이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. A공사(이하 “청구법인”이라 한다)는 20XX.X.X. 개업 후 기존의 OO시시설관리공단에서 조직변경하여, 20XX.X월부터 지방공기업법과 OO시 조례를 근거로 OO시로부터 주차장 사업, 문화체육시설 사업, 시민편의시설사업 등의 업무(이하 “쟁점 대행사업”이라 한다)를 위·수탁 받아 사업을 영위하고 있다.

나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 20XX.X.X.부터 20XX.X.X.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여, 청구법인이 OO시에 쟁점 대행사업 관련 용역을 제공하고 대가(이하 “쟁점 대행사업비”라 한다)를 수취하고 있음에도 부가가치세 신고 시 과·면세사업 과세표준 신고 및 계산서 발급 사실이 없는 것을 확인하고, 20XX.X.X. 청구법인에게 20XX∼20XX 사업연도 법인세 합계 XX원(전액 계산서 불성실가산세)을 과세하겠다는 세무조사 결과통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 20XX.X.X. 본 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구주장

가. 사실관계

 1) 청구법인은 지방공기업법과 A공사 설립 및 운영 조례가 정하는 바에 의하여 OO시의 지역개발과 공공시설물 등을 효율적으로 관리, 운영함으로써 시민생활의 편익 및 복리증진에 기여함을 목적으로 20XX.X.X. OO시시설관리공단(20XX∼20XX년)을 지방공기업법상 공사로 조직 변경하여 설립되었다.

 2) OO시는 직접 운영하기 어려운 비영리사업 중 시민에게 OO시의 재산을 통해 행정, 복지 서비스를 제공하는 사업을 OO시시설관리공단을 통해 위수탁 계약 방식을 통해 수행하다가 지방공기업법 제71조 및 같은 법 시행령 제63조 A공사 설립 및 운영 조례 제21조에 따라 20XX년 X월 OO시시설관리공단이 A공사로 전환되면서 청구법인에게 위수탁하여 동일한 방식으로 계속해서 수행해오고 있다. 구체적으로 OO시는 청구법인과 위·수탁 협약을 체결하여 체육시설 운영, 주차장 운영, 관광시설의 운영, 환경관리 등의 사업을 수행하고 있고, 해당 사업은 OO시의 계산과 책임하에 운영되는 사업이며 관련 자산은 모두 OO시의 소유이다.

 3) 지자체이자 쟁점 대행사업의 위탁자인 OO시는 재정 예측 가능성 증진과 예산을 효과적으로 배분하여 정책의 실효성을 높이기 위해 매년 하반기에 차년도 예산을 편성하는데, 이를 위하여 각 부처에 자료 제출을 요청하여 해당 자료를 바탕으로 예산 편성을 진행한다. 이렇게 편성된 차년도 예산안은 전년도 11, 12월경 OO시 의회의 심의를 거쳐 최종 승인을 받고, 이에 따라 시는 청구법인 등에 쟁점 대행사업 운영을 위한 경비인 사업비를 교부하게 되며, 청구법인은 이를 분·반기 별로 교부받아 실제 쟁점 대행사업을 집행하는 경비로서 지출한다. 경비 지출 후 잔여 예산은 연말에 최종 정산을 통해 시에 반납하게 되는데, 이때 원금뿐만 아니라 잔여 예산에 대한 이자까지 계산하여 OO시에 모두 반납한다.

 4) OO시는 청구법인이 쟁점 대행사업을 수행하기 위해 필요한 경비를 대행사업비라는 명목으로 청구법인에 교부(이하 “쟁점 거래”라 한다)한다. 쟁점 대행사업비는 대행사업 수행을 위한 실비변상적 경비로 청구법인의 이익은 포함되어 있지 않으며, 청구법인은 쟁점 대행사업 수행에 따라 별도의 위탁수수료를 OO시에 청구하지 않는다. 쟁점 대행사업비의 금액은 청구법인이 전년도 지출액 등을 근거로 사업비를 요청하면 OO시가 이를 감안하여 예산을 편성한 후 시의회의 승인을 통해 결정된다. 위·수탁 협약서 제5조제1항에 따라 A공사 설립 및 운영 조례를 준용하여 쟁점 대행사업 경비가 구체적으로 계산되고 A공사 설립 및 운용 조례 제26조와 제27조에 따라 계산된 비용(예산)을 분·반기 별로 배정받게 된다.

 5) 쟁점 대행사업의 구조를 도식화하면 아래 그림과 같다.

나. 본 건 세무조사 결과의 경위

 1) 청구법인의 쟁점 대행사업은 복지택시, 생폐선별(지자체가 수거한 쓰레기 중 재활용 자원을 분류·자원화), 견인, 여성비전센터, ABC행복학습타운, OO생태공원, OO공원, OO공원, OO 박물관, 환경미화타운, 종량제봉투, 소각장, 주차, 번호판제작소, OO국민체육센터 등 수영장운영, 공공체육시설, OO캠핑장, OOO 사업으로 구분된다.

 2) 조사청은 20XX.X.X.자로 청구법인이 OO시로부터 위탁받아 수행하는 쟁점 대행사업 총 사업비(총 집행액) 중, 청구법인의 계좌가 존재하지 않는 사업에 대한 사업비를 제외하고, 청구법인의 계좌가 존재하는 사업들에 대한 대행사업비를 청구법인이 OO시에 용역을 제공함에 따른 용역대가로 보았다. 이에 용역(위·수탁 대행 용역)을 제공함에 따른 대가임에도 불구하고 이에 대하여 계산서를 발행하지 않았다고 보고, 법인세법 제75조의8 제1항 4호에 따라 총 XX백만원의 계산서 불성실 가산세를 부과하는 세무조사 결과통지를 하였다.

다. 청구법인 주장

[주위적 청구]

 1) 쟁점 위수탁 대행사업은 OO시의 계산과 책임하에 수행되는 사업으로, 청구법인은 OO시의 통제 및 감독하에 OO시 소유 시설에 대한 운영, 관리만을 수행하는 외주 위수탁 대행 사업자이다.

  가) 위·수탁 사업 개요

 청구법인은 「지방공기업법」제71조 및 같은 법 시행령 제63조에 근거하여, OO시로부터 OO시 소유 공공시설의 관리·운영을 위탁받아 수행하고 있다. 구체적으로 A공사 설립 및 운영 조례 제21조 제2항은 공사가 수탁하여 대행하는 사업으로 공영주차장 관리운영사업 등을 규정하고 있으며, 이에 따라 청구법인이 수행하는 쟁점 대행사업은 아래와 같다.

이와 같은 쟁점 대행사업은 모두 OO시가 설치한 시설 또는 OO시의 사무를 대상으로 하며, 청구법인은 OO시를 대신하여 이를 운영·관리하는 역할만을 수행하고 있다.

  나) 쟁점 대행사업은 OO시의 계산과 책임으로 운영되는 사업이다.

쟁점 대행사업 관련 시설의 운영 및 관리는 위수탁 계약에 따라 외관적으로는 청구법인이 수행하고 있으나, 실질적으로는 OO시의 계산과 책임 아래 운영되는 사업이다. 그 이유를 정리하면 아래와 같다.

