에서 공제받는 혜택을 입은 나머지 조합원에 대하여는 비과세하는 결과가 초래되게 되는바, 이는 조합원 간의 형평에도 맞지 않는 처분이다.

 6) 처분청은 청구법인의 청산금·분배금을 확인하지 못한 상태에서 이주비 부분만을 떼어 배당으로 인정할 법적 근거가 없다.

조합이 조합원 대신하여 비용을 지급하였고, 해당 내용이 배당으로 해석되기 위해서는 조합에서 이전된 이익이 최종적으로 조합원에게 귀속되어 조합원이 이를 다시 반환하거나 분담금으로 부담하지 않아도 되는 상태로 확정되어야 하는 것이고, 반대로 조합이 일단 비용을 대납하고 해당 비용이 추후 청산 시까지 조합원별 분담금으로 회수된다면 이는 사외 유출 또는 배당으로 해석될 수 없다.

 법원 또한 ”피고가 원고나 그 조합원들에게 조합의 수익사업에 대해 과세할 수 있다고 하더라도, 인가된 관리처분계획의 처분 내용 등을 종합적으로 확인하지 아니하고 최종 청산 단계에서 청산금이나 분배금을 확인하지도 아니한 상태에서 다수의 조합원들에 대한 이주비 이자만을 따로 떼어내어 이를 주식회사 주주에 대한 배당과 같이 인정할 법률상 근거가 없다(서울고등법원 2023누35359).“라고 판단하여 위와 같은 조합 배당의 개념을 명백히 한 바 있다.

 한편, 이 사건 정비사업은 2023.11.24. 부분 준공인가(정비기반시설 제외) 고시 이후 현재 청산절차가 진행되고 있는 단계에 있고, 조합원들에 대한 최종 분담금 또는 청산금은 확정되지 않은 상태로 남아있다.

 따라서 처분청은 청구법인의 최종 청산금 또는 분배금을 확인하지 않은 상태에서 이 사건 처분을 하여 일부 조합원의 이주 촉진 및 주거 보장을 위해 지출된 쟁점금액만을 따로 떼어 무상으로 귀속된 이익으로 판단한 것인바, 위와 같은 처분을 인정할 법률상 근거가 없다.

다. 결론

쟁점금액은 청구법인의 수익사업에서 발생한 수익이 아닌 조합원들의 분담금을 재원으로 하여 조합원들의 주거 보장을 위해 지급된 비용으로, 청구법인은 쟁점금액을 회계상 수익사업과 구분하여 비수익사업의 비용에 포함하고 법인세 신고 시에도 이를 손금으로 반영하지 않았는바, 처분청이 쟁점금액을 조합원에게 귀속된 경제적 이익으로 해석하거나 이익의 배당으로 인정할 법적 근거가 없는 것이므로 위법한 처분으로 취소되어야 한다.

라. 처분청 의견에 대한 항변

 1) 처분청은 쟁점 대출이자를 수익사업인 일반분양분에 대한 지출을 포함한 공통경비라고 전제하나, 비영리법인의 구분경리 체계에서 공통손금은 수익금액·매출액 비율 등 합리적 기준에 따라 안분하여 각 사업에 귀속시키는 것이 원칙이고(「법인세법 시행규칙」제76조, 「법인세법」제113조 제1항 참조), 공통손금으로 안분되는 비용인지와 사외유출 여부는 별개의 판단이므로 이를 바로 사외 유출된 것으로 해석하여 배당소득으로 과세할 수 있는 것은 아니며, 과세처분의 적법성 및 과세 요건사실의 존재에 관한 증명 책임은 과세관청에게 있는 것이므로(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조), 위와 같은 배당소득 처분을 위해서는 해당 금원이 사외 유출되어 조합원에게 소득 형태로 귀속되었는지에 대한 처분청의 별개의 판단이 요구된다.

