이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. A(이하 “청구인”이라 한다)은 2023.7.7. ◯◯◯도 ◯◯시 ◯◯동 386-8 전 4,474.4㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다), ◯◯동 386-3 전 1,624.6㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고 “쟁점토지①”과 합하여 “쟁점농지”라 한다), ◯◯동 386-7 도로 786㎡(이하 “쟁점토지③”이라 한다), ◯◯동 386-5 대지 330㎡(이하 “쟁점토지④”라 한다) 및 그 지상의 건물 231.83㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, “쟁점토지①∼④”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 각각 별도 매매계약을 체결하여 양도하였고,

    매매계약서상의 각 필지별 양도가액 합계 8,400백만원, 취득가액 합계 1,470백만원을 적용하여 양도소득세 1,604백만원을 신고·납부하였다.

나. F지방국세청장(이하 “감사관”이라 한다)은 2024.7.9.부터 2024.7.26.까지 GG세무서에 대한 종합감사를 실시한 결과,

  1) 쟁점부동산의 양도는 하나의 거래로서「소득세법」제100조 제3항 규정의 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당되는 것으로 보아 쟁점부동산 각 필지별 양도가액을 기준시가에 따라 <표1>과 같이 안분계산한 가액으로 양도가액을 적용하고,

  2) 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 판단하여 쟁점농지에 대한 감면 적용을 배제하고,

3) 쟁점농지를 쟁점건물의 부수토지로 보아 주택부수토지 기준을 초과하는 면적에 대해 비사업용토지로 판단하여 양도소득세 중과세율을 적용하고,

  4) 청구인이 미등록 임대업을 영위하다 건물을 양도하였으며, 양도가액에 사무실 건물의 부가가치세가 포함되어 있다고 판단하여, 청구인에게 2023년 과세연도 양도소득세 및 2023년도 과세기간 부가가치세^*를 경정하도록 처분 지시하였다.

다. 감사관의 지시에 따라 관할인 KKK세무서(이하 “처분청”이라 한다)는 청구인에게 2023년 과세연도 양도소득세를 과세예고 통지하였고, 청구인은 과세전적부심사청구를 하였으나, “불채택” 결정되어 2025.4.10. 2023년 과세연도 양도소득세 757,572,488원을 고지하였다.

 * 과세표준 118,916,922원에 대해 부가가치세 6,842,560원(간이과세율 적용) 고지됨

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.24. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

(쟁점1) 쟁점부동산의 양도를 일괄양도로 보아 기준시가로 안분한 처분의 당부

 가. 쟁점부동산은 농지, 도로, 쟁점건물로 용도가 명확히 구분되어 있고, 청구인과 매수인은 당초 쟁점토지②(농지, 492평)를 매매하고자 협상을 진행하여 쟁점토지②(농지, 392평)와 쟁점토지③(도로, 119평)에 대해 매매계약을 각각 체결하였고, 이후 나머지 물건에 대해 거래조건 및 가액을 각각 협의하여 물건별로 매매계약을 체결하였기에 일괄양도에 해당하지 않는다.

  1) 청구인의 매매과정은 다음과 같이 요약할 수 있다.

 2) 처분청은 쟁점부동산이 모두 연접해 있고, 매도인과 매수인, 매매계약서 특약 사항이 모두 동일하며, 하나의 울타리 안에 조성되어 있는 주택과 정원으로 필지별로 구분하여 사용하기 어렵기 때문에 일괄양도에 해당한다고 보았다.

  3) 그러나, 대법원 판례(대법원2018두5742, 2019.01.31.)에서는 각 매매계약서의 작성일자, 매수인들, 문서의 양식이나 조문내용이 동일하다는 등의 사정만으로는 토지와 건물 등을 일괄하여 양도하였다고 볼 수 없으며, 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계, 즉 당사자의 의사를 존중하여 일괄양도 여부를 판단해야 한다고 판시하고 있다.

4) 청구인은 쟁점부동산 양도 당시 은행에 고액의 채무가 있었고, 고율의 이자로 인해 경제적 어려움에 처해 있었다. 따라서 쟁점부동산 중 하나라도 신속하게 처분하여 과중한 이자부담을 해소하기 위해 쟁점부동산을 물건별로 각각 분리하여 양도가액을 책정하였고, 2023.4월초 ◯◯도 ◯◯시 소재 **공인중개사사무소(이하 “부동산중개업소”)에도 각 물건별로 분리하여 매물로 내놓았다.

  5) 청구인이 당초 쟁점부동산을 각각 분리해서 매물로 내놓았고 매매계약도 각 물건별로 체결한 사실은 부동산중개업소 대표 이▥▥이 작성하여 GG세무서에 제출한 아래 ‘확인서’ 내용으로도 확인할 수 있다.

  6) 처분청에서는 쟁점부동산이 하나의 울타리 안에 조성되어 있는 주택과 정원 으로 필지별로 구분하여 사용하기 어렵다고 주장하나, 울타리는 단순히 토지의 경계를 구분하기 위해 청구인이 2/5를 이웃 토지 소유주가 3/5을 설치한 것으로 농지, 도로, 쟁점건물로 구분되어 있는 쟁점부동산을 사용하는데 제한요소가 되지 않는다.

  7) 매수인 역시 부동산중개업소를 통해 쟁점부동산이 농지, 도로, 쟁점건물로 각각 분리해서 매물로 나온 사실을 알고 있었고, 물건별로 분리해서 거래가 가능하다고 판단하였기에 처음에 농사짓기 가장 적합한 쟁점토지②만을 분리해서 매수하고자 했던 것이다.

  8) 청구인은 매수인과 각 물건별로 매매가액 및 거래조건 등에 대한 진정성 있는 협상을 통해 최종 합의한 각 물건별 가액으로 매매계약을 각각 체결하였다.

   가) 매수인은 당초 농작물 재배 여건이 가장 양호한 쟁점토지②(492평)만 매입 하고자 하였고, 청구인은 향후 쟁점건물을 매매해야 하기 때문에 쟁점건물과 연접한 100평을 제외하고 나머지(392평)만 양도하는 대신 출입구에 있는 대문을 철거하여 매수인이 편리하게 출입할 수 있도록 돕겠다고 제안했다.

   나) 이후 매수인이 현장을 한번 더 둘러 본 후 쟁점토지② 중 392평과 쟁점토지③ 지분 1/2을 각각 매입하겠다고 당초 제안을 수정하여 제안했다.

   다) 청구인도 이에 동의하고, 2023.4.7. ○○시청으로부터 지적도등본을 발급받아 쟁점토지② 중 392평을 아래와 같이 분할등기선을 기준으로 분할하기로 매수인과 합의 하였다.

 라) 또한 쟁점토지③을 공동으로 사용하기 위해 쟁점토지③ 입구에 설치되어 있는 대문은 매수인이 요청할 경우 청구인이 비용을 부담하고 철거하기로 하였고, 추후 쟁점토지①과 쟁점건물의 보안을 위해 경계선과 도로에 대문이나 주차차단기를 설치 할 수 있도록 상호 합의하였다.

   마) 양도가액은 쟁점토지②는 평당 320만원씩 계산하여 1,254,000천원에, 쟁점토지③의 지분 1/2은 평당 320만원씩 계산하여 380,000천원에 매매하기로 최종 합의 함에 따라 “1차 거래”가 성사되었다.

   바) 부동산중개업소에서는 청구인과 매수인이 합의한 사실을 바탕으로 매매 계약서 초안을 작성하였으며, 2023.4.7. 계약체결 전 청구인에게 휴대폰 문자로 보내준 “토지매매계약서”의 ‘2.계약내용’ 및 ‘특약사항’에서 확인할 수 있다.

   사) 이렇게 청구인과 매수인이 최종 합의한 내용으로 2023.4.7. 부동산중개업소를 통해 쟁점토지②와 쟁점토지③에 대한 매매계약을 각각 체결하였다. 2023.4.7. 계약금으로 매매대금 합계금액(1,634,000천원)의 10%인 163,400천원을, 2023.4.22. 중도금으로 매매 대금 합계금액의 60%인 980,400천원을 청구인의 SS은행 계좌로 각각 수령하였다.