 첫째, 사업 운영과 관련한 주요 사항에 대한 결정권은 전적으로 OO시에 있다. 사업계획 및 예산은 「A공사 설립 및 운영 조례」제26조에 따라 시장이 정한 예산편성지침에 따라 수립되어야 하며, 편성된 예산은 시장에게 보고되어야 한다. 또한 시장은 예산이 법령에 위반되거나 현저히 부당하다고 인정되는 경우 시정을 명할 수 있고, 공사는 이에 따라 예산을 수정하여야 한다.

둘째, 사업의 결산 및 사업비의 집행 역시 OO시 및 시의회의 통제를 받는다. 같은 조례 제27조에 따르면 공사는 결산 완료 후 결산서를 시장에게 제출하여 승인을 받아야 하며, 시장은 부당한 사항이 있는 경우 시정을 요구할 수 있다. 사실관계에서 서술한 바와 같이 청구법인이 교부받은 대행사업비의 규모 또한 OO시가 예산 계획을 통해 초안을 세우고 시의회의 최종 심의를 거쳐 결정되는바 이에 대해서도 청구법인은 결정권한이 없다.

셋째, OO시는 시설 운영을 위한 가격 및 운영 시간 등의 주요한 의사결정권을 전적으로 갖고 있다. 해당 사항은 OO시 조례로 결정되고, 청구법인은 이에 따라 시설을 운영하는데, 예를 들어 체육시설의 경우 그 가격은 체육시설 관리 및 운영 조례 제9조 및 별표 2를 통하여 OO시가 결정하며, 청구법인의 내규에는 사용료에 대하여 위 OO시 조례를 적용한다고 규정하여 이를 통해 사업을 운영한다.

 또한 시설 운영에 따라 시민으로부터 거두는 수입은 청구법인의 수입으로 귀속되지 않는다. 공영주차장, 체육시설 운영수입 등 시설 운영을 통해 공사에 발생한 수입은 매월 지체 없이 전액 OO시에 납부되고 있으며, 청구법인이 이를 임의로 소유하거나 수익으로 향유할 수 없다.

넷째, 위·수탁 협약서 그리고 지방공기업법과 동법 시행령에 따르면, OO시가 지급하는 대행사업비는 사업 수행에 필요한 인건비, 운영비 등 사업경비를 충당하기 위한 금원으로 명확하게 규정되어 있다. OO시는 협약서 제5조 제2항 및 제7항 등에 따라 예산 편성 및 집행 내역을 지속적으로 관리·감독하고 있으며, 사업비 사용에 대하여도 실질적인 통제권을 행사하고 있다.

 다섯째, 청구법인은 사업연도 종료 후 사용하지 않은 사업비 전액을 OO시에 반환하고 있으며, 잔여 사업비에 대해 발생한 이자까지 포함하여 반납하고 있다. 청구법인은 아래와 같이 매년 대행사업비 집행잔액을 OO시에 반환한 후 관련 결과를 보고하고 있으며, 납입 후 OO시로부터 영수증도 수령하고 있다.

 여섯째, 사업 수행에 따른 위험은 OO시가 부담하며, 청구법인은 고의나 과실의 경우에만 최소한의 책임을 부담한다. 위·수탁 사업 수행에 따른 별도의 위탁수수료를 수취하지 않고 있다. 즉, 사업 수행을 통하여 어떠한 이윤도 획득하지 않고 있으며, 사업 수행에 따른 위험 역시 부담하지 않는다.

 이와 같은 사실관계를 종합하면, 쟁점 대행사업에서 청구법인은 OO시를 대신하여 시설물을 운영·관리하고 요금을 수납하여 전달하는 제한적 역할을 수행할 뿐이고, 사업의 계산과 책임은 모두 OO시에 있다. 쟁점 대행사업비교부는 사업의 결정권자인 OO시가 자신의 재산을 관리하기 위해 필요한 실비변상적 경비를 지급하는 것에 해당한다.

  다) 유사 사안에 대한 조세심판원 결정례 역시 타 지방공사가 수령하는 위수탁 대행사업의 실질을 지자체의 책임과 계산으로 수행되는 사업으로 판단한바 있다.

조세심판원은 조심2024인4609(2025.10.15.) 결정에서 청구법인과 동일한 사업구조로 지방자치단체인 파주시로부터 대행사업비를 지급받아 위수탁 방식으로 공공시설을 운영한 파주도시공사의 위수탁 대행사업과 관련하여 해당 사업이 지방공사가 직접 운영하는 사업이 아니며 지방자치단체의 계산과 책임으로 수행되는 사업임을 인정하였다.

해당 결정은 지방공사가 지방공기업법에 따라 지방자치단체의 위·수탁 계약을 체결하고 지방자치단체의 시설을 관리·운영하는 경우, 이를 지방자치단체의 사업을 대행하는 용역으로 보아야 하며, 자기의 계산과 책임으로 독립적인 사업을 영위하는 것으로 볼 수 없다고 판단하였다.

 본 사안에서도 청구법인이 OO시와 체결한 위·수탁 계약에 따라 OO시 소유 시설을 운영하고 있고, 사업비의 사용 및 정산 구조 또한 상기 심판례와 동일하므로 해당 심판례의 법리가 그대로 적용되어야 한다.

  라) 관련 유권해석 또한 청구법인과 유사하게 수수료 전액이 국가에 귀속되며 국가의 통제하에 사업을 수행하고 필요한 예산이 국가의 예산으로 충당되어 최종적으로 정산되는 경우 해당 사업을 국가 또는 지방자치단체의 명의와 계산으로 수행되는 사업으로 판단하였다.

국세청은 서면-2018-법령해석부가-2849(2018.11.1.)에서 한국환경공단이 국가로부터 사업을 위탁받아 수행하면서 이용자로부터 이용수수료를 수취하더라도, 그 수수료 전액이 국가의 수입으로 귀속되고 사업 수행에 필요한 예산 또한 국가예산으로 충당되는 경우 해당 사업이 국가의 명의와 계산으로 수행되는 경우로 보았으며, 이때 부가가치세가 면제된다고 해석하였다.

이는 실제 사업의 계산과 책임이 누구에게 귀속되는지를 판단함에 있어 수익의 최종 귀속 주체, 가격 등 사업의 의사결정권자, 잔여 예산의 귀속자를 기준으로 판단하며, 질의자의 사실관계와 같이 모든 수익과 잔여 예산의 귀속자가 국가이며, 국가의 의사결정권 및 통제하에 공단이 사업 수행만을 대행하는 경우 해당 사업은 국가의 계산과 책임으로 수행되는 사업으로 해석한 바 있다.

청구법인의 쟁점 대행사업의 경우에도 상기 유권해석과 동일한 사업구조를 갖고 있다. 사업 운영에 있어 중요한 의사결정 권한은 OO시가 갖고 있으며 사업에 따른 수입 및 결과물은 모두 OO시에 귀속되고, 사업비는 OO시의 예산으로 부담한다. 또한 사업비 집행잔액 또한 연말마다 정산을 통해 전액 반환되고 있으므로, 쟁점 대행사업은 OO시의 계산과 책임 아래 수행되는 사업이다.

  마) 소결

이 사건 대행사업은 OO시의 계산과 책임 아래 운영되는 사업으로서, 청구법인은 단지 OO시를 대신하여 사업을 운영·관리하고 관련 수입을 전달하는 역할만 수행하고 있다.

쟁점 대행사업비는 법적으로 그리고 실질적으로도 청구법인이 대행사업 수행에 필요한 인건비·운영비 등을 충당하기 위하여 재산의 소유자이자 사업 의사결정권자인 OO시로부터 지급받는 실비변상적 경비에 해당할 뿐, 청구법인이 제공한 용역에 대한 대가라고 볼 수 없다.