  그럼에도 처분청은 청구법인의 청산이 아직 종결되지 않고 각 조합원에 대한 분담금도 확정되지 않은 현시점에서 섣불리 조합원이 위의 대출이자 상당이 청구법인에 회수되지 않고 조합원의 이익으로 귀속되었다는 결론에 도달하여 이를 곧바로 배당으로 처분하였다고만 설명하고 있는바, 청구법인의 조합원은 최종 정산 과정에서 분담금으로 대출이자 등 쟁점금액을 부담하도록 청산절차 진행 중이고, 대출이자 등 이익은 조합원에게 무상으로 귀속된 사실이 없다.

 2) 처분청은 청구법인이 2024 사업연도 법인세 신고 시 쟁점금액을 손금불산입·기타처분한 사실과 조합원들로부터 이를 회수한 사실이 확인되지 않는다는 점을 근거로 조합원에게 경제적 이익이 귀속되었다고 주장하고 있으나, 청구법인은 2024사업연도 법인세 신고 시 쟁점금액을 손금불산입하고 해당 소득처분을 '기타'로 처리하였는바, 이는 해당 금액을 세법상 손금으로 인정하지 않는다는 의미일 뿐이므로, 이를 두고 청구법인이 특정 조합원에게 귀속된 배당으로 소득처분 하였다거나 처분청의 해석처럼 청구법인이 조합원에 대한 쟁점금액 회수를 포기한 것으로 해석될 수 없다.

특히, 청구법인은 청산이 마무리되지 않은 단계에서 법인세 신고를 진행하면서 쟁점금액에 대한 사외유출을 인정하지 않고 ‘기타처분’으로 손금불산입 처리한 것인데, 처분청은 쟁점금액이 조합원에게 사외유출되어 경제적 이익으로 확정적으로 귀속되었다는 점에 대한 입증 없이 단순히 ‘조합원으로부터 쟁점금액이 회수된 사실이 확인되지 않는다’라는 주장만을 반복하고 있을 뿐이다.

 그러나 재개발조합에서 사업비는 최종 관리처분계획과 청산 절차에 따라 조합원 분담금 또는 청산금의 형태로 정산되는 것이므로 단순히 쟁점금액이 현금으로 개별 회수되지 않았다는 사정만으로 회수가 이루어지지 않았다고 볼 수도 없을 뿐만 아니라, 청구법인의 청산절차가 종료되지 않은 이상 조합원별 최종 분담금이 확정되지 아니한 것이므로, 처분청은 '쟁점 금액이 회수되지 않았다'라는 점은 물론, 쟁점 금액이 조합원에게 최종적으로 무상 귀속되었다는 점에 관하여도 입증한 바 없는 것이다.

 3) 청구법인은 조합원 간의 분담금 부담에 대한 형평을 유지하기 위하여 이주비 이자 등의 혜택을 받지 않은 조합원에 대하여 분담금 일부를 공제하였는바, 이는 특정 조합원에 대하여 새로운 이익을 귀속시키는 것이 아닌 최종 내부 정산에 불과하다. 또한, 처분청의 주장에 따를 경우, 관리처분계획에서 특정 조합원에 대한 분담금 감액은 모두 배당으로 해석되어야 하는 비논리적인 결론에 도달하게 되는바, 위와 같은 처분청의 논리는 법인의 이익을 무상으로 구성원에게 이전하는 배당의 개념을 ‘경제적 이익’과 혼동한 것으로, 위와 같은 분담금 공제에는 조합 재산의 사외유출도 존재하지 않는다.

3. 처분청 의견

가. 처분의 근거·이유

 1) “쟁점금액은 조합원들의 주거 보장을 위하여 지출된 비용으로서, 고유목적사업 비용에 해당한다”라는 주장에 대해서

청구법인의 사업이 그 건설된 건축물 중 일부를 일반인에게 분양하는 것임을 고려하면, 사업 시행 구역 내에 거주하고 있던 조합원들의 이주를 위한 이주비의 대출이자 등은 그 자체로 수익사업과는 무관하게 고유목적사업에만 대응되는 비용이라고 볼 수 없으며,

  이와 같은 맥락으로 조합원들의 금융기관으로부터 대출받은 이주비에 대한 이자비용도 원칙적으로는 이 건 주택재개발사업을 진행하기 위해 불가피하게 발생하는 사업의 필수 지출비용에 해당한다고 할 것이나, 수익사업인 일반분양분을 포함한 전체 주택재개발사업을 위한 공통경비라고 할 것이므로 조합원의 이주비 대출 이자비용을 일반분양분과 조합원분양분의 비율로 안분하여 청구법인에게 일반분양분 비율만큼만 배당소득으로 보아 과세하고 있다.