   아) 2023.4.22. 중도금을 수수한지 얼마 지나지 않아 매수인이 2023.4.7. 계약한 쟁점토지②와 쟁점토지③의 나머지 지분, 그리고 쟁점토지① 및 쟁점건물을 각각 매입하려고 하니 가액을 조정해 줄 것을 요청하였고, 청구인은 쟁점건물에서 30,000천원을 감액하고, 나머지 토지는 당초 가액대로 받아야 한다는 의사를 전하였다. 이에 매수인이 청구인이 제시한 각 물건별 양도가액을 수용함으로써 “2차 거래” 가 성사되었다.

   자) 2023.4.28. 청구인과 매수인은 부동산중개업소를 통해 2차 거래분에 대한 매매계약을 각각 체결하였다. 쟁점토지①과 쟁점건물은 각각 독립된 매매계약서를 작성하였고, 쟁점토지②와 쟁점토지③은 2023.4.7. 체결한 1차 거래분과 합하여 물건 별로 매매계약서를 작성하였다.

   차) 계약금 1,680,000천원 중 2023.4.7. 체결한 쟁점토지②와 쟁점토지③ 매매 계약에 따라 2023.4.7. 수령한 계약금 163,400천원과 2023.4.22. 수령한 중도금 980,400 천원을 차감한 나머지 536,200천원을 2023.4.28. 수령하였고, 2023.5.15. 중도금 2,520,000천원, 2023.7.7. 잔금 4,200,000천원을 각각 청구인의 SS은행 계좌로 수령 하였다. 이러한 사실은 2025.4.3. 부동산중개업소 대표 이▥▥의 확인서와 2025.4.8. 매수인(농업회사법인 WWW주식회사)의 아래 확인서로 확인할 수 있다.

(그림 생략)

   카) 청구인과 매수인은 물건별[쟁점토지③(492평) → 쟁점토지③(392평), 쟁점토지②(119평) → 쟁점토지①, 쟁점건물]로 매매 협상을 진행하였고, 물건별·용도별로 거래조건과 거래 가액이 명확하게 구분되며, 계약도 1차와 2차로 나누어 각각 체결하였고, 쟁점부동산별로 매매계약서를 각각 작성하였기에 앞에서 언급한 대법원 판례와 같이 일괄양도에 해당하지 않는다.

 나. ①쟁점부동산별로 지형특성·접근성·주변시세 등을 반영하여 매매가액을 합리적으로 결정하였고, ②매수인과 수차례 매매 대상 물건과 가액에 대하여 진정성 있는 협상을 진행하여 최종 합의한 물건별 양도가액으로 매매계약을 각각 체결하였기에 양도가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 않는다.

  1) 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하는지 여부와 관련하여 조세심판원 판례에서는 계약당사자들이 합의하여 가액을 명확하게 구분하였거나, 매매 대금의 합의 경위 등이 합리적인 경우에는 매매당사자 간 구분한 가액을 인정해야 한다고 판시하고 있다.

  2) 청구인은 제발제한구역 내에 있는 쟁점부동산의 매매가액을 각 물건별 지형 특성, 접근성, 이용상황, 주변시세 등을 반영하여 합리적으로 결정하였다.

   가) 쟁점토지①은 면적이 가장 넓으나 ○○시 도로와 접한 면이 적고, 한 면 전체가 임야에 둘러쌓인 땅으로 위쪽과 아래쪽 높이가 10M 정도 경사가 있어 평지 보다 농작물 재배 여건이 좋지 않아 주변 시세(평당 183만원∼350만원)의 중간 가격인 평당 270만원(2022년 공시지가 평당 129만원)으로 정하였다.

  나) 쟁점토지②는 ○○시 도로와 20M 정도 접해 있고, 경사가 완만하며 주변이 평지라 농작물 재배 여건도 쟁점토지①에 비해 양호하여 주변 시세(평당 183만원∼ 350만원) 평균 보다 높은 평당 320만원(2022년 공시지가 평당 135만원)으로 정하였다.

  다) 쟁점토지③은 ○○시 도로 및 쟁점토지①, 쟁점토지②, 쟁점건물과 모두 접해 있고, 쟁점건물과 경제적 일체를 이루며 독점적·배타적으로 사용할 수 있어 쟁점토지② 와 동일하게 평당 320만원(2022년 공시지가 평당 41만원)으로 정하였다.

  라) 쟁점건물은 주변 주택가와 떨어져 있어 조용하고 뒤쪽이 산으로 둘러쌓여 전망도 양호하나 3층 사무실을 겸하고 있어 인근 개발제한구역 내의 비슷한 규모의 단독주택 시세(38억원, 건물 1평당 5,500만원) 보다 낮은 25억원(건물 1평당 3,600만원) 으로 결정하였다.

 3) 청구인은 2023.4월 초 쟁점부동산을 각각 분리해서 부동산중개업소에 매물로 내 놓았고, 이후 매수를 희망하는 3∼4명과 매매협상을 진행하였다.

 4) 매수인의 입장에서도 다양한 정보와 경제성 분석을 통해 청구인이 산정한 쟁점부동산의 가액이 합리적이라 판단하였기에 매입하고자 하였을 것이고, 쟁점부동산별 양도가액은 청구인과 매수인이 진정성을 가지고 매매조건 및 거래가액 등에 대해 충분한 협상과 협의를 통하여 결정하였다.

 5) 특히 쟁점건물은 법인이 취득할 경우 일반건물에 비해 취득세를 중과(13.4%) 하고 종합부동산세에서도 기본공제(6억원)를 받지 못하는 불이익을 당하기 때문에 합리적인 가격이 아닌 경우 거래가 성사되기 어려웠다.

 6)청구인이 매수인과 협의를 통해 결정한 실제 양도가액과 처분청이 안분계산한 양도가액과의 차이를 살펴보면 아래와 같이 쟁점토지①은 25.0%, 쟁점토지②는 14.2%로 30% 미만이고, 쟁점토지③은 179.7%, 쟁점건물은 66.2%로 30%를 넘는다.

  가) 차이가 가장 큰 쟁점토지③은 지목이 ‘도로’라서 기준시가가 낮을 뿐 일반도로 와는 달리 ‘사도’로 쟁점건물과 경제적 일체를 이루며 독점적․배타적으로 사용 할 수 있는 등 장점이 많아 청구인이 정한 양도가액 760,000천원은 합리적이다.

  나) 또한 쟁점건물도 인근의 개발제한구역 내에 있는 비슷한 규모의 단독주택 시세를 반영하여 가액을 결정하였기에 당초 양도가액 2,470,000천원은 적정하다.

 7)청구인은 세법지식이 부족하여 세금부담까지 고려하여 쟁점부동산의 양도가액을 결정하지 않았다. 청구인이 주변시세 등을 반영하여 물건별 양도가액을 결정하고 매수인과 협상을 통해 체결한 매매계약서상 실제 양도가액으로 양도소득세를 신고 하였을 뿐이다.

  가) 처분청이 쟁점부동산별로 각각 체결된 계약서상의 실제 양도가액을 부인 한다면, 특정 부동산이 기준시가 보다 현저히 높거나 낮은 가액으로 거래되는 경우 소득금액 또는 산출세액을 기준으로 비과세 또는 세액감면을 받아야 할 다른 부동산이 비과세 또는 세액감면을 받지 못하거나, 반대로 비과세 또는 세액감면을 받지 않아야 할 다른 부동산이 비과세 또는 세액감면을 받는 불합리한 결과를 초래할 수 있다.

  나) 또한, 처분청이 안분한 양도가액은 ‘실제거래가액’이 아님에도 이를 특수관계가 없는 청구인과 매수인이 정상적으로 거래한 개별부동산에 적용하는 것은 2007년 이후 양도소득세 과세체계를 ‘실거래가’ 기준으로 바꾼 취지에도 맞지 않다.

  다) 자산별 거래가액의 구분이 불분명한 때에 적용하는 「소득세법」 제100조의 규정을 쟁점부동산과 같이 물건별로 협상을 통해 양도가액을 명확히 구분하여 독립적 으로 체결한 계약에까지 확대하여 적용한다면 해당 규정의 합목적성에 비추어 납세 자의 재산권을 부당하게 침해하는 결과를 초래할 것이다.