 2) 쟁점 대행사업비는 지방공기업법 및 관련 법규 그리고 위·수탁계약에 따라 OO시의 시설을 운영하기 위하여 지급되는 ‘경비’로서 용역대가에 해당하지 않는다.

  가) 위·수탁 공공시설의 운영 및 대행사업은 OO시의 계산과 책임하에 수행되는 사업이며, 쟁점 대행사업비는 해당 시설의 운영에 필요한 경비를 실비 정산하는 성격의 비용이다.

지방공기업법 제71조 및 같은 법 시행령 제63조에 따르면, 지방공사가 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 그 사업 수행에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담하도록 규정되어 있다.

구체적으로 지방공기업법 시행령 제63조 제2항은 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 비용의 범위로 사업계획 수립, 사전조사 및 용역 등에 소요되는 경비, 사업 집행에 필요한 시설비·인건비 및 부대경비, 사업 종료 후 결산 또는 시설물 인계 전까지의 관리비용, 대행수수료 및 기타 사업집행에 필수적으로 소요되는 경비를 규정한다.

또한 같은 조 제3항은 지방공사가 자금집행계획을 제출하면 국가 또는 지방자치단체가 이에 필요한 자금을 우선 지급하도록 규정하고 있으며, 제4항은 대행사업 종료 시 부담 비용을 정산하도록 규정하고 있다. 즉, 대행사업비의 근거가 되는 지방공기업법령 자체가 해당 비용을 사업 수행을 위하여 지방자치단체가 부담하여야 하는 경비로 규정하고 있으며, 사업 종료 후 정산 절차까지 예정하고 있다.

실제로 쟁점 대행사업비의 구성 내역을 살펴보면 전적으로 공공시설의 운영에 필요한 사무 관리비, 임차료, 공공요금 및 제세, 차량·선박비, 재료비, 수선유지교체비, 동력비 등으로 구성되어 있을 뿐이며, 청구법인의 마진이나 수수료는 전혀 포함되어 있지 않다.

 또한 대행사업비의 금액 규모 및 사용처 역시 청구법인이 임의로 결정하는 것이 아니다. 청구법인이 계획을 통해 OO시에 예산을 요청하면 OO시가 예산편성 절차에 따라 사업계획을 수립하고 시의회의 심의·의결을 거쳐 예산을 확정한 후 이를 청구법인에게 교부하는 구조이다. 즉, 계획 단계에서부터 쟁점 대행사업비는 사용 목적과 사용 범위가 특정되어 있으며, 청구법인은 이를 해당 사업의 목적 범위 내에서만 사용할 수 있고, 실제로 이에 맞게 집행되었는지에 대해서도 정기적으로 OO시와 의회의 감독을 받는다.

 나아가 청구법인은 매 사업연도 종료 후 실제 예산 집행 내역을 정산하고, 집행되지 아니한 예산에 대하여는 그 운용 과정에서 발생한 이자까지 가산하여 OO시에 반환하고 있다. 이러한 절차는 쟁점 대행사업비가 사업 수행을 위하여 선지급된 경비를 사후 정산하는 실비변상적 비용이라는 점을 명확히 보여준다.

  나) 대행사업비의 결정 절차 및 최종 정산 구조에 비추어 볼 때, 이는 용역대가가 아니라 실비정산경비에 해당한다.

일반적으로 용역의 대가라 함은 용역 제공자와 제공 받는 자 사이의 합의에 따라 계약상 지급 금액이 사전에 확정되고, 지급 시기와 조건이 정하여지며, 지급된 금액이 용역 제공자에게 최종적으로 귀속되는 것을 의미한다.

또한 용역대가라면 해당 금액이 지급된 이후에는 용역 제공자가 자신의 재량으로 이를 사용·처분할 수 있어야 하며, 실제 수행원가가 예상보다 적게 발생하였다는 이유만으로 미사용 금액을 반환할 의무를 부담하지 않는다.

 이러한 개념 측면에서 쟁점 대행사업비는 용역의 대가의 개념에 부합하지 않는다. 위·수탁 협약서에는 일반적인 용역계약과 달리 대행사업비의 구체적인 금액이나 확정된 지급시기가 별도로 규정되어 있지 아니하며, 오히려 해당 비용이 사업 운영을 위하여 지급되는 비용임이 명시되어 있다.

 그리고 위·수탁 계약서에 잔여 예산의 반환의무가 명시되어 있지 않음에도 불구하고, 청구법인은 매년 실제 집행액을 기준으로 정산을 실시하고 미사용 예산 및 발생 이자를 OO시에 반환하고 있다. 만약 쟁점 대행사업비가 용역대가라면 청구법인에게 귀속된 금원을 반환할 이유가 없을 것이며, 더구나 반환의무가 발생하더라도 그 이자까지 가산하여 반환하는 것은 일반적인 용역대가의 개념과는 양립하기 어렵다.

 이를 종합한 쟁점 대행사업비의 특징은 아래와 같다.

 ① 대행사업비는 OO시의 예산편성 및 시의회의 심의·의결을 통하여 결정되며, 청구법인에게는 그 금액을 최종적으로 결정하거나 협상할 권한이 없다.

 ② 대행사업비는 지급 이전부터 인건비, 사업비 등 세부 항목별로 사용 목적이 특정되어 있다.

 ③ 청구법인은 예산집행 지침에 따라 해당 금액을 집행하여야 하므로 이를 임의로 사용하거나 처분할 수 없다.

 ④ 사업 종료 후 미집행 잔액은 물론 그 운용 과정에서 발생한 이자까지 OO시에 반환하여야 한다.

 ⑤ 해당 사업에 관한 재정적 위험과 책임은 궁극적으로 위탁자인 OO시에 귀속되며, 청구법인이 사업 손실을 최종 부담하지 않는다.

 ⑥ 일반적인 위·수탁사업의 경우 수익이 별도의 위탁수수료 또는 관리비로 구분될 수 있으나, 쟁점 대행사업에서는 별도의 위탁수수료조차 존재하지 않는다.

상기 특징을 고려할 때, 쟁점 대행사업비는 용역의 대가가 아니라 실비변상적 경비임이 분명하다.

 일례로 이 사건 처분에 따라 발생한 추징세액 역시 OO시가 추경예산을 편성하여 대행사업비로 청구법인에 교부되는데, 이와 같은 사실에 비추어 보더라도 대행사업비는 청구법인의 수익이 아니라 사업 수행에 필요한 비용을 보전하기 위한 실비변상적 경비임을 알 수 있다.

 조사청의 주장과 같이 대행사업비 자체가 용역대가라면, 위탁자이자 용역 발주자인 OO시가 정당한 용역대가를 지급한 이상, 이후 용역상대방의 세무조사에 따라 발생한 추징세액을 책임질 이유가 없을 것이다. 그러나, 해당 사업이 OO시의 계산과 책임으로 진행되는 사업이기에, OO시는 시의 예산으로 추징세액을 충당하는 것이며 이를 대행사업비로 교부하는 것이다.

 따라서 쟁점 대행사업비는 OO시의 계산과 책임으로 수행되는 공공시설 운영사업에 필요한 경비를 청구법인에게 교부한 것에 불과하며, 청구법인이 독립된 사업자로서 제공한 용역에 대한 반대급부로 지급받는 용역대가에 해당한다고 볼 수 없다.