 2) “조합원들에게 쟁점금액을 지급할 당시, 청구법인에 이익 또는 잉여금이 발생한 사실이 없다”라는 주장에 대해서

  쟁점금액은 청구법인이 조합원을 대신하여 대납한 이사비, 이주비이자, 이주비 보증수수료로 추후 조합원이 부담해야 하는 대여금 성격으로 회수하여야 하나 회수한 사실을 확인할 수 없었고,

  청구법인의 회계처리에는 2017년부터 2024년까지 발생한 이사비, 이주비 이자, 이주비 보증수수료 등 대납한 금액을 분양원가명세서에 비용으로 처리하고 당기말 미완성공사 계정으로 대체 및 관리하다가 사업이 완료된 2024년에 손익 인식과 동시에 이사비 등에 대한 세무조정으로 손금불산입·기타처분하였다. 이러한 세무조정은 청구법인이 사실상 조합원으로부터 쟁점금액의 회수를 포기하였다고 본다.

  또한 대법원에서 “조합원들에게 그들의 출자가액을 초과하는 아파트를 분양함으로써 분배되는 것이므로, 원고의 조합원들이 조합원 분양분 아파트를 취득하기 전에는 재건축아파트의 일반분양으로 인한 소득이 조합원들에게 유출되었다고 할 수 없다”라고 판시한 바 있다.

 3) “쟁점금액은 조합원 분담금에 포함되어 조합원들이 최종 부담하는 방법으로 사후 회수되었다”라는 주장에 대해서

  통상 조합은 이사비, 이주비 이자, 이주비 보증수수료 등 대납 후 이를 대여금으로 관리하다가 입주 시 상환받아야 하나 청구법인은 조합원 입주 시 상환받은 내용이 확인되지 않아 회수되었다는 주장은 받아들일 수 없다.

 4) “청구법인은 법인세 신고 시, 쟁점금액을 수익사업과 구분하여 비수익사업 비용으로 반영하고, 손금산입하지 않았다”라는 주장에 대해서

 「법인세법」제113조에 따라 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하게 되어 있다.

  청구법인은 해당 쟁점금액을 지급한 사업연도 분양원가명세서 상 경비계정으로 공사비에 포함하여 재고자산(미완성공사)으로 계상하고 있으며, 분양시점에 매출원가로 처리하여 손금불산입 기타로 처분하였다.

쟁점금액은 조합원이 부담해야 할 금액으로 회수되지 않은 것으로 확인되며, 수익사업 부문 상당액은 「법인세법」제52조 또는 같은 법 제19조에 따라 해당 조합의 손금에 해당하지 않고 같은 법 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항제1호에 따라 해당 조합원에게 배당소득으로 처분하는 것은 정당하다.

 5) “청구법인은 쟁점금액 혜택을 입지 않은 기타 조합원에 대하여 금융비용 상당을 각 분담금에서 공제하였다”라는 주장에 대해서

  쟁점금액 혜택을 받지 않은 조합원은 사업비 정산 과정에서 분담금을 조정한 것이라고 주장하지만 쟁점금액은 조합원이 부담해야할 대여금 성격이며, 혜택을 받지 않은 조합원도 이자 상당액만큼 분담금을 공제받은 것은 이 또한 혜택을 받은 것으로 보아 배당소득 과세 가능하다고 판단된다.