 8)청구인은 2024년 2월 국토교통부(한국부동산원)의 부동산실거래조사 시 쟁점 부동산 별로 체결한 계약서 상 ‘실제거래가액’으로 거래한 사실을 소명하였고, 매수 인은 청구인과 체결한 쟁점부동산별 매매계약서를 기준으로 부동산등기 및 지방세 납부 등 각종 법적 의무를 성실히 이행하였다.

  9)결론적으로 쟁점부동산의 경우 각 물건별로 용도가 명확히 구분되고, 주변시세 등을 반영하여 가액을 합리적으로 결정하였으며, 매수인과 진정성 있는 협상을 통해 최종 합의한 가액으로 매매계약을 각각 체결하였기에 처분청이 쟁점부동산의 가액 구분이 불분명한 것으로 판단하여 기준시가로 양도가액을 안분한 것은 부당하다.

(쟁점2) 쟁점농지의 8년 자경 감면을 배제한 처분의 당부

가. 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실은 농지관할 구청의 담당공무원이 쟁점농지를 직접 방문하여 실시한 농지이용실태조사서와 국가·지방자치단체 등에서 발급한 농지원부, 농업경영체등록확인서, 농자재 구입 영수증 등으로 확인되므로 처분청이 자경농지에 대한 세액감면을 부인한 것은 부당하다.

 1)청구인이 2000.5.26. 매입했을 당시 쟁점농지는 이웃 주민들이 군데군데 채소 등을 심고 있었을 뿐 거의 황무지 상태였으며, 청구인은 지하수 관정을 파서 농업 용수를 마련하고 쟁점농지를 개간하여 2023.7.7. 양도할 때까지 농작물을 직접 재배 하였다.

  가)쟁점농지에는 밭작물에 적합한 땅이 많지 않아 주로 과실수와 조경수를 재배하였다. 밭작물로는 고추, 배추, 무, 고구마, 옥수수, 콩 등을 재배하였고 씨앗과 모종은 ○○도 ○○시 ○○동 소재 신생농원 등에서 현금으로 구입하였다.

  나) 2002년 매실나무 묘목 100여 그루를 경기도 ○○시 ○○동 소재 BB 농원에서 구입하여 심었고, 2003년에는 과실수 외 새로운 판매 수익을 창출할 수 있는 조경수인 소나무 묘목 80여 그루를 ○○시 소재 묘목 재배 농가에서 매입하여 식재하는 등 다양한 종류의 농작물을 재배하였다.

<농작물 종류 및 재배 면적>

<재배 농작물 종류 및 농사 일정(1) _ 1년생 작물>

<재배 농작물 종류 및 농사 일정(2) _ 다년생 작물>

<재배 농작물 종류 및 농사 일정(3) _ 과실수>

<농작물 구입처 및 가지치기 사진>

  다) 농작업의 경우 일손이 많이 가는 밭작물 재배 면적이 적고, 일손이 적게 가는 과실수 재배 면적이 넓어 밭갈이 및 모종심기, 퇴비주기, 과실수 가지치기 및 솎아 베기, 잡초제거 등 대부분의 작업은 청구인 직접 수행하였다.

  라) 농작물은 화학비료와 농약을 쓰지 않고 퇴비 등을 사용하면서 친환경으로 재배하였기 때문에 병충해 등으로 수확량은 많지 않았다. 더욱이 경험부족으로 다양한 종류의 과실수를 심다보니 종류별로 수확량이 적어 체계적으로 판로를 개척할 수 없어 주로 자급자족하였으며, 수확량이 많은 해에는 ○○군에 거주하는 장모님이 ○○시 소재 ▦▦시장 노점에서 판매^*하였고 남은 것은 이웃과 친지들에게 나누어 주곤 하였다.

  * 밤은 약 400kg 수확하여 300만원 정도에 판매하였고, 매실은 5kg 단위로 60박스 정도를 만들어 박스당 15,000원에 판매

 2) 청구인이 쟁점농지를 20년 넘게 자경한 사실은 국가, 지방자치단체, 농업협동 조합 등에서 발급한 각종 증명서에서도 확인된다.

  가) 농사를 지은지 7년이 지났을 무렵 지방자치단체에 농업인 등록을 해야 한다는 것을 알고 2007.8.30. ○○시청에 농업인 등록 및 쟁점농지의 자경 내용을 신고하였 으며, ○○시청 직원이 쟁점농지에 출장하여 청구인의 신고내용을 직접 확인 하였다. 2010.10.9. ○○시청이 발급한 ‘농지원부^*’를 보면 청구인이 ‘농업인’으로서, 실제 ‘전’으로 사용하는 쟁점농지 6,099.0㎡에서, ‘과수’를 주재배작물로 하여 ‘자경’하고 있다는 사실이 기록되어 있다.

  * 농지원부는 농지의 소유실태와 농지의 이용실태를 파악하여 이를 효율적으로 이용관리하기 위하여 농지법에 따라 지방자치단체에서 작성 비치

  나) 2025.1.24. ○○시청이 발급한 농지원부에서도 청구인이 ‘농업인’으로서 쟁점농지 5,769.0㎡를 실제 ‘전, 과수원’으로 사용하고 있으며, ‘과수’를 주재배작물로 하여 ‘자경’하고 있다는 사실을 확인할 수 있다.

다) 농지를 관할하는 지방자치단체에서는 「농지법」에 따라 항공사진 분석, 현장 출장 등을 통해 수시로 농지의 이용실태를 조사하여 실제 지목이 공부와 다르거나, 자경을 하지 않거나, 다른 용도로 전용된 경우 그 사실을 농지원부에 등재한다. 특별히 쟁점농지의 경우 개발제한구역 내에 위치해 있어 관할관청에서 자경여부 확인을 위해 2년 단위로 해당 농지에 직접 출장하여 사진을 촬영하고 갔다.

  라) 또한, 2024.3.19. ○○시 소재 CC농업협동조합이 발급한 ‘조합원탈퇴 증명서’ 를 보면 청구인이 ‘농업인’으로서 2008.2.14.부터 2022.12.20.까지 조합원으로 활동한 사실이 확인되고, 이 기간 중 지방자치단체에서 조합원에게 지원하는 농자재를 과수 농사에 사용하기 위해 ○○시 성곡동에 유기질비료를 신청한 사실도 확인된다.

  마) 아울러, 청구인은 2014.5월 국립농산물품질관리원(이하 ‘농관원’)에 쟁점농지를 자경하고 있다는 사실을 기재한 농업경영체등록신청서를 제출하였고, 농관원은 사실 확인을 거쳐 청구인의 농업경영체 등록을 완료하였다. 이후 청구인이 재배하고 있는 농작물 중 직불금 대상 작물(예: 밤)에 대하여 아래와 같이 직불금신청 안내도 받았다.

  바)2025.1.24. 농관원이 발급한 ‘농업경영체 등록말소^* 확인서’를 보면 청구인이 ‘농업인’ 으로 2014.5.23. 농업경영체 등록 당시 쟁점농지 5,769㎡를 ‘자경’하고 있었다는 사실을 확인할 수 있으며, 2025.2.3. ○○시청이 발급한 2022년, 2023년 토지정기과세 내역서에도 2022.6.1., 2023.6.1. 현재 쟁점농지가 분리과세대상인 ‘자경농지’로 이용되고 있다는 사실이 명확히 기록되어 있다.

 3) 국토정보지리원에서 촬영한 2000년∼2023년 항공사진을 보면 쟁점농지가 황무지 상태에서 점차 개간되고, 수목(과실수, 조경수)이 식재되어 자라는 모습 등 농작물을 재배한 정황을 알 수 있다.

 4) 또한, 청구인이 농사에 사용했던 관리기와 손수레, 그리고 최근의 농자재 구매 영수증 등을 살펴보면 양도 당시까지 농작물을 재배한 사실을 알 수 있다.

 5)이상과 같이 청구인이 쟁점농지를 20년 넘게 자경한 사실은 쟁점농지를 관할하는 ○○시 PP구청의 업무담당공무원이 쟁점농지를 직접 방문하여 실시한 농지이용 실태 조사서와 국가․지방자치단체 등에서 발급한 농지원부, 농업경영체등록 확인서, 토지정기과세내역 그리고 청구인이 제출한 농자재 구입 영수증 등으로 확인되는 바, 처분청이 특별한 사유도 없이 국가 및 지방자치단체에서 현장확인 등을 통해 작성 하고 발급한 쟁점농지와 관련된 각종 증명서의 내용을 배척하면서 청구인의 8년 자경 농지에 대한 세액감면을 부인하는 것은 부당하다.