 3) 실비변상적 경비의 지급은 계산서 발급 대상이 아닌바, 쟁점 대행사업비 수수에 대해 계산서 미발급 가산세를 부과한 과세처분은 부당하다.

  가) 실비변상적 경비를 지급하는 거래는 계산서 발급대상이 아니다.

 앞서 살펴본 바와 같이, 쟁점 대행사업비는 용역의 대가가 아니라 OO시의 위·수탁 사업 수행에 필요한 경비를 보전받는 실비변상적 성격의 금원에 해당한다. 따라서 이는 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가로 지급되는 금원이 아니므로 계산서 발급 대상 거래에 해당하지 않는다.

 조세심판원은 조심2010서2549(2010.12.29.) 결정에서 단순한 비용 정산은 계산서 수수 대상이 아니라고 판단하였다. 해당 사건에서 청구법인이 지급한 텔레마케터 급여는 재화 또는 용역의 제공에 대한 대가가 아니라 비용 보전을 위한 정산에 불과하므로 계산서 수수 대상이 아니며, 따라서 계산서 불성실가산세를 부과할 수 없다고 결정하였다.

또한, 관련 질의회신 서면-2016-부가-3212에서도 공동조직 운영에 소요된 비용을 합리적인 기준에 따라 정산하는 경우 그 정산금은 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가가 아니므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않으며, 실제 발생한 경비를 배부받는 거래는 계산서 또는 세금계산서 발급 대상이 아니라는 입장을 밝히고 있다.

이러한 법리와 선례에 비추어 보면, 쟁점 대행사업비 역시 청구법인이 OO시에 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 수취하는 거래가 아니라 OO시의 계산과 책임 아래 수행되는 사업에 필요한 실비변상적 경비를 교부받는 거래에 불과하므로 계산서 발급 대상이 아니다.

원칙적으로 위·수탁 사업 수행에 대한 대가가 존재한다면 이는 별도의 위탁수수료 형태로 지급되어야 할 것이나, 청구법인은 쟁점 대행사업을 수행하면서 별도의 위탁수수료를 지급받지 않고 사업을 수행하고 있으므로 계산서를 발급할 대상이 되는 용역대가 자체가 존재하지 않는다.

  나) 관련 유권해석에서도 청구법인과 동일한 구조의 위·수탁 대행사업에 대하여 계산서 발급의무가 없다고 판단하고 있다.

서면-2020-법령해석법인-2534(2021.6.1.) 질의회신에서, 비영리법인이 국가 또는 지방자치단체와 위·수탁 계약을 체결하고 국가 또는 지방자치단체의 책임과 계산으로 사업을 수행하는 경우, 지급받은 사업비 중 위탁수수료를 제외한 금액에 대하여는 계산서를 발급할 의무가 없다고 해석하였다.

해당 유권해석에서 계산서 발급의무가 없다고 하는 핵심 사유는 단순히 사업 수행 주체가 비영리법인이라는 점에 있는 것이 아니다. 위·수탁 계약에 따라 수행되는 사업이 국가 또는 지방자치단체의 책임과 계산 아래 사업이 수행되고, 사업 수행 과정에서 발생하는 성과물 및 시설물이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업 종료 후 사업비 잔액과 발생 이자를 모두 반납하는 구조이기에, 해당 사업이 지자체의 계산과 책임으로 하는 사업이라는 데 핵심이 있는 것이다.

 지자체의 책임과 계산으로 하는 사업에서 위탁수수료를 제외한 사업비는 용역대가가 아닌 실비변상적 경비이므로, 이에 대해서는 계산서 발급 의무가 없다는 것이 유권해석의 결론이다.

청구법인의 경우에도 쟁점 대행사업은 모두 OO시의 계산과 책임 아래 수행되고 있으며, 사업 수행 과정에서 발생하는 성과와 시설은 OO시에 귀속되고, 사업비는 사후 정산되며, 집행 잔액 및 발생 이자는 모두 OO시에 반납된다. 이는 위 유권해석의 사실관계와 동일하다.

더욱이 청구법인은 본래 시설관리공단으로 설립되어 수행하던 위·수탁 사업을 조직 변경 이후에도 동일한 방식으로 계속 수행하고 있는바, 사업의 실질적 내용과 운영 구조에 어떠한 차이도 존재하지 않는다.

결국 위 유권해석은 계산서 발급 여부를 판단함에 있어 법인의 영리성 또는 비영리성을 기준으로 삼고 있는 것이 아니라, 해당 사업이 누구의 계산과 책임으로 수행되는지, 그리고 지급받는 금원이 용역의 대가인지 아니면 실비변상적 경비인지 여부를 기준으로 판단하고 있다. 따라서 이러한 판단 기준에 따를 경우 청구법인이 지급받는 쟁점 대행사업비 역시 계산서 발급대상이 될 수 없다.

  다) 조사청이 용역대가에 해당하지 않는다고 판단한 대행사업 또한 쟁점 대행사업과 동일한 계약서를 통하여 동일구조로 운영되는 사업인바, 쟁점 대행사업에 대해서도 계산서 발급의무가 없다.

조사청은 청구법인이 청구법인 명의 계좌와 무관하게 시설을 운영하고 있는 OO별, OO지원센터, 견인, OO평생학습관, OO학습타운, OO생태공원, OO공원, OO공원, OO박물관 등의 대행사업(이하 “미추징 대행사업”이라 한다)에 대해서는 대행사업비가 용역의 대가에 해당하지 않는다고 보아 계산서 미발급가산세를 부과하지 않았다.

<그림 삽입을 위한 여백>

 그러나 쟁점 대행사업과 미추징 대행사업은 동일한 위·수탁 협약서에 따라 동일한 계약구조 및 사업운영구조 하에서 수행되는 사업으로서, 양자 사이에 차이가 존재하지 않으며, 오히려 본질적인 측면에서 동일한 사업이다.

특정 금원이 용역의 대가에 해당하는지 여부는 사안마다 구체적이고 합리적으로 판단해야 할 것인바, 단순하게 거래의 형식이나 계좌의 명의가 아니라 사업 수행에 따른 위험과 책임을 누가 부담하는지, 사업으로 인한 수익이 누구에게 귀속되는지, 사업의 주요 의사결정권이 누구에게 있는지 등 거래 구조의 실질을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

 이러한 측면에서 동일한 구조의 사업에 대하여 청구법인 명의 계좌의 존재 여부만을 기준으로 용역 대가성을 달리 판단한 조사청의 처분은 합리적 근거가 부족하다. 쟁점 대행사업과 미추징 대행사업은 동일한 사업구조를 가지고 있고, 쟁점 대행사업비 역시 시설 운영을 위한 실비변상적 경비에 해당하므로, 쟁점 대행사업에 대하여도 계산서 발급의무가 존재하지 않는다고 보아야 한다.

4) 결론

쟁점 대행사업은 OO시의 계산과 책임 아래 운영되는 사업으로서, 청구법인은 단지 OO시를 대신하여 사업을 집행하는 수행 주체에 불과하며, 이는 과거 공단시절에 수행하던 방식과 동일하다. 청구법인이 수행하는 위·수탁 대행업무는 위탁수수료 없이 무상으로 제공되고 있으며, 쟁점 대행사업비는 그 사업 수행에 필요한 실제 경비를 보전받는 금원에 해당한다.