 6) “처분청은 청구법인의 청산금·분배금을 확인하지 못한 상태에서 이주비 부분만을 떼어 배당으로 인정할 법적 근거가 없다.”라는 주장에 대해서

구 「소득세법」(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조제1항은 ‘배당소득은 해당 과세기간에 발생한 소득으로 한다’고 규정하면서 제4호에서 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액을 규정하고 있고, 「소득세법 시행령」제46조제6호는 「법인세법」에 의하여 처분된 배당의 수입시기는 당해 법인의 당해 사업연도의 결산확정일’이라고 규정하고 있다. 구 「소득세법」제131조제2항은 「법인세법」제67조에 따라 처분되는 배당의 원천징수의무자의 원천징수시기에 관하여 ‘법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우에는 「소득세법 시행령」제192조에 따라 소득금액변동통지서를 받은 날(제1호)’에 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다‘고 규정하고 있다.

  이 규정들에 의하면, 쟁점금액은 「법인세법」제67조에 따라 처분된 배당소득에 해당하므로 원천납세의무자에 대한 귀속일은 「소득세법 시행령」제46조제6호에 따라 당해 사업연도의 결산확정일이 되는데, 청구법인 스스로 2024 사업연도 법인세를 신고하면서 이주비 대출 이자비용 등을 손금불산입한 후 기타항목으로 소득처분을 하여 해당 금액의 유출시기를 2024 사업연도로 한 것은 적법하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 조합이 대납한 조합원의 이사비 및 이주비 대출이자 비용 등을 조합원의 배당소득으로 소득금액변동통지한 처분의 당부

나. 관련법령

1) 조세특례제한법 제104조의7 【정비사업조합에 대한 과세특례】

  ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1, 2017.2.8, 2018.12.24, 2021.12.28>

   1. 「도시 및 주거환경정비법」제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다)

2) 조세특례제한법 시행령 제104조의4 【정비사업조합의 수익사업의 범위】

법 제104조의7제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제4조제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

 3) 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

    1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

    2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

    3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

    4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

    5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

    6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

    7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

4) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

  ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다. <개정 2018.12.24>

  ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. <개정 2018.12.24>

 ③ 「조세특례제한법」제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다. <개정 2018.12.24>

5) 법인세법 제67조 【소득처분】

  다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

  1. 제60조에 따른 신고

  2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

  3. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고 [전문개정 2018.12.24]

6) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. <개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2009.2.4, 2012.2.2, 2013.2.15, 2016.2.12, 2019.2.12, 2020.2.11, 2021.2.17>

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

 7) 법인세법 제113조 【구분경리】

  ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 8) 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】

  ① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. <개정 2008.2.29., 2009.2.4>

 9) 법인세법 시행규치ᅟᅵᆨ 제76조 【비영리법인의 구분경리】

  ① 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

  ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

  ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

  ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. <개정 2005.2.28>

  ⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

  ⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

   1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

   2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

   3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

  ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

10) 소득세법 제17조 【배당소득】

  ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2012.1.1, 2017.12.19, 2020.12.29., 2022.12.31>

   1. 내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금

   2. 법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금

   3. 의제배당(擬制配當)

   4. 「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액

 11) 소득세법 제131조 【이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례】

  ① 법인이 이익 또는 잉여금의 처분에 따른 배당 또는 분배금을 그 처분을 결정한 날부터 3개월이 되는 날까지 지급하지 아니한 경우에는 그 3개월이 되는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다. 다만, 11월 1일부터 12월 31일까지의 사이에 결정된 처분에 따라 다음 연도 2월 말일까지 배당소득을 지급하지 아니한 경우에는 그 처분을 결정한 날이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

  ② 「법인세법」제67조에 따라 처분되는 배당에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

   1. 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우: 대통령령으로 정하는 소득금액변동통지서를 받은 날

   2. 법인세 과세표준을 신고하는 경우: 그 신고일 또는 수정신고일

다. 사실관계

1) 청구법인의 사업 현황은 아래【표1】과 같다.

2) 청구법인은 경기도 OO시 A 일대를 재개발하여 아파트 2,886세대(조합원분양 1,317세대, 일반분양 1,243세대, 임대주택 326세대)를 신축하는 C으로, 2017.2.27. 관리처분계획 인가 후 2020.10.22. 공사 착공하여 2023.11.24. 준공인가를 받았다.