(쟁점3) 쟁점농지를 쟁점건물의 부수토지로 보아 주택부수토지 기준을 초과하는 면적에 대해 비사업용토지로 본 처분의 당부

가. 쟁점농지를 관할하는 ○○시 PP구청 담당공무원이 쟁점농지에 직접 출장 하여 실시한 2022.9.1. 농지이용실태조사와 2023.6.23. 농지현장확인에서 쟁점농지는 “전”이며, “농작물 재배”에 이용되고 있다는 사실을 각각 확인하였고, 국가·지방 자치단체에서 발급한 농지원부 등에서도 쟁점농지가 “전”이며 “농작물 재배”에 이용한 사실이 확인됨에도 처분청이 ‘쟁점건물의 부수토지’로 판단한 것은 부당 하다.

 1) 대법원(대법원91누10367, 1992.08.18.)과 국세청(서면인터넷방문상담4팀-2340, 2005.11.28.)은 “주택의 부수토지”를 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지라 정의하고, 주택에 부속된 토지인지 여부는 당해 토지의 현황과 이용실태에 의하여 결정되고, 주거용으로 사용되지 않고 사업용으로 사용되는 경우에는 주택의 부수토지로 볼 수 없다고 판단하고 있다.

 2) 또한, 국세청(서면인터넷방문상담4팀-463, 2008.02.26.)은 비사업용토지와 관련하여 토지의 판정은 「소득세법 시행령」에 특별한 규정이 있는 경우를 제외 하고는 사실상의 현황에 의하고, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 의한다고 판단하고 있다.

 3) 처분청은 「국토정보플랫폼」의 항공사진과 2024.7.23. 실시한 현장방문 및 2024. 7.18. 청구인이 제출한 사진 등에서 취득 당시 밭의 형태가 보이나 취득 이후 밭의 형태가 보이지 않으며, 수목이 식재된 사실은 확인되나 방치된 것으로 보인다 하여 양도일 현재 농지가 아니고 쟁점건물의 부속토지로 판단하였다.

 4) 처분청이 주택의 부수토지로 판단한 근거는 작물재배 여부를 확인하기 곤란한 항공사진과 쟁점농지를 양도한지 1년이나 지나 외관이 많이 달라졌고 매수인이 쟁점 농지를 어떻게 관리했는지도 알 수 없는 상황에서 수풀의 성장이 가장 왕성한 여름 철에 촬영한 사진 등 간접적인 자료들뿐이다.

 5) 그러나, 쟁점농지를 관할하는 ○○시 PP구청 담당공무원이「농지법」에 따라 실시한 농지이용실태조사 결과를 보면, 2022.9.1. 쟁점농지에 직접 출장하여 지목이 “전”이고, “다년생식물 재배”에 이용되고 있으며, 경작자는 “A”(청구인) 이라고 확인한 사실을 알 수 있다.

 6) 또한, 매수인이 쟁점농지를 매입하고자 ○○시 PP구청에 제출한 “농지취득자격 증명신청서”에 대하여 담당공무원이 PP구청에 설치된 「농지위원회」에 쟁점농지를 심의 안건으로 상정하기 위하여 2023.6.23. 쟁점농지에 직접 출장하여 확인한 “출장보고서”를 보면 지목이 “전”이고, “과실수, 조경수 재배”에 이용되고 있다고 확인한 사실을 알 수 있다.

 7) 아울러, 지방자치단체에서 발급한 “농지원부”, “2023년 토지정기과세내역서”, 국립농산물품질관리원에서 발급한 “농업경영체등록확인서” 등에서도 쟁점농지가 “전” 이며, 농작물 재배에 이용되고 있었음을 확인할 수 있다.

 8) 쟁점농지는 필지(쟁점토지①, ②)와 지목(전), 그리고 용도(작물재배)가 명확히 구분되고 쟁점건물과 경제적 일체를 이루고 있지도 않다. 그럼에도, 쟁점건물(연면적 231.83㎡)의 부속토지^*를 건물이 정착된 대지 330㎡ 외에 실제 “도로”로 이용되고 있는 쟁점토지③ 786㎡와 “농작물 재배”에 이용되고 있는 쟁점농지 6,099㎡까지 확대 하는 것은 사회통념에도 부합하지 않다.

 * 총 7,215㎡(2,183평)로 쟁점건물 건축면적의 38배, 연면적의 31배

 9) 무엇보다도 쟁점농지 매매계약체결 8개월 전인 2022.9.1.과 소유권 이전 직전인 2023.6.23.에 쟁점농지를 관할하는 PP구청 담당공무원이 현장에 직접 출장하여 쟁점 농지가 “전”이며 “농작물재배”에 이용되고 있다고 확인한 사실, 그리고 국가·지방 자치단체에서도 각종 증명서를 통해 쟁점농지가 “전”이라는 사실을 확인해 주고 있기에 처분청이 쟁점농지를 쟁점건물의 부속토지로 본 것은 부당하다.

나. 청구인은 쟁점농지 소재지에 거주하며 쟁점농지를 20년 넘게 농작물 재배에 직접 사용하였기에 처분청이 비사업용토지로 보아 양도소득세 중과세율을 적용한 것은 부당하다.

 1)「소득세법 시행령」제168조의6에서 규정하고 있는 ‘토지의 소유기간이 5년 이상인 경우’ 비사업용토지로 판정하는 기간기준을 살펴보면 아래와 같다.

 2) 청구인은 쟁점농지 소재지에 거주하며, 2000년 5월부터 2023년 7월 양도 시까지 농작물을 직접 재배하였기에 「소득세법 시행령」 제168조의6에서 정한 비사업용토지 기간판정 기준 중 어느 하나에도 해당하지 않는다. 그러므로 처분청이 쟁점농지를 비사업용토지로 판단하여 양도소득세 중과세율을 적용한 것은 부당하다.

3. 감사관 의견

(쟁점1) 쟁점부동산의 양도는 일괄양도이며, 그 양도가액의 구분은 불분명 하므로 전체 양도가액을 기준시가로 안분하여 환산취득가액 및 양도차익을 산정한 이 건 처분은 정당하다.

가. 쟁점부동산은 모두 연접되어 있으며, 매도인과 매수인, 매매계약 체결부터 잔금 지급 및 소유권 이전 등기 시기, 쟁점부동산별 매매계약서 특약사항이 모두 동일하여 사실상 쟁점부동산의 양도는 일괄양도의 형태이다.

 1) 청구인은 2023.4.28. 쟁점부동산에 대한 매매계약을 농업회사법인 WWW㈜와 필지별 계약서 총 4부를 작성하였으며, 계약서상 모두 중도일은 2023.5.15., 잔금일은 2023.7.7.로 똑같이 기재돼 있었고, 감사 소명과정에서 청구인은 매매대금을 계약별이 아닌 일괄로 수령하였다고 답하였다. 청구인은 당초 쟁점 부동산의 일부에 대해서만 계약이 이루어져 계약금을 수령하였다고 주장하나, 감사 소명 시 주장한 적 없으며, 해당 금액은 전체 매매대금의 약 2%로 가계약금으로 판단된다.

 2) 4부의 계약서는 모두 동일한 특약사항 “현 시설물 상태 매도인 매수인 상호 현장 확인후 수목 담장등을 인정하고 계약당일 현상태 그대로 인수하기로 하며, 등기부등본등을 확인하고 계약을 체결함”이 기재되어 있으며, 쟁점건물에 대해서만 주택과 상가의 개별가격을 추가로 기재하였다. 쟁점토지①∼④의 매매계약서상 특약사항의 발췌부분은 다음과 같다.

(그림 생략)

나. 쟁점부동산은 위치와 형태 특성상 하나의 울타리 안에 조성되어있는 주택과 정원으로 보인다.