만약 쟁점 대행사업비가 용역의 대가에 해당한다고 보려면, 청구법인이 자기의 계산과 책임으로 사업을 운영하면서 사업상 위험을 부담하고 그 결과 발생하는 이익을 향유하여야 할 것이다. 그러나 사업계획 수립, 예산 집행, 사업 운영 및 주요 의사결정이 모두 OO시의 감독과 승인 아래 이루어지고 있으며, 청구법인은 사업 수행을 통하여 어떠한 이익도 창출하지 않고 있는바, 쟁점 대행사업은 지자체의 계산과 책임으로 운영되는 사업이며, 이러한 점은 유사한 사업구조를 가진 타 지방공기업 관련 심판례에서도 일관되게 인정된 바 있다.

특히 조사청은 청구법인의 계좌가 존재하지 않는 복지택시, 생폐선별 등 미추징 대행사업에 대해서는 대행사업비가 용역의 대가가 아니라고 보아 계산서 미발급가산세를 부과하지 않았는데, 이 사업들 또한 대행사업비 교부방식, 잔여 예산 반환여부, 위험과 책임 등 사업구조가 쟁점 대행사업과 동일한바, 청구법인 명의 계좌 유무만을 이유로 용역 대가성을 달리 본 처분은 합리성이 부족하다.

결국 쟁점 대행사업비는 청구법인이 제공한 용역의 대가가 아니라, OO시가 위·수탁 사업 수행을 위하여 필요한 경비를 지급하는 실비변상적 거래에 해당하므로 계산서 발급 대상이 아니다. 과세당국 또한 동일한 구조로 지자체의 계산과 책임으로 운영되는 위·수탁 사업에 대하여 위탁수수료를 제외한 사업비는 계산서 발급 대상이 아니라는 해석을 제시하고 있다. 따라서 계산서 발급 의무가 존재하지 않는 쟁점 대행사업비를 면세용역의 대가로 보고 계산서 미발급가산세를 부과하겠다는 조사청의 세무조사 결과통지는 위법·부당하다.

[예비적 청구]

 1) 계산서 제도의 취지 관련 판례

우리 대법원 및 조세심판원은, 계산서 제도의 입법취지는 계산서를 거래 사실을 확인하는 과세자료로 활용하여 거래의 정상화 및 과세표준 양성화를 기하고 그에 따른 탈세의 원천적 예방으로 성실납세풍토 조성 및 근거과세 구현을 위한 제도라고 판시하고 있다.

즉, 계산서 등의 교부 및 제출 의무는 납세의무에 관한 것이 아니고, 그 거래상대방의 과세근거가 되는 과세자료를 얻기 위한 것으로서 조세행정상 협력의무에 해당한다.

 2) 청구법인의 쟁점 대행사업비 집행의 투명성

청구법인의 쟁점 대행사업비는 OO시 각 담당 부처가 사전에 수립한 자금집행계획을 토대로 OO시의회의 심의를 받아 A공사에 집행되는 사업비이다. 최종적으로 대행사업비의 교부는 OO시의회의 승인을 받아 이루어지는 것으로 OO시의회 심의 과정은 인터넷으로 생중계되며, 시의회 의사록은 사후적으로 시의회 홈페이지, 지방의정포털 등에서 확인할 수 있어 모든 과정이 투명하게 공개되어 진행되고 있다.

청구법인은 지자체인 OO시가 100% 출자하여 설립한 법인으로, OO시 그리고 OO시의회의 통제 및 감독하에 사업을 수행하고, 특히 쟁점이 되는 위수탁 대행사업의 경우 청구법인 단계에서 이익을 전혀 남기지 않고 사업을 수행하는바, 근본적으로 탈세 등이 발생할 수 없는 환경이며, 과세표준 양성화의 필요성이 낮다.

또한 쟁점 대행사업비는 결국 지자체 세금을 통해 교부받는 금원으로 OO시와 관련된 행정 시스템을 통해 대행사업비의 집행규모, 사용처 등이 모두 확인 가능하여 법인이 따로 계산서를 교부하지 아니하더라도 이미 시의 행정 메카니즘에 의하여 거래자료가 전부 확인되고 공개되고 있어 법인으로 하여금 계산서 등을 교부하거나 매출처별합계표를 제출하도록 강제할 필요가 없다.

 이러한 계산서 제도의 취지를 고려할 때, 모든 정보가 투명하게 공개되어 과세표준 양성화의 필요성이 없고 탈세가 발생할 수 없는 쟁점 대행사업비에 대해 행정상 협력의무 불이행을 사유로 가산세를 부과하는 것은 과도한 제재에 해당한다.

 3) 계산서 불성실가산세 부과의 부당성

 과잉금지의 원칙은, 국가가 국민의 기본권을 제한하는 법률이나 공권력을 행사할 때, 반드시 지켜야 하는 헌법상의 한계 원리를 의미한다. 국민의 기본권을 제한하더라도 목적을 달성하기 위해 ‘필요한 최소한의 정도’로만 행사되어야 한다는 원칙이다. 이 원칙은 대한민국 헌법 제37조 제2항에 근거를 두고 있으며, 다음의 4가지 심사 기준을 모두 충족해야 한다.

대법원2021두34473(2021.6.4.)의 2심 판결인 대구고등법원2019누4890(2021.1.22.) 판례에서는 토지 분양권 거래에 대해 계산서 미발급 가산세 제재를 부과하는 것이 과잉금지 원칙을 위반하였는지를 판단하였는데,

 ① 토지 분양권의 공급과 관련하여서는, 부동산 공급의 경우와 마찬가지로 거래자료가 과세행정의 메커니즘에 의하여 이미 충분히 수집·파악되고 있어 별도의 계산서 발급이 없더라도 과세자료가 확보되는 상황에서까지 계산서 발급의무를 부과하고, 그 불이행에 대하여 가산세라는 제재를 가하는 것은 동일한 입법목적을 달성하기 위한 필요 최소한의 수단이라고 보기 어렵고, 계산서 작성·발급의무는 본질적으로 과세관청에 대한 협력의무에 해당함에도 이를 확대 해석하여 제재까지 부과하는 것은 납세자에게 과도한 부담을 지우는 결과를 초래하므로 침해의 최소성 원칙에 반한다고 판단하였고,

 ② 이로 인하여 달성되는 공익은 이미 확보된 거래자료로 인해 추가적으로 증대되는 정도가 크기 않은 반면, 가산세 부과로 인하여 납세자는 직접적인 재산상 불이익을 입게 되는바, 법익의 균형성 역시 인정되기 어렵다고 판단되었다.

 결국 판례는 토지 분양권 공급에 대하여 계산서 발급의무를 부과하고 그 위반에 대해 가산세를 부과하는 것은 위에서 살펴본 바와 같이 과잉금지원칙에 위배되어 허용될 수 없으며, 이에 따라 토지 분양권은 법인세법 제121조 제1항 적용대상에 해당하지 않는다고 판단하였다.

이러한 법리에 비추어 보았을 때, OO시 행정 시스템을 통해 자금이 투명하게 집행되고 감시받는 본 쟁점 대행사업비에 대해 조세행정상 협력의무인 계산서 미발급에 따라 계산서 미발급가산세를 부과하는 것은 침해의 최소성 및 법익의 균형성 기준을 침해하는바, 과잉금지 원칙 위배에 해당하므로 부당하다.