 3) 청구법인은 2017년부터 2023년까지 발생한 조합원 이사비용, 이주비 금융비용, 이주비 보증수수료를 공사 원가로 반영하여 재고자산 미완성공사 계정으로 관리하다가 입주 완료 시점인 2024년에 매출원가로 손익 인식을 하였다.

 4) 처분청이 시공사인 ㈜E씨에서 제출받은 자료에 따르면 조합원 특별제공 무상옵션 금액은 1,310,331,000원으로 확인된다.

 5) 청구법인은 준공인가 후인 2024 사업연도 법인세 신고를 하면서 조합원 이사비용, 이주비 금융비용, 이주비 보증수수료 등 비용을 수익사업과 구분하여 고유목적사업의 사업비로 회계처리하고 손금불산입 기타로 처분하여 법인세 신고를 하였다.

 6) 처분청은 조합원이 부담하여야 할 조합원 이사비용, 이주비 대출이자, 조합원 이주비 보증수수료, 현금청산자에 대한 이주촉진비, 조합원 분양아파트에 대한 베란다 확장 등 특별제공 품목 등을 조합이 대납한 후 이를 회수하지 않은 것으로 확인하고, 조합이 수익사업 부문에서 발생한 이익을 조합원들에게 배당한 것으로 보아 일반분양분과 조합원분양분의 연면적을 기준으로 안분하여 조합원들에 대한 배당으로 소득처분하고 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

 7) 청구법인은 쟁점금액은 재개발정비사업 진행에 필수적인 비용으로 지출된 사업비일 뿐 수익사업에서 발생한 이익을 조합원에게 배당한 것으로 볼 수 없다고 주장하며 다음과 같은 자료를 증빙으로 제출하였다.

  가) 청구법인은 2017부터 2024 사업연도 결산보고서를 증빙으로 제출하였다. 내용을 보면 수입, 비용은 비수익사업(조합원분양)과 수익사업(일반분양)을 공통 계상하였다가 확정 시점에 비수익사업과 수익사업을 구분하도록 하고 있고, 쟁점금액은 사업 초기부터 지출되어 사업비로 미완성공사(분양) 원가로서 재고자산으로 계상된 것으로 나타난다.

  나) 청구법인이 제출한 2017부터 2024 사업연도 결산보고서 및 계정별원장 내용에 따르면 2023년 2월부터 일반분양대금 수입금액이 발생한 것으로 나타난다.

  다) 청구법인이 제출한 2017부터 2024 사업연도 계정별원장 내용을 살펴보면 조합원 이사비용은 2017년부터 2020년까지 총 20,972,000,000원이 지급되었고 이주비 대출이자 및 이주비 보증수수료는 2017년부터 2024년까지 지급되었으며, 해당 금원은 금융기관으로부터 차입한 사업비를 재원으로 지급된 것으로 나타난다.

  라) 청구법인이 제출한 『관리처분계획 변경 4차(2023.10.3.)』내용을 살펴보면 쟁점금액에 대해 정비사업비로 반영한 내용이 나타난다.

  마) 청구법인이 제출한 『관리처분계획 변경 4차(2023.10.3.)』내용에 따르면 공사비 등 정비사업비는 조합원이 부담하는 제사업경비로서 조합원은 분양받은 건축시설의 분양금액과 분양기준가액과의 차액을 제사업경비 부담금으로 납부하여야 하며, 기본이주비의 대여를 원하지 않는 경우 조합원 간의 형평성을 위하여 해당 조합원이 직접 부담함에 따라 감소하는 금융비용은 사업비에서 입주 시 정산하고, 조합원 이사비 지급 및 방법은 이사회 또는 대의원회 의결에 따라 지급한다는 내용이 나타난다.

  바) 청구법인이 제출한 『관리처분계획 변경 4차(2023.10.3.)』내용의 정비사업비 추산액 내용은 다음과 같고, 조합원 이사비용은 1,247세대 각 18,000천원 씩 지급하여 보상 완료한 것으로 나타나며, 조합원 이주비 금융비용은 종전평가예상금액×기간×3.5% 이주비 보증수수료 포함(’16.12.17. 총회 인준 사항, 이주비 미수령 조합원에게 지급되는 절감이자 지급분 포함)이라고 기재된 내용이 나타난다.