 1) 청구인은 쟁점토지①∼④를 2000.5.26.에 일괄취득하여 장기간 보유하다가 양도하였다. 쟁점부동산의 다년간의 로드뷰, 항공사진으로 볼 때 쟁점부동산은 담장으로 둘러싸여 있어 사실상 하나의 출입문을 통해 접근가능하며, 쟁점토지③은 도로로 쟁점부동산 외에 연결되지 않고, 쟁점토지④와 쟁점건물은 사실상 쟁점토지①∼③의 매수 없이는 맹지에 불과하여 쟁점부동산을 필지별 구분하여 사용하기는 어려워 보인다. 이러한 형태로 쟁점부동산은 큰 변화없이 오랜 기간 유지된 사실이 확인되며, 감사관이 2024.7.23. 쟁점부동산을 현장확인 목적으로 방문한바, 매수인이 현재까지 청구인이 인도한 상태 그대로 이용하고 있음을 확인하였다.

다. 청구인은 당초 쟁점부동산 전부를 일괄로 양도하고자 하였으며, 그 양도대금으로 84억원을 산정한 사실이 있다.

 1) 2022.11.13. 게시된 것으로 확인되는 네이버블로그 글 ‘◯◯동 토지매매 GB 약2186평’은 현재도 확인할 수 있는 글로, 쟁점부동산을 일괄매매 할 것이며 매매가액은 84억원, 사옥이나 고급주택으로 활용가능하며 공시지가 대비 저렴한 매매가로 투자용으로도 적합함을 광고하고 있다.

2) 청구인이 감사 당시 제출한 해명서를 보면, 쟁점부동산의 전체 매매가액을 84억원으로 정하였으나, 일괄로 매수할 매수자가 없을 것으로 판단하여 각각의 지번별 매도가를 정하였다고 해명하고 있어, 쟁점부동산의 일괄매매가액을 84억원으로 정한 뒤에 쟁점부동산별 가액을 84억원 안에서 나누었음을 알 수 있다.

라. 청구인이 산정한 필지별 양도가액은 쟁점부동산의 일괄양도에 있어 토지 특성 등을 반영한 필지별 적정가격이라 보기 어렵다.

 1) 청구인은 시세를 반영하여 필지별 매매가액을 산정하였다고 주장하나, 부동산의 시세는 매매 형태, 면적, 토지 용도 등 여러 가지 요인에 따라 변동되는 것이 일반적으로 청구인이 감사 당시 제시한 주변 시세는 쟁점부동산의 특성 일치 여부 등이 고려되지 않은 시세였으며, 쟁점부동산에 대해 감정평가 등 전문적 지식없이 안분한 계약서 상 양도금액을 토지 특성을 반영한 적정가격이라 보기 어렵다.

 2) 쟁점토지①은 기준시가 대비 220%, 쟁점토지②는 252%, 쟁점토지③은 821%, 쟁점토지④와 쟁점건물은 488%로 쟁점부동산은 필지별 기준시가 대비 차이가 큰데, 도로인 쟁점토지③의 경우 쟁점부동산 외에 연결되지 않고 있음에도 기준시가 대비 826%나 되고 평당 가격이 쟁점토지②보다 비싸게 책정되는 등 합리적인 가격산정이라 볼 수 없다.

 마.「소득세법」 제100조 제2항 및 제3항은 자산별 가액의 임의적 구분을 허용할 경우 발생할 수 있는 조세회피를 방지하고자 하는데 규정 취지가 있다고 할 수 있는바, 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 안분하여 재산정한 이 건 처분은 정당하다.

1) 청구인은 쟁점부동산의 양도소득세 신고 시 취득가액을 환산취득가액으로 계산하고, 주택부분의 양도차익에 대해 1세대1주택 비과세 적용한바, 일반적 으로 도로와 건물의 기준시가는 변동폭이 크지 않고, 쟁점토지③, 쟁점건물의 기준시가 역시 쟁점토지①, ② 대비 기준시가의 변동폭이 크지 않아, 청구인은 쟁점토지③, 쟁점건물의 거래가액을 높임으로써 청구인이 임의로 매매가액을 책정하여 계산한 환산취득가액이 기준시가로 안분했을 경우보다 207백만원 높게 신고되었으며, 비과세 대상인 주택부분의 양도차익도 기준시가로 안분했을 경우 보다 559백만원 높게 신고돼 과세대상 양도차익이 낮아지고, 장기보유특별공제 율을 높이는 효과를 볼 수 있었다.

(쟁점2, 쟁점3) 자경여부에 대한 입증책임은 감면을 주장하는 납세자에게 있다는 것이 일관된 판례로, 청구인이 제출한 자료만으로는 쟁점농지가 8년 자경 감면 대상이 되고 사업용토지에 해당하는 농지라고 판단할 수 없다.

 가. 쟁점농지의 항공사진, 현장방문 시 현황, 네이버블로그 소개글에 첨부된 사진 등을 볼 때 쟁점농지는 양도일 현재 농지라고 볼 수 없다.

쟁점농지의 2023년 국토정보플랫폼에서 확인되는 항공사진과 현장방문하여 확인한 현황, 감사 소명단계에서 청구인이 제출한 자경 증빙 사진을 볼 때 쟁점농지에 수목이 식재된 사실은 확인되나, 사실상 방치하여 수풀이 우거진 형태로 양도일 현재 농지 요건을 충족하지 않아 8년자경 감면대상이라 볼 수 없다.

 나. 청구인이 제출한 자료만으로는 농지에서 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하였다고 보기 어렵다.

  청구인은 농지원부, 농업경영체 등록확인증, 비료 영수증 등을 쟁점농지의 자경 증빙자료로 제출하였으나, 쟁점농지는 약 6,100㎡로 2인 가구인 청구인이 직접 경작하기는 어렵다고 판단되는 점, 면적 대비 식재한 나무의 수가 많지 않은 점, 식재 형태가 밭이라고 보기 어려운 점, 현장사진 등에서 과실수 등에 접근하기 어려울 정도로 관리가 되지 않은 사실이 확인되는 점, 수확량이나 농업 수입이 확인되지 않은 점, 농업활동을 하였다고 볼 정도의 비료 구매량은 인정되지 않는 점, 감사 소명 당시 매실 묘목을 비탈진 토지에 토사붕괴 방지 목적으로 심었다고 소명한 점 등을 볼 때 청구인이 쟁점농지에 실제 농사를 지었다고 보기는 어렵다.

 다. 다년간의 항공사진 상 쟁점농지는 취득 당시 밭의 형태가 보이나, 취득 이후 밭의 형태가 보이지 않으며, 수목이 식재된 사실은 보이나, 방치된 형태에 가까워 쟁점농지를 사실상 방치한 것으로 판단되므로 중과하여 양도차익을 충분히 실현하지 못하도록 하는 것이 비사업용토지 입법취지에 부합한다.

4. 감사관 의견에 대한 항변

가. (쟁점1)에 대한 항변

 1) 쟁점부동산은 모두 연접되어 있으며, 매도인과 매수인, 매매계약 체결부터 잔금 지급 및 소유권 이전 등기 시기, 쟁점부동산별 매매계약서 특약사항이 모두 동일하여 사실상 쟁점부동산의 양도는 일괄양도의 형태라고 주장하나,

  가) 감사관은 청구인이 2023.4.7. 수령한 163,400,000원이 전체 매매대금(84억원)의 약 2%로 가계약금으로 보았으나, 163,400,000원은 쟁점토지② 일부(392평)와 쟁점토지③ 일부(119평)의 매매대금 합계 1,634,000,000원의 10%를 계약금으로 받은 것이며, 이는 부동산중개업소 확인서와 매수인의 확인서 그리고 매매대금 수수내역으로 확인할 수 있다.

  나) 쟁점부동산의 계약서 상 특약사항에서 쟁점건물에 대해서만 주택과 상가의 개별가격을 추가로 기재한 이유는 다른 부동산(토지)과 달리 주택과 사무실이 함께 있는 쟁점건물이기 때문에 대지를 포함한 주택과 사무실의 가액을 각각 구분한 것이다.

  다) 감사관은 청구인이 감사 소명 중에 “매매대금을 계약별이 아닌 일괄로 수령하 였다고 답하였다” 주장하나, 청구인은 일괄매매로 소명한 적이 없고 청구인은 애초 부터 필지별 개별가격으로 정한 후 ◉◉부동산에 의뢰하였다고 사실대로 소명하였다.