 4) 소결론

 계산서 제도는 거래사실 확인을 통한 과세자료 확보와 과세표준 양성화를 위한 조세행정상 협력의무를 부과하는 데 그 취지가 있다. 그러나 이 사건 쟁점 대행사업비는 OO시의 예산편성, 시의회 심의·승인, 행정시스템상 집행·공개절차를 통하여 그 규모와 사용처, 집행 내역이 이미 충분히 확인되고 있어, 별도의 계산서 발급이 없어도 과세자료가 확보되는 구조에 있다. 또한 청구법인은 OO시가 100% 출자한 법인으로서 위수탁 대행사업 수행 과정에서 독자적 이윤을 추구하지 아니하여 탈루 가능성이나 과세표준 은닉의 우려도 현저히 낮다.

이러한 사정은 거래자료가 이미 공적 메커니즘을 통해 확보되는 경우 계산서 불성실가산세 부과를 과잉금지 원칙을 위배한 과도한 제재로 본 대법원 판례의 법리와 실질적으로 동일하다. 따라서 쟁점 대행사업비에 대하여 계산서 발급의무 위반을 이유로 가산세를 부과하는 것은 입법목적 달성에 필요한 최소한의 범위를 벗어나 과잉금지원칙에 위배되므로 해당 처분은 부당하다.

 1) 국세기본법 상 가산세 감면 규정

국세기본법 제48조에 따르면 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 가산세가 면제된다.

 청구법인의 쟁점 거래는 오랜 기간 계산서를 발급하지 않는 것이 전반적인 관행이었고, 해당 사항이 과세/면세 용역인지, 계산서 발급대상인지 여부가 명확치 않아 세법 해석상 의의가 있었던 점, 쟁점 대행사업비는 행정시스템상 투명하게 공개되어 있으며, 조세를 회피할 의도가 전혀 없어 제재에 대한 당위성이 낮다는 점 등이 가산세 감면의 정당한 사유로 고려되어야 한다.

 2) 청구법인의 쟁점 대행사업비

 청구법인은 전신인 OO시시설관리공단 당시부터 쟁점 대행사업비에 대해 계산서를 발급하지 않았으며, 이에 대한 제재는 금번 세무조사 전까지는 부과된 바 없다. 또한 청구법인 외의 타 공사 및 공단들 또한 지자체나 국가로부터 교부받는 대행사업비에 대해 계산서를 발급하지 않고 있다.

또한 쟁점 대행사업비의 경우 최초에는 그 성격이 과세/면세 용역인지 여부에 대한 다툼이 있어 조세심판관 회의를 통해 2025년 7월이 되어서야 결국 면세 용역으로 판단(조심2024중4134, 2025.7.10.)이 이루어졌는데, 세무당국 및 관련 전문가조차 해당 용역의 성격이 무엇인지에 대한 세법상 의의가 존재하던 상황에서 청구법인이 자체적으로 용역의 성격을 판단하여 계산서를 발급하는 것은 불가능하였다. 그럼에도 불구하고 사후적인 심판결정에 근거하여 결정이 발생하기 전까지 모두 소급하여 계산서를 발급하지 않은 것에 대해 가산세를 부과하는 것은 과도한 제재에 해당한다.

 청구법인은 OO시가 100% 출자하여 설립된 법인으로, 쟁점 대행사업비는 OO시 의회가 심의를 통하여 승인된 후 청구법인에 지급되는 형태이다. 잔여 사업비 금액은 연말에 정산을 통해 그 이자를 포함하여 OO시에 반환하는 구조로, 청구법인은 대행사업 수행을 통하여 어떠한 수익도 창출하지 않고 있고 OO시의 철저한 감독과 통제하에 쟁점 대행사업이 운영되고 있다. 즉 사업 과정에서 청구법인에게는 계산서 미발급에 따른 어떠한 조세법상 공법적 주체로 계산서 미교부를 전제로 한 제재의 규범적 필요성이 약하다.

 3) 가산세 감면의 정당한 사유 존재

쟁점 대행사업비에 대해서는 과거부터 청구법인을 비롯한 공단 및 공사에서 계산서를 발급하지 않았던 점, 쟁점 대행사업비는 지자체 행정을 통해 투명하고 엄격하게 집행되어 교부되는 금원으로 이에 대해 조세협력상 의무인 계산서 미발급을 사유로 하여 제재를 할 당위성이 낮은 점, 2025년까지 해당 용역의 성격에 대해 세법상 의의가 있어 납세자 입장에서 선제적으로 판단할 수 없었던 점을 고려하면, 청구법인에게는 가산세를 감면할 정당한 사유가 존재한다.

라. 결론

 (주위적 청구)

 쟁점 대행사업은 지방공기업법 및 관련 법령에 근거하여 OO시의 계산과 책임 아래 수행되는 공공사업으로서, 청구법인은 OO시를 대신하여 사업을 집행하는 수행 주체에 불과하다. 사업계획의 수립, 예산의 편성·집행 및 정산, 사업 운영에 관한 주요 의사결정은 모두 OO시의 감독과 통제 아래 이루어지고 있으며, 사업 수행으로 발생하는 수입과 성과는 OO시에 귀속된다. 또한 청구법인은 사업 종료 후 집행잔액 및 그 운용 과정에서 발생한 이자까지 전액 OO시에 반환하고 있고, 별도의 위탁수수료나 이윤을 취득하지도 않는다.

 이와 같은 사업 구조와 운영 실태에 비추어 보면, 쟁점 대행사업비는 청구법인이 제공한 용역에 대한 반대급부가 아니라, OO시의 공공시설 운영 및 행정사무 수행에 필요한 인건비·운영비 등을 충당하기 위하여 지급되는 실비변상적 경비에 해당한다. 따라서 청구법인에게는 계산서 발급의무가 존재하지 아니하며, 이를 전제로 한 계산서 미발급가산세 부과처분은 법적 근거를 상실한 위법한 처분으로서 부당하다.

 (예비적 청구)

설령 조사청의 주장과 같이 쟁점 대행사업비가 계산서 발급대상 거래에 해당한다고 보더라도, 이 사건 가산세 부과는 계산서 제도의 입법취지와 과잉금지 원칙에 비추어 과도한 제재인바 위법·부당하다.

쟁점 대행사업비는 OO시 예산 편성 및 시의회 심의·의결 절차를 거쳐 지급되고, 집행 및 정산 과정 전반이 지방자치단체의 행정시스템과 의회 통제를 통하여 투명하게 관리·공개되고 있다. 따라서 거래자료는 이미 시 행정의 메커니즘에 의하여 충분히 확보되고 있어 계산서 발급을 강제할 실질적 필요성이 크지 않으며, 그 불이행만을 이유로 가산세를 부과하는 것은 계산서 제도의 목적을 넘어서는 과도한 제재에 해당한다.

 나아가 청구법인은 전신인 OO시시설관리공단 시절부터 동일한 방식으로 사업을 수행하여 왔음에도 지금까지 계산서 미발급과 관련한 제재를 받은 사실이 없고, 지방공기업의 위·수탁 대행사업비가 과세 또는 면세 대상인지 여부 자체가 최근까지 조세심판원 및 과세당국에서도 다툼이 있었던 사안이다. 따라서 청구법인에게는 최소한 국세기본법 제48조가 정한 ‘의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유’가 존재한다고 보아야 하므로, 설령 계산서 발급의무가 인정된다고 하더라도 이 사건 가산세는 감면되어야 한다.