  사) 청구법인은 경기도 고시 제2023-234 「경기도 정비사업 표준 예산‧회계규정」을 증빙으로 제출하였다. 제11조 (재무제표 및 부속명세서) 제1항을 보면 조합 등 기본 재무제표는 자금수지계산서, 재무상태표, 운영계산서 및 이에 대한 주석으로 하며, 서식은 「〇〇정비사업조합(조합설립추진위원회) 회계처리규정 세칙」에 예시된 별지 서식 제1호 내지 제3호와 같다고 규정하고 있으며, 별지 서식 제3호 사업비 예산서 서식에서는 주거이전비, 이주비 이자, 기타이주보상비를 사업비 항목으로 예시한 내용이 나타난다.

  아) 청구법인은 2023.11.23. 『제68차 긴급 대의원회 회의자료』를 증빙으로 제출하였다. 내용을 보면 이주비 미수령자에 대한 대출이자를 입주시 부담금에서 차감 정산하여 보전하는 내용을 심의 의결한 내용이 나타난다.

 8) 처분청이 증빙으로 제출한 내용은 다음과 같다.

  가) 처분청이 제출한 조사종결보고서 내용에 따르면 입주 완료 시점인 2024사업연도 법인세 신고서상 수익사업에서 이익이 발생하여 이익잉여금 처분계산서 상 미처분이익잉여금 37,676백만원이 계상된 것으로 나타난다.

  나) 처분청이 제출한 조사종결보고서 내용에 따르면 『관리처분계획 변경 4차(2023.10.3.)』에서 확인되는 추정 비례율은 120.2%로 종전자산가액보다 이익이 더 발생한 것으로 나타난다.

 9) 2016. 12.17. 청구법인의 『2016년 정기 및 관리처분 총회 회의록』에서 확인되는 이주비 미수령 조합원에 대한 절감이자 지급, 이주대책 수립, 이주 지연에 따른 손해배상 부과 관련 안건 결의 내용은 다음과 같다.

 10) 시공사인 F주식회사 및 G주식회사와 계약한 공사도급계약서 내용을 보면 조합원이사비용과 조합원 분담금 대출 금융비용, 조합원 분담금 대출 금융비용 등을 사업경비로하여 무이자로 대여하며, 청구법인의 조합원 이주비는 조합원이 금융기관으로부터 직접 차입하고 기본이주비의 금융비용은 청구법인의 무이자 사업경비로 처리하기로 계약한 내용이 나타난다.

 11) 청구법인은 2025.9.27. 조합해산총회를 소집하고 조합해산 및 청산절차 진행을 의결하였고, 해산 당시 조합의 잔여재산 21,162,566,555원 중 유치원과 미분양상가 일부를 제외한 11,133,621,906원을 조합원의 종전자산 평가액 비율대로 1차 분배 완료한 후, 1차 청산금 배당 내역에 대한 배당소득세 1,546,783,310원을 2025.11.10. 원천징수하여 납부한 것으로 확인된다.

 12) 처분청이 청구법인에게 통지한 조합원들의 배당소득 처분에 대한 소득금액변동통지서는 다음과 같다.

 13) 서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판례에서 법원은 쟁점1에서 이주비 대출이자를 배당소득으로 과세한 처분에 대하여 과세관청이 조합이나 그 조합원들에게 조합의 수익사업에 대해 과세할 수 있다고 하더라도 인가된 관리처분계획의 처분내용 등을 종합적으로 확인하지 아니하고 최종 청산 단계에서의 청산금이나 분배금을 확인하지도 아니한 상태에서 다수의 조합원들에 대한 이주비 이자만을 따로 떼어내어 이를 주식회사 주주에 대한 배당과 같이 인정할 법률적 근거가 없다고 판시하였으나, 쟁점2에서 설령 이주비 대출이자가 조합원들에게 배당된 것이라고 보더라도 과세관청이 배당소득이 귀속된 개개 조합원을 특정할 수 없다는 이유로 조합의 대표자에게 전액 귀속된 것으로 대표자에게 배당으로 의제하여 소득금액변동통지한 처분이 법률상 근거가 없는 당연무효에 해당한다는 이유로 위법하다고 판결하였다. 이후 대법원 2024.9.13. 선고 2024두42660 사건의 심리불속행 상고기각 판결에 따라 원고 최종 승소로 확정되었다. 해당 사건에 대한 심급별 판결 요지 내용은 다음과 같다.