 3) 감사관은 쟁점토지③은 쟁점부동산 이외에 연결되어 있지 않고 쟁점건물은 쟁점토지 ①, ②, ③의 매수 없이는 맹지에 불과하여 쟁점부동산을 필지별로 구분 하여 사용하기 어려워 보인다고 주장하나,

  가) 쟁점토지①,②는 ○○시 도로와 연결되어 있기 때문에 쟁점토지③ 및 쟁점 건물과 분리하여 각각 거래가 가능하고, 쟁점건물 또한 쟁점토지③과 연결되어 있어 쟁점토지①은 쟁점토지②를 매입하지 않고도 매매가 가능하다.

  나) 그러한 사실은 청구인이 매수인과 2023.4.7. 1차 거래 시 쟁점건물 매매를 고려하여 쟁점토지② 전체 492평 중 392평만 분할하여 매매하고, 쟁점토지③의 공동 이용 방안에 대해 협의하여 분할양도한 것으로 알 수 있다. 따라서 감사관의 주장은 사실과 다르다.

  다) 감사관이 제출한 쟁점부동산 현장확인 사진은 쟁점부동산을 양도한지 1년이 지난 2024.7.23. 촬영한 것이며, 경비시스템은 청구인이 매도한지 1년 후 매수인이 설치한 것이다. 청구인은 2000년 5월 쟁점부동산 매수 시부터 2023.7.7. 양도 시까지 경비시스템을 설치한 적이 없다.

 4) 감사관에서는 ■■부동산에서 매수자들을 모집하기 위해 네이버블로그에 올린 광고를 보고 청구인이 당초 쟁점부동산을 84억원에 일괄양도하고자 하였으며, 그 양도대금으로 84억원을 산정한 후 84억원을 쟁점부동산별로 각각 안분하였다고 주장하고 있으나,

  가) 일반적으로 여러 물건을 일괄로 매매하고자 할 때, 먼저 물건별로 개별 가액을 산정한 후 그것을 기준으로 일괄매매 시 얼마를 받을 것인지를 결정하여 매수자와 협상을 진행한다.

  나) 특히, 쟁점부동산은 네이버블로그에 올라온 광고·홍보와 같이 필지별로 면적이 서로 다르고 지목과 용도가 전, 도로, 대지, 쟁점건물로 명확히 구분되어 있다. 그럼에도 쟁점부동산별 가액을 산정하지 않은 채 전체가액을 84억원으로 정한 후 역으로 쟁점 부동산별로 84억원을 각각 안분했다는 감사관의 주장은 이치에 맞지 않다.

 다) 청구인은 2022.11.13. 네이버블로그에 광고를 게시한 ○○시 ○○동 소재 ■■부동산에도, 2023.4월초 매수인과의 거래를 중개한 ◉◉부동산에도 쟁점물건별로 아래와 같이 가액을 산정하여 매매를 의뢰하였다.

  라) 이러한 사실은 청구인이 쟁점부동산을 의뢰할 당시의 상황을 진술한 ■■부동산 대표(한현덕)의 ‘부동산중개 경위 확인서’와 ◉◉부동산 대표(이▥▥)의 ‘확인서’로 확인할 수 있다.

  마) 결과적으로 ■■부동산의 과거 홍보성 광고대로 일괄매매는 이루어지지 않았고, 그 이후 청구인은 2023.4.7. ◉◉부동산을 통해 매수인과 2필지를 개별 물건별로 거래 조건과 가액 등을 협상하여 2필지 개별거래를 성사시켰고 쟁점부동산 2필지 개별로 매매계약서도 작성하였다.

 5) 감사관은 부동산의 시세는 매매 형태, 면적, 토지 용도 등 여러 가지 요인에 따라 변동되는 것이 일반적이나 청구인이 감사 당시 제시한 주변 시세는 쟁점부동산의 특성 일치 여부 등이 고려되지 않은 것이라 주장하나,

  청구인은 인터넷(네이버부동산)에서 쟁점부동산과 동일한 특성을 가진 인근 ‘개발제한구역’에 있는 ‘토지(전)’의 평균시세(183만원∼350만원)와 토지용도가 동일한 개발제한구역 내 ‘주택’(대지 99평, 연면적 69평)의 시세(38억원)를 반영하여 일반적인 매매 형태와 상식 기준에서 합리적인 가액(25억원)으로 결정하였다.

나. (쟁점2)에 대한 항변

 1) 처분청은 쟁점농지의 항공사진, 현장방문 시 현황, 네이버블로그 소개글에 첨부된 사진 등을 볼 때 쟁점농지는 양도일 현재 농지라고 볼 수 없다고 주장하나,

  가) 항공사진으로는 토지의 상태와 식재된 식물을 분별할 수 없으며,

  나) 현장방문 및 사진촬영은 쟁점부동산을 양도한지 1년이 지난 시점에 이루어진 것이다. 청구인이 감사단계에서 제출한 사진은 2024.7.17. 처분청이 청구인에게 현장 사진을 촬영해 오라고 요청하여 2024.7.18. 촬영한 사진이다. 촬영 당시 여름 장마철에다 매수인이 1년 동안 농지를 방치한 상태로 어른 키 이상 잡풀들이 무성하여 농지 현황을 제대로 촬영할 수 없었다.

  다) 2024.7.23. 처분청이 촬영한 대문 현장사진 또한 청구인이 쟁점부동산을 양도한지 1년이 지난 후, 대문 밖에서 쟁점토지 일부의 외관만 촬영한 것이다. 매수인이 쟁점 농지를 1년 넘게 관리하지 않아 방치된 농지를 처분청이 자경농지가 아니라고 주장하는 것은 부당하다. 설령 매수인이 쟁점농지를 제대로 관리하지 않았다고하더라도 ‘농지’라는 사실에는 변함이 없다.

  라) 이는 대법원과 조세심판원이 농경의 장애원인이 제거된다면 다시 농경지로 이용될 수 있다고 보여지는 경우에는 일시적 휴경상태라고 보아야 하며 휴경상태에서 양도된 것이라면 이는 농지의 양도라고 보아야 한다고 판결(대법원97누706, 1998. 9.22., 조심2022중6511, 2022.10.26.)한 것으로도 알 수 있다.

  마) 또한 처분청이 제출한 <그림28> 네이버블로그 소개글에 올라온 쟁점부동산 사진은 2023.7.7. 양도 당시의 사진이 아니라 2013.5월과 2022.11월에 쟁점부동산을 부동산매매 의뢰하기 위해 홍보용으로 촬영한 것이다. 청구인은 쟁점농지를 취득한 이후 계속 농작물 재배에 이용하였다.

  바) 처분청이 제출한 사진은 2022년 11월 부동산중개업소에서 매매 광고·홍보에 사용하기 위해 촬영하였으며, 5월 하순∼6월 초순 부추, 취나물, 차전초 등을 수확하고, 11월 밤 수확까지 끝내고 예초 작업을 한 후의 모습이다. 사진④은 쟁점토지①과 연접한 곳으로 청구인이 제출한 이의신청서의 ‘농작물 재배 현황’을 보면 밤나무, 감나무, 살구나무, 자두나무 등이 식재되어 있는 지역이다.

  사) 위의 사진은 과거 2013.5.4. 청구인이 부동산 매매 광고·홍보에 이용하기 위해 촬영한 것이다. 사진①의 도로 오른쪽 빈 곳은 2012년말 쟁점토지②에 있던 매실나무가 병충해 등으로 결실을 맺지 못해 모두 뽑아내고 감나무를 식재하기 위해 토지를 정리하고 예초를 마친 모습이다.

  아) 이 상태에 있을 때 2014.5.13. ○○시 공무원이 이곳을 방문하여 ‘휴경’이라 지적하자 일정을 앞당겨 2014.5.27. 감나무를 식재하였고, ○○시 공무원이 다시 출장 하여 감나무 식재 사실을 확인하고 ‘자경’으로 확인한 사실이 농지원부에 기록되어 있다.

  자) 사진②에는 소나무 26그루와 감나무 12그루가 식재되어 있고, 사진③에는 밭, 감나무, 소나무 25그루가 식재되어 있으며, 사진④에는 청구인이 쟁점부동산 매입 전부터 있던 목련나무 뒤편 밭에서 취나물 등 다년생 작물을 재배하였다.

  차) 결론적으로 쟁점농지를 관리·감독하는 ○○시 PP구청 업무담당공무원이 쟁점 부동산 양도 직전인 2023.6.23. 현장을 직접 방문하여 쟁점농지가 농지인 ‘전’이라고 확인했음에도 불구하고 처분청이 쟁점농지의 일부를 촬영한 과거의 사진을 근거로 쟁점 농지가 ‘농지’가 아니라고 판단하는 것은 매우 부당하다.