 이상을 종합할 때 청구법인에 대한 가산세 부과처분은 위법·부당한바, 쟁점 대행사업비 지급에 계산서 미발급가산세를 적용한 과세처분에 대한 청구법인의 청구를 채택해 주실 것을 간곡히 요청드린다.

3. 조사청 의견

가. (주위적 청구) 쟁점 거래가 계산서 발급 대상이 아니라는 주장 관련

 1)「법인세법」제4조 및 같은 법 시행령 제2조 등에서는 내국법인의 각 사업연도의 소득은 한국표준산업분류에 따른 각 사업 또는 수입에서 생기는 소득에 대해서는 법인세가 과세되는 소득으로 하며, 내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다고 규정하고 있다.

 2) 청구법인 또한 쟁점 대행사업이 지방자치단체에 제공하는 ‘재화나 용역’의 대각관계가 있다는 것을 인지하고 있으며, 설립 초기부터 현재까지 계속적·반복적으로 지방지차단체와 시설관리운영 수탁계약을 체결하고 용역을 제공하면서 그 대가로 쟁점사업비를 받고 있으며, 설립초기부터 현재까지 법인세를 신고하면서 쟁점사업을 수익사업으로 보아 법인세를 신고·납부하였다.

 3) 「법인세법」제75조의8 제4호 가목 및 같은 법 시행령 제120조 제3항 제2호를 종합해 보면, 비영리법인의 수익사업과 관련된 부분에 대해서는 계산서 미발급가산세를 징수하도록 하고 있으며,

 4) 「법인세법 시행령」(2013.2.15. 대통령령24357호로 개정된 것) 제2조(수익사업의 범위)는 “통계청장이 정하는 … 각 사업 중 수익이 발생하는 것”에서 “수입이 발생하는 것”으로 변경되었으며, 이는 법인의 사업에서 수익성만 고려하는 것이 아닌 그 사업 자체에서 수입이 발생하여 법인으로 귀속되면 수익사업으로 보겠다는 취지이다.

 5) 청구법인은 OO시의 공영주차장 및 체육시설 운영 등의 대행사업 외에도 공공주택·도시개발 등 자체 수익사업을 영위하고 있으며, ’XX 사업연도 쟁점 대행사업수익 XXX백만원에서 정산반환금 XXX백만원을 차감한 순매출액은 XXX백만원이며, 대행사업비 매출원가 XXX백만원을 차감한 쟁점 대행사업의 매출이익은 XXX백만원이다.

 6) 쟁점 대행사업의 매출이익은 실제 발생하였으며, 이익금이 쟁점 거래와 자체 수익사업 공통부서인 지원부서의 판관비로 충당되고 있으므로, 쟁점 거래의 수익이 없다고 할 수 없다.

<그림 삽입을 위한 여백>

 7) 따라서, 조사청에서 청구법인이 OO시에 용역을 제공한 후 받은 사업비에 대하여 계산서 미발급으로 보아 가산세를 부과한 처분은 법령에 근거한 정당한 처분이므로 잘못이 없다.

나. (예비적 청구) 헌법상 과잉금지의 원칙 위배라는 주장 관련

 1) 청구법인은 해당 법령에 근거한 처분이 헌법이 규정하고 있는 과잉금지 원칙에 위배된다는 주장이나, 「헌법」제107조 제1항과 제2항은 법률과 명령·규칙의 위헌·위법 여부에 관하여 각 헌법재판소와 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구인이 계산서 미발급 등의 가산세에 대하여 헌법재판소 또는 대법원이 무효로 판단한 사실이 없으므로 처분 당시부터 현재까지 각 규정들은 일단 유효하다고 보아야 하고, 처분 당시 유효한 규정들을 근거로 하여 이루어진 이 사건 처분은 달리 잘못이 없다.

 2) 청구법인이 헌법상의 과잉금지 원칙 위배 관련으로 제시한 대법원 판례(대법원2003두12820, 2006.10.13. 선고) 판결은, 계산서 미발급가산세를 부동산 거래에까지 적용하면 과잉금지 원칙에 위배되어 위헌 소지가 생기므로, 헌법에 합치되도록 ‘부동산을 제외한 일반 재화’에만 적용되는 것으로 좁게 해석해야 한다고 판시한 합헌적 법률해석으로,

 3) 대법원 판결이 선고되기 전인 2001.12.31. 이미 「법인세법」제121조(계산서의 작성·발급 등)에 제4항을 신설하여 법적 근거를 마련하기 시작하여, 「법인세법 시행령」제164조 제3항이 구체적으로 제정된바,

 4) 헌법재판소(2002헌바80 등)에서도 토지 및 건축물 공급외 가산세 조항에 대해서는 최종적으로 합헌 취지의 결정을 내렸다.

 5) 따라서, 이 사건 법률조항에 근거한 이 사건 부과처분은 적법하다.

다. (예비적 청구) 가산세를 감면할 정당한 사유 주장 관련

 1) 청구법인은 쟁점 거래가 오랜 기간 계산서를 발급하지 않는 것이 전반적인 관행이었고, 해당 사항이 과세/면세 용역인지, 계산서 발급대상인지 여부가 명확치 않아 세법 해석상 이의가 있었던 점, 쟁점 대행사업비는 행정 시스템상 투명하게 공개되어 있으며, 조세를 회피할 의도가 전혀 없어 제재에 대한 당위성이 낮다는 점 등이 가산세 감면의 정당한 사유로 고려되어야 한다고 주장하나,

 2) 지방공사를 포함한 모든 법인은 부가가치세법 및 법인세법에 따라 재화나 용역의 공급 시 계산서 또는 세금계산서의 발급의무가 있는 것으로, 청구법인이 과거 관행적으로 계산서를 발급하지 않았다고 하여 이것이 정당한 관행이었다고 볼 수 없으며,

 3)「부가가치세법」제46조(국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위)에서 쟁점 거래 등의 부가가치세 과·면세 여부를 과거부터 명확하게 법으로 규정하고 있으므로, 과세관청이 납세자에게 법령해석에 대해 오해를 일으켜 계산서 발급의무를 이행할 수 없었다는 청구법인의 주장은 근거가 없다.

 4) 또한 세법상 가산세 제도는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 조세회피의 고의·과실은 고려되지 않는 것이므로 가산세를 배척할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다¹⁾.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 (주위적) 문화시설 관리 등 시청 업무 대행하고 받은 금액이 실비변상 성격이므로 계산서 미발급가산세 부과가 부당하다는 청구구장의 당부

 (예비적) 시의회 감독 등 거래 투명한 공개로 세원 양성화 되어 있고 장기간 계산서 미발급 제재 없었으므로 가산세 감면 대상인지 여부

나. 관련법령

1) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

  ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

   1. 각 사업연도의 소득

   2. 청산소득(淸算所得)

   3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

  ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

   1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」제22조에 따라 국가데이터처장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

   7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 2) 법인세법 제75조의8【계산서 등 제출 불성실 가산세】

  ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

   4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 공급가액의 100분의 2(가목을 적용할 때 제121조제1항 후단에 따른 전자계산서를 발급하지 아니하였으나 전자계산서 외의 계산서를 발급한 경우와 같은 조 제8항에 따른 계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 사업연도 말의 다음 달 25일까지 같은 조 제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 발급한 경우는 100분의 1로 한다)

    가. 재화 또는 용역을 공급한 자가 제121조제1항 또는 제2항에 따른 계산서를 같은 조 제8항에 따른 발급시기에 발급하지 아니한 경우

 2-1) 법인세법 시행령 제120조【가산세의 적용】

  ③법 제75조의5제1항 및 제75조의8제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

   1. 국가 및 지방자치단체

   2. 비영리법인(제3조제1항의 수익사업과 관련된 부분은 제외한다)

 3) 법인세법 제121조【계산서의 작성·발급 등】

  ① 법인이 재화나 용역을 공급하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

 4) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】

  ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

   1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

   2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

   3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계

 1) 청구법인의 법인세 신고내역 및 조사청의 과세예고내역은 다음과 같다.