 14) 위 서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 사건 판결 전후로 조합원의 이주비 대출이자 등 대납과 관련하여 최근 종결되었거나 진행 중인 것으로 조회되는 불복 사건 내역은 다음과 같다.

 15) 조합원의 이주비 관련 대출이자 대납액에 대한 국세청의 세법해석례는 다음과 같다.

 16) 국세법령정보시스템 내용에 따르면 2021.4.19. 기준-2019-법령해석법인-0485(2019.10.17.) 과 서면인터넷방문상담1팀-663(2006.5.23.)의 세법해석사례가 상충되거나 잘못된 해석정비로 확인되어 서면인터넷방문상담1팀-663 질의회신을 삭제한 것으로 확인된다.

라. 판단

청구법인은 조합원의 이주비 대출이자 비용이 정비사업 수행을 위한 비용으로서 필수적 성격의 사업비 지출에 해당하므로 이를 조합원에 대한 청구법인의 이익의 분배로 보아 배당으로 소득처분한 것이 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

 쟁점금액은 사업시행구역 안에 거주하고 있는 다수의 조합원들이 다른 지역으로 이주하거나 중도금을 지원하기 위해 시공사와 금융기관과 연계하여 그에 따라 발생하는 대출이자를 청구법인이 대납한 것으로, 이는 고유목적사업인 조합원에 대한 분양사업을 위한 지출에 해당하고, 그 행위 자체가 수익성을 가진 것이라거나 수익을 목적으로 한 것이라고 보기 어려운 점(서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판결, 같은 뜻임),

 청구법인이 조합원분양과 일반분양(수익사업)을 함께하여 일반분양에서 발생한 이익은 최종적으로 조합원에게 귀속(배당)될 재원이어서 이후 조합원의 배당소득으로 과세되어야 하고, 청구법인이 조합원을 대신하여 지급한 이주비 대출의 이자비용 대납액 중 수익사업에서 얻은 소득의 범위 내의 금액인 쟁점금액을 배당으로 인식하는 데에 큰 무리가 없어 보이는 점,

비록 청산절차가 종료되지는 않았으나, 조합원들의 입주로 추가 분담금은 정산된 것으로 보이고 청구법인이 쟁점금액을 추후 조합원들로부터 상환하지 않을 것으로 보이므로, 「법인세법」상 사외유출된 금원으로 주주에게 귀속되었음이 확인된 경우 배당으로 소득처분하는 것이 타당해 보이는 점(조심 2023부9032, 2024.5.21., 같은 뜻임),

다수의 예규(기준-2019-법령해석법인-0485 등) 및 심판례(조심 2022부5068 2023.3.2. 등)에서도 이주비 대출이자는 조합원이 직접 부담해야 하는 비용이므로 수익사업의 손금에 해당하지 않고, 그 중 수익사업 부분 상당액은 조합원의 배당소득에 해당한다고 일관되게 해석하고 있는 점,

 청구법인이 근거로 제시한 판례[서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판결(후행사건 : 대법원 2024.9.13. 선고 2024두42260, 심리불속행 기각 판결), 같은 뜻임]의 경우 대표자 상여처분 등 다른 쟁점이 얽혀 있어 그 판결만으로 조합원의 이주비 이자를 배당소득으로 과세한 처분이 위법하다고 일반화하여 적용하기 어려운 점 등을 미루어 볼 때, 처분청이 조합원들의 이주비 이자 비용 대납액을 조합원들에 대한 배당으로 처분하여 소득금액변동통지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조제6항 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.