 2) 청구인이 제출한 자료만으로는 농지에서 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하였다고 보기어렵다고 주장하나

  가) 처분청은 쟁점농지가 약 6,100㎡로 2인 가구인 청구인이 직접 경작하기 어렵다고 판단하였으나, 청구인은 39세에 쟁점농지를 취득하여 23년간 농사에 종사하였으며 각 국가기관에서 주기적으로 검증한 자경 “확인” 사실들을 처분청이 부정하고 청구인이 직접 경작하기 어렵다는 추측으로 판단하여 과세하는 것은 매우 부당하다.

  나) 처분청은 면적 대비 식재한 나무의 수가 많지 않다고 보았으나, 쟁점농지의 지형은 밭작물에 적합한 땅이 많지 않아 주로 과실수와 조경수를 재배하였습니다. 과실수로 매실 100그루, 밤나무, 감나무, 뽕나무, 자두나무, 복숭아나무, 살구나무, 모과나무, 보리수나무 등을, 조경수로 소나무 80그루를 식재하여 재배하였고, 나머지 협소한 자투리 땅은 다년생작물을 재배하였다.

  다) 처분청은 현장사진에서 과실수 등에 접근하기 어려울 정도로 관리가 되지 않은 사실이 확인되었다고 주장하나, 이는 청구인이 매도한지 1년이 지난 시점에서 촬영된 것을 기준으로 판단한 것이다. 쟁점농지의 경우 경사 진 곳이 많아 농사에 어려움이 많았지만 청구인은 매년 15회 이상 잡초를 제거하고 퇴비주기, 모종심기, 과실수 및 조경수 가지치기 등을 하면서 농작물을 재배하였다.

  라) 이러한 사실은 쟁점농지를 관리·감독하고 있는 국가 및 지방자치단체에서 발급한 각종 증명서로도 확인된다. 청구인이 쟁점농지를 관리하지 않고 방치하였다면 지난 23년 동안 국가 및 지방자치단체에서 수시로 쟁점농지에 직접 나와 현장을 점검하는데 어떻게 그러한 증명서가 발급되었겠습니까?

  마) 처분청은 수확량이나 농업 수입이 확인되지 않는다고 주장하나, 청구인은 화학비료와 농약을 쓰지 않고 퇴비 등을 사용하면서 친환경으로 재배하였기 때문에 병충해 등으로 수확량은 많지 않았다.

  더욱이 농사 경험이 부족하여 다양한 종류의 과실수를 심다보니 종류별로 수확량이 적어 체계적으로 판로를 개척할 수 없어 주로 자급자족하였다. 수확량이 많은 해에는 ○○군에 거주하는 장모님이 ○○도 ○○시 소재 시장 노점에서 판매하였고 남은 것은 이웃과 친지들에게 나누어 주곤하였다. 밤은 약 400kg 수확하여 300만원 정도에 판매하였고, 매실은 5kg 단위로 60박스 정도를 만들어 박스당 15,000원에 판매하였다.

  바) 처분청은 청구인이 농업활동을 하였다고 볼 정도의 비료 구매량은 인정되지 않는다고 주장하나, 청구인은 2013년까지는 잡초와 낙엽 등을 모아 퇴비를 만들어 사용하다 과수 열매가 작고 수확량도 적어 2014년 이후부터 유기질비료를 50포(포당 20kg) 단위로 100포 약 2톤을 자체 생산한 퇴비와 함께 사용하였다.

  사) 처분청은 청구인이 2024.7월 감사 당시 매실 묘목을 비탈진 토지에 토사붕괴 방지목적으로 심었다고 소명한 것으로 주장하나, 청구인은 2024.7.19. “2002년도쯤 비탈진 토지에 토사붕괴를 방지하기 위해 매실묘목 100그루 정도 구입하여 경사가 심한 386-8에 50그루, 386-3번지에 50그루 식재하였다. 약 5∼6년 묘목의 성장기간을 거친 후 일부 수확하기 시작하였습니다”라고 소명하였다.

  청구인은 토사붕괴 방지와 더불어 과실수를 100그루 심어 과실농사 수확 목적을 최우선으로 하였다. 토사붕괴 방지 “목적”이란 말은 사용한 적이 없다. 소명 내용 중 농사 관련 ‘수확’을 설명한 부분을 제거하여 말하는 것은 부당하다.

  아) 처분청은 청구인이 쟁점농지를 실제 농사를 지었다고 보기는 어렵다고 주장하나, 청구인이 직접 농사를 지은 사실은 2010.10.9. 쟁점농지를 관리·감독하고 있는 ○○시청이 발급한 ‘농지원부’에 청구인이 ‘농업인’으로, 실제 ‘전’으로 사용하는 쟁점농지 6,099㎡에서 ‘과수’를 주재배작물로 하여 ‘자경’하고 있다고 기록되어 있는 것으로 입증된다.

  자) 2025.1.24. ○○시청이 발급한 농지원부에서도 청구인이 ‘농업인’으로서 쟁점농지 5,769㎡를 실제 ‘전, 과수원’으로 사용하고 있으며, ‘과수’를 주재배작물로 하여 ‘자경’하고 있다는 사실이 확인된다.

다. (쟁점3)에 대한 항변

 1) 처분청은 국토정보지리원의 다년간의 항공사진 상 쟁점농지는 취득 당시 밭의 형태가 보이나 취득 이후 밭의 형태가 보이지 않는다고 주장하나,

  처분청이 제시한 ‘국토정보플랫폼 항공사진’의 2004년도 사진을 보면 쟁점토지①과 쟁점토지②에 과실수와 조경수들이 식재된 모습들과 2023년까지 농지가 변화되어 가는 모습을 관찰할 수 있다.

라. 결론

  처분청은 쟁점농지를 한울타리 안의 주택과 정원으로 보아 7억 5천만원이 넘는 과도한 세금을 부과하였다.

 1) 청구인이 20년 넘게 자경한 사실들은 ○○시 PP구청의 토지이용 실태조사서, 현장확인 출장보고서, 농지원부와 국립농산물품질관리원의 농업경영체등록 말소확인서, 농자재 구입 영수증 등 다수의 증빙서류를 통해 입증됨에도 불구하고 처분청은 단지 한울타리 안의 주택과 정원으로 보인다는 추정으로만으로 ‘농지’와 ‘8년 자경’을 부정하는 것은 부당하다.

 2) 처분청의 주장대로 주택과 정원이라면 20년이 넘는 기간 동안 국가 및 지방자치 단체에서 쟁점농지를 직접 방문 조사하여 자경으로 판정하는 것이 과연 가능한 일이 겠습니까? 이처럼 처분청이 쟁점농지를 ‘정원’으로 추정하여 7억 5천만원이 넘는 엄청난 세금을 부과한 것은 부당하다.

5. 심리 및 판단

 가. 쟁점

(쟁점1) 쟁점부동산의 양도를 일괄양도로 보아 기준시가로 안분한 처분의 당부

(쟁점2) 쟁점농지의 8년 자경 감면을 배제한 처분의 당부

(쟁점3) 쟁점농지를 쟁점건물의 부수토지로 보아 주택부수토지 기준을 초과하는 면적에 대해 비사업용토지로 본 처분의 당부

 나. 관련법령

 1) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】

  ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

    나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 2) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

  ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

  ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

  ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

  ④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 2-1) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

  ⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조제1항에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」 제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형 재산에 대하여「부가가치세법 시행령」 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다

 3) 소득세법 제104조의3【비사업용 토지의 범위】

  ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

   1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

    가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 4) 소득세법 시행령 제166조의6【비사업용 토지의 기간기준】

  법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

   1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

    가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

    나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

    다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

 5) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 5-1) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

   1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

   2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

   3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

  ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

  ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

  ⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

   1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

   2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것

  ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

   1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

   2. 「소득세법」제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

 6) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위 등】

  ① 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

 7) 농지법 제49조【농지원부의 작성과 비치】

①시·구·읍·면의 장은 농지 소유 실태와 농지 이용 실태를 파악하여 이를 효율적으로 이용하고 관리하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지원부(農地原簿)를 작성하여 갖추어 두어야 한다.