 2) 다음은 조사청에서 청구법인에게 과세예고한 가산세 내역이다.

3) 다음은 청구법인의 연도별 대행사업비 수취내역이다.

 4) 국세청 전산망상 청구법인의 사업자등록 사항은 다음과 같다.

 5) 다음은 청구법인이 제출한 OO시와 청구법인 간 위·수탁 협약서이다.

 6) 다음은 청구법인이 쟁점 대행사업을 집행한 후 OO시에 발송한 관련 공문 및 영수증이다.

 7) 다음은 청구법인이 제출한 20XX∼20XX 사업연도 위·수탁 대행사업 사업비 집행현황이다.

 8) 청구법인은 사전열람 후 다음과 같이 추가의견을 제출하였다.

  가) 대행사업수익 관련 지방공기업 결산기준

‘행정안전부 지방공기업 결산기준’은 지방공사 및 지방공단이 지방공기업법에 따른 결산을 함에 있어 공통적으로 적용하여야 할 사항에 관한 기준과 세부사항을 정하기 위한 목적으로 마련되었다.

해당 기준 내용 중 대행사업 관련 내용에 따르면, 일반기업회계기준 상 대행 및 위탁사업 관련 수익·비용의 회계처리는, 대행사업 운영으로 인하여 발생하는 수익·비용이 아닌 대행업무수행으로 인하여 수취한 위탁수수료만을 수익으로 인식하도록 하고 있으나, 이러한 방식의 회계처리를 적용할 경우, 공사의 영업성과 등의 회계정보가 구체적으로 나타나지 않아 지방공기업 내·외부 정보이용자들이 요구하는 회계정보 제공이 어려움이 있을 수 있습니다. 이에, 지방공기업 결산기준에서는 정보이용자들에게 목적적합한 정보를 제공한다는 측면에서 공사의 대행사업 회계처리는 대행사업비 수취 시 수익, 집행 시 비용으로 처리하는 총액법으로 회계처리하며, 대행사업 관련 부대수익·비용(이자수익·비용 등)을 모두 손익계산서에 표시하도록 규정하고 있다.

  나) 본 건의 경우

청구법인은 지자체인 OO시가 100% 출자하여 설립한 법인으로 OO시 그리고 OO시의회의 통제 및 감독하에 사업을 수행하고, 특히 쟁점이 되는 위수탁 대행사업의 경우 청구법인 단계에서 위탁수수료를 통한 이익을 전혀 남기지 않고 사업을 수행한다.

이에 쟁점 대행사업비는 일반기업회계기준이었으면 청구법인으로서는 매출을 인식할 수 없는 금액이다. 왜냐하면 공사가 쟁점 대행사업 관련 위험과 책임을 부담하지 않아(OO시의 계산과 책임) 회계상 매출인식기준을 충족하지 못하기 때문이다. 단, ‘행정안전부 지방공기업 결산기준’에서 규정하는 바와 같이 지방공기업 내·외부 정보이용자들에게 목적적합한 정보제공 목적에서 총액법 회계주의에 따라 회계상 매출로 표시하는 것에 불과하다.

구체적으로 조사청이 제시하는 20XX년 청구법인 손익계산서를 기준으로 보면 대행사업수익에서 정산반환금을 제외하면 쟁점 대행사업을 수행하는데 들어간 실제 비용이 남는다. 구체적으로 대행사업수익 XXX원에서 매출원가로 분류된 대행사업비 XXX원을 제외한 XXX원은 실제 대행사업수행을 위한 간접비용으로 공사 인건비, 퇴직급여 등으로 사용된 판매관리비이다. 회사의 판매관리비 내역을 보면 정확하게 XXX원이 나오고 이와 대행사업비 XXX원을 합치면 대행사업수익과 일치한다.

  다) 결론

 결국 조사청이 청구법인의 손익계산서상 수익으로 본 금액은 「행정안전부 지방공기업 결산기준」에 따라 정보제공 목적상 총액법으로 회계처리된 금액에 불과하며, 실제 위탁수수료 수익을 의미하지 않는다. 청구법인은 OO시의 계산과 책임 아래 대행사업을 수행할 뿐 사업수행에 따른 이익을 취득하지 않으므로 일반기업회계기준상 매출인식 요건도 충족하지 않는다. 또한 조사청이 수익으로 주장하는 XXX원 역시 공사의 인건비, 퇴직급여 등 대행사업 관련 간접비용인 판매비와 관리비에 해당하는 사업운영비용일 뿐 이익이 아니다.

따라서 쟁점 대행사업에는 용역 제공에 따른 대가나 위탁수수료 수익이 존재하지 않으므로 계산서 발급의무가 발생하지 않으며, 이를 전제로 한 계산서 미발급 가산세 부과 처분은 위법하므로 과세전적부심사청구 채택을 앙청드린다.

라. 판단

 청구법인은 쟁점 대행사업의 경우 OO시와 시의회의 감독하에 투명하게 운영 및 집행되는바 계산서 제도의 취지인 과세표준 양성화의 필요성이 낮기에 계산서 불성실가산세 부과는 부당하다고 주장한다.

「법인세법」제75조의8제1항제4호에서는 재화 또는 용역을 공급한 자가 계산서를 발급시기에 발급하지 아니한 경우 공급가액의 100분의 2를 계산서 불성실가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다고 규정하고 있다.

 청구법인은 OO시가 위탁한 쟁점 대행사업을 수행하면서 그 대가인 쟁점 대행사업비를 함께 지급받은 것이고, 청구법인이 OO시를 위하여 단순히 대행사업비의 지출을 대행한 것이라기보다는 용역의 수행 과정에서 청구법인의 계산으로 이를 지출한 것으로 보이는 점, 쟁점 대행사업의 매출이익이 실제로 발생하였고 그 이익금이 판관비로 충당되는 것이 청구법인의 손익계산서에서 확인되는 점 등에 비추어,

 조사청에서 청구법인에게 계산서 미발급을 사유로 가산세를 부과하겠다는 세무조사 결과통지를 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 다음으로 청구법인은 가산세 대상에 해당하더라도 세법상 해석의 의의가 있었고 과거 공단 시절부터 계산서 미발급에 대해 제재가 없었던 사실 등을 들어 이는 헌법상 과잉금지원칙에 위배되고 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있다고 주장한다.

「국세기본법」제48조제1항제2호에서는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다.

 살피건대, 단지 과거 공단이던 시기부터 계산서 불성실가산세를 과세하지 않았다고 하여 이를 관행으로 보는 것은 불합리해 보이고, 또한 2018년부터 쟁점 대행사업과 같은 용역 제공의 경우 면세사업으로 유권해석이 되었기에 그 이후 과세연도에 대해 계산서 불성실가산세를 과세하는 것은 부당하다고 보기 어려운 점 등에 비추어,

청구법인에게 세법에서 규정한 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵기에 계산서 미발급가산세를 과세하는 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유가 없다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.