  ②시·구·읍·면의 장은 제1항에 따른 농지원부를 작성·정리하거나 농지 이용 실태를 파악하기 위하여 필요하면 해당 농지 소유자에게 필요한 사항을 보고하게 하거나 관계 공무원에게 그 상황을 조사하게 할 수 있다.

 ③시·구·읍·면의 장은 농지원부의 내용에 변동사항이 생기면 그 변동사항을 지체 없이 정리하여야 한다.

 다. 사실관계

   1) 국세청 대내포털시스템 등에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

     가) 청구인의 쟁점부동산 취득 및 양도내역은 다음과 같다.

    나) 청구인이 양도소득세 예정신고한 쟁점부동산 양도가액은 다음과 같다.

 다) 청구인은 쟁점부동산 양도는 필지별 각각 개별양도하였으며, 쟁점토지①, ②는 「조세특례제한법」제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 규정에 따라 1억원의 세액을 감면하고, 쟁점건물의 주택은 1세대1주택에 해당되어「소득세법」제89조 제1항에 의거 12억원까지 비과세를 적용하여 양도소득세 1,604백만원을 예정신고·납부하였다.

 라) 감사관은 쟁점부동산의 양도를 일괄거래로 본 후, 쟁점부동산 각각의 양도가액이 양도 당시 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 30%이상 차이가 나므로 ‘양도가액의 구분이 불분명한 경우’에 해당되는 것으로 보아「소득세법」제100조(양도차익의 산정) 제3항 규정을 적용하여 양도 당시의 쟁점부동산의 기준시가를 기준으로 총 양도가액을 안분하여 양도가액 및 세액을 계산하였으며 감사관이 쟁점부동산의 필지별 양도가액을 재산정한 내역은 다음과 같다.

 마) 쟁점부동산의 개별공시지가는 다음과 같다.

 6) 감사관은 쟁점농지(총 6,099㎡)에 적용하였던 8년 자경농지에 대한 세액감면(1억원)을 부인하였고, 쟁점토지③인 도로를 제외한 쟁점농지와 쟁점토지④를 쟁점건물의 부수토지로 보아 주택부수토지 기준(수도권 녹지지역, 건축면적×5배)인 774.95㎡(154.99㎡×5배)초과하는 면적(쟁점농지 중 5,654.05㎡)을 ‘비사업용토지’로 양도소득세 기본세율에 10%를 더하여 세액을 산출하였고, 쟁점건물의 주택 부분은 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 3층 사무실 건물분의 양도가액에 대하여 비주거용 건물임대업에 해당하는 것으로 부가가치세 과세표준 처분지시하였 으며, 그 내역을 정리하면 다음과 같다.

 바) 감사관의 처분지시를 반영한 처분청의 쟁점부동산의 양도소득세 고지 내역은 다음과 같다.

 사) 쟁점부동산의 등기사항증명서는 다음과 같다.

 아) 청구인의 주민등록등(초)본상에서 확인되는 2000년∼2024년 기간의 거주이력은 다음과 같다.

 자) 청구인의 사업자등록 내역 및 쟁점부동산 보유기간 동안 발생한 소득내역은 다음과 같다.

2) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

 가) 청구인은 매수인과 1차, 2차 매매계약 및 매매대금 지급일정 조정자료로 공인중개사사무소에서 확인한 자료를 다음과 같이 제출하였다.

<1차, 2차 매매계약 및 매매대금 지급일정 >

(그림 생략)

 나) 청구인이 제출한 쟁점토지②, 쟁점토지③의 1차 매매계약서(2023.4.7.)는 다음과 같다.

(그림 생략)

 다) 청구인이 제출한 쟁점토지①∼③, 쟁점토지④ 및 쟁점건물의 매매계약서(2023.4.28.)는 다음과 같다.

(그림 생략)

라) 청구인이 제출한 쟁점부동산의 양도대금 입금 금융증빙은 다음과 같다.

(그림 생략)

마) 청구인이 제출한 쟁점부동산 매매계약서의 대금지급시기 및 양도대금 입금금융증빙을 정리한 내역은 다음과 같다.

(그림 생략)

 바) 청구인이 제출한 ○○시청에서 발급받은 농지원부를 제출하였다.

 사) 청구인은 CC농업협동조합에서 발급한 ‘조합원 탈퇴 증명서’와 지방자치단체에 신청한 ‘유기질 비료 공급 신청서’, 국립농산물품질관리원에서 발급한 ‘농업경영체 등록말소확인서’, ○○시청의 쟁점농지 ‘농지이용실태 대상현황’를 제출하였다.

 라. 판단

(쟁점1) 쟁점부동산의 양도를 일괄양도로 보아 기준시가로 안분한 처분의 당부

청구인은 쟁점부동산 각각을 매수인과 진정성 있는 협상을 통해 합의한 가액으로 매매계약을 체결하였기에 당초 신고한 양도가액을 부인하고, 쟁점부동산의 양도를 일괄양도로 보아 기준시가로 안분하여 처분한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

 「소득세법」제100조 제3항에 의하면 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 「소득세법시행령」제166조 제6항의 규정에 따라 안분계산하여 과세대상의 양도가액을 산정하는 것으로 규정 하고 있다.

 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 이 사건 조항(구 소득세법 제100조 제3항)의 입법 취지, 예외를 허용하는 단서를 두지 않은 이 사건 조항의 문언 내용 및 형식, 조세명확주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 이 사건 조항은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다(의정부지방 법원2020구단6141, 2021.8.9.).

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 쟁점부동산은 위치와 형태 특성상 하나의 울타리 안에 조성되어 있는 점, ② 1차, 2차에 걸쳐 각각 매매계약을 체결하였다고 주장하나, 쟁점부동산은 모두 연접되어 있으며, 동일인에게 양도하였고 잔금지급일 및 소유권 이전 등기 시기가 모두 동일하여 사실상 쟁점부동산의 양도는 일괄양도의 형태를 보이므로 쟁점부동산의 양도를 일괄양도로 보아 「소득세법시행령」제166조 제6항의 규정에 따라 기준시가로 안분하여 처분한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(쟁점2) 쟁점농지의 8년 자경 감면을 배제한 처분의 당부

청구인은 쟁점농지에서 20년 넘게 직접 자경하였으므로 쟁점농지의 8년 자경 감면을 배제하여 처분한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「조세특례제한법」제69조에 의하면 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 쟁점농지 면적은 약 6,100㎡로 2인 가구인 청구인이 직접 경작하기는 어렵다고 판단되는 점, ② 항공사진, 네이버블로그 소개글 및 첨부된 당시 사진 등을 볼 때, 쟁점농지를 ‘양도일 현재 농지’라고 보기 어려운 점, ③ 공부상 기재사항 등을 증빙으로 제출하면서 오랜기간 동안 자경하였다고 주장하나, 조경수의 판매나 과실수의 수확물에 대한 농업 수입이 전혀 확인되지 않는 점 등 청구인이 쟁점농지에 대해 8년 자경하였다는 사실을 입증하였다 보기에는 어려움이 있다. 따라서 8년 자경 감면을 배제하여 처분한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(쟁점3) 쟁점농지를 쟁점건물의 부수토지로 보아 주택부수토지 기준을 초과하는 면적에 대해 비사업용토지로 본 처분의 당부

청구인은 쟁점농지를 쟁점건물의 부수토지로 판단하여 기준면적을 초과하는 면적에 대해 비사업용토지로 본 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

주택 부수토지란 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로써 사회통념상 주거생활 공간으로 인정되는 토지를 뜻하고, 주거용 건물과 한울타리 안에 있는 토지는 특별한 용도 구분이 있는 등의 다른 사정이 없는 한 주택의 부수토지로 보아야 한다(대법원91누10367, 1992.8.18. 참조).

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 다년간의 항공사진상 쟁점농지에 수목이 식재된 사실은 확인되나 쟁점부동산은 위치와 형태 특성상 하나의 울타리 안에 조성되어 있고, 쟁점건물에 청구인이 대표자인 ㈜M이 개업일부터 양도일에 이르기까지 사업장소재지로 등록하여 사옥으로 사용한 것으로 보이는 점 등 쟁점농지를 쟁점건물의 부수토지로 판단하여 기준면적을 초과 하는 면적에 대해 비사업용토지로 보아 처분한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

6. 결론

   이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.